淀粉样蛋白β中的C-末端表位及其构象选择性抗体的制作方法

文档序号:15102253发布日期:2018-08-04 16:01阅读:630来源:国知局
这篇PCT申请要求2015年11月9日提交的美国专利申请序列号62/253044;2016年6月20日提交的美国专利申请序列号62/352,346;2016年7月22日提交的美国专利申请序列号62/365,634;以及2016年9月12日提交的美国专利申请序列号62/393,615的优先权权益;其各自通过引用并入本文。
技术领域
本公开涉及C-末端淀粉样蛋白β(A-β或Aβ)表位及其抗体,并且更具体地涉及预测并显示在A-β寡聚体中选择性可接近的构象A-β表位及其相关抗体组合物和用途。
背景技术
:作为36-43个氨基酸肽存在的淀粉样蛋白-β(A-β)是通过β和γ分泌酶由淀粉样前体蛋白(APP)释放的产物。在AD患者中,A-β可存在于可溶性单体、不溶性原纤维和可溶性寡聚体中。在单体形式中,A-β以主要为非结构化的多肽链形式存在。在原纤维形式中,A-β可以聚集成不同的形态,通常称为菌株。这些结构中的一些已经通过固态NMR测定。例如,在蛋白质数据库(PDB)中可获得几种原纤维菌株的结构,原子分辨率三维结构数据的晶体学数据库包括三重对称Aβ结构(PDB输入,2M4J);Aβ-40单体的双重对称结构(PDB输入2LMN)和Aβ-42单体的单链平行寄存器结构(PDB输入2MXU)。Lu等报道了2M4J的结构[8],Xiao等报道了2MXU的结构[9]。Petkova等报道了2LMN的结构[10]。已显示A-β寡聚体可杀死培养物中的细胞系和神经元,并且在切片培养物和活体动物中封闭促进记忆的关键性突触活动(称为长时程增强(LTP))。至今尚未确定寡聚体的结构。此外,NMR和其它证据表明寡聚体不存在于单一明确界定的结构中,而是存在于具有有限规律性的构象可塑可延展结构体系中。而且,毒性寡聚体种类的浓度远低于单体或原纤维的浓度(估计值会有所不同,但大约低于或高于1000倍),使得这个目标难以实现。已经描述了结合A-β的抗体。标题为“诊断阿尔茨海默病和/或轻度认知障碍的生物标志物和方法”的WO2010128139A1公开了通过评估给定受试者体液中能够结合pGluA-β的抗体水平来诊断阿尔茨海默病的方法。标题为“针对β-淀粉样蛋白肽的人源化抗体”的美国专利9,273,126B2描述了针对A-β序列AIIGLMVGGVV(SEQIDNO:13)的抗体和用于诊断方法。标题为“检测淀粉样蛋白β肽的新测定”的WO2011033046A1公开了用于检测A-β(1-40)的方法。标题为“单克隆抗体及其用途”的EP1717250A1公开了抗体A-βC-末端序列35-40MVGGVV(SEQIDNO:14)和38-42GVVIA(SEQIDNO:15)及其用途。使用与甲状腺球蛋白结合的肽制备抗体。标题为“用于检测生物样品中的Aβ特异性抗体的方法”的WO2014161875A1公开了使用A-β变体检测A-β特异性抗体以用于诊断阿尔茨海默病的方法。标题为“用于POLYQ蛋白质的生物分析”的WO2010015592A2和Weihofen等[12]描述了GGVV(SEQIDNO:1)C-末端蛋白标签。Paganetti等[11]描述了针对A-β40的游离C-末端肽GGVV(SEQIDNO:1)的A-β1-40特异性单克隆抗体用于确定A-β1-40水平的用途。通过用一组单克隆抗体进行筛选,还已经在药用墙草(Parietariaofficinalis)主要变应原的N-末端鉴定出GGVV(SEQIDNO:1)[13]。优选或选择性结合A-β寡聚体而不是单体或原纤维或者单体和原纤两者的抗体是理想的。技术实现要素:本文描述的是在包含和/或由残基GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位和特异性和/或选择性结合所述表位的抗体组成的A-β中的表位,且更特别是构象表位。表位可以选择性暴露于使寡聚体种类与单体和/或原纤维种类区分开的构象中的A-β的寡聚体种类。一个方面包括环状化合物,环状化合物包含:A-β肽,其中,所述A-β肽包含GVV和至多6个A-β连续残基;和连接子,其中,所述连接子共价偶联至A-β肽N-末端残基和A-β肽C-末端残基。在一种实施方式中,所述肽选自GGVV(SEQIDNO:1)、GGVVI(SEQIDNO:8)、VGGVVI(SEQIDNO:7)、VGGVV(SEQIDNO:6)和VGGV(SEQIDNO:5)。在另一种实施方式中,环状化合物是环状肽。在另一种实施方式中,本文所述的环状化合物包含:i)在相应的直链化合物和/或原纤维情况下与G和/或V相比,环状化合物中G和/或V的曲率相差至少10%、至少20%或至少30%;ii)至少一种选自G和V的残基,其中,在相应的直链化合物和/或原纤维情况下与相应的二面角相比,所述残基的至少一种二面角相差至少30度、至少40度、至少50度、至少60度、至少70度、至少80度、至少90度、至少100度、至少110度、至少120度、至少130度、至少140度、至少150度;和/或iii)与相应的直链化合物相比,通过熵测量的V的构象受至少10%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%的更多约束。在另一种实施方式中,A-β肽是GGVVIA(SEQIDNO:15)。在另一种实施方式中,所述化合物还包含可检测标记。在另一种实施方式中,所述连接子包含1-8个氨基酸和/或任选地包含一个或多个可官能化部分的等同功能分子,或由其组成。在另一种实施方式中,所述连接子氨基酸选自A和G,任选地其中可官能化部分为C。在另一种实施方式中,所述连接子包含氨基酸GCG或由其组成。在另一种实施方式中,所述连接子包含PEG分子。在另一种实施方式中,该环状化合物选自以下结构:一个方面包括包含本文所述的环状化合物的免疫原。在一种实施方式中,所述化合物偶联至载体蛋白质或免疫原性增强剂。在另一种实施方式中,所述载体蛋白质是牛血清白蛋白(BSA)或免疫原性增强剂是钥孔血蓝蛋白(KLH)。一个方面包括包含本文所述化合物或本文所述免疫原的组合物。在一种实施方式中,本文所述的组合物还包含佐剂。在另一种实施方式中,该佐剂是磷酸铝或氢氧化铝。一个方面包括特异性结合具有GGVV序列(SEQIDNO:1)或相关表位序列的A-β肽的分离抗体,其任选地如SEQIDNO:1-15中任一个所示。在一种实施方式中,与相应的直链化合物相比,抗体特异性和/或选择性结合本文所述的环状化合物中的A-β肽中的表位。在一种实施方式中,所述表位包含主要参与结合抗体的GVV的至少两个连续氨基酸残基或由其组成,其中,所述至少两个连续氨基酸是嵌入GVV(任选地GGVV(SEQIDNO:1)或GGVVI(SEQIDNO:8))内的GV,或者其中,所述至少两个连续氨基酸是嵌入GGV(任选地GGVV(SEQIDNO:1)、GGVVI(SEQIDNO:8))内的GG,或者其中,所述至少两个连续氨基酸是嵌入GVV(任选地GGVV(SEQIDNO:1)或GGVVI(SEQIDNO:8))内的VV。在另一种实施方式中,A-β肽和/或表位包含GGVV(SEQIDNO:1)、GGVVI(SEQIDNO:8)、VGGVVI(SEQIDNO:7)、VGGVV(SEQIDNO:6)和VGGV(SEQIDNO:5),或由其组成。在另一种实施方式中,相比于相应的直链肽,抗体选择性结合包含GGVV(SEQIDNO:1)的环状化合物。在另一种实施方式中,相比于相应的直链肽,抗体对环状化合物具有至少2倍、至少3倍、至少5倍、至少10倍、至少20倍、至少30倍、至少40倍、至少50倍、至少100倍、至少500倍、至少1000倍更高的选择性。在另一种实施方式中,与A-β单体和/或A-β原纤维相比,所述抗体选择性结合A-β寡聚体。在另一种实施方式中,相比于A-β单体和/或A-β原纤维,抗体对A-β寡聚体具有至少2倍、至少3倍、至少5倍、至少10倍、至少20倍、至少30倍、至少40倍、至少50倍、至少100倍、至少500倍、至少1000倍更高的选择性。在另一种实施方式中,抗体不特异性和/或选择性结合包含序列GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位的直链肽,任选地其中,直链肽的序列是用于产生抗体的环状化合物的直链形式,任选地具有如SEQIDNO:2、3或4所示的序列的直链肽。在另一种实施方式中,该抗体缺乏或具有可忽略的与A-β单体和/或A-β原纤维斑块的原位结合。在另一种实施方式中,所述抗体是单克隆抗体或多克隆抗体。在另一种实施方式中,所述抗体是人源化抗体。在另一种实施方式中,所述抗体是选自Fab、Fab'、F(ab')2、scFv、dsFv、ds-scFv、二聚体、纳米抗体、微型抗体、双抗体及其多聚体的抗体结合片段。另一种实施方式中,本文所述抗体包含轻链可变区域和重链可变区域,任选地融合,所述重链可变区域包含互补决定区域CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3,所述轻链可变区域包含互补决定区域CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3,并且所述CDR的氨基酸序列包含以下序列:CDR-H1GFTFSNYW(SEQIDNO:17)CDR-H2IRLKSYNYAT(SEQIDNO:18)CDR-H3LRWIDY(SEQIDNO:19)CDR-L1QDINSY(SEQIDNO:20)CDR-L2RAN(SEQIDNO:21)CDR-L3PQYDEFPYT(SEQIDNO:22)在另一种实施方式中,所述抗体包含重链可变区域,所述重链可变区域包含:i)如SEQIDNO:24所示的氨基酸序列;ii)具有与SEQIDNO:24至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或至少90%序列同一性的氨基酸序列,其中,CDR序列如SEQIDNO:17、18和19所示,或iii)保守取代的氨基酸序列i)。在另一种实施方式中,所述抗体包含轻链可变区域,所述轻链可变区域包含:i)如SEQIDNO:26所示的氨基酸序列,ii)具有与SEQIDNO:26至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或至少90%序列同一性的氨基酸序列,其中,CDR序列如SEQIDNO:20、21和22所示,或iii)保守取代的氨基酸序列i)。在另一种实施方式中,重链可变区域氨基酸序列由SEQIDNO:23所示的核苷酸序列或其密码子简并或优化形式编码;和/或抗体包含由SEQIDNO:25所示的核苷酸序列或其密码子简并或优化形式编码的轻链可变区域氨基酸序列。在另一种实施方式中,所述重链可变区域包含SEQIDNO:24所示的氨基酸序列或由其组成,和/或所述轻链可变区域包含SEQIDNO:26所示的氨基酸序列或由其组成。在另一种实施方式中,抗体与包含如表13所列举的CDR序列的抗体竞争结合人A-β。一个方面包括包含本文所述抗体和可检测标记或细胞毒性剂的免疫缀合物。在一种实施方式中,可检测标记包含发射放射性核素的正电子,任选地用于诸如PET成像的受试者成像。一个方面包括包含本文所述的抗体或本文所述的免疫缀合物的组合物,任选地具有稀释剂。一个方面包括编码本文所述化合物或免疫原的蛋白质部分、本文所述抗体或本文所述蛋白质免疫缀合物的核酸分子。一个方面包括包含本文所述核酸的载体。一个方面包括表达本文所述抗体和/或包含所述载体的细胞。一个方面包括包含本文所述的化合物、本文所述的免疫原、本文所述的抗体、本文所述的免疫缀合物、本文所述的组合物、本文所述的核酸分子、本文所述的载体或本文所述的细胞的试剂盒。一个方面包括制备本文所述的抗体的方法,该方法包括向受试者施用本文所述的化合物或免疫原或包含所述化合物或免疫原的组合物;以及分离抗体和/或表达对所施用的化合物或免疫原和/或A-β寡聚体具有特异性和/或选择性的抗体的细胞,任选地缺乏或具有可忽略的与包含A-β肽的直链肽的结合和/或缺乏或具有可忽略的斑块结合。一个方面包括确定生物样品是否含有A-β的方法,该方法包括:a.在允许形成抗体:A-β寡聚体复合物的条件下,使样品与本文所述的抗体或本文所述的免疫缀合物接触;以及b.检测任何复合物的存在。在一种实施方式中,生物样品含有A-β寡聚体,该方法包括:a.在允许形成抗体:A-β寡聚体复合物的条件下,使样品与对A-β寡聚体具有特异性和/或选择性的本文所述的抗体或本文所述的免疫缀合物接触;以及b.检测任何复合物的存在;其中,可检测复合物的存在表明样品可能含有A-β寡聚体。在另一种实施方式中,测量复合物的量。在另一种实施方式中,样品包含脑组织或其提取物、全血、血浆、血清和/或CSF。在另一种实施方式中,从人中获得样品。在另一种实施方式中,将样品与对照,任选地与先前样品进行比较。在另一种实施方式中,通过SPR检测A-β的水平。一个方面包括测量受试者中A-β水平的方法,该方法包括向风险中或怀疑患有AD或患有AD的受试者施用包含本文所述抗体的免疫缀合物,其中,所述抗体缀合至可检测标记;以及检测标记,任选地定量检测标记。在一种实施方式中,标记是发射放射性核素的正电子。一个方面包括在受试者中诱导免疫响应的方法,其包括向受试者施用本文所述的化合物或化合物组合,任选地包含GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位肽序列的环状化合物、免疫原和/或包含所述化合物或所述免疫原的组合物;以及任选地分离特异性或选择性结合所施用化合物或免疫原中的A-β肽的细胞和/或抗体。一个方面包括抑制A-β寡聚体增殖的方法,该方法包括使表达A-β的细胞或组织与有需要的受试者接触或向其施用有效量的本文所述的A-β寡聚体特异性或选择性抗体或免疫缀合物,以抑制A-β聚集和/或寡聚体增殖。一个方面包括治疗AD和/或其它A-β淀粉样蛋白相关疾病的方法,该方法包括向有需要的受试者施用i)有效量的本文所述的抗体或免疫缀合物,任选地A-β寡聚体特异性或选择性抗体,或包含所述抗体的药物组合物;2)施用包含GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位序列或免疫原的分离环状化合物或包含所述环状化合物的药物组合物,或3)向有需要的受试者施用编码1的抗体或2的免疫原的核酸,或包含所述核酸的载体。在一种实施方式中,使用本文所述的抗体对来自待治疗受试者的生物样品评估A-β的存在或水平。在另一种实施方式中,施用多于一种抗体或免疫原。在另一种实施方式中,将抗体、免疫缀合物、免疫原、组合物或核酸或载体直接施用于脑或CNS的其它部分。在另一种实施方式中,所述组合物是包含与药学上可接受的稀释剂或载体混合的化合物或免疫原的药物组合物。一个方面包括包含由如SEQIDNO:1-15所示序列中任一种序列组成的Aβ肽的分离肽。在一种实施方式中,肽是包含连接子的环状肽,其中,所述连接子共价偶联至A-β肽N-末端残基和/或A-βC-末端残基。在一种实施方式中,本文所述的分离环状肽包含可检测标记。一个方面包括编码分离肽的核酸序列。一个方面包括表达抗体的杂交瘤。根据以下详细描述,本公开的其它特征和优点将变得显而易见。然而,应该理解的是,在表明本公开的优选实施方式时的详细描述和特定实施例仅仅是以示例的方式给出的,因为根据该详细描述,在本公开的精神和范围内的各种变化和修改对于本领域技术人员将变得显而易见.附图说明现在将结合附图描述本公开的实施方式,其中:图1:由集合坐标法(图A)和法(图B)确定的暴露可能性为序列的函数。图2:根据残基指数的曲率。显示了环状肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)的平衡体系的平均曲率(图A),与直链肽的平均曲率(图B),以及在原纤维中各种单体的平均曲率(图C)。图D-F显示了每种肽中所有残基的平均曲率值的收敛性检验。图3:涉及残基38G的侧链和主链原子的角O-C-Cα-Hα1(图A),O-C-Cα-Hα2(图B)和O-C-Cα-N(图C)的二面角分布,涉及40V的侧链原子的角O-C-Cα-Cβ(图D)的二面角分布。插图中显示了38G和40V的示意图;在其上采用二面角的相应键比其它键更暗。表2提供了重叠的百分比值。表3给出了分布的峰值。图4:对于每个残基37G(图A)、38G(图B)、39V(图C)和40V(图D)绘制的直链和环状肽中各个二面角相对于原纤维中熵的熵变。图E:单个残基的侧链熵-不包括主链拉氏熵。图F:单个残基的侧链加主链(总)构象熵,对于残基39V和40V,环状肽比直链肽更具刚性,环状肽中的低侧链构象熵支持可以有助于赋予选择性的明确构象构型。图G绘制了每个残基相对于直链肽的熵损失,明确显示局部化至环状体系的熵损失是显著的,这表明直链肽采用与环状表位一致的构象是罕见的。在这种受限制的构象集中的概率大约是exp(-△S)≈0.001。通过对伴随的熵损失进行焓补偿增强处于原纤维构象的概率。图5:在环状形式(左图)和直链形式(中间图)的肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)的残基38G的平衡主链拉氏角以及在原纤维2MXU(右图)的情况下残基38G的主链拉氏角。表4显示了每个直链、环状和原纤维(2MXU)形式的残基38G之间拉氏角的重叠概率。表5显示了相应分布的峰值角。图6:残基GGVV(SEQIDNO:1)的溶剂可接近的表面积(SASA)的曲线。环状肽以虚线表示,直链肽用实心黑灰线表示,原纤2MXU以实心浅灰线表示。图7:图A:来自两个不同视点的重叠图片中显示了环状和直链肽中残基37G、38G、39V和40V的比对矩心结构,环状肽残基以黑色显示,直链肽残基以白色显示。图B:环状肽结构CGGGVVG(SEQIDNO:2)和直链肽结构CGGGVVG(SEQIDNO:2)的两种视图,均以甘草表示,因此可以看到侧链的取向。图C:含有表位残基GGVV(SEQIDNO:1)的环状肽的代表示意图,包括具有环肽键的环状肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)、在G和C残基之间具有PEG2连接子的环状肽C-PEG2-GGVVG(SEQIDNO:3)和在C和V残基之间具有PEG2连接子的环状肽CGGGVV-PEG2(SEQIDNO:4)。图8:显示了直链肽和环肽以及Aβ40多肽2M4J的C-末端部分的表位GGVV(SEQIDNO:1)的溶剂可接近的表面积。图9:通过均方根偏差(RMSD)进行聚类的图;轴对应于环状肽体系的矩心结构中相对于GGVV(SEQIDNO:1)的GGVV(SEQIDNO:1)的RMSD、直链肽体系的矩心结构中相对于GGVV(SEQIDNO:1)的GGVV(SEQIDNO:1)的RMSD和PDBID2MXU原纤维体系的矩心结构中相对于GGVV(SEQIDNO:1)的GGVV(SEQIDNO:1)的RMSD。每个点对应于取自环状肽平衡体系,直链肽平衡体系或由PDBID2MXU开始的原纤维平衡体系的给定构象。三个不同的视点呈现于图A-C中。环状肽体系由深灰色圆圈显示,与直链或原纤维体系在构象上不同。图D-G显示了肽的环状、直链和原纤维形式的分布之间重叠的收敛检验。数字重叠百分比显示在表6中。特别地,环状肽和原纤维肽2MXU具有0%重叠。图10:通过RMSD对其它原纤维菌株构象进行聚类的图;轴对应于环状肽体系的矩心结构中相对于GGVV(SEQIDNO:1)的GGVV(SEQIDNO:1)的RMSD、直链肽体系的矩心结构中相对于GGVV(SEQIDNO:1)的GGVV(SEQIDNO:1)的RMSD和几种Aβ40原纤维模型的平衡体系的矩心结构中相对于GGVV(SEQIDNO:1)的GGVV(SEQIDNO:1)的RMSD。每个点对应于取自环状肽或原纤维平衡体系(PDBID2M4J、2LMN和2LMP)的各种“菌株”的给定构象。图11:通过表面等离子体共振(SPR)初级筛选组织培养上清液克隆与环状肽和直链肽(图A)以及A-β寡聚体和A-β单体(图B)的组织培养上清液的直接结合测定,仅显示了IgG克隆。图12:比较SPR直接结合测定中mAb与环状肽的结合与ELISA的图,显示了IgG、IgM和IgA克隆。图13:选择对环状肽,直链肽,A-β单体(A)和A-β寡聚体(AO)的克隆的SPR直接结合测定。图14:使用6E10阳性对照抗体(A)和针对环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)产生的抗体(B)对尸体AD脑中的斑块进行免疫组织化学染色。图15:使用SPR间接(捕获)结合测定对选择和纯化的抗体进行次级筛选。来自AD患者的合并可溶性脑提取物(BH)与捕获抗体的SPR结合响应减去来自非AD对照的合并脑提取物与捕获抗体的结合响应。图16:与A-β寡聚体结合的抗体的验证。SPR传感图和不同浓度商业制备的稳定的A-β寡聚体与固定化抗体结合的结合响应图。图A显示了阳性对照mAb6E10的结果,图B显示了阴性同种型对照的结果,图C显示了针对环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)产生的抗体的结果,图D绘制了针对具有环状肽与1微摩尔浓度的A-β寡聚体产生的所选择的抗体克隆的结合。图17:显示使用包含GGVV(SEQIDNO:1)的环状肽产生的代表性抗体存在(星号)或不存在(正方形)时A-β聚集体外增殖的图。图18:显示在存在或不存在不同摩尔比的阴性同种型对照(A)或存在或不存在针对(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)产生的抗体(B)时暴露于毒性A-β寡聚体(AβO)的大鼠原代皮层神经元存活率的图。对照包括单独培养的神经元(CTRL),用不含寡聚体的抗体温育的神经元和含有或不含寡聚体的神经保护性人肌肽(HNG)培养的神经元。表1显示了直链、环状和原纤维2MXU形式中37G、38G、39V和40V残基的曲率值。表2显示了图3中呈现的二面角分布的重叠百分比。表3显示了这些二面角的二面角分布的峰值,这些二面角分布显示了环状肽和其它种类之间的差异。列1是所考虑的特定二面角,列2是在直链肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)的情况下该角度的二面角分布的峰值,列3是在环状肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)的情况下该角度的二面角分布的峰值,列4是在原纤维结构2MXU的情况下肽GGVV(SEQIDNO:1)的二面角分布的峰值,列5是直链和环状肽之间二面角分布峰值的差异,参见图3。表4显示了图5中呈现的残基38G的拉氏角的重叠概率。表5显示了拉氏主链phi/psi角分布的峰值。第1列是考虑的残基,其表现出两个角度phi和psi,用括号表示。第2列表示在直链肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)情况下残基38G的拉氏phi/psi角的峰值。而第3列表示在环状肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)情况下残基38G的拉氏phi/psi角的峰值,最后一列表示在原纤维结构2MXU的情况下38G的拉氏phi/psi角的峰值,参见图5。