一种muc13和fut1基因的分子标记辅助选择方法
【技术领域】
[0001] 本发明属于猪分子育种领域，更具体地说，本发明涉及一种MUC13和FUTl基因的 分子标记辅助选择方法。
【背景技术】
[0002] 现有的关于粘蛋白13 (mucin 13, MUC13)、al-岩藻糖转移酶基因（FUTl)抗腹泻 基因的分子标记辅助选择育种大多都是单独的基因，或是仅仅是科研研宄，并没有与现场 的传统育种方法有效结合，不能兼顾企业效益，致使不能长期坚持在种猪核心群开展抗腹 泻基因分子标记辅助选择育种。大多数的研宄主要针对两个基因在不同猪群的遗传变异分 析，或者是与腹泻表型、肉质、胴体性状以及产仔数等性状的相关性分析，并没有具体的针 对企业分子育种应用方案方面的研宄和论述。有些只针对MUC13、FUTl中的一个基因来进 行简单分子育种方面的研宄，没有考虑到企业实际操作，尤其是大量种猪选择淘汰对企业 效益的影响，可操作性不强，没有较为实用的分子育种方案建立方法。
[0003] 现有技术最突出的问题是没有与现场实践育种结合，没有与现有的种猪选育目标 结合，没有考虑企业效益，无法做到企业效益与育种效率兼顾，使分子育种不能长期坚持开 展。
【发明内容】
[0004] 有鉴于此，为了克服上述现有技术中存在的问题，本发明提供了一种如何在现有 的种猪核心群中建立两个不同的抗腹泻基因 MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方法。 该方法可以与现场传统育种有效结合，通过各环节的分析，对不同的群体采用不同的抗腹 泻基因分子标记辅助选择育种方案，更适合企业育种应用，兼顾企业效益与育种效率。
[0005] 为了实现上述发明目的，本发明采取了以下技术方案：
[0006] 一种MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方法，包括以下步骤：
[0007] 1)分析MUC13基因和FUTl基因在现有群体中的基因频率；
[0008] 2)分析现有群体的两个基因组合基因型个体数量及频率分布情况；
[0009] 3)分析现有群体中两个基因的组合基因型与传统育种主选性状的相关性；
[0010] 4)制定适应的分子标记辅助方法。
[0011] 在其中一些实施例中，步骤1)为：利用Plink软件进行MUC13基因和FUTl基因在 现有群体中的基因频率分析，若最小等位基因频率MAF〈0. 05,说明此位点基本纯合，不需进 行分子标记辅助选择；若MAFX). 05,说明群体存在变异，则进行分子标记辅助选择。
[0012] 在其中一些实施例中，步骤2)为：对现有群体的两个基因组合基因型个体数量及 频率分布情况进行分析，若优势等位基因组合基因型在现有核心群中频率较高时，则同时 在公猪及母猪的选留中选择优势组合基因型个体；若优势等位基因组合基因型在现有核心 群中频率不高不低时，则仅要求在公猪选留时选择优势组合基因型个体；若优势等位基因 组合基因型在现有核心群中频率较低时，则仅要求选留时测定表型同等表现下，优先选留 优势组合基因型个体。
[0013] 在其中一些实施例中，所述频率较高为频率大于0. 7,所述频率不高不低为频率为 0. 3-0. 7,所述频率较低为频率小于0. 3。
[0014] 在其中一些实施例中，步骤3)为：分析现有群体中两个基因的组合基因型与传统 育种主选性状的相关性，所述传统育种主选形状为日增重、料肉比、背膘厚、瘦肉率、父系指 数、母系指数、和体型外貌；若两个基因的组合基因型与日增重、瘦肉率、父系指数、母系指 数、体型外貌正相关或无相关性，与料肉比、背膘厚负相关或者无相关性，则说明两个基因 分子育种选择与现场选育目标一致，在选留时将优势等位基因型作为选择的必要条件；若 是与上述情况不同，与有些选育性状相矛盾，则采取先以现场测定性状的选育为第一参考， 抗腹泻基因型为第二参考，选留时同等性能表现的种猪，优先选留优势组合基因型个体，不 做必要条件进行选留，长期坚持选择，逐步完成抗腹泻基因的优化。
[0015] 在其中一些实施例中，步骤1)_3)中所述现有群体的规模大于500头核心群，群体 规模越大，选择空间越大，分子标记和现场表型测定性状结合选择的准确性更高。
