一种与陆地棉株高相关的单体型及其应用

本发明属于分子生物学，尤其涉及一种与陆地棉株高相关的单体型及其应用。

背景技术：

1、陆地棉在纺织业中具有重要的经济意义。以满足日益增长的纤维产量和全机械化的要求，培育具有理想株型的棉花是必不可少的。以前的全基因组关联研究(gwas)已经确定与植株结构相关的数量性状位点(qtls)，包括株高、果枝长度，和角度等。然而，遗传和分子陆地棉这些性状的主要基因座背后的机制仍然是未知的。

2、单体型(haplotype)是位于一条染色体特定区域的一组相互关联，并倾向于以整体遗传给后代的单核苷酸多态的组合，又称单倍体型或单元型。同一染色体上的连锁不平衡的多个分子标记的情况即为单体型。snps位点并不是独立遗传的，而是在染色体上倾向于以一个整体遗传给后代，成组遗传的snps位点在一代又一代的遗传中绝少发生重组。于是，这样的一组snps位点类型也就是单体型(morris r w , kaplan n l . on theadvantage of haplotype analysis in the presence of multiplediseasesusceptibility alleles. genetic epidemiology, 2002, 23(3):221-233)，由于单体型包含着多个snps的遗传信息，许多研究表明，在与复杂性状的相关分析中，采用单体型比单个snps具有更好地统计分析效果 (hoehe m r . haplotypes and thesystematic analysis of genetic variation in genes and genomes.pharmacogenomics,2003, 4(5):547-570.)，开发陆地棉中与纤维长度相关的单体型可以为陆地棉株型的改良提供快速简洁的检测手段，同时还可为株型的改良提供丰富的种质资源。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种与陆地棉株高关联的单体型分子标记及其应用。

2、为达到上述目的，本发明采用的技术方案是：

3、一种与陆地棉株高相关的单体型，该单体型位于陆地棉a01号染色体上3.762-3.776mb的区间，其中单体型区间中存在一个1133bp的插入缺失，可将其命名为拥有a株型相关的单体型。

4、一种检测与陆地棉株高相关的单体型分子标记的方法，包括以下步骤：

5、（1）提供1对引物序列，上游引物序列均用f表示，下游引物序列用r表示，引物序列为f: ccaccgcaatgaatggagat r: ccacaacctccattcccgac；

6、（2）用步骤（1）中的一对引物序列对陆地棉进行扩增，若能扩增出长条带则说明此陆地棉拥有a株型相关的单体型，若能扩增出短条带则说明此陆地棉拥有b株型相关的单体型。

7、一种与陆地棉株高相关的单体型的应用，采用上述的引物序列，利用棉花不同组织部位的基因组dna，用所述一对引物序列在棉花发育早期对此单体型进行筛选，进而预测棉花株高的差异。

8、进一步的，根据引物序列扩出片段的大小，通过全基因组筛选单体型，在不分析片段长度的条件下，可快速、规模化筛选或检测单体型。

9、本发明具有的优点是：本发明通过筛选出与陆地棉株型相关的单体型，将该单体型应用于棉花株型的辅助选择，可以尽快的提高我国棉花品种株型的利用；本发明提供的与陆地棉株型相关的单体型可以用于棉花株型的早期预测和筛选，还可以用于陆地棉株型的分子标记辅助选择育种，其直接以dna的形式表现，在棉花的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题，表现为中性（标记表现为不受环境影响，不受发育时期以及不受表达等的影响就称为中性标记）。

技术特征：

1.一种与陆地棉株高相关的单体型，其特征在于：该单体型位于陆地棉a01号染色体上3.762-3.776mb的区间，其中单体型区间中存在一个1133bp的插入缺失。

2.一种检测与陆地棉株高相关的单体型分子标记的方法，其特征在于，包括以下步骤：

3.一种与陆地棉株高相关的单体型的应用，其特征在于：采用权利要求2中所述的引物序列，利用棉花不同组织部位的基因组dna，用所述一对引物序列在棉花发育早期对此单体型进行筛选，进而预测棉花株高的差异。

4.如权利要求3所述的与陆地棉株高相关的单体型的应用，其特征在于：根据引物序列扩出片段的大小，通过全基因组筛选单体型，在不分析片段长度的条件下，可快速、规模化筛选或检测单体型。

技术总结
本发明公开了一种与陆地棉株高相关的单体型及其应用，属于植物学领域。此单体型导致株高出现多态性，本发明提供的与陆地棉花株高关联的单体型分子标记可以用于棉花株高性状的早期预测和筛选，还可以用于棉花株高分子标记辅助育种，本方法主要通过直接检测DNA，在棉花的各个组织、各个发育阶段均可应用，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题。同时本研究发现插入缺失变异强关联以及基因编辑验证等证明关键变异控制棉花株高，在棉花植株株型调控中发挥重要的作用，为棉花株型研究提供理论基础，有效拓宽棉花育种基因资源，为棉花育种提供优质的种质资源。

技术研发人员：陈保军,田再垄,何守朴,杜雄明,潘兆娥,贾银华,李洪戈,耿晓丽,彭振,胡道武,王立如,庞保印
受保护的技术使用者：中国农业科学院棉花研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15