一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记

本发明涉及基因生物，具体为一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记。

背景技术：

1、西瓜是我国重要的蔬菜作物，随着务农劳动人口的减少、西瓜生产成本也在不断提高，早熟、高产依然是我国西瓜育种的永恒主题，西瓜产量主要由果实重量等性状指标决定，西瓜果重与产量显著正相关，西瓜早熟性主要由坐果节位决定，而西瓜坐果节位又收到第一雌花节位为主要构成要素，西瓜果重主要受加性效应控制，遗传力高达45-58％，是受多基因控制的数量性状，研究表明，西瓜果长、果宽与果重呈极显著正相关，因此，通过现代分子生物学手段研究控制西瓜果实大小基因的遗传基础、克隆果重、果形相关基因、发掘优异等位变异并开发其标记对我国西瓜高产育种具有重要意义。

2、目前已定位到一些与西瓜果重及果形相关的qt l，但由于受作图群体、遗传背景、qt l作图方法、标记类型等因素的影响，使得不同的结果可比性差，此外，由于大多数qt l对果重及其构成要素的表型贡献率较小，且在不同年际及环境间重复性差，所以仍不能满足分子标记辅助选择的需要，因此，开发用于鉴定西瓜多环境下果重和第一雌花节位的kasp标记，将为培育高产、早熟西瓜品种提供有效的检测手段，对于确保西瓜高产、品质和可持续发展具有十分重要的战略意义。

技术实现思路

1、针对现有技术的不足，本发明提供了一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记，解决了如何鉴定或辅助鉴定西瓜果重和第一雌花节位的问题。

2、为实现以上目的，本发明通过以下技术方案予以实现：一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记，包括待测西瓜基因组，所述待测西瓜基因组中包括snp位点和基因型，所述基因型用于鉴定或辅助鉴定西瓜果重和第一雌花节位。

3、优选的，所述鉴定或辅助鉴定西瓜果重和第一雌花节位的方法包括如下步骤：

4、(1)以待测西瓜的基因组dna为模板，采用引物组合物进行kasp分子标记检测；

5、(2)完成步骤(1)后，进行荧光检测，确定待测西瓜的所述snp的基因型；

6、(3)根据基因型结果进行鉴定待测西瓜的果重和第一雌花节位。

7、优选的，所述西瓜育种的方法包括如下步骤：

8、步骤一：kasp标记可在普通pcr扩增仪上进行；

9、步骤二：kasp标记的反应程序可为：

10、(1)：94℃预变性15min；

11、(2)：94℃变性20s、复性20s(第一次的复性温度为61℃，每个循环降温0.6℃)共10个循环；94℃变性20s、55℃复性1min共26个循环；

12、(3)：72℃延伸3min、4℃保存；

13、步骤三：确定待测西瓜所述snp的基因型的方法可为：pcr反应完成后，利用荧光信号阅读仪(omega)和荧光检测系统(araya)将荧光信号转变为可分析的数值对反应产物进行荧光数据读取，采用终末端读取荧光值进行基因分型，荧光扫描结果利用r软件包进行图形化展示。

14、优选的，所所述snp位点的多态性或基因型所需的试剂或仪器：dna测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和snp芯片；

15、可选地，所述物质为如下d1)、d2)或d3)：

16、(d1)所述物质为扩增包括所述snp位点在内的西瓜基因组dna片段的引物组合物；

17、(d2)所述物质为含有d1)所述引物组合物的pcr试剂；

18、(d3)所述物质为含有d1)所述引物组合物或d2)所述pcr试剂的试剂盒。

19、优选的，所述引物组合物可被标记物标记也可不被标记物标记，所述标记物指用于提供可检测的效果且连接至核酸的任何原子或分子。

20、优选的，所述标记物包括染料、放射性标记以及32p，所述标记物的结合部分包括生物素(b i ot i n)、半抗原和地高辛(d i g)，所述标记物能够利用发光、发磷光或发荧光部分和单独的荧光染料或与通过荧光共振能量转移(fret)抑制或移动发射光谱的部分组合的荧光染料，所述标记能够提供利用荧光、放射性、比色、重量测定、x射线衍射或吸收、磁性、酶活性检测的信号。

