诱导CD8+T细胞的组合物及方法与流程
本发明涉及一种诱导和/或增殖cd8+t细胞的组合物及方法。本发明还提供了通过诱导和/或增殖cd8+t细胞治疗的疾病的治疗方法。
背景技术：
包括人类的动物，在解剖学位置包含许多微生物(统称为微生物群)，包括口腔、食道、胃、小肠、大肠、盲肠、阴道、皮肤、鼻腔、耳朵和肺。人类微生物群负责大量关键过程，包括免疫系统的发育，碳水化合物、蛋白质和异生物质的代谢，上皮的形成和再生，脂肪储存，激素的产生，维生素的产生以及病原体感染防护等(参见例如leblanc等人.curr.opin.biotechnol.(2013)24(2):160-168；hooper等人.science(2012)336(6086):1268-1273；hughes等人.am.j.gastroenterol.(2013)108(7):1066-1074)。可能由许多因素(例如抗生素使用、过度卫生、饮食、遗传背景或上述因素的组合)引起的人类微生物群的改变与许多不良影响有关，包括发生传染病(例如艰难梭菌c.difficile感染)、炎症、自身免疫和过敏性疾病(如溃疡性结肠炎、克罗恩病、i型糖尿病、食物过敏、哮喘、类风湿性关节炎)和代谢性疾病(如ii型糖尿病、代谢综合征、肥胖、营养不良)，以及癌症等。例如，微生物群的改变可导致对无害食物抗原或共生细菌抗原的耐受性丧失，随后的过度炎症反应，代谢失调和肠组织损伤，这损害其作为管腔和体循环之间屏障的能力。
操纵免疫应答在癌症治疗和疫苗接种中非常重要。靶向免疫系统的癌症疗法已经获得存活率的改善。然而，很大比例的患者对癌症免疫疗法没有反应。类似地，大的人口亚群(例如，老年人)不能对疫苗产生强烈的免疫应答。
尽管微生物群改变在促进人类病理学中起作用，但抵抗这些改变对健康的有害影响的方法是有限的。已知调节微生物群的干预措施包括抗生素、益生元、益生菌和粪便移植，每种都有局限性和潜在的不良反应。显然需要对抗微生物群改变对人类健康的不利影响的其他方法。此外，还需要用于促进对癌症和疫苗的更强免疫应答的方法。
技术实现要素：
发明人于2016年加入了日本医学研究与开发机构(amed)的创新高级研究与开发支持项目孵化，其研究与开发主题题为“使用肠道细菌菌株鸡尾酒创造新药物”(amed-leap研究计划)并且作为amed-leap研究计划的结果获得了本发明。
本发明涉及细菌菌株的组合物和通过施用这些组合物诱导和/或增殖cd8+t细胞的方法。本发明还提供了组合物和通过诱导和/或增殖cd8+t细胞治疗的疾病的治疗方法。通过诱导和/或增殖cd8+t细胞治疗的疾病包括感染性疾病和癌症。
如本文所公开的，首次提供人源细菌菌株的组合物，其通过诱导产生干扰素γ的cd8+t细胞(本文也称为ifnγ+cd8+t细胞、cd8+ifnγ+t细胞、cd8+t细胞或cd8阳性t细胞)来激活免疫系统。虽然先前报道了用于诱导调节性t细胞增殖或积累的基于微生物的组合物(wo2011/152566)和用于诱导th17细胞的组合物(wo2015/156419)，但本发明是诱导ifnγ+cd8+t细胞的微生物物种的首次报道。ifnγ+cd8+t细胞在免疫系统中起重要作用，特别是监测感染(例如，病毒感染)和癌细胞发育。因此，本文提供的组合物可用于例如治疗感染性疾病和癌症免疫疗法。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌(phascolarctobacteriumfaecium)、溃疡梭杆菌(fusobacteriumulcerans)、多利拟杆菌(bacteroidesdorei)、单形拟杆菌(bacteroidesuniformis)、罕见小球菌属(subdoligranulumsp.)、帕拉普氏菌x(paraprevotellaxylaniphila)、约氏副拟杆菌(parabacteroidesjohnsonii)、别样杆菌属(alistipessp.)、戈登副拟杆菌(parabacteroidesgordonii)、粘液真杆菌(eubacterumlimosum)、狄式副拟杆菌(parabacteroidesdistasonis)、解纤维素拟杆菌(bacteroidescellulosilyticus)、克拉氏拟杆菌(bacteroidesclarus)、粪厌氧棒状菌(anaerostipescaccae)、赛尔氏拟杆菌(bacteroidessalyersiae)、脆弱拟杆菌(bacteroidesfragilis)、单形拟杆菌(bacteroidesuniformis)、埃氏拟杆菌(bacteroideseggerthii)、梭菌属(clostridiumsp.)、戈氏副拟杆菌(parabacteroidesgoldsteinii)、拟杆菌属(bacteroidessp.)、毛螺旋菌科细菌hga0140(lachnospiraceaebacteriumhga0140)、哈氏厚壁菌(hungatellahathewayi)、拉瓦梭菌(clostridiumlavalense)、瘤胃球菌属(ruminococcussp.)和无害芽胞梭菌(clostridiuminnocuum)。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌、狄式副拟杆菌、解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌、拟杆菌属、毛螺旋菌科细菌hga0140、哈氏厚壁菌、拉瓦梭菌、瘤胃球菌属和无害芽胞梭菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌、狄式副拟杆菌、解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌和拟杆菌属。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌、狄式副拟杆菌、解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌和拟杆菌属。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌组成。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物基本上由粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌组成。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、福鲁克斯拟杆菌、单形拟杆菌、拟杆菌属d20罕见小球菌属、成乳钌细菌(ruthenibacteriumlactatiformans)、瘤胃菌科细菌(ruminococcaceaebacterium)cv2、甲酸芽殖菌(gemmingerformicilis)、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、替莫尼斯别样杆菌(alistipestimonensis)、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌、副拟杆菌属cag:2和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含：
1)粪考拉杆菌或考拉杆菌属cag:207；
2)溃疡梭杆菌或变异梭杆菌；
3)多利拟杆菌或福鲁克斯拟杆菌；
4)单形拟杆菌或拟杆菌属d20；
5)罕见小球菌属、成乳钌细菌、瘤胃菌科细菌cv2或甲酸芽殖菌；
6)帕拉普氏菌x；
7)约氏副拟杆菌；
8)别样杆菌属、替莫尼斯别样杆菌、或塞内加尔别样杆菌；
9)戈登副拟杆菌或副拟杆菌属hgs0025；
10)粘液真杆菌，和
11)副拟杆菌属cag:2或狄式副拟杆菌。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由以下组成：
1)粪考拉杆菌或考拉杆菌属cag:207；
2)溃疡梭杆菌或变异梭杆菌；
3)多利拟杆菌或福鲁克斯拟杆菌；
4)单形拟杆菌或拟杆菌属d20,
5)罕见小球菌属、成乳钌细菌、瘤胃菌科细菌cv2或甲酸芽殖菌；
6)帕拉普氏菌x；
7)约氏副拟杆菌；
8)别样杆菌属、替莫尼斯别样杆菌或塞内加尔别样杆菌；
9)戈登副拟杆菌或副拟杆菌属hgs0025；
10)粘液真杆菌，和
11)副拟杆菌属cag:2或狄式副拟杆菌。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、成乳钌细菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含粪考拉杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、成乳钌细菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由粪考拉杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、成乳钌细菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌组成。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述纯化的细菌混合物基本上由粪考拉杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、成乳钌细菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌组成。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、拟杆菌属d20、瘤胃菌科细菌cv2、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌和副拟杆菌属cag:2。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、拟杆菌属d20、瘤胃菌科细菌cv2、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌和副拟杆菌属cag:2。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、拟杆菌属d20、瘤胃菌科细菌cv2、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌和副拟杆菌属cag:2组成。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物基本上由考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、拟杆菌属d20、瘤胃菌科细菌cv2、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌和副拟杆菌属cag:2组成。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、福鲁克斯拟杆菌、单形拟杆菌、拟杆菌属d20罕见小球菌属、成乳钌细菌、瘤胃菌科细菌cv2、甲酸芽殖菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌、副拟杆菌属cag:2和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、成乳钌细菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、拟杆菌属d20、瘤胃菌科细菌cv2、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌和副拟杆菌属cag:2。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌、拟杆菌属、毛螺菌科细菌hga0140、哈氏厚壁菌、拉瓦梭菌、瘤胃球菌属和无害芽胞梭菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌、拟杆菌属、毛螺菌科细菌hga0140、哈氏厚壁菌、拉瓦梭菌、瘤胃球菌属和无害芽胞梭菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌和拟杆菌属。在本文提供的组合物的一些实施方式中、纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌和拟杆菌属。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、罕见小球菌属和粘液真杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、罕见小球菌属和粘液真杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：多利拟杆菌、单形拟杆菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：多利拟杆菌、单形拟杆菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，其包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，该一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25、或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种、或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10或seqidno:11具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10或seqidno:11具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10或seqidno:11具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10或seqidno:11具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63或seqidno:64具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10或seqidno:11具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、和seqidno:11具有至少97％同源性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含：
包含与seqidno：1具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：2具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：3具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：4具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：5具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：6具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：7具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：8具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：9具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：10具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；和
包含与seqidno：11具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由细菌菌株组成，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11具有至少97％同源性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由以下组成：
包含与seqidno：1具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：2具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：3具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：4具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：5具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：6具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：7具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：8具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：9具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：10具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株；和
包含与seqidno：11具有至少97％同源性的16srdna序列的细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10或seqidno:11具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10或seqidno:11具有至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，其包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11具有至少99％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含：
包含与seqidno：1具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：2具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：3具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：4具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：5具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：6具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：7具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：8具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：9具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：10具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；和
包含与seqidno：11具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含：
包含与seqidno：1具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：2具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：3具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：4具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：5具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：6具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：7具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：8具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：9具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：10具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；和
包含与seqidno：11具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，其含有seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11所示的16srdna序列。在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由细菌菌株组成，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由细菌菌株组成，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11具有至少99％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由以下组成：
包含与seqidno：1具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：2具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：3具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：4具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：5具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：6具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：7具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：8具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：9具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：10具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；和
包含与seqidno：11具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由以下组成：
包含与seqidno：1具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：2具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：3具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：4具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：5具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：6具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：7具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：8具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：9具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：10具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；和
包含与seqidno：11具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由细菌菌株组成，所述细菌菌株包含seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11所示的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63或seqidno:64具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63或seqidno:64具有至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63或seqidno:64具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63或seqidno:64具有至少99％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含：
包含与seqidno：54具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：55具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：56具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：57具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：58具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：59具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：60具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：61具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：62具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：63具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；和
包含与seqidno：64具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含：
包含与seqidno：54具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：55具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：56具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：57具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：58具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：59具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：60具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：61具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：62具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：63具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；和
包含与seqidno：64具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含含有seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63或seqidno:64所示16srdna序列的细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由细菌菌株组成，所述细菌菌株包含与seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63或seqidno:64具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由细菌菌株组成，所述细菌菌株包含与seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63或seqidno:64具有至少99％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由以下组成：
包含与seqidno：54具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：55具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：56具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：57具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：58具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：59具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：60具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：61具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：62具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：63具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；和
包含与seqidno：64具有至少97％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由以下组成：
包含与seqidno：54具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：55具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：56具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：57具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：58具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：59具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：60具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：61具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：62具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；
包含与seqidno：63具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株；和
包含与seqidno：64具有至少99％序列相同性的16srdna序列的细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由细菌菌株组成，所述细菌菌株包含seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63或seqidno:64所示的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含一种或多种细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含一种或多种细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含两种或更多种细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含两种或更多种细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含两种或更多种细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含两种或更多种细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:5或seqidno:10具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:5或seqidno:10具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:5或seqidno:10具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:5或seqidno:10具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:5或seqidno:10具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:5或seqidno:10具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:3、seqidno:4、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9或seqidno:11具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:3、seqidno:4、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9或seqidno:11具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:3、seqidno:4、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9或seqidno:11具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:3、seqidno:4、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9或seqidno:11具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:3、seqidno:4、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9或seqidno:11具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:3、seqidno:4、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9或seqidno:11具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12，至少13，至少14，至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46和seqidno:47具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46和seqidno:47具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46和seqidno:47具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46和seqidno:47具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46和seqidno:47具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46和seqidno:47具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36或seqidno:37具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36或seqidno:37具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36或seqidno:37具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36或seqidno:37具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36或seqidno:37具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36或seqidno:37具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:31或seqidno:36具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:31或seqidno:36具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:31或seqidno:36具有至少95％同源性的16srdna序列在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:31或seqidno:36具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:31或seqidno:36具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:31或seqidno:36具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:29、seqidno:30、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35或seqidno:37具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:29、seqidno:30、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35或seqidno:37具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:29、seqidno:30、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35或seqidno:37具有至少95％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:29、seqidno:30、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35或seqidno:37具有至少95％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株包含与所述seqidnos具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与eqidno:29、seqidno:30、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35或seqidno:37具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:29、seqidno:30、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35或seqidno:37具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，至少50％的细菌菌株属于拟杆菌目。在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株属于拟杆菌目，并且一种或多种细菌菌株属于梭菌目。在本文提供的组合物的一些实施方式中，至少25％的细菌菌株属于拟杆菌科。在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株属于拟杆菌属。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物不包括属于拟杆菌目的细菌菌株。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株是孢子形成剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株为孢子形式。在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株是非孢子形成剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物仅包含专性厌氧细菌菌株。在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株不具有抗生素抗性基因。在本文提供的组合物的一些实施方式中，抗生素抗性基因使得细菌菌株对万古霉素具有抗性。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株是人源细菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株衍生自一种以上的人供体。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物是药物组合物。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，药物组合物包含药学上可接受的赋形剂。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，配制药物组合物用于口服给药。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，配制药物组合物用于直肠给药。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，配制药物组合物用于递送至肠。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，配制药物组合物用于递送至结肠。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，冻干一种或多种细菌菌株。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，药物组合物是胶囊的形式。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，药物组合物还包含ph敏感性组合物，其包含一种或多种肠溶聚合物。
