一种鉴定早熟陆地棉产量性状SNP位点、分子标记、引物对及其应用

本发明涉及分子遗传育种领域，特别是涉及一种鉴定早熟陆地棉产量性状snp位点、分子标记、引物对及其应用。

背景技术：

1、

2、关联分析是一种以连锁不平衡为基础，鉴定自然群体目标性状与遗传标记或候选基因关系的分析方法。此方法无需构建作图群体，应用品种资源群体即可检测更多的等位基因，同时还可以考察多个性状大多数qtl的关联位点及其等位变异，是一种剖析复杂数量性状很有前途的手段。全基因组扫描的关联分析技术是现代数量性状基因定位及作图的一种有效方法，在作物重要性状的基因定位与克隆、优异基因资源的挖掘等研究中已得到广泛应用。

3、单核甘酸多态性是指在基因组水平上由单个核苷酸变异所引起的dna序列的多态性。dna分子单个核苷酸的变异有碱基替换、插入和缺失等形式，而snp不包括碱基的插入和缺失。根据变异发生区域的不同，snp在基因组内可以划分为2种形式：第一是位于基因组序列中的大量单核苷酸变异；第二是位于基因编码区的功能性单核苷酸变异。后者由于分布在基因编码区，故又被称为csnp(coding snp)。随着技术的发展，snp检测方法越来越多，检测费用也越来越经济，使它成为继ssr之后的新一代分子标记。

4、高产、稳产且品质优良的棉花品种培育是所有育种家们共同的期望，优良品种不仅能满足棉区生产需求，还能提升棉农棉花生产的积极性。因此，挖掘控制陆地棉早熟性状的优良等位变异，并且开发相应等位变异的功能标记对育种过程中跟踪选择具有早熟性状的陆地棉品种具有重要的意义。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种鉴定早熟陆地棉产量性状snp位点、分子标记、引物对及其应用，以解决上述现有技术存在的问题。本发明所述snp位点能够有效筛选和鉴定早熟陆地棉产量性状，提高高产早熟陆地棉的选育效率。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供了snp位点在鉴定早熟陆地棉产量性状中的应用，所述snp位点包括ghid12051910599snv；所述ghia01070451744snv位于如seq id no.1所示核苷酸序列的第30位，且多态性为a/g。

4、优选的，所述产量性状包括籽棉产量。

5、本发明提供了与早熟陆地棉产量性状相关的分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，且该核苷酸序列第30位有一个a/g碱基突变。

6、优选的，所述产量性状包括籽棉产量。

7、本发明提供了用于检测上述的分子标记的kasp引物组，所述kasp引物组包括核苷酸序列如seq id no.2所示的上游引物、核苷酸序列如seq id no.3所示的上游引物和核苷酸序列如seq id no.4所示的下游引物。

8、本发明提供了一种上述的分子标记的检测试剂或检测试剂盒，包含上述的kasp引物组。

9、本发明提供了上述的分子标记、上述的kasp引物组或上述的检测试剂或检测试剂盒在如下一项或几项中的应用：

10、(1)在鉴定早熟陆地棉产量性状中的应用；

11、(2)在筛选或预测高产量的早熟陆地棉品种中的应用；

12、(3)在筛选或预测高产量的改良早熟陆地棉种质资源中的应用；

13、(4)在筛选或预测高产量的早熟陆地棉育种中的应用；

14、优选的，所述产量包括籽棉产量。

15、本发明提供了一种鉴定早熟陆地棉产量高低的的方法，包括：

16、以待测早熟陆地棉样品基因组为模板，利用上述的kasp引物组对模板进行pcr扩增，根据扩增结果进行基因型分型；

17、若基因分型结果为gg，则判定待测早熟陆地棉产量低；若基因分型结果为aa，则判定待测早熟陆地棉产量高。

18、优选的，所述产量包括籽棉产量。

19、本发明公开了以下技术效果：

20、利用本发明所述snp位点或分子标记，能将高产早熟陆地棉品种和低产早熟陆地棉品种区分开，尤其是籽棉产量。该snp位点或分子标记能够用于建立早熟陆地棉产量性状的辅助选择育种体系，加速高产早熟陆地棉的育种进程。该snp位点或分子标记能够通过基因型来准确和高效的筛选出高产的早熟陆地棉品种。

21、而且，本发明提供的snp位点或分子标记应用于筛选和鉴定早熟陆地棉产量性状时，具有准确度高、效率高和成本低的优势，极大推动了高产早熟陆地棉的育种进程。

技术特征：

1.snp位点在鉴定早熟陆地棉产量性状中的应用，其特征在于，所述snp位点包括ghid12051910599snv；所述ghia01070451744snv位于如seq id no.1所示核苷酸序列的第30位，且多态性为a/g。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产量性状包括籽棉产量。

3.与早熟陆地棉产量性状相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，且该核苷酸序列第30位有一个a/g碱基突变。

4.根据权利要求3所述的分子标记，其特征在于，所述产量性状包括籽棉产量。

5.用于检测权利要求3或4所述的分子标记的kasp引物组，其特征在于，所述kasp引物组包括核苷酸序列如seq id no.2所示的上游引物、核苷酸序列如seq id no.3所示的上游引物和核苷酸序列如seq id no.4所示的下游引物。

6.一种权利要求3或4所述的分子标记的检测试剂或检测试剂盒，其特征在于，包含权利要求5所述的kasp引物组。

7.权利要求3或4所述的分子标记、权利要求5所述的kasp引物组或权利要求6所述的检测试剂或检测试剂盒在如下一项或几项中的应用：

8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述产量包括籽棉产量。

9.一种鉴定早熟陆地棉产量高低的的方法，其特征在于，包括：

10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述产量包括籽棉产量。

技术总结
本发明涉及分子遗传育种领域，特别是涉及一种鉴定早熟陆地棉产量性状SNP位点、分子标记、引物对及其应用。利用本发明所述SNP位点或分子标记，能将高产早熟陆地棉品种和低产早熟陆地棉品种区分开。该SNP位点或分子标记能够用于建立早熟陆地棉早熟性状的辅助选择育种体系，加速高产早熟陆地棉的育种进程。该SNP位点或分子标记能够通过基因型来准确和高效的筛选出高产的早熟陆地棉品种。而且，本发明提供的SNP位点或分子标记应用于筛选和鉴定早熟陆地棉产量性状时，具有准确度高、效率高和成本低的优势，极大推动了高产早熟陆地棉的育种进程。

技术研发人员：刘丽,司爱君,王旭文,余渝,孔宪辉,赵福相,乔金鑫,韩万里
受保护的技术使用者：新疆农垦科学院
技术研发日：
技术公布日：2024/6/5