肺癌预测系统的制作方法

技术特征：

1.一种肺癌预测系统，其特征在于，包括：

获取模块，用以获取SHOX2基因中标志物的甲基化程度，所述标志物为SHOX2基因中chr3:157821233-157821604位之间的CpG位点；以及，

判断模块，用以比较所述标志物的甲基化程度与设定阈值，当所述标志物的甲基化程度低于所述设定阈值时，判断肺癌发生。

2.如权利要求1所述的肺癌预测系统，其特征在于，所述标志物为SHOX2基因中chr3:157821233-157821604位之间的第50、60、68、86、106、116、120、126、223、227和235位的CpG位点。

3.如权利要求2所述的肺癌预测系统，其特征在于，所述设定阈值为其中，

a_i(i＝1,2,…,11)分别为SHOX2基因中chr3:157821233-157821604位之间第50、60、68、86、106、116、120、126、223、227和235位的单个CpG位点的甲基化程度阈值，a₁为0.04～0.1，a₂为0.011～0.016，a₃为0.08～0.16，a₄为0.065～0.12，a₅为0.11～0.3，a₆为0.15～0.4，a₇为0.13～0.28，a₈为0.04～0.14，a₉为0.11～0.16，a₁₀为0.1～0.17，a₁₁为0.01～0.4；

X_i(i＝1,2,…,11)分别对应SHOX2基因中chr3:157821233-157821604位之间的第50、60、68、86、106、116、120、126、223、227和235位的CpG位点，当某一CpG位点的甲基化程度参与比较时，对应所述CpG位点的X_i取值为1，否则取值为0。

4.如权利要求1所述的肺癌预测系统，其特征在于，所述标志物为SHOX2基因中chr3:157821303-157821353位之间的CpG位点。

5.如权利要求4所述的肺癌预测系统，其特征在于，所述标志物为SHOX2基因中chr3:157821303-157821353位之间的第86、106、116、120和126位的CpG位点。

6.如权利要求5所述的肺癌预测系统，其特征在于，所述设定阈值为其中，

a_i(i＝1,2,…,5)分别为SHOX2基因中chr3:157821233-157821604位之间第86、106、116、120和126位的单个CpG位点的甲基化程度阈值，a₁为0.065～0.12，a₂为0.11～0.3，a₃为0.15～0.4，a₄为0.13～0.28，a₅为0.04～0.14；

X_i(i＝1,2,…,5)分别对应SHOX2基因中chr3:157821303-157821353位之间的第86、106、116、120和126位的CpG位点，当某一CpG位点的甲基化程度参与比较时，对应所述CpG位点的X_i取值为1，否则取值为0。

7.如权利要求1所述的肺癌预测系统，其特征在于，所述获取模块还包括检测装置，所述检测装置用以检测SHOX2基因中所述标志物的甲基化程度。

8.如权利要求7所述的肺癌预测系统，其特征在于，所述检测装置包括：

提取单元，用以提取包括所述SHOX2基因的DNA样品；

转化单元，用以通过亚硫酸盐将DNA中未甲基化CpG位点的C转化为U，得到转化产物；

扩增单元，用以通过聚合酶链式反应PCR扩增所述转化产物，获得扩增产物；

消化单元，用以通过虾碱性磷酸酶SAP消化所述扩增产物，获得消化产物；

转录和酶切单元，用以转录和酶切所述消化产物，获得包括短链RNA的转录和酶切产物；

测定单元，用以通过质谱方法测定所述短链RNA，获得所述SHOX2基因中标志物的甲基化程度。

9.如权利要求8所述的肺癌预测系统，其特征在于，所述扩增单元包括涵盖所述SHOX2基因中标志物CpG位点的引物。

10.如权利要求9所述的肺癌预测系统，其特征在于，所述引物包括引物对，所述引物对的正向引物选自SEQ ID NO.2，相应的反向引物选自SEQ ID NO.3；或，

所述引物对的正向引物选自SEQ ID NO.4，相应的反向引物选自SEQ ID NO.5；或，

所述引物对的正向引物选自SEQ ID NO.6，相应的反向引物选自SEQ ID NO.7。

11.如权利要求8所述的肺癌预测系统，其特征在于，所述检测装置还包括：

纯化单元，用以通过树脂纯化所述转录和酶切产物，纯化所述短链RNA。

12.如权利要求8所述的肺癌预测系统，其特征在于，所述质谱方法为飞行质谱方法。

13.如权利要求1所述的肺癌预测系统，其特征在于，还包括：

输出模块，用于输出所述获取模块和/或判断模块的运行结果。