在一个方面，本发明提供包含本文提供的任何组合物和营养物的食品产品。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物还包含一种或多种抗癌剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，抗癌剂是化学治疗剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，抗癌剂是癌症免疫治疗剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，癌症免疫治疗剂是免疫检查点抑制剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是pd-1抑制剂，pd-l-1抑制剂或ctla-4抑制剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是pd-1抑制剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是ctla-4抑制剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物还包含一种或多种细胞因子。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细胞因子是il-2、il-15或il-21。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物还包含一种或多种共刺激剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，共刺激剂是cd-28、ox-40、4-1bb或cd40抗体。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物还包含一种或多种疫苗。在本文提供的组合物的一些实施方式中，疫苗是树突细胞疫苗。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物与过继性细胞转移疗法组合。在本文提供的组合物的一些实施方式中，过继性细胞转移疗法是使用工程化t细胞受体或嵌合抗原受体。
在一个方面，本发明提供包含本文提供的任何组合物和抗原的疫苗。在本文提供的疫苗的一些实施方式中，抗原是hiv抗原。在本文提供的疫苗的一些实施方式中，抗原是肝炎抗原。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物还包含一种或多种抗炎剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，抗炎剂是nsaid。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，将组合物施用于受试者导致在受试者的肠中诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。在本文提供的组合物的一些实施方式中，将组合物施用于受试者导致受试者肠道中ifnγ-γ产生的增加。在本文提供的组合物的一些实施方式中，将组合物施用于受试者导致在受试者的肠中存在施用的组合物的一种或多种细菌菌株。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所施用的组合物的一种或多种细菌菌株先前未存在于受试者的肠中。在本文提供的组合物的一些实施方式中，将组合物施用于受试者导致在受试者的肠中植入的施用的组合物的一种或多种细菌菌株。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所施用的组合物的一种或多种细菌菌株先前未植入受试者的肠中。在本文提供的组合物的一些实施方式中，向受试者施用组合物导致受试者肠道中施用的组合物的细菌菌株的数量增加。在本文提供的组合物的一些实施方式中，将组合物施用于受试者导致在受试者的肠中植入的施用的组合物的一种或多种细菌菌株数量的增加。在本文提供的组合物的一些实施方式中，向受试者施用组合物导致受试者肠道中施用的组合物的细菌菌株的细菌量增加。在本文提供的组合物的一些实施方式中，将组合物施用于受试者导致在受试者的肠中植入的施用的组合物的细菌菌株数量的增加。
在一个方面，本发明提供治疗受试者的疾病的方法，其包括以有效量向受试者施用本文提供的任何组合物以治疗该疾病。在本文提供的方法的一些实施方式中，向受试者施用组合物导致在受试者的肠中诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。在本文提供的方法的一些实施方式中，与施用组合物之前受试者肠道中cd8+t细胞的增殖和/或积累相比，受试者的肠中cd8+t细胞的增殖和/或积累增加至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少100％或至少200％。在本文提供的方法的一些实施方式中，与施用组合物之前受试者的肠中的ifnγ-γ产生相比，向受试者施用组合物导致受试者肠中ifnγ-γ产生的增加。在本文提供的方法的一些实施方式中，与施用组合物之前受试者的肠中的ifnγ-γ产生相比，向受试者施用组合物导致受试者的肠中ifnγ-γ的产生增加至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少100％或至少200％。
在本文提供的方法的一些实施方式中，受试者患有癌症。在本文提供的方法的一些实施方式中，癌症是恶性肿瘤、神经胶质瘤、间皮瘤、黑色素瘤、淋巴瘤、白血病、腺癌、乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、成胶质细胞瘤、多发性骨髓瘤、前列腺癌、伯基特淋巴瘤、头颈癌、结肠癌、结直肠癌、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、食道癌、胃癌、胰腺癌、肝胆癌、胆囊癌、小肠癌、直肠癌、肾癌、膀胱癌、前列腺癌、阴茎癌、尿道癌、睾丸癌、阴道癌、子宫癌、甲状腺癌、甲状旁腺癌、肾上腺癌、胰腺内分泌癌、类癌、骨癌、皮肤癌、视网膜母细胞瘤、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、卡波西氏肉瘤、多中心卡斯特曼氏病、aids相关原发渗出性淋巴瘤、神经外胚层肿瘤或横纹肌肉瘤。在本文提供的方法的一些实施方式中，癌症是前列腺癌、膀胱癌、非小细胞肺癌、尿路上皮癌、黑色素瘤或肾细胞癌。在本文提供的方法的一些实施方式中，受试者正在进行放射治疗。
在本文提供的方法的一些实施方式中，所述方法还包括施用一种或多种抗癌剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，抗癌剂是化学治疗剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，抗癌剂是癌症免疫治疗剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，癌症免疫治疗剂是免疫检查点抑制剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是pd-1抑制剂、pd-l-1抑制剂或ctla-4抑制剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是pd-1抑制剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是ctla-4抑制剂。
在本文提供的方法的一些实施方式中，所述方法还包括施用一种或多种细胞因子。在本文提供的方法的一些实施方式中，细胞因子是il-2、il-15或il-21。
在本文提供的方法的一些实施方式中，所述方法还包括施用一种或多种共刺激剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，共刺激剂是cd-28、ox-40、4-1bb或cd40抗体。
在本文提供的方法的一些实施方式中，所述方法还包括施用一种或多种疫苗。在本文提供的方法的一些实施方式中，疫苗是树突细胞疫苗。
在本文提供的方法的一些实施方式中，所述方法还包括施用过继性细胞转移疗法。在本文提供的方法的一些实施方式中，过继性细胞转移疗法是使用工程化t细胞受体或嵌合抗原受体。
在本文提供的方法的一些实施方式中，受试者患有感染性疾病。在本文提供的方法的一些实施方式中，感染性疾病是细菌感染、病毒感染、寄生虫感染或真菌感染。在本文提供的方法的一些实施方式中，感染性疾病是病毒感染。在本文提供的方法的一些实施方式中，病毒感染是hiv。在本文提供的方法的一些实施方式中，感染是肝炎病毒的感染。
在本文提供的方法的一些实施方式中，受试者患有自身免疫疾病或过敏性疾病。
在本文提供的方法的一些实施方式中，组合物还包含一种或多种抗炎剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，抗炎药是nsaid。在本文提供的方法的一些实施方式中，组合物可以以一种或多种剂量施用。
在一个方面，本发明提供一种方法，其包括确定本文提供的任何组合物的一种或多种细菌物种是否存在于受试者的肠中，其中如果存在小于100％、小于90％、小于80％、小于70％、小于60％、小于50％、小于40％、小于30％、小于20％、小于10％细菌物种或者不存在细菌物种，组合物施用于受试者。
在本文提供的方法的一些实施方式中，受试者正在经历或将要经历癌症治疗。
在一个方面，本发明提供用于确定预计受试者是否对癌症治疗呈积极反应的方法，其中该方法包括确定本文提供的任何组合物的一种或多种细菌物种是否存在于受试者的肠中，其中如果存在小于100％、小于90％、小于80％、小于70％、小于60％、小于50％、小于40％、小于30％、小于20％、小于10％细菌物种或不存在细菌物种，则预计受试者不会对癌症治疗产生积极反应。
在本文提供的方法的一些实施方式中，癌症治疗是癌症免疫疗法治疗。
在一个方面，本发明提供用于降低受试者中病毒感染风险的方法，其中所述方法包括确定本文提供的任何组合物中的一种或多种细菌物种是否存在于受试者的肠中，其中如果存在小于100％、小于90％、小于80％、小于70％、小于60％、小于50％、小于40％、小于30％、小于20％、小于10％细菌物种或者不存在细菌物种，将组合物给予受试者，从而降低受试者中病毒感染的风险。
在本文提供的方法的一些实施方式中，通过测定受试者的粪便物质来确定一种或多种细菌物种的存在。在本文提供的方法的一些实施方式中，通过测序受试者的粪便物质的16srdna序列来确定一种或多种细菌物种的存在。
在一个方面，本发明提供诱导肠道中产生cd8+ifnγ-γ的t细胞的活化的组合物和方法。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与下列ncbi登录号的序列具有至少95％同源性的16srdna序列：ln998073、kr822463、cp011531、nr_112945、nz-acww00000000、ab331897、ab261128、nz-caeg00000000、ab470343、ab595134、he974920、nr_112933、ab490801、nz-acwb00000000、ay608696、cr626927、ab247141、nr_112935、ab249652、nr_113076和af139525。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述一种或多种细菌菌株包含与本文提供的序列具有至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同源性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供诱导或活化产生cd8+ifnγ的t细胞的组合物，该组合物包含(i)从人粪便收集的一种或多种纯化的细菌菌株，其具有对氨苄青霉素的抗性，或(ii)(i)的培养物上清液。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物包含(a)纯化的细菌混合物，其包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：
粪考拉杆菌，ln998073；
溃疡梭杆菌，kr822463；
多利拟杆菌，cp011531；
单形拟杆菌，nr_112945；
罕见小球菌属4_3_54a2faa，nz-acww00000000；
帕拉普氏菌x，ab331897；
约氏副拟杆菌，ab261128；
别样杆菌属jc136，nz-caeg00000000；
戈登副拟杆菌，ab470343；
粘液真杆菌，ab595134；
狄式副拟杆菌，he974920；
解纤维素拟杆菌，nr_112933；
克拉氏拟杆菌，ab490801；
厌氧棒状菌属(anaerostipessp.)3_2_56faa，nz-acwb00000000；
赛尔氏拟杆菌，ay608696；
脆弱拟杆菌，cr626927；
单形拟杆菌，ab247141；
埃氏拟杆菌，nr_112935；
梭菌属tm-40，ab249652；
戈氏副拟杆菌，nr_113076，和
拟杆菌属ar29，af139525，或
(b)一种或多种细菌菌株，其包含与选自下组的物种的16srrna序列具有至少97％同源性的16srrna序列：
粪考拉杆菌，ln998073；
溃疡梭杆菌，kr822463；
多利拟杆菌，cp011531；
单形拟杆菌，nr_112945；
罕见小球菌属4_3_54a2faa，nz-acww00000000；
帕拉普氏菌x，ab331897；
约氏副拟杆菌，ab261128；
别样杆菌属jc136，nz-caeg00000000；
戈登副拟杆菌，ab470343；
粘液真杆菌，ab595134；
狄式副拟杆菌，he974920；
解纤维素拟杆菌，nr_112933；
克拉氏拟杆菌，ab490801；
厌氧棒状菌属3_2_56faa，nz-acwb00000000；
赛尔氏拟杆菌，ay608696；
脆弱拟杆菌，cr626927；
单形拟杆菌，ab247141；
埃氏拟杆菌，nr_112935；
梭菌属tm-40，ab249652；
戈氏副拟杆菌，nr_113076，和
拟杆菌属ar29，af139525。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，所述组合物包含纯化的细菌混合物，所述细菌混合物包含：(a)一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：
粪考拉杆菌，ln998073；
溃疡梭杆菌，kr822463；
多利拟杆菌，cp011531；
单形拟杆菌，nr_112945；
罕见小球菌属4_3_54a2faa，nz-acww00000000；
帕拉普氏菌x，ab331897；
约氏副拟杆菌，ab261128；
别样杆菌属jc136，nz-caeg00000000；
戈登副拟杆菌，ab470343；
粘液真杆菌，ab595134，和
狄式副拟杆菌，he974920，或
(b)一种或多种细菌菌株，其包含属于下组的物种的16srrna序列：
粪考拉杆菌，ln998073；
溃疡梭杆菌，kr822463；
多利拟杆菌，cp011531；
单形拟杆菌，nr_112945；
罕见小球菌属4_3_54a2faa，nz-acww00000000；
帕拉普氏菌x，ab331897；
约氏副拟杆菌，ab261128；
别样杆菌属jc136，nz-caeg00000000；
戈登副拟杆菌，ab470343；
粘液真杆菌，ab595134，和
狄式副拟杆菌，he974920。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，产生cd8+ifnγ的t细胞表达cd103或粒酶b。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物激活免疫系统。
在一个方面，本发明提供用于激活免疫系统的方法，该方法包括施用一种或多种本文提供的组合物。
在一个方面，本发明提供用于激活产生cd8+ifnγ的t细胞的方法，该方法包括向受试者施用一种或多种本文提供的组合物。
在一个方面，本发明提供用于在肠道中诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累的方法，包括向受试者施用本文提供的任何一种或多种组合物，其中所述施用导致在受试者的肠中诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。
在一个方面，本发明提供用于辅助治疗和/或预防癌症或病毒感染的方法，包括向受试者施用本文提供的任何一种或多种组合物，其中所述施用预防、治疗、辅助治疗和/或预防癌症或病毒感染。
在一个方面，本发明提供疫苗组合物，其诱导针对本文公开的任何一种组合物的细菌菌株的免疫应答。
在一个方面，本发明提供含有抗原的疫苗组合物，所述抗原衍生自本文提供的任何一种组合物的细菌物种的成分和/或代谢物。
在一个方面，本发明提供用于在受试者中诱导免疫应答的方法，包括向受试者施用本文提供的任何疫苗，其中所述施用导致诱导受试者的免疫应答。
在一个方面，本发明提供免疫抑制组合物。
在一个方面，本发明提供一种组合物，包含对本文提供的任何一种组合物的细菌物种具有抗菌活性的化学物质，或结合分泌自本文提供的任何一种组合物的细菌物种的生理活性物质的化学物质。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，向受试者施用组合物导致受试者中产生cd8+和ifnγ的t细胞的活性受到抑制。
在一个方面，本发明提供用于抑制受试者中产生cd8+和ifnγ的t细胞的方法，该方法包括向受试者施用本文提供的一种或多种组合物。
在一个方面，本发明提供用于预防、治疗或改善由受试者的产生cd8+和ifnγ的t细胞的过度活化引起的疾病的方法，该方法包括向受试者施用本文提供的任何一种或多种组合物。
在一个方面，本发明提供衍生自本文公开的细菌菌株的物质。在一个方面，本发明提供衍生自本文提供的任何一种组合物的细菌物种的生理活性物质。在一个方面，本发明提供本文提供的任何一种组合物的任何一种细菌物种的细菌特异性抗原。
在一个方面，本发明提供特异性结合本文提供的任何一种组合物的细菌物种的抗体。
在一个方面，本发明提供包含在本文提供的组合物的任何一种细菌物种中的细菌特异性核苷酸序列。
在一个方面，本发明提供动物模型和测试试剂盒。
在一个方面，本发明提供包含非人哺乳动物的动物模型，其中所述非人哺乳动物的肠道已经接种了本文提供的任何一种组合物的细菌物种。在本文提供的动物模型的一些实施方式中，非人哺乳动物患有由产生cd8+ifnγ的t细胞的不规则性引起的疾病。
在一个方面，本发明提供用于评估产生cd8+ifnγ的t细胞的活化的试剂盒，该试剂盒包含：肠上皮细胞、外周血单核细胞和本文提供的任何一种组合物的细菌物种。
在一个方面，本发明提供检测人肠道中产生cd8+ifnγ的t细胞的方法。在一个方面，本发明提供用于评估产生cd8+ifnγ的t细胞的活化的试剂盒。在一些实施方式中，试剂盒包含肠上皮细胞、外周单核细胞和本文所述任何组合物的细菌物种。
在一个方面，本发明提供筛选源自人肠细菌的生理活性物质或细菌的方法，其中所述物质诱导肠道中产生cd8+ifnγ的t细胞的活化，包括：(i)允许非人类无菌动物摄取源自人肠细菌的生理活性物质或细菌；(ii)检测非人无菌动物肠道中产生cd8+ifnγ的t细胞的数量或活性，其中如果检测到产生cd8+ifnγ的t细胞的活化，生理活性物质被鉴定为可以激活产生cd8+ifnγ的t细胞的物质。
在一个方面，本发明提供筛选源自人肠道细菌的生理活性物质或细菌的方法，其中所述物质诱导肠道中产生cd8+ifnγ的t细胞的增殖或活化，包括：(i)添加源自人肠细菌的生理活性物质或细菌至包含肠上皮细胞和外周血单核细胞的系统中的肠上皮细胞；(ii)检测所述系统中产生cd8+ifnγ的t细胞的数量或活性，其中如果检测到产生cd8+ifnγ的t细胞的活化，则将生理活性物质鉴定为能够活化产生cd8+ifnγ的t细胞的物质。
在一个方面，本发明提供筛选诱导肠道中产生cd8+ifnγ的t细胞活化的物质的方法，包括(i)将源自本文提供的组合物中包含的细菌或细菌的生理活性物质添加至包含肠上皮细胞和外周血单核细胞的系统；(ii)添加测试物质；(iii)检测所述系统中产生cd8+ifnγ的t细胞的数量或活性，其中如果检测到的产生cd8+ifnγ的t细胞的数量或活性增加，测试物质被鉴定为诱导产生cd8+ifnγ的t细胞活化的物质。
在一个方面，本发明提供筛选诱导肠道中产生cd8+ifnγ的t细胞活化的物质的方法，包括：(i)用于筛选本文提供的非人动物的方法；(ii)检测在非人动物肠道中产生cd8+ifnγ的t细胞的数量或活性，其中如果在上述步骤中检测到的产生cd8+ifnγ的t细胞的数量或活性增加，则将测试物质鉴定为诱导产生cd8+ifnγ的t细胞活化的物质。
在一个方面，本发明提供用于刺激免疫的组合物，该组合物包含作为活性成分的人肠细菌或源自通过本文提供的筛选方法获得的细菌的生理活性物质。在本文提供的组合物的一些实施方式中，该组合物诱导产生cd8+ifnγ的t细胞的活化。
在一个方面，本发明提供疫苗组合物，包含作为活性成分的通过本文提供的任何筛选方法获得的人肠细菌，或对所述细菌特异的抗原。
在一个方面，本发明提供筛选具有诱导或加剧由产生cd8+ifnγ的t细胞引起的疾病的活性的物质的方法，包括：(i)允许测试物质被本文提供的非人动物摄取；(ii)检测在所述非人动物中由产生cd8+ifnγ的t细胞引起的疾病相关损伤的程度，其中当与不添加化合物或安慰剂的情况相比，在上述步骤中检测到的病变程度增加时，所述测试物质被鉴定为诱导由产生cd8+ifnγ的t细胞引起的疾病的物质。
在一个方面，本发明提供用于诱导或加剧由产生cd8+ifnγ的t细胞引起的疾病的组合物，其中所述组合物包含通过本文提供的任何一种筛选方法获得的物质作为活性成分。
在一个方面，本发明提供包含经处理的人粪便样品的组合物，其中通过使人粪便样品与氨苄青霉素接触获得经处理的人粪便样品，并且其中经处理的人粪便样品诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。在一些实施方式中，本发明提供治疗受试者疾病的方法，该方法包括以有效量向受试者施用本文提供的任何一种组合物以治疗受试者的疾病。在本文提供的方法的一些实施方式中，所述疾病是癌症或感染(例如，病毒感染)。
在一个方面，本发明提供一种方法，包括在无菌小鼠中接种人粪便样品，并确定人粪便样品是否诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。
在一个方面，本发明提供用于确定人粪便样品是否诱导cd8+t细胞增殖和/或积累的方法，包括用人粪便样品接种无菌小鼠，并确定人粪便样品是否诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。在一个方面，本发明提供用于鉴定人粪便供体的方法，包括用人粪便样品接种无菌小鼠，并确定人粪便样品是否诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累，其中如果粪便样品诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累，人受试者被鉴定为人粪便供体。
在一个方面，本发明提供用于分析受试者淋巴细胞中标志物的表达水平的方法，包括分析标志物的表达水平，其中通过向受试者施用本文所述的任何组合物来诱导标志物，其中标记物是cd44、gp70mc38肽(kspwfttl；(seqidno：53))-特异性tcrβ、肿瘤抗原衍生的配体特异性tcrβ、cd8、ifnγ和/或gzmb。
在一个方面，本发明提供用于分析诱导后受试者中淋巴细胞中标志物的表达水平的试剂盒，其中通过向受试者施用本文所述的任何组合物来诱导所述标志物，其中所述标志物是cd44、gp70mc38肽(kspwfttl；(seqidno：53))-特异性tcrβ、肿瘤抗原衍生的配体特异性tcrβ、cd8、ifnγ和/或gzmb。
在一个方面，本发明提供筛选源自人肠细菌的生理活性物质或细菌的方法，该方法包括允许携带肿瘤的非人动物摄取源自人肠细菌的生理活性物质或细菌，检测从携带肿瘤的非人动物分离的淋巴细胞中标记物的表达，其中如果检测到标记物表达水平增加，则生理活性物质被鉴定为肿瘤的免疫刺激剂；和其中标记是cd44、gp70mc38肽(kspwfttl；(seqidno：53))-特异性tcrβ、肿瘤抗原衍生的配体特异性tcrβ、cd8、ifnγ和/或gzmb。
在一个方面，本发明提供用免疫检查点抑制剂进行肿瘤治疗的伴随诊断方法，该方法包括在有或没有免疫检查点抑制剂共同施用的情况下通过向受试者施用本文所述的任何组合物来分析诱导前后淋巴细胞中标记物的表达水平，其中如果与施用组合物之前受试者的淋巴细胞中的表达水平相比，受试者淋巴细胞中标记物的表达水平增加至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少100％或至少200％，将抑制剂和本文所述的任何组合物共同施用于受试者，继续治疗；其中如果受试者淋巴细胞中的表达水平与受试者淋巴细胞中的表达水平相比没有增加，则中断共同施用抑制剂和本文所述的任何组合物，或在重复将本文所述的任何组合物施用于受试者后重新分析。
在一些实施方式中，所述方法还包括用结合肿瘤抗原衍生的配体特异性tcrβ的特异性抗体或结合肿瘤抗原衍生的配体特异性tcrβ的mhc多聚体分析淋巴细胞中肿瘤抗原衍生配体特异性tcrβ的表达水平。在一些实施方式中，所述方法用于采用免疫检查点抑制剂的肿瘤疗法，其中免疫检查点抑制剂是pd-1抑制剂、pd-l1抑制剂或ctla-4抑制剂。在一些实施方式中，所述方法还包括评估受试者t细胞中的pd-1表达。在一些实施方式中，所述方法还包括评估受试者癌细胞中的pd-l1表达。在一些实施方式中，所述方法还包括评估受试者t细胞中的ctla-4表达。
在一个方面，本发明提供用于实施伴随诊断方法的试剂盒，其中所述试剂盒包含用于监测淋巴细胞中标志物表达水平的一种或多种分子，其中所述标志物是cd44、gp70mc38肽(kspwfttl；(seqidno：53))-特异性tcrβ、肿瘤抗原衍生的配体特异性tcrβ、cd8、ifnγ和/或gzmb。
在一个方面，本发明提供采用脾细胞中ifnγ产生程度评估免疫活化的方法，该方法包括向受试者施用本文所述的任何组合物。
在一个方面，本发明提供采用脾细胞中ifnγ产生程度评估免疫活化的试剂盒，其包含一种或多种ifnγ标记物分子和本文所述任何组合物的一种或多种细菌物种。
在一个方面，本发明提供鉴定肿瘤免疫刺激剂的方法，该方法包括筛选人肠道细菌或源自人肠道细菌的生理活性物质，该方法包括：(i)允许携带肿瘤的非人类动物摄取人肠道细菌或源自人肠道细菌的生理活性物质，和(ii)检测从携带肿瘤的非人动物分离的脾细胞中的ifnγ，其中如果检测到ifnγ的诱导，则人肠道细菌或生理活性物质被鉴定为肿瘤的免疫刺激剂。
在一个方面，本发明提供用免疫检查点抑制剂进行肿瘤治疗的伴随诊断方法，该方法包括在有或没有抑制剂共同施用的情况下通过向受试者施用本文所述的任何组合物，用在诱导之前和之后脾细胞中ifnγ产生程度评估免疫活化，其中如果与施用组合物之前受试者脾细胞中ifnγ产生程度相比，受试者脾细胞中ifnγ产生的程度增加至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少100％或至少200％，继续共同施用抑制剂和本文所述的任何组合物给受试者；其中如果受试者的脾细胞中ifnγ产生的程度没有增加，则中断抑制剂和本文所述的任何组合物的共同施用，或在向受试者重复施用本文所述的任何组合物后进行重新分析。
在一些实施方式中，该方法还包括用特异性抗体或mhc多聚体分析脾细胞中治疗靶标的肿瘤抗原的表达水平。在一些实施方式中，该方法用于采用免疫检查点抑制剂的肿瘤治疗，其中肿瘤抑制剂是pd-1抑制剂、pd-l1抑制剂或ctla-4抑制剂。在一些实施方式中，该方法还包括评估受试者t细胞中的pd-1表达。在一些实施方式中，该方法还包括评估受试者癌细胞中的pd-l1表达。在一些实施方式中，该方法还包括评估受试者t细胞中的ctla-4表达。
在一个方面，本发明提供用于实施本文所述的伴随诊断方法的试剂盒，包含一种或多种ifnγ标记物分子。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含选自下组的一种或多种细菌菌株：粪考拉杆菌、梭杆菌属(fusobacteriumsp.)、多利拟杆菌、细菌iarfr67、瘤胃菌科细菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、拟杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌、狄式副拟杆菌、解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌、拟杆菌属、毛螺旋菌科细菌hga0140、哈氏厚壁菌、拉瓦梭菌、瘤胃球菌属和无害芽胞梭菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含选自下组的一种或多种细菌菌株：粪考拉杆菌、梭杆菌属、多利拟杆菌、细菌iarfr67、瘤胃菌科细菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、拟杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌、狄式副拟杆菌、解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌和拟杆菌属。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含选自下组的一种或多种细菌菌株：粪考拉杆菌、梭杆菌属、多利拟杆菌、细菌iarfr67、瘤胃菌科细菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、拟杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含选自下组的一种或多种细菌菌株：粪考拉杆菌、梭杆菌属、瘤胃菌科细菌和粘液真杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含选自下组的一种或多种细菌菌株：多利拟杆菌、细菌iarfr67、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、拟杆菌属、戈登副拟杆菌和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
本发明的每一限制可以涵盖本发明的各种实施方式。因此，预期涉及任何一种要素或要素组合的本发明的每一限制可包括在本发明的每一方面中。本发明的应用不限于以下描述中阐述的或附图中示出的构造细节和组件布置。本发明能够具有其他实施例并且能够以各种方式实践或实施。
附图说明
附图不旨在按比例绘制。这些图仅是说明性的，并不是实现本发明所必需的。为清楚起见，并非每个组件都标记在每个附图中。在附图中：
[图1a-b]图1a和1b显示采用从spf和无菌(gf)小鼠的小肠(si)和结肠粘膜固有层和分离并用pma/离子霉素刺激3.5小时的淋巴细胞进行的实验的数据。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8和ifnγ，并通过流式细胞术分析。(图1a)代表性小鼠的门控cd3和tcrβ阳性细胞进行的cd8和ifnγ的表达。(图1b)cd3、tcrβ和cd8+细胞内ifnγ阳性细胞百分比的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。**p<0.01(学生t检验)。
[图2a-b]图2a和2b显示采用从spf和无菌(gf)小鼠的小肠粘膜固有层分离并用pma/离子霉素刺激3.5小时的淋巴细胞进行的实验的数据。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8、cd103、ifnγ和gzmb，并通过流式细胞术分析。(图2a)代表性小鼠的门控cd8t细胞进行的ifnγ和cd103(上排)或gzmb(下排)的表达。(图2b)cd3、tcrβ和cd8+细胞中各ifnγ阳性细胞部分百分比的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。*p<0.05(学生t检验)。
[图3a-b]图3a和3b显示采用从不同实验室动物设施递送的spf小鼠的小肠(si)和大肠(结肠)粘膜固有层分离并用pma/离子霉素刺激3.5小时的淋巴细胞的实验数据。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8和ifnγ，并通过流式细胞术分析。(图3a)代表性小鼠的门控cd3和tcrβ阳性细胞进行的cd8和ifnγ的表达。(图3b)cd3、tcrβ和cd8+细胞中ifnγ阳性细胞百分比的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。*p<0.05，**p<0.01(单因素anova)。
[图4a-b]图4a和4b显示实验数据，其中将来自查尔斯河实验室(charlesriverlaboratories)的spf小鼠与克丽日本(cleajapan)共同放置2或6周后，从肠(si)和结肠粘膜固有层分离淋巴细胞，并用pma/离子霉素刺激3.5小时。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8和ifnγ，并通过流式细胞术分析。(图4a)代表性小鼠的门控cd3和tcrβ阳性细胞进行的cd8和ifnγ的表达。(图4b)cd3、tcrβ和cd8+细胞中ifnγ阳性细胞百分比的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。*p<0.05，**p<0.01(单因素anova)。
[图5a-b]图5a和5b显示来自健康志愿者(a～f)的粪便的实验数据，在无菌乙烯基隔离器中将所述粪便单独口服施用于无菌小鼠。四周后，从大肠固有层分离淋巴细胞，用pma/离子霉素刺激3.5小时。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8和ifnγ，并通过流式细胞术分析。(图5a)代表性小鼠的门控cd3和tcrβ阳性细胞进行的cd8和ifnγ的表达。(图5b)cd3、tcrβ和cd8+细胞中ifnγ阳性细胞百分比的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。**p<0.01(单因素anova)。
[图6a-b]图6a和6b显示用b#5小鼠的盲肠内容物进行的实验数据，将其口服给予无菌小鼠。一天后，它们的饮用水转换为氨苄青霉素(amp)、甲硝唑(mnz)、链霉素(stm)或泰乐菌素(tylo)，直至实验结束。将用3％氯仿处理的b#5的盲肠内容物给予无菌小鼠。四周后，从大肠固有层分离淋巴细胞，用pma/离子霉素刺激3.5小时。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8、ifnγ，并通过流式细胞术分析。(图6a)代表性小鼠的门控cd3和tcrβ阳性细胞进行的cd8和ifnγ的表达。(图6b)cd3、tcrβ和cd8+细胞中ifnγ阳性细胞百分比的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。*p<0.05(单因素anova)。
[图7a-b]图7a和7b显示图6a和6b制备的小鼠的盲肠微生物群的16srrna基因序列数据，其使用下一代测序仪进行全面分析。(图7a)操作分类单位(operationaltaxonomicunit,otu)的比例图。在右端，对应于b#5-amp-2小鼠的分离菌株的otu以绿色显示。(图7b)示出鉴定分离的菌株和同源细菌名称(最接近序列)和相似性(s-ab得分)。
[图8a-b]图8a和8b显示口服施用于无菌小鼠的21种分离菌株的混合物的数据。四周后，从大肠固有层分离淋巴细胞，用pma/离子霉素刺激3.5小时。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8和ifnγ，并通过流式细胞术分析。(图8a)代表性小鼠的门控cd3和tcrβ阳性细胞进行的cd8和ifnγ的表达。(图8b)cd3、tcrβ和cd8+细胞中ifnγ阳性细胞百分比的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。**p<0.01(学生t检验)。
[图9a-b]图9a和9b显示口服施用于无菌小鼠的21种分离菌株的混合物的数据。四周后，从大肠固有层分离淋巴细胞，用pma/离子霉素刺激3.5小时。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8、cd103、ifnγ和gzmb，并通过流式细胞术分析。(图9a)代表性小鼠的门控cd8t细胞进行的ifnγ和cd103(上排)或gzmb(下排)的表达。(图9b)cd3、tcrβ和cd8+细胞中各ifnγ阳性细胞部分的百分比的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。*p<0.05，**p<0.01(学生t检验)。
[图10a-b]图10a和10b显示口服施用于无菌小鼠的21种或11种菌株的混合物(11种菌株混合物对应于菌株#1-11，参见表1)的数据。四周后，从大肠固有层分离淋巴细胞，用pma/离子霉素刺激3.5小时。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8和ifnγ，并通过流式细胞术分析。(图10a)代表性小鼠的门控cd3和tcrβ阳性细胞进行的cd8和ifnγ的表达。(图10b)cd3、tcrβ和cd8+细胞中ifnγ阳性细胞百分比的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。***p<0.001，****p<0.0001(单因素anova)。
[图11]图11显示接种到gf小鼠中的10-混合和11-混合细菌菌株的组成(参见图12a和12b)。
[图12a-b]图12a和12b显示从11或10种菌株的混合物(参见图11)或已知为treg诱导剂的17种菌株的混合物获得的数据，其经口服给予无菌小鼠。四周后，从大肠固有层分离淋巴细胞，用pma/离子霉素刺激3.5小时。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8和ifnγ，并通过流式细胞术分析。(图12a)代表性小鼠的门控cd3和tcrβ阳性细胞进行的cd8和ifnγ的表达。(图12b)cd3+tcrβ+细胞中cd8+ifnγ+细胞百分比(左)、cd8t细胞中ifnγ+细胞的百分比(中)和cd8+ifnγ+细胞的数量(右)的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。**p<0.01，***p<0.001，****p<0.0001(单因素anova)。
[图13]图13显示使用megav5.0包和邻接方法从11种菌株(参见图11)的16srrna基因序列，它们最接近的序列和一些类型菌株构建的系统树。还显示作为7种的混合物或4种的混合物接种到gf小鼠中的菌株(接种实验的结果示于图14a和14b)。
[图14a-b]图14a和14b显示图13中列出的11种菌株的混合物、7种或4种菌株混合物的数据，其被口服给予无菌小鼠。四周后，从大肠固有层分离淋巴细胞，用pma/离子霉素刺激3.5小时。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8和ifnγ，并通过流式细胞术分析。(图14a)代表性小鼠的门控cd3和tcrβ阳性细胞进行的cd8和ifnγ的表达。(图14b)cd3+tcrβ+细胞中的cd8+ifnγ+细胞的百分比(左)、cd8t细胞中的ifnγ+细胞的百分比(中)和cd8+ifnγ+细胞的数量(右)的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001(单因素anova)。
[图15]图15显示6周龄spfc57bl/6小鼠的实验数据，这些小鼠购自日本slc并用它们饮用水中的抗生素(1g/l氨苄青霉素、0.5g/l万古霉素、1g/l甲硝唑和1g/l新霉素；“avmn”)处理。然后，在第0天将3×105个mc38肿瘤细胞系皮下注射到小鼠右侧腹。当肿瘤出现并且可触及时，停止抗生素治疗(第2天)。在第3、5和9天将200μg抗-pd1抗体(克隆j43)腹膜内注射小鼠(“+抗-pd1ab”)。每周2次或3次(包括第3、5和9天)用11种混合物对小鼠进行灌胃(“+11混合”)。使用卡尺测量肿瘤大小，并将肿瘤体积确定为长度×宽度2×0.5。**p<0.01，***p<0.001，****p<0.0001(双因素anova)。
[图16a-b]图16a和16b显示从肿瘤细胞分离的淋巴细胞的数据。在第23或27天，从肿瘤中分离淋巴细胞并用pma/离子霉素刺激4小时。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8和ifnγ，并通过流式细胞术分析。(图16a)代表性小鼠的门控cd3和tcrβ阳性细胞进行的cd8和ifnγ的表达。(图16b)cd3+tcrβ+细胞中cd8+ifnγ+细胞百分比(左)，cd8t细胞中ifnγ+细胞的百分比(中)和cd8+ifnγ+细胞的数量(右)的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001(单因素anova)。
[图17a-b]图17a，17b显示从肿瘤细胞分离的淋巴细胞的数据。在第23或27天，从肿瘤中分离淋巴细胞并用pma/离子霉素刺激4小时。用抗体和肽-h2kb四聚体染色cd3、tcrβ、cd8、gp70mc38肽(kspwfttl(seqidno：53))-特异性tcrβ、cd44、gzmb和ifnγ，并通过流式细胞术分析。(图17a)代表性小鼠的门控cd3、tcrβ和cd8+细胞进行的gp70-特异性tcrβ、cd44、gzmb和ifnγ的表达。(图17b)cd8t细胞中各ifnγ阳性细胞部分百分比的汇总数据。每个图表代表个体小鼠。**p<0.01，***p<0.001，****p<0.0001(单因素anova)。
[图18]图18显示从肿瘤细胞分离的淋巴细胞的数据。对ifnγ+cd4t细胞的作用如图18所示。
[图19]图19显示从肿瘤细胞分离的淋巴细胞的数据。在第23或27天，分离全脾细胞并以每孔106个细胞接种，并用0.5μg/mlgp70mc38肽(kspwfttl(seqidno：53))在37℃下刺激36小时。使用小鼠ifnγelispotready-setgo！r试剂盒(e生物科学)生成斑点，采用immunospot系列4分析仪测量斑点数，并使用immunospot软件(细胞技术)进行分析。每个图表代表个体小鼠。“天然”是未用抗生素治疗的小鼠，未注射mc38细胞且未用11种混合物和抗pd1抗体治疗。*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001(单因素anova)。
