用于生物样本的分屏显示和用于捕捉其记录的系统和方法_4

文档序号:9401824阅读:来源:国知局
图像面板1002中的图像(例如,通过用鼠标光标在图像上点击)并且拖放与关注区域选择组件1018相关的图像,从而在图像中的不同区域位于关注区域选择组件1018的边界内。在示范性实施例中,在通过释放光标来放下图像时,在生物标记物面板1004中的缩略图像可以自动地被更新成显示被关注区域选择组件1018描绘的视场中的新的区域。在示范性实施例中,缩略图像也可以当图像被用户拖动时自动地被更新。在一些实施例中,该更新可以当用户与用户界面交互时实时地被执行,或替选地可以在用户与用户界面交互之后的时间延迟之后被执行。
[0138]示范性实施例可以使用户能够在相对于显示在主图像面板1002中的图像的固定位置处锁定关注区域选择组件1018。用户也可以能够解锁关注区域选择组件1018,从而相对于显示在主图像面板1002上的图像它是可移动的或可拖动的。
[0139]图12和13图解更新生物标记物面板1004以集中在关注的形态学特征1018 (例如关注的细胞)上的示范性使用。图12图解在其中形态学特征1200落在关注区域选择组件1018的边界的外部的主图像面板1002。同样地,生物标记物面板1004图解不包含关注的形态学特征1200的在主图像面板1002中的视场的区域。图13图解在其中关注的形态学特征1200已被引入到关注区域选择组件1018的边界内(通过调节相对于显示在主图像面板1002中的图像的关注区域选择组件1018的位置,和/或通过调节相对于关注区域选择组件1018的显示在主图像面板1002中的图像的位置)的主图像面板1002。在这个情形中,在生物标记物面板1004中的缩略图像自动地被更新成显示包含现在被关注区域选择组件1018描绘的形态学特征1200的视场的部分。
[0140]图15是用于显示在对应于生物样本的图像或图像的部分的视场中的一个或多个生物标记物的表达水平的示范性计算机实施的方法的流程图。在步骤1502中,图形用户界面可以被再现在视觉显示装置上。在步骤1504中,主图像面板和生物标记物面板可以被再现在用户界面上。
[0141]在步骤1506中,用户输入可以被接收,从而选择生物样本的视场。在步骤1508中,选择的视场的第一图像可以被再现在主图像面板上。
[0142]在步骤1510中,关注区域选择组件可以被覆盖在主图像面板中的第一图像上。关注区域选择组件可以描绘在第一图像中的第一区域。在步骤1512中,第一组缩略图像可以被再现在生物标记物面板中,该第一组缩略图像对应于在关注区域选择组件中描绘的第一区域。在示范性实施例中,在第一组缩略图像中的不同缩略图像可以显示在不同显示类型中的第一图像的相同的第一区域。比如,不同的缩略图像可以显示在关注区域选择组件中描绘的区域中的不同生物标记物的表达水平。
[0143]在步骤1514中,用户输入可以被接收以选择在第一图像中的不同区域用于更新缩略图像。在示范性实施例中,接收的用户输入可以包含:用户选择关注区域选择组件(例如通过使用鼠标光标在它的边界上点击)、将关注区域选择组件拖动到在第一图像上的不同位置(例如通过拖动光标)、并且在第一图像上的新位置处释放关注区域选择组件(例如通过释放光标)。替选地,接收的用户输入可以包含:用户在主图像面板上选择第一图像(例如通过使用鼠标光标在第一图像上点击)、相对于关注区域选择组件拖动第一图像(例如通过拖动光标)、并且释放第一图像从而第一图像的新区域被设置在关注区域选择组件下(例如通过释放光标)。
[0144]示范性实施例可以确定一个或多个数据组,该一个或多个数据组选择性地对应于在关注区域选择组件中描绘的视场的新区域中的生物标记物表达。示范性实施例可以为针对视场的新区域确定的选择性数据组来请求储存生物标记物表达数据的服务器。示范性实施例可以基于请求从服务器以流送方式接收被请求的数据组。在示范性实施例中,数据组可以当用户与用户界面交互时实时地被接收,或替选地可以在用户与用户界面交互之后的时间延迟之后被执行。
