一种用于检测番茄可溶性固形物含量的KASP标记及应用

本发明涉及应用分子生物学的，具体涉及一种用于检测番茄可溶性固形物含量的kasp标记及应用。

背景技术：

1、加工番茄是生产番茄酱的主要原料，其中可溶性固形物含量指标是衡量加工番茄品质的重要指标之一。根据生产数据统计，加工番茄的可溶性固形物含量提高1％，每生产1吨浓度为28％的番茄酱可节约原料20％。因此，开发检测可溶性固形物含量的有效分子标记，高效辅助选育具有高可溶性固形物的加工番茄新品种是育种的迫切要求。

2、目前国内外育种单位已经挖掘了一些高可溶性固形物的番茄种质资源和分子标记。徐明磊等将两个rflp标记tg161、tg237转化为caps标记；杨学东等开发了可溶性固形物的dcaps分子标记br1；张余洋等发现与slstp1基因的表达量相关的分子标记。但是由于cpas、dcaps等需要酶切流程繁琐，在选育可溶性固形物方面并未得到有效利用。

3、此外，一些与番茄可溶性固形物或糖含量相关的基因也已被克隆，主要包括lin5(brix9-2-5)、surc、agpl1、sl-akr9等。其中，brix9-2-5是控制番茄果实可溶性固形物含量的重要qtl位点，应用最早且效果好。该位点编码胞外转化酶lin5，能够将蔗糖水解为葡萄糖和果糖。tieman等利用398份番茄种质通过gwas分析鉴定到lin5上的1个错义突变与可溶性固形物含量相关，但并未见可用于育种的分子标记；并且该群体除部分醋栗番茄、樱桃番茄种质外，主要是鲜食番茄类型，限制了lin5基因在加工番茄中的进一步应用。

4、因此，针对加工番茄群体的lin5基因变异进行研究，开发特异性高、代表性强、精准高效的变异检测技术方法，对加工番茄高品质新品种培育具有重要理论和实践意义。

技术实现思路

1、为了解决以上技术问题，本发明的目的在于提供一种用于检测番茄可溶性固形物含量的kasp标记及应用，为番茄可溶性固形物lin5基因的育种应用提供一种新选择。

2、本发明所采用的技术方案如下：

3、根据本申请的一个方面，本发明提供了一种用于检测加工番茄可溶性固形物含量的kasp标记，所述kasp标记包括kasp-1，所述kasp-1的snp的位点位于番茄sl4.0ch09染色体的第3508313位碱基，分子标记多态性为c/t。

4、本发明还提供了一种用于检测加工番茄可溶性固形物含量的kasp标记，所述kasp标记还包括kasp-2，所述kasp-2的snp的位点位于番茄sl4.0ch09染色体的第3510703位碱基，分子标记多态性为c/g。

5、本发明还提供了一种用于检测加工番茄可溶性固形物含量的kasp标记，所述kasp标记包括kasp-1和kasp-2，所述kasp-1的snp的位点位于番茄sl4.0ch09染色体的第3508313位碱基，分子标记多态性为c/t，所述kasp-2的snp的位点位于番茄sl4.0ch09染色体的第3510703位碱基，分子标记多态性为c/g。

6、本发明还提供了一种用于上述的检测加工番茄可溶性固形物含量的kasp标记的引物，所述kasp-1的引物包括如seq id no.1所示的正向引物1、如seq id no.2所示的正向引物2，和如seq id no.3所示的共用反向引物1；

7、所述kasp-2的引物包括如seq id no.4所示的正向引物3、如seq id no.5所示的正向引物4，和如seq id no.6所示的共用反向引物2。