[图20]图20显示26种分离菌株的数据，包括11种选择的菌株。
[图21]图21显示11种混合菌株诱导gzmb+ifnγ+cd8t细胞的数据。
[图22]图22显示较慢的肿瘤生长伴随着ifnγ+cd8t细胞向肿瘤的浸润增加。
[图23]图23显示αpd1ab和11-混合细菌菌株的组合促进gzmb+ifnγ+cd8细胞毒性t细胞向肿瘤的浸润。
[图24]图24显示实施例4中描述的涉及用11-混合物和/或抗-ctla-4抗体处理的实验计划的示意图。
[图25]图25显示接受αctla-4ab和11种混合细菌菌株的小鼠的体重(左图)。在图24所示的实验(实施例4)中接受αctla-4ab和11种细菌菌株组合的小鼠肿瘤生长显著减少(右图)。
[图26]图26显示在图24所示的实验(实施例4)中αctla-4ab和11种细菌菌株组合对小鼠的存活具有显著影响。
[图27]图27显示在实施例4中描述的实验中处理的各个小鼠的肿瘤体积图(对照、11-混合物、αctla-4ab、11-混合物+αctla-4ab)。
[图28]图28显示实施例5中描述的实验计划的示意图，涉及用11-混合物或4-混合物和/或抗-pd-1抗体处理。
[图29]图29显示接受αpd1ab与4种细菌菌株混合物或αpd1ab与11种细菌菌株混合物的组合，以及各种对照组的小鼠的体重(左图)和肿瘤体积(右图)。
[图30]图30显示在实施例5的实验中处理的各个小鼠的肿瘤体积图(11-混合物、αpd-1ab、11-混合物+αpd-1ab)。在11-混合物+αpd-1ab治疗组中，多个动物的肿瘤体积没有增加(右下图)。
[图31]图31显示在实施例5的实验中处理的小鼠的存活图(11-混合物、αpd-1ab、11-混合物+αpd-1ab)。
[图32]图32显示在实施例5的实验中处理的各个小鼠的肿瘤体积图(4-混合物、αpd-1ab、4-混合物+αpd-1ab)。在4-混合物+αpd-1ab处理中，多个动物的肿瘤体积没有增加(右下图)。
[图33]图33显示在实施例5的实验中处理的小鼠的图。突出显示是用αpd-1ab、11-混合物+αpd-1ab和4-混合物+αpd-1ab处理。
[图34]图34显示用brafpten黑素瘤模型的实验数据(实施例6)。简言之，从第-3天到第2天给小鼠施用抗生素(“avmn”)，并在第0天用7×105个brafpten细胞进行移植。在第3天、第6天和第9天，在用或不用11-混合物(时间轴上带星号的箭头)的情况下，给指定组的小鼠施用抗pd1抗体(时间轴上的箭头)和来自日本slc的无特定病原体(spf)小鼠的slcspf粪便(slcspf粪便)。已经接受11-混合物的指定组的小鼠，每周给予11-混合物2或3次。图显示小鼠组在每个时间点的平均肿瘤体积。****p<0.0001，***p<0.001(双因素anova)。
[图35]图35显示brafpten黑素瘤模型的实验数据(实施例6)。简言之，从第-3天到第2天给小鼠施用抗生素(“avmn”)，并在第0天用7×105个brafpten细胞进行移植。在第3天、第6天和第9天，在用或不用11-混合物(时间轴上带星号的箭头)的情况下，给指定组的小鼠施用抗pd1抗体(时间轴上的箭头)和来自日本slc的无特定病原体(spf)小鼠的slcspf粪便(slcspf粪便)。已经接受11-混合物的指定组的小鼠，每周给予11-混合物2或3次。图显示小鼠组在每个时间点的平均肿瘤面积。****p<0.0001，***p<0.001(双因素anova)。
[图36]图36显示来自所示组的小鼠的第22天和第24天获得的肿瘤重量的数据。*p<0.05(单因素anova)。
[图37a-c]图37a-37c显示从肿瘤细胞分离的淋巴细胞的数据。在第22和24天，从肿瘤中分离淋巴细胞。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8和ifnγ。图37a显示从肿瘤分离的cd3+tcrβ+cd8α+细胞群中cd8+ifnγ+细胞的百分比。图37b显示从肿瘤分离的cd8+ifnγ+细胞的数量。图37c显示每克肿瘤的cd8+ifnγ+细胞的数量。**p<0.01，*p<0.05(单因素anova)。
[图38]图38显示从肿瘤中分离的cd8t细胞群中ifnγ+细胞的百分比。***p<0.001，**p<0.01，*p<0.05(单因素anova)。
[图39a-d]图39a-39d显示从肿瘤细胞分离的淋巴细胞的数据。在第22和24天，从肿瘤中分离淋巴细胞。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8、ifnγ、gzmb、il-17和cd4。图39a显示从肿瘤中分离的cd3+tcrβ+cd8α+细胞群中ifnγ+gzmb+细胞的百分比。图39b显示从肿瘤中分离的cd3+tcrβ+cd4+细胞群中th1细胞的百分比。图39c显示从肿瘤中分离的cd3+tcrβ+cd4+细胞群中th17细胞的百分比。图39d显示从肿瘤中分离的cd3+tcrβ+cd4+细胞群中treg细胞的百分比。
[图40]图40显示实施例7中描述的实验计划(剂量研究)的示意图。
[图41a-c]图41a-41c显示在图40所示实验(实施例7)中从小鼠分离的淋巴细胞的数据。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8和ifnγ。图41a显示从指定小鼠分离的cd3+tcrβ+cd8α+细胞群中cd8+ifnγ+细胞的百分比。图41b显示从指定小鼠分离的cd8+ifnγ+细胞的数量。图41c显示从指定小鼠分离的cd8t细胞群中ifnγ+细胞的百分比。
[图42a-c]图42a-42c显示在图40所示实验(实施例7)中从小鼠分离的淋巴细胞的数据。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8、ifnγ、cd103、il-17和cd4。图42a显示从指定小鼠分离的cd3+tcrβ+cd8α+细胞群中ifnγ+cd103+细胞的百分比。图42b显示从指定小鼠分离的cd3+tcrβ+cd4+细胞群中th17细胞的百分比。图42c显示从指定小鼠分离的cd3+tcrβ+cd4+细胞群中th1细胞的百分比。
[图43a-c]图43a-43c和44显示实施例8的实验结果。实验表明，11-混合物需要batf3来诱导cd8-t细胞。不需要batf3诱导th17。图43a显示从指定小鼠分离的cd3+tcrβ+cd8α+(cd8t细胞)细胞群中ifnγ+的百分比。图43b显示cd8+ifnγ+细胞的数量。图43c显示从指定小鼠分离的cd3+tcrβ+cd4+细胞群中th17细胞的百分比。****p<0.0001，***p<0.001，**p<0.01，*p<0.05(单因素anova)。
[图44]图44显示11-混合物需要batf3诱导cd8-t细胞，如流式细胞仪所证(图44a)，和从指定小鼠分离的cd3+tcrβ+cd8α+(cd8t细胞)细胞群中ifnγ+的百分比(图44b)。
[图45]图45-46显示实施例9的实验结果。实验表明，11-混合物可有效治疗李斯特菌感染。图45显示粪便+11-混合物有效清除受感染小鼠的李斯特菌，粪便中李斯特菌cfu的量减少可以证明。
[图46]图46显示用粪便和11-混合物处理的李斯特菌感染小鼠的体重高于仅用粪便处理的小鼠的体重。
[图47a-b]图47a和47b显示与实施例2有关的数据。将图13中列出的11种菌株的混合物、7或4种菌株的混合物口服给予无菌小鼠。四周后，从大肠固有层分离淋巴细胞，用pma/离子霉素刺激3.5小时。用抗体染色cd3、tcrβ、cd8和ifnγ，并通过流式细胞术分析(图47a)。代表性小鼠的门控cd3和tcrβ阳性细胞进行的cd8和ifnγ的表达显示在图47b中，如cd8t细胞中ifnγ+细胞的百分比所示。每个图表代表个体小鼠。*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001(单因素anova)。
[图48]图48涉及实施例10，并且显示11-混合物在未另外受到攻击的小鼠中的cd8诱导效应限于肠/肠隔室。(si＝短肠，ciel＝结肠上皮内淋巴细胞，ln＝淋巴结)。
[图49]图49显示通过用11混合物菌落形成，结肠lp中dc亚群的频率仅略微改变。
[图50]图50-52显示通过施用11-混合物激活mhcclp类细胞，并且在激活的第一周内活化最强。没有激活mhcmln类细胞。各个测量结果显示在图50和51中，而图52中示出了累积数据。
[图51]图50-52显示通过施用11-混合物激活mhcclp类细胞，并且在激活的第一周内活化最强。没有激活mhcmln类细胞。各个测量结果显示在图50和51中，而图52中示出了累积数据。
[图52]图50-52显示通过施用11-混合物激活mhcclp类细胞，并且在激活的第一周内活化最强。没有激活mhcmln类细胞。各个测量结果显示在图50和51中，而图52中示出了累积数据。
[图53]图53和54显示通过施用11-混合物激活mhcclp类细胞，而mhcmln类细胞没有活化。各个测量结果显示在图53中，而累积的数据显示在图54中，表示为cd3+tcdrβ+cd8α+细胞的百分比。
[图54]图53和54显示通过施用11-混合物激活mhcclp类细胞，而mhcmln类细胞没有活化。各个测量结果显示在图53中，而累积的数据显示在图54中，表示为cd3+tcdrβ+cd8α+细胞的百分比。
[图55]图55显示通过施用11-混合物激活mhcclp类细胞，如ki67状态所证明，而没有mhcmln类细胞的活化。
[图56]图56和57显示通过施用11-混合物激活mhcclp类细胞，如cd103+状态所证明，而mhcmln类细胞没有活化。各个测量结果显示在图56中，而累积数据显示在图57中，表示为cd3+tcrβ+cd8α+ifnγγ+细胞的百分比。
[图57]图56和57显示通过施用11-混合物激活mhcclp类细胞，如cd103+状态所证明，而mhcmln类细胞没有活化。各个测量结果显示在图56中，而累积数据显示在图57中，表示为cd3+tcrβ+cd8α+ifnγγ+细胞的百分比。
具体实施方式
本文提供用于诱导和/或增殖cd8+t细胞的组合物和方法，以及用于治疗可通过诱导和/或增殖cd8+t细胞治疗的疾病和病症(包括传染病和癌症)的方法。
在一个方面，本发明提供包含一种或多种具有独特生物学特性的细菌菌株的组合物。在一个方面，本文公开的细菌菌株的组合物，也称为细菌组合物，可以诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。在一个方面，本文公开的细菌菌株的组合物可以诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。
在一个方面，本文公开的组合物的细菌可以通过其16srrna(或16srdna)核酸序列来鉴定。通常，细菌基于其16srrna核酸序列被分类为属于特定物种和/或属。细菌，例如来自微生物组的细菌，也可以与其他密切相关的菌株和物种分类为系统群。(参见例如rajilic-stojanovic,m.和devos,w.m。(2014)。人类胃肠道微生物群的前1000种培养物种“thefirst1000culturedspeciesofthehumangastrointestinalmicrobiota”。femsmicrobiolrev38,996-1047)。用于基于其16srrna(或16srdna)核酸序列鉴定特定细菌物种的方法是本领域熟知的(参见例如，启动财团人类微生物组项目数据生成工作g(jumpstartconsortiumhumanmicrobiomeprojectdatagenerationworking,g。(2012)。评估基于16srdna的群落概况用于人群微生物组研究“evaluationof16srdna-basedcommunityprofilingforhumanmicrobiomeresearch”。plosone7,e39315)。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20和seqidno:21具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20和seqidno:21具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20和seqidno:21具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10、seqidno:11、seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20和seqidno:21具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10或seqidno:11具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10或seqidno:11具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63或seqidno:64具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10或seqidno:11具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10或seqidno:11具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63或seqidno:64具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20、seqidno:21、seqidno:22、seqidno:23、seqidno:24、seqidno:25或seqidno:26具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含一种或多种细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含一种或多种细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含两种或更多种细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含两种或更多种细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与seqidno:12、seqidno:13、seqidno:14、seqidno:15、seqidno:16、seqidno:17、seqidno:18、seqidno:19、seqidno:20或seqidno:21具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:5或seqidno:10具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:5或seqidno:10具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:5或seqidno:10具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:5或seqidno:10具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:3、seqidno:4、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9或seqidno:11具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:3、seqidno:4、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9或seqidno:11具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:3、seqidno:4、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9或seqidno:11具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:3、seqidno:4、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9或seqidno:11具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少10种。至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少10种。至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36、seqidno:37、seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36或seqidno:37具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36或seqidno:37具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36或seqidno:37具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:29、seqidno:30、seqidno:31、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35、seqidno:36或seqidno:37具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46、seqidno:47、seqidno:48、seqidno:49、seqidno:50、seqidno:51或seqidno:52具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:38、seqidno:39、seqidno:40、seqidno:41、seqidno:42、seqidno:43、seqidno:44、seqidno:45、seqidno:46或seqidno:47具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:31或seqidno:36具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:31或seqidno:36具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:31或seqidno:36具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:27、seqidno:28、seqidno:31或seqidno:36具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:29、seqidno:30、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35或seqidno:37具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:29、seqidno:30、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35或seqidno:37具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:29、seqidno:30、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35或seqidno:37具有至少97％同源性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:29、seqidno:30、seqidno:32、seqidno:33、seqidno:34、seqidno:35或seqidno:37具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含16srdna序列，所述16srdna序列具有选自seqidno：1-26的核酸序列。在一个方面，本发明提供包含作为活性成分的细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含具有选自seqidno：1-26的核酸序列的16srdna序列。应当理解，对于本文提供的所有组合物，在一些实施方式中，一细菌菌株或多细菌菌株是组合物的活性成分。
在一个方面，本发明提供包含细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含16srdna序列，所述16srdna序列具有选自seqidno：1-21的核酸序列。在一个方面，本发明提供包含作为活性成分的细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含具有选自seqidno：1-21的核酸序列的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含16srdna序列，所述16srdna序列具有选自seqidno：1-11的核酸序列。在一个方面，本发明提供包含作为活性成分的细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含具有选自seqidno：1-11的核酸序列的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含16srdna序列，其具有选自seqidno：54-64的核酸序列。在一个方面，本发明提供包含作为活性成分的细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含具有选自seqidno：54-64的核酸序列的16srdna序列。
应当理解，对于本文提供的所有组合物，在一些实施方式中，纯化细菌菌株。因此，例如，本发明提供包含16srdna序列的纯化细菌菌株，所述16srdna序列具有选自seqidno：1-26的核酸序列。另外，例如，本发明提供包含纯化细菌菌株的组合物，所述纯化的细菌菌株包含16srdna序列，所述16srdna序列具有选自seqidno：1-26的核酸序列。本文公开的细菌菌株最初可以从一个或多个人个体的微生物群中获得和纯化，或者从人微生物群以外的来源获得，包括土壤和非人微生物群。如本文提供的，在一些实施方式中，在用于本文提供的组合物和方法之前，纯化从人微生物群、非人微生物群、土壤或任何替代来源分离的细菌。
在一个方面，本发明提供包含一种或多种细菌菌株的组合物，其中所述一种或多种细菌菌株包含16srdna序列，其具有选自seqidno：1-26的核酸序列。在一个方面，本发明提供包含一种或多种细菌菌株的组合物，其中所述一种或多种细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。如前所述，在一些实施方式中，纯化细菌菌株。因此，在一个方面，本发明提供包含一种或多种纯化的细菌菌株的组合物，其中所述一种或多种纯化的细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。在一个方面，本发明提供包含一种或多种细菌菌株的组合物，其中所述一种或多种细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。如前所述，在一些实施方式中，纯化细菌菌株。因此，在一个方面，本发明提供包含一种或多种纯化的细菌菌株的组合物，其中所述一种或多种纯化的细菌菌株包含与选自所述seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含两种或更多种纯化的细菌菌株的组合物，其中所述两种或更多种纯化的细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。如上所述，在一些实施方式中，细菌菌株是组合物的活性成分。因此，在一些实施方式中，本发明提供包含两种或更多种纯化细菌菌株作为活性成分的组合物，其中所述两种或更多种纯化细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含两种或更多种纯化的细菌菌株的组合物，其中所述两种或更多种纯化的细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。如上所述，在一些实施方式中，细菌菌株是组合物的活性成分。因此，在一些实施方式中，本发明提供包含两种或更多种纯化的细菌菌株作为活性成分的组合物，其中所述两种或更多种纯化的细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供细菌菌株和细菌菌株的组合，其与包含选自seqidno：1-26的16srdna序列的细菌菌株同源或具有高百分比同源性。如前所述，在一些实施方式中，纯化细菌菌株。本文公开的细菌菌株，其具有选自seqidno：1-26的核酸序列的16srdna序列，与已在各种数据库(参见，例如国家生物技术信息中心)中描述的细菌菌株的16srdna序列具有高百分比的同源性(例如，大于90％)或序列相同性。表1提供了当将包含seqidno：1-26的16srdna序列与公共数据库中可获得的细菌物种的16srdna序列进行比较时通过同源性最接近的已知物种。
举例来说，包含具有本文公开的seqidno：1的16srdna序列的细菌菌株与ncbi登录号#ln998073(具有16srdna序列seqidno：27)所定义的粪考拉杆菌菌种的细菌菌株具有最高的同源性。虽然具有seqidno：1的细菌菌株也与其他公开的细菌菌株具有同源性，但是与ncbi登录号#ln998073定义的粪考拉杆菌菌种的细菌菌株具有最高的同源性。应当理解，本文公开的多种细菌菌株可以与相同物种具有最高的同源性。
还应当理解，本文公开的细菌菌株，其具有选自seqidno：1-26的核酸序列的16srdna序列，也基于其全基因组序列或者他们的全基因组序列的子集与其他菌株同源。
因此，应当理解，在一个方面，本发明还提供了包含细菌菌株的组合物和方法，所述细菌菌株与具有选自seqidno：1-26的核酸序列的16srdna序列的细菌菌株具有紧密同源性。
在一个方面，本发明提供包含一种或多种细菌菌株的组合物，其中所述一种或多种细菌菌株是选自下组的物种：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌、狄式副拟杆菌、解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌、拟杆菌属、毛螺旋菌科细菌hga0140、哈氏厚壁菌、拉瓦梭菌、瘤胃球菌属和无害芽胞梭菌。
在一个方面，本发明提供包含一种或多种细菌菌株的组合物，其中所述一种或多种细菌菌株是选自下组的物种：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌,、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌、狄式副拟杆菌、解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌；单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌和拟杆菌属。
在一个方面，本发明提供包含一种或多种细菌菌株的组合物，其中所述一种或多种细菌菌株是选自下组的物种：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。
在一个方面，本发明提供包含一种或多种细菌菌株的组合物，其中所述一种或多种细菌菌株是选自下组的物种：解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌、拟杆菌属、毛螺旋菌科细菌hga0140、哈氏厚壁菌、拉瓦梭菌、瘤胃球菌属和无害芽胞梭菌。
在一个方面，本发明提供包含一种或多种细菌菌株的组合物，其中所述一种或多种细菌菌株是选自下组的物种：解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌和拟杆菌属。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌种：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌、狄式副拟杆菌、解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌、拟杆菌属、毛螺旋菌科细菌hga0140、哈氏厚壁菌、拉瓦梭菌、瘤胃球菌属和无害芽胞梭菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种或至少26种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌、狄式副拟杆菌、解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌和拟杆菌属。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种或至少21种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌组成。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、福鲁克斯拟杆菌、单形拟杆菌、拟杆菌属d20罕见小球菌属、成乳钌细菌、瘤胃菌科细菌cv2、甲酸芽殖菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌、副拟杆菌属cag:2和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含：
1)粪考拉杆菌或考拉杆菌属cag:207；
2)溃疡梭杆菌或变异梭杆菌；
3)多利拟杆菌或福鲁克斯拟杆菌；
4)单形拟杆菌或拟杆菌属d20；
5)罕见小球菌属、成乳钌细菌、瘤胃菌科细菌cv2或甲酸芽殖菌；
6)帕拉普氏菌x；
7)约氏副拟杆菌；
8)别样杆菌属、替莫尼斯别样杆菌或塞内加尔别样杆菌；
9)戈登副拟杆菌或副拟杆菌属hgs0025；
10)粘液真杆菌和
11)副拟杆菌属cag:2或狄式副拟杆菌。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由以下组成：
1)粪考拉杆菌或考拉杆菌属cag:207；
2)溃疡梭杆菌或变异梭杆菌；
3)多利拟杆菌或福鲁克斯拟杆菌；
4)单形拟杆菌或拟杆菌属d20；
5)罕见小球菌属、成乳钌细菌、瘤胃菌科细菌cv2或甲酸芽殖菌；
6)帕拉普氏菌x；
7)约氏副拟杆菌；
8)别样杆菌属、替莫尼斯别样杆菌或塞内加尔别样杆菌；
9)戈登副拟杆菌或副拟杆菌属hgs0025；
10)粘液真杆菌，和
11)副拟杆菌属cag:2或狄式副拟杆菌。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、成乳钌细菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含粪考拉杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、成乳钌细菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物由粪考拉杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、成乳钌细菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌组成。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含一种或多种选自下组的物种的细菌菌株：考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、拟杆菌属d20、瘤胃菌科细菌cv2、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌和副拟杆菌属cag:2。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、拟杆菌属d20、瘤胃菌科细菌cv2、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌和副拟杆菌属cag:2。
在一个方面，本发明提供包含由考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、拟杆菌属d20、瘤胃菌科细菌cv2、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌和副拟杆菌属cag:2组成的纯化细菌混合物的组合物。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、福鲁克斯拟杆菌、单形拟杆菌、拟杆菌属d20罕见小球菌属、成乳钌细菌、瘤胃菌科细菌cv2、甲酸芽殖菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、替莫尼斯别样杆菌、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌、副拟杆菌属cag:2和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、变异梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、成乳钌细菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：考拉杆菌属cag:207、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、拟杆菌属d20、瘤胃菌科细菌cv2、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、塞内加尔别样杆菌、副拟杆菌属hgs0025、粘液真杆菌和副拟杆菌属cag:2。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种或至少11种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌、拟杆菌属、毛螺旋菌科细菌hga0140、哈氏厚壁菌、拉瓦梭菌、瘤胃球菌属和无害芽胞梭菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种细菌菌株。在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌和拟杆菌属。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、罕见小球菌属和粘液真杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种或至少4种细菌菌株。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物的组合物，所述细菌混合物包含两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：多利拟杆菌、单形拟杆菌、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌和狄式副拟杆菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，纯化的细菌混合物包含至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种细菌菌株。
应当理解，组合物可包括特定物种的多种菌株。因此，为了说明，本文公开的组合物的非限制性实例包括一种赛尔氏拟杆菌菌株和两种单形拟杆菌菌株。
本发明还提供了包含细菌菌株的组合物，所述细菌菌株与粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌、狄式副拟杆菌、解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌、拟杆菌属、毛螺旋菌科细菌hga0140、哈氏厚壁菌、拉瓦梭菌、瘤胃球菌属和无害芽胞梭菌具有近似的同源性和/或落入其中。
因此，在一个实施方式中，本发明的组合物包括一种或多种细菌菌株，其包含与选自seqidno：27-52的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明的组合物包括两种或更多种细菌菌株，其包含与选自seqidno：27-52的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。
因此，在一个实施方式中，本发明的组合物包括一种或多种细菌菌株，其包含与选自seqidno：27-52的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明的组合物包括两种或更多种细菌菌株，其包含与选自seqidno：27-52的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明的组合物包括两种或更多种纯化的细菌菌株，其包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明的组合物包括两种或更多种纯化的细菌菌株，其包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明的组合物包括两种或更多种选自下组的物种的细菌菌株：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌、狄式副拟杆菌、解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌、拟杆菌属、毛螺旋菌科细菌hga0140、哈氏厚壁菌、拉瓦梭菌、瘤胃球菌属和无害芽胞梭菌。在一些实施方式中，本发明的组合物包括两种或更多种纯化的细菌菌株，其包含与选自seqidno：27-52的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明的组合物包括两种或更多种纯化的细菌菌株，其包含与选自seqidno：27-52的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一些实施方式中，本发明提供具有两种或更多种纯化的细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含16srdna序列，所述16srdna序列具有选自seqidno：1-26的核酸序列。在一些实施方式中，本发明提供具有五种或更多种纯化的细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含16srdna序列，其具有选自seqidno：1-26的核酸序列。在一些实施方式中，本发明提供具有至少10种纯化的细菌菌株的组合物，其中所述细菌菌株分别包含具有如seqidno：1-26所示核酸序列的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明提供由十种纯化的细菌菌株组成的组合物，其中所述细菌菌株分别包含具有seqidno：1-26所示的核酸序列的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明提供基本上由11种纯化的细菌菌株组成的组合物，其中所述细菌菌株分别包含具有seqidno：1-26所示核酸序列的16srdna序列。如本文所用，基本上由......组成，是指不包含其他细菌菌株的组合物。
在一些实施方式中，本发明提供具有细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明提供具有两种或更多种纯化的细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明提供具有五种或更多种纯化的细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna。在一些实施方式中，本发明提供具有至少十种纯化细菌菌株的组合物，其中所述细菌菌株分别包含与seqidno：1-26所示的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明提供由十种纯化的细菌菌株组成的组合物，其中所述细菌菌株分别包含与seqidno：1-26所示的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明提供基本上由十种纯化的细菌菌株组成的组合物，其中所述细菌菌株分别包含与seqidno：1-26所示的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。
在一些实施方式中，本发明提供具有细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明提供具有两种或更多种纯化的细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明提供具有五种或更多种纯化的细菌菌株的组合物，所述细菌菌株包含与选自seqidno：1-26的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna。在一些实施方式中，本发明提供具有至少十种纯化细菌菌株的组合物，其中所述细菌菌株分别包含与seqidno：1-26所示的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明提供由十种纯化的细菌菌株组成的组合物，其中所述细菌菌株分别包含与seqidno：1-26所示的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明提供基本上由十种纯化的细菌菌株组成的组合物，其中所述细菌菌株分别包含与seqidno：1-26所示的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含与以下细菌物种相关的细菌菌株的组合物：粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌、狄式副拟杆菌、解纤维素拟杆菌、克拉氏拟杆菌、粪厌氧棒状菌、赛尔氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、单形拟杆菌、埃氏拟杆菌、梭菌属、戈氏副拟杆菌、拟杆菌属、毛螺旋菌科细菌hga0140、哈氏厚壁菌、拉瓦梭菌、瘤胃球菌属和无害芽胞梭菌(参见例如表1)。应当理解，本文公开的组合物的多种细菌菌株可以具有相同的相关细菌物种。在一些实施方式中，本发明提供具有两种或更多种纯化的细菌菌株的组合物，所述纯化的细菌菌株包含与选自seqidno：27-52的核酸序列具有至少97％同源性的16srdna序列。在一些实施方式中，本发明提供具有两种或更多种纯化的细菌菌株的组合物，所述纯化的细菌菌株包含与选自seqidno：27-52的核酸序列具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供具有16srdna序列的细菌菌株，其与本文所述的细菌菌株或物种的任一序列的核酸序列具有同源性。在一些实施方式中，细菌菌株至少具有相对于本文所述的任何菌株或细菌物种在特定区域或整个序列上具有至少60％、至少70％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.6％、至少99.7％、至少99.8％、至少99.9％或至多100％的同源性。本领域技术人员将理解，在两个或更多个核酸序列或氨基酸序列的上下文中，术语“同源性”或“同源性百分比”是指两个或更多个序列或其部分之间的相似性的度量。同源性可以存在于长度至少约50个核苷酸的序列区域，或更优选长度为100至500或1000或更多核苷酸的区域。在一些实施方式中，同源性存在于16srrna或16srdna序列或其部分的长度上。