[0145]在示范性实施例中,提供用户界面的计算装置可以从远程服务器访问图像数据,该远程服务器在平铺的多分辨率数据结构中储存关于生物样本的生物标记物数据。在这个情形中,运行用户界面的计算装置可以确定针对它的目的被选择性要求的数据的片并且可以从服务器请求选择性的片。就是说,在一些实施例中关于整个生物样本的图像数据可以不被请求或不被预加载到用户界面中;而是相反地,可以从服务器请求在给定时间对比如缩略图像所要求的仅那些组图像数据。作为一个示例,当显示在GUI 200中的图像的缩放水平被调节时,计算装置可以被编程以从适合的锥体水平请求平铺图像。作为另一个示例,当针对显示在GUI 200中的图像执行平移操作时,计算装置能够被编程以为要被显示在主面板和/或(一个或多个)子面板内的图像的新的部分来请求平铺图像。使用这个方案在服务请求中最小化服务器开销并且减少针对它的用户界面需要被传输到计算装置的图像数据的量,由此使用户界面在响应于用户交互和请求时快速和高效。响应于对数据的请求,月艮务器可以访问数据的被请求的片,并且在一些情形中,执行数据的分析或确认。服务器可以随后将数据的片以流送方式传输到计算装置。
[0146]针对每个图像缩略图像,提供用户界面的计算装置可以确定被显示在用户界面中的一个或多个生物标记物和/或形态学特征的识别以及生物样本的识别。基于识别,计算装置可以确定要访问的适合的数据结构。比如,如果第一缩略图像显示来自包含第一生物标记物的表达水平的特定载片斑点的生物样本,则计算装置可以能够识别第一数据结构,该第一数据结构对第一生物标记物和特定载片斑点两者是特定的。类似地,如果第二缩略图像显示来自包含第二生物标记物的表达水平的载片斑点的生物样本,则计算装置可以能够识别第二数据结构,该第二数据结构对第二生物标记物和载片斑点两者是特定的。
[0147]针对每个缩略图像,计算装置可以随后确定在平铺的多分辨率数据结构中的哪个分辨率层应该针对图像数据被访问。为此,计算装置可以确定分辨率,缩略图像以该分辨率显示视场的区域或被请求以该分辨率显示视场的区域(例如,通过审查在缩略图像中的缩放水平和/或缩略图像和生物标记物面板的尺寸)。基于这个确定,计算装置可以访问处于适合的分辨率层的在数据结构中的图像。比如,如果缩略图像显示区域的放大版本,则计算装置可以确定处于数据结构的最高分辨率水平的图像应该被访问。
[0148]针对每个缩略图像,计算装置可以随后确定在选择的数据结构中的图像数据的哪些片应该被访问。为此,计算装置可以分析显示在主图像面板中的生物组织的视场,以及要被显示在缩略图像中的视场的区域。基于分析,计算装置可以确定要访问的图像数据的部分或片。图像数据的相关的片由此对应于对显示缩略图像必要的像素数据。
[0149]在步骤1516中,响应于用户输入和接收的生物标记物数据,生物标记物面板可以被更新成用第二组缩略图像替代第一组缩略图像,该第二组缩略图像显示在关注区域选择组件中描绘的第一图像的新区域。
[0150]在示范性实施例中,在主图像面板上的第一图像可以被更新成指示或描绘在步骤1514中选择的新区域,比如通过再现关注区域选择组件以描绘在第一图像中的新区域。
[0151]本领域一位普通技术人员将意识到图15的示范性方法可以包含比在示范性流程图中图解的那些步骤更多或更少的步骤,并且在示范性流程图中的步骤可以以与示出的次序不同的次序来执行。
