B*08限制肽和肽组合物抗癌免疫治疗和相关方法与流程

文档序号:26278535发布日期:2021-08-13 19:34阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种肽,其包括选自由seqidno:1至seqidno:251和seqidno:289至seqidno:291组成的组的一个氨基酸序列,c和/或n末端包含1-4个额外氨基酸的所述肽的序列长度变体,以及被至少一个保守氨基酸取代修饰的所述肽的变体序列(其中所述变体与主要组织相容性复合体(mhc)结合和/或诱导t细胞与所述变体肽发生交叉反应)及其一种药用盐(其中所述肽或其变体最长为16个氨基酸)。

2.根据权利要求1中所述的肽,其中所述肽或其变体有能力与mhc-i或-ii分子结合,并且其中所述肽与mhc结合时能够被cd4和/或cd8t细胞识别。

3.根据权利要求1至2任一项中所述的肽或其变体,其中所述肽或其变体的总长度为8至16个氨基酸、最优选为该肽该肽系由或基本系由根据任一seqidno:1至seqidno:251和seqidno:289至seqidno:291的氨基酸序列组成。

4.根据权利要求1至3任一项中所述的肽或其变体,其中所述肽被修饰和/或包含非肽键。

5.根据权利要求1至4任一项所述的肽或其变体,其中所述肽为融合蛋白的一部分,尤其包含hla-dr抗原相关不变链(ii)的n-端氨基酸。

6.一种抗体,特别是可溶性或膜结合性抗体,优选为单克隆抗体或其片段,其特异性地识别根据权利要求1至4任一项所述的肽或其变体,与mhc分子结合时优选为根据权利要求1至4中任一项所述的肽或变体。

7.一种t细胞受体,优选为可溶性或膜结合性受体或其片段,其与hla配体反应,其中所述配体是根据权利要求1至4任一项所述的肽或其变体,与mhc分子结合时优选为根据权利要求1至4中任一项所述的肽或变体。

8.根据权利要求7所述的t细胞受体,其中所述配体氨基酸序列与seqidno:1至seqidno:251和seqidno:289至seqidno:291任一个至少88%相同,或其中所述配体氨基酸序列包括seqidno:1至seqidno:251和seqidno:289至seqidno:291任何之一。

9.根据权利要求7或8中任何一项所述的t细胞受体,其中所述t细胞受体作为可溶性分子提供并任选具有进一步的效应子功能,如免疫刺激结构域或毒素。

10.一种适体,其特异性地识别根据权利要求1至4中的肽或其变体,优选为根据权利要求1至4中任一项所述的、与mhc分子结合的肽或变体。

11.一种核酸,其编码根据权利要求1至4中任一项所述的肽或其变体,根据权利要求6所述的抗体或其片段,根据权利要求7或8所述的t细胞受体或其片段,任选连接到异源启动子序列或表达所述核酸的表达载体。

12.一种重组宿主细胞,其包含根据权利要求1至6中任一项所述的肽,根据权利要求6所述的抗体或其片段,根据权利要求7或8所述的t细胞受体或其片段,或根据权利要求11所述的核酸或表达载体,其中所述宿主细胞优选为选自抗原提呈细胞,例如树突细胞、t细胞或nk细胞。

13.一种体外制备启动的t淋巴细胞的方法,该方法包括将t细胞与载有抗原的人i或ii类mhc分子进行体外连接,这些分子在合适的抗原提呈细胞表面或人工类比的抗原提呈细胞结构表面上表达足够的一段时间从而以抗原特异性方式启动t细胞,其中所述抗原为权利要求1至3任一项中所述的肽。