表6显示了如图9所呈现的肽的直链、环状和原纤维(2MXU)形式之间RMSD聚类的重叠百分比。表7给出了在环状、直链和原纤维体系的矩心构象中残基G37、G38、V39和V40的主链和侧链二面角的值,它还给出了环状和直链矩心结构之间以及环状和原纤维矩心结构之间的二面角差异。表8显示了所选择的抗体的结合性质。表9显示了对所选择的抗体的结合性质总结。表10列出了针对环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)产生的抗体的寡聚体结合-单体结合。表11列出了在福尔马林固定的组织上测试的抗体的性质。表12是示例性毒性测定。表13列出了CDR序列。表14列出了重链和轻链可变序列。表15是A-β“表位”序列和具有连接子的选择A-β序列的表。表16提供了A-β1-42氨基酸序列。具体实施方式本文提供了可以靶向优先在A-β毒性寡聚种类(包括与阿尔茨海默病相关的寡聚种类)中可接近的表位的抗体、免疫治疗组合物和方法。已经鉴定了A-β中的区域,其可以特异性和/或选择性接近在A-β的寡聚种类中结合的抗体。如本文所证明,通过鉴定单体和/或原纤维上不存在或存在程度较低的A-β肽上的靶标来实现寡聚体特异性抗体的产生。寡聚体特异性表位在一级序列中不必与单体或原纤维中相应的区段不同,然而它们在寡聚体的情况下构象是不同的。也就是说,就单体和/或原纤维中不存在(或不宜)的寡聚体中的主链和/或侧链构象而言,它们将呈现出不同的构象。产生于直链肽区域的抗体对于寡聚体可以不是选择性的,因此也可以与单体或A-β斑块结合。如本文所述,为了开发对A-β的寡聚体形式可以是选择性的抗体,本发明人试图鉴定在原纤维的情况下易于破坏并且可能暴露在寡聚体表面上的A-β序列的区域。如实施例所述,本发明人已经鉴定了他们已经确定了在原纤维情况下易于破坏的区域。本发明人设计了包含已鉴定的靶标区域的环状化合物以满足不同构象的标准(例如更高的曲率、更高的暴露表面积、不同二面角分布),和/或不容易通过均方根偏差(RMSD)与直链或原纤维体系比对。可以使用包含靶标区域的环状肽产生抗体,该抗体与相同序列的直链肽(例如相应的直链序列)相比选择性地结合环状肽。描述了实验结果并鉴定了表位特异性和构象选择性抗体,该抗体与合成单体相比选择性结合合成寡聚体、对于对照CSF优先结合来自AD患者的CSF和/或对于对照可溶性脑提取物优先结合来自AD患者的可溶性脑提取物。AD脑组织的进一步染色鉴定了显示没有或可忽略斑块结合的抗体,并且体外研究发现抗体抑制Aβ寡聚体增殖和聚集。I.定义如本文所用,术语“A-β”可以不同地称为“淀粉样蛋白beta”,“淀粉样蛋白β”,Abeta,A-beta或“Aβ”。淀粉样蛋白β是36-43个氨基酸的肽,并且如本文所用,包括所有种类的所有野生型和突变体形式,特别是人A-β。A-β40是指40个氨基酸的形式;A-β42是指42个氨基酸形式等。人野生型A-β42的氨基酸序列示于SEQIDNO:16中。如本文所用,本文中的术语“A-β单体”是指A-β(例如1-40、1-41、1-42、1-43)肽的单个亚基形式。如本文所用,本文中的术语“A-β寡聚体”是指多种A-β亚基中的任一种,其中,几个(例如至少两个)A-β单体非共价地聚集在小于约100,或更通常小于约50个单体的构象柔性的、部分有序的三维小球中。例如,寡聚体可以含有3或4或5或更多种单体。如本文所用的术语“A-β寡聚体”包括合成的A-β寡聚体和/或天然的A-β寡聚体。“天然A-β寡聚体”是指体内形成的A-β寡聚体,例如在患有AD的受试者的脑和CSF中形成的。如本文所用,术语“A-β原纤维”是指包含在电子显微镜下显示纤维状结构的非共价相关的单个A-β肽的组装体的分子结构。纤维状结构通常是“交叉β”结构;关于多聚体的大小没有理论上限,并且原纤维可以包含成千或成千上万个单体。原纤维可以通过成千个单体聚集以形成老年斑块,这是AD的主要病理学形态诊断之一。术语“GGVV”意指如SEQIDNO:1所示的氨基酸序列甘氨酸、甘氨酸、缬氨酸和缬氨酸。类似地,GVV、GGV、VGGV(SEQIDNO:5)、VGGVV(SEQIDNO:6)、VGGVVI(SEQIDNO:7)和GGVVI(SEQIDNO:8)是指由1字母氨基酸编码鉴定的氨基酸序列。根据上下文,氨基酸序列的参照可以指A-β中的序列或分离肽,例如环状化合物的氨基酸序列。本文所用的术语“在单体和/或原纤维中由G37、G38、V39和/或V40占据的不同构象”意指与在相应的A-β单体和/或A-β原纤维结构(例如PDB2MXU)中的G37、G38、V39和/或V40的所述性质相比,具有选自例如在实施例中描述的环状肽所测量的溶剂可接近性、电荷、熵、曲率的一种或多种不同构象性质(例如在包含GGVV(SEQIDNO:1)肽的情况下)、RMSD结构比对和一个或多个主链或侧链二面角的二面角,并在图1-11和/或表中示出。另外,本文所用的术语“在直链肽中由G37、G38、V39和/或V40占据的不同构象”意指与在相应的直链A-β线性肽或GGVV(SEQIDNO:1)中的G37、G38、V39和/或V40的所述性质相比,具有选自溶剂可接近性、电荷、熵、曲率的一种或多种不同构象性质(例如在包含GGVV(SEQIDNO:1)肽的情况下,例如在实施例中描述的环状肽所测量的)、RMSD结构比对和一个或多个主链或侧链二面角的二面角。例如,图2和表1显示,环状肽体系中GGVV(SEQIDNO:1)中的V39和V40显著比原纤维体系构象中GGVV(SEQIDNO:1)的曲率更大。直链肽体系的相应残基的曲率比原纤维体系的曲率更大。此外,环状肽体系的曲率显著比残基V39的直链肽体系的曲率更大,而直链体系的V40的曲率高于环状的曲率。环状体系G37和G38的曲率也低于直链肽的曲率,并且与原纤维的曲率相当。环状肽体系表位的曲率谱与直链或原纤维体系的曲率谱不同,意味着可以赋予构象选择性(特别是通过残基V39和V40),其在环状肽中显示出比直链肽或原纤维显著不同的曲率。图3A显示了环状肽体系中G38的角(O-C-CA-HA1)的二面角分布与直链肽和原纤维的相应分布具有最小重叠:直链和原纤维分布与环状分布的重叠分别为4.4%和2.6%。其它二面角分布具有更多重叠,然而即使单个二面角分布的小差异也可以组合以产生全部不同的抗原谱。如下所述,使用比对确认的聚类分析更清楚地阐明了这一点。图4G证明了环状肽比直链肽受更多约束,但小于原纤维。图4F显示了V39和V40在环状肽体系中比它们在单体中受更多约束,表明直链单体将很少会存在与环状肽一致的构象。图5证明了环状肽中主链G38的拉氏二面角的分布与单体的那些分布显著不同,并且与原纤维中的那些分布更相似。图6显示了与原纤维相比,特别是对于V39和V40,残基GGVV(SEQIDNO:1)具有增加的溶剂可接近的表面积SASA。图7显示了环状肽和直链肽的代表性(矩心)结构是不同的。图8显示了环状肽和直链肽的代表性(矩心)结构的表面积谱是不同的。同样,包括电荷的Aβ40的表面积谱不同于GGVV(SEQIDNO:1)的环状表面积谱:V40在Aβ40中具有正电荷。图9显示了GGVV(SEQIDNO:1)的环状肽平衡结构与原纤维2MXU中的直链肽或相应序列的平衡结构不同地聚类,而直链和原纤维体系没有明显的区别。图10显示了对于其它原纤维菌株也是如此。术语“氨基酸”包括所有天然存在的氨基酸以及修饰的L-氨基酸。氨基酸的原子可以包括不同的同位素。例如,氨基酸可以包含取代氢的氘、取代氮-14的氮-15和取代碳-12的碳-13以及其它类似的变化。本文所用的术语“抗体”旨在包括单克隆抗体、多克隆抗体、单链、镶饰抗体、人源化抗体和其它嵌合抗体及其结合片段(包括例如单链Fab片段、Fab'2片段或单链Fv片段。抗体可以来自重组来源和/或在动物(例如兔子、美洲驼、鲨鱼等)中生产。还包括可以在转基因动物中或使用生物化学技术产生或可以从诸如噬菌体文库的文库中分离的人抗体。人源化或其它嵌合抗体可以包括来自一种或多种同种型或类别或种类的序列。短语“分离抗体”是指已经从生产抗体的来源中去除的体内或体外生产的抗体,例如动物、杂交瘤或其它细胞系(如生产抗体的重组昆虫、酵母或细菌细胞)。分离的抗体任选地是“纯化的”,这意指至少:80%、85%、90%、95%、98%或99%的纯度。如本文所用的术语“结合片段”涉及包含比完好或完整抗体或抗体链更少的氨基酸残基且结合抗原或与完好抗体竞争的抗体或抗体链的一部分或部分。示例性的结合片段包括但不限于Fab、Fab'、F(ab')2、scFv、dsFv、ds-scFv、二聚体、纳米抗体、微型抗体、双抗体和其多聚体。片段可以通过化学或酶处理完好或完整的抗体或抗体链而获得。片段也可以通过重组手段获得。例如,可以通过用胃蛋白酶处理抗体产生F(ab')2片段。可以处理所得到的F(ab')2片段以还原二硫键而生产Fab'片段。木瓜蛋白酶消化可以导致Fab片段的形成。也可以通过重组表达技术构建Fab、Fab'和F(ab')2、scFv、dsFv、ds-scFv、二聚体、微型抗体、双抗体、双特异性抗体片段和其它片段。本领域公认的术语“IMGT编号”或“ImMunoGeneTics数据库编号”是指编号氨基酸残基的系统,其比抗体的重链和轻链可变区域中的其它氨基酸残基或其抗原结合部分更可变(即高变)。当抗体被称为特异性结合例如GGVV(SEQIDNO:1)的表位时,意指抗体特异性结合含有特定残基或其部分的肽,例如GGVV的至少2个残基,具有最小亲和力,并且不结合比例如同种型对照抗体更大的无关序列或无关序列空间取向。这样的抗体不一定与GGVV(SEQIDNO:1)的每个残基接触,并且所述表位内的每个单个氨基酸取代或缺失不一定显著影响和/或同等影响结合亲和力。当抗体被称为选择性结合诸如构象表位例如GGVV(SEQIDNO:1)的表位时,意指该抗体优先结合含有特定残基的一种或多种特定构象或具有比它以另一种构象结合所述残基更大亲和力的部分。例如,当抗体被称为相对于相应的直链肽选择性结合包含GGVV或相关表位的环状肽,抗体以比它结合直链肽至少高2倍的亲和力结合环状肽。如本文所用,术语“构象表位”是指其中表位氨基酸序列具有特定三维结构的表位,其中,不存在或不太可能存在于相应直链肽中的三维结构的至少一个方面被同源抗体特异性和/或选择性识别。特异性和/或选择性结合构象特异性表位的抗体识别该构象特异性/选择性表位的一种或多种氨基酸的空间排列。例如GGVV(SEQIDNO:1)构象表位是指特异性和/或选择性被抗体识别的GGVV(SEQIDNO:1)的表位,例如与直链GGVV(SEQIDNO:1)相比至少2倍、3倍、5倍、10倍、50倍、100倍、250倍、500倍或1000倍或以上的更高选择性。如本文所用的术语“相关表位”意指至少两个GGVV(SEQIDNO:1)残基,其是在A-βGGVV(SEQIDNO:1)至少两个残基的N-末端或C-末端中包含1或2个氨基酸残基的抗原性和/或序列。例如,本文中显示GGVV(SEQIDNO:1)、VGGVV(SEQIDNO:6)和GGVVI(SEQIDNO:8)被鉴定为A-β原纤维中易于失调的区域。因此,GGVV(SEQIDNO:1)、VGGVV(SEQIDNO:6)和GGVVI(SEQIDNO:8)是相关表位。示例性的相关表位可以包括表15中序列的表位。相关表位的序列被称为“相关表位序列”。关于氨基酸序列(例如GGVV(SEQIDNO:1)中的G37或G38或V39或V40)内的氨基酸或其侧链,或关于较大多肽中的氨基酸序列,本文所用的术语“受约束构象”意指相对于相应的直链肽(例如直链化合物)序列或在更大多肽的情况下序列的氨基酸二面角的旋转移动性降低,导致允许的构象数目减少。这可以例如通过发现主链和侧链二面角自由度体系的熵降低来量化,并且对于每个氨基酸,相对于直链体系,环状体系和原纤维体系中熵降低被绘制在图4G中。对于直链和环状肽体系,来自原纤维体系的熵增加,每个氨基酸中的各个二面角绘制在图4A-D中。例如,如果序列中的侧链具有比直链肽更少的构象自由度,则熵将减少。这种构象限制会增强特异性产生于该抗原的抗体的构象选择性。本文所用的术语“受更多约束构象”意指一种或多种二面角的二面角分布(允许的二面角的体系)比对比构象受更多约束至少10%,如例如通过氨基酸例如G和/或V(例如受更多约束的构象具有更低的熵)的熵所确定的。具体而言,由平均熵变所确定的相对于直链和环状肽的平均熵的百分比降低,[(△S(环状)–△S(直链))/(0.5*(△S(环状)+△S(直链))],在整个受更多约束的构象体系中GGVV(SEQIDNO:1)比来自不受约束的构象体系的熵平均降低超过10%或降低超过20%或降低超过30%或降低超过40%。上式中的熵△S是由相对于原纤维的熵获得的,例如,△S(直链)=S(环状)–S(直链)。例如根据图4F中绘制的数据计算的熵降低百分比分别为67%(V39)和43%(V40)。G38也显示13%的熵损失,然而G37实际上显示61%的环状构象的熵增益。直链相对于环状肽的整体熵降低(相对于原纤维熵)是平均值(△S(环状)-△S(直链))/(0.5*(△S(环状)+△S(直链)))=-27%,即27%熵降低。如本文所用的关于抗体的术语“没有或可忽略的斑块结合”或“缺乏或具有可忽略的斑块结合”意指抗体在免疫组织化学(例如原位)上不显示典型的斑块形态染色,并且染色水平与用IgG阴性(例如不相关的)同种型对照看到的水平相当或不超过2倍。术语“分离肽”是指例如通过重组或合成技术生产并从生产肽的来源(如重组细胞或残余肽合成反应物)中除去的肽。分离肽任选地是“纯化的”,这意指至少:80%、85%、90%、95%、98%或99%的纯度和任选的药物级纯度。如本文所用的术语“可检测标记”是指诸如肽序列(例如myc标签,HA标签,V5标签或NE标签),可被附加或引入到本文所述的肽或化合物中且能够直接或间接生产可检测信号的荧光蛋白。例如,标记可以是不透射线的,正电子发射放射性核素(例如用于PET成像)或放射性同位素(例如3H、13N、14C、18F、32P、35S、123I、125I、131I);荧光(荧光团)或化学发光(发色团)化合物(如异硫氰酸荧光素、罗丹明或萤光素);酶(如碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶或辣根过氧化物酶);成像剂;或金属离子。可检测标记也可以间接检测,例如使用第二抗体。通常使用的术语“表位”意指抗体特异性识别的抗原中的抗体结合位点,通常是多肽区段。如本文所用的“表位”还可以指使用所述的集合坐标方法在A-β上鉴定的氨基酸序列或其部分,可以使用包含表位序列的肽来产生抗体。例如,针对与包含鉴定靶标区域GGVV(SEQIDNO:1)的环状化合物相对应的分离肽产生的抗体可识别所述表位序列的部分或全部。在本说明书的上下文中,当表位可接近地被抗体结合时,表位是“可接近的”。如本文所用的术语“更大亲和力”是指抗体X与靶标Z更强地结合(Kon)和/或具有更小的解离常数(Koff)的抗体结合的相对程度,并且在这种情况下抗体X对靶标Y具有比对Z更大亲和力。同样,本文中的术语“较低亲和力”是指抗体X与靶标Y更低强度地结合和/或具有比靶标Z更大的解离常数的抗体结合的程度,并且在这种情况下抗体X对靶标Y具有比对Z更低亲和力。抗体与其靶标抗原之间结合的亲和力可以表示为等于1/KD的KA,其中,KD等于kon/koff。kon和koff值可以使用表面等离子体共振技术来测量,例如使用MolecularAffinityScreeningSystem(MASS-1)(SierraSensorsGmbH,Hamburg,德国)。与直链形式的相应序列(例如非环化序列)相比,例如对环状化合物(任选环状肽)中呈现的构象具有选择性的抗体对环状化合物(例如环状肽)具有更大亲和力。同样如本文所用,术语“免疫原性”是指引发抗体生产、激活针对免疫原抗原部分的T细胞和其它反应性免疫细胞的物质。关于环状化合物的术语“相应的直链化合物”是指包含或由与环状化合物相同的序列或化学部分组成但例如具有直链肽溶液中存在性质的直链(即非环化)形式的化合物(任选肽),例如相应的直链化合物可以是未环化的合成肽。如本文所用的关于抗体的“特异性结合”意指抗体识别表位序列并以最小亲和力结合其靶标抗原。例如,多价抗体以至少1e-6、至少1e-7、至少1e-8、至少1e-9或至少1e-10的KD结合其靶标。大于至少1e-8的亲和力可能是优选的。诸如包含一种可变结构域的Fab片段的抗原结合片段可以以比与非片段化抗体的多价相互作用低10倍或100倍的亲和力结合其靶标。如本文所用的关于选择性结合A-β形式(例如原纤维、单体或寡聚体)或环状化合物的抗体的术语“选择性结合”意指抗体以至少2倍、至少3倍、至少5倍、至少10倍、至少100倍、至少250倍、至少500倍或至少1000倍或更高的亲和力结合所述形式。因此,与另一种形式和/或直链肽相比,对特定构象(例如寡聚体)更具选择性的抗体优先以至少2倍等的更大亲和力结合特定形式的A-β。如本文所用的术语“连接子”意指可以共价连接至包含GGVV(SEQIDNO:1)表位肽(任选地连接至GGVV(SEQIDNO:1)肽N-末端和C-末端)的肽的化学部分以生产环状化合物。连接子可以包含间隔子和/或一个或多个可官能化的部分。通过可官能化部分的连接子可以连接至载体蛋白或免疫原增强剂例如钥孔血蓝蛋白(KLH)。如本文所用的术语“间隔子”意指任何优选非免疫原性或免疫原性较差的化学部分,其可直接或间接共价连接至肽N-末端和C-末端以生产长度比肽本身更长的环状化合物,例如间隔子可以连接至由GGVV(SEQIDNO:1)组成的肽的N-末端和C-末端以生产主链长度比GGVV(SEQIDNO:1)序列本身更长的环状化合物。也就是说,当环化时,具有间隔子(例如3个氨基酸残基)的肽比没有间隔子的肽具有更大的闭环。间隔子可以包括但不限于诸如G、A或PEG重复的部分,例如当与A-β肽组合时,序列是GGGVVG(SEQIDNO:9)、GGVVG(SEQIDNO:10)、GGGVV(SEQIDNO:11)等。间隔子可以包含一个或多个官能化部分或与其偶联,例如一种或多种半胱氨酸(C)残基,其可以散布在间隔子内或与间隔子的一种或两个末端共价连接。当诸如C残基的可官能化部分共价连接至间隔子的一种或多种末端时,间隔子间接共价连接至肽。间隔子还可以包含间隔子残基中的可官能化部分,如将生物素分子引入到氨基酸残基中的情况。如本文所用的术语“可官能化部分”是指具有“官能团”的化学实体,其在本文所用时是指与一种原子基团或单个原子反应的另一种原子基团或单个原子(所谓的“互补官能团”)以在两个基团或原子之间形成化学相互作用。在半胱氨酸的情况下,官能团可以是可以反应形成二硫键的-SH。因此,例如连接子可以是CCC。与另一种原子基团的反应可以是共价键或强非共价键,例如可以具有Kd~1e-14的生物素-链霉抗生物素蛋白键的情况。本文所用的强非共价键意指具有至少1e-9、至少1e-10、至少1e-11、至少1e-12、至少1e-13或至少1e-14的Kd的相互作用。蛋白质和/或其它试剂可以被官能化(例如偶联)至环状化合物上以帮助免疫原性,或在体外研究中充当探针。为了该目的,可以使用能够反应的任何可官能化的部分(例如形成共价或非共价但强的键)。在一种具体的实施方式中,可官能化的部分是半胱氨酸残基,其与感兴趣的蛋白质上的未配对的半胱氨酸反应以形成二硫键,其可以是例如免疫原性增强剂如钥孔血蓝蛋白(KLH),或用于体外免疫印迹或免疫组织化学测定的载体蛋白如牛血清白蛋白(BSA)。如本文所用的术语“与......反应”通常意指存在电子的流动或静电电荷的转移导致形成化学相互作用。如本文所用的术语“动物”或“受试者”包括动物界的所有成员,包括哺乳动物,任选地包括或不包括人。如本文所用的“保守氨基酸取代”是其中一种氨基酸残基被另一种氨基酸残基取代而不消除蛋白质所需性质的取代。通过用具有相似疏水性、极性和R链长度的氨基酸相互替代可以制备合适的保守氨基酸取代。保守氨基酸取代的实例包括:如本文所用的术语“序列同一性”是指两条多肽序列或两条核酸序列之间的序列同一性百分比。为了确定两个氨基酸序列或两个核酸序列的百分比同一性,将序列进行比对以达到最佳比较目的(例如可以在第一个氨基酸或核酸序列的序列中引入空位以与第二个氨基酸或核酸序列进行最佳比对)。然后比较相应氨基酸位置或核苷酸位置上的氨基酸残基或核苷酸。当第一个序列中的位置被与第二个序列中相应位置相同的氨基酸残基或核苷酸占据时,然后则该分子在该位置是相同的。两个序列之间的百分比同一性是序列共有的相同位置的数目的函数(即,同一性%=相同重叠位置的数目/位置的总数×次数×100%)。在一种实施方式中,这两个序列具有相同的长度。两个序列之间的百分比同一性的确定也可以使用数学算法完成。用于比较两个序列的数学算法的优选的非限制性实例是Karlin和Altschul的算法(Karlin和Altschul,1990,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.87:2264-2268),在Karlin和Altschul,1993,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.90:5873-5877中改进。这种算法并入Altschul等1990,J.Mol.Biol.215:403的NBLAST和XBLAST程序中。可以用NBLAST核苷酸程序参数集进行BLAST核苷酸搜索,例如分数=100,字长=12以获得与本申请的核酸分子同源的核苷酸序列。可以用XBLAST程序参数集进行BLAST蛋白质搜索,例如得分-50,字长=3以获得与本文所述的蛋白质分子同源的氨基酸序列。为了获得用于比较目的的空位比对,可以如Altschul等1997,NucleicAcidsRes.25:3389-3402中所述的使用空位BLAST。或者,PSI-BLAST可用于进行检测分子间远缘关系的迭代搜索(Id.)。当使用BLAST、空位BLAST和PSI-Blast程序时,可以使用各个程序(例如XBLAST和NBLAST)的默认参数(参见例如NCBI网站)。用于比较序列的数学算法的另一种优选的非限制性实例是Myers和Miller的算法(Myers和Miller,1988,CABIOS4:11-17)。这种算法并入作为GCG序列比对软件包的一部分的ALIGN程序(版本2.0)中。当使用ALIGN程序比较氨基酸序列时,可以使用PAM120权重残基表,12的空位长度罚分和4的空位罚分。两个序列之间的同一性百分比可以使用与上述相似的技术来确定,有或没有允许空位。在计算百分比同一性时,通常只计算精确匹配。对于抗体,当通过IMGT或其它(例如Kabat编号惯例)最大程度地比对抗体序列时,可以确定百分比序列同一性。比对后,如果受试者抗体区域(例如重链或轻链的完整成熟可变区域)与参照抗体的相同区域进行比较,则受试者和参照抗体区域之间的百分比序列同一性是在受试者和参照抗体区域中由相同氨基酸占据的位置的数量除以两个区域的比对位置的总数,未计数的空位乘以100以转换为百分比。如本文所用的术语“核酸序列”是指由天然存在的碱基、糖和糖间(主链)连接组成的核苷或核苷酸单体的序列。该术语还包括包含非天然存在的单体或其部分的经修饰或取代的序列。本申请的核酸序列可以是脱氧核糖核酸序列(DNA)或核糖核酸序列(RNA),并且可以包括天然存在的碱基,包括腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸苷和尿嘧啶。序列还可以含有修饰的碱基。这种修饰的碱基的实例包括氮杂和脱氮腺嘌呤、鸟嘌呤,胞嘧啶、胸苷和尿嘧啶;和黄嘌呤和次黄嘌呤。