[0016] 本发明通过不同研宄分析方法，发明了可与传统育种相结合的MUC13、FUTl基因 分子标记辅助选择应用方法，根据MUC13和FUTl基因分子标记辅助选择方法建立的分析流 程，以及对不同分析结果，如何进行分子育种研宄的判断和评估。与现有技术相比，本发明 具有以下有益效果：
[0017] 1)本发明方法同时针对影响断奶前仔猪腹泻MUC13基因和影响断奶后仔猪腹泻 FUTl基因两个基因进行分子育种，对仔猪腹泻抗病性的选育比较全面；
[0018] 2)本发明方法除了单独分析两个基因在现有群体中的变异情况，又增加分析了两 个基因组合基因型在现有群体中的频率，评估群体变异情况及组合基因型在现有群体的分 布情况，判断选育难易程度，给出不同情况不同育种的方案，可较为全面的优化群体的抗仔 猪腹与能力；
[0019] 3)未重复分析基因与腹泻表型的相关性，也没有进行与肉质和胴体性状的相关 性等，本发明方法中分析的是两个基因组合基因型与现有群体的传统育种主选性状（日增 重、料肉比、背膘厚、瘦肉率、父系指数、母系指数、体型外貌等表型性状）的相关性，评估两 个基因的分子选育是否与现有的选育目标一致，考虑了现场选种、选留操作，通过以上分 析，可以更好的制定适合企业不同的种猪群体的MUC13、FUTl基因分子标记辅助选择育种 的应用方案；
[0020] 4)本发明方法根据种猪核心群规模、结合选种、选配环节进行两个抗腹泻基因分 子标记辅助选择育种，将分析结果与现有群体现场实际情况相结合，建立符合企业需求、可 操作性强、全面的抗仔猪腹泻分子育种方法，快速提高育种效率，兼顾企业效益。
【附图说明】
[0021] 图1为本发明实施例1中的MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方法的建立 流程图；
[0022] 图2为本发明实施例2中杜洛克群体的两个基因型组合分布情况图；
[0023] 图3为本发明实施例2中皮特兰群体的两个基因型组合分布情况图。
【具体实施方式】
[0024] 为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合附图及实施例，对 本发明进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本发明，并 不用于限定本发明。
[0025] 实施例1 一种MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方法
[0026] 请参阅图1，为本实施例的一种MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方法的建 立流程图，包括如下步骤：
[0027] 1)粘蛋白13 (mucin 13, MUC13)基因、al-岩藻糖转移酶基因（FUTl)在现有群体 中的基因频率分析
[0028] 此步骤是利用plink软件进行基因变异程度分析的，主要衡量判断指标为 MAF--最小等位基因频率，理论上若MAF〈0. 05,则说明此位点基本纯合，不需要进行分子 标记辅助选择；若MAFX). 05,说明群体存在变异，则可进行分子标记辅助选择。
[0029] 2)对现有群体的两个基因组合分布情况进行分析，包括各组合基因型个体数量及 频率
[0030] 利用excel的统计做图功能，分析两个基因组合分布情况。通过此步骤，可判断在 现有群体进行两个基因的分子育种难易程度。优势等位基因组合基因型GG/AA在现有核心 群中占有不同比例，可采用不同的选育方案：
[0031] a、若频率较高（大于0. 7)时，则可同时在公猪及母猪的选留中选择优势组合基因 型个体；
[0032] b、若是频率不高不低（0. 3-0. 7)时，则仅要求在公猪选留时选择优势组合基因型 个体；
[0033] c、若是频率较低（小于0. 3)时，则仅要求选留时测定表型同等表现下，优先选留 优势组合基因型个体。
[0034] 以上三种情况，选配时同等条件下优先考虑优势组合基因型个体。
[0035] 3)分析现有群体中两个基因的组合基因型与传统育种主选性状（日增重、料肉 比、背膘厚、瘦肉率、父系指数、母系指数、体型外貌等表型性状）的相关性
[0036] 通过R软件分析现有群体中两个基因的组合基因型与传统育种主选性状的相关 性，模型为：y= Ιμ+Ζα+e。其中，y为所测得的表型值，μ为总体平均值，Z为基因型的 指示矩阵，α为SNP随机加性遗传效应向量，且α - N(0，G〇 a 2) (G为分子血缘相关矩阵，