8、本发明还提供了一种利用所述的引物检测加工番茄可溶性固形物含量的方法，该方法包括以下步骤：

9、1)提取待测加工番茄基因组dna；

10、2)以待测加工番茄基因组dna为模板，利用权利要求4所述的引物组合进行kasp反应检测；

11、3)根据kasp产物荧光信号的差异，鉴别出待测加工番茄的基因型。

12、本发明还提供了所述的kasp标记或所述的引物在鉴定加工番茄lin5基因可溶性固形物单倍型中的应用。

13、具体的，鉴定的加工番茄单倍型包括cc、cg和tg，单倍型tg的可溶性固形物含量大于单倍型cc和cg。

14、本发明还提供了所述的kasp标记在检测检测加工番茄可溶性固形物含量的试剂盒中的应用。

15、本发明还提供了所述的kasp分子标记、所述的引物或所述的试剂盒在检测加工番茄可溶性固形物含量中的应用。

16、本发明还提供了所述的kasp分子标记、所述的引物或所述的试剂盒在加工番茄育种中的应用。

17、本发明的有益效果包括但不限于：

18、本发明提供的kasp标记可实现可溶性固形物lin5基因单倍型的精准、快速、高通量检测，可应用于番茄商业化育种及高品质遗传改良应用研究，为提高番茄可溶性固形物含量的育种应用提供一种新选择。

技术特征：

1.一种用于检测加工番茄可溶性固形物含量的kasp标记，其特征在于，所述kasp标记包括kasp-1，所述kasp-1的snp的位点位于番茄sl4.0ch09染色体的第3508313位碱基，分子标记多态性为c/t。

2.一种用于检测加工番茄可溶性固形物含量的kasp标记，其特征在于，所述kasp标记包括kasp-2，所述kasp-2的snp的位点位于番茄sl4.0ch09染色体的第3510703位碱基，分子标记多态性为c/g。

3.一种用于检测加工番茄可溶性固形物含量的kasp标记，其特征在于，所述kasp标记包括kasp-1和kasp-2，所述kasp-1的snp的位点位于番茄sl4.0ch09染色体的第3508313位碱基，分子标记多态性为c/t，所述kasp-2的snp的位点位于番茄sl4.0ch09染色体的第3510703位碱基，分子标记多态性为c/g。

4.一种用于权利要求1-3任一项所述的检测加工番茄可溶性固形物含量的kasp标记的引物，其特征在于，所述kasp-1的引物包括如seq id no.1所示的正向引物1、如seq idno.2所示的正向引物2，和如seq id no.3所示的共用反向引物1；

5.利用如权利要求4所述的引物检测加工番茄可溶性固形物含量的方法，其特征在于，包括以下步骤：

6.权利要求1-3任一项所述的kasp标记或权利要求4所述的引物在鉴定加工番茄lin5基因可溶性固形物单倍型中的应用。

7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，鉴定的加工番茄单倍型包括cc、cg和tg，单倍型tg的可溶性固形物含量大于单倍型cc和cg。

8.权利要求1-3任一项所述的kasp标记在检测加工番茄可溶性固形物含量的试剂盒中的应用。

9.包含权利要求1-3任一项所述的kasp分子标记、权利要求4所述的引物或权利要求8所述的试剂盒在检测加工番茄可溶性固形物含量中的应用。

10.权利要求1-3任一项所述的kasp分子标记、权利要求4所述的引物或权利要求8所述的试剂盒在加工番茄育种中的应用。

技术总结
本发明提供了一种检测加工番茄可溶性固形物含量的KASP标记及应用，所述KASP标记包括KASP‑1和KASP‑2，所述KASP‑1的SNP的位点位于番茄SL4.0ch09染色体的第3508313位碱基，分子标记多态性为C/T，所述KASP‑2的SNP的位点位于番茄SL4.0ch09染色体的第3510703位碱基，分子标记多态性为C/G。本发明提供的KASP标记可实现LIN5基因可溶性固形物单倍型的精准、快速、高通量检测，可应用于番茄商业化育种及高品质遗传改良应用研究，为提高番茄可溶性固形物含量的育种应用提供一种新选择。

技术研发人员：李鑫,李君明,刘磊,杜永臣,王孝宣,黄泽军,国艳梅
受保护的技术使用者：中国农业科学院蔬菜花卉研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/2/29