一种与绵羊产羔数相关的SNP分子标记、引物组、试剂盒及检测方法和应用

本发明属于分子标记，具体涉及一种与绵羊产羔数相关的snp分子标记、引物组、试剂盒及检测方法和应用。

背景技术：

1、产羔性状是绵羊的重要经济性状之一。对于绵羊而言，提高每胎的产羔数是提升生产经济效益的重要措施。应用基因组学方法的研究能在整个基因组的水平去筛选出与绵羊繁殖性状相关的候选基因和分子标记，使学者们能够更深入的理解绵羊多羔性状的遗传机理，可对我国绵羊业的可持续发展将带来巨大的经济效益。

2、绵羊是我国优良畜种之一，增加绵羊繁殖性能可对我国绵羊业的可持续发展将带来巨大的经济效益。fecb基因是绵羊上首先被发现的多胎主效基因，还在多个品种中鉴定并验证了可能除fecb基因以外还有其它基因影响绵羊产羔数。这种利用多胎候选基因已经在牛、猪、马和羊上有所体现。家畜产仔数的增加可以改变一些经济性状，例如排卵率、产仔率、促进新品种培育和提高群体成产水平，对绵羊的育种工作是有利的。因此，利用全基因组分析绵羊的产羔数性能，探究基因多态性与绵羊产羔数之间的关联性，并可作为绵羊潜在的遗传分子标记，为提高绵羊产羔数、提高绵羊育种工作可以提供理论基础。但目前任缺乏与绵羊多羔性状相关的分子标记。

技术实现思路

1、本发明提供了一种与绵羊产羔数相关的snp分子标记、引物组、试剂盒及检测方法和应用，所述snp分子标记与绵羊产羔数紧密相关，通过筛选优势基因型的绵羊即可得到产羔数多的绵羊。

2、本发明提供了一种与绵羊产羔数相关的snp分子标记，所述snp位点位于绵羊第16号染色体上第35863472bp位点处，所述snp位点位于lifr基因3’utr非编码区。

3、本发明一个优选方式中，在所述snp位点处存在多态性c/t，且t为优势基因型。

4、本发明一个优选方式中，所述snp位点的信息基于绵羊基因组序列信息版本号oar_v3.1。

5、本发明还提供了一种检测上述snp分子标记的引物组，包括第一引物、第二引物和延伸引物；其中第一引物的核苷酸序列如seq id no.1所示，第二引物的核苷酸序列如seqid no.2所示，延伸引物的核苷酸引物如seq id no.3所示。

6、本发明还提供了一种包含上述引物组的检测绵羊产羔数性状的试剂盒。

7、本发明一个优选方式中，所述试剂盒中还包括dntps、taq dna聚合酶、mgcl2、pcr反应缓冲液和sap酶。

8、本发明一个优选方式中，所述第一引物和第二引物的工作浓度为0.50μmol/l；所述延伸引物的工作浓度为0.6～1.3μmol/l；

9、所述dntps的工作浓度为25μmol/l；所述taq dna聚合酶的工作浓度为5u/μl；所述mgcl2的工作浓度为25mmol/l；所述pcr反应缓冲液为10×pcr反应缓冲液；所述sap酶的酶活为1.7u/μl。

10、本发明还提供了一种检测绵羊产羔数性状的方法，包括以下步骤：(1)以待测绵羊的全基因组dna为模板，利用上述引物组或上述试剂盒中引物组的第一引物和第二引物进行pcr扩增，得pcr扩增产物；

11、(2)利用sap酶对步骤(1)所述pcr扩增产物进行消化，以消化后的产物为模板，利用上述引物组或上述试剂盒中引物组的延伸引物进行延伸反应，得延伸产物，检测所述延伸产物的基因型。

12、本发明一个优选方式中，步骤(1)所述pcr扩增的反应程序为：94℃预变性2min；94℃变性20s，56℃退火30s，72℃延伸60s，45个循环；72℃再延伸3min；

13、步骤(2)所述延伸反应的程序为：94℃30s；[94℃5s，(52℃5s，80℃5s)]；其中所述(52℃5s，80℃5s)进行5个循环，所述[94℃5s，(52℃5s，80℃5s)]进行40个循环；72℃3min。

