一种中国南瓜SNP分子标记组合、SNP芯片及其应用的制作方法

本发明属于生物，具体涉及一种中国南瓜snp分子标记组合、snp芯片及其应用。

背景技术：

1、南瓜(cucurbita moschata)是一种重要瓜类蔬菜，育种基础研究远落后于葫芦科其他主要瓜类蔬菜，面临品质、产量、抗性不稳定等问题。利用分子育种等现代生物学手段培育优质、高产的中国南瓜新品种，对于提升南瓜育种技术水平及加快南瓜优异新品种的培育具有重要意义。

2、目前中国南瓜的分子研究主要采用简单重复序列(simple sequence repeat，ssr)标记、简单重复序列区间(inter-simple sequence repeat，issr)标记、扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism，aflp)标记、随机扩增多态性标记(random amplified polymorphism dna，rapd)标记等分子标记技术。ssr通量低，研发成本高，不适用于大规模的商业鉴定；rapd标记为显性标记，不能区分显性纯合和杂合基因型，结果的重复性较差；issr、aflp等标记技术虽然简单实用，但结果不稳定，重复性差。因此，提供一种用于中国南瓜育种的分子标记检测方法非常重要。

技术实现思路

1、本发明旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种中国南瓜snp分子标记组合。

2、本发明还提出一种用于检测上述南瓜snp分子标记组合的snp芯片。

3、本发明还提出一种用于检测上述上述南瓜snp分子标记组合的试剂盒。

4、本发明还提出一种上述南瓜snp分子标记组合、snp芯片或试剂盒的应用。

5、本发明还提出一种南瓜的育种方法。

6、根据本发明的一个方面，提出了一种南瓜snp分子标记组合，包括20213个snp分子标记，所述20213个snp分子标记的位点信息是基于南瓜参考基因组“cmoschata_genome_v1.fa.gz”进行序列比对确定的，所述位点信息如说明书表1所示。

7、在本发明的一些实施方式中，表1的碱基型“a/b”中，a指参考基因组对应的碱基类型，b指突变后的碱基类型。

8、在本发明的第二方面，提出了一种南瓜snp芯片，所述南瓜snp芯片包括用于检测上述的南瓜snp分子标记组合的引物组和/或探针。

9、在本发明的一些实施方式中，所述南瓜snp芯片为固相芯片或液相芯片。

10、在本发明的第三方面，提出了一种试剂盒，所述试剂盒包含上述南瓜snp芯片。

11、在本发明的第四方面，提出了上述南瓜snp分子标记组合、南瓜snp芯片和试剂盒中的至少一种的应用。

12、在本发明的一些实施方式中，所述应用具体可以通过以下方法实现：

13、s1、采用上述南瓜snp芯片和试剂盒中的至少一种对待测试的样本进行基因型分型，获得基因型分型结果；

14、s2、对步骤s1获得的基因型分型结果进行分析。

15、在本发明的一些实施方式中，所述应用为在南瓜群体结构分析中的应用。

16、在本发明的一些实施方式中，所述应用为在南瓜的全基因组关联分析中的应用。

17、在本发明的一些实施方式中，所述应用为在南瓜的聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用。

18、在本发明的一些实施方式中，所述应用为在南瓜的遗传多样性分析中的应用。

19、在本发明的一些实施方式中，所述应用为在南瓜育种或辅助育种中的应用。

20、在本发明的一些实施方式中，所述应用为在南瓜遗传背景选育分析中的应用。

21、在本发明的第五方面，提出了一种南瓜的育种方法，包括如下步骤：利用上述南瓜snp芯片和试剂盒中的至少一种对待测南瓜的dna进行检测，选择合适的南瓜进行后续育种。

22、在本发明的一些实施方式中，所述检测基于液相探针捕获测序分型技术进行。

23、本发明至少具有以下有益效果：

24、实施例的南瓜snp分子标记组合在染色体上均匀分布、位点代表性好、特异性强、多态性高。通过对南瓜中相应的南瓜snp分子标记组合进行基因型鉴定，可以对南瓜品种资源分子标记指纹分析、对杂交群体后代基因型鉴定、对品种真实性鉴定、对育种材料遗传背景分析和筛选、对全基因组进行关联分析、对种质资源遗传多样性分析、亲缘关系鉴定。其可广泛用于野生种、地方种、栽培种等不同类型南瓜材料的检测与应用，为南瓜高通量基因分型、基因定位、指纹印迹、全基因组选择等分子育种研究提供不可或缺的重要工具。

25、基于高通量测序技术对南瓜中相应的南瓜snp分子标记组合进行基因型鉴定，具有检测通量高，一次性产出数据量大，可同时覆盖近千份材料的检测的优点。同时适用于illumina、mgi等二代测序主流平台，具备平台广适性。

技术特征：

1.一种南瓜snp分子标记组合，其特征在于，包括20213个snp分子标记，所述20213个snp分子标记的位点信息是基于南瓜参考基因组“cmoschata_genome_v1.fa.gz”进行序列比对确定的，所述位点信息如说明书表1所示。

2.一种南瓜snp芯片，其特征在于，所述snp芯片包括用于检测权利要求1所述的南瓜snp分子标记组合的引物组和/或探针。

3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求2所述的南瓜snp芯片。

4.权利要求1所述的南瓜snp分子标记组合、权利要求2所述的南瓜snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在南瓜群体结构分析中的应用。

5.权利要求1所述的南瓜snp分子标记组合、权利要求2所述南瓜snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在南瓜的全基因组关联分析中的应用。

6.权利要求1所述的南瓜snp分子标记组合、权利要求2所述南瓜snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在南瓜的聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用。

7.权利要求1所述的南瓜snp分子标记组合、权利要求2所述南瓜snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在南瓜的遗传多样性分析中的应用。

8.权利要求1所述的南瓜snp分子标记组合、权利要求2所述南瓜snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在南瓜育种或辅助育种中的应用。

9.权利要求1所述的南瓜snp分子标记组合、权利要求2所述南瓜snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在南瓜的遗传背景选育分析中的应用。

10.一种南瓜的育种方法，其特征在于，包括如下步骤：利用权利要求2所述南瓜液相芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种对待测南瓜的dna进行检测，选择合适的南瓜进行后续育种。

技术总结
本发明公开了一种中国南瓜SNP分子标记组合、SNP芯片及其应用，涉及生物技术领域。该南瓜SNP分子标记组合包括20213个SNP分子标记，所述20213个SNP分子标记的位点信息是基于南瓜参考基因组“Cmoschata_genome_v1.fa.gz”进行序列比对确定的，所述位点信息如说明书表1所示。其可以对南瓜品种资源分子标记指纹分析、对杂交群体后代基因型鉴定、对品种真实性鉴定、对育种材料遗传背景分析和筛选、对全基因组进行关联分析、对种质资源遗传多样性分析、亲缘关系鉴定，为南瓜高通量基因分型、基因定位、指纹印迹、全基因组选择等分子育种研究提供不可或缺的重要工具。

技术研发人员：雷雨婷,韩小霞,麻明英,汪端华,胡新军,杨建国,李勇奇,闵子扬,李倩,曹明月,肖高泓,唐顺学
受保护的技术使用者：华智生物技术有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/8/20