一种与节瓜强雌性状相关的dCAPS分子标记及其应用

本发明涉及分子生物学，涉及一种与节瓜强雌性状相关的dcaps分子标记及其应用。

背景技术：

1、节瓜又名毛瓜，北瓜，是葫芦科冬瓜属的变种，普遍种植于中国南方地区，具有瓜型小、肉质细腻、风味淡香、果实老嫩皆可食用等特征，是我国特色蔬菜之一。

2、瓜类作物性别类型的多样性使其成为研究性别分化性状的理想模式植物。在瓜类植物的各种性别类型中，节瓜分为雌雄同株、雌同株和半雌同株。特别是强雌型，雌性率非常高，高于80％。这种独特的特性不仅有助于提高产量，还简化了种子生产程序，加快育种周期，降低投资成本。部分葫芦科作物已开展了强雌性状的相关研究，还未见与节瓜强雌相关的研究报道，开发节瓜强雌相关的分子标记，对降低杂交育种成本、提高杂交种子纯度具有重要意义。

技术实现思路

1、针对上述问题，本发明提供一种与节瓜强雌性状相关的dcaps分子标记及其应用，本发明采用的技术方案为：

2、一种与节瓜强雌性状相关的dcaps分子标记，所述dcaps分子标记包括sgy_317和sgy_416，用于开发sgy_317的snp位点为节瓜第8号染色体上的第14,693,253bp处，用于开发sgy_416的snp位点为节瓜第8号染色体上的第14,693,154bp处；sgy_317的snp位点存在g碱基缺失，sgy_416的snp位点存在c碱基缺失。

3、进一步地，若节瓜第8号染色体14,693,253bp处存在g碱基的缺失，或节瓜第8号染色体14,693,154bp处存在c碱基的缺失则为强雌型节瓜。

4、进一步地，sgy_317的特征引物对为sgy_317snp-dcaps，sgy_416的特征引物对为sgy_416snp-dcaps。

5、进一步地，所述sgy_317snp-dcaps的上游引物序列如seq id no.1所示，所述sgy_317snp-dcaps的下游引物序列如seq id no.2所示。

6、进一步地，所述sgy_416snp-dcaps的上游引物序列如seq id no.3所示，所述sgy_416snp-dcaps的下游引物序列如seq id no.4所示。

7、本发明还提供一种节瓜强雌性状检测方法，基于上述任一项所述的与节瓜强雌性状相关的dcaps分子标记，所述方法包括：

8、提取待测节瓜dna；

9、将所述待测节瓜dna作为模板，采用sgy_317的特征引物对和sgy_416的特征引物对进行pcr扩增，得到扩增产物；

10、鉴别所述扩增产物的基因类型，判断节瓜是否为强雌性节瓜。

11、进一步地，所述鉴别所述扩增产物的基因类型，包括：

12、采用质量百分比为6％的聚丙烯酰胺凝胶对所述扩增产物的基因类型进行鉴别。

13、进一步地，所述sgy_317的特征引物对sgy_317snp-dcaps的pcr扩增产物的序列如seq id no.5所示。

14、进一步地，所述sgy_416的特征引物对sgy_416snp-dcaps的pcr扩增产物的序列如seq id no.6所示。

15、进一步地，本发明还提供上述任一项所述的节瓜强雌性状检测方法在节瓜辅助育种中的应用。

16、基于上述技术方案，本发明具有以下技术效果：本发明提供了一种与节瓜强雌性状相关的dcaps分子标记及其应用，dcaps标记位于节瓜第8号染色体第14,693,246和14,693,148处，在14,693,253bp处发生g碱基的缺失，或在14,693,154bp处发生c碱基的缺失。同时在上述两处分别开发用于筛选节瓜强雌的dcaps标记，分别为sgy_317和sgy_416。用于开发sgy_317的snp位点为节瓜第8号染色体上的第14,693,253bp处，sgy_317对应的特征引物对为sgy_317snp-dcaps。用于开发sgy_416的snp位点为节瓜第8号染色体上的第14,693,154bp处，sgy_416对应的特征引物对为sgy_416snp-dcaps。在本发明中，对节瓜强雌性状的相关基因进行了精细定位，bch08003160编码区317处存在的g碱基缺失，以及bch08003160编码区416处存在的c碱基缺失，与节瓜强雌性状之间密切相关，利用两对特征引物对，对强雌型节瓜进行精确筛选，从而提高育种效率。