另外或可替代地，可以评估两个或更多个序列的序列之间的相同性。在两个或更多个核酸或氨基酸序列的上下文中，术语“相同”或“相同性”百分比涉及两个或更多个相同的序列或子序列。如果在比较窗口上进行最大对应比较和对齐时，或通过使用以下序列比较算法之一或通过手动对齐和目视检查测量的指定区域时，两个序列在指定区域或整个序列上具有指定百分比的相同氨基酸残基或核苷酸(例如至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％相同)，则两个序列“基本相同”。任选地，相同性存在于长度为至少约50个核苷酸的区域上，或更优选地长度为100至500或1000或更多个核苷酸的区域上。在一些实施方式中，相同性存在于16srrna或16srdna序列的长度上。
另外或可替代地，可以评估两个或更多个序列的序列之间的比对。在两个或更多个核酸或氨基酸序列的上下文中，术语“比对”或“对准”百分比涉及两个或更多个相同的序列或子序列。如果在比较窗口上进行最大对应比较和对齐，或通过使用以下序列比较算法之一或通过手动对齐和目视检查测量的指定区域时，两个序列在指定区域或整个序列上具有指定百分比的相同氨基酸残基或核苷酸(例如至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％相同)，则两个序列“基本对准”。任选地，对准存在于长度为至少约50个核苷酸的区域上，或更优选地长度为100至500或1000或更多个核苷酸的区域上。在一些实施方式中，相同性存在于16srrna或16srdna序列的长度上。
对于序列比较，通常一个序列充当参考序列，将测试序列与其比较。用于比较的序列的比对方法是本领域熟知的。参见，例如，通过smith和waterman(1970)adv.appl.math.2:482c的局部同源性算法，通过needleman和wunsch,j.mol.biol.48:443,1970的同源性比对算法，通过pearson和lipman.proc.natl.acad.sci.usa85:2444,1988的相似性检索方法，通过这些算法(威斯康星州麦迪逊遗传学计算机组，威斯康星遗传学软件包的gap、bestfit、fasta和tfasta)的计算机化实施方式或通过手动对准和目视检查(参见，例如，brent等，分子生物学现行方法currentprotocolsinmolecularbiology，约翰威利父子公司(ringbou编辑，2003))。适用于确定序列相同性百分比和序列相似性的算法的两个实例是blast和blast2.0算法，其分别在altschul等人，nuc.acidsres.25:3389-3402,1977和altschul等人,j.mol.biol.215:403-410,1990中描述。
在一个方面，本发明提供包含多种纯化的细菌菌株的组合物。在一个方面，将组合物的纯化的细菌菌株的16srdna序列与细菌基因组数据库中已知细菌物种/菌株的16srdna序列进行比较，以鉴定与本文公开的细菌菌株最接近的已知相关细菌物种(参见例如，表1和表3)。应当理解，本文公开的组合物的多种细菌菌株可具有相同的最接近的相关细菌物种。在一个方面，本发明提供包含具有16srdna序列的一种或多种细菌菌株或物种的组合物，所述16srdna序列与seqidno：1-26提供的任一序列的核酸序列具有同源性。在一些实施方式中，具有16srdna序列(与本文所述任何菌株最接近的相关物种的任何一个的核酸序列具有同源性)的物种，对应于seqidno：27-52提供的16srdna序列的细菌菌株。在一个方面，本发明提供包含具有16srdna序列的一种或多种细菌菌株或物种的组合物，所述16srdna序列与seqidno：1-21提供的任一序列的核酸序列具有同源性。在一些实施方式中，具有16srdna序列(与本文所述任何菌株最接近的相关物种的任何一个的核酸序列具有同源性)的物种，对应于seqidno：27-47提供的16srdna序列的细菌菌株。在一个方面，本发明提供包含具有16srdna序列的一种或多种细菌菌株或物种的组合物，所述16srdna序列与seqidno：1-11提供的任一序列的核酸序列具有同源性。在一些实施方式中，具有16srdna序列(与本文所述任何菌株最接近的相关物种的任何一个的核酸序列具有同源性)的物种，对应于seqidno：27-37提供的16srdna序列的细菌菌株。在一个方面，本发明提供包含具有16srdna序列的一种或多种细菌菌株或物种的组合物，所述16srdna序列与seqidno：12-26提供的任一序列的核酸序列具有同源性。在一些实施方式中，具有16srdna序列(与本文所述任何菌株最接近的相关物种的任何一个的核酸序列具有同源性)的物种，对应于seqidno：38-52提供的16srdna序列的细菌菌株。在一个方面，本发明提供包含具有16srdna序列的一种或多种细菌菌株或物种的组合物，所述16srdna序列与seqidno：12-21提供的任一序列的核酸序列具有同源性。在一些实施方式中，具有16srdna序列(与本文所述任何菌株最接近的相关物种的任何一个的核酸序列具有同源性)的物种，对应于seqidno：38-47提供的16srdna序列的细菌菌株。
在一些实施方式中，本文公开的组合物提供本文所述的至少一种细菌菌株(例如，纯化的细菌菌株)。在一些实施方式中，包含至少一种细菌菌株的组合物包含至少一种细菌菌株，具有选自seqidno：1-26中任一个的16srdna序列。在一些实施方式中，包含至少一种细菌菌株的组合物包含至少一种细菌菌株，其与选自seqidno：1-26中任一个的16srdna序列具有97％同源性。在一些实施方式中，包含至少一种细菌菌株的组合物包含至少一种细菌菌株，其与选自seqidno：1-26中任一个的16srdna序列具有97％序列相同性。
在一些实施方式中，本文公开的组合物包含两种或更多种细菌菌株。在一些实施方式中，本文所述的组合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种或至少20种或更多种细菌菌株(例如，纯化的细菌菌株)。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，至少50％的细菌菌株属于拟杆菌目。在本文提供的组合物的一些实施方式中种、至少50％的细菌菌株属于拟杆菌(bacteroides)属或副拟杆菌(parabacteroides)属。在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种菌株属于拟杆菌属，并且一种或多种菌株属于副拟杆菌属。在本文提供的组合物的一些实施方式中，至少25％的细菌菌株属于类杆菌科。在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株属于拟杆菌属。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株属于副拟杆菌属。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物不包括属于拟杆菌目的细菌菌株。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株属于拟杆菌目，并且一种或多种细菌菌株属于梭菌目。在本文提供的组合物的一些实施方式中，至少50％的细菌菌株属于拟杆菌目，并且一种或多种细菌菌株属于梭菌目。在本文提供的组合物的一些实施方式中，至少75％的细菌菌株属于拟杆菌目，并且一种或多种细菌菌株属于梭菌目。在本文提供的组合物的一些实施方式中，至少90％的细菌菌株属于拟杆菌目，并且一种或多种细菌菌株属于梭菌目。
在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括大肠杆菌。在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括双歧杆菌。在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括芽孢杆菌。在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括肠球菌。在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括巴恩斯氏菌(barnesiella)。在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括脆弱拟杆菌。在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括多形拟杆菌(b.thetaiotaomicron)。在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括阿克曼氏菌(akkermansia)。在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括变形菌门(proteobacteria)。在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括伯克霍尔德氏菌(burkholderia)。在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括属于iv簇的梭菌属物种。在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括粪便菌(faecalibacterium)。在一些实施方式中，本文提供的组合物不包括属于xiva簇的梭菌属物种。在一些实施方式中，组合物不包含真菌，例如莫奈里(monilla)物种。
在一个方面，本发明提供可以诱导cd8t细胞的人粪便样品的纯化级分。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株是人源细菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所有细菌菌株都是人源细菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株衍生自一种以上的人供体。
本文提供的组合物中使用的细菌菌株通常从健康个体的微生物组中分离。在一些实施方式中，组合物包括源自单个个体的菌株。在一些实施方式中，组合物包括源自多个个体的菌株。在一些实施方式中，细菌菌株自多个个体获得、分离并单独生长。随后可以组合单独生长的细菌组合物以提供本发明的组合物。应当理解，本文提供的组合物的细菌菌株的来源不限于来自健康个体的人微生物组。在一些实施方式中，细菌菌株源自在生态失调中具有微生物组的人。在一些实施方式中，细菌菌株源自非人动物或环境(例如土壤或地表水)。在一些实施方式中，本文提供的细菌菌株的组合源自多种来源(例如，人和非人动物)。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物包含一种或多种厌氧细菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物仅包含厌氧菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物包含一种或多种兼性厌氧菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物仅包含兼性厌氧菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物包含一种或多种专性厌氧菌。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物仅包含专性厌氧细菌。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株不具有抗生素抗性基因。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细菌菌株不具有使得细菌菌株对万古霉素具有抗性的抗生素抗性基因。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物不包括对一种或多种抗生素具有抗性的细菌菌株。应当理解，可能需要具有在施用后从体内除去本文提供的细菌组合物的机制。一种这样的机制是通过抗生素处理除去细菌组合物。因此，在一些实施方式中，组合物不包括对一种或多种抗生素具有抗性的细菌菌株。在一些实施方式中，所述组合物不包括对选自下组的一种或多种抗生素具有抗性的细菌菌株：青霉素、苄青霉素、氨苄西林、舒巴坦、阿莫西林、克拉维酸、他唑巴坦、哌拉西林、头孢美唑、万古霉素、亚胺培南、美罗培南、甲硝哒唑和克林霉素。在一些实施方式中，组合物不包括对万古霉素具有抗性的细菌菌株。
在一些实施方式中，组合物包括对至少四种在人体中有效的抗生素敏感的细菌菌株。在一些实施方式中，组合物包括对至少三种在人体中有效的抗生素敏感的细菌菌株。在一些实施方式中，组合物包括对至少两种在人体中有效的抗生素敏感的细菌菌株。在一些实施方式中，组合物包括对至少一种在人体中有效的抗生素敏感的细菌菌株。在一些实施方式中，组合物仅包括对至少四种在人体中有效的抗生素敏感的细菌菌株。在一些实施方式中，组合物仅包括对至少三种在人体中有效的抗生素敏感的细菌菌株。在一些实施方式中，组合物仅包括对至少两种在人体中有效的抗生素敏感的细菌菌株。在一些实施方式中，组合物包括对至少一种在人体中有效的抗生素敏感的细菌菌株。(如本文所用的“在人体中有效的抗生素”是已经用于成功治疗人类细菌感染的抗生素)。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株是孢子形成剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株为孢子形式。在本文提供的组合物的一些实施方式中，一种或多种细菌菌株是非孢子形成剂。
在一些实施方式中，本文所述的组合物包含孢子形成和非孢子形成细菌菌株。在一些实施方式中，本文所述的组合物包含孢子形成细菌菌株。在一些实施方式中，本文所述的组合物仅包含孢子形成细菌菌株。在一些实施方式中，本文所述的组合物仅包含非孢子形成细菌菌株。孢子形成细菌可以是孢子形式(即，作为孢子)或营养体形式(即，作为营养细胞)。在孢子形式中，细菌通常对环境条件更具抵抗力，例如热、酸、辐射、氧、化学物质和抗生素。相反，在营养状态或活跃生长状态下，与孢子形式相比，细菌更容易受到这种环境条件的影响。通常，在适当条件下，细菌孢子能够从孢子形式发芽成营养/活跃生长状态。例如，孢子形式的细菌可能在被引入肠道时发芽。
在一些实施方式中，组合物中的至少一种(例如，1、2、3、4、5或更多种)细菌菌株是孢子形成剂。在一些实施方式中，组合物中的至少一种(例如，1、2、3、4、5或更多种)细菌菌株是孢子形式。在一些实施方式中，组合物中的至少一种(例如，1、2、3、4、5种或更多种)细菌菌株是非孢子形成剂。在一些实施方式中，组合物中的至少一种(例如，1、2、3、4、5或更多种)细菌菌株是营养体形式(如上所述，孢子形成细菌也可以是营养体形式)。在一些实施方式中，组合物中的至少一种(例如，1、2、3、4、5或更多种)细菌菌株为孢子形式且组合物中的至少一种(例如，1、2、3、4、5或更多种)细菌菌株是营养体形式。在一些实施方式中，至少一种细菌菌株被认为能够形成孢子(即孢子形成剂)但以营养体形式存在于组合物中。在一些实施方式中，被认为能够形成孢子的至少一种细菌菌株以孢子和营养体两种形式存在于组合物中。
设想本文提供的组合物的细菌菌株是活的并且当它们到达目标区域(例如肠)时将存活。在这方面，细菌孢子被认为是活的。在一些实施方式中，作为孢子施用的细菌可在靶区域(例如，肠)中发芽。还应该理解的是，并非所有细菌都存活，组合物可以包括不存活的百分比(例如，按重量计)。另外，在一些实施方式中，组合物包括在施用时或在组合物到达目标区域时(例如，肠)时不存活的细菌菌株。设想通过为组合物中的其他细菌菌株提供一些营养物和代谢物，非存活细菌仍然是有用的。
在本文提供的任何组合物中，在一些实施方式中，纯化细菌菌株。在本文提供的任何组合物中，在一些实施方式中，分离细菌菌株。可以分离和/或纯化本文所述的任何细菌菌株，例如，来自诸如培养物或微生物群样品(例如，粪便物质)的来源。本文提供的组合物中使用的细菌菌株通常从健康个体的微生物组中分离。然而，细菌菌株也可以从被认为不健康的个体中分离。在一些实施方式中，组合物包括源自多个个体的菌株。如本文所用，术语“分离的”细菌已经与一种或多种不需要的组分分离，例如另一种细菌或细菌菌株、生长培养基的一种或多种组分、和/或样品(例如粪便样本)的一种或多种组分。在一些实施方式中，细菌基本上与来源分离，使得未检测到来源的其他组分。还如本文所用，术语“纯化的”是指细菌菌株或包含其的组合物，已经从一种或多种组分(例如污染物)中分离。在一些实施方式中，细菌菌株基本上不含污染物。在一些实施方式中，组合物的一种或多种细菌菌株可以独立地从培养物或含有细菌菌株的样品中产生和/或存在的一种或多种其他细菌中纯化。在一些实施方式中，从样品中分离或纯化细菌菌株，然后在适当的条件下培养以进行细菌复制，例如在厌氧培养条件下。随后可以从其生长的培养物中分离/纯化在适当的细菌复制条件下生长的细菌。
在一个方面，本发明提供具有独特生物学特性的细菌菌株和细菌菌株的混合物。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。在一些实施方式中，由于细菌菌株之间的协同作用，本文提供的组合物的细菌菌株可以诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。因此，在不限制特定机制的情况下，在一些实施方式中，本文提供的组合物的细菌菌株的组合在诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累中起协同作用，因为菌株的组合特别适用于产生刺激诱导cd8+t细胞增殖和/或积累的代谢物和/或细胞信号。细菌组合物可以这样做，例如通过使用肠道中的营养物(例如，结肠或盲肠)，和/或产生代谢物和/或细胞信号(其刺激诱导增殖和/或或cd8+t细胞的积累)的代谢相互作用。另外，在不限制特定机制的情况下，在一些实施方式中，本文提供的组合物的细菌菌株的组合在诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累中起协同作用，因为菌株的组合在植入肠道(例如，结肠或盲肠)中特定小生境是优异的，其将导致cd8+t细胞的增殖和/或积累的诱导(例如，通过提供有利的微环境)。在一些实施方式中，本文提供的组合物的细菌菌株的组合在诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累中起协同作用，因为菌株的组合特别适合产生代谢物和/或细胞信号，其刺激诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累，并且该组合非常适合植入特定小生境，导致代谢物和/或细胞信号定位于靶标以诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。
疾病的治疗
癌症
在一个方面，本发明包括用于治疗受试者的疾病的组合物和方法。在本文提供的方法的一些实施方式中，受试者患有癌症。在一个方面，可根据本文提供的组合物和方法治疗的癌症包括但不限于恶性肿瘤、神经胶质瘤、间皮瘤、黑色素瘤、淋巴瘤、白血病、腺癌、乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、成胶质细胞瘤、多发性骨髓瘤、前列腺癌、伯基特淋巴瘤、头颈癌、结肠癌、结直肠癌、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、食道癌、胃癌、胰腺癌、肝胆癌、胆囊癌、小肠癌、直肠癌、肾癌、膀胱癌、前列腺癌、阴茎癌、尿道癌、睾丸癌、阴道癌、子宫癌、甲状腺癌、甲状旁腺癌、肾上腺癌、胰腺内分泌癌、类癌、骨癌、皮肤癌、视网膜母细胞瘤、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、卡波西氏肉瘤、多中心卡斯特曼氏病、aids相关原发渗出性淋巴瘤、神经外胚层肿瘤或横纹肌肉瘤。在本文提供的方法的一些实施方式中，癌症是是前列腺癌、膀胱癌、非小细胞肺癌、尿路上皮癌、黑色素瘤或肾细胞癌。在本文提供的方法的一些实施方式中，受试者正在进行放射治疗。
在本文提供的方法的一些实施方式中，该方法还包括施用一种或多种抗癌剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，抗癌剂是化学治疗剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，抗癌剂是癌症免疫治疗剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，癌症免疫治疗剂是免疫检查点抑制剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是pd-1抑制剂、pd-l-1抑制剂或ctla-4抑制剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是pd-1抑制剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是ctla-4抑制剂。
在本文提供的方法的一些实施方式中，癌症免疫治疗剂是癌症疫苗，其用于增加受试者免疫系统对癌细胞的反应。例如，癌症疫苗包括用于诱导或刺激针对携带癌抗原的细胞的免疫应答的癌抗原。诱导或刺激的免疫应答可以包括抗体(体液)免疫应答和/或t细胞(细胞介导的)免疫应答。cd8+t细胞可以分化成细胞毒性t细胞，其杀死携带cd8+t细胞识别的抗原的靶细胞。因此，cd8+t细胞的诱导可以增强对癌症疫苗中提供的癌抗原的免疫应答。
在本文提供的方法的一些实施方式中，癌症免疫治疗剂是car-t治疗剂。car-t细胞包括取自患者的t细胞，所述t细胞经基因工程改造以在其表面上产生嵌合抗原受体(car)。car经改造以识别癌细胞上的特定抗原。在将car-t细胞输注到患者体内后，它们识别并杀死在其表面上表达特异性抗原的癌细胞。cd8+t细胞的诱导用于提供细胞转化成car-t细胞。
在本文提供的方法的一些实施方式中，该方法还包括施用一种或多种细胞因子。在本文提供的方法的一些实施方式中，细胞因子是il-2、il-15或il-21。
在本文提供的方法的一些实施方式中，该方法还包括施用一种或多种共刺激剂。在本文提供的方法的一些实施方式中，共刺激剂是cd-28、ox-40、4-1bb或cd40抗体。在本文提供的方法的一些实施方式中，该方法还包括施用一种或多种疫苗。在本文提供的方法的一些实施方式中，疫苗是树突细胞疫苗。
在本文提供的方法的一些实施方式中，该方法还包括施用过继性细胞转移疗法。在本文提供的方法的一些实施方式中，过继性细胞转移疗法是使用工程化t细胞受体或嵌合抗原受体。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物还包含一种或多种抗癌剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，抗癌剂是化学治疗剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，抗癌剂是癌症免疫治疗剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，癌症免疫治疗剂是免疫检查点抑制剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是pd-1抑制剂、pd-l-1抑制剂或ctla-4抑制剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是pd-1抑制剂、pd-l-1抑制剂、ctla-4抑制剂、ido1抑制剂、lag3抑制剂或tim3抑制剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是pd-1抑制剂。在一些实施方式中，pd-1抑制剂是纳武单抗。在一些实施方式中，pd-1抑制剂是派姆单抗(pembrolizumab)。在一些实施方式中，pd-1抑制剂是匹地利珠单抗(pidiluzimab)。在本文提供的组合物的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是pd-l-1抑制剂。在一些实施方式中，pd-l-1抑制剂是阿特朱单抗。在一些实施方式中，pd-l-1抑制剂是阿维鲁单抗(avelumab)。在一些实施方式中，pd-l-1抑制剂是度伐单抗(durvalumab)。在本文提供的方法的一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是ctla-4抑制剂。在一些实施方式中，ctla-4抑制剂是抗-ctla-4抗体。抗-ctla-4抗体的实例包括但不限于伊匹单抗(ipilimumab)，曲美利单抗(tremelimumab)(cp-675,206)、9h10、4f10和9d9。在一些实施方式中，ctla-4抑制剂是伊匹单抗。在一些实施方式中，ctla-4抑制剂是曲美利单抗。还应当理解，多种抗癌剂(例如，免疫检查点抑制剂)可以包括在本文公开的组合物和方法中。例如，在非限制性实例中，所公开的组合物和方法包括pd-1抑制剂和ctla-4抑制剂两者。
在一个方面，本发明提供组合物，包含：纯化的细菌混合物，所述细菌混合物包含粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌；以及pd-1抑制剂。
在一个方面，本发明提供组合物，包含：纯化的细菌混合物的，所述细菌混合物包含粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌；和pd-l-1抑制剂。
在一个方面，本发明提供组合物，包含：纯化的细菌混合物的，所述细菌混合物包含粪考拉杆菌、溃疡梭杆菌、多利拟杆菌、单形拟杆菌、罕见小球菌属、帕拉普氏菌x、约氏副拟杆菌、别样杆菌属、戈登副拟杆菌、粘液真杆菌和狄式副拟杆菌；和ctla-4抑制剂。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物以及pd-1抑制剂的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11具有至少97％同源性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物以及pd-l-1抑制剂的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11具有至少97％同源性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物以及ctla-4抑制剂的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11具有至少97％同源性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物以及pd-1抑制剂的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物以及pd-l-1抑制剂的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物以及ctla-4抑制剂的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:1、seqidno:2、seqidno:3、seqidno:4、seqidno:5、seqidno:6、seqidno:7、seqidno:8、seqidno:9、seqidno:10和seqidno:11具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物以及pd-1抑制剂的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63和seqidno:64具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物以及pd-l-1抑制剂的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63和seqidno:64具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在一个方面，本发明提供包含纯化的细菌混合物以及ctla-4抑制剂的组合物，所述细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与seqidno:54、seqidno:55、seqidno:56、seqidno:57、seqidno:58、seqidno:59、seqidno:60、seqidno:61、seqidno:62、seqidno:63和seqidno:64具有至少97％序列相同性的16srdna序列。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物还包含一种或多种细胞因子。在本文提供的组合物的一些实施方式中，细胞因子是il-2、il-15或il-21。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物还包含一种或多种共刺激剂。在本文提供的组合物的一些实施方式中，共刺激剂是cd-28、ox-40、4-1bb或cd40抗体。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物还包含一种或多种疫苗。在本文提供的组合物的一些实施方式中，疫苗是树突细胞疫苗。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物与过继性细胞转移疗法组合。在本文提供的组合物的一些实施方式中，过继性细胞转移疗法是使用工程化t细胞受体或嵌合抗原受体。
传染病
在一个方面，本发明包括用于治疗受试者疾病的组合物和方法。在本文提供的方法的一些实施方式中，受试者患有传染病。在本文提供的方法的一些实施方式中，传染病是细菌感染、病毒感染、寄生虫感染或真菌感染。在本文提供的方法的一些实施方式中，感染性疾病是病毒感染。在本文提供的方法的一些实施方式中，病毒感染是hiv。在本文提供的方法的一些实施方式中，感染是肝炎病毒的感染。
在一些实施方式中，本文提供的组合物可以用作药物组合物，用于预防或治疗传染病，例如细菌感染、病毒感染、寄生虫感染和真菌感染(部分或完全减轻不利影响)。
可根据本文提供的方法治疗的细菌感染包括但不限于绿脓杆菌(p.aeruginosa)、大肠杆菌、破伤风杆菌(c.tetani)、淋病奈瑟菌(n.gonorrhoeae)、肉毒杆菌(c.botulinum)、克雷伯氏菌属(klebsiellasp.)、沙雷氏菌属(serratiasp.)、假单胞菌属(pseudomanassp.)、洋葱假单胞菌(p.cepacia)、不动杆菌属(acinetobactersp.)、表皮葡萄球菌(s.epidermis)、粪肠球菌(e.faecalis)、肺炎链球菌(s.pneumonias)、金黄色葡萄球菌(s.aureus)、变形链球菌(s.mutans)、嗜血杆菌属(haemophilussp.)、奈瑟氏菌属(neisseriasp.)、脑膜炎奈瑟菌(n.meningitides)、拟杆菌属、柠檬酸杆菌属(citrobactersp.)、布兰汗氏球菌属(branhamellasp.)、沙门氏菌属(salmonellasp.)、志贺氏杆菌属(shigellasp.)、化脓性链球菌(s.pyogenes)、变形菌属(proteussp.)、梭菌属、丹毒丝菌属(erysipelothrixsp.)、李斯特菌属(listeriasp.)、多杀巴斯德菌(pasteurellamultocida)、链杆菌属(streptobacillussp.)、螺旋菌属(spirillumsp.)、富索螺旋菌属(fusospirochetasp.)、梅毒螺旋体(treponemapallidum)、疏螺旋体属(borreliasp.)、放线菌(actinomycetes)、支原体属(mycoplasmasp.)、衣原体属(chlamydiasp.)、立克次体属(rickettsiasp.)、螺旋体属(spirochaeta)、伯氏疏螺旋体(borelliaburgdorferi)、军团菌属(legionellasp.)、分歧杆菌属(mycobacteriasp)、脲原体属(ureaplasmasp)、链霉菌属(streptomycessp.)、毛滴虫属(trichomorassp.)、奇异变性菌(p.mirabilis)、霍乱弧菌(vibriocholera)、肠毒性大肠杆菌(enterotoxigenicescherichiacoli)、艰难梭状芽胞杆菌(clostridiumdifficile)、伤寒沙门氏菌(salmonellatyphi)、白喉杆菌(c.diphtheria)、麻风分支杆菌(mycobacteriumleprae)、麻风结节分支杆菌(mycobacteriumlepromatosi)。可根据本文提供的方法治疗的由耐药细菌引起的细菌感染包括但不限于产气荚膜梭菌(clostridiumperfringens)；肉毒杆菌(clostridiumbotulinum)；(clostridiumtributrycum)；产芽孢梭菌(clostridiumsporogenes)；大肠杆菌(escherichiacoli)；绿脓杆菌(pseudomonasaeruginosa)，如耐多药物绿脓杆菌；耐万古霉素肠球菌(enterococci)(vre)；耐碳青霉烯肠杆菌科(enterobacteriaceae)(cre)；淋病奈瑟菌(neisseriagonorrheae)；不动杆菌(acinetobacter)，耐多药物不动杆菌；弯曲杆菌(campylobacter)；耐多药物弯曲杆菌；假丝酵母(candida)，耐氟康唑假丝酵母、产生广谱β-内酰胺酶肠杆菌科；沙门氏菌，鼠伤寒沙门氏菌，耐药非伤寒沙门氏菌；耐药志贺氏杆菌；金黄色葡萄球菌(staphylococcusaureus)，如耐加氧西林金黄色葡萄球菌或耐万古霉素金黄色葡萄球菌；耐药肺炎链球菌(streptococcuspneumoniae)；耐药肺结核(tuberculosis)；耐红霉素a组链球菌(streptococcus)；耐克林霉素b组链球菌及它们的组合。
可根据本文提供的方法治疗的病毒感染包括但不限于小核糖核酸病毒科、杯状病毒科、披膜病毒科、黄病毒科、冠状病毒科、弹状病毒科、丝状病毒科、副粘液病毒科、正粘液病毒科、布尼亚病毒科、沙粒病毒科、呼肠孤病毒科、逆转录病毒科、嗜肝dna病毒科、细小病毒科、乳多空病毒科、腺病毒科、疱疹病毒科、痘病毒科、轮状病毒、副流感病毒、流感病毒a和b、肝炎病毒、梅毒、hiv、狂犬病病毒、艾司坦-巴尔(epstein-barr)病毒和单纯疱疹病毒。
可根据本文提供的方法治疗的病毒感染包括但不限于恶性疟原虫(plasmodiumfalciparum)、间日疟原虫(p.vivax)、卵形疟原虫(p.ovale)、三日疱原虫(p.malaria)、弓形虫(toxoplasmagondii)、墨西哥利什曼原虫(leishmaniamexicana)、热带利什曼原虫(l.tropica)、主要利什曼原虫(l.major)、依索比亚利什曼原虫(l.aethiopica)、杜氏利什曼原虫(l.donovani)、克氏锥虫(trypanosomacruzi)、布氏锥虫(t.brucei)、曼氏裂体吸虫(schistosomamansoni)、埃及血吸虫(s.haematobium)、日本血吸虫(s.japonium)、旋毛形线虫(trichinellaspiralis)、班氏线虫(wuchereriabancrofti)、马来丝虫(brugiamalayli)、阿米巴虫(entamoebahistolytica)、蛲虫(enterobiusvermiculoarus)、猪肉绦虫(taeniasolium)、牛带绦虫(t.saginata)、阴道滴虫(trichomonasvaginatis)、人毛滴虫(t.hominis)、口腔毛滴虫(t.tenax)、蓝氏贾第鞭毛虫(giardialamblia)、隐孢子虫(cryptosporidiumparvum)、卡氏肺囊虫(pneumocytiscarinii)、牛焦虫(babesiabovis)、分歧巴贝虫(b.divergens)、巴贝西虫(b.microti)、等孢球虫(isosporebelli)、人利什曼原虫(lhominis)、双核阿米巴(dientamoebajragiles)、旋盘尾丝虫(onchocercavolvulus)、人蛔虫(ascarislumbricoides)、美洲钩虫(necatoramericanis)、十二指肠钩口线虫(ancylostomaduodenale)、粪小杆线虫(strongyloidesstercoralis)、菲律宾毛线虫(capillariaphilippinensis)、广州管圆线虫(angiostrongyluscantonensis)、短膜壳绦虫(hymenolepisnana)、阔节裂头绦虫(diphyllobothriumlatum)、细粒棘球绦虫(echinococcusgranulosus)、多房棘球绦虫(e.multilocularis)、卫氏并殖吸虫(paragonimuswestermani)、卡利并殖吸虫(p.caliensis)、华支睾吸虫(chlonorchissinensis)、猫后睾吸虫(opisthorchisfelineas)、麝猫肝吸虫(g.viverini)、肝片吸虫(fasciolahepatica)、人疥螨(sarcoptesscabiei)、人虱(pediculushumanus)、阴虱(phthiriuspubis)和人肤皮蝇(dermatobiahominis)。
可根据本文提供的方法治疗的真菌感染包括但不限于新型隐球菌(cryptococcusneoformans)、皮炎芽生菌(blastomycesdermatitidis)、皮炎阿耶洛霉(aiellomycesdermatitidis)、荚膜组织胞浆菌(histoplasfriacapsulatum)、粗球孢子菌(coccidioidesimmitis)、念珠菌属菌种(candidaspecies)，包括白色念珠菌(c.albicans)、热带假丝酵母(c.tropicalis)、近平滑假丝酵母(c.parapsilosis)、季也蒙假丝酵母(c.guilliermondii)和克鲁斯假丝酵母(c.krusei)、曲霉属菌株(aspergillusspecies)，包括烟曲霉(a.fumigatus)、黄曲霉(a.flavus)和黑曲霉(a.niger)，根霉属菌种(rhizopusspecies)，根毛霉属菌种(rhizomucorspecies)、小克银汉霉属菌种(cunninghammellaspecies)、节壶霉属菌种(apophysomycesspecies)，包括瓶霉属(a.saksenaea)、毛霉属(a.mucor)和犁头霉属(a.absidia)、申克孢子丝菌(sporothrixschenckii)、巴西副球孢子菌(paracoccidioidesbrasiliensis)、假阿利什霉菌(pseudallescheriaboydii)、光滑球拟酵母(torulopsisglabrata)，以及皮癣菌属菌种(dermatophyresspecies)
在一个方面，本发明提供包含本文提供的任何组合物和抗原的疫苗。在本文提供的疫苗的一些实施方式中，抗原是hiv抗原。在本文提供的疫苗的一些实施方式中，抗原是肝炎抗原。在一些实施方式中，细菌组合物可以作为佐剂与抗原材料组合施用。所述抗原材料可以包含病原体的蛋白外壳、蛋白核心、或功能性蛋白和肽的一个或多个部分，或完整病原体(活的、杀灭的、灭活的、或减毒的)，或可包含一个或多个癌表位或癌抗原。抗原材料可在细菌组合物之前或之后施用，或是共同施用。细菌组合物还可以与现有的粘膜疫苗一起施用，所述粘膜疫苗如流感疫苗(例如来自medimmune的flumist或来自的印度血清研究所(seruminstituteofindia)的nasovac)、轮状病毒疫苗(例如来自merck的rotateq或来自glaxosmithkline的rotarix)、伤寒疫苗(例如来自crucell的vivotif，ty21a)、霍乱疫苗(例如来自crucell的orochol，来自shanthabiotechnics的shanchol)、旅行者腹泻疫苗(例如来自crucell的dukoral)，以及与如下的抗原一起施用：减毒活甲型流感病毒h1株，减毒活甲型流感病毒h3株，乙型流感病毒，减毒活h1n1流感病毒(猪流感)，减毒活轮状病毒，单价和多价脊髓灰质炎病毒，减毒活伤寒沙门氏菌，缺乏霍乱毒素亚基a的活重组霍乱弧菌，具有或不具有霍乱毒素亚基b的全灭活霍乱弧菌01经典和eltor生物型，癌抗原，癌表位，及其组合。
自身免疫疾病或过敏性疾病
在一个方面，本发明包括用于治疗受试者的疾病的组合物和方法。在本文提供的方法的一些实施方式中，受试者患有自身免疫疾病或过敏性疾病。
本发明的组合物和方法可用于预防或治疗自身免疫疾病和过敏性疾病。可以治疗的自身免疫疾病包括但不限于炎性肠病、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、多发性硬化或桥本氏病。可以治疗的过敏性疾病包括但不限于食物过敏、花粉症或哮喘。
可根据本文提供的方法和组合物治疗的自身免疫性疾病和过敏性疾病的其他实例包括但不限于器官移植中的排斥，例如炎性肠病(ibd)、溃疡性结肠炎、克罗恩病、口炎性腹泻、自身免疫性关节炎、类风湿关节炎、i型糖尿病、多发性硬化、骨髓移植后移植物抗宿主病、骨关节炎、青少年慢性关节炎、莱姆关节炎、银屑病关节炎、反应性关节炎、脊椎关节病、系统性红斑狼疮、胰岛素依赖型糖尿病、甲状腺炎、哮喘、牛皮癣、皮炎硬皮病、特应性皮炎、移植物抗宿主病、与器官移植相关的急性或慢性免疫疾病、结节病、动脉粥样硬化、弥散性血管内凝血、川崎病、格雷夫斯病、肾病综合征、慢性疲劳综合征、韦格纳肉芽肿病、亨-舍二氏紫癜(henoch-schoenlejnpurpurea)、肾脏显微血管炎、慢性活动性肝炎、葡萄膜炎、感染性休克、中毒性休克综合征、败血症综合征、恶病质、获得性免疫缺陷综合征、急性横贯性脊髓炎、亨廷顿氏舞蹈病、帕金森病、阿尔茨海默病、中风、原发性胆汁性肝硬化、溶血性贫血、多发性缺陷i型综合征和多发性缺乏ii型综合征、施密特综合征、成人(急性)呼吸窘迫综合征、脱发、斑秃、血清阴性、关节病、赖特尔(reiter)病、银屑病关节病、衣原体、耶尔森氏菌和沙门氏菌相关性关节病、脊柱炎、动脉粥样硬化疾病/动脉硬化、过敏性结肠炎、特应性过敏、食物过敏如花生过敏、树坚果过敏、鸡蛋过敏、牛奶过敏、大豆过敏、小麦过敏、海鲜过敏、贝类过敏或芝麻种子过敏、自身免疫性大疱性疾病、寻常型天疱疮、落叶型天疱疮、类天疱疮、线性iga病、自身免疫溶血性贫血病、库姆斯(coombs)阳性溶血性贫血、后天恶性贫血、青少年恶性贫血、肌痛性脑炎/皇家自由症、慢性粘膜皮肤念珠菌病、巨细胞动脉炎、原发性硬化性肝炎、隐源性自身免疫性肝炎、获得性免疫缺陷病综合征、获得性免疫缺陷相关疾病、丙型肝炎、常见的各种免疫缺陷(常见变异性低丙种球蛋白血症)、扩张性心肌病、纤维化肺病、隐源性纤维化肺泡炎、炎症性间质性肺炎、间质性肺炎、结缔组织病相关性间质性肺病、混合性结缔组织病相关肺病、系统性硬化症相关间质性肺病、类风湿性关节炎相关的间质性肺病、系统性红斑狼疮相关的肺病、皮肌炎/多发性肌炎相关的肺病、干燥综合征相关的肺病、强直性脊柱炎相关性肺病、血管扩散性肺病、含铁血黄素沉着病相关性肺病、药物诱导间质性肺病、放射性纤维化、闭塞性细支气管炎、慢性嗜酸性粒细胞性肺炎、淋巴细胞浸润性肺病、感染性间质性肺病、痛风性关节炎、自身免疫性肝炎、l型自身免疫性肝炎(经典自身免疫性或类狼疮性肝炎)、2型自身免疫性肝炎(抗lkm抗体肝炎)、自身免疫介导的低血糖、伴有黑棘皮病的b型胰岛素抗性、甲状旁腺功能减退症、与器官移植相关的急性免疫疾病、与器官移植相关的慢性免疫疾病、骨关节病、原发性硬化性胆管炎、特发性白细胞减少症、自身免疫性中性粒细胞减少症、肾病nos、肾小球肾炎、肾脏微小血管炎、盘状红斑狼疮、全身性红斑狼疮、男性不育特发性或nos、精子自身免疫、多发性硬化症(全部亚型)、胰岛素依赖型糖尿病、交感性眼炎、继发于结缔组织病的肺动脉高压、古巴士德式综合征、结节性多动脉炎的肺部表现、急性类风湿热、类风湿性脊椎炎、斯提耳氏病、系统性硬化症、高安氏病/动脉炎、自身免疫性血小板减少症、特发性血小板减少症、自身免疫性甲状腺疾病、甲状腺功能亢进症、甲状腺肿大自身免疫性甲状腺功能减退症(桥本氏病)、萎缩性自身免疫性甲状腺功能减退症、原发性粘液性水肿、晶状体源性葡萄膜炎、原发性血管炎、白癜风、过敏性鼻炎(花粉过敏)、过敏反应、宠物过敏、乳胶过敏、药物过敏、过敏鼻窦炎、嗜酸细胞食管炎、嗜酸性粒细胞增多综合征、嗜酸性粒细胞性胃肠炎皮肤红斑狼疮、嗜酸性粒细胞性食管炎、嗜酸性粒细胞增多症、嗜酸细胞性胃肠炎和腹泻。