[0152]针对牛物样本的示范件分屏显示和牛物标iP,物显示在一些实施例中,可以提供图形用户界面以组合在图2-7中图解的界面(用于能够实现生物样本的视场的分屏显示的查看)和在图10-14中图解的界面(用于能够实现在生物样本的视场的区域中的不同生物标记物的表达水平的查看)的特征。图16是实施两者能力的示范性图形用户界面1600。图形用户界面1600比如包含:图像导航组件1602,用于显示生物样本的图像或图像的部分;主图像面板1604,用于显示在生物样本的图像中的视场;和生物标记物面板1606,用于显示在区域内的一个或多个生物标记物的表达水平,该区域在显示在主图像面板1604的视场中。主图像面板1604可以被边界分成或被提供用于显示视场的两个邻接部分的两个示范性图像子面板1608、1610。图解在图16中的示范性特征和它们的操作连同图2-15被更详细描述。
[0153]用于数据访问的示范性网络体系结构图17描绘合适于实施例的实施的示范性网络环境1710。网络环境1710可以包含经由通信网络1710耦合到一个或多个客户端1706和1708的一个或多个服务器1702和1704。显著地,一个或多个客户端1706和1708以及一个或多个服务器1702和1704中的每个可以被实施为计算装置2300,如关于图23所描述的。因而,一个或多个客户端1706和1708以及一个或多个服务器1702和1704中的每个可以包含用于使服务器1702和1704经由通信网络1710能够与客户端1706和1708通信的网络接口 2312和网络装置2322。通信网络1710可以包含但不被限制到:互联网、内联网、LAN (局域网)、WAN (广域网)、MAN (城域网)、无线网络、光网络等等。由通信网络1710提供的通信设施能够支持如在本文中公开的协作分析和研究努力。
[0154]在示范性实施例中,服务器1702和1704中的一个或多个可以有利地提供用于比如依据参考图1A-1C描述的数据储存系统储存与在本文中描述的方法有关的数据的云环境和能力。特定示范性服务器可以是平铺式服务器,该平铺式服务器将图像数据储存为处于分辨率的不同层的数据的离散片。服务器1702、1704可以根据需要将图像数据以流送方式传输到请求客户端。在一些示范性实施例中,服务器1702和1704中的一个或多个也可以提供用于分析与在本文中描述的方法有关的数据的环境和能力。
[0155]客户端1706、1708中的一个或多个可以主控或实施用于被客户端计算装置的用户使用的在本文中描述的图形用户界面中的一个或多个。客户端1706、1708可以远程地访问一个或多个服务器1702、1704以请求为再现和/或更新图形用户界面所需要的数据的部分(例如数据的一个或多个片)。作为响应,服务器可以检索被请求的数据的仅那些部分并且可以将数据以流送方式传输到请求客户端。在一些实施例中,数据可以当用户与再现在客户端上的图形用户界面交互时被客户端请求并且以实时方式由服务器传输到客户端,或替选地可以在用户与用户界面交互之后的时间延迟之后被执行。
[0156]在示范性实施例中,请求从客户端到服务器的传输和/或数据从服务器到客户端的传输可能经受特定条件,诸如许可证协议。
[0157]在示范性实施例中,实施为平铺式服务器的服务器能够操作成响应于从被编程以执行⑶I 100、1000、和/或1600的实施例的一个或多个客户端接收的请求来检索、处理、和服务个别片。在客户端和平铺式服务器之间的通信能够经由通信协议诸如比如超文本传输协议来促进。平铺式服务器能够由客户端使用处理机界面诸如标准的基于web的HTTP界面可访问。处理机界面能够提供灵活的数据请求结构,该数据请求结构采用比如封装平铺式服务器的功能性的基于加密的Java脚本对象符号(JS0N)的图像数据询问。
[0158]图18示出图解基于能够被提交到平铺式服务器的平铺图像请求的在被编程以执行⑶I 100、1000、和/或1600的实施例的客户端计算装置和平铺式服务器之间的交互的示范性流程图。为了请求片,在步骤1800中客户端能够被编程以提交图像度量请求。图像度量请求能够被客户端用来得到信息,该信息能够被用来针对片来询问平铺式服务器。比如,过程请求能够请求图像度量,诸如图像高度、图像宽度、片高度、片宽度、图像目录的数目、最小锥体水平(例如最小分辨率水平)、和最大锥体水平(例如最大分辨率水平),其能够通过平铺式服务器被返回到客户端。在步骤1802中平铺式服务器能够将被请求的图像度量返回到客户端。