21、优选的，所述检测待测西瓜基因组中kasp的多态性或基因型的物质在如下任一中的应用：

22、(1)鉴定或辅助鉴定西瓜果重或第一雌花节位；

23、(2)西瓜育种；

24、(3)制备鉴定或辅助鉴定西瓜果重或早熟的品种或品系；

25、(4)制备西瓜育种的品种或品系。

26、优选的，所述snp位点中以普通西瓜品种基因组序列为参考基因组，所述snp位点为西瓜2a染色体4,268,333bp处及2a染色体96,457,457bp处。

27、本发明提供了一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记。

28、具备以下有益效果：

29、1、本发明通过预测西瓜果重和第一雌花节位，可以对待筛选西瓜进行早期筛选，可用于西瓜分子标记辅助育种，在发掘早熟、果实重量适中的西瓜种质资源，对选育早熟、高产的西瓜品种的研究中具有重要的应用价值。

技术特征：

1.一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记，包括待测西瓜基因组，其特征在于：所述待测西瓜基因组中包括snp位点和基因型，所述基因型用于鉴定或辅助鉴定西瓜果重和第一雌花节位。

2.根据权利要求1所述的一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记，所述鉴定或辅助鉴定西瓜果重和第一雌花节位的方法包括如下步骤：

3.根据权利要求1所述的一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记，其特征在于：所述西瓜育种的方法包括如下步骤：

4.根据权利要求1所述的一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记，其特征在于：所述snp位点的多态性或基因型所需的试剂或仪器：dna测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和snp芯片；

5.根据权利要求2所述的一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记，其特征在于：所述引物组合物可被标记物标记也可不被标记物标记，所述标记物指用于提供可检测的效果且连接至核酸的任何原子或分子。

6.根据权利要求5所述的一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记，其特征在于：所述标记物包括染料、放射性标记以及32p，所述标记物的结合部分包括生物素(biotin)、半抗原和地高辛(dig)，所述标记物能够利用发光、发磷光或发荧光部分和单独的荧光染料或与通过荧光共振能量转移(fret)抑制或移动发射光谱的部分组合的荧光染料，所述标记能够提供利用荧光、放射性、比色、重量测定、x射线衍射或吸收、磁性、酶活性检测的信号。

7.根据权利要求1所述的一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记，其特征在于：所述检测待测西瓜基因组中kasp的多态性或基因型的物质在如下任一中的应用：

8.根据权利要求1所述的一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记，其特征在于：所述snp位点中以普通西瓜品种基因组序列为参考基因组，所述snp位点为西瓜2a染色体4,268,333bp处及2a染色体96,457,457bp处。

技术总结
本发明涉及基因生物技术领域，公开了一种用于鉴定西瓜果重和第一雌花节位的kasp分子标记，包括待测西瓜基因组，所述待测西瓜基因组中包括snp位点和基因型，所述基因型用于鉴定或辅助鉴定西瓜果重和第一雌花节位，所述鉴定或辅助鉴定西瓜果重和第一雌花节位的方法包括如下步骤：(1)以待测西瓜的基因组DNA为模板，采用引物组合物进行kasp分子标记检测；(2)完成步骤(1)后，进行荧光检测，确定待测西瓜的所述snp的基因型。通过预测西瓜果重和第一雌花节位，可以对待筛选西瓜进行早期筛选，可用于西瓜分子标记辅助育种，在发掘早熟、果实重量适中的西瓜种质资源，对选育早熟、高产的西瓜品种的研究中具有重要的应用价值。

技术研发人员：郭松,于蓉,李冬,沈火林,李程,董瑞,田梅,杨万邦,刘声锋
受保护的技术使用者：宁夏农林科学院园艺研究所（宁夏设施农业工程技术研究中心）
技术研发日：
技术公布日：2024/9/9