技术特征：

1.一种与节瓜强雌性状相关的dcaps分子标记，其特征在于，所述dcaps分子标记包括sgy_317和sgy_416，用于开发sgy_317的snp位点为节瓜第8号染色体上的第14,693,253bp处，用于开发sgy_416的snp位点为节瓜第8号染色体上的第14,693,154bp处；sgy_317的snp位点存在g碱基缺失，sgy_416的snp位点存在c碱基缺失。

2.根据权利要求1所述的与节瓜强雌性状相关的dcaps分子标记，其特征在于，若节瓜第8号染色体14,693,253bp处存在g碱基的缺失，或节瓜第8号染色体14,693,154bp处存在c碱基的缺失则为强雌型节瓜。

3.根据权利要求1所述的与节瓜强雌性状相关的dcaps分子标记，其特征在于，sgy_317的特征引物对为sgy_317snp-dcaps，sgy_416的特征引物对为sgy_416snp-dcaps。

4.根据权利要求3所述的与节瓜强雌性状相关的dcaps分子标记，其特征在于，所述sgy_317snp-dcaps的上游引物序列如seq id no.1所示，所述sgy_317snp-dcaps的下游引物序列如seq id no.2所示。

5.根据权利要求3所述的与节瓜强雌性状相关的dcaps分子标记，其特征在于，所述sgy_416snp-dcaps的上游引物序列如seq id no.3所示，所述sgy_416snp-dcaps的下游引物序列如seq id no.4所示。

6.一种节瓜强雌性状检测方法，其特征在于，基于权利要求1-5任一项所述的与节瓜强雌性状相关的dcaps分子标记，所述方法包括：

7.根据权利要求6所述的节瓜强雌性状检测方法，其特征在于，所述鉴别所述扩增产物的基因类型，包括：

8.根据权利要求6所述的节瓜强雌性状检测方法，其特征在于，所述sgy_317的特征引物对sgy_317snp-dcaps的pcr扩增产物的序列如seq id no.5所示。

9.根据权利要求6所述的节瓜强雌性状检测方法，其特征在于，所述sgy_416的特征引物对sgy_416snp-dcaps的pcr扩增产物的序列如seq id no.6所示。

10.权利要求6-9任一项所述的节瓜强雌性状检测方法在节瓜辅助育种中的应用。

技术总结
本发明公开了一种与节瓜强雌性状相关的dCAPS分子标记及其应用，属于分子生物技术领域。在本发明中，基于BSA‑seq对节瓜强雌基因进行精细定位，最终将强雌基因位点缩小至Chr08的51.08Kb，仅包含一个基因(Bch08G003160)。序列比对发现，该基因编码区存在两处碱基位点的缺失，即SNP_317的G碱基(Chr08，14,693,253bp)和SNP_416的C碱基(Chr08，14,693,154bp)，两处位置碱基的缺失导致提前终止密码子。同时，在上述两处碱基位点的缺失位置开发用于筛选强雌性状的dCAPS标记，即Sgy_317SNP‑dCAPS和Sgy_416SNP‑dCAPS。利用两对标记可以对强雌型节瓜进行精确筛选，大幅度提高育种效率。

技术研发人员：汪文毅,乔燕春,高银,彭家柱,江晓新
受保护的技术使用者：华南农业大学
技术研发日：
技术公布日：2025/1/28