[0159]一旦客户端已接收被请求的图像度量,在步骤1804中客户端能够使用图像度量来请求特定平铺图像。在示范性实施例中,片能够顺序地被客户端请求。由客户端创建的对片的请求能够包含指定期望什么平铺图像的信息。响应于对片的请求,在步骤1806中平铺式服务器处理请求,并且识别平铺图像。在步骤1808中,平铺式服务器将被请求的平铺图像流送到客户端并且在步骤1810中平铺式服务器等待来自客户端的下一个片请求。如果客户端请求另一个平铺图像,则过程从步骤1804重复。否则,过程在步骤1812处结束。在示范性实施例中,平铺式服务器能够使用缓存以减少对病例管理器和/或文件系统的冗余和耗时的呼叫,因而加速它的对客户端请求的响应性。
[0160]当客户端请求片时,请求能够包含用于识别被请求的特定片的信息。在一个实施例中,能够基于对每个片的分开的HTTP请求从平铺式服务器检索片。在示范性实施例中,由客户端发起的请求能够包含:对载片图像的缩略图的请求;对从一个或多个通道组成的片的请求;对包含图片尺寸、片尺寸、以及可获得的锥体水平的图像度量的请求,和/或能够包含对信息的任何其它合适的请求。
[0161]在示范性实施例中,由客户端发起的请求能够采用用于创建URL询问的通用资源定位符(URL)协议,该URL询问含有参数(例如图像度量),诸如信息参数、索引参数、水平参数、图像高度参数、图像宽度参数、片高度参数、片宽度参数、和/或用于指定要被检索的特定片的任何其它合适的信息。如在本文中描述的,客户端能够被编程以提交对参数的图像度量请求并且服务器能够通过提供参数和它们的相关联的值来响应请求。信息参数能够是布尔值,该布尔值指示正被URL询问请求的信息(例如图像度量或平铺图像)的类型。比如,当信息参数被设置到“真”时,URL询问被配置成请求图像度量,并且如果信息参数被设置到“假”或未被指定,则URL询问被配置成请求平铺图像。索引参数能够包含整数值,该整数值指示针对被请求的片的X轴和y轴片位置。水平参数能够包含整数值,该整数值指示来自应该被返回的图像锥体的水平(例如比例和/或分辨率)。在示范性实施例中,水平参数能够包含指示来自图像锥体的最低水平的最小水平参数和指示来自图像锥体的最高水平的最大水平参数。图像高度参数对应于整个图像的高度并且图像宽度参数对应于整个图像的宽度。片高度参数对应于针对整个图像的片的高度并且片宽度参数对应于针对整个图像的片的宽度。
[0162]图19示出能够被客户端创建的图像度量请求1900的示例,其中信息参数1902被设置到“真”,并且图20示出由平铺式服务器提供的对图像度量请求的基于XML的响应20的示例,该基于XML的响应20比如包含针对图像高度参数2002、图像宽度参数2004、片高度参数2006、片宽度参数2008、和最小锥体水平参数2010、和最大锥体水平参数2012的值。图21示出能够被客户端创建的平铺图像请求2100的示例。平铺图像请求2100能够包含用于指定在请求2100中的特定平铺图像的图像度量2104的值2102。
