一种鉴定仙居鸡品种的SNP分子标记、SNP分子标记组合及其应用和鉴定方法与流程

本发明属于分子生物学检测，尤其涉及一种鉴定仙居鸡品种的snp分子标记、snp分子标记组合及其应用和鉴定方法。

背景技术：

1、仙居鸡又称仙居土鸡、仙居三黄鸡、梅林鸡，属蛋用型地方品种。仙居鸡原产地及中心产区为浙江省仙居、临海、天台等地。该品种体型紧凑，有黄、黑、白三种羽色，以黄色多见。黑羽体型最大，黄羽次之，白羽略小。黄羽鸡种羽毛紧密，背平直，骨骼细致，神经敏捷，易受惊吓，善飞跃，具有蛋用鸡的体型和神经类型。头大小适中，颜面清秀，喙黄色或青色。单冠，冠齿5～7个。肉髯薄，中等大小，肉髯、耳叶为椭圆形，均呈红色。眼睑薄，虹彩多呈橘黄色，也有金黄、褐、灰黑等色。皮肤呈白色或浅黄色。胫以黄色为主，少数为青色，极少数有胫羽。仙居鸡具有肉蛋品质俱佳、抗逆性强、耐粗饲等特点，其独特的种质特性备受市场关注，发展前景广阔，是我国珍贵的地方鸡遗传资源。

2、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)，主要指基因组水平上单个核苷酸的变异引起的dna序列多态性，包括转换、颠换、缺失与插入，所形成的遗传标记数量多、多态性强，每个snp位点理论上可存在四种不同变异形式，但事实上只发生了转换与颠换两种情况，两者之比是2:1。snp作为基因组最为普遍的多态形式之一，具有很高的遗传稳定性。

3、限制性酶切位点关联dna测序技术(restriction-site-associated dnasequencing，rad-seq)是在二代测序技术基础上发展起来的一种简化基因组技术。简化基因组测序(reduced-representation sequencing)采用限制性内切酶酶切基因组，仅选择基因组中的某一区域测序，使基因组复杂程度降低。rad测序文库的构建就是将基因组dna片段酶切并随机切断，筛选出一端具有酶切位点另一端具有随机中断位点的片段用于建库测序。rad-seq可以在不受参考基因组局限的情况下减少基因组复杂度且操作简单，能快速识别高密度snp。但目前评价仙居鸡的分子标记功能简单，很难进行仙居鸡遗传多样性评价，且存在纯种识别方法不确切等问题，为此，在简化基因组测序的基础上，以仙居鸡为研究对象，筛选单核苷酸多态性的分子标记并进行综合评价是非常有意义的。

技术实现思路

1、为解决上述技术问题，本发明提出了一种鉴定仙居鸡品种的snp分子标记、snp分子标记组合及其应用和鉴定方法，以解决上述现有技术存在的问题，本发明提供的分子标记组合可以高效、准确评价仙居鸡个体的血缘纯度，实现品种鉴定，有利于缓解现有技术中由于缺少能够评价仙居鸡遗传多样性的分子标记和现有纯种鉴定方法不准确的问题。

