一种与萝卜绿肉性状紧密连锁的分子标记及其应用

本发明涉及一种与萝卜绿肉性状紧密连锁的分子标记及其应用，属于包含核酸的测定方法。

背景技术：

1、萝卜是我国一种栽培历史悠久的大众化蔬菜，其肉质根肉色的颜色有白色、绿色、红色等。不同肉色的萝卜在口感、用途以及营养价值上均有所不同。如，白肉萝卜口感微甜，适用于炖汤；绿肉萝卜脆甜多汁，适合生食；红肉萝卜富含花青素，营养价值较高。

2、对萝卜肉色的鉴定方法主要是在萝卜成熟期，切开萝卜肉质根后再进行表型鉴定，属于一种破坏性的检测方法，并且需要大量的时间和人力，效率较低，且鉴定结果易受个人经验影响，主观性较强。而利用分子标记检测，可以在早期对萝卜肉色进行筛选，缩短育种周期，降低成本，结果更稳定可靠。更重要的是，不会对萝卜产生损伤，可以保持萝卜的完整性，更有利于种株成活和商品萝卜筛选。

3、分子标记有多种类型，indel（insertion-deletion）分子标记是其中一种常见标记。indel分子标记即插入-缺失标记，是指在基因组水平上由 dna 片段的插入或缺失引起的多态性。它是一种基于 pcr 技术的分子标记，在基因组中广泛分布，具有多态性丰富、稳定性高、操作简便等优点。

4、cn110229923a公开了一种鉴别萝卜肉质根红肉色的分子标记，用于区分萝卜的红肉和白肉性状；cn116875737a公开了一种鉴定萝卜肉质根肉色性状的引物组及其应用，用来鉴定萝卜红肉、紫肉和白肉性状。

5、现有技术中鉴定萝卜肉质根的分子标记中，尚未有鉴定萝卜绿肉性状的报道。

技术实现思路

1、针对现有技术存在的不足，本发明提供一种与萝卜绿肉性状紧密连锁的分子标记及其应用，实现以下发明目的：可以对萝卜的绿肉性状进行检测，检测结果的准确率高。

2、为解决上述技术问题，本发明采取以下技术方案：

3、一种与萝卜绿肉性状紧密连锁的分子标记，所述分子标记为indel分子标记，所述indel分子标记的核苷酸序列如序列表中seq id no.4所示；扩增所述分子标记的引物用于检测indel位点；所述indel位点的多态性为缺失或插入序列，所述插入序列的核苷酸序列如序列表中seq id no.1所示。

4、所述indel位点位于萝卜参考基因组第6条染色体全长序列的第45402470-45402485位。

5、扩增所述分子标记的引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的核苷酸序列如序列表中seq id no.5所示；所述反向引物的核苷酸序列如序列表中seq id no.6所示。

6、扩增所述分子标记的引物在鉴定萝卜果肉性状中的应用。

7、所述萝卜果肉性状为绿肉或白肉。

8、所述的应用，包括以下步骤：

9、（1）提取待检测萝卜叶片的基因组dna；

10、（2）以萝卜叶片的基因组dna为模版，利用扩增分子标记的引物进行pcr扩增，检测pcr扩增产物；

11、（3）若扩增出长度为969bp的扩增产物，所述扩增产物的核苷酸序列如序列表中seq id no.4所示，则待检测的萝卜果肉性状为白肉；若未扩增出扩增产物，则待检测的萝卜果肉性状为绿肉。

12、与现有技术相比，本发明取得以下有益效果：

13、本发明筛选到一个与萝卜绿肉性状紧密连锁的indel位点，并根据该位点设计了indel分子标记和扩增该分子标记的引物，利用该引物在待检测的萝卜dna中进行扩增，可以根据扩增产物的情况，鉴定萝卜的绿肉性状，具有较高的准确性。

14、采用扩增本发明indel分子标记的引物在53份萝卜材料中进行鉴定，鉴定结果与萝卜的表型符合率达到94.3%。

技术特征：

1.一种与萝卜绿肉性状紧密连锁的分子标记，其特征在于：所述分子标记为indel分子标记，所述indel分子标记的核苷酸序列如序列表中seq id no.4所示；扩增所述分子标记的引物用于检测indel位点；所述indel位点的多态性为缺失或插入序列，所述插入序列的核苷酸序列如序列表中seq id no.1所示。

2.根据权利要求1所述的一种与萝卜绿肉性状紧密连锁的分子标记，其特征在于：所述indel位点位于萝卜参考基因组第6条染色体全长序列的第45402470-45402485位。

3.根据权利要求1所述的一种与萝卜绿肉性状紧密连锁的分子标记，其特征在于：扩增所述分子标记的引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的核苷酸序列如序列表中seq id no.5所示；所述反向引物的核苷酸序列如序列表中seq id no.6所示。

4.扩增权利要求1-3任一项所述分子标记的引物在鉴定萝卜果肉性状中的应用。

5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于：所述萝卜果肉性状为绿肉或白肉。

6.根据权利要求4所述的应用，其特征在于：包括以下步骤：

技术总结
本发明提供一种与萝卜绿肉性状紧密连锁的分子标记及其应用，属于包含核酸的测定方法技术领域，所述分子标记为Indel分子标记，所述Indel分子标记的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.4所示；扩增所述分子标记的引物用于检测Indel位点；所述Indel位点的多态性为缺失或插入序列，所述插入序列的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.1所示。采用扩增本发明Indel分子标记的引物在53份萝卜材料中进行鉴定，鉴定结果与萝卜的表型符合率达到94.3%。

技术研发人员：李媛媛,韩敏,高明刚,王瑞华,蔡文姝
受保护的技术使用者：潍坊学院
技术研发日：
技术公布日：2025/4/14