在本文提供的方法和组合物的一些实施方式中，组合物还包含一种或多种抗炎剂。在本文提供的方法和组合物的一些实施方式中，抗炎剂是非甾体抗炎药(nsaid)。示例性nsaid包括但不限于阿司匹林、布洛芬、萘普生、塞来昔布、罗非考昔、双氯芬酸、二氟尼柳、依托度酸、非诺洛芬、氟比洛芬、酮洛芬、酮咯酸、甲芬那酸、美洛昔康、奈丁美酮、恶丙嗪、吡罗昔康、舒林酸、托美汀及它们的组合。在一些实施方式中，nsaid是免疫选择性抗炎衍生物(imsaid)。
疾病的治疗
在一个方面，本发明提供用于受试者疾病的治疗方法和组合物。在一个方面，并且不受限制，本文公开的组合物可以治疗疾病，因为它们的施用导致cd8+t细胞的增殖和/或积累的诱导。在一些实施方式中，本发明提供治疗受试者疾病的组合物和方法，该疾病可通过诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累来治疗。在一些实施方式中，可以通过诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累来治疗的疾病是癌症、传染病、自身免疫疾病或过敏性疾病。
在一个方面，本发明提供治疗受试者的疾病的方法，其包括以有效量向受试者施用本文提供的任何组合物以治疗该疾病。在本文提供的方法的一些实施方式中，向受试者施用组合物导致在受试者的肠中诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。在本文提供的方法的一些实施方式中，与组合物给药前受试者肠道中cd8+t细胞的增殖和/或积累相比，受试者肠中cd8+t细胞的增殖和/或积累增加至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少100％或至少200％。在本文提供的方法的一些实施方式中，当与组合物给药前受试者肠道中的ifnγ-γ产生相比时，向受试者施用组合物导致受试者肠道中ifnγ-γ产生增加。在本文提供的方法的一些实施方式中，与组合物给药前受试者肠道中ifnγ-γ产生相比，向受试者施用组合物导致受试者肠中ifnγ-γ产生增加至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少100％或至少200％。
本文所述的任何组合物可以治疗有效量或治疗有效量的剂量施用于受试者，以治疗或预防疾病(例如癌症或传染病)。术语“治疗”或“治疗”是指减少或减轻与疾病(例如，癌症或传染病)相关的一种或多种症状。术语“预防”或“预防”包括预防性施用并且可以降低疾病(例如，癌症或传染病)发生的发生率或可能性。例如，在一些实施方式中，施用本文提供的组合物产生健康的微生物组，其诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累，从而保护受试者免受癌症和/或传染病侵害。
如本文所用，“治疗有效量”的组合物，例如药物组合物，是在受试者中产生所需反应或结果的任何量，例如本文所述的那些，包括但不限于预防感染、免疫应答或增强的免疫应答和/或癌症治疗的增强。应当理解，术语有效量可以以待施用的细菌或cfu的数量表示。还应该理解，一旦施用，细菌可以繁殖。因此，甚至施用相对少量的细菌也可具有治疗效果。
在一些实施方式中，本文所述任何组合物的治疗有效量是足以治疗疾病的量，例如，提高受试者的存活，抑制感染和/或治疗癌症。
本文描述的任何方法可以用于治疗受试者的癌症。如本文所用，治疗癌症的方法涉及缓解或减轻与癌症相关的至少一种症状，或减缓或逆转癌症进展。治疗癌症的方法可以例如消除或减少受试者的肿瘤负荷，减少癌细胞的数量或复制，和/或预防、延迟或抑制转移。
本文还提供了用于治疗或预防受试者感染性疾病的方法。如本文所用，治疗传染病的方法可以包括缓解或减轻与感染相关的至少一种症状，或减缓或逆转感染的进展。治疗传染病的方法可以例如消除或减少感染性生物体(例如，细菌、病毒、真菌或寄生虫)的负荷，或抑制或减少感染的一种或多种症状。如本文所用，术语“预防”、“预防”和“预防”包括向受试者施用组合物以减少或延迟感染的临床或亚临床症状、并发症、病理或生化标记的表现的发作，或减少或抑制传染性生物体(例如，细菌、病毒、真菌或寄生虫)的传播/传输。
本发明的方面涉及通过施用治疗有效量的本文所述任何组合物治疗受试者的疾病或病症的方法。在一些实施方式中，受试者是哺乳动物受试者，例如人、非人灵长类动物、啮齿动物、兔、绵羊、猪、狗、猫、马或牛。在一些实施方式中，受试者是人受试者。
本文所述的组合物和方法可以与其他类型的疗法(例如另外的治疗剂)联合使用(即组合治疗)。另外的组合疗法的实例包括但不限于手术、放射、基因疗法和其他治疗剂的施用，例如化学治疗剂、抗生素、抗病毒剂、抗真菌剂、抗寄生虫剂、免疫调节剂、抗炎剂。通常，组合疗法可以与本文所述的组合物和方法同时或相继(以任何顺序)施用。在一些实施方式中，本文所述的任何组合物与一种或多种另外的治疗剂同时施用，例如以基本上同时施用的单剂量或多剂量。
在一些实施方式中，将本文所述的组合物与一种或多种另外的治疗剂同时施用于受试者。在一些实施方式中，将本文所述的组合物施用于受试者，然后施用一种或多种另外的治疗剂。在一些实施方式中，在施用一种或多种另外的治疗剂之前至少约1天、2天、3天、4天、5天、6天、1周、2周、3周、4周、5周、6周。，7周、8周、9周、10周、11周、12周、3个月、4个月、5个月、6个月或更长时间施用本文所述的任何组合物。或者，在一些实施方式中，向受试者施用一种或多种治疗剂，然后施用本文所述的任何组合物。在一些实施方式中，在施用本文所述的任何组合物之前至少约1天、2天、3天、4天、5天、6天、1周、2周、3周、4周、5周、6周、7周、8周、9周、10周、11周、12周、3个月、4个月、5个月、6个月或更长时间施用一种或多种治疗剂。
另外的方法
还在本发明范围内的是评估本文所述任何组合物的一种或多种细菌菌株是否存在于受试者肠中的方法。在一些实施方式中，如果在受试者的肠中检测到少于阈值数量的细菌菌株，则向受试者施用本文所述的任何组合物以增加受试者肠中细菌菌株的数量。在一些实施方式中，该方法还包括基于在肠中检测到的细菌菌株的数量将受试者鉴定为疾病治疗的候选者。
测量生物标志物组的水平也可用于评估和治疗疾病。
通常，肠的细菌群(例如，存在或不存在一种或多种细菌菌株)可以通过评估从受试者获得的样品，例如粪便样品来确定。
在本文提供的组合物的一些实施方式中，将组合物施用于受试者导致在受试者的肠中诱导cd8+t细胞的增殖和/或积累。在本文提供的组合物的一些实施方式中，将组合物施用于受试者导致受试者肠道中ifnγ-γ产生的增加。在本文提供的组合物的一些实施方式中，将组合物施用于受试者导致在受试者的肠中存在一种或多种施用的组合物的细菌菌株。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所施用的组合物的一种或多种细菌菌株先前未存在于受试者的肠中。在本文提供的组合物的一些实施方式中，将组合物施用于受试者导致施用的组合物的一种或多种细菌菌株植入受试者的肠中。在本文提供的组合物的一些实施方式中，所施用的组合物的一种或多种细菌菌株先前未植入受试者的肠中。在本文提供的组合物的一些实施方式中，向受试者施用组合物导致受试者肠道中施用的组合物的细菌菌株的数量增加。在本文提供的组合物的一些实施方式中，将组合物施用于受试者导致受试者肠道中施用的组合物的细菌菌株的植入数量增加。在本文提供的组合物的一些实施方式中，向受试者施用组合物导致受试者肠道中施用的组合物的细菌菌株的总细菌丰度增加。在本文提供的组合物的一些实施方式中，将组合物施用于受试者导致受试者肠道中施用的组合物的植入总细菌菌株增加。
在一个方面，本发明提供一种方法，其包括确定本文提供的任何组合物的一种或多种细菌物种是否存在于受试者的肠中，其中如果小于100％、小于90％、小于80％、小于70％、小于60％、小于50％、小于40％、小于30％、小于20％、小于10％细菌物种存在，或者不存在细菌物种，将组合物施用于受试者。
在本文提供的方法的一些实施方式中，受试者正在经历或将要经历癌症治疗。
在一个方面，本发明提供用于确定预计受试者是否对癌症治疗呈积极反应的方法，其中该方法包括确定本文提供的任何组合物的一种或多种细菌物种是否存在于受试者的肠中，其中如果小于100％、小于90％、小于80％、小于70％、小于60％、小于50％、小于40％、小于30％、小于20％、小于10％细菌物种存在或没有细菌物种存在，则预计受试者不会对癌症治疗产生积极反应。
在本文提供的方法的一些实施方式中，癌症治疗是癌症免疫疗法治疗。
在一个方面，本发明提供用于降低受试者中病毒感染风险的方法，其中所述方法包括确定本文提供的任何组合物中的一种或多种细菌物种是否存在于受试者的肠中，其中如果小于100％、小于90％、小于80％、小于70％、小于60％、小于50％、小于40％、小于30％、小于20％、小于10％细菌物种存在，或者不存在细菌物种，将组合物施用于受试者，从而降低受试者中病毒感染的风险。
在本文提供的方法的一些实施方式中，通过测定受试者的粪便物质来确定一种或多种细菌物种的存在。
药物组合物
在一个方面，本发明提供包含本文提供的细菌菌株和细菌菌株组合的药物组合物。在本文提供的组合物的一些实施方式中，组合物是药物组合物。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，药物组合物包含药学上可接受的赋形剂。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，配制药物组合物用于口服给药。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，配制药物组合物用于直肠给药。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，配制药物组合物用于递送至肠。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，配制药物组合物用于递送至结肠。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，冻干一种或多种细菌菌株。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，药物组合物是胶囊形式。在本文提供的药物组合物的一些实施方式中，药物组合物还包含ph敏感性组合物，其包含一种或多种肠溶聚合物。
本文所述的任何组合物，包括药物组合物和包含所述组合物的食品，可含有任何形式的细菌菌株，例如以含水形式，例如溶液或悬浮液，以半固体形式包埋，粉末状或冷冻干燥状。在一些实施方式中，冻干组合物或组合物的细菌菌株。在一些实施方式中，将组合物中的细菌菌株的子集冻干。冻干组合物的方法，特别是包含细菌的组合物，是本领域熟知的。参见，例如，us3,261,761、us4,205,132、pct公开wo2014/029578和wo2012/098358，其全部内容通过引用并入本文。细菌可以作为组合冻干，和/或细菌可以单独冻干并在给药前混合。细菌菌株可以在与其他细菌菌株组合之前与药物赋形剂组合，或者可以以冻干形式组合多种冻干细菌，并且一旦组合，细菌混合物随后可以与药物赋形剂组合。在一些实施方式中，细菌菌株是冻干饼。在一些实施方式中，包含一种或多种细菌菌株的组合物是冻干饼。
可以使用本领域熟知的发酵技术制备组合物的细菌菌株。在一些实施方式中，使用厌氧发酵罐制造活性成分，其可以支持厌氧细菌物种的快速生长。厌氧发酵罐可以是例如搅拌釜反应器或一次性波生物反应器。培养基，诸如bl培养基和eg培养基的，或缺乏动物成分的这些培养基的类似形式，可用于支持细菌物种的生长。细菌产物可以通过传统技术(例如离心和过滤)从发酵液中纯化和浓缩，并且可以任选地通过本领域熟知的技术干燥和冻干。
在一些实施方式中，可以配制细菌菌株的组合物用于作为药物组合物施用。如本文所用的术语“药物组合物”是指由至少一种活性成分(例如本文所述的任何两种或更多种纯化的细菌菌株)和一种或多种非活性成分(其可包括一种或多种药学上可接受的赋形剂)混合或组合而产生的产物。
“可接受的”赋形剂是指必须与活性成分相容并且对其施用的受试者无害的赋形剂。在一些实施方式中，基于组合物的预期给药途径选择药学上可接受的赋形剂，例如用于口服或鼻给药的组合物可包含与用于直肠给药的组合物不同的药学上可接受的赋形剂。赋形剂的实例包括无菌水、生理盐水、溶剂、基质材料、乳化剂、悬浮剂、表面活性剂、稳定剂、调味剂、芳香剂、赋形剂、载体、防腐剂、粘合剂、稀释剂、张力调节剂、软化剂、填充剂、崩解剂、缓冲剂、涂布剂、润滑剂、着色剂、甜味剂、增稠剂和增溶剂。
药物组合物可以按照本领域熟知和常规实施的方法制备(参见例如雷明顿(remington)：药学与实践“thescienceandpracticeofpharmacy”，麦克出版公司，第20版.2000)。本文所述的药物组合物可进一步包含冻干制剂或水溶液形式的任何载体或稳定剂。可接受的赋形剂、载体或稳定剂可包括，例如缓冲剂、抗氧化剂、防腐剂、聚合物、螯合剂和/或表面活性剂。药物组合物优选在gmp条件下制备。药物组合物可以口服、经鼻或肠胃外使用，例如，以胶囊、片剂、丸剂、小囊、液体、粉末、颗粒、细粒、薄膜包衣制剂、丸剂、锭剂、舌下制剂、咀嚼片、口腔制剂、糊剂、糖浆剂、悬浮液、酏剂、乳剂、搽剂、软膏、膏药、糊剂、透皮吸收系统、洗剂、吸入剂、气溶胶、注射剂、栓剂等。
在一些实施方式中，配制细菌用于递送至肠(例如，小肠和/或结肠)。在一些实施方式中，细菌用肠溶包衣配制，所述肠溶包衣增加细菌通过胃中恶劣环境的存活。肠溶包衣是抵抗胃液在胃中的作用的肠溶包衣，使得掺入其中的细菌将通过胃并进入到肠。肠溶包衣在与肠液接触时可以容易溶解，使得包裹在包衣中的细菌将在肠道中释放。肠溶包衣可以由本领域熟知的聚合物和共聚物组成，例如市售的eudragit(赢创工业)。(参见例如zhang,aapspharmscitech,2016,17(1),56-67)。
细菌也可配制成用于直肠递送至肠(例如结肠)。因此，在一些实施方式中，可以配制细菌组合物用于通过栓剂、结肠镜检查、内窥镜检查、乙状结肠镜检查或灌肠给药。药物制剂或制剂，特别是用于口服给药的药物制剂，可包括另外的组分，其能够将本发明的组合物有效递送至肠(例如结肠)。可以使用允许将组合物递送至肠(例如结肠)的多种药物制剂。其实例包括ph敏感性组合物，更具体地，缓冲小袋制剂或肠溶聚合物，其在肠溶聚合物通过胃后ph变为碱性时释放其内容物。当ph敏感性组合物用于配制药物制剂时，ph敏感性组合物优选是其组合物分解的ph阈值在约6.8和约7.5之间的聚合物。这样的数值范围是ph在胃的远端部分向碱性侧移动的范围，因此是用于向结肠递送的合适范围。还应该理解，肠的每个部分(例如，十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠)具有不同的生化和化学环境。例如，肠的部分具有不同的ph，允许通过具有特定ph敏感性的组合物进行靶向递送。因此，通过提供具有适当ph敏感性的制剂，可以配制本文提供的组合物以递送至肠或肠的特定部分(例如十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠)。(参见例如，villena等，intjpharm2015,487(1-2)：314-9)。
用于将组合物递送至肠(例如结肠)的药物制剂的另一个实施方式是通过将内容物(例如，细菌菌株)的释放延迟约3至5小时来确保递送至结肠，其对应于小肠传输时间。在用于延迟释放的药物制剂的一个实施方式中，使用水凝胶作为壳。水凝胶在与胃肠液接触时水合并溶胀，结果内容物被有效释放(主要在结肠中释放)。延迟释放剂量单位包括含药物的组合物，该组合物具有涂覆或选择性涂覆待施用的药物或活性成分的材料。这种选择性涂层材料的实例包括体内可降解聚合物、可逐渐水解的聚合物、逐渐水溶性聚合物和/或酶可降解聚合物。有效延迟释放的各种包衣材料是可购得的，包括，例如，纤维素基聚合物，如羟丙基纤维素，丙烯酸聚合物和共聚物，如甲基丙烯酸聚合物和共聚物，和乙烯基聚合物和共聚物，如聚乙烯吡咯烷酮。
允许递送至肠(例如，结肠)的药物组合物的其他实例包括特异性粘附于结肠粘膜的生物粘合剂组合物(例如，美国专利号6.368.586的说明书中描述的聚合物)和其中掺入蛋白酶抑制剂的组合物，特别保护胃肠道中的生物制药制剂免于由于蛋白酶的活性而分解。
能够递送至肠(例如，结肠)的系统的另一个实例是通过压力变化将组合物递送至结肠的系统，使得通过利用在胃的远端部分细菌发酵产生气体引起的压力变化释放内容物。这样的系统没有特别限制，其更具体的例子是具有分散在栓剂基质中的内容物并且包覆有疏水性聚合物(例如，乙基纤维素)的胶囊。
能够将组合物递送至肠(例如，结肠)的系统的另一个实例是包含包衣的组合物，该包衣可以通过肠(例如，结肠)中存在的酶除去，例如，碳水化合物水解酶或碳水化合物还原酶。这种系统没有特别限制，其更具体的实例包括使用食品组分如非淀粉多糖、直链淀粉、黄原胶和偶氮聚合物的系统。
本文提供的组合物还可通过口(例如鼻管)递送或通过手术递送至特定目标区域，例如肠。此外，本文提供的配制用于递送至特定区域(例如，盲肠或结肠)的组合物可以通过管给药(例如，直接进入小肠)。将诸如管的机械递送方法与诸如ph特异性包衣的化学递送方法组合，允许将本文提供的组合物递送至期望的目标区域(例如，盲肠或结肠)。
通过本领域技术人员已知的常规方法将包含细菌菌株的组合物配制成药学上可接受的剂型。调整剂量方案以提供最佳的所需反应(例如，预防或治疗效果)。在一些实施方式中，组合物的剂型是片剂、丸剂、胶囊剂、粉剂、颗粒剂、溶液剂或栓剂。在一些实施方式中，配制药物组合物用于口服给药。在一些实施方式中，配制药物组合物，使得组合物的细菌或其一部分在通过受试者的胃后保持存活。在一些实施方式中，将药物组合物配制用于直肠给药，例如，作为栓剂。在一些实施方式中，通过提供适当的包衣(例如，ph特异性包衣，可以被靶区域特异性酶降解的包衣或可与目标区域中存在的受体结合的包衣)，配制药物组合物用于递送至肠或肠的特定区域(例如，结肠)。
药物组合物中活性成分的剂量可以变化，以便针对特定受试者，组合物和给药方式获得有效实现所需药物反应而无毒性或对受试者没有不利影响的的活性成分的量。选择的剂量水平取决于多种因素，包括所用特定组合物的活性、给药途径、给药时间、治疗持续时间、与使用的特定组合物组合使用的其他药物、化合物和/或材料、受治疗者的年龄、性别、体重、病状、一般健康状况和既往病史，以及相似因素。
医生、兽医或其他受过训练的从业者可以以低于达到所需治疗效果所需的水平开始药物组合物的剂量，并逐渐增加剂量直至达到所需效果(例如，治疗致病性感染，减少致病性感染的细菌负担，减少或抑制毒素产生)。通常，本文公开的组合物的有效剂量，用于预防性治疗如本文所述的人群，根据许多不同因素而变化，包括给药途径、受试者的生理状态、受试者是人还是动物、其他施用药物，以及所需的治疗效果。需要滴定剂量以优化安全性和功效。在一些实施方式中，给药方案需要口服给予本文所述的任何组合物的剂量。在一些实施方式中，给药方案需要口服施用多剂量的本文所述的任何组合物。在一些实施方式中，组合物口服给予受试者一次、两次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次或至少10次。
组合物，包括本文公开的药物组合物，包括含有一系列活性成分(例如活细菌、孢子形式的细菌)的组合物。组合物中细菌的量可以表示为重量，细菌数和/或cfu(菌落形成单位)。在一些实施方式中，本文公开的药物组合物每剂量含有的组合物的每种细菌约10、约102、约103、约104、约105、约106、约107、约108、约109、约1010、约1011、约1012、约1013或更多。在一些实施方式中，本文公开的药物组合物每剂量含有的总细菌约10、约102、约103、约104、约105、约106、约107、约108、约109、约1010、约1011、约1012、约1013或更多。还应该理解，组合物的细菌可以以不同的量存在。因此，例如，作为非限制性实例，组合物可包含103个细菌a，104个细菌b和106个细菌c。在一些实施方式中，本文公开的药物组合物每剂量包含的组合物中每种细菌大约10、大约102、大约103、大约104、大约105、大约106、大约107、大约108、大约109、约1010、约1011、约1012、约1013或更多cfu。在一些实施方式中，本文公开的药物组合物，对于每剂量组合的所有细菌，总共含有约101、约102、约103、约104、约105、约106、约107。、约108、约109、约1010、约1011、约1012、约1013或更多cfu。如上所述，组合物的细菌可以以不同的量存在。在一些实施方式中，本文公开的药物组合物，每剂量含有组合物中每种细菌约10-7、约10-6、约10-5、约10-4、约10-3、约10-2、约10-1或更多克。在一些实施方式中，本文公开的药物组合物，对于组合的所有细菌每剂量总共含有约10-7、约10-6、约10-5、约10-4、约10-3、约10-2、约10-1或更多克。在一些实施方式中，剂量是一给药装置(例如，一片、药丸或胶囊)。在一些实施方式中，剂量是在特定时期(例如，一天或一周)施用的量。
在一些实施方式中，本文公开的药物组合物，每剂量包含10至1013、102至1013、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1013、108至1013、109至1013、1010至1013、1011至1013、1012至1013、10至1012、102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、10至1011、102至1011、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、10至1010、102至1010、103至1010、104和1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、10至109、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、10至108、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、10至107、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、10至106、102至106、103至106、104至106、105至106、10至105、102至105、103至105、104至105、10至104、102至104、103至104、10至103、102至103、或10至102个组合物的各细菌。在一些实施方式中，本文公开的药物组合物，每剂量包含10至1013、102至1013、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1013、108至1013、109至1013、1010至1013、1011至1013、1012至1013、10至1012、102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、10至1011、102至1011、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、10至1010、102至1010、103至1010、104和1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、10至109、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、10至108、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、10至107、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、10至106、102至106、103至106、104至106、105至106、10至105、102至105、103至105、104至105、10至104、102至104、103至104、10至103、102至103、或10至102个总细菌。
在一些实施方式中，本文公开的药物组合物，每剂量包含组合物的各细菌为10至1013、102至1013、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1013、108至1013、109至1013、1010至1013、1011至1013、1012至1013、10至1012、102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、10至1011、102至1011、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、10至1010、102至1010、103至1010、104和1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、10至109、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、10至108、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、10至107、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、10至106、102至106、103至106、104至106、105至106、10至105、102至105、103至105、104至105、10至104、102至104、103至104、10至103、102至103、或10至102cfu。在一些实施方式中，本文公开的药物组合物，每剂量包含10至1013、102至1013、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1013、108至1013、109至1013、1010至1013、1011至1013、1012至1013、10至1012、102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、10至1011、102至1011、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、10至1010、102至1010、103至1010、104和1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、10至109、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、10至108、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、10至107、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、10至106、102至106、103至106、104至106、105至106、10至105、102至105、103至105、104至105、10至104、102至104、103至104、10至103、102至103、或10至102总cfu。
在一些实施方式中，本文公开的药物组合物，每剂量包含10-7至10-1、10-6至10-1、10-5至10-1、10-4至10-1、10-3至10-1、10-2至10-1、10-7至10-2、10-6至10-2、10-5至10-2、10-4至10-2、10-3至10-2、10-7至10-3、10-6至10-3、10-5至10-3、10-4至10-3、10-7至10-4、10-6至10-4、10-5至10-4、10-7至10-5、10-6至10-5或10-7至10-6克组合物中每种细菌。在一些实施方式中、本文公开的药物组合物，每剂量包含10-7至10-1、10-6至10-1、10-5至10-1、10-4至10-1、10-3至10-1、10-2至10-1、10-7至10-2、10-6至10-2、10-5至10-2、10-4至10-2、10-3至10-2、10-7至10-3、10-6至10-3、10-5至10-3、10-4至10-3、10-7至10-4、10-6至10-4、10-5至10-4、10-7至10-5、10-6至10-5或10-7至10-6克组合的所有细菌。
在一个方面，本发明提供包含本文提供的任何组合物和营养物的食品产品。本发明的范围还包括包含本文所述的任何细菌菌株和营养物的食品产品。通常，食品用于人或动物的食用。本文描述的任何细菌菌株可以配制成食品产品。在一些实施方式中，将细菌菌株配制成孢子形式的食品产品。在一些实施方式中，将细菌菌株配制成营养体形式的食品产品。在一些实施方式中，食品产品包含孢子形式的细菌和营养细菌两者。本文公开的组合物可用于食品或饮料，例如保健食品或饮料，婴儿食品或饮料，孕妇、运动员、老年人或其他特定组群食品或饮料、功能性食品、饮料，特定健康用途的食品或饮料、膳食补充剂，患者或动物饲料食品或饮料。食品和饮料的非限制性实例包括各种饮料，例如果汁、提神饮料、茶饮料、饮料制剂、果冻饮料和功能性饮料；啤酒等酒精饮料；含碳水化合物的食物，如米食品产品、面条、面包和意大利面；糊状产品，如鱼火腿、香肠、海鲜糊制品；杀菌袋装食品，如咖喱，以稠淀粉调味汁烹制的食品，汤汁；乳制品，如牛奶，乳制品饮料，冰淇淋，奶酪和酸奶；发酵产品，如发酵豆酱，酸奶，发酵饮料和咸菜；豆制品；各种糖果产品，例如西式糖果产品，包括小面包，饼干等，日本糖果产品，包括蒸馒头包子，软小豆果冻等，糖果，口香糖，软糖，冷冻甜点，包括果冻，奶油焦糖和冷冻甜点；速食食品，如速食汤和速食大豆汤；微波食品等等。此外，实例还包括以粉末、颗粒、片剂、胶囊、液体、糊状物和果冻形式制备的健康食品和饮料。
含有本文所述细菌菌株的食品产品可以使用本领域已知的方法生产，并且可以含有与本文提供的药物组合物相同量(例如，按重量，量或cfu计)的细菌。在食品产品中选择适量的细菌可取决于各种因素，包括例如食品产品的份量、食品产品的消费频率、食品产品中包含的特定细菌菌株、食品产品中的水量，和/或食品产品中细菌存活的附加条件。
可配制成含有本文所述任何细菌菌株的食品产品的实例包括但不限于饮料、饮用物、棒、小吃、乳制品、糕点糖果产品、谷物产品、即食产品、营养配方，例如营养补充配方、食品或饮料添加剂。
在一些实施方式中，受试者在施用细菌组合物之前未接受一剂抗生素。在一些实施方式中，在施用本文提供的组合物之前至少1天、至少2天、至少3天、至少5天、至少10天、至少15天、至少20天、至少25天、至少30天、至少60天、至少90天、至少120天、至少180天或至少360天，所述受试者未施用抗生素。
在一些实施方式中，可以在细菌组合物之前或同时向受试者施用一剂或多剂抗生素。可以出于各种原因施用抗生素。例如，在施用本文提供的细菌组合物之前，可施用抗生素以从结肠和/或肠中除去细菌物种。在癌症治疗的情况下，还可以施用抗生素以抑制不需要的感染。在一些情况下，抗生素可以作为传染病的治疗方法施用。
在一些实施方式中，在细菌组合物之前向受试者施用单剂量的抗生素。在一些实施方式中，在细菌组合物之前向受试者施用多剂量的抗生素。在一些实施方式中，在细菌组合物之前向受试者施用至少2、3、4、5或更多剂量的抗生素。在一些实施方式中，在与细菌组合物基本相同的时间向受试者施用一剂抗生素。可以施用的抗生素的实例包括但不限于卡那霉素、庆大霉素、粘菌素、甲硝哒唑、万古霉素、克林霉素、非达霉素和头孢哌酮。
诊断和预后方法
本文还描述了用于确定受试者是否应该接受治疗的诊断方法(例如，伴随诊断)，例如本文所述的组合物和/或本文所述的任何免疫检查点抑制剂。此类方法可用于诊断疾病、监测疾病的进展、评估疾病治疗的效力、和/或鉴定适合于特定治疗的患者。
因此，本文描述的方法是基于从受试者获得的样品(例如，含有淋巴细胞的生物样品)中的标记物的水平。在一些实施方式中，所述方法涉及分析来自受试者的一种或多种样品中标志物的存在和/或水平。
在一些实施方式中，接着可以将从受试者获得的样品中的标志物的水平与参照样品或对照样品进行比较，以确定指示样品中标志物的量的值。在一些实施方式中，通过比较样品中标记物的水平与样品中另一种标记物(例如内部对照或内标)的水平来获得标记物的值。可以将标记的值与参考值进行比较，以确定受试者是否患有该疾病或者是否具有患疾病的风险。在一些实施方式中，将标志物的水平与标志物的预定阈值进行比较，其偏差可指示受试者患有疾病。在一些实施方式中，如果标志物的水平或值高于参考水平或值，则可以将受试者鉴定为患有疾病或具有患病风险，如本文所述。在一些实施方式中，如果标志物的水平或值低于参考水平或值，则可以将受试者鉴定为患有疾病或具有患病风险，如本文所述。
在一些实施方式中，将来自受试者的样品中的标志物的水平与获自相同受试者的另一样品中的标志物的水平进行比较，例如，在不同时间从受试者获得的样品。在一些实施方式中，将来自受试者的样品中的标志物水平与在较早时间从受试者获得的样品中的标志物水平进行比较，例如在施用本文所述的任何组合物之前。在一些实施方式中，将来自受试者的样品中的标志物水平与稍后从受试者获得的样品中的标志物水平进行比较，例如在施用本文所述的任何组合物后。
在一些实施方式中，如果与施用本文所述组合物之前获得的受试者样品中标记物的水平或值相比，样品中标记物的水平或值更高，则向受试者施用免疫检查点抑制剂和本文所述的组合物。在一些实施方式中，如果与施用本文所述组合物之前获得的受试者样品中标记物的水平或值相比，样品中标记物的水平或值更高，则受试者继续进行涉及施用免疫检查点抑制剂和本文所述的组合物的治疗。在一些实施方式中，与施用本文所述组合物之前样品中标记物的水平或值相比，样品中标记物的水平或值增强至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、110％、120％、130％、140％、150％、160％、170％、180％、190％或至少200％。
在一些实施方式中，如果与施用本文所述组合物之前获得的受试者的样品中的标记物的水平或值相比，样品中标记物的水平或值未增加(例如，等于或低于)，停止施用免疫检查点抑制剂和本文所述的组合物。在一些实施方式中，如果与施用本文所述组合物之前获得的受试者的样品中的标记物的水平或值相比，样品中标记物的水平或值未增加(例如，等于或低于)，在施用本文所述的组合物后再次分析免疫检查点抑制剂和本文所述组合物的施用。在一些实施方式中，与施用本文所述组合物之前样品中的标记物的水平或值相比，样品中标记物的水平或值降低至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、110％、120％、130％、140％、150％、160％、170％、180％、190％或至少200％。
在一些实施方式中，通过分析标志物的表达(例如，蛋白质或核酸水平)和/或表达标志物的细胞类型来确定标志物的水平。可以使用本领域已知的任何方法来分析标志物的表达和/或表达标志物的细胞类型。
本文还提供了基于从受试者获得的样品(例如，含有脾细胞的生物样品)中ifnγ产生水平或程度的方法。在一些实施方式中，所述方法涉及分析来自受试者的一种或多种样品中ifnγ产生的存在和/或水平。
在一些实施方式中，接着可以将获自受试者的样品中ifnγ产生的水平与参照样品或对照样品进行比较，以确定指示样品中ifnγ产生量的值。在一些实施方式中，通过比较样品中ifnγ产生水平与样品中另一分子(例如内部对照或内标)的水平来获得ifnγ产生的值。可以将ifnγ产生的值与参考值进行比较，以确定受试者是否患有该疾病或具有患该疾病的风险。在一些实施方式中，将ifnγ产生水平与ifnγ产生的预定阈值进行比较，其偏差可指示受试者患有疾病。在一些实施方式中，如果ifnγ产生的水平或值高于参考水平或值，则可以将受试者鉴定为患有疾病或具有患病风险，如本文所述。在一些实施方式中，如果ifnγ产生的水平或值低于参考水平或值，则可以将受试者鉴定为患有疾病或具有患病风险，如本文所述。
在一些实施方式中，将来自受试者的样品中ifnγ产生水平与获自相同受试者的另一样品中ifnγ产生水平进行比较，例如，在不同时间从受试者获得的样品。在一些实施方式中，将来自受试者的样品中ifnγ产生水平与在较早时间从受试者获得的样品中ifnγ产生水平进行比较，例如在施用本文所述任何组合物之前。在一些实施方式中，将来自受试者的样品中ifnγ产生水平与稍后从受试者获得的样品中ifnγ产生水平进行比较，例如在施用本文所述任何组合物后。
在一些实施方式中，如果与施用本文所述组合物之前获得的受试者样品中ifnγ产生的水平或值相比，样品中ifnγ产生的水平或值更高，则向受试者施用免疫检查点抑制剂和本文所述的组合物。
在一些实施方式中，如果与施用本文所述组合物之前获得的受试者样品中ifnγ产生的水平或值相比，样品中ifnγ产生的水平或值更高，则受试者继续涉及施用免疫检查点抑制剂和本文所述的组合物的治疗。在一些实施方式中，与施用本文所述组合物之前样品中ifnγ产生的值的水平相比，样品中ifnγ产生的水平或值增强至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、110％、120％、130％、140％、150％、160％、170％、180％、190％或至少200％。
在一些实施方式中，如果与施用本文所述组合物之前获得的受试者样品中ifnγ产生的水平或值相比，样品中ifnγ产生的水平或值没有增加(例如，等于或低于)，停止施用免疫检查点抑制剂和本文所述的组合物。在一些实施方式中，如果与施用本文所述组合物之前获得的受试者样品中ifnγ产生的水平或值相比，样品中ifnγ产生的水平或值没有增加(例如，等于或低于)，在施用本文所述的组合物后，再次分析免疫检查点抑制剂和本文所述组合物的施用。在一些实施方式中，与施用本文所述组合物之前样品中ifnγ产生的值的水平相比，样品中ifnγ产生的水平或值降低至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、110％、120％、130％、140％、150％、160％、170％、180％、190％或至少200％。
在一些实施方式中，通过分析ifnγ的表达(例如，蛋白质或核酸水平)和/或产生ifnγ的细胞类型来确定ifnγ产生的水平。本领域已知的任何方法可用于分析ifnγ的表达和/或鉴定产生ifnγ的细胞类型。
控制水平也可以是预定水平或阈值。这样的预定水平可以代表在未患有目标疾病或没有患目标疾病风险的受试者群体中标记物或ifnγ产生的水平。它还可以代表患有目标疾病的受试者群体中标志物或ifnγ产生的水平。
预定水平可以采用各种形式。例如，它可以是单一截止值，例如中值或平均值。在一些实施方式中，可以基于比较组建立这样的预定水平，例如已知一个确定的组患有目标疾病并且已知另一个确定的组不患有目标疾病。或者，预定水平可以是范围，例如，代表对照群体中代谢物水平的范围。
如本文所用，“升高的水平”或“增加的水平”意指标记物或ifnγ产生的水平高于参考值或另一样品中的水平，例如在施用本文所述的任何组合物之前从受试者获得的样品。标记物或ifnγ产生升高的水平包括高于参考值或高于来自受试者的另一样品中的水平例如1％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、300％、400％、500％或更高的标记物或ifnγ产生水平。在一些实施方式中，测试样品中标记物或ifnγ产生的水平高于参考样品中的水平或高于来自受试者的另一样品中的水平至少1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、7、8、9、10、50、100、150、200、300、400、500、1000、10000倍或更多。
如本文所用，“降低的水平”意指标记物或ifnγ产生的水平低于参考值或另一样品中的水平，例如在施用本文所述的任何组合物之前从受试者获得的样品。标记物或ifnγ产生降低的水平包括低于参考样品中标记物或ifnγ产生的水平或来自受试者的另一个样本中的水平例如1％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、300％、400％、500％或更低的标记物或ifnγ产生的水平。在一些实施方式中，测试样品中标记物或ifnγ产生的水平低于参考样品中标记物或ifnγ产生的水平或来自受试者的另一个样本中的水平至少1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、7、8、9、10、50、100、150、200、300、400、500、1000、10000倍或更多。
可以对本文所述方法中鉴定的受试者进行合适的治疗，例如用免疫检查点抑制剂和如本文所述的任何组合物的组合治疗。
鉴于标记物或ifnγ产生水平与这些疾病之间的相关性，本文所述的测定方法和试剂盒也可用于评估疾病治疗(例如本文所述的那些)的效力。例如，可以在治疗之前和之后或在治疗过程中从进行治疗的受试者收集多个生物样品。标记物或ifnγ产生的水平可以指示治疗是否有效。
如果确定受试者对治疗无反应，则向所鉴定的受试者施用更高剂量和/或剂量频率的组合物和/或免疫检查点抑制剂。在一些实施方式中，治疗剂的剂量或剂量频率在被鉴定为对治疗有反应或不需要进一步治疗的受试者中维持、降低或停止。或者，可以对发现对第一次治疗无反应的受试者进行不同的治疗。
在其他实施方式中，还可以依赖标志物或ifnγ产生的值来鉴定可以治疗的疾病，例如通过施用本文所述的组合物。
筛选方法
本文提供筛选来自细菌的生理活性物质或细菌以鉴定产生所需反应的细菌或其生理活性物质的方法。例如，在一些实施方式中，筛选方法用于鉴定源自细菌的生理活性物质或细菌，其诱导产生cd8+ifnγ的t细胞的活化。在一些实施方式中，筛选方法用于鉴定源自细菌的生理活性物质或细菌，其诱导产生cd8+ifnγ的t细胞的活化。在一些实施方式中，筛选方法用于鉴定作为免疫刺激剂的细菌或源自细菌的生理活性物质。
本文还提供了筛选测试物质以鉴定诱导活化的物质的方法，该物质诱导或恶化由产生cd8+ifnγ的t细胞引起的疾病。
通常，筛选方法可以在体外(例如，使用细胞)或体内(例如，使用非人动物模型)进行。在一些实施方式中，所述方法包括使细胞群(例如肠上皮细胞、外周血单核细胞)与测试物质(例如，细菌或其生理活性物质)接触并评估反应。在一些实施方式中，反应是所需细胞群(例如，cd8+ifnγt细胞)的数量和/或活性。
在一些实施方式中，所述方法包括用测试物质(例如，细菌或其生理活性物质)接种非人动物模型并评估反应。在一些实施方式中，非人动物模型摄取测试物质。在一些实施方式中，反应是所需细胞群(例如，cd8+ifnγt细胞)的数量和/或活性。在一些实施方式中，所述反应是疾病或其症状的改善，或疾病或其症状的诱导/恶化。
在一些实施方式中，可以将来自本文所述的任何筛选方法中鉴定的细菌和/或源自细菌的生理活性物质施用于受试者，例如用于治疗疾病。
