一种鉴定乌鬃鹅品种的SNP位点组合及鉴定方法和应用与流程

本发明涉及生物，特别是涉及一种鉴定乌鬃鹅品种的snp位点组合及鉴定方法和应用。

背景技术：

1、乌鬃鹅是广东省地方品种，属小型鹅种，肉嫩味美、瘦肉率高，含丰富粗蛋白、不饱和脂肪酸且胆固醇含量低，开发利用前景较大。目前市场上有较多的假冒乌鬃鹅以及乌鬃鹅与其他品种的杂交个体冒充销售，对乌鬃鹅纯种个体市场造成了一定的冲击，严重影响了乌鬃鹅品牌。因此提供一种能有效准确鉴定乌鬃鹅品种的产品及方法是十分必要的。

2、目前市场上鉴别乌鬃鹅的方法主要依靠外观观察。这种观察主观性较强，鉴定错误率较高，尤其在鉴定乌鬃鹅与其他品种鹅杂种后代时，容易导致不正确的分类与鉴定。而且地方品种鹅刚出雏时较为相似，鉴定错误率也较高。

3、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性，具有位点丰富、分布广泛、遗传稳定性高、具有代表性、检测便捷快速等特点。snp标记，利用个体基因组dna中特有的品种差异性较大的snp位点，通过不同位点组合的基因型进行品种鉴定，鉴定结果更加客观、准确。鉴于此，科研和实践中均急需开发一种能有效准确鉴定乌鬃鹅品种的产品及方法，应用于乌鬃鹅品种鉴定工作。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种鉴定乌鬃鹅品种的snp位点组合及鉴定方法和应用，以解决上述现有技术存在的问题，本发明通过提供的乌鬃鹅15个鉴定特异性snp位点联合基因型判断待测个体为乌鬃鹅的概率，准确有效鉴定乌鬃鹅，可打击市场假冒乌鬃鹅的泛滥程度，且为乌鬃鹅遗传资源保护和合理利用提供科学依据。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供一种鉴定乌鬃鹅品种的snp位点组合，包括下表所示的snp位点：

4、

5、

6、本发明还提供一种鉴定乌鬃鹅品种的分子标记组合，所述分子标记组合包括核苷酸序列分别如seq id no.1-15所示的分子标记：

7、seq id no.1所示分子标记的206bp处碱基存在突变位点wz1p，为c/t突变；

8、seq id no.2所示分子标记的275bp处碱基存在突变位点wz2p，为a/g突变；

9、seq id no.3所示分子标记的169bp处碱基存在突变位点wz3p，为t/c突变；

10、seq id no.4所示分子标记的170bp处碱基存在突变位点wz4p，为c/t突变；

11、seq id no.5所示分子标记的274bp处碱基存在突变位点wz5p，为a/g突变；

12、seq id no.6所示分子标记的113bp处碱基存在突变位点wz6p，为a/g突变；

13、seq id no.7所示分子标记的261bp处碱基存在突变位点wz7p，为c/t突变；

14、seq id no.8所示分子标记的210bp处碱基存在突变位点wz8p，为c/t突变；

15、seq id no.9所示分子标记的243bp处碱基存在突变位点wz9p，为c/t突变；

16、seq id no.10所示分子标记的253bp处碱基存在突变位点wz10p，为t/c突变；

17、seq id no.11所示分子标记的117bp处碱基存在突变位点wz11p，为t/c突变；

18、seq id no.12所示分子标记的131bp处碱基存在突变位点wz12p，为c/a突变；

19、seq id no.13所示分子标记的216bp处碱基存在突变位点wz13p，为c/t突变；

20、seq id no.14所示分子标记的200bp处碱基存在突变位点wz14p，为a/g突变；

21、seq id no.15所示分子标记的189bp处碱基存在突变位点wz15p，为a/g突变。

22、进一步地，所述wz1p的基因型为cc、ct或tt；wz2p的基因型为aa、ag或gg；wz3p的基因型为tt、tc或cc；wz4p的基因型为cc、ct或tt；wz5p的基因型为aa、ag或gg；wz6p的基因型为aa、ag或gg；wz7p的基因型为cc、ct或tt；wz8p的基因型为cc、ct或tt；wz9p的基因型为cc、ct或tt；wz10p的基因型为tt、tc或cc；wz11p的基因型为tt、tc或cc；wz12p的基因型为cc、ca或aa；wz13p的基因型为cc、ct或tt；wz14p的基因型为aa、ag或gg；wz15p的基因型为aa、ag或gg。

