一种橡胶树全基因组SNP分子标记组合及基因芯片和应用

本发明涉及分子标记开发领域，特别是涉及一种橡胶树全基因组snp分子标记组合及基因芯片和应用。

背景技术：

1、橡胶树作为最重要的热带经济作物，其生产的天然橡胶是我国重要的战略资源，在军事、航空航天、海洋工程、轨道交通等领域具有不可替代的作用。目前在橡胶树的育种过程中，仍旧采用的是传统的表型性状评估方法，其需要对种子进行种植后，通过观察其树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率和胶乳产量等方式来获得其性状指标。橡胶树传统育种方法的程序繁琐，橡胶树幼龄期长，育种周期长达30年，且根据早期表型进行筛选淘汰的选择方式极其不准确。随着二代测序技术不断完善，基因组测序效率得到极大提高，测序成本也大幅度下降，snp标记技术的快速发展，对不同的品种进行重测序，利用重测序发现的snp标记，利用全基因组关联分析对重要农艺性状进行关联分析，确定重要农艺性状相关的候选基因位点，建立起一套高效快速、成熟稳定、成本低、通量高的基因型鉴定方法，是遗传育种研究人员优先考虑的方向。

2、目前多个作物物种中都开发出了snp基因芯片，以提供重要的高密度的分子标记，以用于标记辅助的主效基因选择、遗传多样性分析、回交育种及其背景选择、多基因聚合育种、种子纯度检测、转基因成份鉴定、全基因组关联分析、qtl定位、全基因组选择育种等应用场景。但目前，在橡胶树中还没有建立起一套完整的覆盖橡胶树全基因组的高密度snp基因芯片的报道。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种橡胶树全基因组snp分子标记组合及基因芯片和应用，以解决上述现有技术存在的问题，本发明建立了一套完整的的覆盖橡胶树全基因组的高密度snp基因芯片，为橡胶树的后期研究以及遗传育种奠定基础。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供一种橡胶树全基因组snp分子标记组合在如下任一项中的应用：

4、(1)在制备检测橡胶树全基因组snp位点的基因芯片中的应用；

5、(2)在橡胶树种质资源亲缘关系鉴定中的应用；

6、(3)在鉴定橡胶树茎围生长速率性状中的应用；

7、(4)在橡胶树全基因组育种或分子标记辅助育种中的应用；

8、(5)在橡胶树的遗传多样性分析、qtl定位、全基因组关联分析中的应用；

9、其中，所述橡胶树全基因组snp分子标记组合包括28923个snp分子标记。

10、本发明还提供一种检测所述橡胶树全基因组snp分子标记组合的试剂在如下任一项中的应用：

11、(1)在制备检测橡胶树全基因组snp位点的基因芯片中的应用；

12、(2)在橡胶树种质资源亲缘关系鉴定中的应用；

13、(3)在鉴定橡胶树茎围生长速率性状中的应用；

14、(4)在橡胶树全基因组育种或分子标记辅助育种中的应用；

15、(5)在橡胶树的遗传多样性分析、qtl定位、全基因组关联分析中的应用。

16、本发明还提供一种检测所述橡胶树全基因组snp分子标记组合的基因芯片在如下任一项中的应用：

17、(1)在橡胶树种质资源亲缘关系鉴定中的应用；

18、(2)在鉴定橡胶树茎围生长速率性状中的应用；

19、(3)在橡胶树全基因组育种或分子标记辅助育种中的应用；

20、(4)在橡胶树的遗传多样性分析、qtl定位、全基因组关联分析中的应用。

21、本发明还提供一种试剂，包括所述橡胶树全基因组snp分子标记组合。

22、本发明还提供一种基因芯片，包括所述橡胶树全基因组snp分子标记组合。

23、优选的是，所述基因芯片包括液相基因芯片。

24、本发明还提供一种橡胶树全基因组snp分子标记组合在选育与橡胶树茎围生长速率性状相关的种质资源中的应用，所述橡胶树全基因组snp分子标记组合包括24个snp分子标记，所述24个snp分子标记的位点采用染色体编号:物理位置_参考基因型/等位基因型的结构形式进行表示，具体信息如下所示：1:5170612_a/g、1:5204247_g/t、1:29940146_c/t、2:50216040_g/a、3:112031854_g/a、4:52518696_c/g、6:107577233_c/t、6:108756779_c/g、6:108811432_c/a、7:53799702_g/a、7:58543483_a/t、7:70183332_g/t、8:92459866_c/t、9:2883436_c/t、10:51129608_c/t、10:54540865_t/c、10:80228946_a/g、10:80234871_c/t、11:13685568_c/t、16:64889608_a/c、16:64895293_t/c、16:64902057_t/c、16:64903791_c/t和16:64919580_c/t。

