一种利用SSRs对食蟹猴进行亲子鉴定的方法

本发明属于分子生物，更具体地，涉及一种利用ssrs对食蟹猴进行亲子鉴定的方法。

背景技术：

1、微卫星标记(microsatellite)，又称为短串联重复序列(simple tandemrepeats，strs)或简单重复序列(simple sequence repeats，ssrs)，是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由2～6个核苷酸的串联重复片段构成。微卫星标记应用广泛，通常通过对pcr扩增的扩增产物进行电泳分析，并根据大小等位基因进行检测，高度多态的微卫星还可以用来进行个体识别。

2、食蟹猴又称长尾猕猴或食蟹猕猴，是一种原产于热带南亚和东南亚的物种。食蟹猴可以通过人工喂养以及训练，获得与人类行为同源的社会行为。也正是由于食蟹猴表现出与人类相近的特征，它被用作生物学研究中的重要生物模型，例如药物安全性评价。临床的研究往往需要多种实验动物相互验证，而食蟹猴适中的体型、与人类相似的解剖学结构和生理特性，在科研和临床研究中发挥着极其重要的作用。在这种形式下，食蟹猴在科研和药物研究中的需求量增大，想要获得遗传背景清晰的实验动物食蟹猴，亲缘鉴定不可或缺，在基因编辑猴的研究中尤为重要。因此，亲缘鉴定和种群多态性的研究也得到了相应的发展。

3、现有技术缺乏针对食蟹后的亲子鉴定的有效方法。

技术实现思路

1、为了克服现有技术的不足，本发明的目的在于提供一种基于微卫星标记的引物组。

2、本发明的第二个目的是提供上述引物组在食蟹猴亲子鉴定中的应用。

3、本发明的目的通过以下技术方案实现：

4、一种基于微卫星标记的引物组在制备食蟹猴亲子鉴定的试剂盒中的应用，其特征在于，所述引物组为以下位点的16对微卫星标记引物：

5、位点3：

6、sa0523_3_f的引物序列如seq id no：1所示，sa0524_3_r的引物序列如seq idno：2所示；

7、位点5：

8、sa0525_5_f的引物序列如seq id no：3所示，sa0526_5_r的引物序列如seq idno：4所示；

9、位点9：

10、sa0527_9_f的引物序列如seq id no：5所示，sa0528_9_r的引物序列如seq idno：6所示；

11、位点10：

12、sa0529_10_f的引物序列如seq id no：7所示，sa0530_10_r的引物序列如seq idno：8所示；

13、位点16：

14、sa0531_16_f的引物序列如seq id no：9所示，sa0532_16_r的引物序列如seq idno：10所示；

15、位点31：

16、sa0533_31_f的引物序列如seq id no：11所示，sa0534_31_r的引物序列如seq idno：12所示；

17、位点35：

18、sa0535_35_f的引物序列如seq id no：13所示，sa0536_35_r的引物序列如seq idno：14所示；

19、位点40：

20、sa0537_40_f的引物序列如seq id no：15所示，sa0538_40_r的引物序列如seq idno：16所示；

21、位点44：

22、sa0539_44_f的引物序列如seq id no：17所示，sa0540_44_r的引物序列如seq idno：18所示；

23、位点48：

24、sa0541_48_f的引物序列如seq id no：19所示，sa0542_48_r的引物序列如seq idno：20所示；

25、位点9-4：

26、sa0553_9-4_f的引物序列如seq id no：21所示，sa0554_9-4_r的引物序列如seqid no：22所示；

27、位点11：

28、sa0543_11_f的引物序列如seq id no：23所示，sa0544_11_r的引物序列如seq idno：24所示；

29、位点12-4：

30、sa0545_12-4_f的引物序列如seq id no：25所示，sa0546_12-4_r的引物序列如seq id no：26所示；

31、位点21：

32、sa0547_21_f的引物序列如seq id no：27所示，sa0548_21_r的引物序列如seq idno：28所示；

33、位点36：

34、sa0549_36_f的引物序列如seq id no：29所示，sa0550_36_r的引物序列如seq idno：30所示；

35、位点61：

36、sa0551_61_f的引物序列如seq id no：31所示，sa0552_61_r的引物序列如seq idno：32所示。

37、本发明还提供基于微卫星标记的食蟹猴亲子鉴定方法，包括以下步骤：

38、s1、采集待测食蟹猴亲本和子代的基因组dna；

39、s2、合成权利要求1所述的16对微卫星标记引物；

40、s3、分别取s1获得的基因组dna和s3合成的微卫星标记引物进行多重pcr；

41、s4、对s3的多重pcr产物进行毛细管电泳基因分型；

42、s5、亲子关系判定原则：子代猴在未知任何一方亲本的情况下，与疑似亲本ssr位点进行匹配，统计匹配结果，16个位点均匹配成功则鉴定为该子代猴的亲本，否则，不是该子代猴的亲本。

43、优选地，上述方法中，s3所述多重pcr的反应体系为：全基因组dna 50～100ng、上游引物2μl、下游引物2μl、2×hiefftm pcr master mix 25μl，余量补充ddh2o，反应体系总体积为50μl。

44、优选地，上述方法中，s3所述多重pcr的反应程序为：

45、预变性：94℃，5min，1个循环；

46、变形94℃，30s；退火50～60℃，30s；延伸72℃，30s；共35个循环；

47、终延伸：72℃，10min，1个循环。

48、与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

49、本发明利用ssr位点，通过pcr扩增产物来对食蟹猴亲子进行鉴定。通过pcr扩增和电泳结果分析，简便易行，整个反应对实验室条件要求低，只需要有常规的pcr扩增实验室、琼脂糖电泳和凝胶分析仪。可以实现广泛应用。

技术特征：

1.一种基于微卫星标记的引物组在制备食蟹猴亲子鉴定的试剂盒中的应用，其特征在于，所述引物组为以下位点的16对微卫星标记引物：

2.基于微卫星标记的食蟹猴亲子鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，s3所述多重pcr的反应体系为：全基因组dna 50～100ng、上游引物2μl、下游引物2μl、2×hiefftm pcr master mix 25μl，余量补充ddh2o，反应体系总体积为50μl。

4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，s3所述多重pcr的反应程序为：

技术总结
本发明属于分子生物技术领域，公开了一种利用SSRs对食蟹猴进行亲子鉴定的方法。本发明利用SSR位点，通过PCR扩增产物来对食蟹猴亲子进行鉴定。通过PCR扩增和电泳结果分析，简便易行，整个反应对实验室条件要求低，只需要有常规的PCR扩增实验室、琼脂糖电泳和凝胶分析仪。可以实现广泛应用。

技术研发人员：杨世华,李康丽,孟伟
受保护的技术使用者：华南农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/9/9