核酸可以是双链或单链的,并且代表有义链或反义链。此外,术语“核酸”包括互补核酸序列以及密码子优化或同义密码子等价物。如本文所用的术语“分离的核酸序列”是指当通过重组DNA技术生产时基本上不含细胞物质或培养基的核酸,或当化学合成时的化学前体或其它化学物质。分离的核酸也基本上不含天然位于该核酸所来源的核酸侧翼的序列(即位于核酸5'和3'末端的序列)。“有效连接”旨在表示核酸以允许核酸表达的方式与调控序列连接。合适的调控序列可以来源于多种来源,包括细菌、真菌、病毒、哺乳动物或昆虫的基因。选择合适的调控序列取决于所选择的宿主细胞,并且可以由本领域普通技术人员容易地完成。这种调控序列的实例包括:转录启动子和增强子或RNA聚合酶结合序列,核糖体结合序列(包括翻译起始信号)。另外,根据所选择的宿主细胞和所用载体,可以将其它序列例如复制起点、额外的DNA限制性位点、增强子和赋予转录诱导性的序列并入到表达载体中。如本文中所用的术语“载体”包含用于核酸分子的任何中间媒介物,其使得所述核酸分子例如能够被引入到原核和/或真核细胞中和/或整合到基因组中,并包括质粒、噬菌粒、噬菌体或病毒载体(如基于逆转录病毒的载体,腺相关病毒载体等)。如本文所用的术语“质粒”通常是指染色体外遗传物质的构建体,通常是环状DNA双链体,其可独立于染色体DNA复制。“至少适度严格的杂交条件”是指选择促进溶液中两个互补核酸分子之间的选择性杂交的条件。杂交可以发生在全部或部分核酸序列分子上。杂交部分的长度通常至少为15(例如20、25、30、40或50)个核苷酸。本领域技术人员将认识到,核酸双链体或杂合体的稳定性由Tm决定,Tm在含钠缓冲液中是钠离子浓度和温度的函数(Tm=81.5℃-16.6(Log10[Na+])+0.41(%(G+C)-600/1)或类似等式)。因此,确定杂交稳定性的洗涤条件中的参数是钠离子浓度和温度。为了鉴定与已知核酸分子相似但不相同的分子,可以假设1%错配而导致Tm降低约1℃,例如如果寻找具有>95%同一性的核酸分子,则最终洗涤温度将降低约5℃。基于这些考虑,本领域技术人员将能够容易地选择适当的杂交条件。在优选实施方式中,选择严格杂交条件。举例来说,可采用以下条件实现严格杂交:基于上述等式,在Tm-5℃下在5x氯化钠/柠檬酸钠(SSC)/5x邓波特溶液/1.0%SDS下进行杂交,接着在60℃下0.2×SSC/0.1%SDS中洗涤。中等严格的杂交条件包括在42℃下3xSSC中进行洗涤步骤。然而,应该理解的是,使用不同的缓冲液、盐和温度可以实现等同的严格性。有关杂交条件的其它指导可见于:CurrentProtocolsinMolecularBiology,JohnWiley&Sons,N.Y.,2002,以及:Sambrook等人,MolecularCloning:aLaboratoryManual,ColdSpringHarborLaboratoryPress,2001。如本文所用以及如本领域中充分理解的术语“治疗”意指用于获得有益或期望结果(包括临床结果)的方法。有益的或期望的临床结果可包括但不限于一种或多种症状或病症的缓解或改善、疾病程度的减少、疾病状态的稳定(即不恶化),预防疾病的传播,疾病进展的延缓或减缓,疾病状态的改善或减轻,疾病复发的减少以及缓和(无论是部分还是全部),无论是可检测的还是不可检测的。如果不接受治疗,“治疗”也意指与预期的生存期相比延长的生存期。如本文所用的“治疗”还包括预防性治疗。例如,可以治疗具有早期AD的受试者以预防进展,可以用本文所述的化合物、抗体、免疫原、核酸或组合物治疗以预防进展。如本文所用的术语“施用”意指向细胞或受试者施用治疗有效剂量的本公开的化合物或组合物。如本文所用,短语“有效量”意指在实现期望结果所需的剂量和时间段内有效的量。施用于受试者时的有效量可以根据诸如疾病状态、年龄、性别、受试者体重等因素而变化。可以调整剂量方案以提供最佳治疗响应。术语“药学上可接受的”意指载体、稀释剂或赋形剂与制剂的其它组分相容并且对其接受者基本上不有害。“包含”或“包括”一种或多种所列举的元素的组合物或方法可以包括未具体列举的其它元素。例如,“包含”或“包括”抗体的组合物可以含有单独的抗体或与其它成分组合的抗体。在理解本公开的范围时,如本文所用的术语“由......组成”及其派生词旨在是指定所陈述的特征、元素、组件、组、整体和/或步骤的存在的封闭式术语,并且还排除其它未陈述的特征、元素、组件、组、整体和/或步骤的存在。本文通过端点列举的数值范围包括包含在该范围内的所有数字和分数(例如1至5包括1、1.5、2、2.75、3、3.90、4和5)。还应该理解的是,所有数字和分数都被认为是由术语“约”修饰的。此外,应该理解的是,除非内容明确地另外指出,否则“一个”,“一种”和“该”包括复数指代。术语“约”意指正在进行参照的数目的正或负0.1-50%、5-50%或10-40%,优选10-20%,更优选10%或15%。此外,在特定部分中描述的定义和实施方式旨在适用于本文所述的其它实施方式,如本领域技术人员将理解的那样,它们适合于这些实施方式。例如,在下面的段落中,更详细地定义了本发明的不同方面。除非有明确的相反指示,否则如此定义的每个方面可以与任何其它方面或方面组合。特别地,指示为优选或有利的任何特征可以与被指示为优选或有利的任何其它特征或特征组合。非上下文另有明确规定,否则冠词“一个”,“一种”和“该”的单数形式包括复数参照。例如,术语“一种化合物”或“至少一种化合物”可以包括多种化合物,包括它们的混合物。II.表位和结合蛋白本发明人以及鉴定了A-β中的表位,其包含在A-β上的氨基酸37-40处的GGVV(SEQIDNO:1)。他们已经进一步鉴定了表位或其部分可以是构象表位,并且GGVV(SEQIDNO:1)可以选择性接近结合A-β寡聚体中的抗体。不希望受理论束缚,原纤维可以呈现具有催化低聚反应倾向的相互作用位点。这可能是菌株特异性的,这只有当正常个体中不存在的选择性原纤维表面暴露并且能够与单体发生异常相互作用时才会发生。炎症期间存在的环境挑战诸如低pH值、或氧化损伤可能会引起原纤维的破坏,从而导致暴露于更弱的稳定区域。然后,有兴趣预测这些弱稳定区域,并利用这些预测来合理设计可能靶向它们的抗体。在原纤维中可能被破坏的区域也可能是寡聚种类中暴露区域的良好候选者。预测倾向于病症的连续蛋白质区域的基于计算机的系统和方法在2015年11月9日提交的美国专利申请序号62/253044“通过集体坐标偏差预测被错误的蛋白表位的系统和方法”中描述,其全部内容通过引用并入本文。如实施例中所述,将这些方法应用于A-β并鉴定了如本文所证明的在A-β寡聚体中特异性或选择性更可接近的表位。如实施例中所述,环状肽环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)可以捕获相对于单体和/或原纤维种类的寡聚体中GGVV(SEQIDNO:1)表位的一种或多种构象差异。例如,发现了环状7-聚环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)中氨基酸和二面角的溶剂可接近表面积、曲率、RMSD结构化比对和二面角分布的差异与单体和/或原纤维基显著不同,表明环状肽提供了与直链表位不同的构象表位。与单体A-β和A-β原纤维斑块相比使用包含环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)的免疫原产生的抗体相对于直链CGGGVVG(SEQIDNO:2)选择性结合环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)并选择性结合合成和/或天然寡聚A-β种类。产生于环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)的另外抗体能够抑制A-β聚集的体外增殖。另外,如在毒性测定中所证实的,针对(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)产生的抗体抑制A-β寡聚体神经细胞毒性。II.GGVV(SEQIDNO:1)“表位”化合物因此,本公开鉴定了由对应于A-β上的氨基酸残基37-10的氨基酸GGVV(SEQIDNO:1)或其部分例如GVV、GGVV(SEQIDNO:1)组成的A-β中的表位构象。如实施例中所证明的,表位GGVV(SEQIDNO:1)、GGVVI(SEQIDNO:8)和VGGVV(SEQIDNO:6)(包括在本文统称为“GGVV(SEQIDNO:1)和相关表位”的表位中)被鉴定为A-β原纤维中易发生病症的区域。使用集合坐标方法在两个预测中出现残基GGVV(SEQIDNO:1),而该表位的侧翼残基36V和41I各自出现在一个预测中。使用方法也出现了GGVV(SEQIDNO:1)残基。一个方面包括包含含有或由GGVV(SEQIDNO:1)组成的A-β肽的化合物和包括任何上述的部分相关表位序列,其中,如果肽是GGVV(SEQIDNO:1),肽处于与直链GGVV(SEQIDNO:1)至少一个特征不同的构象中,例如末端缬氨酸通过其羧基末端与氨基酸或其它部分共价结合并因此不带电荷。例如,在环状构象中,归因于环化的C末端缬氨酸不包含羧酸酯负电荷。在一种实施方式中,A-β肽选自包含或由GGVV(SEQIDNO:1)、VGGVV(SEQIDNO:6)或GGVVI(SEQIDNO:8)组成的氨基酸序列。在一种实施方式中,A-β肽具有表14中所示的A-β序列中任一个所示的序列。在一种实施方式中,所述化合物是环状化合物,例如环状肽。术语环状肽和环形肽在本文中可互换使用。在一些实施方式中,包含GGVV(SEQIDNO:1)(或其部分)或相关表位序列的A-β肽(任选地构象肽)可包括GGVV(SEQIDNO:1)(或其部分)的A-βN-末端和/或C-末端的1或2个额外的残基。例如A-β肽可以包含C-末端的1个残基并且是VGGVV(SEQIDNO:6)。如例如在SEQIDNO:16的A-β序列中所示,A-β中GGVV(SEQIDNO:1)N-末端的3个氨基酸是LMV并且A-β1-42和1-43形式的GGVV(SEQIDNO:1)的C-末端的2个氨基酸以为IA。在一种实施方式中,化合物还包括连接子。该连接子包含间隔子和/或一个或多个可官能化的部分。连接子可以例如包含1、2、3、4、5、6、7或8个氨基酸和/或等同功能的分子,例如聚乙二醇(PEG)部分,和/或其组合。在一种实施方式中,间隔子氨基酸选自非免疫原性或免疫原性较差的氨基酸残基,例如G和A,例如间隔子可以是GGG、GAG、G(PEG)G、PEG-PEG-GG等。可以包括一个或多个可官能化的部分(例如具有官能团的氨基酸),例如用于将化合物偶联至试剂或可检测标签或载体(如BSA)或免疫原性增强剂(如KLH)。在一种实施方式中,连接子包含GC-PEG、PEG-GC、GCG或PEG2-CG。在一种实施方式中,连接子包含1、2、3、4、5、6、7或8个氨基酸。在某些实施方式中,所述环状化合物具有12、11、10、9、8或7个残基的最大值,任选地氨基酸和/或等价单元如PEG单元或其它类似大小的化学部分。在一些实施方式中,其中,包含GGVV(SEQIDNO:1)或其一部分的A-β肽包含在A-β中发现的N-末端和/或C-末端到GGVV(SEQIDNO:1)的1、2或3个额外的残基,连接子共价连接至A-β残基的N-末端和/或C-末端(例如其中,所述肽是VGGVV(SEQIDNO:6),连接子共价连接至R和G残基)。类似地,在A-β肽是GGVV(SEQIDNO:1)的情况下,连接子共价连接至残基G和GV,并且在A-β肽是GGVVI(SEQIDNO:8)的情况下,连接子共价连接至残基G和I。可以使用蛋白质化学中众所周知的技术(如固相合成或均相溶液合成)通过化学合成制备化合物的蛋白质部分(或其中连接子也是蛋白质的化合物)。如上所述,该化合物可以是环状化合物。本文提及的“环状肽”可以指完全蛋白质化合物(例如其中连接子例如为1、2、3、4、5、6、7或8个氨基酸)。应当理解的是,可以将在实施例中确定的针对环状肽所述的性质并入包含非氨基酸连接子分子的其它化合物(例如环状化合物)中。因此,一个方面提供了包含肽GGVV(SEQIDNO:1)(或其部分如GGV)或相关表位序列和连接子的环状化合物,其中,所述连接子直接或间接共价偶联至包含GGVV(SEQIDNO:1)的肽(例如当肽由GGVV(SEQIDNO:1)组成时,G和V残基)。例如在环状化合物中至少一个G和/或V与任选地相应的直链肽中G和/或V的构象不同,任选地处于受更多约束的构象。在一种实施方式中,环状化合物包括包含GGVV(SEQIDNO:1)和至多6个A-β残基(例如N末端和/或C末端到GGVV(SEQIDNO:1)的1或2个氨基酸)和连接子的A-β肽,其中,所述连接子直接或间接共价偶联至肽N-末端残基和A-β肽的C-末端残基。例如在该环状化合物中至少V与相应的直链肽中V的构象不同,或者在该环状化合物中至少G与相应的直链肽中G的构象不同,并且任选地其中,与相应包含GGVV(SEQIDNO:1)的直链肽中占据的构象相比,至少V或至少G处于受更多约束的构象。包含A-β序列的直链肽可以包含在直链化合物中。在一种实施方式中,包含GGVV的直链化合物或直链肽(SEQIDNO:1)是相应的直链肽。在另一种实施方式中,直链肽是包含GGVV(SEQIDNO:1)的任何长度的A-β肽,包括例如包含A-β残基10-42的直链肽或其较小部分如A-β残基20-42、20-40、30-42等,其任选包含连接子序列。直链肽在一些实施方式中也可以是全长A-β肽。在一种实施方式中,环状化合物包含SEQIDNO:2-4中任一个所述的序列。可以将环状化合物合成为直链分子,其中在环化之前将连接子共价连接至包含A-β肽(任选GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位肽)的肽N-末端或C-末端。或者,在环化之前连接子的部分共价连接至N-末端,部分共价连接至C-末端。在任一情况下,将直链化合物例如以头对尾环化(例如酰胺键环化)进行环化。在一种实施方式中,环状化合物包括包含或由GGVV(SEQIDNO:1)和连接子组成的A-β肽,其中,连接子偶联至肽的N-末端和C-末端(例如当肽由GGVV(SEQIDNO:1)组成时G和V残基)。在一种实施方式中,在环状化合物中至少G和/或V与包含GGVV(SEQIDNO:1)的直链化合物(例如直链肽)中G和/或V占据的构象不同。在一种实施方式中,在环状化合物中至少一个G和/或V与单体和/或原纤维中由残基占据(任选地由G和/或V占据)的构象不同。在一种实施方式中,在环状化合物中至少一个G和/或V与单体和/或原纤维中由残基占据的构象不同。在一种实施方式中,不同构象是受约束的构象。在一种实施方式中,与包含GGVV(SEQIDNO:1)的直链肽中占据的构象相比,任选单独至少一个V或其与至少第二个V组合处于受更多约束的构象。在一种实施方式中,G和/或V与G和/或V中的一个或多个的组合的构象以不同构象包含在化合物中,任选地以受更多约束的构象包含在化合物中。例如,不同构象可以在残基G38中包括一个或多个不同于直链肽和/或在原纤维情况下肽中的二面角的不同二面角。在一种实施方式中,环状化合物包含环状化合物和直链肽之间的最小平均侧链/主链二面角差异。在一种实施方式中,环状化合物包含选自G和V的残基,其中环状化合物中至少一个二面角与在直链或原纤化合物的情况下二面角相差至少30度,至少40度,至少50度,至少60度,至少70度,至少80度,至少90度,至少100度,至少110度,至少120度,至少130度,至少140度或至少150度。在一种实施方式中,G是G38并且V是V40。如图3所示,环状化合物中G38和V40的二面角分布与直链肽或原纤维2MXU情况下的残基显著不同。例如,表3表明了对于模拟的直链肽、环状肽和原纤维,G38的二面角O-C-CA-N的差异在环状和直链之间最可能为约-172.5度,并且在环状和原纤维之间为约40.0度。在一种实施方式中,所述环状化合物包括包含O-C-Cα-N(也称为O-C-CA-N)二面角的G残基,O-C-Cα-N二面角与直链肽和/或原纤维情况下的相应二面角相差至少30度、至少40度、至少50度、至少60度、至少70度、至少80度、至少90度、至少100度、至少110度、至少120度、至少130度、至少140度或至少150度。类似地,G38二面角O-C-CA-H1、O-C-CA-H2的环状和直链肽之间的二面角差异分别最可能是约60度和55度。因此,在一种实施方式中,环状化合物包括包含二面角O-C-Cα-H1和/或O-C-Cα-H2的G,其与直链化合物情况下的相应二面角相差至少20度、相差至少30度或相差至少40度。G38二面角O-C-CA-H1、O-C-CA-H2的环状和直链肽之间的相应最可能二面角差异分别是约91度和160度。因此,在一种实施方式中,环状化合物包括包含二面角O-C-Cα-H1和/或O-C-Cα-H2的G,其与在原纤维情况下的相应二面角相差至少20度、至少30度、至少40度、至少50度、至少60度、至少70度、至少80度、至少90度、至少100度、至少110度、至少120度、至少130度、至少140度或至少150度。表3还识别其它角度的二面角分布的差异,包括例如在残基38G和40V中的那些差异。根据表5中给出的拉氏角的峰值,最可能的拉氏值在环肽和直链肽之间不同。直链肽显示4个峰值;环状肽显示2个峰值。直链和环状肽的峰值之间存在8个相应的差异:175、170、175、175、170、175、160和170度。直链肽和环肽之间的Δψ值显著不同。表3还描述了V40的二面角的差异。V40O-C-CA-CB的二面角分布具有环状和直链两个峰;环状肽和直链肽之间V40O-C-CA-CB的二面角差异最可能是大约15度和30度。原纤维分布有一个峰值。当比较环状和原纤维V40O-C-CA-CB二面角的差异最可能是大约10度和170度。在一种实施方式中,环状化合物包含V,V包含二面角O-C-CA-CB与直链化合物和/或原纤维化合物的情况下相应的二面角相差至少10度,至少20度,至少30度,至少40度,至少50度,至少60度,至少70度,至少80度,至少90度,至少100度,至少110度,至少120度,至少130度,至少140度或至少150度。角度差异例如可以是正值(+)或负值(-)。不同构象可以包含不同的主链取向。例如,与直链或原纤维形式相比,环状表位暴露于抗体的主链取向不同。图5绘制了在平衡模拟中取样的由使用来自PDB2MXU的初始条件的平衡原纤维结构的情况下的序列CGGGVVG(SEQIDNO:2)以及GGVV(SEQIDNO:1)组成的直链和环状肽中的残基38G主链phi和psi角。从图5可以看出,环状肽中主链二面角(拉氏phi/psi角)的分布不同于对直链肽采样的拉氏角的分布,并且更类似于残基G38的原纤维结构2MXU情况下的肽GGVV(SEQIDNO:1)。表5列出了主链phi/psi角度的分布的峰值,而表4列出了主链phi/psi角的分布之间的重叠。环状和直链分布之间的重叠较低:直链分布与环状重叠约16%。此外,对于最大环状聚类,最大直链聚类和最大原纤维聚类的矩心构象(矩心结构如图7和图8所示),G38的拉氏角分别为(φ,ψ)=(-75.4,-174.3),(φ,ψ)=(71.6,9.9)和(φ,ψ)=(98.0,116.9)。因此,GGVV(SEQIDNO:1)中G38的环状和直链肽之间的主链拉氏角差异(φ,ψ)=(-147,175.8)和GGVV(SEQIDNO:1)中G38的环状和原纤维肽之间的主链拉氏角差异(φ,ψ)=(-173.4,68.8)。这表明代表性结构具有不同的主链二面角。因此,在一种实施方式中,环状化合物包含具有至少一个残基的A-β肽,其中,与直链化合物(任选相应的直链肽或原纤维PDB结构)相比,主链phi/psi角为至少30度、至少40度、至少50度、至少60度、至少70度、至少80度、至少90度、至少100度、至少110度,至少120度、至少130度、至少140度、至少150度。不同构象还可以包括以氨基酸为中心的曲率增加或降低,或相对于直链化合物(任选直链肽和/或A-β原纤维),包含GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位的环状化合物的曲率增加或降低。在一种实施方式中,相对于直链GGVV(SEQIDNO:1)或原纤维结构2MXU情况下的GGVV(SEQIDNO:1),不同构象GGVV(SEQIDNO:1)具有改变的曲率谱。图2G显示了表1中给出的数字,环状肽中的曲率V39显著大于直链肽或原纤维中的值。环状V40的曲率介于原纤维和单体之间。确定从环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)、直链CGGGVVG(SEQIDNO:2)和原纤维情况下的GGVV(SEQIDNO:1)中N-末端到C-末端的G、G、V和V曲率值,如实施例2中所述。因此,所述化合物包含A-β肽,其中,与原纤维的情况下相应的直链肽相比,不同构象中V39的曲率增加了至少0.1、0.2、0.3或更多弧度。在一种实施方式中,例如与在非寡聚构象中被这些残基占据的构象(如直链肽和/或原纤维)相比,末端V、GG、GV、VV、GGV、VVG和/或GGVV(SEQIDNO:1)处于不同构象中。图2A绘制了从不同平衡模拟时间获得的直链CGGGVVG(SEQIDNO:2)的曲率。图例显示了从10ns开始,继续到30ns、50ns、70ns或90ns的几个曲率。随着模拟时间增加,曲率值收敛于上面报道和表1中的值。环状肽的类似的研究显示在图2B中,原纤维的类似的研究显示在图2C中。图D、E和F分别显示了对于直链、环状和原纤维构象,在曲率值总和的收敛性为模拟时间的函数。收敛程度表示误差条对于环状肽为约0.016弧度,对于直链肽为0.05弧度,对于原纤维为0.01弧度。也包括显示类似变化的环状化合物。在一些实施方式中,包括包含GGVV(SEQIDNO:1)的表位的环状化合物可以包括在位于GGVV(SEQIDNO:1)的上游和/或下游的A-β中的1或2或更多个残基。在这种情况下,间隔子共价连接至A-β序列相应残基末端的N-末端和C-末端。在一些实施方式中,连接子或间隔子间接偶联至A-β肽的N-末端和C-末端残基。在一种实施方式中,该环状化合物是图7C中的化合物。制备环化肽的方法是本领域已知的且包括SS环化或酰胺环化(头对尾或主链环化)。该方法在实施例3中进一步描述。例如,在其N-末端和C-末端具有“C”残基的肽(例如CGGGVVGC(SEQIDNO:12))可以通过SS-环化反应以生产环状肽。如实施例2中所述,评估图11B的环状化合物与鉴定的构象表位的相关性。例如包含GGVV(SEQIDNO:1)肽的环状化合物可用于产生对一种或多种构象特征具有选择性的抗体。如本文所述的表位GGVV(SEQIDNO:1)和/或其一部分可以是参与A-β的A-β的错误折叠增殖菌株中的潜在靶标,并且识别构象表位的抗体可以例如是用于检测这种增殖菌株。另一方面还提供了包含本文所述的A-β肽序列的分离肽,包括直链肽和环状肽。直链肽可以例如用于选择缺乏结合的抗体。分离肽可以包含本文所述的连接子序列。如在CGGGVVG(SEQIDNO:2)直链肽中,连接子可共价偶联至N末端或C末端或可部分偶联至N末端并部分偶联至C末端。在环状肽中,连接子直接或间接偶联至C-末端和N-末端。另一方面包括包含化合物(任选地本文所述的环状化合物)的免疫原。