14.根据权利要求13中所述的方法制成的启动t淋巴细胞,其有选择性地识别一种细胞,该细胞提呈含权利要求1至3任一项中给定氨基酸序列的多肽。

15.一种药物组合物,其包括至少一种活性成分,该成分选自根据权利要求1至5任一项中所述的肽、根据权利要求6中所述的抗体或其片段、根据权利要求7或8中所述的t细胞受体或其片段、根据权利要求10中所述的适体、根据权利要求11中所述的核酸或表达载体、根据权利要求12中所述的宿主细胞或根据权利要求14中所述的活化t淋巴细胞,或共轭或标记的活性成分以及一种药用载体和任选的药用赋形剂和/或稳定剂。

16.一种用于制备根据权利要求1至6任一项中所述的肽或其变体、根据权利要求6所述的抗体或其片段或根据权利要求7或8所述的t细胞受体或其片段的方法,所述方法包括培养根据权利要求12所述的宿主细胞以及从所述宿主细胞和/或其培养基中分离出所述肽或其变体、所述抗体或其片段或所述t细胞受体或其片段。

17.根据权利要求1至5任一项中所述的肽、根据权利要求6中所述的抗体或其片段、根据权利要求7或8中所述的t细胞受体或其片段、根据权利要求10中所述的适体、根据权利要求11中所述的核酸或表达载体、根据权利要求12中所述的宿主细胞或根据权利要求14中所述的活化t淋巴细胞在药物中的用途。

18.一种杀灭患者体内靶向细胞的方法,其中靶向细胞提呈一种多肽,该多肽含权利要求1至3任一项中给定的氨基酸序列;一种给药方法,其中包括给予患者权利要求14中定义的有效量t细胞。

19.根据权利要求1至5任一项中所述的肽、根据权利要求6中所述的抗体或其片段、根据权利要求7或8中所述的t细胞受体或其片段、根据权利要求10中所述的适体、根据权利要求11中所述的核酸或表达载体、根据权利要求12中所述的宿主细胞或根据权利要求14中所述的活化t淋巴细胞在癌症诊断和/或治疗或制造抗癌药物中的用途。

20.根据权利要求19所述的用途,其中所述癌症为选自急性髓性白血病、乳腺癌、胆管细胞癌、慢性淋巴细胞白血病、结直肠癌、胆囊癌、胶质母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、头颈部鳞状细胞癌、黑色素瘤、非霍奇金淋巴瘤、肺癌(包括非小细胞肺癌腺癌、鳞状细胞非小细胞肺癌、小细胞肺癌)、卵巢癌、食管癌、胰腺癌、前列腺癌、肾细胞癌、膀胱癌、子宫和子宫内膜癌和其他肿瘤的组,这些肿瘤显示过量表达seqidno:1至seqidno:251和seqidno:289至seqidno:291的肽所衍生自的蛋白。

21.一种套件,包括:

a)包含药物组合物的容器,所述药物组合物包含根据权利要求1至5任一项中所述的肽、根据权利要求6中所述的抗体或其片段、根据权利要求7或8中所述的t细胞受体或其片段、根据权利要求10中所述的适体、根据权利要求11中所述的核酸或表达载体、根据权利要求12中所述的宿主细胞或根据权利要求14中所述的溶液或冻干形式的活化t淋巴细胞。

b)可选地,第二个容器,其含有冻干粉剂型的稀释剂或重组溶液;

c)可选的至少一种以上肽,选自由seqidno:1至seqidno:286和seqidno:289至seqidno:291组成的组,以及

d)可选地,(i)使用溶液或(ii)重组和/或使用冻干粉剂型的说明书。

22.根据权利要求21所述的药盒套件,进一步包括一个或多个(iii)缓冲剂,(iv)稀释剂,(v)过滤液,(vi)针,或(v)注射器。

23.一种用于生产用作个体患者的个性化抗癌疫苗或基于化合物的和/或细胞疗法,所述方法包括:

a)识别所述个体患者肿瘤样本提呈的肿瘤相关肽(tumap);