23、本发明还提供一种鉴定乌鬃鹅品种的引物对组合，所述引物对包括如下表所示的引物对：

24、

25、本发明还提供一种所述的snp位点组合、所述的分子标记组合或所述的引物对组合在鉴定乌鬃鹅品种中的应用。

26、本发明还提供一种所述的引物对组合在制备乌鬃鹅品种鉴定试剂盒中的应用。

27、本发明还提供一种鉴定乌鬃鹅品种的试剂或试剂盒，包含所述的引物对组合。

28、本发明还提供一种鉴定乌鬃鹅品种的方法，包括以下步骤：

29、以待测鹅基因组dna为模板，利用所述的引物对组合进行pcr扩增，获得含有所述snp位点组合的基因片段组合；

30、对所述基因片段组合进行测序，判断出所述snp位点组合中各snp位点的基因型；

31、根据判断出的基因型结果，鉴定待测鹅是否为乌鬃鹅品种。

32、进一步地，以下列公式计算待测鹅是否为乌鬃鹅品种的概率：

33、

34、其中，pi表示snp组合中第i个snp中乌鬃鹅品种对应基因型的频率，qi表示snp组合中第i个snp中其他鹅品种对应基因型的频率；

35、所述pi和qi的频率值根据下表得出：

36、

37、

38、当所述概率的得分大于或等于0.95时，判断待测鹅为乌鬃鹅品种。

39、更进一步地，以下列公式计算待测鹅为非乌鬃鹅品种的概率：

40、

41、当所述概率的得分大于或等于0.95时，判断待测鹅为非乌鬃鹅品种。

42、进一步地，所述pcr扩增的反应程序为：94℃预变性1min；94℃变性30s、55℃退火30s、72℃延伸30s，共35个循环；最后72℃后延伸5min。

43、本发明公开了以下技术效果：

44、本发明提供乌鬃鹅15个鉴定特异性snp位点，结合现有特异性snp位点的检测方法和贝叶斯定理，通过15个snp联合基因型判断待测个体为乌鬃鹅的概率，以此鉴定乌鬃鹅。这种鉴定方法操作简便，准确性高，可以有效打击市场假冒乌鬃鹅的泛滥程度，且为乌鬃鹅遗传资源保护和合理利用提供科学依据。

技术特征：

1.一种鉴定乌鬃鹅品种的snp位点组合，其特征在于，包括下表所示的snp位点：

2.一种鉴定乌鬃鹅品种的分子标记组合，其特征在于，所述分子标记组合包括核苷酸序列分别如seq id no.1-15所示的分子标记：

3.根据权利要求2所述的分子标记组合，其特征在于，所述wz1p的基因型为cc、ct或tt；wz2p的基因型为aa、ag或gg；wz3p的基因型为tt、tc或cc；wz4p的基因型为cc、ct或tt；wz5p的基因型为aa、ag或gg；wz6p的基因型为aa、ag或gg；wz7p的基因型为cc、ct或tt；wz8p的基因型为cc、ct或tt；wz9p的基因型为cc、ct或tt；wz10p的基因型为tt、tc或cc；wz11p的基因型为tt、tc或cc；wz12p的基因型为cc、ca或aa；wz13p的基因型为cc、ct或tt；wz14p的基因型为aa、ag或gg；wz15p的基因型为aa、ag或gg。

4.一种鉴定乌鬃鹅品种的引物对组合，其特征在于，所述引物对包括如下表所示的引物对：

5.一种如权利要求1所述的snp位点组合、权利要求2所述的分子标记组合或权利要求4所述的引物对组合在鉴定乌鬃鹅品种中的应用。

6.一种如权利要求4所述的引物对组合在制备乌鬃鹅品种鉴定试剂盒中的应用。

7.一种鉴定乌鬃鹅品种的试剂或试剂盒，其特征在于，包含权利要求4所述的引物对组合。

8.一种鉴定乌鬃鹅品种的方法，其特征在于，包括以下步骤：

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，以下列公式计算待测鹅是否为乌鬃鹅品种的概率：

10.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增的反应程序为：94℃预变性1min；94℃变性30s、55℃退火30s、72℃延伸30s，共35个循环；最后72℃后延伸5min。

技术总结
本发明公开了一种鉴定乌鬃鹅品种的SNP位点组合及鉴定方法和应用，属于生物技术领域，该SNP位点组合包括WZ1P、WZ2P、WZ3P、WZ4P、WZ5P、WZ6P、WZ7P、WZ8P、WZ9P、WZ10P、WZ11P、WZ12P、WZ13P、WZ14P和WZ15P；本发明还公开一种鉴定乌鬃鹅品种的分子标记组合，包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1‑15所示的分子标记。本发明提供乌鬃鹅15个鉴定特异性SNP位点，结合现有特异性SNP位点的检测方法和贝叶斯定理，通过15个SNP联合基因型判断待测个体为乌鬃鹅的概率，以此鉴定乌鬃鹅；该方法操作简便，准确性高，能有效打击市场假冒乌鬃鹅的泛滥程度。

技术研发人员：刘宏祥,陶志云,宋卫涛,朱春红,章双杰,李慧芳,徐文娟,王志成
受保护的技术使用者：江苏省家禽科学研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/2/25