[0163]图22是图解基于能够被提交到平铺式服务器的缩略图像请求的在被编程以执行⑶I 100、1000、和/或1600的实施例的客户端和平铺式服务器之间的交互的流程图。针对在其中缩略图能够被执行GUI 100、1000、和/或1600的实施例的客户端显示的实施例,客户端能够提交图像度量请求并且能够从平铺式服务器接收图像度量,如以上关于图18-20描述的。在步骤2200中,一旦客户端已接收被请求的图像度量,客户端能够使用图像度量来请求特定缩略图像。由客户端创建的对缩略图的请求能够包含信息,该信息指定整个图像的什么部分应该被包含在缩略图中。响应于对缩略图的请求,在步骤2202中,平铺式服务器处理请求并且识别对应于要被包含在缩略图像中的整个图像的该部分的片。被平铺式服务器识别的片能够从最大锥体水平被检索,该最大锥体水平最紧密地匹配在请求中指定的缩略图像的缩放水平。在步骤2204中,平铺式服务器能够将针对缩略图检索的片组合到单个图像中,并且在步骤2206中,平铺式服务器将图像缩小到期望的尺寸。在步骤2208中,图像被裁剪成匹配被请求的缩略图像的尺度,并且在步骤2210中,图像被传输到客户端用于在⑶I 100、1000、和/或1600中的一个或多个中显示为缩略图像。
[0164]示范性计算装置在本文中公开的系统和方法可以包含一个或多个可编程处理单元,该一个或多个可编程处理单元具有与其相关联的可执行指令,该可执行指令被保持在一个或多个计算可读介质、RAM、R0M、硬盘驱动器、和/或硬件上。在示范性实施例中,硬件、固件和/或可执行代码比如可以被提供为用于连同现有的基础结构(例如现有的装置/处理单元)一起使用的(一个或多个)升级模块。硬件比如可以包含用于执行在本文中作为计算过程教导的实施例的组件和/或逻辑电路。
[0165]如在本文中使用的术语“计算机可读介质”指的是非瞬态储存硬件、非瞬态储存装置或非瞬态计算机系统存储器,其可以被控制器、微控制器、计算系统或计算系统的模块访问以在其上编码计算机可执行指令或软件程序。“计算机可读介质”可以被计算系统或计算系统的模块访问以检索和/或执行在介质上被编码的计算机可执行指令或软件程序。非瞬态计算机可读介质可以包含但不被限制到下述中的一个或多个类型:硬件存储器、非瞬态有形介质(比如,一个或多个磁储存盘、一个或多个光盘、一个或多个USB闪盘驱动器)、计算机系统存储器或随机存取存储器(诸如DRAM、SRAM, EDO RAM)等等。
[0166]比如也可以包含用于再现依据本公开内容的图形用户界面的显示和/或其它反馈装置。显示和/或其它反馈装置可以是独立设备或可以被包含为(一个或多个)处理单元的一个或多个组件/模块。在示范性实施例中,显示和/或其它反馈装置可以被用来同时描述对应于生物组织样品的图像或图像的部分的视场的形态学和统计表示两者。
[0167]可以被用来实施本实施例中的一些的实际软件代码或控制硬件不意图限制这样的实施例的范围。比如,在本文中描述的实施例的特定方面可以以代码来实施,该代码使用任何合适的编程语言类型,诸如比如使用比如传统或面向对象编程技术的汇编代码、C、C#或C++。这样的代码被储存或保持在下述中的任何类型上:合适的一个或多个非瞬态计算机可读介质,诸如比如磁或光储存介质。
[0168]如在本文中使用的,“处理器”、“处理单元”、“计算机”或“计算机系统”比如可以是下述的无线或有线种类:微计算机、小型计算机、服务器、主机、膝上型电脑、个人数字助理(PDA)、无线电子邮件装置(比如,“黑莓(BlackBerry)”、“安卓(Android)”或“苹果(Apple)”行业指定的装置)、蜂窝电话、寻呼机、处理器、传真机、扫描仪、或配置成通过网络传输和接收数据的任何其它可编程装置。在本文中公开的计算机系统可以包含存储器,该存储器用于储存在得到、处理和传送数据中使用的特定软件应用。能够意识到这样的存储器可以在公开的实施例的内部或外部。存储器也可以包含用于储存软件的非瞬态储存介质,该非瞬态储存介质包含硬盘、光盘、软盘、ROM (只读存储器)、RAM (随机存取存储器)、PR0M (可编程R0M)、EEPR0M (电可擦除PR0M)、闪存储存装置等等。
[0169]图23描绘表示示范性计算装置2300的框图,该示范性计算装置2300可以被用来实施在本文中公开的
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