25、本发明公开了以下技术效果：

26、本发明所采用的28923个snp位点多为基因功能关联位点，优先选用gwas定位到的与橡胶树重要农艺性状相关snp标记或功能基因上的snp标记位点。更具体的，本发明定位筛选出与橡胶树茎围生长速率相关的24个snp位点，为选育与橡胶树茎围生长速率性状相关的品种或者品系奠定基础，利于提高育种效率、缩短育种周期。

27、本发明所采用的28923个snp标记在橡胶树基因组染色体上分布均匀，标记平均间距为40kb，从而使得其应用于遗传图谱构建、qtl定位、gwas分析等时，不会丢失位点。

28、本发明使用的液相芯片采用最新标记基因型检测的靶向测序基因型检测(genotyping by targetsequencing,gbts)技术，具有成本低、准确度高、检测灵敏度高、平台适性广、标记灵活性高等优点。

技术特征：

1.一种橡胶树全基因组snp分子标记组合在如下任一项中的应用：

2.一种检测权利要求1所述橡胶树全基因组snp分子标记组合的试剂在如下任一项中的应用：

3.一种检测权利要求1所述橡胶树全基因组snp分子标记组合的基因芯片在如下任一项中的应用：

4.一种试剂，其特征在于，包括权利要求1所述橡胶树全基因组snp分子标记组合。

5.一种基因芯片，其特征在于，包括权利要求1所述橡胶树全基因组snp分子标记组合。

6.如权利要求5所述的基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包括液相基因芯片。

7.一种橡胶树全基因组snp分子标记组合在选育与橡胶树茎围生长速率性状相关的种质资源中的应用，其特征在于，所述橡胶树全基因组snp分子标记组合包括24个snp分子标记，所述24个snp分子标记组合的位点采用染色体编号:物理位置_参考基因型/等位基因型的结构形式进行表示，具体信息如下所示：1:5170612_a/g、1:5204247_g/t、1:29940146_c/t、2:50216040_g/a、3:112031854_g/a、4:52518696_c/g、6:107577233_c/t、6:108756779_c/g、6:108811432_c/a、7:53799702_g/a、7:58543483_a/t、7:70183332_g/t、8:92459866_c/t、9:2883436_c/t、10:51129608_c/t、10:54540865_t/c、10:80228946_a/g、10:80234871_c/t、11:13685568_c/t、16:64889608_a/c、16:64895293_t/c、16:64902057_t/c、16:64903791_c/t和16:64919580_c/t。

技术总结
本发明公开了一种橡胶树全基因组SNP分子标记组合及基因芯片和应用，属于分子标记开发领域。所述橡胶树全基因组SNP分子标记组合包括28923个SNP分子标记，28923个SNP分子标记包括28923个SNP位点，每个SNP位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化，28923个SNP位点的物理位置是基于橡胶树野生种质MT/VB/25A 57/8的基因组序列比对确定的；本发明所采用的28923个SNP位点均匀的覆盖在橡胶树全基因组上，能够全面揭示橡胶树遗传多样性真实水平，可将其应用于橡胶树的遗传多样分析、群体结构分析、全基因关联分析、分子标记辅助育种和全基因组选择育种研究工作中。利用本发明的全基因组SNP位点组合及其基因芯片进行检测，具有简单、快速、成本低的优点，能够实现橡胶树遗传育种研究中大规模的应用。

技术研发人员：程汉,王小波,吴挺开,邓治,安泽伟,吴文冠,袁渊
受保护的技术使用者：中国热带农业科学院橡胶研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/12/26