14、本发明还提供了上述snp分子标记或上所述引物组盒或上述试剂盒在进行绵羊分子标记辅助育种中的应用。

15、有益效果：本发明提供了一种与绵羊多羔数相关的snp分子标记，所述snp位点位于绵羊第16号染色体上第35863472bp位点(nc_056069.1(35998864..36109096))处；所述snp位点位于lifr基因3’utr非编码区。基于绵羊基因组序列信息版本号oar_v3.1，该位点的碱基存在t/c突变，与绵羊多羔数具有显著的相关性。

16、本发明还提供了与所述snp分子标记相关的引物对，并开发了一对扩增引物和一条延伸引物，利用扩增引物对目标基因组dna进行扩增，sap酶消化扩增产物后，再利用延伸引物进行延伸，从而得到包含snp分子标记的延伸产物。

17、本发明还开发了包含上述引物对的试剂盒，以及利用所述试剂盒或引物对进行snp分子标记的方法，具体包括利用sequenomsnp技术检测lifr基因型并预测小尾寒羊产羔数，更灵敏，准确性更高，性价比更好，能同时对数百至数千份样本中数十到数百个snp位点进行检测。lifr基因存在tt、tc、cc三种基因型，本发明利用sequenomsnp技术实现单核苷酸型检测，筛选基因型为tt的绵羊作为产羔数多的绵羊。

技术特征：

1.一种与绵羊产羔数相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp位点位于绵羊第16号染色体上第35863472bp位点处，所述snp位点位于lifr基因3’utr非编码区。

2.根据权利要求1所述snp分子标记，其特征在于，在所述snp位点处存在多态性c/t，且t为优势基因型。

3.根据权利要求1或2所述snp分子标记，其特征在于，所述snp位点的信息基于绵羊基因组序列信息版本号oar_v3.1。

4.一种检测权利要求1～3任一项所述snp分子标记的引物组，其特征在于，包括第一引物、第二引物和延伸引物；其中第一引物的核苷酸序列如seq idno.1所示，第二引物的核苷酸序列如seq id no.2所示，延伸引物的核苷酸引物如seq id no.3所示。

5.一种包含权利要求4所述引物组的检测绵羊产羔数性状的试剂盒。

6.根据权利要求5所述试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中还包括dntps、taq dna聚合酶、mgcl2、pcr反应缓冲液和sap酶。

7.根据权利要求5或6所述试剂盒，其特征在于，所述第一引物和第二引物的工作浓度为0.50μmol/l；所述延伸引物的工作浓度为0.6～1.3μmol/l；

8.一种检测绵羊产羔数性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)以待测绵羊的全基因组dna为模板，利用权利要求4所述引物组或权利要求5～7任一项所述试剂盒中引物组的第一引物和第二引物进行pcr扩增，得pcr扩增产物；

9.根据权利要求8所述方法，其特征在于，步骤(1)所述pcr扩增的反应程序为：94℃预变性2min；94℃变性20s，56℃退火30s，72℃延伸60s，45个循环；72℃再延伸3min；

10.权利要求1～3任一项所述snp分子标记或权利要求4所述引物组盒或权利要求5所述试剂盒在进行绵羊分子标记辅助育种中的应用。

技术总结
本发明提供了一种与绵羊产羔数相关的SNP分子标记、引物组、试剂盒及检测方法和应用，属于分子标记技术领域。本发明提供了一种与绵羊多羔数相关的SNP分子标记，所述SNP位点位于绵羊第16号染色体上第35863472bp位点处。本发明提供了与所述SNP分子标记相关的引物对，开发了一对扩增引物和一条延伸引物，利用扩增引物对目标基因组DNA进行扩增，SAP酶消化扩增产物，再利用延伸引物进行延伸，从而得到延伸产物。本发明还开发了包含上述引物对的试剂盒，以及进行SNP分子标记的方法，检测灵敏，准确性高，性价比好，能同时对大量样本进行检测。

技术研发人员：储明星,项玉平,刘玉芳
受保护的技术使用者：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
技术研发日：
技术公布日：2025/1/28