试剂盒
本发明还提供了用于评估免疫系统活化的试剂盒，例如基于脾细胞中ifnγ产生的程度或水平，包括向受试者施用本文所述的任何组合物。在一些实施方式中，可以在施用本文所述的任何组合物之前、期间和/或之后从受试者获得样品。
在一些实施方式中，试剂盒含有一种或多种分子，用于检测和/或测量样品中ifnγ的产生量。在一些实施方式中，检测或测量ifnγ产生量的分子可包含一种或多种特异性结合ifnγ的结合剂。在一些实施方式中，结合剂是特异性结合ifnγ的抗体。在一些实施方式中，结合剂是报告系统的一部分，例如细胞上的受体，其结合ifnγ并诱导编码报道分子的基因的表达。在一些实施方式中，试剂盒还含有标准品或对照样品，可以将从受试者获得的样品中ifnγ的量与标准品或对照样品进行比较。
在一些实施方式中，试剂盒可以用于实施本文所述的任何伴随诊断方法。
在一些实施方式中，试剂盒包含一种或多种分子，用于检测和/或测量本文所述的任何一种细菌物种或其组分的量或存在。在一些实施方式中，检测或测量细菌菌株的量的分子可包含一种或多种特异性结合细菌菌株的结合剂。在一些实施方式中，结合剂特异性结合识别细菌物种的一种或多种细菌物种的特征。在一些实施方式中，结合剂是特异性结合本文所述的一种或多种细菌物种的核酸序列的核酸，例如特定的16srrna序列。在一些实施方式中，试剂盒还含有标准品或对照样品，可以将从受试者获得的样品与标准品或对照样品进行比较。
本发明还提供了用于确定治疗方法的试剂盒，例如肿瘤治疗，涉及在施用本文所述的任何组合物之前，期间和/或之后分析标记物(例如，cd44、cd8、ifnγ、gzmb、gp70mc38肽(kspwfttl；(seqidno：53))-特异性tcrβ或抗原衍生的配体特异性tcrβ)的表达。本文还提供了试剂盒，其包含用免疫检查点抑制剂(例如pd-1抑制剂)进行肿瘤治疗的伴随诊断。
在一些实施方式中，试剂盒包括一种或多种用于分析或监测标志物表达水平的组分，例如cd44、cd8、ifnγ、gzmb或肿瘤抗原衍生的配体特异性tcrβ。在一些实施方式中，通过检测标记物的存在，通过测量标记物的水平(量)和/或呈递标记物的特定细胞类型来分析标记物。在一些实施方式中，检测或测量标志物的量的分子可包含特异性结合标志物的一种或多种结合剂。在一些实施方式中，结合剂是特异性结合标记物的抗体。在一些实施方式中，结合剂是特异性结合标记物的mhc多聚体。
在一些实施方式中，通过检测编码标志物的核酸的存在，通过测量编码标志物的核酸的水平(量)和/或在其中表达编码标志物的核酸的特定细胞类型来分析标志物。在一些实施方式中，试剂盒包括用于从获自受试者的样品中分离核酸(例如rna)的一种或多种试剂。
在一些实施方式中，试剂盒还包含检测剂(例如，结合结合剂的抗体)，用于检测试剂与样品中靶标(例如，ifnγ，细菌物种)的结合。检测剂可以与标记物缀合。在一些实施方式中，检测剂是特异性结合至少一种结合剂的抗体。在一些实施方式中，结合剂包含可以被检测剂鉴定并直接或间接结合的标签。
在一些实施方式中，试剂盒可以进一步包括用于向受试者施用的一种或多种治疗剂和/或组合物。例如，在一些实施方式中，试剂盒可包括一种或多种免疫检查点抑制剂(例如，pd-1抑制剂、pd-l1抑制剂、ctla-4抑制剂)。在一些实施方式中，试剂盒可包括含有一种或多种本文所述细菌菌株的组合物。
在一些实施方式中，试剂盒可以用于筛选，例如产生cd8+ifnγ的t细胞的活化的细菌或源自细菌的物质。在一些实施方式中，试剂盒包括细胞，例如细胞系的细胞。在一些实施方式中，细胞是肠上皮细胞、外周血单核细胞。
在一些实施方式中，试剂盒或装置还包括支撑元件。在一些实施方式中，支撑元件是膜，例如硝酸纤维素膜，聚偏二氟乙烯(pvdf)膜或醋酸纤维素膜。在一些实施例中，免疫测定可以是蛋白质印迹测定形式或侧向流动测定形式。
在一些实施方式中，支撑元件是多孔板，例如elisa板。在一些实施方式中，本文描述的免疫测定可以在高通量平台上进行。在一些实施方式中，多孔板，例如24-、48-、96-、384-或更大孔板，可用于高通量检测测定。
在试剂盒或检测装置中，一种或多种结合剂可以固定在支撑元件上，支撑元件可以是膜、珠、载玻片或多孔板。用于免疫测定的合适支持构件的选择将取决于各种因素，例如样品的数量和检测从缀合至第二药剂的标记释放的信号的方法。
试剂盒还可包含一种或多种如本文所述的缓冲液，但不限于包衣缓冲液，封闭缓冲液，洗涤缓冲液和/或终止缓冲液。
在一些实施方式中，试剂盒可包含根据本文所述任何方法使用的说明书。与试剂盒的使用有关的说明书通常包括关于每种组分的量的信息和用于进行本文所述的测定方法的合适条件。试剂盒中的组分可以是单位剂量，散装包装(例如，多剂量包装)或亚单位剂量。本发明的试剂盒中提供的说明书通常是在标签或包装说明书(例如，包括在试剂盒中的纸张)上的书面说明，但机器可读指令(例如，磁性或光学存储盘上储存的说明书)是也可以接受。
标签或包装说明书表明该试剂盒用于评估免疫系统激活水平，选择治疗和/或诊断目的。可以提供用于实践本文描述的任何方法的说明。
本发明的试剂盒处于合适的包装中。合适的包装包括但不限于小瓶、瓶子、广口瓶、软包装(例如，密封的聚酯薄膜或塑料袋)等。
试剂盒可任选地提供额外的组分，例如解释性信息，例如对照和/或标准或参考样品。通常，该试剂盒包括容器和在容器上或与容器相关联的标签或包装插件。在一些实施方式中，本发明提供包含上述试剂盒的内容物的制品。
下表1提供了本文公开的实验组合物中使用的序列标识号(seqidno)。与指定菌株最接近的细菌物种由属物种呈现。还提供了与被鉴定为最接近的相关属种的每个属物种相关的16srdna序列。比对百分比表示具有来自最接近的属种的序列的指定菌株的序列与比对长度之间的同一性百分比。最接近的相关物种的genbank登录号在最后一栏中提供。
表1菌株及具有最高同源性的物种
下面提供本文所述的细菌菌株的16srdna或其部分的核酸序列：
seqidno：菌株12g5_粪考拉杆菌_ln998073
gacgaacgctggcggcgtgcctaacacatgcaagtcgaacggagaattttatttcggtagaattcttagtggcgaacgggtgagtaacgcgtaggcaacctaccctttagacggggacaacattccgaaaggagtgctaataccggatgtgatcatcttgccgcatggcaggatgaagaaagatggcctctacaagtaagctatcgctaaaggatgggcctgcgtctgattagctagttggtagtgtaacggactaccaaggcgatgatcagtagccggtctgagaggatgaacggccacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagcagtggggaatcttccgcaatggacgaaagtctgacggagcaacgccgcgtgagtgatgaaggatttcggtctgtaaagctctgttgtttatgacgaacgtgcagtgtgtgaacaatgcattgcaatgacggtagtaaacgaggaagccacggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtaggtggcgagcgttgtccggaattattgggcgtaaagagcatgtaggcggcttaataagtcgagcgtgaaaatgcggggctcaaccccgtatggcgctggaaactgttaggcttgagtgcaggagaggaaaggggaattcccagtgtagcggtgaaatgcgtagatattgggaggaacaccagtggcgaaggcgcctttctggactgtgtctgacgctgagatgcgaaagccagggtagcgaacgggattagataccccggtagtcctggccgtaaacgatgggtactaggtgtaggaggtatcgaccccttctgtgccggagttaacgcaataagtaccccgcctggggagtacggccgcaaggttgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggtggagtatgtggtttaattcgacgcaacgcgaagaaccttaccaaggcttgacattgattgaacgctctagagatagagatttcccttcggggacaagaaaacaggtggtgcatggctgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccctatcctatgttaccagcaagtaaagttggggactcatgggagactgccagggacaacctggaggaaggcggggatgacgtcaagtcatcatgccccttatgtcttgggctacacacgtactacaatggtcggaaacagagggaagcgaagccgcgaggcagagcaaaccccagaaacccgatctcagttcggatcgcaggctgcaacccgcctgcgtgaagtcggaatcgctagtaatcgcaggtcagcatactgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccacgaaagttggtaacacccgaagccggtgaggtaaccta
seqidno:2菌株21a6_溃疡梭杆菌_kr822463
gatgaacgctgacagaatgcttaacacatgcaagtctacttgatccttcgggtgaaggtggcggacgggtgagtaacgcgtaaagaacttgccttacagactgggacaacatttggaaacgaatgctaataccggatattatgattgggtcgcatgatctgattatgaaagctatatgcgctgtgagagagctttgcgtcccattagttagttggtgaggtaacggctcaccaagacgatgatgggtagccggcctgagagggtgaacggccacaaggggactgagacacggcccttactcctacgggaggcagcagtggggaatattggacaatggaccaaaagtctgatccagcaattctgtgtgcacgaagaagtttttcggaatgtaaagtgctttcagttgggaagaagtcagtgacggtaccaacagaagaagcgacggctaaatacgtgccagcagccgcggtaatacgtatgtcgcaagcgttatccggatttattgggcgtaaagcgcgtctaggcggcttagtaagtctgatgtgaaaatgcggggctcaaccccgtattgcgttggaaactgctaaactagagtactggagaggtaggcggaactacaagtgtagaggtgaaattcgtagatatttgtaggaatgccgatggggaagccagcctactggacagatactgacgctaaagcgcgaaagcgtgggtagcaaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatgattactaggtgttgggggtcgaacctcagcgcccaagctaacgcgataagtaatccgcctggggagtacgtacgcaagtatgaaactcaaaggaattgacggggacccgcacaagcggtggagcatgtggtttaattcgacgcaacgcgaggaaccttaccagcgtttgacatcccaagaagttaacagagatgttttcgtgcctcttcggaggaacttggtgacaggtggtgcatggctgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccctttcgtatgttaccatcattaagttggggactcatgcgagactgcctgcgatgagcaggaggaaggtggggatgacgtcaagtcatcatgccccttatacgctgggctacacacgtgctacaatgggtagtacagagagctgcaaacctgcgagggtaagctaatctcataaaactattcttagttcggattgtactctgcaactcgagtacatgaagttggaatcgctagtaatcgcaaatcagctatgttgcggtgaatacgttctcgggtcttgtacacaccgcccgtcacaccacgagagttggttgcacctgaagtaacaggcctaaccgtaa
seqidno:3菌株31b11_多利拟杆菌_cp011531
agtttgnnntatggctcaggatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatggtcttagcttgctaaggctgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgtctactcttggccagccttctgaaaggaagattaatccaggatgggatcatgagttcacatgtccgcatgattaaaggtattttccggtagacgatggggatgcgttccattagatagtaggcggggtaacggcccacctagtcaacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgatggcctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttataaaggaataaagtcgggtatgcatacccgtttgcatgtactttatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtagatggatgtttaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaattgcagttgatactggatgtcttgagtgcagttgaggcaggcggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagcctgctaagctgcaactgacattgaggctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacacggtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacggcaagcggccaagcgaaagcgttaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttaaattgcactcgaatgatccggaaacggttcagctagcaatagcgagtgtgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttgttgtcagttactaacaggtgatgctgaggactctgacaagactgccatcgtaagatgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttacaatggggggtacagagggccgctaccacgcgagtggatgccaatccctaaaacccctctcagttcggactggagtctgcaacccgactccacgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgggagccgggggtacctgaagtgcgtaaccgcgaggat
seqidno:4菌株42g1_单形拟杆菌_nr_112945
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatgaacttagcttgctaagtttgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgatgactcggggatagcctttcgaaagaaagattaatacccgatggcatagttcttccgcatggtagaactattaaagaatttcggtcatcgatggggatgcgttccattaggttgttggcggggtaacggcccaccaagccttcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgagagtctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttatacgggaataaagtgaggcacgtgtgcctttttgtatgtaccgtatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtaggcggacgcttaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaattgcagttgatactgggtgtcttgagtacagtagaggcaggcggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagcctgctggactgtaactgacgctgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacaccagtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagtaagcggccaagcgaaagcgttaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttgaattgcaactgaatgatgtggagacatgtcagccgcaaggcagttgtgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatcgatagttaccatcaggtgatgctggggactctgtcgagactgccgtcgtaagatgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttacaatggggggtacagaaggcagctacacggcgacgtgatgctaatcccgaaagcctctctcagttcggattggagtctgcaacccgactccatgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgaaagccgggggtacctgaagtgcgtaaccgcaaggag
seqidno:5菌株5
2b1_罕见小球菌属4_3_54a2faa_nz-acww00000000
gacgaacgctggcggcgcgcctaacacatgcaagtcgaacggagctgttttctctgaagttttcggatggaagagagttcagcttagtggcgaacgggtgagtaacacgtgagcaacctgcctttcagtgggggacaacatttggaaacgaatgctaataccgcataagaccacagtgtcgcatggcacaggggtcaaaggatttatccgctgaaagatgggctcgcgtccgattagctagatggtgaggtaacggcccaccatggcgacgatcggtagccggactgagaggttgaacggccacattgggactgagacacggcccagactcctacgggaggcagcagtggggaatattgcacaatgggggaaaccctgatgcagcgacgccgcgtggaggaagaaggtcttcggattgtaaactcctgtcccaggggacgataatgacggtaccctgggaggaagcaccggctaactacgtgccagcagccgcggtaaaacgtagggtgcaagcgttgtccggaattactgggtgtaaagggagcgcaggcggattggcaagttgggagtgaaatctatgggctcaacccataaattgctttcaaaactgtcagtcttgagtggtgtagaggtaggcggaattcccggtgtagcggtggaatgcgtagatatcgggaggaacaccagtggcgaaggcggcctactgggcactaactgacgctgaggctcgaaagcatgggtagcaaacaggattagataccctggtagtccatgccgtaaacgatgattactaggtgtgggaggattgaccccttccgtgccgcagttaacacaataagtaatccacctggggagtacgaccgcaaggttgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcagtggagtatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttaccaggtcttgacatcggatgcatacctaagagattagggaagtccttcgggacatccagacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccttatcgttagttactacgcaagaggactctagcgagactgccgttgacaaaacggaggaaggtggggatgacgtcaaatcatcatgccctttatgacctgggctacacacgtactacaatggctattaacagagagaagcgataccgcgaggtggagcaaacctcacaaaaatagtctcagttcggatcgcaggctgcaacccgcctgcgtgaagccggaattgctagtaatcgcggatcagcatgccgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgagagccggggggacccgaagtcggtagtctaaccgc
seqidno:6菌株62a6_帕拉普氏菌x_ab331897
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatgaacttagcttgctaagtttgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatccaacctgccctttacccggggatagccttctgaaaaggaagtttaatacccgatgaattcgtttagtcgcatggctngatgaataaagattaattggtaaaggatggggatgcgtcccattagcttgttggcggggtaacggcccaccaaggcgacgatgggtaggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgcgagcctgaaccagccaagtagcgtggaggacgacggccctacgggttgtaaactccttttataaggggataaagttggccatgtatggccatttgcaggtaccttatgaataagcatcggctaattccgtgccagcagccgcggtaatacggaagatgcgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtaggcgggctgtcaagtcagcggtcaaatggcgcggctcaaccgcgttccgccgttgaaactggcagccttgagtatgcacagggtacatggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaggaactccgatcgcgcaggcattgtaccggggcattactgacgctgaggctcgaaggtgcgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccgcacagtaaacgatgaatgcccgctgtcggcgacatagtgtcggcggccaagcgaaagcgttaagcattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttgaatcgcaggtgcatgggccggagacggccctttccttcgggactcctgcgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccccctccccagttgccaccgggtaatgccgggcactttggggacactgccaccgcaaggtgcgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggcgacacacgtgttacaatggggggtacagagggccgctgcccggtgacggttggccaatccctaaaacccctctcagttcggactggagtctgcaacccgactccacgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgaaagccgggggtgcctgaagtccgtnnccgcga
seqidno:7菌株72f11_约氏副拟杆菌_ab261128
gatgaacgctagcgacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatggtaagtagcaatacttattgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatgcaacttacctatcagagggggatagcccggcgaaagtcggattaatactccataaaacaggggttccgcatgggactatttgttaaagattcatcgctgatagataggcatgcgttccattaggcagttggcggggtaacggcccaccaaaccgacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggtactgagacacggaccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggccgagaggctgaaccagccaagtcgcgtgaaggatgaaggatctatggtttgtaaacttcttttataggggaataaagtgtgggacgtgttccattttgtatgtaccctatgaataagcatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatgcgagcgttatccggatttattgggtttaaagggtgcgtaggtggtaatttaagtcagcggtgaaagtttgtggctcaaccataaaattgccgttgaaactgggttacttgagtgtgtttgaggtaggcggaatgcgtggtgtagcggtgaaatgcatagatatcacgcagaactccaattgcgaaggcagcttactaaaccataactgacactgaagcacgaaagcgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacgcagtaaacgatgattactaggagtttgcgatacacagtaagctctacagcgaaagcgttaagtaatccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggtttgaacgtagtcagaccgaccttgaaagaggttttctagcaatagctgattacgaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatcactagttactaacaggttaagctgaggactctggtgagactgccagcgtaagctgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacatccggggcgacacacgtgttacaatggcatggacaaagggcagctacctggcgacaggatgctaatctctaaaccatgtctcagttcggatcggagtctgcaactcgactccgtgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgggagccgggggtacctgaagtccgtaaccgcaa
seqidno:8菌株81e7_别样杆菌属jc136_nz-caeg00000000
gatgaacgctagcggcaggcctaacacatgcaagtcgaggggcagcgggattgaagcttgcttcagttgccggcgaccggcgcacgggtgcgtaacgcgtatgcaacctacccataacagggggataacactgagaaatcggtactaatatcccataacatcaagaggggcatcccttttggttgaaaactccggtggttatggatgggcatgcgttgtattagctagttggtgaggtaacggctcaccaaggcgacgatacatagggggactgagaggttaaccccccacattggtactgagacacggaccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgcaagtctgaaccagccatgccgcgtgcaggatgacggctctatgagttgtaaactgcttttgtacgagggtaaacccggatacgtgtatccggctgaaagtatcgtacgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggattcaagcgttatccggatttattgggtttaaagggtgcgtaggcggtttgataagttagaggtgaaataccggtgcttaacaccggaactgcctctaatactgttgagctagagagtagttgcggtaggcggaatgtatggtgtagcggtgaaatgcttagagatcatacagaacaccgattgcngaaggcagcttaccaaactatatctgacgttngaggcacgaaagcgtgggggagcaaacaggattagataccctggtagtccacgcagtaaacgatgataactcgctgtcggcgatacacagtcggtggctaagcgaaagcgataagttatccacctggggagtacgttcgcaagaatgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttgaaagttactgacgattctggaaacaggatttcccttcggggcaggaaactaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcgggttaagtcccataacgagcgcaacccctaccgttagttgccatcaggtcaagctgggcactctggcgggactgccggtgtaagccgagaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttacaatggtaggtacagagggcagctacccagtgatgggatgcgaatctcgaaagcctatctcagttcggattggaggctgaaacccgcctccatgaagttggattcgctagtaatcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatggaagctgggggtgcctgaagttcgtgac
seqidno:9菌株91h9_戈登副拟杆菌_ab470343
gatgaacgctagcgacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcaggaagtagcaatactttgctggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatgcaacctacctatcagagggggataacccggcgaaagtcggactaataccgcataaaacaggggtcccgcatgggaatatttgttaaagatttattgctgatagatgggcatgcgttccattagatagttggtgaggtaacggctcaccaagtcttcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacactggtactgagacacggaccagactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgagagcctgaaccagccaagtcgcgtgaaggatgaaggatctatggttcgtaaacttcttttataggggaataaagtgcaggacgtgtcctgttttgtatgtaccctatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggtgcgtaggtggctttttaagtcagcggtgaaagtttgtggctcaaccataaaattgccgttgaaactggagggcttgagtatatttgaggtaggcggaatgcgtggtgtagcggtgaaatgcatagatatcacgcagaactccaattgcgaaggcagcttactaaactataactgacactgaagcacgaaagcgtggggatcaaacaggattagataccctggtagtccacgcagtaaacgatgattactaggagtttgcgatacacagtaagctctacagcgaaagcgttaagtaatccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggtttgaacgtaagttgaccggagtggaaacactctttctagcaatagcaatttacgaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatctttagttactaacaggtcgagctgaggactctaaagagactgccagcgtaagctgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacatccggggcgacacacgtgttacaatggtggggacaaagggcagctacctggcgacaggatgctaatctccaaaccccatctcagttcggatcgaagtctgcaacccgacttcgtgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgggagttgggggtacctaaagtccgtnaccgcaag
seqidno:10菌株101c1_粘液真杆菌_ab595134
gacgaacgctggcggtatgcttaacacatgcaagtcgaacgagaaggttttgatggatccttcgggtgacattagaactggaaagtggcgaacgggtgagtaacgcgtgggtaacctgccctatggaaaggaatagcctcgggaaactgggagtaaagccttatattatggttttgtcgcatggcaagatcatgaaaactccggtgccataggatggacccgcgtcccattagctagttggtgagataacagcccaccaaggcgacgatgggtaaccggtctgagagggcgaacggtcacactggaactgagacacggtccagactcctacgggaggcagcagtggggaatattgcgcaatgggggcaaccctgacgcagcaataccgcgtgagtgaagaaggttttcggatcgtaaagctctgttattggggaagaagaatgacggtacccaatgaggaagtcccggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtaggggacaagcgttgtccggaatgactgggcgtaaagggcgcgtaggcggtctattaagtctgatgtgaaaggtaccggctcaaccggtgaagtgcattggaaactggtagacttgagtattggagaggcaagtggaattcctagtgtagcggtgaaatgcgtagatattaggaggaacaccagtggcgaaggcggcttgctggacaaatactgacgctgaggtgcgaaagcgtggggagcgaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatgaatgctaggtgttggggaaactcagtgccgcagttaacacaataagcattccgcctggggagtacgaccgcaaggttgaaactcaaaggaattgacggggacccgcacaagcagcggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttaccaggtcttgacatcctctgacgagcctagagataggaagtttccttcgggaacagagagacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccctgcctttagttgccagcattaagttgggcactctagagggactgccgtagacaatacggaggaaggtggggacgacgtcaaatcatcatgccccttatgacctgggctacacacgtgctacaatggtctgaacagagggccgcgaagccgcgaggtgaagcaaatcccttaaaacagatcccagttcggattgcaggctgcaactcgcctgcatgaagttggagttgctagtaatcgcggatcagaatgccgcggtgaatgcgttcccgggtcttgtacacaccgcccgtcacaccacgagagttggcaacacccgaagcctgtgagagaaccgtaaggactcagcagt
seqidno:11菌株112g9_狄式副拟杆菌_he974920
gatgaacgctagcgacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcacaggtagcaataccgggtggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatgcaacttgcctatcagagggggataacccggcgaaagtcggactaataccgcatgaagcaggggccccgcatggggatatttgctaaagattcatcgctgatagataggcatgcgttccattaggcagttggcggggtaacggcccaccaaaccgacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggtactgagacacggaccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggccgagaggctgaaccagccaagtcgcgtgagggatgaaggttctatggatcgtaaacctcttttataagggaataaagtgcgggacgtgtcccgttttgtatgtaccttatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggtgcgtaggcggccttttaagtcagcggtgaaagtctgtggctcaaccatagaattgccgttgaaactggggggcttgagtatgtttgaggcaggcggaatgcgtggtgtagcggtgaaatgcatagatatcacgcagaaccccgattgcgaaggcagcctgccaagccattactgacgctgatgcacgaaagcgtggggatcaaacaggattagataccctggtagtccacgcagtaaacgatgatcactagctgtttgcgatacactgtaagcggcacagcgaaagcgttaagtgatccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggtttgaacgcattcggaccgaggtggaaacaccttttctagcaatagccgtttgcgaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttgccactagttactaacaggtaaagctgaggactctggtgggactgccagcgtaagctgcgaggaaggcggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacatccggggcgacacacgtgttacaatggcgtggacaaagggaagccacctggcgacagggagcgaatccccaaaccacgtctcagttcggatcggagtctgcaacccgactccgtgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgggagccnggggtacctgaagtccgtaaccgcga
seqidno:12菌株122b7_解纤维素拟杆菌_nr_112933
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatgacctagcaataggttgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctaccggttattccgggatagcctttcgaaagaaagattaataccggatagtataacgagaaggcatctttttgttattaaagaatttcgataaccgatggggatgcgttccattagtttgttggcggggtaacggcccaccaagacatcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgagagtctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttatatgggaataaagtgagccacgtgtggctttttgtatgtaccatacgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtaggcggactattaagtcagctgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaattgcagttgatactggtcgtcttgagtgcagtagaggtaggcggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagcttactggactgtaactgacgctgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacacagtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagcaagcggccaagcgaaagcattaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttaaattgcatctgaataatttggaaacagattagccgtaaggcagatgtgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatctttagttactaacaggtcatgctgaggactctagagagactgccgtcgtaagatgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttacaatggggggtacagaaggcagctacacagcgatgtgatgctaatcccaaaagcctctctcagttcggattggagtctgcaacccgactccatgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgaaagccgggggtacctgaagtccgtaac
seqidno:13菌株132c1_克拉氏拟杆菌_ab490801
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcggggttgaagcttgcttcaaccgccggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgataactccgggatagcctttcgaaagaaagattaataccggatggcatagttttcccgcatggaataactattaaagaatttcggttatcgatggggatgcgttccattaggcagttggcggggtaacggcccaccaaaccgacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgagagtctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttatacgggaataaagttggccacgtgtggttttttgcatgtaccgtatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtaggcggggtattaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaattgcagttgatactggtatccttgagtgcagcagaggtgggcggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagctcactggagtgtaactgacgctgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacacagtaaacgatgaatactcgctgttggcgatacaatgtcagcggccaagcgaaagcattaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttgaattgcaactgactgagctggaaacagttctttcttcggacagttgtgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatctatagttaccatcaggtcatgctggggactctatggagactgccgtcgtaagatgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttacaatggggggtacagaaggcagctacacggcgacgtgatgctaatcccaaaaacctctctcagttcggattggagtctgcaacccgactccatgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgaaagccgggggtacctgaagtacgtaaccgcaa
seqidno:14菌株141b4_厌氧棒状菌属3_2_56faa_nz-acwb00000000
gatgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgaacgaagcatttaggattgaagttttcggatggatttcctatatgactgagtggcggacgggtgagtaacgcgtggggaacctgccctatacagggggataacagctggaaacggctgctaataccgcataagcgcacagaatcgcatgattcagtgtgaaaagccctggcagtataggatggtcccgcgtctgattagctggttggtgaggtaacggctcaccaaggcgacgatcagtagccggcttgagagagtgaacggccacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagcagtggggaatattgcacaatgggggaaaccctgatgcagcgacgccgcgtgagtgaagaagtatttcggtatgtaaagctctatcagcagggaagaaaacagacggtacctgactaagaagccccggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtagggggcaagcgttatccggaattactgggtgtaaagggtgcgtaggtggcatggtaagtcagaagtgaaagcccggggcttaaccccgggactgcttttgaaactgtcatgctggagtgcaggagaggtaagcggaattcctagtgtagcggtgaaatgcgtagatattaggaggaacaccagtggcgaaggcggcttactggactgtcactgacactgatgcacgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatgaatactaggtgtcggggccgtagaggcttcggtgccgcagcaaacgcagtaagtattccacctggggagtacgttcgcaagaatgaaactcaaagganttgacggggaccgcnnnagcggtggagcatgtggttaattcgaagcacgcgaag
seqidno:15菌株152a3_赛尔氏拟杆菌_ay608696
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcatcagggtgtagcaatacaccgctggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccctttactcggggatagcctttcgaaagaaagattaatacccgatggtataacatgacctcctggttttgttattaaagaatttcggtagaggatggggatgcgttccattaggcagttggcggggtaacggcccaccaaaccttcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgagagcctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgaccgccctatgggttgtaaacttcttttatatgggaataaagtctgccacgtgtggcattttgtatgtaccatatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtaggtggacatgtaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaattgcagttgaaactgcgtgtcttgagtacagtagaggtgggcggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagctcactggactgcaactgacactgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacacagtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagtaagcggccaagcgaaagcattaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttaaattgcaaatgaatatgccggaaacggcatagccgcaaggcatttgtgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatcttcagttactaacaggtcatgctgaggactctggagagactgccgtcgtaagatgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttacaatggggggtacagaaggccgctacacagcgatgtgatgccaatccctaaagcccctctcagttcggatcgaagtctgcaacccgacttcgtgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgggagccgggggtacctgaagtacgtaac
seqidno:16菌株162a12_脆弱拟杆菌_cr626927
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcatcaggaagaaagcttgctttctttgctggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccctttactcggggatagcctttcgaaagaaagattaatacccgatagcataatgattccgcatggtttcattattaaaggattccggtaaaggatggggatgcgttccattaggttgttggtgaggtaacggctcaccaagccttcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgctagcctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgaaggctctatgggtcgtaaacttcttttatataagaataaagtgcagtatgtatactgttttgtatgtattatatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtaggtggactggtaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaattgcagttgatactgtcagtcttgagtacagtagaggtgggcggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagctcactggactgcaactgacactgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacacagtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagtaagcggccaagcgaaagcattaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttaaattgcagtggaatgatgtggaaacatgtcagtgagcaatcaccgctgtgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatctttagttactaacaggttatgctgaggactctagagagactgccgtcgtaagatgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttacaatggggggtacagaaggcagctaacgggtgaccgtatgctaatcccaaaagcctctctcagttcggatcgaagtctgcaacccgacttcgtgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgggagccgggggtacctgaagtacgtaaccgcaa
seqidno:17菌株171a2_单形拟杆菌_ab247141
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcatcaggaagaaagcttgctttctttgctggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgatgactcggggatagcctttcgaaagaaagattaatacccgatggtatatctgaaaggcatctttcagctattaaagaatttcggtcattgatggggatgcgttccattaggttgttggcggggtaacggcccaccaagccatcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgagagtctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttatacgggaataaagttaggcacgtgtgcctttttgtatgtaccgtatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtaggcggatgcttaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaattgcagttgatactgggtgtcttgagtacagtagaggcaggcggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagcttgctggactgtaactgacgctgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacacagtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagtaagcggccaagcgaaagcgttaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttaaattgcaaatgaatgttctggaaacagatcagccgcaaggcatttgtgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatcgatagttaccatcaggttatgctggggactctgtcgagactgccgtcgtaagatgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttacaatggggggtacagaaggcagctacacggcgacgtgatgctaatccctaaaacctctctcagttcggattggagtctgcaacccgactccatgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgaaagccgggggtacctgaagtgcgt
seqidno:18菌株182b11_埃氏拟杆菌_nr_112935
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatgattgaagcttgcttcaatcgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgataactcggggatagcctttcgaaagaaagattaatacccgatagcatagtatttccgcatggtttcactattaaagaatttcggttatcgatggggatgcgttccnttagatagttggcggggtaacggcccaccaagtcaacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgagagtctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttatacgggaataaagtggagtatgcatactcctttgtatgtaccgtatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtaggcgggtgcttaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaattgcagttgatactgggcgccttgagtgcagcataggtaggcggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagcttactggactgtaactgacgctgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacacagtaaacgatgaatactcgctgttggcgatacacagtcagcggccaagcgaaagcattaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttaaattgcagcggaatgtagtggaaacattacagccttcgggccgctgtgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatctatagttactatcaggtcatgctgaggactctatggagactgccgtcgtaagatgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttacaatggggggtacagaaggcagctacctggcgacaggatgctaatccctaaaacctctctcagttcggattggagtctgcaacccgactccatgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgaaagccgggggtacctgaagtacgtaaccgcaaggagc
seqidno:19菌株192d2_梭菌属tm-40_ab249652
gatgaacgctggcggcgtgcctaatacatgcaagtcggacgcaatgcttcggcattgagtggcgaacgggtgagtaatacataagcaacctgcccctgtgagggggataactgctggaaacggcagctaagaccgcatatgcatacatgacgcatgtcgagtatgttaaatatcccacgggatagcacagggatgggcttatgacgcattagctagctggtgaggtagaggctcaccagggcgacgatgcgtagccggcctgagagggtggacggccacactgggactgagacacggcccagactcctacgggaggcagcagtagggaattttcggcaatgggcgaaagcctgaccgagcaacgccgcgtgaaggaagaagtcattcgtgatgtaaacttctgttataaaggaagaacggcgcctgtagggaatgacaggcgagtgacggtactttatgaggaagccacggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtaggtggcgagcgttatccggaatcattgggcgtaaagagggagcaggcggcagtgcaggtctgcggtgaaagcccgaagctaaacttcggtaagccgtggaaaccgcacagctagagagcatcagaggatcgcggaattccatgtgtagcggtgaaatgcgtagatatatggaggaacaccagtggcgaaggcggcggtctggggtgcagctgacgctcagtcccgaaagcgtggggagcaaataggattagataccctagtagtccacgccgtaaacgatgagtgctaagtgttgggggtcagacctcagtgctgcagttaacgcaataagcactccgcctgagtagtacgttcgcaagaatgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggtggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttaccaggtcttgacatggagataaaggctctggagacagagagataggtatatctcacacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccctgttgccagttgccagcattaggttggggactctggcgagactgcctctgcaaggaggaggaaggcggggatgacgtcaaatcatcatgccccttatgacctgggctacacacgtgctacaatggacggatcagagggaggcgaagccgcgaggtggagcgaaacccagaaacccgttcacagttcggactgcagtctgcaactcgactgcacgaagctggaatcgctagtaatcgcgaatcagcatgtcgcggtgaatacgttctcgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgagagttggtaacacccgaagccggtggcccaaccgcaa
seqidno:20菌株202e8_戈氏副拟杆菌_nr_113076
gatgaacgctagcgacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcacgatgtagcaatacattggtggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatgcaacctacctatcagaggggaataacccggcgaaagtcggactaataccgcataaaacaggggttccacatggaaatatttgttaaagaattatcgctgatagatgggcatgcgttccattagatagttggtgaggtaacggctcaccaagtccacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacactggtactgagacacggaccagactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgagagcctgaaccagccaagtcgcgtgaaggatgaaggatctatggtttgtaaacttcttttatatgggaataaagtgaggaacgtgttcctttttgtatgtaccatatgaataagcatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatgcgagcgttatccggatttattgggtttaaagggtgcgtaggtggttaattaagtcagcggtgaaagtttgtggctcaaccataaaattgccgttgaaactggttgacttgagtatatttgaggtaggcggaatgcgtggtgtagcggtgaaatgcatagatatcacgcagaactccgattgcgaaggcagcttactaaactataactgacactgaagcacgaaagcgtggggatcaaacaggattagataccctggtagtccacgcagtaaacgatgattactagctgtttgcgatacacagtaagcggcacagcgaaagcgttaagtaatccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggtttgaacgcatattgacagctctggaaacagagtctctagtaatagcaatttgcgaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatcactagttactaacaggtcatgctgaggactctagtgagactgccagcgtaagctgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacatccggggcgacacacgtgttacaatggtggggacaaagggcagctaccgtgtgagcggatgcaaatctccaaaccccatctcagttcggatcgaagtctgcaacccgacttcgtgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgggagttgggggtacctaaagtccgtaaccgc
seqidno:21菌株211h8_拟杆菌属ar29_af139525
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatttcagtttgcttgcaaactggagatggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgataactcggggatagcctttcgaaagaaagattaatacccgatggtataatnagaccgcatggtcttgttattaaagaatttcggttatcgatggggatgcgttccattaggcagttggtgaggtaacggctcaccaaaccttcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgcaggcctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttatatgggaataaagttttccacgtgtggaattttgtatgtaccatatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtaggtggacagttaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaattgcagttgatactggctgtcttgagtacagtagaggtgggcggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagctcactggactgcaactgacactgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacacagtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagtaagcggccaagcgaaagcattaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttaaattgcatttgaatatattggaaacagtatagccgtaaggcaaatgtgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatctttagttactaacaggtcatgctgaggactctagagagactgccgtcgtaagatgtga
seqidno:22菌株22>3f2-premix.fasta
nnnnnnnnntgcagtcgaacgaagcgatttgaatgaagttttcggatggatttcaanttgactgagtggcggacgggtgagtaacgcgtgggtaacctgccccatacagggggataacagttagaaatgactgctaataccgcataagaccacagnnccgcatggtgcaggggtaaaaactccggtggtatgggatggacccgcgtctgattagcttgttggcggggtaacggcccaccaaggcgacgatcagtagccgacctgagagggtgaccggccacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagcagtggggaatattgcacaatgggggaaaccctgatgcagcgacgccgcgtgagtgatgaagtatttcggtatgtaaagctctatcagcagggaagaaaatgacggtacctgactaagaagccccggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtagggggcaagcgttatccggatttactgggtgtaaagggagcgtagacggctgtgcaagtctggagtgaaagcccggggctcaaccccgggactgctttggaaactgtacggctggagtgctggagaggcaagcggaattcctagtgtagcggtgaaatgcgtagatattaggaggaacaccagtggcgaaggcggcttgctggacagtaactgacgttgaggctcgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatgaatgctaggtgtcggggagcaaagctcttcggtgccgccgcaaacgcaataagcattccacctggggagtacgttcgcaagaatgaaactcaaagganttgacggggaccgcacannggtggagcatgtggttattcgagcacgcgaaancttaccagtcttgnnncccctgangnnnngtatgtcgctnctnngnnnnggn
seqidno:23菌株23>1g1_3-premix.fasta
agtttgattatggctcaggatgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcgaagcggtttcaatgaagttttcggatggatttgaaattgacttagcggcggacgggtgagtaacgcgtgggtaacctgccttacactgggggataacagttagaaatgactgctaataccgcataagcgcacagggccgcatggtccggtgtgaaaaactccggtggtgtaagatggacccgcgtctgattaggtagttggcggggtaacggcccaccaagccgacgatcagtagccgacctgagagggtgaccggccacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagcagtggggaatattggacaatgggcgaaagcctgatccagcgacgccgcgtgagtgaagaagtatttcggtatgtaaagctctatcagcagggaagaaaatgacggtacctgactaagaagccccggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtagggggcaagcgttatccggatttactgggtgtaaagggagcgtagacggtttagcaagtctgaagtgaaagcccggggctcaaccccggtactgctttggaaactgttagacttgagtgcaggagaggtaagtggaattcctagtgtagcggtgaaatgcgtagatattaggaggaacaccagtggcgaaggcggcttactggactgtaactgacgttgaggctcgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatgaatactaggtgtcggggggcaaagcccttcggtgccgccgcaaacgcaataagtattccacctggggagtacgttcgcaagaatgaaactcaaaggaattgacggggacccgcacaagcggtggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttaccaagtcttgacatcccactgaaaacactttaaccggtgtccctcttcggagcagtggagacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccttatccttagtagccagcgagtagagtcgggcactctggggagactgccagggataacctggaggaaggtggggatgacgtcaaatcatcatgccccttatgatttgggctacacacgtgctacaatggcgtaaacaaagggaggcaaaggagcgatctggagcaaaccccaaaaataacgtctcagttcggattgcaggctgcaactcgcctgcatgaagctggaatcgctagtaatcgcgaatcagaatgtcgcggtgaatacgttcccgggtcttgtacacaccgcccgtcacaccatgggagttggtaacgcccgaagtcagtgacccaaccgcaaggaggnagctgccgaannnnnnn
seqidno:24菌株24>1e6_27fmod-premix_长度_957
agtttgnnnnngctcaggatgaacgctggcggcgtgcctaacacatgcaagtcgaacgaagcatttcagatgaagttttcggatggattctgagatgactgagtggcggacgggtgagtaacacgtggataacctgcctcacactgggggacaacagttagaaatgactgctaataccgcataagcgcacagtaccgcatggtacagtgtgaaaaactccggtggtgtgagatggatccgcgtctgattagccagttggcggggtaacggcccaccaaagcgacgatcagtagccgacctgagagggtgaccggccacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagcagtggggaatattgcacaatgggcgaaagcctgatgcagcgacgccgcgtgagtgaagaagtatttcggtatgtaaagctctatcagcagggaagataatgacggtacctgactaagaagccccggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtagggggcaagcgttatccggatttactgggtgtaaagggagcgtagacggcatggcaagtctgaagtgaaaacccagggctcaaccctgggactgctttggaaactgtcaagctagagtgcaggagaggtaagtggaattcctagtgtagcggtgaaatgcgtagatattaggaggaacaccagtggcgaaggcggcttactggactgtaactgacgttgaggctcgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatgagtgctaggtgttggggggcaaagcccttcggtgccgtcgcaaacgcaataagcactccacctggggagtacgttcgcaagaatgaaactcaaaggaattgacggggacccgcacaagcggtggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttaccaagtcttgacatcctcttgaccggcgtgtaacggcgcctttccttcgggacaagagagacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccttatccttagtagccagcattaagatgggcactctagggagactgccagggacaacctggaggaaggtggggatgacgtcaaatcatcatgccccttatgatttgggctacacacgtgctacaatggcgtaaacaaagggaagcgaccctgcgaaggtgagcaaatctcaaaaataacgtcccagttcggactgtagtctgcaacccgactacacgaagcnngaatcgctagtaatcgcgaatcagaatgtcgcggtgaatacgntcccgggtcttgtacacaccgcccgtcacaccatgggagtcagcaacgnccgaagtcagtgacccaaccgaaaggagggagntgcngaagnngnnnnn
seqidno:25菌株25>1f3_27fmod-premix.fasta
agtttgannttggctcaggatgaacgctggcggcgtgcctaacacatgcaagtcgagcgaagcgctgttttcagaatcttcggaggaagaggacagtgactgagcggcggacgggtgagtaacgcgtgggcaacctgcctcatacagggggataacagttagaaatgactgctaataccgcataagcgcacaggaccgcatggtgtagtgtgaaaaactccggtggtatgagatggacccgcgtctgattaggtagttggtggggtaaaggcctaccaagccgacgatcagtagccgacctgagagggtgaccggccacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagcagtggggaatattgcacaatgggggaaaccctgatgcagcgacgccgcgtgaaggaagaagtatttcggtatgtaaacttctatcagcagggaagaagatgacggtacctgagtaagaagcaccggctaaatacgtgccagcagccgcggtaatacgtatggtgcaagcgttatccggatttactgggtgtaaagggagcgtagacggataggcaagtctggagtgaaaacccagggctcaactctgggactgctttggaaactgcagatctggagtgccggagaggtaagcggaattcctagtgtagcggtgaaatgcgtagatattaggaggaacaccagtggcgaaggcggcttactggacggtgactgacgttgaggctcgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatgactactaggtgtcggtgtgcaaagcacatcggtgccgcagcaaacgcaataagtagtccacctggggagtacgttcgcaagaatgaaactcaaaggaattgacggggacccgcacaagcggtggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttacctggtcttgacatccggatgacgggcgagtaatgtcgccgtcccttcggggcatccgagacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccttatcttcagtagccagcatataaggtgggcactctggagagactgccagggagaacctggaggaaggtggggatgacgtcaaatcatcatgccccttatggccagggctacacacgtgctacaatggcgtaaacaaagggaagcgagagggtgacctgaagcgaatcccaaaaataacgtctcagttcggattgtagtctgcaactcgactacatgaagctggaatcgctagtaatcgcggatcagcatgccgcggtgaatacgttcccgggtcttgtacacaccgcccgtcacaccatgggagtcagtaacgcccgaagccantgacccaaccttagaggagggagnnnnnnnnnnnnn
seqidno:26菌株261a1_27fmod-premix_长度_998
agtttgattatggctcaggatgaacgctggcggcatgcctaatacatgcaagtcgaacgaagtttcgaggaagcttgcttccaaagagacttagtggcgaacgggtgagtaacacgtaggtaacctgcccatgtgtccgggataactgctggaaacggtagctaaaaccggataggtatacagagcgcatgctcagtatattaaagcgcccatcaaggcgtgaacatggatggacctgcggcgcattagctagttggtgaggtaacggcccaccaaggcgatgatgcgtagccggcctgagagggtaaacggccacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagcagtagggaattttcgtcaatgggggaaaccctgaacgagcaatgccgcgtgagtgaagaaggtcttcggatcgtaaagctctgttgtaagtgaagaacggctcatagaggaaatgctatgggagtgacggtagcttaccagaaagccacggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtaggtggcaagcgttatccggaatcattgggcgtaaagggtgcgtaggtggcgtactaagtctgtagtaaaaggcaatggctcaaccattgtaagctatggaaactggtatgctggagtgcagaagagggcgatggaattccatgtgtagcggtaaaatgcgtagatatatggaggaacaccagtggcgaaggcggtcgcctggtctgtaactgacactgaggcacgaaagcgtggggagcaaataggattagataccctagtagtccacgccgtaaacgatgagaactaagtgttggaggaattcagtgctgcagttaacgcaataagttctccgcctggggagtatgcacgcaagtgtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggtggagtatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttaccaggccttgacatggaaacaaataccctagagatagggggataattatggatcacacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccttgtcgcatgttaccagcatcaagttggggactcatgcgagactgccggtgacaaaccggaggaaggtggggatgacgtcaaatcatcatgccccttatggcctgggctacacacgtactacaatggcgaccacaaagagcagcgacacagtgatgtgaagcgaatctcataaaggtcgtctcagttcggattgaagtctgcaactcgacttcatgaagtcggaatcgctagtaatcgcagatcagcatgctgcggtgaatacgttctcgggccttgtacacaccgcccgtcaaaccatgggagtcagtaatacccgaagccggtggcataaccntaaggnnnnnccnnnnnna
seqidno：27对应于ln998073的16srna序列
seqidno：28对应于kr822463的16srna序列
seqidno：29对应于cp011531的16srna序列
seqidno：30对应于nr112945的16srna序列
seqidno：31对应于km098109的16srna序列
seqidno：32对应于nr113078的16srna序列
seqidno：33对应于nr041464的16srna序列
seqidno：34对应于lt223566的16srna序列
