1.一种方法，包括：
(a)获得多组寡核苷酸的混合物，其中每组内的寡核苷酸各自包含末端索引子序列，并且可以组装以产生合成子；和
(b)将所述寡核苷酸混合物与阵列杂交，从而将不同组的寡核苷酸彼此空间上分离。
2.权利要求1的方法，其中所述寡核苷酸是单链寡核苷酸。
3.权利要求1的方法，其中所述混合物包含双链寡核苷酸。
4.权利要求1的方法，其中所述寡核苷酸是单链的并且包含3'发夹。
5.权利要求4的方法，包括：使所述阵列与包含聚合酶和核苷酸的溶液接触，从而延长所述发夹，并为每个被所述寡核苷酸结合的特征产生一组双链延伸产物。
6.权利要求1的方法，其中所述寡核苷酸直接与固定在阵列上的寡核苷酸杂交。
7.权利要求1的方法，其中所述寡核苷酸经由衔接子与固定在阵列上的寡核苷酸杂交。
8.根据权利要求7所述的方法，其中所述方法包括：使所述阵列与包含聚合酶和核苷酸的溶液接触，从而延长所述衔接子并为每个被所述寡核苷酸结合的特征产生一组双链延伸产物。
9.权利要求1的方法，还包括：
(c)使所述阵列与溶液接触，从而为每个被所述寡核苷酸结合的特征产生包含一个或多个特征的分立液滴。
10.根据权利要求9所述的方法，还包括在所述液滴上放置不混溶液体，从而为每个被所述寡核苷酸结合的特征产生由液滴限定的分立的反应室。
11.权利要求10的方法，还包括在使得每个反应室中组装合成子的条件下下温育所述阵列。
12.权利要求11的方法，其中所述液滴包含双链寡核苷酸或双链延伸产物，并且所述溶液包含IIs型限制性内切核酸酶、DNA连接酶和ATP，其中所述IIs型限制性内切核酸酶消化所述双链寡核苷酸或双链延伸产物的产物被分立反应室中的DNA连接酶以限定的顺序彼此连接，从而产生合成子。
13.权利要求11的方法，其中所述寡核苷酸是单链寡核苷酸，并且所述方法包括：
从所述寡核苷酸切割掉末端索引子序列，以从至少一些所述寡核苷酸释放出组装序列；和
通过聚合酶链式组装或通过连接反应从所述组装序列组装合成子。
14.权利要求13的方法，其中所述从所述寡核苷酸切割掉所述末端索引子序列包括切割可光切割的联接。
15.权利要求1的方法，其中所述寡核苷酸是包含交错的可光切割或可化学切割的联接的双链寡核苷酸，并且其中所述方法包括使用光或化学处理切割所述交错的可切割联接，以产生能够按顺序彼此连接的片段。
16.权利要求11的方法，还包括从所述阵列分离所述合成子。
17.一种包含多组寡核苷酸的组合物，其中每个组内的寡核苷酸包含：(i)末端索引子序列和(ii)组装序列，其中所述末端索引子序列和组装序列由可光切割或可化学切割的接头分开，并且每组寡核苷酸的各组装序列可以组装以产生合成子。
18.权利要求17的组合物，其中每个组的各组装序列包含重叠互补序列，所述重叠互补序列在末端索引子序列被切割后能够彼此直接连接。
19.权利要求17的组合物，其中每个组的各组装序列包含重叠互补序列，所述重叠互补序列可以在末端索引子序列被切割后通过聚合酶链式组装而组装。
20.一种装置，包括：
平面支持物，
所述平面支持物的表面上的多个空间上独立的液滴，和
覆盖所述液滴的不可混溶的液体，
其中所述装置包括多个由所述液滴限定的反应室，且每个反应室包含不同的合成子。