一种扩增羚牛微卫星片段的引物组及其应用

本发明属于动物保护，涉及秦岭羚牛种群保护，具体涉及一种扩增羚牛微卫星片段的引物组及其应用。

背景技术：

1、秦岭羚牛(budorcas taxicolor bedfordi)是我国特有的珍稀物种，属于国家一级保护动物，近几十年来，由于人类活动范围的不断扩大，以及对森林资源的过度利用，羚牛分布范围急剧减少，种群数量呈现明显下降趋势，随着秦岭羚牛种群规模逐渐变小，近亲繁殖、遗传漂变等发生的可能性增加，将加速小种群的灭绝速度。基于上述现状，开展圈养羚牛种群的繁育和研究是该物种保护的一个重要手段，而圈养动物繁殖所面临的最大问题是种群过小所带来的遗传衰退问题，也就是长期近亲繁殖降低个体适应力、增加患隐性遗传病概率的问题。因此，通过亲子鉴定理清群体内的系谱很有必要，运用分子手段实现个体亲子鉴定和系谱追踪可为圈养秦岭羚牛的亲本管理提供重要帮助。

2、微卫星是由长度为1～6bp的重复单位串联重复组成，又称为短串联重复序列(short tandem repeats，str)或简单重复序列(simple sequence repeats，ssr)，20世纪80年代被发现，广泛且均匀随机分布于真核生物的基因组中。而作为一种应用广泛的遗传分子标记，微卫星具有丰富的多态性，并且遵循孟德尔遗传定律，能稳定地由亲本遗传给子代，等位基因之间呈现共显性遗传特点。微卫星高度的变异性使其在一个座位上可形成很多个等位基因,在群体中表现出丰富的多态性,使得多个微卫星座位上的基因型在两个同种个体间几乎不可能相同(同卵双生除外)。而真核生物基因组中众多的微卫星座位则可为研究者提供高分辨率的遗传信息，因而微卫星十分适用于个体水平的亲子鉴定研究。微卫星分子标记在种群亲子鉴定和结构研究中起到了重要的确证作用，但有关秦岭羚牛的亲缘关系鉴定研究报道较少。

技术实现思路

1、针对现有技术存在的不足，本发明的目的在于，提供一种扩增羚牛微卫星片段的引物组及其应用，解决现有技术中由于缺乏秦岭羚牛的亲缘关系鉴定手段，导致圈养羚牛种群容易出现遗传衰退的技术问题。

2、为了解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案予以实现：

3、一种扩增羚牛微卫星片段的引物组，包括六对引物：

4、第一对引物由上游引物takin-ssr-25f和下游引物takin-ssr-25r组成，所述的上游引物takin-ssr-25f的核苷酸序列为：5’-cccactggtgcactgttgt t-3’，所述的下游引物takin-ssr-25r的核苷酸序列为：5’-aggcacagaaac tgactcaag-3’。

5、第二对引物由上游引物fh-03f和下游引物fh-03r组成，所述的上游引物fh-03的核苷酸序列为：5’-agacctcgtgcagtcgaataa-3’，所述的下游引物fh-03r的核苷酸序列为：5’-gagcacacgcgctatgatta-3’。

6、第三对引物由上游引物fh-12f和下游引物fh-12r组成，所述的上游引物fh-12f的核苷酸序列为：5’-caaaggctgggtggtaaatg-3’，所述的下游引物fh-12r的核苷酸序列为：5’-tggagaaggggaaaggctac-3’。

7、第四对引物由上游引物fh-16f和下游引物fh-16r组成，所述的上游引物fh-16f的核苷酸序列为：5’-cctggtccagaaagattcca-3’，所述的下游引物fh-16r的核苷酸序列为：5’-agcaccatgtgactgactgc-3’。

8、第五对引物由上游引物fh-29f和下游引物fh-29r组成，所述的上游引物fh-29f的核苷酸序列为：5’-tactctccggaacaccaagc-3’，所述的下游引物fh-29r的核苷酸序列为5’-cacagattttacatcagttgttg-3’。

9、第六对引物由上游引物fh-31f和下游引物fh-31r组成，所述的上游引物fh-31f的核苷酸序列为：5’-tgcaatgtgagagacttcgg-3’，所述的下游引物fh-31r的核苷酸序列为：5’-ttcctgtaggtgagtggcct-3’。

10、本发明还具有如下技术特征：

11、可选且优选的，该引物组还包括第七对引物，由上游引物fh-19f和下游引物fh-19r组成，所述的上游引物fh-19的核苷酸序列为：5’-ctgatgaagagaagctgggtg-3’，所述的下游引物fh-19r的核苷酸序列为：5’-attcatgacatttgtgaaggttg-3’。

12、可选且优选的，该引物组还包括第八对引物，由上游引物fh-34f和下游引物fh-34r组成，所述的上游引物fh-34f的核苷酸序列为：5’-ttattacccagaccttccaca-3’，所述的下游引物fh-34r的核苷酸序列为：5’-gccatccctacagcatcagt-3’。

13、本发明还保护如权利要求上所述的扩增羚牛微卫星片段的引物组用于羚牛亲子鉴定的应用。

14、本发明还保护如上所述的扩增羚牛微卫星片段的引物组用于分析羚牛种群内近交程度的应用。

15、本发明与现有技术相比，具有如下技术效果：

16、本发明的扩增羚牛微卫星片段的引物组，能够用于秦岭羚牛的亲子鉴定和分析羚牛种群内近交程度，有助于圈养秦岭羚牛的亲本管理和繁殖选配，进而能够防止圈养动物由于种群过小所带来的遗传衰退现象，同时也为微卫星分子标记在羚牛种群亲子鉴定和结构研究提供了重要的参考价值。

17、以下结合实施例对本发明的具体内容作进一步详细解释说明。

技术特征：

1.一种扩增羚牛微卫星片段的引物组，其特征在于，包括六对引物：

2.如权利要求1所述的扩增羚牛微卫星片段的引物组，其特征在于，还包括第七对引物，由上游引物fh-19f和下游引物fh-19r组成，所述的上游引物fh-19的核苷酸序列为：5’-ctgatgaagagaagctgggtg-3’，所述的下游引物fh-19r的核苷酸序列为：5’-attcatgacatttgtgaaggttg-3’。

3.如权利要求2所述的扩增羚牛微卫星片段的引物组，其特征在于，还包括第八对引物，由上游引物fh-34f和下游引物fh-34r组成，所述的上游引物fh-34f的核苷酸序列为：5’-ttattacccagaccttccaca-3’，所述的下游引物fh-34r的核苷酸序列为：5’-gccatccctacagcatcagt-3’。

4.如权利要求1至3任一项所述的扩增羚牛微卫星片段的引物组用于羚牛亲子鉴定的应用。

5.如权利要求3所述的扩增羚牛微卫星片段的引物组用于分析羚牛种群内近交程度的应用。

技术总结
本发明提供了一种扩增羚牛微卫星片段的引物组以及其应用。将该引物组用于秦岭羚牛的亲子鉴定和分析羚牛种群内近交程度中，有助于圈养秦岭羚牛的亲本管理和繁殖选配，进而能够防止圈养动物由于种群过小所带来的遗传衰退现象，同时也为微卫星分子标记在羚牛种群亲子鉴定和结构研究提供了重要的参考价值。

技术研发人员：李安宁,吕立,昝林森
受保护的技术使用者：西北农林科技大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15