免疫原还可以包含额外的A-β序列。氨基酸可以直接位于GGVV(SEQIDNO:1)和相关表位序列的上游和/或下游(即N-末端和/或C-末端)。针对这些免疫原产生的抗体可以选择用于例如与包含GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位的环状肽结合。适当地制备或配制免疫原以施用于受试者,例如免疫原可以是无菌的或纯化的。在一种实施方式中,免疫原是包含GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位序列的环状肽。在一种实施方式中,免疫原包含免疫原性增强剂例如钥孔血蓝蛋白(KLH)或MAP抗原。免疫原性增强剂可以例如通过酰胺结合直接偶联至化合物,或通过连接子中的可官能化部分间接偶联至化合物。当连接子是单个氨基酸残基时(例如环状化合物中的A-β肽是6个氨基酸残基),连接子可以是可官能化的部分(例如半胱氨酸残基)。可以通过使用例如Lateef等(2007)所述的方法将含有受约束的表位肽的环状化合物缀合至免疫原性增强剂如钥孔血蓝蛋白(KLH)或载体如牛血清白蛋白(BSA)而生产免疫原,该方法通过引用并入本文。在一种实施方式中,使用实施例3或4中所述的方法。另一方面是编码本文所述化合物或免疫原的蛋白质部分的分离的核酸分子。在实施方式中,核酸分子编码SEQIDNO:1-15中所示氨基酸序列中的任何一个。在一种实施方式中,核酸分子编码本文所述的GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位和任选的连接子。另一方面是包含所述核酸的载体。本文别处描述了合适的载体。b)抗体、细胞和核酸如实施例6和7所证明的,环状化合物CGGGVVG(SEQIDNO:2)具有免疫原性,并且产生了许多相对于直链化合物(任选地直链肽)选择性结合环状化合物的抗体。如本文所述,使用环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)产生的抗体包括对环状化合物具有选择性,相当于单体选择性结合A-β寡聚体且在AD组织中缺乏可察觉的斑块染色的抗体。如本文所述的表位GGVV(SEQIDNO:1)和/或其部分可以是参与A-β的A-β错误折叠增殖菌株中的潜在靶标,并且识别构象表位的抗体可以例如用于检测这种增殖菌株。另外,针对环状化合物产生的抗体可抑制A-β聚集并还可抑制诱导神经细胞毒性的A-β寡聚体,表明其可用作治疗剂。因此,化合物(特别是上述环状化合物)可用于产生特异性结合A-β中VV、GVV和/或GGVV(SEQIDNO:1)的抗体和/或识别A-β中这些残基的特异性构象的抗体(包括本文所述的一种或多种差异特征)。类似地,包含例如本文所述的VGGVV(SEQIDNO:6)、GGVVI(SEQIDNO:8)、VGGVVI(SEQIDNO:7)和/或其它相关表位序列的环状化合物可以用于产生特异性结合GGVV(SEQIDNO:1)等和/或其特异性构象表位的抗体。因此,一方面包括特异性结合具有序列GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位序列的A-β肽的抗体(包括其结合片段),例如SEQIDNO:1至15中任一个所示的A-β序列。在一种实施方式中,A-β肽包含在环状肽中,并且抗体对环状化合物中存在的A-β是特异性和/或选择性的。在一种实施方式中,抗体特异性和/或选择性结合本文所述环状化合物的A-β肽,其中,A-β具有如SEQIDNO:1至15中任一个A-β所示的序列,例如SEQIDNo:1和5-15中的一个。在一种实施方式中,环状化合物包含如SEQIDNo:2-4中任一个所示的序列。在一种实施方式中,环状化合物是环状肽。在一种实施方式中,环状肽中的A-β肽是SEQIDNO:1-15中的任一个(例如SEQIDNo:1和5-15中的一个)的A-β肽。在一种实施方式中,使用SEQIDNo:2-4中任一个环状化合物或包含所述化合物的免疫原生产抗体。如实施例中所述,可以使用实施例中所述的测定选择具有一种或多种性质的抗体。在一种实施方式中,抗体不结合包含序列GGVV(SEQIDNO:1)的直链肽,任选地其中,直链肽的序列是用于产生抗体的环状序列的直链形式,任选地如SEQIDNO:2中所示的。在一种实施方式中,相对于包含A-β肽的相应直链化合物,所述抗体对于所述环状化合物中存在的A-β肽是选择性的。在一种实施方式中,所述抗体特异性结合A-β上的表位,该表位包含或由GGVV(SEQIDNO:1)或其相关表位组成。在一种实施方式中,A-β上的抗体特异性或选择性识别的表位是构象表位。在一种实施方式中,所述抗体是分离的。在一种实施方式中,所述抗体是外源性抗体。在一种实施方式中,相对由GGVV(SEQIDNO:1)组成的肽的环状化合物,抗抗体不特异性结合和/或对直链AIIGLMVGGVV(SEQIDNO:13),直链MVGGVV(SEQIDNO:14)或直链GVVIA(SEQIDNO:15)不具有选择性。因此,另一方面是特异性结合A-β上存在的表位的抗体,其中,所述表位包含或由主要参与结合抗体的至少一个氨基酸残基组成,其中,至少一个氨基酸是嵌入序列GGVV(SEQIDNO:1)内的G或V。在一种实施方式中,其中当由GGVV(SEQIDNO:1)组成时表位是构象表位(例如,相对于直链化合物,任选地相应的直链肽,例如在表位的至少一个氨基酸受更多约束的情况下,以不同任选受约束构象选择性结合肽)。所述表位包含或由主要参与结合抗体的至少两个连续氨基酸残基组成,其中,至少两个连续氨基酸是嵌入GGVV(SEQIDNO:1)内的GG或GV或VV。在另一种实施方式中,所述表位由GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位组成。在另一种实施方式中,表位是构象表位,并且由GGVV(SEQIDNO:1)组成。在一种实施方式中,相对于相应的直链肽,抗体选择性结合环状肽中的GGVV(SEQIDNO:1),任选地环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)。在一种实施方式中,抗体特异性和/或选择性结合包括包含本文所述的至少一个替代构象特征的本文所述的表位肽序列的环状化合物(例如与直链化合物相比环状化合物中的表位)。例如,结合特定表位构象的抗体可以被称为构象特异性抗体。这种抗体可以使用本文所述的方法进行选择。构象选择性抗体可以区别地识别特定A-β种类或一组相关种类(例如二聚体,三聚体和其它寡聚种类),并且与另一种类或种类组相比(例如与单体或原纤维种类相比)可以具有更大的亲和力。在一种实施方式中,抗体不特异性结合单体A-β。在一种实施方式中,抗体不特异性结合A-β老年斑块,例如在AD脑组织中原位结合。在另一种实施方式中,与天然或合成寡聚A-β相比,抗体不会选择性结合单体A-β。例如,抗体可特异性结合包含选自G和V的残基的环状化合物,其中,环状化合物中至少一个二面角与直链化合物的情况下相应的二面角相差至少30度、至少40度、至少50度、至少60度、至少70度、至少80度、至少90度、至少100度、至少110度、至少120度、至少130度、至少140度、至少150度。在一种实施方式中,相对于包含GGVV(SEQIDNO:1)(任选地在(CGGGVVG)NO:2)的情况下)的直链肽(例如相应的序列),抗体选择性结合环状化合物中的A-β肽,所述A-β包含GGVV(SEQIDNO:1)或其一部分,任选地在环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)的情况下。例如,在一种实施方式中,抗体选择性结合环状构象的GGVV(SEQIDNO:1),并且与直链肽中的GGVV(SEQIDNO:1)相比,抗体对环状构象中的GGVV(SEQIDNO:1)具有至少2倍、至少3倍、至少5倍、至少10倍、至少20倍、至少30倍、至少40倍、至少50倍、至少100倍、至少500倍、至少1000倍更高的选择性(例如结合亲和力),例如通过ELISA或表面等离子体共振所测量的,或任选地使用如本文所述的方法。在一种实施方式中,所述环状化合物是环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)。在一种实施方式中,抗体选择性结合环状化合物和/或A-β中的A-β肽。在一种实施方式中,选择性为对环状化合物和/或A-β寡聚体中的A-β肽的选择比选自A-β单体和/或A-β原纤维和/或直链GGVV(SEQIDNO:1)(任选直链CGGGVVG(SEQIDNO:2))的A-β的种类更高至少2倍、至少3倍、至少5倍、至少10倍、至少20倍、至少30倍、至少40倍、至少50倍、至少100、至少500倍、至少1000倍。在一种实施方式中,Aβ寡聚体包含A-β1-42亚基。在一种实施方式中,抗体缺乏A-β原纤维斑块(也称为老年斑块)染色。可以通过将阳性对照如A-β特异性抗体6E10和4G8(Biolegend,SanDiego,加拿大)或2C8(EnzoLifeSciencesInc.,Farmingdale,NY)与同种型对照比较而评估斑块染色的缺乏。如果抗体不显示典型的斑块形态学染色并且染色水平与用IgG阴性同种型对照看到的水平相当或不超过2倍,则本文所述的抗体缺乏或具有可忽略的A-β原纤维斑块染色。该标度可以例如将同种型对照在1处和6E10在10处设定染色水平。如果该标度上的染色水平等于或低于2,则抗体缺乏A-β原纤维斑块染色。在实施方式中,抗体显示了最小的A-β原纤维斑块染色,例如在前述标度上,评分水平约小于或小于3。在一种实施方式中,所述抗体是单克隆抗体。为了生产单克隆抗体,可从用本文所述的免疫原免疫的受试者收获抗体产生细胞(淋巴细胞),并通过标准体细胞融合程序与骨髓瘤细胞融合,从而永生化这些细胞并产生杂交瘤细胞。这些技术在本领域中是公知的(例如最初由Kohler和Milstein(Nature256:495-497(1975))开发的杂交瘤技术以及其它技术,如人B细胞杂交瘤技术(Kozbor等Immunol.Today4:72(1983)),生产人单克隆抗体的EBV-杂交瘤技术(Cole等MethodsEnzymol,121:140-67(1986))和筛选组合抗体文库(Huse等Science246:1275(1989))。可以免疫化学筛选杂交瘤细胞以生产与所需的表位特异性反应的抗体,并且可以分离单克隆抗体。对特定抗原或分子具有反应性的特异性抗体或抗体片段也可以通过筛选编码免疫球蛋白基因或其部分的表达文库而产生,所述免疫球蛋白基因或其部分在具有细胞表面成分的细菌中表达。例如,可以使用噬菌体表达文库在细菌中表达完整的Fab片段、VH区域和FV区域(参见例如Ward等Nature41:544-546(1989);Huse等Science246:1275-1281(1989)和McCafferty等人,Nature348:552-554(1990))。在一种实施方式中,所述抗体是人源化抗体。文献中已经充分描述了来自非人种类抗体的人源化。参见例如EP-B10239400和Carter&Merchant1997(CurrOpinBiotechnol8,449-454,1997,通过引入整体并入本文)。人源化抗体也容易商购获得(例如ScotgenLimited,2HollyRoad,Twickenham,Middlesex,GreatBritain)。啮齿动物抗体的人源化形式容易通过CDR植入产生(Riechmann等Nature,332:323-327,1988)。在这种方法中,包含啮齿动物单克隆抗体的抗原结合位点的六个CDR环与相应的人框架区域连接。由于框架区域的氨基酸可能影响抗原识别,所以CDR植入通常产生亲和力降低的抗体(Foote&Winter.JMolBiol,224:487-499,1992)。为了保持抗体的亲和力,通常需要通过定点诱变或其它重组技术置换某些框架残基,并且可以通过计算机模拟抗原结合位点来辅助(Co等JImmunol,152:2968-2976,1994)。人源化形式的抗体任选通过表面重修获得(Pedersen等JMolBiol,235:959-973,1994)。在这种方法中,只有啮齿动物抗体的表面残基被人源化。可以通过噬菌体展示策略鉴定对特定抗原特异的人抗体(Jespers等Bio/Technology,12:899-903,1994)。在一种方法中,将定向针对特异性抗原的啮齿动物抗体的重链克隆并与人轻链库组配对以在丝状噬菌体上展示为Fab片段。通过结合抗原选择噬菌体。随后将所选择的人轻链与人重链组配对以用于在噬菌体上展示,并且通过结合抗原再次选择噬菌体。结果是对特定抗原特异性的人抗体Fab片段。在另一种方法中,生产的噬菌体文库是成员在其外表面展示不同人抗体片段(Fab或Fv)(Dower等WO91/17271和McCafferty等WO92/01047)。展示具有所需特异性的抗体的噬菌体通过对特异性抗原的亲和力富集选择。从任一方法鉴定的人Fab或Fv片段可被再克隆以在哺乳动物细胞中作为人抗体表达。人抗体任选从转基因动物获得(美国专利号6,150,584;6,114,598和5,770,429)。在这种方法中,将嵌合或种系突变小鼠中的重链连接区域(JH)基因缺失。随后将人种系免疫球蛋白基因阵列转移至这种突变小鼠中。然后所得到的转基因小鼠能够在抗原攻击时产生完整的人抗体组。人源化抗体通常作为抗原结合片段(例如Fab、Fab'、F(ab')2、Fd、Fv和单结构域抗体片段)或作为其中重链和轻链通过间隔子连接的单链抗体而生产。而且,人或人源化抗体可以以单体或聚合物形式存在。人源化抗体任选地包含一条非人链和一条人源化链(即一条人源化重链或轻链)。包括人源化抗体或人抗体的抗体选自任何类别的免疫球蛋白,包括:IgM、IgG、IgD、IgA或IgE和任何同种型,其包括:IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。嵌合人源化抗体或人抗体可以包括来自一种或多种同种型或类别的序列。另外,通过筛选抗体噬菌体展示文库可以容易地分离对本文所述表位特异性的抗体。例如,任选通过使用本发明的疾病特异性表位筛选抗体噬菌体文库以鉴定对疾病特异性表位特异性的抗体片段。鉴定的抗体片段任选用于生产可用于本文所述的不同实施方式的多种重组抗体。抗体噬菌体展示文库可商购获得,例如,通过Xoma(Berkeley,California)用于筛选抗体噬菌体文库的方法在本领域中是公知的。另一方面是包含轻链可变区域和重链可变区域的抗体和/或其结合片段,重链可变区域包含互补决定区域CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3,轻链可变区域包含互补决定区域CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3,并且所述CDR的氨基酸序列包含如下所示的序列:CDR-H1GFTFSNYWSEQIDNO:17CDR-H2IRLKSYNYATSEQIDNO:18CDR-H3LRWIDYSEQIDNO:19CDR-L1QDINSYSEQIDNO:20CDR-L2RANSEQIDNO:21CDR-L3PQYDEFPYTSEQIDNO:22在一种实施方式中,所述抗体是单克隆抗体。在一种实施方式中,所述抗体是嵌合抗体,例如包含如表12中所列的CDR序列的人源化抗体。另一方面包括与包含表12中列举的CDR序列的抗体竞争结合人A-β的抗体。在另一种实施方式中,还提供了包含表12中的CDR和轻链可变区域和重链可变区域的抗体,任选地在单链抗体的情况下。在又一个方面,所述抗体包含重链可变区域,其包含:i)如SEQIDNO:24所示的氨基酸序列;ii)具有与SEQIDNO:24至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%序列同一性的氨基酸序列,其中,CDR序列如SEQIDNO:17、18和19所示,或iii)保守取代的氨基酸序列i)。在另一方面中,所述抗体包含轻链可变区域,其包含i)如SEQIDNO:26所示的氨基酸序列,ii)具有与SEQIDNO:26至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或至少90%序列同一性的氨基酸序列,其中,CDR序列如SEQIDNO:20、21和22所示,或iii)保守取代的氨基酸序列i)。在另一种实施方式中,重链可变区域氨基酸序列由SEQIDNO:23所示的核苷酸序列或其密码子简并或优化形式编码。在另一种实施方式中,所述抗体包含由SEQIDNO:25所示的核苷酸序列或其密码子简并或优化形式编码的轻链可变区域氨基酸序列。在一种实施方式中,重链可变区域包含如SEQIDNO:24所示的氨基酸序列。另一方面是与表12中所列举的具有CDR序列的抗体特异性结合相同表位的抗体。抗体之间的竞争可以例如使用其中评估测试中的抗体抑制参照抗体与共同抗原的特异性结合能力的测定来确定。如在竞争性结合测定中所测量的,如果过量的测试抗体(例如至少2倍、5倍、10倍或20倍)抑制参照抗体的结合至少50%、至少75%、至少80%、至少90%或至少95%,则测试抗体与参照抗体竞争。另一方面是与治疗性可检测标记或细胞毒性剂缀合的抗体。在一种实施方式中,可检测标记是正电子发射放射性核素。正电子发射放射性核素可用于例如PET成像中。另一方面涉及包含本文所述的抗体和/或其结合片段和寡聚A-β的抗体复合物。另一方面是编码本文所述的抗体或其部分的分离的核酸。还提供了编码重链或轻链的核酸,例如编码包含本文所述的CDR-H1、CDR-H2和/或CDR-H3区域的重链或编码包含本文所述的CDR-L1、CDR-L2和/或CDR-L3区域的轻链。本公开还提供了编码本文公开的抗体和/或其结合片段的核酸序列的变体。例如,变体包括与核酸序列杂交的核苷酸序列,该核酸序列在至少中等严格杂交条件下编码本文公开的抗体和/或其结合片段或密码子简并或优化的序列。在另一种实施方式中,变体核酸序列具有与编码SEQIDNO:24和26核酸序列至少50%、至少60%、至少70%,最优选至少80%,甚至更优选至少90%,甚至最优选至少95%序列同一性。在一种实施方式中,所述核酸是分离的核酸。另一个方面是包含本文公开的核酸的表达盒或载体。在一种实施方式中,载体是分离的载体。载体可以是任何载体,包括适于生产抗体和/或其结合片段或表达本文所述的表位肽序列的载体。可以以已知的方式将核酸分子并入合适的确保蛋白质的表达的表达载体中。可能的表达载体包括但不限于粘粒、质粒或修饰的病毒(例如复制缺陷型逆转录病毒,腺病毒和腺相关病毒)。载体应与使用的宿主细胞相容。表达载体“适于转化宿主细胞”,这意指表达载体含有编码对应于本文所述的表位或抗体的肽的核酸分子。在一种实施方式中,载体适于通过基因疗法表达例如单链抗体。该载体可以适用于神经组织中的特异性表达,例如使用神经特异性启动子等。在一种实施方式中,该载体包含IRES并且允许表达轻链可变区域和重链可变区域。这种载体可用于体内递送抗体。合适的调控序列可以来源于多种来源,包括细菌、真菌、病毒、哺乳动物或昆虫的基因。这种调控序列的实例包括:转录启动子和增强子或RNA聚合酶结合序列,核糖体结合序列(包括翻译起始信号)。另外,根据所选择的宿主细胞和所用载体,可以将其它序列例如复制起点、额外的DNA限制性位点、增强子和赋予转录诱导性的序列并入到表达载体中。在一种实施方式中,调控序列指导或增加神经组织和/或细胞中的表达。在一种实施方式中,所述载体是病毒载体。重组表达载体还可以含有标志基因,其有助于选择用表达本文所述的抗体或表位肽的载体转化、感染或转染宿主细胞。重组表达载体还可以含有编码融合部分(即“融合蛋白”)的基因,所述融合部分提供了增加的重组肽的表达或稳定性;增加的重组肽的溶解度;并通过在亲和纯化中充当配体而辅助纯化靶标重组肽,包括例如本文所述的标签和标记。此外,可将蛋白质水解切割位点添加至靶标重组蛋白以允许在融合蛋白纯化之后将重组蛋白从融合部分分离。典型的融合表达载体包括将谷胱甘肽S-转移酶(GST)、麦芽糖E结合蛋白质或蛋白质A分别与重组蛋白融合的pGEX(AmradCorp.,Melbourne,澳大利亚),pMAL(NewEnglandBiolabs,Beverly,MA)和pRIT5(Pharmacia,Piscataway,NJ)。例如在体外和体内将基因转移到神经元和神经组织中的系统包括基于病毒的载体,最值得注意的是单纯疱疹病毒、腺病毒、腺相关病毒(AAV)和包括慢病毒的逆转录病毒。基因递送的不同方法包括使用裸质粒DNA以及脂质体-DNA复合物。另一种方法是使用AAV质粒,其中DNA是聚阳离子浓缩的,将脂质包埋并通过脑内基因递送而引入脑中(Leone等,美国申请号2002076394)。因此,在另一方面中,可将本文所述的化合物、免疫原、核酸、载体和抗体配制成囊泡(例如脂质体、纳米颗粒和病毒蛋白质颗粒)例如以用于递送本文所述的抗体、化合物、免疫原和核酸。特别地,包括聚合物囊泡的合成聚合物囊泡可用于施用抗体。另一方面还提供了表达本文所述的抗体或包含本文公开的表达盒或载体的细胞,任选地是分离细胞和/或重组细胞。可以使用任何适于生产多肽的细胞产生重组细胞,例如适于生产抗体和/或其结合片段。例如,为了将核酸(例如载体)引入到细胞中,根据所使用的载体,可以将细胞转染、转化或感染。合适的宿主细胞包括各种原核和真核宿主细胞。例如,本文所述的肽和抗体可以在细菌细胞(例如大肠杆菌)、昆虫细胞(使用杆状病毒)、酵母细胞或哺乳动物细胞)中表达。在一种实施方式中,所述细胞是选自酵母细胞、植物细胞、蠕虫细胞、昆虫细胞、禽类细胞、鱼类细胞、爬行动物细胞和哺乳动物细胞的真核细胞。在另一种实施方式中,所述哺乳动物细胞是骨髓瘤细胞、脾细胞或杂交瘤细胞。在一种实施方式中,所述细胞是神经细胞。适合的表达抗体或肽的酵母和真菌宿主细胞包括但不限于酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae),粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomycespombe),毕赤酵母属(generaPichia)或克鲁维酵母属(Kluyveromyces)以及曲霉属(genusAspergillus)的各种种类。用于在酵母酿酒酵母中表达的载体的实例包括pYepSec1、pMFa、pJRY88和pYES2(InvitrogenCorporation,SanDiego,加拿大)。用于转化酵母和真菌的方案对于本领域普通技术人员来说是公知的。其中,可适于的哺乳动物细胞包括:COS(例如ATCC号CRL1650或1651)、BHK(例如ATCC号CRL6281)、CHO(ATCC号CCL61)、HeLa(例如ATCC号CCL2)、293(ATCC号1573)和NS-1细胞。用于在哺乳动物细胞中指导表达的合适的表达载体通常包括启动子(例如源自病毒材料如多瘤病毒、腺病毒2,巨细胞病毒和猿猴病毒40)以及其它转录和翻译控制序列。哺乳动物表达载体的实例包括pCDM8和pMT2PC。另一方面是生产对本文所述的表位具有特异性的抗体的杂交瘤。III.组合物另一方面是包含本文所述的化合物、免疫原、核酸、载体或抗体的组合物。在一种实施方式中,所述组合物包含稀释剂。用于核酸的合适的稀释剂包括但不限于水、盐溶液和乙醇。