荔枝种质资源材料的SNP分子标记及鉴定方法和应用

本发明属于生物分子检测，具体涉及用于鉴定荔枝种质资源材料的snp分子标记，本发明还涉及上述snp位点对应的特异性探针、分子标记的检测方法、分子标记的应用及荔枝育种方法。

背景技术：

1、snp分子标记作为第三代分子标记，具有简单、经济、高效、检测周期短等优点，同时可以规模化、自动化检测，是解决种质资源鉴定的有效手段。snp标记分析技术按照研究对象可分为snp标记开发和snp标记检测两类，其中snp标记开发主要是寻找未知snp和对未知snp进行分析，snp标记检测，是对不同材料的snp遗传多样性进行检测，进行基因分型。

2、荔枝为无患子科荔枝属常绿乔木，荔枝含有丰富的糖分、蛋白质、多种维生素、脂肪、柠檬酸、果胶以及磷、铁等。含有多种微量元素，是对人体有益的水果。种质资源是遗传育种的基础材料，被认为是最有价值和战略意义的财富，受到越来越多的重视。但种质资源的鉴定目前主要还是以区域、表型为主，存在主观性强、准确度不高的问题。荔枝的种质资源鉴定是目前急需的技术，然而现有技术中并没有利用snp分子标记针对荔枝种质资源的鉴定技术。

技术实现思路

1、本发明的第一个目的是提供用于鉴定荔枝种质资源材料的snp分子标记，解决了现有荔枝种质资源的鉴定以区域、表型为主，存在主观性强、准确度不高的问题。

2、本发明的第二个目的是提供用于检测上述的384个snp位点的基因型的特异性探针。

3、本发明的第三个目的是提供应用上述的用于鉴定荔枝种质资源的snp分子标记的检测方法。

4、本发明的第四个目的是提供用于鉴定荔枝种质资源材料的snp分子标记在荔枝基因分型中的应用。

5、本发明的第五个目的是提供用于鉴定荔枝种质资源材料的snp分子标记在荔枝聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用。

6、本发明的第六个目的是提供用于鉴定荔枝种质资源材料的snp分子标记在荔枝遗传多样性鉴定中的应用。

7、本发明所采用的第一种技术方案是，用于鉴定荔枝种质资源的snp分子标记，包括384个snp分子标记中任一种或任几种组合，384个snp分子标记的物理位置是基于荔枝的参考基因组比对确定的，384个snp分子标记位点均匀分布于荔枝15条染色体上，384个snp分子标记位点编号为litsnp001～litsnp384，384个snp分子标记位点编号、snp所在的染色体、具体物理位置、脱氧核苷酸信息如表1所示。

8、本发明所采用的第二种技术方案是，每个snp位点对应的特异性探针序列的序号、染色体名称、起始和终止位置具体如表2所示。

9、本发明所采用的第三种技术方案是，用于鉴定荔枝种质资源的snp分子标记的检测方法，具体按以下步骤实施：

10、步骤1、提取送检样品叶片组织的基因组dna，保存备用；

11、步骤2、对步骤1的dna经打断、末端修复、接头连接、接头产物纯化后，获得测序文库dna；

12、步骤3、对步骤2获得的文库dna与本发明所述的384个snp探针组合进行杂交捕获后，洗脱去除未结合的dna，获得杂交后的dna；

13、步骤4、对步骤3杂交后的dna进行pcr扩增；

14、步骤5、对步骤4获得的产物进行测序获得测序数据；

15、步骤6、对步骤5的测序数据比对荔枝参考基因组得到基因型分型数据。

16、本发明所采用的第四种技术方案是，用于鉴定荔枝种质资源的snp分子标记在荔枝基因分型中的应用。

17、本发明所采用的第五种技术方案是，用于鉴定荔枝种质资源的snp分子标记在荔枝聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用。

18、本发明所采用的第六种技术方案是，用于鉴定荔枝种质资源的snp分子标记在荔枝遗传多样性鉴定中的应用。

19、本发明的有益效果是：

20、1)384个snp标记在我国164份种质资源材料中共检出1152个等位变异，平均maf值为0.38，对荔枝种质资源具有较高的分辨率；

21、2)在已收集的荔枝种质资源材料中每个位点的等位变异分布频率相对均匀；

22、3)具有明确的定位信息和物理位置信息；

23、4)384个snp探针及其组合具有稳定、重复、特异性捕获，便于推广应用；

24、5)筛选的384个snp位点是将我国收集的最全的荔枝种质材料进行基因型分型后才最终筛选并确定的；

25、6)384个snp位点间没有连锁关系；

26、7)384个snp位点均匀分布于荔枝15条染色体上；

27、8)384个snp适用于博瑞迪gbts液相芯片平台；

28、9)本发明的snp标记及探针组合成本低、易规模化检测，实验室中2周可完成5000份样品的鉴定。

技术特征：

1.用于鉴定荔枝种质资源的snp分子标记，其特征在于，包括384个snp分子标记中任一种或任几种组合，所述384个snp分子标记的物理位置是基于荔枝的参考基因组比对确定的，所述384个snp分子标记位点均匀分布于荔枝15条染色体上，所述384个snp分子标记位点编号为litsnp001～litsnp384，所述384个snp分子标记位点编号、snp所在的染色体、具体物理位置、脱氧核苷酸信息如下：

2.用于检测权利要求1所述的384个snp位点的基因型的特异性探针，其特征在于，所述每个snp位点对应的特异性探针序列的序号、染色体名称、起始和终止位置，具体如下：

3.根据权利要求1所述的用于鉴定荔枝种质资源的snp分子标记的检测方法，其特征在于，具体按以下步骤实施：

4.根据权利要求1所述的用于鉴定荔枝种质资源的snp分子标记在荔枝基因分型中的应用。

5.根据权利要求1所述的用于鉴定荔枝种质资源的snp分子标记在荔枝聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用。

6.根据权利要求1所述的用于鉴定荔枝种质资源的snp分子标记在荔枝遗传多样性鉴定中的应用。

技术总结
本发明公开了用于鉴定荔枝种质资源的SNP分子标记，包括384个SNP分子标记中任一种或任几种组合，384个SNP分子标记的物理位置是基于荔枝的参考基因组比对确定的，384个SNP分子标记位点均匀分布于荔枝15条染色体上，SNP分子标记位点编号为LitSNP001～LitSNP384。本发明还公开了上述SNP位点对应的特异性探针、分子标记的检测方法、分子标记的应用及荔枝育种方法。本发明提供的384个SNP标记在我国164份种质资源材料中共检出1152个等位变异，平均MAF值为0.38，对荔枝种质资源具有较高的分辨率。

技术研发人员：张蕾,李焕苓,王家保,李芳,洪继旺,王树军,李松刚,王鹏飞,王果
受保护的技术使用者：中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/10/21