分析山羊有无角性状的分子标记组合及应用

本发明涉及生物，具体涉及生物检测，更具体的涉及山羊有无角snp位点组合及其应用。

背景技术：

1、物种在经历自然环境选择或人工选育的过程中，会逐渐形成独有的外貌形态和体型特征。据统计，目前我国现有山羊品种69个，其中地方品种58个。而山羊的角形态具有遗传多态性(有角或无角，存在遗传变异),确定角性状的遗传基础将为理解自然选择中不同形态的维持提供重要的理论基础。而且，山羊角作为山羊重要性状之一，还因其具有清热、镇惊、明目、解毒作用的药用价值。同时，角作为有蹄类动物的防卫武器，是头部表皮及真皮特化形成的产物。山羊大多无角，少部分品种有角。一般认为无角对有角为显性。角对野生动物非常重要，但在现代密集饲养条件下，角易对家畜造成撞伤，从而影响家畜的胴体、毛皮质量，且容易发生感染。从饲料转化率来讲，角也需要很多的营养物质转化而成。因此无角动物不仅便于管理而且更具经济价值，深受人们喜爱。随着目前高通量测序技术的飞速发展与完善，为从全基因组层面筛选经济性状候选基因成为可能。在品种筛选、品种溯源及种质资源的保护、开发利用也具有重要意义。

2、针对于目前品种多样且性状多变的山羊，如何快速筛选出有角或无角的山羊品种，分辨山羊角类型成为急需解决的问题，因此，设计一款适用于中国山羊群体且能对有无角性状进行快速有效检测的snp芯片，有着十分重要的意义。

技术实现思路

1、为满足我国当前山羊品种研究以及农业生产上对山羊有无角性状检测的需求，本发明提供了一种分析山羊有无角性状的分子探针组合、基因芯片、试剂盒及应用，利用本发明提供的位点信息，能够快速准确的实现山羊有无角评价、品种筛选、品种鉴定、品种溯源、山羊育种，有利于种质资源保护以及种质资源改良，耗时短、成本低、市场效益广阔。

2、为实现本发明的技术目的，本发明提供以下技术方案：

3、第一方面，本发明提供一种1720个snp位点组合在分析山羊有无角的应用，所述1720个snp位点组合的物理位置如表1所示：

4、表1 1720个位点组合的位置信息

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19、其物理位置基于山羊参考基因组ars1基因组序列比对确定。

20、第二方面提供一种分析山羊有无角的方法，将待测山羊的基因组dna的1720个snp位点基因型与对照山羊基因组dna的所述1720个snp位点基因型进行比较；

21、其中，所述1720个snp位点为表1所述的1720个snp位点。

22、第三方面提供一种分析山羊有无角的分子探针组合，所述分子探针组合检测待测样品中如表1所示的snp位点组合，所述表1中的位点组合的物理位置信息基于山羊参考基因组ars1基因组序列比对确定。

23、第四方面、分析山羊有无角的基因芯片，所述基因芯片负载有第三方面所述的分子探针组合。

24、第五方面、分析山羊有无角的试剂盒，其具有第三方面所述的分子探针组合或第四方面所述的基因芯片。

25、第六方面、分析山羊有无角的方法，应用第三方面所述的分子探针组合或第四方面所述的基因芯片或第五方面所述的试剂盒对待测样品进行检测。

26、第七方面、第三方面所述的分子探针组合或第四方面所述的基因芯片或第五方面所述的试剂盒具有如下任一所述的用途：

27、（1）在山羊有无角评价中的应用；

28、（2）在山羊有无角品种筛选的应用；

29、（3）在山羊有无角品种鉴定中的应用；

30、（4）在山羊有无角品种溯源中的应用；

31、（5）在山羊育种中的应用；

32、（6）在种质资源保护中的应用；

33、（7）在种质资源改良中的应用；

34、（8）在山羊系谱重构中的应用。

35、有益效果：

36、1、本发明基于对国内外众多山羊的遗传资源研究，提供一种仅由1720个snp位点组成的分析山羊有无角的snp位点组合，本发明提供的snp位点组合不仅具有国内外通用性好，还能快速从基因水平上对早期不能显现的山羊有无角性状进行评价，获取更准确的育种评估信息，控制育种进程，利用上述位点组合还能对山羊品种进行筛选、鉴定和溯源，为种质资源保护和种质资源的改良提供技术支持。

37、2、本发明提供的分析山羊有无角的探针组合、基因芯片、试剂盒还具有通量小、成本低，分析更容易的特点，普适性广，市场前景广阔。

技术特征：

1.1720个snp位点组合在分析山羊有无角的应用，所述1720个snp位点组合的物理位置如下表所示：

2.分析山羊有无角的方法，将待测山羊的基因组dna的1720个snp位点基因型与对照山羊基因组dna的所述1720个snp位点基因型进行比较；

3.分析山羊有无角的分子探针组合，所述分子探针组合检测待测样品中如表1所示的snp位点组合，所述表1中的位点组合的物理位置信息基于山羊参考基因组ars1基因组序列比对确定。

4.分析山羊有无角的基因芯片，所述基因芯片负载有权利要求3所述的分子探针组合。

5.分析山羊有无角的试剂盒，其具有权利要求3所述的分子探针组合或权利要求4所述的基因芯片。

6.分析山羊有无角的方法，应用权利要求3所述的分子探针组合或权利要求4所述的基因芯片或权利要求5所述的试剂盒对待测样品进行检测。

7.权利要求3所述的分子探针组合或权利要求4所述的基因芯片或权利要求5所述的试剂盒具有如下用途：

技术总结
本发明公开一种分析山羊有无角性状的分子标记组合及其应用，涉及生物技术领域，本发明提供了能够分析山羊有无角性状特征的1720个分子标记，其物理位置信息基于山羊参考基因组ARS1的基因组序列比对确定，利用1720个SNP分子标记制成的分子探针组合、基因芯片、试剂盒能够对山羊个体进行遗传评估，对早期难以度量的山羊有无角性状进行个体选择，缩短世代间隔，加速育种进程，从而节约大量的育种成本。

技术研发人员：吕锋骅,李孟华,景佳男
受保护的技术使用者：中国农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/16