合适的多肽(包括抗体或其片段和/或细胞)的稀释剂包括但不限于盐溶液、pH缓冲溶液和甘油溶液或适于冷冻多肽和/或细胞的其它溶液。在一种实施方式中,所述组合物是药物组合物,其包含本文公开的任何肽、免疫原、抗体、核酸或载体,并且任选地包含药学上可接受的载体。本文所述的组合物可以通过本身已知的用于制备药学上可接受的组合物的方法制备,所述组合物可以任选地作为疫苗施用于受试者,使得有效量的活性物质与药学上可接受的载体组合成混合物。所述药物组合物包括但不限于冻干粉末或水性或非水性无菌注射溶液或悬浮液,其可进一步含有使组合物与预期接受者的组织或血液基本相容的抗氧化剂、缓冲剂、抑菌剂和溶质。可存在于这种组合物中的其它组分包括例如水、表面活性剂(例如吐温)、乙醇、多元醇、甘油和植物油。临时注射溶液和悬浮液可以由无菌粉末、颗粒、片剂或浓缩溶液或悬浮液制备。该组合物可以例如但不限于作为在施用于患者之前用无菌水或盐水重构的冻干粉末来供应。所述药物组合物可以包含药学上可接受的载体。合适的药学上可接受的载体包括基本上化学惰性和无毒的组合物,其不干扰药物组合物的生物学活性的有效性。合适的药物载体的实例包括但不限于水、盐水溶液、甘油溶液、乙醇、N-(1(2,3-二油酰氧基)丙基)N,N,N-三甲基氯化铵(DOTMA)、二油酰基磷脂酰-乙醇胺(DOPE)和脂质体。这种组合物应该含有治疗有效量的化合物以及合适量的载体以便提供直接施用于患者的形式。所述组合物可以是药学上可接受的盐的形式,其包括但不限于与游离氨基形成的那些形式,例如衍生自盐酸、磷酸、乙酸、草酸、酒石酸等的那些,以及与游离羧基形成的那些形式,例如衍生自钠、钾、铵、钙、氢氧化铁、异丙胺、三乙胺、2-乙氨基乙醇、组氨酸、普鲁卡因等的那些。在包含本文所述的化合物或免疫原的实施方式中,所述组合物包含佐剂。可以使用的佐剂例如包括固有佐剂(例如脂多糖),其通常是用作疫苗的杀死或减毒细菌的组分。外在佐剂是免疫调节剂,其通常与抗原非共价连接并被配制成增强宿主免疫响应。常规使用氢氧化铝、硫酸铝和磷酸铝(通常统称为明矾)作为佐剂。广泛的外在佐剂可引起对免疫原的强效免疫响应。这些包括诸如Stimulons(QS21,Aquila,Worcester,Mass.)或由其产生的颗粒如ISCOM和(免疫刺激复合物)和与膜蛋白抗原(免疫刺激复合物)复合的ISCOMATRIX,具有矿物油的普朗尼克聚合物,杀死分枝杆菌的矿物油,弗氏完全佐剂,细菌产物如胞壁酰二肽(MDP)和脂多糖(LPS)以及脂质A和脂质体。在一种实施方式中,所述佐剂是氢氧化铝。在另一种实施方式中,所述佐剂是磷酸铝。水包油乳剂包括角鲨烯;花生油;MF59(WO90/14387);SAF(SyntexLaboratories,PaloAlto,Calif.)和RibiTM(RibiImmunochem,Hamilton,Mont.)。水包油乳剂可以与免疫刺激剂一起使用,例如胞壁酰肽(例如,N-乙酰胞壁酰-L-苏氨酰-D-异谷氨酰胺(thr-MDP),-乙酰-正异丙氨酰-L-丙氨酰-D-异谷酰胺(nor-MDP),N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酰-D-异谷氨酰-L-丙氨酸-2-(1'-2'二棕榈酰-sn-甘油-3-羟基磷酰氧基)-乙胺(MTP-PE),N-乙酰葡糖胺基-N-乙酰基胞壁酰-L-Al-D-异谷氨酸-L-Ala-二棕榈酰氧基丙酰胺(DTP-DPP)三酰胺(TM))或其它细菌细胞壁组分。佐剂可以作为单一组合物与免疫原一起施用。或者,可以在施用免疫原之前、同时和/或之后施用佐剂。通常,佐剂在磷酸盐缓冲盐水中用作0.05至1.0%的溶液。佐剂增强免疫原的免疫原性,但本身不一定是免疫原性的。佐剂可通过将免疫原局部保留在施用位点附近以生产储库效应而促进免疫原向免疫系统细胞的缓慢、持续释放。佐剂还可以将免疫系统的细胞吸引到免疫原储库并刺激这些细胞以引发免疫响应。如此,实施方式可以包括进一步包含佐剂的组合物。用于肠胃外免疫的佐剂包括铝化合物(例如氢氧化铝、磷酸铝和羟基磷酸铝)。根据标准方案,抗原可以与铝化合物沉淀或吸附到铝化合物上。其它佐剂如RIBI(ImmunoChem,Hamilton,MT)也可用于肠胃外施用。用于粘膜免疫的佐剂包括细菌毒素(例如霍乱毒素(CT),大肠杆菌热不稳定毒素(LT),艰难梭菌毒素A和百日咳毒素(PT))或其组合、亚基、类毒素或其突变体)。例如,可以使用天然霍乱毒素亚基B(CTB)的纯化制剂。片段、同系物、衍生物以及与这些毒素的融合物也是合适的,只要它们保留佐剂活性即可。优选使用毒性降低的突变体。已经描述了合适的突变体(例如在WO95/17211(Arg-7-LysCT突变体)、WO96/6627(Arg-192-GlyLT突变体)和WO95/34323(Arg-9-Lys和Glu-129-GlyPT突变体)中)。可用于所述方法和组合物中的额外的LT突变体包括例如Ser-63-Lys、Ala-69-Gly、Glu-110-Asp和Glu-112-Asp突变体。其它佐剂(例如各种来源(例如大肠杆菌、明尼苏达沙门氏菌,鼠伤寒沙门氏菌或弗氏志贺氏菌,皂苷或聚丙交酯乙交酯(PLGA)微球的细菌单磷酰脂质A(MPLA))也可用于粘膜施用。其它佐剂包括细胞因子例如白细胞介素(例如IL-1、IL-2和IL-12),趋化因子(例如CXCL10和CCL5),巨噬细胞刺激因子和/或肿瘤坏死因子。可以使用的其它佐剂包括CpG寡核苷酸(Davis.CurrTopMicrobiolImmunol.,247:171-183,2000)。水包油乳液包括角鲨烯;花生油;MF59(WO90/14387);SAF(SyntexLaboratories,PaloAlto,Calif.)和RibiTM(RibiImmunochem,Hamilton,Mont.)。水包油乳剂可以与免疫刺激剂一起使用,例如胞壁酰肽(例如,N-乙酰胞壁酰-L-苏氨酰-D-异谷氨酰胺(thr-MDP),-乙酰-正异丙氨酰-L-丙氨酰-D-异谷酰胺(nor-MDP),N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酰-D-异谷氨酰-L-丙氨酸-2-(1'-2'二棕榈酰-sn-甘油-3-羟基磷酰氧基)-乙胺(MTP-PE),N-乙酰葡糖胺基-N-乙酰基胞壁酰-L-Al-D-异谷氨酸-L-Ala-二棕榈酰氧基丙酰胺(DTP-DPP)三酰胺(TM))或其它细菌细胞壁组分。可用于粘膜和肠胃外免疫的佐剂包括聚磷腈(例如WO95/2415)、DC-胆固醇(3b-(N-(N',N'-二甲基氨基甲烷)-氨基甲酰基)胆固醇(例如美国专利号5,283,185和WO96/14831)和QS-21(例如WO88/9336)。佐剂可以与免疫原偶联用于施用。例如,脂质如棕榈酸可以直接与一种或多种肽偶联,使得包含免疫原的肽的构象变化不影响对免疫原的免疫响应性质。佐剂可以作为单一组合物与免疫原一起施用。此外,佐剂可以在施用免疫原之前,同时或之后施用。在一种实施方式中,所述组合物包含本文所述的抗体。在另一种实施方式中,所述组合物包含本文所述的抗体和稀释剂。在一种实施方式中,所述组合物是无菌组合物。另一方面包括包含本文所述的抗体和A-β(任选的A-β寡聚体)的抗体复合物。该复合物可以在溶液中或(任选在体外)包含在组织中。IV.试剂盒另一方面涉及一种试剂盒,其包含本文所述的i)抗体和/或其结合片段,ii)核酸,iii)肽或免疫原,iv)组合物或v)重组细胞,其包含在小瓶(例如无菌小瓶或其它壳体)中,并且任选地包含参照剂和/或其使用说明书。在一种实施方式中,所述试剂盒还包含一个或多个收集瓶、标准缓冲液和检测试剂。V.方法包括制备和使用本文所述的化合物、免疫原和抗体的方法。特别地,提供了制备对GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位的构象表位具有特异性和/或选择性的抗体的方法,其包括向受试者(任选地非人受试者)施用包含本文所述的表位序列的构象限制化合物(任选地包含GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位的环状化合物),以及分离抗体产生细胞或特异性或选择性结合所述环状化合物的抗体,并且任选地i)特异性或选择性地结合合成和/或天然寡聚体和/或不具有或具有可忽略的老年斑块结合原位组织样品的或者不具有或具有可忽略的与直链化合物(任选地相应直链肽)的结合。环状化合物例如可以包含本文所述的含有本文所述环状化合物的任何“表位”。在一种实施方式中,该方法用于使用例如本文所述的方法制备单克隆抗体。在一种实施方式中,该方法用于使用例如本文所述的方法制备人源化抗体。如本文和实施例中所述选择使用环状化合物生产的抗体。在一种实施方式中,所述方法包括任选地使用本文所述的方法分离特异性或选择性结合环状肽的抗体与直链肽,该抗体对表位序列是特异性的,且特异性结合寡聚体和/或缺乏或可忽略地原位结合斑块和/或相应的直链肽。另一方面提供了用于检测生物样品是否包含A-β的方法,所述方法包括使生物样品与本文所述的抗体接触并检测任何抗体复合物的存在。在一种实施方式中,所述方法用于检测生物样品是否包含A-β,其中,至少一个G或V处于与由非寡聚构象中的G和/或V占据的不同构象中。在一种实施方式中,该方法用于检测生物样品是否包含寡聚A-β。在一种实施方式中,该方法包括:a.在允许生产抗体:A-β寡聚体复合物的条件下,使生物样品与对A-β寡聚体具有特异性和/或选择性的本文所述的抗体接触;以及b.检测任何复合物的存在;其中,可检测复合物的存在表明样品可能含有A-β寡聚体。在一种实施方式中,将形成的复合物的水平与测试抗体例如合适的Ig对照或无关抗体进行比较。在一种实施方式中,定量检测并测量生产的复合物的量。测量可以例如相对于标准。在一种实施方式中,将测量的量与对照进行比较。在另一种实施方式中,该方法包括:a.在允许生产抗体-抗原复合物的条件下,使所述受试者的生物样品与本文所述的抗体接触;b.测量测试样品中抗体-抗原复合物的量;以及c.将测试样品中抗体-抗原复合物的量与对照进行比较;其中,检测生物样品中的抗体-抗原复合物与对照相比,表明样品包含A-β。所述对照可以是样品对照(例如来自没有AD的受试者,或来自具有特定形式的AD,轻度、中度或高度的受试者),或者是来自相同受试者的先前样品以用于监测受试者中A-β寡聚物水平的变化。在一种实施方式中,使用本文所述的抗体。在一种实施方式中,抗体特异性和/或选择性识别包含GGVV(SEQIDNO:1)或相关构象表位的A-β的构象,并且检测生物样品中的抗体抗原复合物表明样品包含A-β寡聚体。在一种实施方式中,所述样品是生物样品。在一种实施方式中,所述样品包含脑组织或其提取物和/或CSF。在一种实施方式中,所述样品包含全血、血浆或血清。在一种实施方式中,所述样品从人受试者获得。在一种实施方式中,所述受试者被怀疑患有AD、处于患有AD风险中或患有AD。可以使用许多方法检测A-β:抗体复合物,从而使用本文所述抗体而确定包含GGVV(SEQIDNO:1)或相关构象表位和/或A-β寡聚体的A-β是否存在于生物学样品中,该方法包括免疫测定法(如流式细胞术、免疫印迹,ELISA和免疫沉淀),然后进行SDS-PAGE和免疫细胞化学法。如实施例中所述,表面等离子体共振技术可用于评估构象特异性结合。如果抗体被标记或使用对复合抗体特异性的可检测标记的第二抗体,则可以检测标记。常用的试剂包括荧光发射和HRP标记的抗体。在定量方法中,可以通过与标准或对照比较来测量生产的信号量。测量也可以是相对的。另一方面包括测量受试者或组织中A-β的水平或成像的方法,任选地其中,待测量或成像的A-β是寡聚A-β。在一种实施方式中,该方法包括向风险中或怀疑患有AD或患有AD的受试者施用缀合至可检测的标记的抗体;并且检测标记,任选地定量检测标记。在一种实施方式中的标记是可以例如用于PET成像的正电子发射放射性核素。另一方面包括在受试者中诱导免疫响应的方法,其包括向受试者施用本文所述的化合物,任选地包含GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位肽序列的环状化合物,所述免疫原和/或组合物包含所述化合物或所述免疫原;以及任选地分离特异性或选择性结合所施用的化合物或免疫原中的A-β肽的细胞和/或抗体。在一种实施方式中,所述组合物是包含与药学上可接受的稀释剂或载体混合的化合物或免疫原的药物组合物。在一种实施方式中,所述受试者是诸如啮齿动物的非人受试者。在一种实施方式中,使用产生抗体产生细胞产生杂交瘤细胞系。在一种实施方式中,所施用的免疫原包含图7C中所示的化合物。本文证明了针对环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)产生的抗体可以特异性地和/或选择性结合A-β寡聚体并且缺乏A-β斑块染色。寡聚A-β种类被认为是AD中的有毒增殖种类。进一步如图19所示,使用环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)产生的并且对寡聚体具有特异性的抗体抑制了A-β聚集和A-β寡聚体增殖。因此,还提供了抑制A-β寡聚体增殖的方法,该方法包括使表达A-β的细胞或组织与有需要的受试者接触或向有需要的受试者施用有效量的本文所述的A-β寡聚体特异性和/或选择性抗体以抑制A-β聚集和/或寡聚体增殖。可以如实施例10所述监测体外测定。抗体也可用于治疗AD和/或其它A-β淀粉样蛋白相关疾病。例如,路易体痴呆(Lewybodydementia)和包涵体肌炎(肌肉疾病)的变体分别显示与AD相似的斑块,并且A-β也可以在涉及脑淀粉样蛋白血管病的聚集体中形成。如上所述,产生的对环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)的抗体结合寡聚A-β,该寡聚A-β被认为是AD中A-β产毒种类并抑制产毒Aβ寡聚体的形成。因此,另一方面是治疗AD和/或其它A-β淀粉样蛋白相关疾病的方法,该方法包括向有需要的受试者施用i)有效量的本文所述的抗体,任选地A-β寡聚体特异性和/或选择性抗体,或包含所述抗体的药物组合物;或2)向有需要的受试者施用包含GGVV(SEQIDNO:1)或相关表位序列或免疫原的分离的环状化合物,或包含所述环状化合物的药物组合物。在一种实施方式中,使用本文所述的抗体评估来自待治疗的受试者的生物样品中A-β的存在或水平。在一种实施方式中,用抗体治疗具有可检测的A-β水平的受试者(例如体外测量的或通过成像测量的A-β抗体复合物)。抗体和免疫原可以例如包含在如本文所述的药物组合物中,并且例如配制在囊泡中以用于改善递送。本文所述的一种或多种靶向抗体(例如靶向存在于环状化合物中的GGVV(SEQIDNO:1)和/或相关抗体)可以组合施用。本文公开的抗体可以与一种或多种其它治疗例如β-分泌酶抑制剂或胆碱酯酶抑制剂一起施用。在一种实施方式中,所述抗体是构象特异性/选择性抗体,任选地特异性或选择性结合A-β寡聚体。还提供了所述组合物、抗体、分离肽、免疫原和核酸在治疗AD中的应用。本文所述的组合物、化合物、抗体、分离肽、免疫原和核酸、载体等可以例如通过肠胃外、静脉内、皮下、肌肉内、颅内、心室内、鞘内、眶内、眼、椎管内、脑池内、腹膜内、鼻内、气雾剂而施用或口服施用。在某些实施方式中,全身性施用药物组合物。在其它实施方式中,所述药物组合物直接施用于脑或CNS的其它部分。例如,这样的方法包括使用可植入导管和泵,这用于通过导管将预定剂量排出到输注位点。本领域的技术人员将进一步认识到,导管可以通过允许导管可视化的手术技术植入,以便将导管定位成与脑中所需的施用或输注位点相邻。Elsberry等的美国专利5,814,014“通过脑输注治疗神经退行性病症的技术”描述了这种技术,其通过引用并入本文。还考虑了诸如在美国专利申请20060129126(Kaplitt,在“用于将物质输注到患者脑中的输注设备和方法”中)中所述的那些方法。用于将药物递送至脑和CNS的其它部分的装置可商购获得(例如ELInfusionSystem;Medtronic,Minneapolis,Minnesota)。在另一种实施方式中,使用诸如修饰待施用的化合物以允许受体介导穿过血脑屏障的转运的方法而将药物组合物施用于脑。其它实施方式考虑将本文所述的组合物、化合物、抗体、分离肽、免疫原和核酸与已知促进穿过血脑屏障的转运的生物活性分子共同施用。在某些实施方式中,还考虑到用于穿过血脑屏障施用本文所述的组合物、化合物、抗体、分离肽、免疫原和核酸的方法,如美国专利7012061“增加血脑屏障通透性的方法”中所述,其旨在瞬时增加血脑屏障的通透性,其通过引用并入本文。本领域技术人员将认识到用于将本文所述的组合物、化合物、抗体、分离肽、免疫原和核酸直接施用至脑或穿过血脑屏障施用的各种合适的方法,并且能够修饰这些方法以便安全地施用本文所述的产品的。以上公开总体上描述了本申请。通过参考以下具体实施例可以获得更完整的理解。这些实施例仅用于说明的目的而描述,并非旨在限制本申请的范围。当情况可能表明或提供便利时,考虑形式的变化和等同替换。尽管本文使用了特定术语,但这些术语意在描述性的意思,而不是为了限制的目的。以下非限制性实施例是对本公开的说明:实施例实施例1集合坐标预测用于预测错误折叠表位的方法由称为“集合坐标偏差”的方法提供,其在美国专利申请序列号62/253044,2015年11月9日提交的“通过集合坐标偏差预测错误折叠蛋白质表位的系统和方法”中描述,并通过引用并入本文。如其中所述,该方法使用基于分子动力学的模拟,其对蛋白质(或肽-聚集体)施加全局坐标偏差以迫使蛋白质(或肽-聚集体)错误折叠,然后预测部分非结构化蛋白质(或肽聚集体)的最可能未折叠的区域。进行偏差模拟,并且对应于每个残基指数的溶剂可接近的表面积(SASA)(与所考虑的蛋白质的初始结构相比)。SASA表示对H2O可接近的表面区域。SASA的正面变化(与所考虑的蛋白质的初始结构相比)可以被认为是指示相关残基指数的区域中的未折叠。将该方法应用于单链、三种A-β菌株,每个菌株有自己的形态:Aβ-40肽(或单体)的三重对称结构(PDB输入2M4J),Aβ-40单体的二重对称结构(PDB输入2LMN)以及Aβ-42单体的单链平行寄存器结构(PDB条目2MXU)(例如一个β表,其中,来自一条链的残基与来自相邻链的相同残基相互作用)。使用如美国专利申请序列号62/253044中所述的集合坐标方法对每个初始结构进行模拟。CHARMM力场参数描述如下:K.Vanommeslaeghe,E.Hatcher,C.Acharya,S.Kundu,S.Zhong,J.Shim,E.Darian,O.Guvench,P.Lopes,I.Vorobyov,和A.D.Mackerell。Charmm普通力场:药物类分子的力场与charmm全原子加性生物力场相容。JournalofComputationalChemistry,31(4):671–690,2010;和P.Bjelkmar,P.Larsson,M.A.Cuendet,B.Hess,和E.Lindahl。在GROMACS中实施CHARMM力场:分析来自相关图,虚拟相互作用位点和水模型的蛋白质稳定性效应。J.Chem.Theo.Comp.,6:459–466,2010,二者均通过引用并入本文,其中TIP3P水。实施例2中描述了使用该方法预测的表位。用于预测A-β寡聚体特异性表位的模型方法第二表位预测模型基于来自天然状态未折叠的部分蛋白质的自由能概貌。天然状态被认为是实验衍生的原纤维结构。当通过给定量的初级序列从天然状态部分未折叠蛋白质时,候选表位是连续的序列片段,其花费最少的自由能至无序。给定蛋白质构象的自由能来源于几种贡献,包括构象熵和有利于未折叠状态的极性官能团的溶剂化,以及静电和范德华力内部蛋白质相互作用的丧失,这些相互作用可热稳定天然状态。A.蛋白质部分未折叠概貌的类模型解释在未折叠过程中发生的自由能变化的近似模型将固定能量分配给天然状态下的所有接触,其中,接触定义为固定截断距离rcutoff内的一对重(非氢)原子。在先前的蛋白质折叠研究中,类模型已成功实施。类模型分离了天然蛋白质相互作用的拓扑结构所产生的影响,实际上,未折叠的自由能概貌可以很容易地由单一天然状态结构计算得到。未折叠片段的总自由能成本取决于要破坏的相互作用的量以及未折叠区域的构象熵项。在下面的等式中,小写字母变量是指原子,而大写字母变量是指残基。设T是蛋白质中所有残基的集合,U是蛋白质中未折叠的残基集合,F是蛋白质中折叠的残基子集(因此T=U∪F)。高度天然的未折叠机制由多个连续的无序残基链组成。这里采用了单个连续未折叠链的近似值,计算了扰乱该连续链的自由能成本。用于未折叠残基U集合的总自由能变化是:由通过未折叠U残基集合而破坏的相互作用量给出了未折叠焓函数在等式2中,i,j之和是所有独特的重原子对,其在未折叠区域中具有一个或两个原子,ri和rj是原子i和j的坐标,rcutoff(取到)是相互作用距离的截断(cut-off)。如果x是非0的正值,Θ(x)是由Θ(x)=1定义的Heaviside函数。可以选择每个接触点a的能量以重述在室温下完全未折叠蛋白质时的整体实验稳定性ΔFExp(U)|U=T:结果不取决于该值;它只是在整个问题中设定全部能量规模。在目前的模型中,这个自由能被认为是一个等于4.6kcal/mol的常数。这个值并不是主要关心的问题,因为它是相同蛋白质的不同区域的相对自由能成本,该蛋白质在表位预测方法中寻求无序。下面在B中讨论未折叠熵项的计算。B.熵计算处于未折叠状态的蛋白质可接近的微状态的数量远大于天然状态下可接近的数量,因此在未折叠时存在构象熵的有利增益。通过对未折叠区域中的所有残基K进行求和来计算未折叠区段U的总熵:其中,ΔSbb,K,ΔSbu→ex,K,ΔSex→sol,K是参考文献[3]中列出的残基K的三种构象熵组分:ΔSbb,K是由天然状态到未折叠状态的主链熵变,ΔSbu→ex,K是从埋藏在蛋白质内部到蛋白质表面的侧链的熵变,并且,ΔSex→sol,K是从表面到溶液的侧链获得的熵。对未折叠状态构象熵应用修正,因为在单一序列中,部分未折叠链的近似端点固定在它们在天然结构中的位置上。这意味着为了约束部分未折叠结构中的端点(其不存在于完全未折叠状态中)而存在循环熵惩罚。ΔS返回=-kBln(fw(R|N)Δτ).(5)这里fw(R|N)ΔT通过计算理想的随机步行返回到以N步之后的位置R为中心的体积ΔT的框的概率而发现,而在步行期间没有穿透回蛋白质。对于短于约n≈20个残基的链长,熔融链的大小比蛋白质直径小得多,并且蛋白质的空间排除体积被很好地视为不可穿透的平面。熔融链的聚合状态的数量必须乘以从蛋白质表面上的起点行进到熔融聚合物再次进入蛋白质而不接触或穿过不可穿透的平面的位置的随机行走的分数。上述状态分数可以写成下面的形式:其中R是出口位置和入口位置之间的端点到端点距离,N是熔融区域的残基数量,并且a,I,Vc是通过拟合未折叠的多肽模拟而确定的参数。参数I是两个Cα原子之间的有效弧长,Vc是每个残基的平均排除体积。通过将等式6拟合到模拟结果中,获得参数a=0.0217,I=4.867,Vc=3.291的值。这种熵惩罚是通用的并且与序列无关。硫键需要在环路熵项中额外考虑,因为它们进一步限制未折叠片段的运动。当存在时,二硫化物被视为必须通过环路的额外节点,实际上将整个环路分成两个小环路,两个小环路均受到上述边界条件的限制。C.由自由能概貌预测的表位一旦获得了部分未折叠蛋白质的自由能概貌,则应用可变能阈值Eth,并且含有不少于3个氨基酸且具有低于阈值的自由能成本的片段被预测为候选表位。