一种辅助检测大豆油脂含量高低的分子标记及其应用

本发明属于大豆遗传育种，尤其涉及一种辅助检测大豆油脂含量高低的分子标记及其应用。

背景技术：

0、技术背景

1、大豆原产我国东北，属于一种优质的高蛋白油料。大豆油因其质量好，成本低，因而是世界上最重要的植物油。大豆油占全球植物油产量的28％，大豆油不仅可被人类和动物食用消费，也是工业原料的重要来源。此外，大豆油脂中脂肪酸含量约占大豆种子质量的20％，脂肪酸在癌症，心脏疾病和近视等疾病的预防和治疗方面起重要作用。因此，开发高油脂含量大豆提高大豆种子的油脂含量不仅对人类健康起重要作用，而且对我国经济和能源问题有重要意义。

2、然而，大豆的种子油脂含量由多个数量性状位点(qtl)或基因和各种环境条件控制，使用传统的育种方法复杂且难以有效提高大豆油脂含量。分子标记为育种者寻找新的变异来源提供了快速而准确的方法，鉴定与种子油脂含量性状相关的位点/基因将加速高油脂大豆育种的进程。

3、专利cn108754017a公开了一种与大豆油脂含量高低相关的caps标记及其检测方法，其标记位于大豆第18号染色体54211957bp处。专利cn109825623a公开了一种油分相关性状的功能分子标记indel6及其应用，该标记为大豆油份相关基因gmoleo1的cds起始位点atg下游6bp处存在14bp的缺失。

4、但现有的分子标记可选范围十分有限，有必要开发更多新的分子标记用于辅助筛选高油大豆种质资源。

技术实现思路

1、为了解决现有技术中存在的问题，本发明提供了一种辅助检测大豆油脂含量高低的的snp标记，该snp标记位于大豆第18号染色体2038273bp处，碱基为c或t。

2、本发明还提供一种辅助检测大豆油脂含量高低的caps标记，该caps标记包括上述的snp标记；所述caps标记的序列如seq id no：1所示，所述seq id no：1所示序列中，自5’端起第631位碱基为上述的snp标记，碱基为a或c。

3、本发明提供用于扩增上述的caps标记的引物，所述引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物的核苷酸序列如seq id no.2所示，所述下游引物的核苷酸序列如seq idno.3所示。

4、本发明提供上述snp标记或者caps标记或者caps标记的引物的应用，该应用为选育高油脂大豆和/或预测或辅助预测高油脂大豆和/或制备检测高油脂大豆的试剂盒。

5、一种用于检测高油脂大豆的试剂盒，所述试剂盒包括用于检测如上所述的caps标记的引物对，所述引物对中，上游引物序列如seq id no.2所示，下游引物序列如seq idno.3所示。

6、本发明还提供一种高低油脂含量的大豆的鉴定方法，包括以下步骤：

7、s1.提取待测大豆基因组dna，对提取到的dna进行pcr扩增，得到扩增产物；所述pcr扩增使用的引物对，其上游引物的序列为seq id no.2，下游引物的序列为seq idno.3；

8、s2.将扩增产物用pmll限制性核酸内切酶进行酶切，获得酶切产物；

9、s3.分析所述酶切产物的条带数量：当酶切产物仅含一条主带时，对应的待测大豆为低油脂大豆，当酶切产物包含二条主带时，对应的待测大豆为高油脂大豆。

10、栽培大豆油脂含量通常在21％左右，本发明所述的高油脂大豆是指油脂含量高于23％以上的大豆。

11、优选的，所述步骤s1中，pcr扩增体系为：1.2μl的模板dna(100ng/μl)，引物各0.6μl(10μm)，taq酶7.5μl，ddh2o 5.1μl；反应条件为：95℃变性5min，95℃变性15s，53℃退火15s，72℃延伸15s，共循环36次；最后72℃延伸8min。

12、优选的，所述步骤s2中，酶切体系为3.7μl ddh2o，10×buffe lμl，10μl pcr产物，0.3μl pciⅰ限制性核酸内切酶；反应条件为：酶切温度37℃，酶切反应时间8h。

13、本发明的有益效果在于：

14、本发明提供了一种与大豆籽粒油脂含量显著相关的snp标记，该snp标记在多种环境或遗传背景下的不同群体的大豆中稳定有效。本发明还提供了基于该snp标记开发的caps标记，能够方便、有效、准确的鉴定大豆油脂含量高低。

15、利用本发明提供的caps分子标记，只需提取大豆基因组dna进行pcr扩增，酶切后进行琼脂糖凝胶电泳，即可快速准确的鉴定大豆籽粒油脂含量的高低。

16、本发明为高油脂大豆的选育和分子标记辅助选育提供了重要的参考依据，在高油脂大豆新品种和新品系分子育种方面具有广阔的应用前景。

技术特征：

1.一种辅助检测大豆油脂含量高低的的snp标记，其特征在于，所述snp标记位于大豆第18号染色体2038273bp处，碱基为c或t。

2.一种辅助检测大豆油脂含量高低的caps标记，其特征在于，所述caps标记包括权利要求1所述的snp标记；所述caps标记的序列如seq id no:1所示，所述seq id no:1所示序列中，自5’端起第631位碱基为权利要求1所述的snp标记。

3.用于扩增如权利要求2所述的caps标记的引物，其特征在于，所述引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物的核苷酸序列如seq id no.2所示，所述下游引物的核苷酸序列如seq id no.3所示。

4.如权利要求1所述snp标记或如权利要求2所述的caps标记，或权利要求3所述的caps标记的引物在高油脂大豆选育中的应用。

5.如权利要求1所述snp标记或如权利要求2所述的caps标记，或权利要求3所述的caps标记的引物在预测或辅助预测高油脂大豆的应用。

6.如权利要求1所述snp标记或如权利要求2所述的caps标记，或权利要求3所述的caps标记的引物在制备检测高油脂大豆的试剂盒中的应用。

7.一种用于检测高油脂大豆的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括用于检测如权利要求2所述的caps标记的引物对，所述引物对中，上游引物序列如seq id no.2所示，下游引物序列如seq id no.3所示。

8.一种高低油脂含量的大豆的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

9.如权利要求8所述的鉴定方法，其特征在于，所述步骤s1中，pcr扩增体系为：1.2μl的模板dna(100ng/μl)，引物各0.6μl(10μm)，taq酶7.5μl，ddh2o 5.1μl；反应条件为：95℃变性5min，95℃变性15s，53℃退火15s，72℃延伸15s，共循环36次；最后72℃延伸8min。

10.如权利要求8所述的鉴定方法，其特征在于，所述步骤s2中，酶切体系为3.7μlddh2o，10×buffe lμl，10μl pcr产物，0.3μl pciⅰ限制性核酸内切酶；反应条件为：酶切温度37℃，酶切反应时间8h。

技术总结
本发明属于大豆遗传育种技术领域，尤其涉及一种辅助检测大豆油脂含量高低的分子标记及其应用。分子标记为SNP标记，位于大豆第18号染色体2038273bp处，碱基为C或T，该SNP标记在多种环境或遗传背景下的不同群体的大豆中稳定有效。本发明还提供了基于该SNP标记开发的CAPS标记，能够方便、有效、准确的鉴定大豆油脂含量高低。本发明为高油脂大豆的选育和分子标记辅助选育提供了重要的参考依据，在高油脂大豆新品种和新品系分子育种方面具有广阔的应用前景。

技术研发人员：王晓波,吴传磊,郑浩伟,赵夺,王郭伋
受保护的技术使用者：安徽农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/16