单组学及多组学KEGGPATHWAYmap表达热图个性化展示的方法及应用与流程

文档序号:22325427发布日期:2020-09-25 17:53阅读:来源:国知局

技术特征:

1.单组学及多组学keggpathwaymap表达热图个性化展示的方法,包括单组学法和多组学法,所述单组学法包括以下步骤:

1)根据已知目标基因、蛋白或者代谢物的表达或者差异表达水平信息及其在keggpathway中对应的被注释元素,匹配注释元素到keggpathway的html文件中以获取被注释元素在keggpathwaymap图片中的坐标信息;

2)对目标基因、蛋白或者代谢物注释到的每一个keggpathway,获取该keggpathway中的所有基因、蛋白或者代谢物的表达或差异表达上下极值的整数值作为表达热图颜色标尺的上下限;

3)将上下限均分为一定等份,形成一个从极小值到极大值的等差数列,并为标尺赋予颜色;

4)根据该keggpathway下每一个基因、蛋白或者代谢物的表达或者差异表达值,匹配到对应的范围区间,获取相应的归属颜色;

5)使用imagemagick的convert命令,在keggpathwaymap上绘制标尺,根据映射到被注释元素的基因、蛋白或者代谢物的坐标信息及归属颜色,进行上色;

6)根据html规则,编辑keggpathway的html文件,将被注释元素的弹窗title信息修改为对应基因、蛋白或者代谢物的表达或者差异表达信息及其他附属信息。

2.根据权利要求1所述的单组学及多组学keggpathwaymap表达热图个性化展示的方法,其特征在于,步骤2)中,若所述差异表达上下极值为无限值,则替换为非无限值的极大值或极小值;若所述差异表达上下极值为非整数,则极小值向下取整,极大值向上取整。

3.根据权利要求1所述的单组学及多组学keggpathwaymap表达热图个性化展示的方法,其特征在于,步骤5)中,在keggpathwaymap的上方空白处绘制标尺。

4.根据权利要求1所述的单组学及多组学keggpathwaymap表达热图个性化展示的方法,其特征在于,所述多组学法包括两组学联合法及三组学法,所述两组学联合法中,对于蛋白组与代谢组或者转录组与代谢组,按照所述单组学法分别获得两组各自的标尺以及每一个基因、蛋白或者代谢物的颜色信息之后,分别进行基因、蛋白或者代谢物的上色,双颜色标尺的绘制及html文件信息弹窗编辑。

5.根据权利要求4所述的单组学及多组学keggpathwaymap表达热图个性化展示的方法,其特征在于,所述双颜色标尺在keggpathwaymap中的上方空白处以横排或者竖排排列。

6.根据权利要求1所述的单组学及多组学keggpathwaymap表达热图个性化展示的方法,其特征在于,所述多组学法包括两组学联合法及三组学法,所述两组学联合法中,对于蛋白组和转录组,在获取各自的颜色标尺及基因和蛋白的颜色后,根据被注释元素的坐标对其在map中占据的方框进行左右均分或对其在map中占据的线进行前后部分均分,之后再进行上色,双颜色标尺的绘制及html文件信息弹窗编辑。

7.根据权利要求6所述的单组学及多组学keggpathwaymap表达热图个性化展示的方法,其特征在于,所述双颜色标尺在keggpathwaymap中的上方空白处以横排或者竖排排列。

8.根据权利要求4或6所述的单组学及多组学keggpathwaymap表达热图个性化展示的方法,其特征在于,所述三组学法中,对于蛋白组、转录组和代谢组,按照所述单组学法及两组学联合法分别获得各自的标尺以及每一个基因、蛋白或者代谢物的颜色信息之后,分别进行三颜色标尺的绘制,基因、蛋白或者代谢物的上色及html文件信息弹窗编辑。

9.根据权利要求8所述的单组学及多组学keggpathwaymap表达热图个性化展示的方法,其特征在于,所述三颜色标尺在keggpathwaymap中的上方空白处以横排或者竖排排列。

10.权利要求1-9任意一项所述的单组学及多组学keggpathwaymap表达热图个性化展示的方法在单组学及多组学中实现直观显示基因、蛋白或者代谢物的(差异)表达水平的应用。


技术总结
本发明提供了单组学及多组学KEGG PATHWAY map表达热图个性化展示的方法及应用,在多组学联合的KEGG PATHWAY map中,通过颜色标尺以及元素填充色、元素图形展现等方式同时批量呈现各组学元素在各KEGG PATHWAY map中的表达、差异水平及其显著性。基于此发明,可以对KEGG PATHWAY map在单组学,多组学范围内进行拓展,可批量处理、可个性化修改,可从转录、蛋白和代谢中单一组学到多组学以不同尺度不同形式清晰具体展示其中元素的表达及显著性。

技术研发人员:王树伟;肖云平;史贤俊;林博;公光业
受保护的技术使用者:上海欧易生物医学科技有限公司
技术研发日:2020.04.28
技术公布日:2020.09.25
当前第2页1 2 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1