关于改变阈值Eth,预测是稳定的。在实施例2中描述了使用该方法预测的表位。实施例2I.构象特异性表位本公开涉及对寡聚A-β肽特异性的抗体,特别涉及Aβ肽的毒性寡聚体,一种错误折叠蛋白,其朊病毒类增殖和对突触小泡的干扰被认为是造成阿尔茨海默病(AD)中发生的突触功能障碍和认知衰退的原因。Aβ是由γ分泌酶切割淀粉样蛋白前体蛋白(APP)产生的长度为36-43个氨基酸的肽。在AD患者中,它以单体、原纤维和可溶性寡聚体存在。Aβ是AD患者脑中发现的淀粉样蛋白斑块的主要成分。在单体形式中,Aβ作为非结构化多肽链存在。在原纤维形式中,Aβ可以聚集成不同的形态,通常称为菌株。这些结构中的一些已经通过固态NMR确定-一些原纤维结构已经从体外研究中获得,另一些通过使用从AD患者获取的淀粉样蛋白斑块接种原纤维获得。暗示寡聚体是肽的毒性和增殖种类,导致并将单体的Aβ转变为寡聚体,最终转变为原纤维。产生寡聚体特异性抗体的先决条件是鉴定Aβ肽上的靶标,该靶标在单体或原纤维中不存在。这些寡聚体特异性表位在一级序列上与单体或原纤维中的相应片段没有差别,然而,它们在寡聚体的情况下在构象上是不同的。也就是说,它们会在寡聚体中呈现出不同的构象,该构象不会存在于单体或原纤维中。迄今为止还未确定寡聚体的结构,此外,核磁共振(NMR)证据表明,寡聚体不存在于单一明确界定的结构中,但存在于具有有限规律性的构象可塑可延展结构体系中。此外,寡聚体种类的浓度远低于单体或原纤维的浓度(估计值会有所不同,但大约低于1000倍或更多)。定向针对初级序列的连续链(例如直链序列)或针对原纤维结构的抗体可能遭受若干限制它们功效的问题。产生于直链肽区域的抗体倾向于对寡聚体有选择性,因此也与单体结合。由于单体浓度基本上比寡聚体浓度高,因此,这样的抗体疗法可能遭受“靶标牵引”,主要与单体结合并促进功能性Aβ的清除,而不是选择性靶向和清除寡聚体种类。针对淀粉样蛋白包涵体产生的抗体主要与原纤维结合,导致淀粉样蛋白相关的成像异常(ARIA),包括被认为代表血管源性水肿和/或微出血的信号变化。为了开发对寡聚形式的Aβ具有选择性的抗体,鉴定了在原纤维中已被破坏的区域。不希望受理论束缚,假设在原纤维情况下的破坏还可以暴露于寡聚体表面上。然而,在寡聚体上,这些序列区域可以暴露于与单体构象和/或原纤维构象不同的构象中。例如,在表面上,它们可以依次暴露于区域中,与相应的量在原纤维或单体(例如直链肽)中显示的相比,该区域具有更高的曲率、更高的暴露表面积和不同的二面角分布和/或由结构化比对确定的整体不同的构象几何形状。本文描述了包含GGVV(SEQIDNO:1)的环状化合物并且显示于图7C中。环状化合物已经被设计成满足一个或多个上述标准。鉴定易于破坏原纤维的区域的潜在益处在于它可以鉴定涉及次级成核过程的区域,其中,原纤维可以充当催化底物以使来自单体的寡聚体成核[3]。具有暴露的侧链的原纤维区域可能更有可能与附近的单体发生异常相互作用,促进单体的增加;然后这种增加的单体会经历在原纤维表面处或附近有效增加浓度的环境,并且因此更可能形成包括寡聚体的多聚体聚集体。老化或受损的原纤维与暴露的Aβ区域可能会增加毒性寡聚体的产生,针对原纤维上这些无序区域的抗体可有效封闭这种增殖机制。II.集合坐标和预测如图1所示,实施例1中所述的表位GGVV(SEQIDNO:1)作为来自集合坐标方法和方法的菌株2MXU的预测表位出现。预测表位的相应图显示在图1中。在图A中,左侧的图表示由部分无序的原纤维引起的表位预测,而右侧的图表示当两个封端单体在位置上受到限制时由部分无序的原纤维引起的表位预测。GGVV(SEQIDNO:1)表位作为PDB结构2MXU的预测而出现。对于原纤维结构2MXU,使用集合坐标预测包含GGVV(SEQIDNO:1)(来自左侧37-41个GGVVI(SEQIDNO:8)和右侧36-40个VGGVV(SEQIDNO:6))的2个序列(端帽分别不受限制和受限制)。2个预测出现于残基37-40GGVV(SEQIDNO:1),因此被视为这两个预测之间的共有序列。方法预测由A-β的氨基酸37-42组成的表位,该表位包含特异地针对PDB2XMU(端帽链)的链A和L的序列GGVVIA(SEQIDNO:15)。对于链B、C、D、E、F、G、H、I、J和K,使用不受限制的2MXU结构的端帽预测表位GGVV(SEQIDNO:1)。III.环状肽的曲率图2G中显示了环状和直链肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)的曲率谱以及原纤2XMU的曲率谱。甘氨酸残基G37和G38具有与直链肽不同的曲率,但与原纤维具有相似的曲率。与直链肽或原纤维中的V39曲率相比,环状肽中缬氨酸残基V39具有显著更高的曲率。环状肽中缬氨酸残基40V具有不同于直链肽或原纤维的曲率,其曲率介于直链肽和原纤维之间。图2A绘制了从不同平衡模拟时间获得的直链CGGGVVG(SEQIDNO:2)的曲率。图例显示了从10ns开始并继续为30ns、50ns、70ns或90ns的几个曲率。随着模拟时间增加,曲率值收敛于上面报道和表1中的值。图2B显示了环状肽的类似的研究,图2C显示了原纤维的类似的研究。图D、E和F分别显示了对于直链、环状和原纤维构象,在曲率值总和的收敛性为模拟时间的函数。收敛程度表示误差条对于环状肽为约0.016弧度,对于直链肽为0.05弧度,对于原纤维为0.01弧度。据观察,对于直链和环状体系,曲率值在70ns之后收敛。图G显示了平均曲率为CGGGVVG(SEQIDNo:2)的残基指数的函数,其中,直链肽为实心黑灰色,环状肽为实心浅灰色且原纤维为虚线。表1中给出了残基37G、38G、39V和40V的曲率的数值。对于GGVV(SEQIDNO:1),直链和环状肽的曲率通常比原纤维中那些残基的曲率更大,尽管直链和环状序列的曲率值在原纤维的曲率值范围内。对各个平衡体系进行平均后获得肽中所有残基的曲率值。图A、B或C的直链、环状或原纤维-2MXU图中的点(x,y)对应于天然残基37-40,GGVV(SEQIDNO:1)的曲率;图A和B中在此范围之外的残基(即图A中的36和图B中的35、36和41)分别对应于存在于直链和环状构建体中的非天然残基。通过从10ns到30ns、50ns、70ns和90ns的时间增加对体系进行平均以证明收敛性。如本文图1-10中所讨论的曲线,使用Charmm27力场从明确溶剂(TIP3P)中的平衡模拟获得数据。每个体系的模拟时间和配置数量如下。环状肽体系:模拟时间100ns,含有20000帧;直链肽体系:模拟时间100ns,含有20000帧;2M4J体系:20ps,含有12000帧。因为环状表位的曲率具有与直链肽或原纤维不同的谱图,所以预计含有这些残基的寡聚体上的相应氨基酸段将具有不同于原纤维或单体的主链取向。然而,曲率的程度不会是非物理的-在几个原纤维位置中获得表征环状肽的曲率值。如图2所示,对于直链、环状和原纤维(2MXU)肽,残基37G、38G、39V和40V的曲率值示于表1中。表1残基的曲率值直链环状2MXU37G1.331.211.1538G1.370.880.8839V1.341.530.9440V1.361.261.05IV.二面角分布通过侧链二面角分布和拉氏角φ和ψ提供用于鉴定寡聚体选择性表位的进一步计算支持,代表寡聚体中暴露的表位的环状肽中主链二面角的分布。一些角度具有与原纤维或单体中相应分布显著不同的分布。检验了残基38G和40V的侧链和主链二面角分布。大多数二面角在环状形式和其它形式之间显示重叠,尽管38G显示的二面角显示了环状形式和其它形式之间的差异。分布的重叠百分比(例如环状”分布中的“直链”)是通过将角度除以元素5°得到的,然后从无穷大减少概率幅度的cutoff(截止值),直到环状分布的90%高于截止值,并且10%保持低于截止值。这定义了一个或多个允许角度的区域。然后找到该区域内直链分布的百分比。配方是非互惠的,通常会在分布配对之间产生不同的数字(例如对于直链/环状的40V:O-C-Cα-Cβ为50.9%和76.7%)。对于环状肽,38G的O-C-Cα-HA1和O-C-Cα-HA2二面角的分布不同于直链或原纤维。环状肽的O-C-Cα-N二面角的分布与直链肽相似,但与原纤维不同。所有三种形式的O-C-Cα-Cβ二面角的分布是相似的(图3)。在下面的描述和附图中,可选地使用CA、Ca或Cα替代地用于描述C-α原子,并且类似地对于CB、Cb和Cβ等。从图3中38G和40V所示的二面角分布可以看出,对于38G的二面角,几乎所有(90%)环状肽二面角范围内的直链肽占据二面角的概率如下:C-CA-CB-HA1:4.4%N-CA-CB-HA2:35.8%O-C-CA-N:17.4%对于40V的二面角,几乎所有(90%)环状肽二面角范围内的直链肽占据二面角的概率如下:O-C-CA-CB:50.9%应注意的是,如下面实施例VIII中进一步描述的,各个二面角中的相对小的差异积累可以导致肽的全部构象的巨大且显著差异。对于38G的二面角,几乎所有(90%)环状肽二面角范围内的原纤维情况下占据肽二面角的概率如下:C-CA-CB-HA1:2.6%N-CA-CB-HA2:1.1%O-C-CA-N:52%对于40V的二面角,几乎所有(90%)环状肽二面角范围内的原纤维情况下占据肽二面角的概率如下:O-C-CA-CB:98.6%基于图3,表2显示了残基38G和40V的直链、环状和原纤(2MXU)形式相对于彼此的主链和侧链角的二面角分布的重叠百分比。例如列1显示了直链肽中38G的O-C-Cα-Hα1角度与环状形式相同角度之间的重叠百分比。表2二面角分布的重叠百分比根据以上对侧链和主链二面角分布的分析,残基38G显示与直链肽和原纤维体系显著差异。通过这些度量标准,38G可能是赋予构象选择性的表位上的关键残基。残基40V显示了较小的差异,但可能有助于赋予构象选择性。基于图3中所示的数据,表3列出了二面角角度分布的峰值,这些二面角的角度分布在环状肽和其它种类之间显示出显著差异。表3中的列1是所考虑的特定二面角,列2是在环状肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)的情况下该角度的二面角分布的峰值,列3是在直链CGGGVVG(SEQIDNO:2)的情况下该角度的二面角分布的峰值。列4是直链和环状肽的二面角分布的峰值的差异,且列5是在原纤维结构2MXU的情况下肽GGVV(SEQIDNO:1)的二面角分布的峰值。表3:二面角分布的峰值二面角直链环状2MXU环状-直链38G:O-C-CA-HA162.5122.5-147.56038G:O-C-CA-HA2-57.5-112.587.5-5538G:O-C-CA-N1807.5-32.5-172.540V:O-C-CA-CB72.5,-72.557.5,-102.567.5-15,-30V.侧链的熵残基的侧链熵可以近似地由计算。如上所分析,当总和超过特定残基侧链中的所有独立二面角时,并且p(φi)是二面角分布。残基侧链部分的熵的剖析研究了37G、38G、39V和40V中每个二面角的熵。在图4A-D中绘制了每个残基的二面角的熵。39V和40V的几个二面角的熵相对于直链形式降低,表明对于倾向于与直链形式不同并可能是单体的构象的那些角度的受限制构型。图E绘制了相对于原纤维熵的残基37G、38G、39V和40V的总侧链熵(不包括拉氏主链角),例如,环状肽的△S是S(环状)-S(原纤维)。这表明相对于原纤维,环状肽和直链肽的熵增加,但是环状肽比直链肽具有更小的熵。图F绘制了37G、38G、39V和40V残基相对于原纤维熵的总侧链加主链熵。这再次表明熵相对原纤维增加,但是环状肽比直链肽具有更小的熵,因此受到更强烈的约束。图G再次绘制了相对于直链单体的熵,残基37G、38G、39V和40V的总构象熵,这表明环状肽中存在的构象在直链肽中相对较少,因此不可能偶然采样。然而在这种有限制的构象集中的概率小于exp(-△S)≈0.001。通过对伴随的熵损失进行焓补偿来增强处于原纤维构象的概率。VI.拉氏角表位暴露于抗体的主链取向根据肽是否呈直链、环状或原纤维形式而不同。这种差异可通过绘制直链和环状肽中残基38G沿着主链的拉氏角phi和psi(或和)来量化。图5绘制了在原纤维结构2MXU的情况下由序列CGGGVG(SEQIDNO:2)以及GGVV(SEQIDNO:1)组成的直链和环状肽中的残基38G在平衡模拟中取样的phi和psi角。从图5中清楚地看出,环状肽中主链二面角的分布与直链肽取样的二面角度分布显著不同,并且在原纤维结构2MXU的情况下与残基GGVV(SEQIDNO:1)的主链角更相似。直链形式的残基38G的拉氏角与环状形式的拉氏角90%重叠概率为16%;原纤维形式的残基38G的拉氏角与环状形式的拉氏角90%重叠概率为43%。环状肽的拉氏角分布与原纤维形式的拉氏角分布相似的可能性更大,参见表4。表438G的拉氏角的重叠百分比环状中的直链环状中的2MXU直链中的环状直链中的2MXU2MXU中的直链2MXU中的环状38G16%43%39%41%13%42%作为具体实例,表5给出了图5中绘出的残基38G的拉氏角φ,ψ的峰(最可能)值。环状肽分布具有峰值(最可能值)(φ,ψ)=((70°,180°),(-80°,175°),(-85°,-170°)和(-75°,-180°)(具有4个峰值)。对于直链肽,最可能值是(φ,ψ)=(85°,5°)和(-85°,-10°)(具有2个峰值)。对于原纤维结构2MXU,这些最可能的值是(φ,ψ)=(-60°,145°),(80°,170°)和(70°,-180°)。许多这些峰二面角值的差异意味着选择用于环状表位构象的抗体可能对直链和原纤维表位具有较低的亲和力。表5给出了38G分布的拉氏主链的峰值(最可能的值)。表5中的第1列给出了考虑的残基,其表现出两个角度phi和psi,用括号表示。第2列表示在直链肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)情况下38G的拉氏phi/psi角的峰值。而第3列表示在环状肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)情况下38G的拉氏phi/psi角的峰值,最后一列表示在原纤维结构2MXU的情况下38G的拉氏phi/psi角的峰值。表5主链phi/psi角分布的峰值VII.表位的溶解度和抗原性图6绘制了溶剂可接近的表面积(SASA)。这表明环状肽中残基GGVV(SEQIDNO:1)的SASA比原纤维增加,表明更多的溶剂暴露可用于抗体结合。对于残基V39和V40,暴露的增加最为显著,V39完全掩埋在原纤维中,并且最多暴露在环状肽中。与原纤维结构中GGVV(SEQIDNO:1)构象中的那些残基相比,残基V39和较小程度的V40具有最可能的差异暴露和抗体结合可用性。VIII.环状肽构象聚类的体系不同于直链或原纤维构象体系通过使用构象之间的标准结构比对度量,然后实施聚类分析,可以看出序列GGVV(SEQIDNO:1)在环状肽的情况下比在直链肽中显示出不同的构象的确定性证据。对于直链和环状肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)以及对应于PDBID2MXU的结构的全长原纤维获得构象的平衡体系。收集来自GGVV残基(SEQIDNO:1)这些体系的构象的快照,然后在结构上与环状肽体系的最大聚类、直链肽体系的最大聚类和原纤维体系中GGVV(SEQIDNO:1)的最大聚类的矩心比对;然后记录并绘制均方根偏差(RMSD)的三个值。聚类由maxcluster算法(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/maxcluster)进行。直链、环状和原纤体系的3个对应的RMSD值被绘制为图9中的三维散点图。表6显示了直链、环状和原纤维(2MXU)肽构象的RMSD散点图的重叠百分比。列1显示了直链形式和环状形式之间的重叠百分比非常小,仅为3%。表6RMSD聚类的重叠百分比从图9可以明显看出,3个体系聚类彼此不同。特别地,环状肽结构体系不同于直连或原纤维体系,暗示对环状肽表位特异性的抗体可能对直链或原纤维体系中呈现的构象具有低亲和力。针对环状肽产生的抗体可以是构象选择性的并优先结合寡聚体形式,而不是A-β的直链或原纤维构象。由于存在这些菌株的电荷末端,这样的抗体也不可能优先结合Aβ40的各种菌株。尽管几个侧链和主链二面角分布之间存在重叠,但体系之间的区别仍然存在;上述许多通常较小的差异性特征导致全部不同的构象分布。如下计算体系之间的重叠。首先将该三维RMSD空间的体积分成长度为0.1埃的立方体单元,从而获得与环状体系重叠的直链体系的比例(百分比)。然后找到环状分布中的点的“截止密度”,使得具有等于或高于截止密度的环状分布密度的立方体含有环状分布的90%。这定义了一个体积(可能不连续),该体积给出了含有环状分布的特征体积,并消除了由于异常值而导致的任何人为因素。然后找到该区域内直链分布的点的比例。用这种方法,可以找到直链中的原纤维、直链中的环状重叠百分比等。通常,观察到非常低的重叠。通过上述方法获得的数字重叠百分比在表6中给出。具体地,环状肽和原纤维肽2MXU具有0%重叠。通过上述配方,环状分布内直链分布的重叠是3%,直链肽分布内环状分布的重叠是3%。图9D-G说明了体系重叠值的收敛性。图9D显示了直链和原纤维体系具有收敛到小于1%的重叠。图9E显示了直链体系与环状体系以约3%的收敛值重叠。图9F显示了直链体系与原纤维体系以小于0.04%的收敛值重叠。图9G显示了环状体系与直链体系以约10%的收敛值重叠。来自环状肽体系GGVV(SEQIDNO:1)的最代表性构象的两个视图,构成来自环状肽结构体系的最大聚类的矩心,在图7A中以黑色显示。同样,直链肽体系的最代表性构象,构成最大聚类的矩心,在图7中以白色显示,通过使用RMSD将它们最优地比对,叠加在以黑色显示的环状肽上,以便明确它们的不同取向。图7B显示了序列CGGGVVG(SEQIDNo:2)的环状肽和直链肽的相应矩心构象,再次通过比对RMSD来最优地叠加。黑色构象是环状肽最大聚类的矩心,因此最能代表环状肽的典型构象。白色构象是直链肽的最大聚类的矩心,其与环状构象比对。叠加的比对结构显示,对于直链和环状肽,倾向于优选不同的二面角和整体表位构象。表7列出了环状肽体系的矩心结构、直链肽体系的矩心结构和原纤维体系的矩心结构中的G37、G38、V39和V40占据的拉氏主链和侧链二面角的值;环状和直链矩心构象绘制在图7中。矩心结构显示了几个二面角,其在环状构象和直链或原纤维构象之间显著不同。表7中的列1给出了感兴趣的残基,列2给出了感兴趣的二面角,列3给出了环状体系矩心结构中的二面角的值,列4给出了直链体系矩心中二面角的值,列5给出了原纤维体系矩心中的二面角的值,列6给出了环状矩心和直链矩心之间的二面角差,列7给出了环状矩心和原纤维矩心之间的二面角差。表7中许多二面角不受更大的约束,例如终止于1HG1、2HG1、3HG1、1HG2、2HG2和3HG2的二面角不能大于120°。然而显然,许多环状二面角与直链或原纤维矩心的相应二面角显著不同。表7直链、环状和原纤维体系的矩心结构的二面角以及它们的差异图8再次显示了环状,直链和2M4J原纤维体系的矩心结构,将呈现给抗体的表面积谱在矩心构象之间不同。具体而言,2M4J终止于残基V40,因此具有带电荷的羧基末端。因此,在A-β40中该区域所产生的抗体将不可能结合环状GGVV(SEQIDNO:1),相反,产生环状GGVV(SEQIDNO:1)的抗体将不可能结合A-β40中的该区域。图10显示了环状体系不与任何其它A-β原纤维菌株重叠。具体而言,环状肽体系分布与原纤维分布之间的重叠为零。图10A显示了PDB2M4J的结果,图10B显示了PDB2LMN的结果,图10C显示了PDB2LMP的结果。实施例3包含构象约束表位的环状化合物构建体包含GGVV(SEQIDNO:1)例如环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)的肽可以头对尾环化。可以使用已知方法(例如单独的Fmoc基固相肽合成或与其它方法组合)合成包含GGVV(SEQIDNO:1)和优选包含2、3或4个氨基酸和/或PEG单元的连接子的直链肽。PEG分子可以在N-末端与胺基偶联,例如使用Hamley2014[6]和Roberts等2012[7]中描述的偶联化学方法,每个通过引入并入本文。直链肽化合物可以通过共价结合1)肽+连接子的氨基末端和羧基末端以形成肽键(例如环化主链),2)在肽+连接子中具有侧链的氨基末端或羧基末端或3)肽+连接子中的两条侧链而环化。环状化合物中的键可以是所用规则的肽键(同型环状肽)或包括其它类型的键如酯、醚、酰胺或二硫键(杂环环状肽)。肽可以通过在N-末端或C-末端或在肽内部包括例如半胱氨酸和高半胱氨酸的含巯基或硫醇残基的氧化而环化。例如,侧接肽的两个半胱氨酸残基可被氧化以形成二硫键。可以使用的氧化剂包括例如氧气(空气)、二甲基亚砜、氧化谷胱甘肽、胱氨酸、氯化铜(II)、铁氰化钾、三氟乙酸铊(III)或与本领域技术人员已知的其它氧化剂,并且可以与本领域技术人员已知的方法一起使用。美国专利公开号2009/0215172描述了与环状肽合成有关的方法和组合物。美国专利公开号2010/0240865、美国专利公开号2010/0137559和美国专利7,569,541描述了用于环化的各种方法。在PCT公开号WO01/92466和Andreu等,1994.MethodsinMolecularBiology35:91-169中描述了其它实例。更具体地,可以通过添加包含侧接和/或插入间隔子中具有半胱氨酸残基的间隔子的连接子构建包含GGVV(SEQIDNO:1)表位的环状肽。通过在添加到肽的N-末端和C-末端的非天然半胱氨酸残基之间产生二硫键,可以将肽构建成环状构象。它也可以通过在N-末端和C-末端氨基酸之间形成肽键(例如头对尾环化)而合成为环状化合物。通过CPCScientificInc.(SunnyvaleCA,美国)按照标准制造程序进行肽合成。例如,使用添加到包含GGVV(SEQIDNO:1)肽的N-末端和C-末端的半胱氨酸残基之间的二硫键以受约束的环状构象构建包含构象表位GGVV(SEQIDNO:1)的环状(CGGGVVGC)(SEQIDNO:12)环状肽。将两个非天然半胱氨酸残基添加至GGGVV(SEQIDNO:11),其中一个位于C-末端,另一个位于N-末端。两个半胱氨酸在受控条件下被氧化以形成二硫桥或头对尾反应以产生肽键。如上所述,设计环状肽的结构以模拟A-β寡聚体中GGVV(SEQIDNO:1)的氨基酸主链和侧链的构象和取向。环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)使用以下方法(CPCScientificInc,SunnyvaleCA)合成环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)。通过在2-氯三苯甲基氯树脂上的标准常规基于Fmoc基固相肽合成,然后用30%HFIP/DCM从树脂上裂解而合成受保护的直链肽。通过使用EDC.HCl/HOBt/DIEA在DMF中以低浓度将受保护的直链肽环化为相应的受保护的环状肽。通过TFA将受保护的环状肽脱保护以得到粗环状肽,并通过RPHPLC纯化粗肽,冻干后得到纯环状肽。可以通过直链肽CGGGVVG(SEQIDNO:2)的酰胺缩合制备环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)。