2、为实现上述目的，本发明提供了一种鉴定仙居鸡品种的snp分子标记，其核苷酸序列如seq id no.1～11任一项所示，

3、seq id no.1～11所示序列的第11位碱基处均存在snp位点，各snp位点的信息如下：

4、

5、本发明还提供了一种鉴定仙居鸡品种的snp分子标记组合，由seq id no.1～11所示的snp分子标记中的至少两个组成；

6、seq id no.1～11所示序列的第11位碱基处均存在snp位点，各snp位点的信息如下：

7、

8、本发明还提供了扩增所述的snp分子标记或所述的snp分子标记组合的引物，所述引物的核苷酸序列如下表seq id no.12～seq id no.33所示；

9、

10、本发明还提供了所述的snp分子标记、所述的snp分子标记组合或所述的引物在制备鉴定仙居鸡品种的产品中的应用。

11、优选的，所述产品包括试剂、试剂盒和芯片。

12、本发明还提供了一种鉴定仙居鸡品种的产品，包括所述的扩增snp分子标记或snp分子标记组合的引物。

13、优选的，所述产品包括试剂、试剂盒和芯片。

14、本发明还提供了一种鉴定仙居鸡品种的方法，包括以下步骤：

15、(1)获取待测鸡个体的全基因组dna，以所述全基因组dna为模板，pcr扩增得到含有权利要求1所述的snp分子标记的基因片段；

16、(2)对所述基因片段进行测序，鉴定出权利要求1所述snp分子标记中各snp位点的基因型；

17、(3)根据步骤(2)鉴定所得基因型，用以下公式计算血缘评价总得分s：

18、

19、其中，ai为snpi对应基因型的最终权重；i为大于0且小于12的整数；

20、所述ai的值根据下表得出：

21、

22、

23、(4)当所述血缘评价总得分s>50时，所述待测鸡个体为仙居鸡。

24、优选的，所述pcr扩增采用所述的引物。

25、优选的，所述pcr扩增的反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性40s，57.2℃退火温度40s，72℃延伸40s，35个循环；最后72℃延伸10min。

26、与现有技术相比，本发明具有如下优点和技术效果：

27、本发明基于包括仙居鸡在内的25个代表性中国地方鸡种和2个引进品种的大规模群体，鉴定特异性snps位点，筛选出鉴定仙居鸡的分子标记，结合现有特异性snp位点的检测方法和ahp层次分析法综合考虑特异性位点的等位基因频率和基因型类型，在确保鉴定准确性的同时，提高了检测效率和评价的科学性。本发明通过使用分子标记技术对仙居鸡进行科学的品种特异性鉴定和评价，操作简单且结果可靠，可以为地方鸡遗传资源保护和合理利用提供科学依据。

技术特征：

1.一种鉴定仙居鸡品种的snp分子标记，其特征在于：其核苷酸序列如seq id no.1～11任一项所示，

2.一种鉴定仙居鸡品种的snp分子标记组合，其特征在于：由seq id no.1～11所示的snp分子标记中的至少两个组成；

3.扩增权利要求1所述的snp分子标记或权利要求2所述的snp分子标记组合的引物，其特征在于：所述引物的核苷酸序列如下表seq id no.12～seq id no.33所示；

4.如权利要求1所述的snp分子标记、权利要求2所述的snp分子标记组合或权利要求3所述的引物在制备鉴定仙居鸡品种的产品中的应用。

5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于：所述产品包括试剂、试剂盒和芯片。

6.一种鉴定仙居鸡品种的产品，其特征在于：包括权利要求3所述的扩增权利要求1所述snp分子标记或权利要求2所述的snp分子标记组合的引物。

7.根据权利要求6所述的产品，其特征在于：所述产品包括试剂、试剂盒和芯片。

8.一种鉴定仙居鸡品种的方法，其特征在于：包括以下步骤：

9.根据权利要求8所述的的方法，其特征在于：所述pcr扩增采用如权利要求3所述的引物。

10.根据权利要求8所述的方法，其特征在于：所述pcr扩增的反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性40s，57.2℃退火温度40s，72℃延伸40s，35个循环；最后72℃延伸10min。

技术总结
本发明公开了一种鉴定仙居鸡品种的SNP分子标记、SNP分子标记组合及其应用和鉴定方法，属于分子生物学检测技术领域，鉴定仙居鸡品种的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～11任一项所示，SEQ ID NO.1～11所示序列的第11位碱基处均存在SNP位点。结合现有特异性SNP位点的检测方法和AHP层次分析法综合考虑特异性位点的等位基因频率和基因型类型，在确保鉴定准确性的同时，提高了检测效率和评价的科学性。本发明通过使用分子标记技术对仙居鸡进行科学的品种特异性鉴定和评价，操作简单且结果可靠，可以为地方鸡遗传资源保护和合理利用提供科学依据。

技术研发人员：韩威,周成浩,朱云芬,殷建玫,李国辉,张会永,薛倩,蒋一秀
受保护的技术使用者：江苏省家禽科学研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/16