b)将a)中确定的肽与已经接受过免疫原性预筛查和/或与正常组织相比在肿瘤中过度提呈的存储库的肽进行比较。

c)选择与患者中识别的tumap匹配的存储库中的至少一种肽;和

d)生产和/或构想基于步骤c)的所述个性化疫苗或基于化合物的和/或细胞疗法。

24.根据权利要求23中所述的方法,其中所述tumap透过以下方法识别:

a1)将肿瘤样本的表达资料与肿瘤样本组织类型相应的正常组织样本的表达资料进行比较,以识别在肿瘤样本中过度表达或异常表达的蛋白;和

a2)将表达资料与肿瘤样本中mhci和/或ii类分子结合的mhc配体序列相关联,以识别肿瘤过度表达或异常的蛋白质衍生的mhc配体。

25.根据权利要求23或24所述的方法,其中mhc配体的序列的确定方法是:洗脱来自肿瘤样本分离的mhc分子结合肽,并测序洗脱配体。

26.根据权利要求23至25任一项所述的方法,其中该类型肿瘤样本相应的正常组织样本获得自同一患者。

27.根据权利要求23至26任一项中所述的方法,其中存储库包含的肽用基于以下步骤进行识别:

aa.透过高度并行的方法,例如微阵列或基于测序的表达谱,进行全基因组信使核糖核酸(mrna)表达分析,其包括识别相较于正常组织在恶性组织中过度表达的基因;

ab.选择步骤aa检测到的特异性表达或过量表达的基因所编码的肽,以及

ac.透过选定的肽确定诱导体内t细胞反应,包括使用健康供体或所述患者的人类t细胞的体外免疫原性测定;或

ba.用质谱法识别来自所述肿瘤样本的hla配体;

bb.透过高度并行的方法,例如微阵列或基于测序的表达谱,进行全基因组信使核糖核酸(mrna)表达分析,其包括识别相较于正常组织在恶性组织中过度表达的基因;

bc.比较识别的hla配体与所述基因表达资料;

bd.选择步骤bc检测到的特异性表达或过量表达的基因所编码的肽;

be.重新检测肿瘤组织上来自步骤bd的选定tumap、其在健康组织上缺乏或不经常检测到,并确定在mrna水平上过度表达的相关性;以及

bf.透过选定的肽确定诱导体内t细胞反应,包括使用健康供体或所述患者的人类t细胞的体外免疫原性测定。

28.根据权利要求23至27任一项所述的方法,其中存储库是否包括肽免疫原性由含有体外免疫原性实验、个体hla结合性患者免疫监测、mhc多聚体染色、elispot分析和/或细胞内细胞因子染色的一种方法确定。

29.根据权利要求23至28任一项所述的方法,其中所述存储库包括选自由seqidno:1至seqidno:286和seqidno:289至seqidno:291组成的组的多个肽。

30.根据权利要求23至29任一项所述的方法,其进一步包括以下步骤:识别与该个体患者相应正常组织相比对所述肿瘤样本具有唯一性的至少一种突变,以及选择与突变相关并包含于疫苗或用于产生细胞疗法的一种肽。

31.根据权利要求30中所述的方法,其中所述至少一种突变使用全基因组测序鉴定。


技术总结
本发明涉及用于免疫治疗方法的肽、蛋白质、核酸和细胞。特别是,本发明涉及癌症的免疫疗法。本发明还涉及单独使用或与其他肿瘤相关肽(刺激抗肿瘤免疫反应或体外刺激T细胞和转入患者的疫苗复合物的活性药物成分)联合使用的肿瘤相关T细胞(CTL)肽表位。与主要组织相容性复合体(MHC)分子结合的肽或与此同类的肽也可能是抗体、可溶性T细胞受体和其他结合分子的靶标。

技术研发人员:G·希姆马克;A·桑塔格;H·舒斯特;D·科瓦列夫斯基;M·罗默;J·弗里奇;O·斯科尔;T·温申克;H·辛格
受保护的技术使用者:伊玛提克斯生物技术有限公司
技术研发日:2019.12.18
技术公布日:2021.08.13
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