可以通过直链化合物C-PEG2-GGVVG(SEQIDNO:3)的酰胺缩合制备环状(C-PEG2-GGVVG)(SEQIDNO:3)。可以通过直链化合物CGGGVV-PEG2(SEQIDNO:4)的酰胺缩合制备环状(CGGGVV-PEG2)(SEQIDNO:4)。制备直链(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)(CPCScientificInc,SunnyvaleCA)。通过在Fmoc-Gly-Wang树脂上的标准常规Fmoc基的固相肽合成合成受保护的直链肽,然后通过TFA将受保护的肽裂解以得到粗肽,通过RPHPLC纯化粗肽,冻干后得到纯肽,并将其用于缀合BSA。免疫原构建如上所述,合成环状化合物环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2),然后与BSA和/或KLH缀合(CPCScientificInc,SunnyvaleCA)。通过SMCC在PBS缓冲液中重新活化BSA或KLH,然后将PBS缓冲液中的纯肽溶液加入到缀合混合物中,将缀合混合物在室温(RT)下搅拌2h。然后在透析后将缀合混合物冻干以得到缀合产物。实施例4抗体的产生和选择将构象受约束的化合物(任选地包含GGVV(SEQIDNO:1)如环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)肽的环状肽的环状化合物)与钥孔血蓝蛋白(KLH)连接。按照加拿大动物护理委员会批准的方案,将环状肽送入小鼠单克隆抗体生产(ImmunoPreciseAntibodiesLTD(VictoriaBC,加拿大))中。使用用于生产抗体的构象肽并还可以使用与BSA连接的相关肽(例如环状(CGGGVV)(SEQIDNO:2))筛选小鼠。如实施例6中进一步描述的,使用包含环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)的免疫原制备杂交瘤。通过ELISA和SPR筛选杂交瘤上清液以优先结合环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)肽与如本文所述的直链肽。使用蛋白质G对IgG分泌阳性克隆进行大规模生产并进一步纯化。实施例5评估其对斑块/原纤维的结合或缺乏在10%福尔马林中固定后,可在新鲜冷冻的人脑切片或冷冻的人脑切片上进行免疫组织化学。可以使用0.5%过氧化氢的甲醇溶液淬灭内源过氧化物酶活性20分钟。使用柠檬酸钠pH6.0和蒸汽加热25分钟,然后在室温(RT)下冷却30分钟,可以实现抗原修复。在TBS中稳定5-7分钟后,在室温下用70%甲酸处理切片15分钟,然后在TBS中洗涤3×15分钟。在加湿室中,通过与无血清蛋白质封闭试剂(DakoCanadaInc.,Mississauga,ON,加拿大)温育1小时来封闭非特异性染色。对于免疫染色,使用本文所述的抗体、阳性对照6E10(1μg/ml)和同种型对照例如IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3(1μg/ml,Abcam)作为初级抗体。在4℃温育切片过夜,并在TBS-T中洗涤3×5分钟。将抗小鼠IgG辣根过氧化物酶缀合物(1:1000,ECL)应用于切片并温育45分钟,然后在TBS-T中洗涤3x5分钟。当达到靶向背景染色的期望水平时,应用DAB发色试剂(VectorLaboratories,BurlingtonON,加拿大)并使用蒸馏水冲洗切片。用梅耶氏苏木素(Mayer’shaematoxylin)复染切片,脱水并涂抹盖玻片。在光学显微镜(ZeissAxiovert200M,CarlZeissCanada,TorontoON,加拿大)下检查载玻片,并使用LeicaDC300digitalcameraandsoftware(LeicaMicrosystemsCanadaInc.,RichmondHill,ON)在50、200和400X放大倍数下捕获代表性图像。实施例6方法和材料免疫原环状和直链肽由CPCScientific,Sunnyvale,CA,USA产生。使用三氟乙酸盐抗衡离子方案将肽与KLH(用于免疫)和BSA(用于筛选)缀合。将肽脱盐并通过MS和HPLC检查并认为95%纯度。将肽运送至IPA以用于在小鼠中生产单克隆抗体。抗体产生许多杂交瘤和单克隆抗体至与钥孔血蓝蛋白(KLH)连接的环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)。免疫50日龄雌性BALB/c小鼠(CharlesRiverLaboratories,Quebec)。在19天的时间内给予一系列含有抗原但不含佐剂的皮下含水注射剂。每只小鼠每次注射0.5mg/mL的环状肽-KLH无菌盐水溶液,用100μg免疫小鼠。小鼠被安置在LabProducts的通风架系统中。所有4只小鼠在第19天被安乐死,收获淋巴细胞用于杂交瘤细胞系的产生。融合/杂交瘤开发在聚乙二醇(PEG1500)的存在下分离淋巴细胞并与鼠SP2/0骨髓瘤细胞融合。使用HAT选择培养融合细胞。该方法使用半固体甲基纤维素基HAT选择性培养基以将杂交瘤选择和克隆组合到一个步骤中。单细胞衍生的杂交瘤生长在半固体培养基上以形成单克隆菌落。融合事件10天后,将所得杂交瘤克隆转移到96孔组织培养板中并在含有HT的培养基中生长,直至达到对数生长中期(5天)。杂交瘤分析(筛选)使用山羊抗-IgG/IgM(H&L)-HRP二级抗体通过筛选抗原(环状肽-BSA(初次筛选))的间接ELISA测试来自杂交瘤的组织培养上清液,并对IgG和IgM抗体进行探测以及用TMB底物开发。在该测定中克隆>0.2OD用于下一轮测试。阳性培养物在筛选抗原以确认分泌并在不相关抗原(人转铁蛋白)上重新检测以消除非特异性mAb并排除假阳性。通过抗体捕获ELISA以确定它们是IgG还是IgM同种型而同种分析所有感兴趣的克隆。还通过间接ELISA对其它环状肽-BSA缀合物以及直链肽-BSA缀合物测试以评估交叉反应性而测试所有感兴趣的克隆。使用与BSA缀合的环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)通过间接ELISA筛选小鼠杂交瘤抗体。ELISA抗体筛选简而言之,在4℃在100uL/孔碳酸盐包被缓冲液(pH9.6)O/N中用0.1uL/孔环状(CGGGVVG)-缀合-BSA(SEQIDNO:2)包被ELISA板,并室温下用3%脱脂奶粉的PBS溶液封闭1小时。初级抗体:在37℃下将杂交瘤上清液以100μL/孔振荡温育1小时。在37℃下将次级抗体:1:10,000山羊抗小鼠IgG/IgM(H+L)-HRP以100μL/孔在PBS-Tween中振荡1小时。所有洗涤步骤用PBS-Tween进行30分钟。以50uL/孔添加底物3,3',5,5'-四甲基联苯胺(TMB),在暗处显影并用等体积的1MHCl停止。选择阳性克隆以用于进一步测试。通过间接ELISA测定小鼠杂交瘤的阳性克隆对环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)缀合的BSA和人转铁蛋白(HT)的反应性。1)在4℃下在100uL/孔碳酸盐包被缓冲液(pH9.6)O/N中用0.1uL/孔环状(CGGGVVG)-缀合-BSA(SEQIDNO:2);或在37℃下在dH2OO/N中以50μL/孔的0.25μg/孔HT抗原包被板。初级抗体:在37℃下将杂交瘤上清液以100μL/孔振荡温育1小时。在37℃下将次级抗体:1:10,000山羊抗小鼠IgG/IgM(H+L)-HRP以100μL/孔在PBS-Tween中振荡1小时。所有洗涤步骤用PBS-Tween进行30分钟。以50uL/孔添加底物3,3',5,5'-四甲基联苯胺(TMB),在暗处显影并用等体积的1MHCl停止。ELISA环状与直链CGGGVVG(SEQIDNO:2)化合物的选择性在4℃下在100uL/孔碳酸盐包被缓冲液(pH9.6)O/N中用0.1uL/孔环状(CGGGVVG)-缀合-BSA(SEQIDNO:2)在4℃下在100uL/孔碳酸盐包被缓冲液(pH9.6)O/N中用0.1uL/孔直链(CGGGVVG)-缀合-BSA(SEQIDNO:2);或3)在4℃下在100uL/孔碳酸盐包被缓冲液(pH9.6)O/N中用0.1uL/孔负肽包被ELISA板。初级抗体:在37℃下将杂交瘤上清液以100μL/孔振荡温育1小时。在37℃下将次级抗体:1:10,000山羊抗小鼠IgG/IgM(H+L)-HRP以100μL/孔在PBS-Tween中振荡1小时。所有洗涤步骤用PBS-Tween进行30分钟。以50uL/孔添加底物TMB,在暗处显影并用等体积的1MHCl停止。同种分型使用抗体捕获实验对杂交瘤抗体进行同种分型。在4℃下用1:10,000山羊抗小鼠IgG/IgM(H&L)抗体以100μL/孔碳酸盐包被缓冲液(pH9.6)包被捕获板过夜。没有使用封闭步骤。添加初级抗体(杂交瘤上清液)(100ug/mL)。在37℃下将次级抗体:1:5,000山羊抗小鼠IgGγ-HRP或1:10,000山羊抗小鼠IgMμ-HRP以100μL/孔在PBS-Tween中振荡1小时。所有洗涤步骤用PBS-Tween进行30分钟。以50uL/孔添加底物TMB,在暗处显影并用等体积的1MHCl停止。SPR结合测定-初级和次级筛选与A-β单体和寡聚体结合的抗体的SPR分析A-β单体和寡聚体制备将重组A-β40和42肽(CaliforniaPeptide,SaltLakeCityUT,USA)溶解于冰冷的六氟异丙醇(HFIP)中。通过蒸发过夜除去HFIP并在SpeedVac离心机中干燥。为了制备单体,将肽膜在DMSO中重构至5mM,在dH2O中进一步稀释至100μM并立即使用。通过将5mMDMSO肽溶液在不含酚红的F12培养基(LifeTechnologiesInc.,BurlingtonON,Canada)中稀释至终浓度为100μM并在4℃温育24小时至7天而制备寡聚体。SPR分析使用分子亲和力筛选系统(MASS-1)(SierraSensorsGmbH,Hamburg,Germany)进行所有SPR测量,采用高强度激光和高速光学扫描的分析生物传感器实时监测结合相互作用。使用SPR直接结合测定进行组织培养上清液的初步筛选,由此将BSA缀合的肽A-β42单体和A-β42寡聚体共价固定在高胺容量(HAC)传感器芯片(Sierra传感器芯片GmbH,Hamburg,德国)的单个流通细胞上并且抗体流过表面。使用SPR间接(捕获)结合测定在次级筛选中分析蛋白G纯化的mAbs,由此将抗体捕获在蛋白质A-衍生的传感器芯片(XanTecBioanalyticsGmbH,Duesseldorf,Germany)上,且A-β40单体、A-β42寡聚体、可溶性脑提取物和脑脊液流过表面。在SPR直接结合测定中,通过将A-β42单体和A-β42寡聚体共价固定在HAC传感器芯片的单个流通细胞上并流过纯化的mAb证实了抗体的特异性。可溶性脑提取物和CSF样品的SPR分析可溶性脑提取物和CSF制备从UBC阿尔茨海默病和相关病症诊疗中评估的患者获得人脑组织和CSF。可能性AD的临床诊断基于NINCDS-ADRDA标准[5]。将CSF收集在聚丙烯管中、处理、等分到100μL聚丙烯小瓶中,并在腰椎穿刺后1小时内储存在-80℃。均质化:称重人脑组织样品,随后浸入一定体积的新鲜冰冷的TBS(补充有来自加拿大LavalQC的RocheDiagnostics的无EDTA蛋白酶抑制剂混合物)中,使得脑组织的最终浓度为20%(w/v)。使用机械探针匀浆器(3x30秒脉冲,中间停留30秒,全部在冰上进行)将组织均质化在该缓冲液中。然后使TBS均质化样品进行超速离心(70,000×g,90分钟)。收集上清液、等分并在-80℃下储存。使用BCA蛋白测定(PierceBiotechnologyInc,RockfordIL,美国)确定TBS匀浆的蛋白质浓度。SPR分析将来自4名AD患者和4名年龄匹配对照的脑提取物以及来自9名AD患者和9名年龄匹配对照的CSF样品合并并分析。将纯化的mAb捕获在蛋白质A衍生的传感器芯片的分开的流动细胞上,并将稀释的样品注射在表面上180秒,然后在缓冲液中解离120秒并进行表面再生。通过减去小鼠对照IgG参照表面结合和测定缓冲液来双重参照结合响应,并比较不同组样品。评估其对A-β单体的结合或缺乏在组织培养上清液的初级筛选中,将A-β42单体和A-β42寡聚体用于直接结合测定。在次级筛选中,A-β40单体和A-β42寡聚体、可溶性脑提取物和CSF样品用于间接(捕获)结合测定。初级筛选筛选组织培养上清液中是否存在针对其同源环状肽的抗体结合。将每个样品稀释并在固定的肽和BSA参照表面上一式两份注射120秒,然后仅在300秒解离相注射运行缓冲液。在每个分析周期之后,再生传感器芯片表面。通过减去BSA参照表面和空白运行缓冲液注射的结合和在解离相中收集的响应报告点的结合来双重参照传感图。寡聚体结合测定接下来合成的A-β42寡聚体如上产生并固定,分析抗体结合反应。将与A-β42寡聚体的抗体结合响应与对环状的结合响应进行比较。验证与A-β寡聚体的结合为了进一步验证和证实A-β42寡聚体结合,将抗体共价固定,随后注射到商业制备的稳定A-β42寡聚体(SynAgingSAS,Vandéuvre-lès-Nancy,法国)的表面上。结果ELISA测试发现大部分杂交瘤克隆结合环状肽。通过ELISA测试下一个克隆对环状-和直链-CGGGVVG(SEQIDNO:2)化合物的结合选择性。与直链CGGGVVG缀合的-BSA(SEQIDNO:2)相比,许多克隆优先结合环状(CGGGVVG)-缀合的-BSA(SEQIDNO:2)。同种分型显示大多数克隆是包括IgG1、IgG2a和IgG3克隆的IgG。还鉴定了几个IgM和IgA克隆,但没有进一步追踪。使用表面等离子体共振技术进行直接结合分析以筛选与SEQIDNO:2的环状肽结合的组织培养上清液中的抗体。图12绘制了直接结合测定结果和ELISA结果之间的相关性,并显示直接结合和ELISA结果之间存在相关性。对克隆重新测试其结合如上所述制备的环状肽、直链肽、Aβ1-42单体和Aβ1-42寡聚体的能力。如上所述使用SPR进行结合测定(直接结合测定)。基于如表8所示进行的结合测定选择许多克隆。选择的克隆是IgGmAb。负数表示无结合。表8304ELISA预筛选交瘤上清液的ELISA预筛选鉴定了与直链肽相比显示与环状肽增加结合的克隆。一部分克隆对KLH-表位连接子肽具有反应性。这些被排除在进一步研究之外。使用本文所述的同种分型程序将大部分克隆确定为IgG同种型。通过表面等离子体共振测量的直接结合-初级筛选使用表面等离体共振测试含有抗体克隆的组织培养上清液与环状肽、直链肽(图11A中所示),A-β寡聚体和A-β单体(图11B中所示)的直接结合,显示了没有表位/连接子交叉反应性的IgG克隆。对于与直链肽结合的大多数克隆而言,其等于或低于零,相反,与环状肽的结合对绝大多数克隆是阳性的(图11A)。用A-β单体和A-β寡聚体(AO)结合可见类似的模式,除6个克隆以外的所有克隆对单体的反应性都低于参照表面,而所有克隆均强力结合AO(图11B)。对于选择的克隆,比较结合谱显示在图13中。在环状肽,直链肽,A-β单体和A-β寡聚体(AO)的情况下,使用针对特异性表位的表面等离子体共振评估每个克隆的直接结合。实施例7次级筛选免疫组织化学对冷冻的人脑切片进行免疫组织化学,没有固定或抗原修复。在加湿室中,通过与无血清蛋白封闭试剂(DakoCanadaInc.,Mississauga,ON,加拿大)温育1小时而封闭非特异性染色。使用以下一级抗体进行免疫染色:全部购自Biolegend的小鼠单克隆同种型对照IgG1、IgG2a和IgG2b以及抗淀粉样蛋白6E10,以及选择的对环状肽具有反应性的纯化克隆。所有抗体以1μg/mL使用。在室温下温育切片1小时,并在TBS-T中洗涤3x5分钟。将抗小鼠IgG辣根过氧化物酶缀合物(1:1000,ECL)施用于切片并温育45分钟,然后在TBS-T中洗涤3x5分钟。当达到靶向背景染色的期望水平时,应用DAB发色试剂(VectorLaboratories,BurlingtonON,加拿大)并使用蒸馏水冲洗切片。用梅耶氏苏木素(Mayer’shaematoxylin)复染切片,脱水并涂抹盖玻片。在光学显微镜(ZeissAxiovert200M,CarlZeissCanada,TorontoON,加拿大)下检查载玻片,并使用LeicaDC300digitalcameraandsoftware(LeicaMicrosystemsCanadaInc.,RichmondHill,ON)在20和40X放大倍数下捕获代表性图像。使用“色阶自动校正(LevelsAutoCorrection)”在AdobePhotoshop中优化图像。CSF和脑提取物经UBC临床研究伦理委员会(C04-0595)批准,从马里兰大学脑和组织银行获得人脑组织。从UBC医院诊所的阿尔茨海默病和相关病症中评估的患者获得CSF。该研究获得了UBC临床研究伦理委员会的批准,并且在收集CSF样品之前获得了参与者或法定亲属的书面同意。可能性AD的临床诊断基于NINCDS-ADRDA标准。将CSF收集在聚丙烯管中、处理、等分成100μL聚丙烯小瓶,并在腰椎穿刺后1小时内储存在-80℃。均质化:称重人脑组织样品,随后浸入一定体积的新鲜冰冷的TBS和来自RocheDiagnostics的无EDTA蛋白酶抑制剂混合物(LavalQC,加拿大)中,使得脑组织的最终浓度为20%(w/v)。使用机械探针匀浆器(3x30秒脉冲,中间停留30秒,全部在冰上进行)将组织均质化在该缓冲液中。然后使TBS均质化样品进行超速离心(70,000×g,90分钟)。收集上清液、等分并在-80℃下储存。使用BCA蛋白测定(PierceBiotechnologyInc,RockfordIL,美国)确定TBS匀浆的蛋白质浓度。CSF:合并来自9名捐献者的AD和9名没有AD的捐献者的CSF。对所有抗体,通过SPR使用浓度为30微克/ml的纯化IgG分析样品。将小鼠IgG用作抗体对照,并且所有实验重复至少2次。使用抗体6E10证实CSF和脑提取物中的阳性结合。SPR分析:将来自AD患者的4个脑提取物和来自年龄匹配的对照的4个脑提取物合并并分析。在TBS中均质化的脑样品包括额叶皮质布罗德曼(Brodmann)区域9。使用分子亲和力筛选系统(MASS-1)(SierraSensorsGmbH,Hamburg,Germany)进行所有实验,如实施例6中所述,采用高强度激光和高速光学扫描的分析型生物传感器实时监测结合相互作用。针对本文所述的环状肽产生的纯化抗体被捕获在蛋白A-衍生的传感器芯片的分开的流动细胞上,并将稀释的样品注射在表面上180秒,然后在缓冲液中解离120秒并表面再生。通过减去小鼠对照IgG参照表面结合和测定缓冲液来双重参照结合响应,并比较不同组样品。结果CSF脑提取物和免疫组织化学测试几种克隆在CSF中结合A-β的能力,可溶性脑提取物和尸体AD脑的组织样品显示在表9中。表9中的阳性强度由数字加号表示。表9和表10提供了如本文所述通过SPR测量的所选克隆对寡聚体对单体的结合选择性的数据。IHC结果也概括在表9中,其中“+/-”表示与同种型对照相似或不同的染色,但没有清晰的斑块形态。图14显示了与用6E10抗体观察到的阳性斑块染色(A)相比,用克隆304-47(7D7)在新鲜冷冻切片上缺乏斑块染色(B)的实例。图15显示了针对包含GGVV(SEQIDNO:1)的环状肽产生的抗体包括比对照患者更大程度结合AD患者的脑提取物中的A-β的抗体。如表9、10和图14所示,使用包含GGVV(SEQIDNO:1)的环状肽作为免疫原生产与脑提取物和/或CSF中的A-β结合的抗体克隆,但没有明显地与SPR上的单体结合,并且没有通过IHC明显地结合斑块原纤维。表9:结合特征的总结*评分相对于同一样品类别中的其它克隆。表10.A-β寡聚体结合RU值减去单体结合测试的抗体304-41RU6.4实施例8合成寡聚体结合测试商业制备的合成淀粉样蛋白β寡聚体(SynAgingSAS,Vanduvre-lès-Nancy)的系列2倍稀释液(7.8nM至2000nM)与共价固定化抗体的结合。对照抗体mAb6E10的结果示于图16A中,小鼠对照IgG示于图16B中,图16C显示了使用针对环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)产生的抗体的结果。实施例9福尔马林固定组织的免疫组织化学研究使用抗环状CGGGVVG(SEQIDNO:2)产生的抗体评估人脑组织。该患者以前曾用三方面的方法对阿尔茨海默病进行过鉴定和诊断:(i)Bielschowsky银法显示老年斑块和神经原纤维缠结,(ii)刚果红显示淀粉样蛋白和(iii)tau免疫组织化学显示缠结和证实老年斑块是“神经炎”。该组织用于测试所选单克隆抗体克隆的斑块反应性。将脑组织固定在10%福尔马林缓冲液中几天,并在SakuraVIP组织处理器中石蜡处理。组织切片用1g/ml抗体进行探测有无微波抗原修复(AR)。包括泛淀粉样蛋白β反应性抗体6E10以及选择的抗体克隆作为阳性对照。用抗体稀释剂(Ventana)稀释抗体稀释,并用OptiViewDAB(Ventana)显色。在VentanaBenchmarkXTIHC染色器上进行染色。使用OlympusBX45显微镜获得图像。图像由具有神经病理学专业知识的专业病理学家盲目分析。如下表11所示,使用固定的组织,测试的抗体对于具有或不具有抗原修复的老年斑淀粉样蛋白的特异性染色是阴性的。6E10被用作阳性对照。表11实施例10寡聚体增殖的抑制通过使用硫磺素T(ThT)结合检查它们对淀粉样蛋白β(Aβ)聚集的影响体外测试抗体的生物学功能性。Aβ聚集由预先形成的小Aβ寡聚体的核诱导并且通过其增殖,并且从单体Aβ到可溶性寡聚体到不溶性原纤维的完整过程伴随着β片形成的伴随增加。这可以通过ThT(一种苯并噻唑盐)进行监测,当其结合β折叠结构并导致荧光增强时,其激发和发射最大值分别从385nm变为450nm和445nm变为482nm。简而言之,将Aβ1-42(BachemAmericasInc.,Torrance,CA)溶解、超声处理,在Tris-EDTA缓冲液(pH7.4)中稀释并添加到黑色96-孔微量滴定板(GreinerBio-One,Monroe,NC)中,向其中添加等体积的环状肽产生的抗体或不相关的小鼠IgG抗体同种型对照,导致Aβ1-42肽与抗体的摩尔比为1:5。添加ThT并将平板在室温下温育24小时,使用WallacVictor3v1420多标记计数器(PerkinElmer,Waltham,MA)每小时记录ThT荧光测量(在440nm处激发,在486nm发射)。从所有孔中减去来自背景缓冲液的荧光读数,并且从相应的孔中进一步减去仅来自抗体的孔的读数。如图17所示,通过ThT荧光监测的Aβ42聚集显示出以最小荧光初始滞后阶段为特征的S形形状,具有荧光快速增加的指数阶段,最后是平台阶段,在此期间Aβ分子种类处于平衡状态并且在其中没有荧光增加。Aβ42与不相关小鼠抗体的共温育对聚集过程没有任何显著影响。相反,Aβ42与测试抗体的共温育完全抑制了聚集过程的所有阶段。用抗体克隆47(7D7;IgG1同种型)获得的结果显示在图17中。由于ThT聚集测定模拟AD发病机制中关键的单体、寡聚体、初原纤维和原纤维的Aβ增殖和聚集的体内生物物理/生物化阶段,所以抗环状CGGGVVG(SEQIDNO:2)的抗体证明完全消除该过程的潜力。使用小鼠IgG进行同种型对照显示无抑制作用。实施例11实现阿尔茨海默病免疫疗法的最佳谱:合理产生对毒性A-β寡聚体特异性的抗体。目标:产生对毒性淀粉样蛋白-寡聚体(AβO)特异性的抗体背景:目前的证据表明,与单体和原纤维相反,增殖的朊病毒样AβO菌株优先对神经元具有毒性并触发阿尔茨海默病(AD)中的tau病理。此外,剂量限制性不良反应与临床试验中的A纤维识别有关。这些观察结果表明,为了安全性和有效性,可能需要特异性中和毒性AβO。设计/方法:如本文所述采用计算模拟,使用具有标准化力场的分子动力学来扰乱沉积在蛋白质数据库中的Aβ原纤维的原子级结构。据推测,弱稳定区域可能暴露于新生初原纤维或寡聚体中。聚类分析、曲率、暴露于溶剂、溶解度、二面角分布和拉氏角分布全部用于表征预测表位的构象性质,当在寡聚体与单体或原纤维的情况下呈现时,所述预测表位量化抗原谱中的差异。以环状形式合成候选肽表位,其可以模拟区域AβO构象,与载体蛋白缀合,并用于在小鼠中产生单克隆抗体。通过SPR和免疫组织化学筛选纯化的抗体。结果:基于识别同源结构化肽和合成AβO的能力,选择针对5个预测表位的66个IgG克隆进行纯化,几乎不结合未结构化的肽、连接子肽或Aβ单体。与对照相比,额外的筛选鉴定了优先结合AD患者的CSF和脑提取物中天然可溶性AβO的抗体。AD脑的免疫组织化学分析允许选择不与斑块反应的抗体克隆。结论:计算上鉴定的AO表位允许产生具有与天然ADAO选择性结合的期望的靶分布的抗体,而对单体或原纤维没有显著的交叉反应性。实施例12毒性抑制测定可以在大鼠原代皮层神经元测定中测试通过抗环状肽而产生的抗体来抑制A-β42寡聚体的毒性。将抗体和对照IgG各自调节至例如2mg/mL的浓度。测试A-β寡聚体和抗体以及载体对照,单独的A-β寡聚体和阳性对照如神经保护肽人肌肽HNG的各种摩尔比。表12中示出了示例性设置。在室温预温育10分钟后,用培养基将体积调节至840微升。该溶液在37℃温育5分钟。然后将溶液直接添加到原代皮层神经元中,并将细胞温育24小时。使用MTT测定可以测定细胞活力。表12使用304抗体克隆47进行该测试,该测试证明了对A-β寡聚体毒性的抑制(图18)。实施例13体内毒性抑制试验可以通过小鼠行为测定在体内测试通过针对环状肽产生的抗体抑制A-β42寡聚体的毒性。在脑室内(ICV)注射到小鼠之前,将抗体和同种型对照与A-β42寡聚体各自以2种或更多种不同摩尔比预先混合。对照组包括单独注射载体、单独注射寡聚体、单独注射抗体和阳性对照(例如神经保护肽人肌肽蛋白)的小鼠。或者,可以在ICV注射寡聚体之前,期间和/或之后全身施用抗体。在ICV注射寡聚体后大约4-7天开始,在学习和记忆的行为测定中评估认知,例如小鼠空间识别测试(SRT),Y-迷宫测定,Morris水迷宫模型和新物体识别模型(NOR)。小鼠空间识别测试(SRT)评估地形记忆、海马功能测量(SynAging)。该模型使用两室设备,其中室的形状、图案和颜色不同(即地形差异)。这些室通过一个清晰的有机玻璃走廊(Plexiglasscorridor)连接起来。首先将单个小鼠置于该装置中5分钟的探索阶段,在该阶段只允许进入其中一个室。然后将小鼠放回家笼30分钟,并放回设备中5分钟“选择”阶段,在此期间它们可以进入两个室。具有正常认知功能的小鼠记住先前探测的室并且在新室中花费更多时间。区分指数(DI)计算如下:DI=(TN-TF)/(TN+TF),其中,TN是在新室中花费的时间量,TF是在熟悉室中花费的时间量。有毒的A-β寡聚体导致DI减少,该减少可由人肌肽阳性对照部分拯救。在ICV注射后不同时间点的该测定的性能可用于估计针对环状肽产生的抗体在体内抑制A-β寡聚体毒性的潜力。Y-迷宫测定(SynAging)是主要由前额皮质(工作记忆)和海马(空间分量)介导的空间工作记忆的测试。小鼠被放置在一个Y形的迷宫里,其中,它们可以探索2只臂。具有完整短期记忆的小鼠将在连续试验中在两个臂之间交替。用毒性A-β寡聚体注射ICV的小鼠认知受损,显示了替代随机行为接近50%的随机值(相对于正常动物约70%)。胆碱酯酶抑制剂多奈哌齐(Aricept)或人肌肽部分或完全逆转了这种损害。该测定提供了测试抗体对A-β寡聚体毒性保护活性的另一种体内评估。Morris水迷宫是另一种广泛接受的认知模型,研究空间学习和长期地形记忆,主要依赖于海马功能(SynAging)。训练小鼠在多次试验中发现隐藏在不透明水面下的平台。它们在回忆平台位置时的学习表现基于记录的视觉线索和录像。它们的学习速度是多天测量的,即从放出到水中直到找到平台为止的稳步减少的时间。认知正常的小鼠需要越来越少的时间在连续的日子找到平台(学习)。为了分析长期记忆,在训练后多天重复测试:平台被拿走并且在前平台位置上的交叉数量或第一次穿过的时间被用作评估长期记忆的措施。用毒性A-β寡聚体注射ICV的小鼠在学习和长期记忆方面显示缺陷,并提供估计测试抗体保护活性的模型。新颖的物体认知(NOR)模型利用啮齿动物的正常行为以研究新物体比已知物体明显更长的时间,其主要取决于皮质内周皮层功能(SynAging)。在采集试验中,允许小鼠或大鼠探索两个相同的物体。在短暂的试验间期之后,其中一个物体被替换为一个新物体。动物返回竞技场并记录积极探索每个物体所花费的时间。正常的啮齿动物会回忆起熟悉的物体,并会花费更多时间探索新物体。相反,A-β寡聚体处理的啮齿动物表现出明显的认知障碍,并且将花费相似的时间来研究“熟悉”和“新”物体。这可以用已知的临床认知增强剂(例如多奈哌齐)暂时逆转。NOR测定可以在纵向研究中进行多次以评估测试抗体的潜在认知益处。除了行为测定之外,可以收集脑组织并分析突触标记物(PSD95、SNAP25、突触泡蛋白)和炎症标记物(IL-1-β)的水平。在ICV注射寡聚体后约14天将小鼠处死,并用盐水灌注。收集海马,速冻并储存于-80℃直至分析。均质化样品的蛋白质浓度由BCA确定。使用ELISA试剂盒(Cloud-CloneCorp,USA)测定突触标记物的浓度。通常,注射A-β寡聚体的小鼠突触标记物减少了25-30%,并且通过人肌肽阳性对照恢复至90-100%。在注射A-β寡聚体的小鼠中IL-1-β炎症标志物的浓度增加约3倍,并且这种增加在很大程度上被人肌肽阻止。这些测定法提供了测试抗体在分子水平上的保护活性的另一种测量。实施例14体内增殖抑制测定可以在阿尔茨海默病(AD)的各种啮齿动物模型中研究A-β毒性寡聚体的体内增殖和相关病理学。例如,用于人APP(例如APP23小鼠)或人APP和PSEN1(APPPS1小鼠)的转基因小鼠表达升高水平的A-β并且随着年龄伴随着炎症和神经元损伤而表现出逐渐淀粉样蛋白沉积。脑内接种含有寡聚体的脑提取物可显著加速该过程(13,14)。这些模型提供了研究脑内或全身施用的测试抗体对A-β寡聚体增殖的抑制的系统。实施例15CDR测序选择确定具有IgG1重链和κ轻链的克隆304-7D7.1用于重链和轻链的CDR和可变区域。使用5'RACE和扩增合适的小鼠免疫球蛋白重链(IgG1/IgG3/IgG2A)和轻链(κ)可变区域序列的基因特异性反向引物进行RT-PCR。切下特异性条带并克隆到pCR-BluntII-TOPO载体中进行测序,并将构建体转化到大肠杆菌(E.coli)中。在测序前,挑取每个链的至少8个菌落并进行PCR筛选扩增区域的存在。选择PCR阳性克隆进行测序。CDR序列在表13中。重链和轻链的可变部分的共有DNA序列和蛋白质序列提供于表14中。表13链CDRSequenceSEQIDNO.重CDR-H1GFTFSNYW17CDR-H2IRLKSYNYAT18CDR-H3LRWIDY19轻CDR-L1QDINSY20CDR-L2RAN21CDR-L3PQYDEFPYT22表14共有DNA序列和可变区域的翻译蛋白质序列。根据IMTG/LIGM-DB,互补决定区域(CDR)被加下划线。表15A-β表位序列和具有连接子的A-β序列GGVV(SEQIDNO:1)CGGGVVG、环状(CGGGVVG)(SEQIDNO:2)CGGVVG、C-PEG2-GGVVG(SEQIDNO:3)CGGGVV、CGGGVV-PEG2(SEQIDNO:4)VGGV(SEQIDNO:5)VGGVV(SEQIDNO:6)VGGVVI(SEQIDNO:7)GGVVI(SEQIDNO:8)GGGVVG(SEQIDNO:9)GGVVG(SEQIDNO:10)GGGVV(SEQIDNO:11)CGGGVVGC(SEQIDNO:12)AIIGLMVGGVV(SEQIDNO:13)MVGGVV(SEQIDNO:14)GGVVIA(SEQIDNO:15)表16DAEFRHDSGYEVHHQKLVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA(SEQIDNO:16)尽管已经参照目前被认为是优选实施例的内容描述了本申请,但是应该理解,本申请不限于所公开的实施例。相反,本申请旨在覆盖包括在所附权利要求的精神和范围内的各种修改和等同设置。所有的出版物、专利和专利申请都通过引用整体并入本文,其程度如同每个单独的出版物、专利或专利申请被具体地和单独地指示为通过引用整体并入。具体而言,与本文提供的每个登录号相关的序列,包括例如在表或其它地方提供的登录号和/或生物标志序列(例如蛋白质和/或核酸),通过引用整体并入本文。权利要求的范围不应受优选实施方式和实施例的限制,而应作为整体给予与说明书一致的最宽泛的解释。说明书中提到的参考文献引用[1]GabrielaA.N.Crespi,StefanJ.Hermans,MichaelW.Parker,andLukeA.Miles.Molecularbasisformid-regionamyloid-bcapturebyleadingAlzheimer’sdiseaseimmunotherapiesSCIENTIFICREPORTS|5:9649,2015|DOI:10.1038/srep09649[2]VincentJ.HilserandErnestoFreire.Structure-basedcalculationoftheequilibriumfoldingpathwayofproteins.correlationwithhydrogenexchangeprotectionfactors.J.Mol.Biol.,262:756–772,1996.TheCOREXapproach.[3]SamuelI.A.Cohen,SaraLinse,LeilaM.Luheshi,ErikHellstrand,DuncanA.White,LukeRajah,DanielE.Otzen,MicheleVendruscolo,ChristopherM.Dobson,andTuomasP.J.Knowles.Proliferationofamyloid-β42aggregatesoccursthroughasecondarynucleationmechanism.Proc.Natl.lAcad.Sci.USA,110(24):9758-9763,2013.[4]PietroSormanni,FrancescoA.Aprile,andMicheleVendruscolo.Thecamsolmethodofrationaldesignofproteinmutantswithenhancedsolubility.JournalofMolecularBiology,427(2):478-490,2015.[5]DeborahBlacker,MD,ScD;MarilynS.Albert,PhD;SusanS.Bassett,PhD;RodneyC.P.Go,PhD;LindyE.Harrell,MD,PhD;MarshaiF.Folstein,MDReliabilityandValidityofNINCDS-ADRDACriteriaforAlzheimer'sDiseaseTheNationalInstituteofMentalHealthGeneticsInitiative.ArchNeurol.1994;51(12):1198-1204.doi:10.1001/archneur.1994.00540240042014.[6]Hamley,I.W.PEG-PeptideConjugates2014;15,1543-1559;dx.doi.org/10.1021/bm500246w[7]Roberts,MJetalChemistryforpeptideandproteinPEGylation64:116-127.[8]J.X.Lu,W.Qiang,W.M.Yau,C.D.Schwieters,S.C.Meredith,R.Tycko,MOLECULARSTRUCTUREOFBETA-AMYLOIDFIBRILSINALZHEIMER'SDISEASEBRAINTISSUE.CELLVol.154p.1257(2013)[9]Y.Xiao,B.MA,D.McElheny,S.Parthasarathy,F.Long,M.Hoshi,R.Nussinov,Y.Ishii,ABETA(1-42)FIBRILSTRUCTUREILLUMINATESSELF-RECOGNITIONANDREPLICATIONOFAMYLOIDINALZHEIMER'SDISEASE.NAT.STRUCT.MOL.BIOL.Vol.22p.499(2015).[10]A.Petkova,W.Yau,R.TyckoEXPERIMENTALCONSTRAINTSONQUATERNARYSTRUCTUREINALZHEIMER'SBETA-AMYLOIDFIBRILSBIOCHEMISTRYV.454982006.[11]PaganettiPA,LisM,KlafiHW,StaufenbielM.Amyloidprecursorproteintruncatedatanyoftheγ-secretasesitesisnotcleavedtoβ-amyloid,J.Neurosci.Res.46(1996)283–293.[12]WeihofenA,LembergMK,FriedmannE,RueegerH,SchmitzA,PagnettiP,RovelliG,MartoglioB.Targetingpresenillin-typeasparticproteasesignalpeptidepeptidasewithγ-secretaseinhibitors.JBiolChem.2003;278(19),16528-33.[13]KahlertH,WeberB,TeppkeM,WahlR,CromwellO,FiebigH.CharacterizationofmajorallergensofParietariaofficinalis.IntArchAllergyImmunol1996Feb;109(2):141-9.序列表<110>英属哥伦比亚大学<120>淀粉样蛋白β中的C-末端表位及其构象选择性抗体<130>7685-P50439PC00<150>62/253,044<151>2015-11-09<150>62/352,346<151>2016-06-20<150>62/365,634<151>2016-07-22<150>62/393,615<151>2016-09-12<160>26<170>PatentInversion3.5<210>1<211>4<212>PRT<213>智人<400>1GlyGlyValVal1<210>2<211>7<212>PRT<213>人工序列<220><223>合成的构建体<400>2CysGlyGlyGlyValValGly15<210>3<211>6<212>PRT<213>人工序列<220><223>合成的构建体<400>3CysGlyGlyValValGly15<210>4<211>6<212>PRT<213>人工序列<220><223>合成的构建体<400>4CysGlyGlyGlyValVal15<210>5<211>4<212>PRT<213>智人<400>5ValGlyGlyVal1<210>6<211>5<212>PRT<213>智人<400>6ValGlyGlyValVal15<210>7<211>6<212>PRT<213>智人<400>7ValGlyGlyValValIle15<210>8<211>5<212>PRT<213>智人<400>8GlyGlyValValIle15<210>9<211>6<212>PRT<213>人工序列<220><223>合成的构建体<400>9GlyGlyGlyValValGly15<210>10<211>5<212>PRT<213>人工序列<220><223>合成的构建体<400>10GlyGlyValValGly15<210>11<211>5<212>PRT<213>智人<400>11GlyGlyGlyValVal15<210>12<211>8<212>PRT<213>人工序列<220><223>合成的构建体<400>12CysGlyGlyGlyValValGlyCys15<210>13<211>11<212>PRT<213>智人<400>13AlaIleIleGlyLeuMetValGlyGlyValVal1510<210>14<211>6<212>PRT<213>智人<400>14MetValGlyGlyValVal15<210>15<211>6<212>PRT<213>智人<400>15GlyGlyValValIleAla15<210>16<211>42<212>PRT<213>智人<400>16AspAlaGluPheArgHisAspSerGlyTyrGluValHisHisGlnLys151015LeuValPhePheAlaGluAspValGlySerAsnLysGlyAlaIleIle202530GlyLeuMetValGlyGlyValValIleAla3540<210>17<211>8<212>PRT<213>小家鼠<400>17GlyPheThrPheSerAsnTyrTrp15<210>18<211>10<212>PRT<213>小家鼠<400>18IleArgLeuLysSerTyrAsnTyrAlaThr1510<210>19<211>6<212>PRT<213>小家鼠<400>19LeuArgTrpIleAspTyr15<210>20<211>6<212>PRT<213>小家鼠<400>20GlnAspIleAsnSerTyr15<210>21<211>3<212>PRT<213>小家鼠<400>21ArgAlaAsn1<210>22<211>9<212>PRT<213>小家鼠<400>22ProGlnTyrAspGluPheProTyrThr15<210>23<211>414<212>DNA<213>小家鼠<400>23atgtatttgggactgaactgtgtattcatagtttttctcttaaaaggtgtccagagtgaa60gtgaagcttgaggagtctggaggaggcttggtgcaacctggaggatccatgaaactctcc120tgtgttgcctctggattcactttcagtaactactggatgaactgggtccgccagtctcca180gagaaggggcttgagtgggttgctgaaattagattgaaatcttataattatgcaacacat240tatgcggagtctgtgaaagggaggttcaccatctcaagagatgattccaaaagtagtgtc300tacctgcaaatgaacaacttaagagctgaagacactggcatttattactgtttacggtgg360atcgactactggggccaaggcaccactctcacagtctcctcagccaaaacgaca414<210>24<211>138<212>PRT<213>小家鼠<400>24MetTyrLeuGlyLeuAsnCysValPheIleValPheLeuLeuLysGly151015ValGlnSerGluValLysLeuGluGluSerGlyGlyGlyLeuValGln202530ProGlyGlySerMetLysLeuSerCysValAlaSerGlyPheThrPhe354045SerAsnTyrTrpMetAsnTrpValArgGlnSerProGluLysGlyLeu505560GluTrpValAlaGluIleArgLeuLysSerTyrAsnTyrAlaThrHis65707580TyrAlaGluSerValLysGlyArgPheThrIleSerArgAspAspSer859095LysSerSerValTyrLeuGlnMetAsnAsnLeuArgAlaGluAspThr100105110GlyIleTyrTyrCysLeuArgTrpIleAspTyrTrpGlyGlnGlyThr115120125ThrLeuThrValSerSerAlaLysThrThr130135<210>25<211>399<212>DNA<213>小家鼠<400>25atggacatgaggacccctgctcagtttcttggaatcttgttgctctggtttccaggtatc60aaatgtgacatcaagatgacccagtctccatcttccatgtatgcatctctaggagagaga120gtcactatcacttgcaaggcgagtcaggacattaatagctatttaagctggttccagcag180aaaccagggaaatctcctaagaccctgatctatcgtgcaaacagattggtagatggggtc240ccatcaaggttcagtggcagtggatctgggcaagattattctctcaccatcagcagcctg300gagtatgaagatatgggaatttattattgtccacagtatgatgagtttccgtacacgttc360ggaggggggaccaagctggaaataaaacgggctgatgct399<210>26<211>133<212>PRT<213>小家鼠<400>26MetAspMetArgThrProAlaGlnPheLeuGlyIleLeuLeuLeuTrp151015PheProGlyIleLysCysAspIleLysMetThrGlnSerProSerSer202530MetTyrAlaSerLeuGlyGluArgValThrIleThrCysLysAlaSer354045GlnAspIleAsnSerTyrLeuSerTrpPheGlnGlnLysProGlyLys505560SerProLysThrLeuIleTyrArgAlaAsnArgLeuValAspGlyVal65707580ProSerArgPheSerGlySerGlySerGlyGlnAspTyrSerLeuThr859095IleSerSerLeuGluTyrGluAspMetGlyIleTyrTyrCysProGln100105110TyrAspGluPheProTyrThrPheGlyGlyGlyThrLysLeuGluIle115120125LysArgAlaAspAla130当前第1页1 2 3 
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