seqidno：35对应于nr112835的16srna序列
seqidno：36对应于nr113248的16srna序列
seqidno：37对应于nr041342的16srna序列
seqidno：38对应于nr112933的16srna序列
seqidno：39对应于nr112893的16srna序列
seqidno：40对应于he044918的16srna序列
seqidno：41对应于nr043016的16srna序列
seqidno：42对应于ab618791的16srna序列
seqidno：43对应于ab215083的16srna序列
seqidno：44对应于nr112935的16srna序列
seqidno：45对应于ab249652的16srna序列
seqidno：46对应于nr113076的16srna序列
seqidno：47对应于nr112944的16srna序列
seqidno：48对应于jx519760的16srna序列
seqidno：49对应于aj311620的16srna序列
seqidno：50对应于ef564278的16srna序列
seqidno：51对应于kt156811的16srna序列
seqidno：52对应于hm008265的16srna序列
下面提供关注的其他序列：
seqidno:54h81a6_16s_核糖体_rna
cgaagagtttgatcctggctcaggatgaacgctgacagaatgcttaacacatgcaagtctacttgatccttcgggtgaaggtggcggacgggtgagtaacgcgtaaagaacttgccttacagactgggacaacatttggaaacgaatgctaataccggatattatgattgggtcgcatgatctgattatgaaagctatatgcgctgtgagagagctttgcgtcccattagttagttggtgaggtaacggctcaccaagacgatgatgggtagccggcctgagagggtgaacggccacaaggggactgagacacggcccttactcctacgggaggcagcagtggggaatattggacaatggaccaaaagtctgatccagcaattctgtgtgcacgaagaagtttttcggaatgtaaagtgctttcagttgggaagaagtcagtgacggtaccaacagaagaagcgacggctaaatacgtgccagcagccgcggtaatacgtatgtcgcaagcgttatccggatttattgggcgtaaagcgcgtctaggcggcttagtaagtctgatgtgaaaatgcggggctcaaccccgtattgcgttggaaactgctaaactagagtactggagaggtaggcggaactacaagtgtagaggtgaaattcgtagatatttgtaggaatgccgatggggaagccagcctactggacagatactgacgctaaagcgcgaaagcgtgggtagcaaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatgattactaggtgttgggggtcgaacctcagcgcccaagctaacgcgataagtaatccgcctggggagtacgtacgcaagtatgaaactcaaaggaattgacggggacccgcacaagcggtggagcatgtggtttaattcgacgcaacgcgaggaaccttaccagcgtttgacatcccaagaagttaacagagatgttttcgtgcctcttcggaggaacttggtgacaggtggtgcatggctgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccctttcgtatgttaccatcattaagttggggactcatgcgagactgcctgcgatgagcaggaggaaggtggggatgacgtcaagtcatcatgccccttatacgctgggctacacacgtgctacaatgggtagtacagagagctgcaaacctgcgagggtaagctaatctcataaaactattcttagttcggattgtactctgcaactcgagtacatgaagttggaatcgctagtaatcgcaaatcagctatgttgcggtgaatacgttctcgggtcttgtacacaccgcccgtcacaccacgagagttggttgcacctgaagtaacaggcctaaccgtaaggagggatgttccgagggtgtgattagcgattggggtgaagtcgtaacaaggtatccgtacgggaacgtgcggatggatcacctcctt
seqidno:55h82f11_16s_核糖体_rna
cgaagagtttgatcctggctcaggatgaacgctagcgacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcatcatggtaagtagcaatacttattgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatgcaacttacctatcagagggggatagcccggcgaaagtcggattaatactccataaaacaggggttccgcatgggactatttgttaaagattcatcgctgatagataggcatgcgttccattaggcagttggcggggtaacggcccaccaaaccgacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggtactgagacacggaccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggccgagaggctgaaccagccaagtcgcgtgaaggatgaaggatctatggtttgtaaacttcttttataggggaataaagtgtgggacgtgttccattttgtatgtaccctatgaataagcatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatgcgagcgttatccggatttattgggtttaaagggtgcgtaggtggtaatttaagtcagcggtgaaagtttgtggctcaaccataaaattgccgttgaaactgggttacttgagtgtgtttgaggtaggcggaatgcgtggtgtagcggtgaaatgcatagatatcacgcagaactccaattgcgaaggcagcttactaaaccataactgacactgaagcacgaaagcgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacgcagtaaacgatgattactaggagtttgcgatacacagtaagctctacagcgaaagcgttaagtaatccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggtttgaacgtagtcagaccgaccttgaaagaggttttctagcaatagctgattacgaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatcactagttactaacaggttaagctgaggactctggtgagactgccagcgtaagctgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacatccggggcgacacacgtgttacaatggcatggacaaagggcagctacctggcgacaggatgctaatctctaaaccatgtctcagttcggatcggagtctgcaactcgactccgtgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgggagccgggggtacctgaagtccgtaaccgcaaggatcggcctagggtaaaactggtgactggggctaagtcgtaacaaggtagccgtaccggaaggtgcggctggaacacctcctt
seqidno:56h82a6_16s_核糖体_rna
aataaagattaattggtaaaggatggggatgcgtcccattagcttgttggcggggtaacggcccaccaaggcgacgatgggtaggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgcgagcctgaaccagccaagtagcgtggaggacgacggccctacgggttgtaaactccttttataaggggataaagttggccatgtatggccatttgcaggtaccttatgaataagcatcggctaattccgtgccagcagccgcggtaatacggaagatgcgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtaggcgggcagtcaagtcagcggtcaaatggcgcggctcaaccgcgttccgccgttgaaactggcagccttgagtatgcacagggtacatggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaggaactccgatcgcgcaggcattgtaccggggcattactgacgctgaggctcgaaggtgcgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccgcacagtaaacgatgaatgcccgctgtcggcgacatagtgtcggcggccaagcgaaagcgttaagcattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttgaatcgcaggtgcatgggccggagacggccctttccttcgggactcctgcgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccccctccccagttgccaccgggtaatgccgggcactttggggacactgccaccgcaaggtgcgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggcgacacacgtgttacaatggggggtacagagggccgctgcccggtgacggttggccaatccctaaaacccctctcagttcggactggagtctgcaacccgactccacgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgaaagccgggggtgcctgaagtccgtgaccgcgagggtcggcctagggtaaaaccggtgattggggctaagtcgtaacaaggtagccgtaccggaaggtgcggctggaacacctccttt
seqidno:57h82g9_16s_核糖体_rna
cgaagagtttgatcctggctcaggatgaacgctagcgacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcacaggtagcaataccgggtggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatgcaacttgcctatcagagggggataacccggcgaaagtcggactaataccgcatgaagcaggggccccgcatggggatatttgctaaagattcatcgctgatagataggcatgcgttccattaggcagttggcggggtaacggcccaccaaaccgacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggtactgagacacggaccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggccgagaggctgaaccagccaagtcgcgtgagggatgaaggttctatggatcgtaaacctcttttataagggaataaagtgcgggacgtgtcccgttttgtatgtaccttatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggtgcgtaggcggccttttaagtcagcggtgaaagtctgtggctcaaccatagaattgccgttgaaactggggggcttgagtatgtttgaggcaggcggaatgcgtggtgtagcggtgaaatgcatagatatcacgcagaaccccgattgcgaaggcagcctgccaagccattactgacgctgatgcacgaaagcgtggggatcaaacaggattagataccctggtagtccacgcagtaaacgatgatcactagctgtttgcgatacactgtaagcggcacagcgaaagcgttaagtgatccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggtttgaacgcattcggaccgaggtggaaacaccttttctagcaatagccgtttgcgaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttgccactagttactaacaggtaaagctgaggactctggtgggactgccagcgtaagctgcgaggaaggcggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacatccggggcgacacacgtgttacaatggcgtggacaaagggaagccacctggcgacagggagcgaatccccaaaccacgtctcagttcggatcggagtctgcaacccgactccgtgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgggagccgggggtacctgaagtccgtaaccgcgaggatcggcctagggtaaaactggtgactggggctaagtcgtaacaaggtagccgtaccggaaggtgcggctggaacacctccttt
seqidno:58h81e7_16s_核糖体_rna
atggagagtttgatcctggctcaggatgaacgctagcggcaggcctaacacatgcaagtcgaggggcagcgggattgaagcttgcttcagttgccggcgaccggcgcacgggtgcgtaacgcgtatgcaacctacccataacagggggataacactgagaaatcggtactaatatcccataacatcaagaggggcatcccttttggttgaaaactccggtggttatggatgggcatgcgttgtattagctagttggtgaggtaacggctcaccaaggcgacgatacatagggggactgagaggttaaccccccacattggtactgagacacggaccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgcaagtctgaaccagccatgccgcgtgcaggatgacggctctatgagttgtaaactgcttttgtacgagggtaaacccggatacgtgtatccggctgaaagtatcgtacgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggattcaagcgttatccggatttattgggtttaaagggtgcgtaggcggtttgataagttagaggtgaaataccggtgcttaacaccggaactgcctctaatactgttgagctagagagtagttgcggtaggcggaatgtatggtgtagcggtgaaatgcttagagatcatacagaacaccgattgcgaaggcagcttaccaaactatatctgacgttgaggcacgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctggtagtccacgcagtaaacgatgataactcgctgtcggcgatacacagtcggtggctaagcgaaagcgataagttatccacctggggagtacgttcgcaagaatgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttgaaagttactgacgattctggaaacaggatttcccttcggggcaggaaactaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcgggttaagtcccataacgagcgcaacccctaccgttagttgccatcaggtcaagctgggcactctggcgggactgccggtgtaagccgagaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttacaatggtaggtacagagggcagctacccagtgatgggatgcgaatctcgaaagcctatctcagttcggattggaggctgaaacccgcctccatgaagttggattcgctagtaatcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatggaagctgggggtgcctgaagttcgtgaccgcaaggagcgacctagggcaaaaccggtgactggggctaagtcgtaacaaggtagccgtaccggaaggtgcggctggaacacctccttt
seqidno:59h81c1_16s_核糖体_rna
tattgagagtttgatcctggctcaggacgaacgctggcggtatgcttaacacatgcaagtcgaacgagaaggttttgatggatccttcgggtgatatcagaactggaaagtggcgaacgggtgagtaacgcgtgggtaacctgccctatggaaaggaatagcctcgggaaactgggagtaaagccttatattatggttttgtcgcatggcaagatcatgaaaactccggtgccataggatggacccgcgtcccattagctagttggtgagataacagcccaccaaggcgacgatgggtaaccggtctgagagggcgaacggtcacactggaactgagacacggtccagactcctacgggaggcagcagtggggaatattgcgcaatgggggcaaccctgacgcagcaataccgcgtgagtgaagaaggttttcggatcgtaaagctctgttattggggaagaagaatgacggtacccaatgaggaagtcccggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtaggggacaagcgttgtccggaatgactgggcgtaaagggcgcgtaggcggtctattaagtctgatgtgaaaggtaccggctcaaccggtgaagtgcattggaaactggtagacttgagtattggagaggcaagtggaattcctagtgtagcggtgaaatgcgtagatattaggaggaacaccagtggcgaaggcggcttgctggacaaatactgacgctgaggtgcgaaagcgtggggagcgaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatgaatgctaggtgttggggaaactcagtgccgcagttaacacaataagcattccgcctggggagtacgaccgcaaggttgaaactcaaaggaattgacggggacccgcacaagcagcggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttaccaggtcttgacatcctctgacgagcctagagataggaagtttccttcgggaacagagagacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccctgcctttagttgccagcattaagttgggcactctagagggactgccgtagacaatacggaggaaggtggggacgacgtcaaatcatcatgccccttatgacctgggctacacacgtgctacaatggtctgaacagagggccgcgaagccgcgaggtgaagcaaatcccttaaaacagatcccagttcggattgcaggctgcaactcgcctgcatgaagttggagttgctagtaatcgcggatcagaatgccgcggtgaatgcgttcccgggtcttgtacacaccgcccgtcacaccacgagagttggcaacacccgaagcctgtgagagaaccgtaaggactcagcagtcgaaggtggggctagtaattggggtgaagtcgtaacaaggtagccgtatcggaaggtgcggctggatcacctccttt
seqidno:60h81b11_16s_核糖体_rna
atgaagagtttgatcctggctcaggatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatggtcttagcttgctaaggctgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgtctactcttggccagccttctgaaaggaagattaatccaggatgggatcatgagttcacatgtccgcatgattaaaggtattttccggtagacgatggggatgcgttccattagatagtaggcggggtaacggcccacctagtcaacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgatggcctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttataaaggaataaagtcgggtatgcatacccgtttgcatgtactttatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtagatggatgtttaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaattgcagttgatactggatgtcttgagtgcagttgaggcaggcggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagcctgctaagctgcaactgacattgaggctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacacggtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacggcaagcggccaagcgaaagcgttaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttaaattgcactcgaatgatccggaaacggttcagctagcaatagcgagtgtgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttgttgtcagttactaacaggtgatgctgaggactctgacaagactgccatcgtaagatgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttacaatggggggtacagagggccgctaccacgcgagtggatgccaatccctaaaacccctctcagttcggactggagtctgcaacccgactccacgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgggagccgggggtacctgaagtgcgtaaccgcgaggatcgccctagggtaaaactggtgactggggctaagtcgtaacaaggtagccgtaccggaaggtgcggctggaacacctcctt
seqidno:61h81h9_16s_核糖体_rna
cgaagagtttgatcctggctcaggatgaacgctagcgacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcaggaagtagcaatactttgctggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatgcaacctacctatcagagggggataacccggcgaaagtcggactaataccgcataaaacaggggtcccgcatgggaatatttgttaaagatttattgctgatagatgggcatgcgttccattagatagttggtgaggtaacggctcaccaagtcttcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacactggtactgagacacggaccagactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgagagcctgaaccagccaagtcgcgtgaaggatgaaggatctatggttcgtaaacttcttttataggggaataaagtgcaggacgtgtcctgttttgtatgtaccctatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggtgcgtaggtggctttttaagtcagcggtgaaagtttgtggctcaaccataaaattgccgttgaaactggagggcttgagtatatttgaggtaggcggaatgcgtggtgtagcggtgaaatgcatagatatcacgcagaactccaattgcgaaggcagcttactaaactataactgacactgaagcacgaaagcgtggggatcaaacaggattagataccctggtagtccacgcagtaaacgatgattactaggagtttgcgatacacagtaagctctacagcgaaagcgttaagtaatccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggtttgaacgtaagttgaccggagtggaaacactctttctagcaatagcaatttacgaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatctttagttactaacaggtcgagctgaggactctaaagagactgccagcgtaagctgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacatccggggcgacacacgtgttacaatggtggggacaaagggcagctacctggcgacaggatgctaatctccaaaccccatctcagttcggatcgaagtctgcaacccgacttcgtgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgggagttgggggtacctaaagtccgtaaccgcaaggatcggcctagggtaaaaccgatgactggggctaagtcgtaacaaggtagccgtaccggaaggtgcggctggaacacctccttt
seqidno:62h82b1_16s_核糖体_rna
aatgaagagtttgatcctggctcaggacgaacgctggcggcgcgcctaacacatgcaagtcgaacggagctgttttctctgaagttttcggatggaagagagttcagcttagtggcgaacgggtgagtaacacgtgagcaacctgcctttcagtgggggacaacatttggaaacgaatgctaataccgcataagaccacagtgtcgcatggcacaggggtcaaaggatttatccgctgaaagatgggctcgcgtccgattagctagatggtgaggtaacggcccaccatggcgacgatcggtagccggactgagaggttgaacggccacattgggactgagacacggcccagactcctacgggaggcagcagtggggaatattgcacaatgggggaaaccctgatgcagcgacgccgcgtggaggaagaaggtcttcggattgtaaactcctgtcccaggggacgataatgacggtaccctgggaggaagcaccggctaactacgtgccagcagccgcggtaaaacgtagggtgcaagcgttgtccggaattactgggtgtaaagggagcgcaggcggattggcaagttgggagtgaaatctatgggctcaacccataaattgctttcaaaactgtcagtcttgagtggtgtagaggtaggcggaattcccggtgtagcggtggaatgcgtagatatcgggaggaacaccagtggcgaaggcggcctactgggcactaactgacgctgaggctcgaaagcatgggtagcaaacaggattagataccctggtagtccatgccgtaaacgatgattactaggtgtgggaggattgaccccttccgtgccgcagttaacacaataagtaatccacctggggagtacgaccgcaaggttgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcagtggagtatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttaccaggtcttgacatcggatgcatacctaagagattagggaagtccttcgggacatccagacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccttatcgttagttactacgcaagaggactctagcgagactgccgttgacaaaacggaggaaggtggggatgacgtcaaatcatcatgccctttatgacctgggctacacacgtactacaatggctattaacagagagaagcgataccgcgaggtggagcaaacctcacaaaaatagtctcagttcggatcgcaggctgcaacccgcctgcgtgaagccggaattgctagtaatcgcggatcagcatgccgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgagagccggggggacccgaagtcggtagtctaaccgcaaggaggacgccgccgaaggtaaaactggtgattggggtgaagtcgtaacaaggtagccgtatcggaaggtgcggctggatcacctccttt
seqidno:63h82g1_16s_核糖体_rna
atgaagagtttgatcctggctcaggatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatgaacttagcttgctaagtttgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgatgactcggggatagcctttcgaaagaaagattaatacccgatggcatagttcttccgcatggtggaactattaaagaatttcggtcatcgatggggatgcgttccattaggttgttggcggggtaacggcccaccaagccttcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgagagtctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttatacgggaataaagtgaggcacgtgtgcctttttgtatgtaccgtatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtaggcggacgcttaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaattgcagttgatactgggtgtcttgagtacagtagaggcaggcggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagcctgctggactgtaactgacgctgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacacagtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagtaagcggccaagcgaaagcgttaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttgaattgcaactgaatgatgtggagacatgtcagccgcaaggcagttgtgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttatcgatagttaccatcaggtgatgctggggactctgtcgagactgccgtcgtaagatgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttacaatggggggtacagaaggcagctacacggcgacgtgatgctaatcccgaaagcctctctcagttcggattggagtctgcaacccgactccatgaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgaaagccgggggtacctgaagtgcgtaaccgcaaggagcgccctagggtaaaactggtgattggggctaagtcgtaacaaggtagccgtaccggaaggtgcggctggaacacctcctt
seqidno:64h82g5_16s_核糖体_rna
attggagagtttgatcctggctcaggacgaacgctggcggcgtgcctaacacatgcaagtcgaacggagaattttatttcggtagaattcttagtggcgaacgggtgagtaacgcgtaggcaacctaccctttagacggggacaacattccgaaaggagtgctaataccggatgtgatcatcttgccgcatggcaggatgaagaaagatggcctctacaagtaagctatcgctaaaggatgggcctgcgtctgattagctagttggtagtgtaacggactaccaaggcgatgatcagtagccggtctgagaggatgaacggccacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagcagtggggaatcttccgcaatggacgaaagtctgacggagcaacgccgcgtgagtgatgaaggatttcggtctgtaaagctctgttgtttatgacgaacgtgcagtgtgtgaacaatgcattgcaatgacggtagtaaacgaggaagccacggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtaggtggcgagcgttgtccggaattattgggcgtaaagagcatgtaggcggcttaataagtcgagcgtgaaaatgcggggctcaaccccgtatggcgctggaaactgttaggcttgagtgcaggagaggaaaggggaattcccagtgtagcggtgaaatgcgtagatattgggaggaacaccagtggcgaaggcgcctttctggactgtgtctgacgctgagatgcgaaagccagggtagcgaacgggattagataccccggtagtcctggccgtaaacgatgggtactaggtgtaggaggtatcgaccccttctgtgccggagttaacgcaataagtaccccgcctggggagtacggccgcaaggttgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggtggagtatgtggtttaattcgacgcaacgcgaagaaccttaccaaggcttgacattgattgaacgctctagagatagagatttcccttcggggacaagaaaacaggtggtgcatggctgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccctatcctatgttaccagcaagtaaagttggggactcatgggagactgccagggacaacctggaggaaggcggggatgacgtcaagtcatcatgccccttatgtcttgggctacacacgtactacaatggtcggaaacagagggaagcgaagccgcgaggcagagcaaaccccagaaacccgatctcagttcggatcgcaggctgcaacccgcctgcgtgaagtcggaatcgctagtaatcgcaggtcagcatactgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccacgaaagttggtaacacccgaagccggtgaggtaacctattaggagccagccgtctaaggtggggccgatgattggggtgaagtcgtaacaaggtagccgtatcggaaggtgcggctggatcacctccttt
本发明的应用不限于以下描述中阐述的或附图中示出的构造细节和部件布置。本发明能够具有其他实施方式并且能够以各种方式实践或实施。此外，本文使用的措辞和术语是出于描述的目的，而不应被视为限制。本文中“包括”、“包含”或“具有”、“含有”、“涉及”及其变化形式的使用旨在涵盖其后列出的项目及其等同物以及附加项目。
除非本文另有定义，否则结合本发明使用的科学和技术术语应具有本领域普通技术人员通常理解的含义。此外，除非上下文另有要求，否则单数术语应包括复数，并且复数术语包括单数。通常根据本领域熟知的常规方法进行本发明的方法和技术。通常，本文所述的与生物化学、酶学、分子和细胞生物学、微生物学、病毒学、细胞或组织培养、遗传学和蛋白质和核酸化学相关的命名法是本领域公知和常用的那些。除非另有说明，否则本发明的方法和技术通常根据本领域熟知的常规方法进行，并且如本说明书中引用和讨论的各种一般和更具体的参考文献中所述。
通过以下实施例进一步说明本发明，这些实施例决不应被解释为进一步的限制。本申请中引用的所有参考文献(包括参考文献、授权专利、公开的专利申请和同在申请中的专利申请)的全部内容通过引用明确地并入本文，特别是用于上文引用的教导。然而，任何参考文献的引用并非旨在承认该参考文献是现有技术。
实施例
实施例1：诱导细菌混合物的cd8+t细胞的鉴定
保持在无特定病原体(spf)条件下具有驻留微生物群的c57bl/6小鼠具有丰富的ifnγ+cd8+t细胞，而在无菌小鼠的肠固有层中发现显著少数ifnγ+cd8+t细胞(见图1)。这表明肠道微生物群诱导ifnγ+cd8+t细胞的积累。ifnγ+cd8+t细胞的子集也表达cd103以及颗粒酶b(参见图2a)，表明该子集是组织原位记忆t细胞。图3a显示，与购自克丽日本公司的spfc57bl/6小鼠和在riken中繁殖的小鼠相比，在购自查尔斯河实验室公司和日本slc公司的购买的spfc57bl/6小鼠中发现显著少量的ifnγ+cd8+t细胞。当购自查尔斯河实验室的spfc57bl/6小鼠与克丽(clea)小鼠在同一笼中共同饲养时，在查尔斯河实验室公司提供的小鼠中观察到ifnγ+cd8+t细胞的增加。(图4a和4b)。该发现强烈支持这样的假设：小鼠微生物群中存在特定的微生物物种，其在肠中诱导和积累ifnγ+cd8+t细胞。
接下来，研究人肠道微生物群是否含有能够诱导ifnγ+cd8+t细胞的微生物。从六名健康人志愿者(a～f)收集粪便样品。将样品分别口服给予保持在无菌隔离器中的无菌c57bl/6小鼠(每组5或6只小鼠)。口服接种粪便样品后4周，处死小鼠，收获小肠和结肠，并通过facs研究ifnγ+cd8+t细胞。
如图5a和5b所示，在从供体b收集的粪便样品接种的小鼠中最显著地诱导结肠ifnγ+cd8+t细胞。在接种供体b粪便样品的小鼠中，我们选择表现出最高频率ifnγ+cd8+t细胞的小鼠。(以下称为“小鼠b#5”)。为了浓缩负责ifnγ+cd8+t细胞诱导的微生物，从小鼠b#5收集盲肠内容物并接种到另一种无菌小鼠中。然后给小鼠口服给予含有或不含氨苄青霉素、甲硝哒唑、链霉素或泰乐菌素的饮用水(每组5只小鼠)。或者，用3％氯仿处理小鼠b#5的盲肠内容物，并口服接种到另外5只无菌小鼠('b#5+氯')中。图6a和6b显示氨苄青霉素处理增强了小鼠b#5微生物群对结肠固有层ifnγ+cd8+t细胞的诱导，而其他抗生素处理或氯仿处理降低了小鼠b#5微生物群对ifnγ+cd8+t细胞的诱导能力。
图7a和7b显示接种小鼠b#5微生物群并用/不用抗生素或氯仿处理的小鼠肠内容物的操作分类单位(otu)分析。从表现出最高频率的ifnγ+cd8+t细胞并在厌氧室中培养的两只b#5+amp小鼠(小鼠b#5+amp-2和小鼠b#5+amp-3)收集盲肠内容物。挑取304个菌落并对16srrna基因进行测序，发现分离出26个菌株。从26个菌株中选择了21个菌株，排除了包含在b#5+氯小鼠的微生物群中的5个菌株(因此预测为诱导ifnγ+cd8+t细胞所不必要的)。将21株菌株的混合物口服接种到无菌小鼠中，观察到ifnγ+cd8+t细胞的强烈诱导(图8a和8b)。由21个菌株诱导的ifnγ+cd8+t细胞也表达cd103，并且一部分ifnγ+cd8+t细胞也表达颗粒酶b(图9a和9b)。将与ifnγ+cd8+t细胞具有最高相关性的11种菌株的混合物也接种到gf小鼠中。甚至当与21株混合物(21混合物)相比时，11株的混合物(11混合物)口服强烈诱导ifnγ+cd8+t细胞(图10a和10b)。下表2中提供了与11混合物中每种菌株具有最高同源性的细菌物种的鉴定。
表211菌株的混合物
实施例1a：11种菌株的混合物(组合物a)的进一步表征
表2的菌株进一步通过16s序列的重新测序和通过全基因组测序进行表征。进一步表征的结果见表3。
表311混合物(11菌株的混合物)的进一步表征
实施例2：诱导细菌混合物的cd8+t细胞的进一步表征
图11中显示从表现出高频率的ifnγ+cd8+t细胞的b#5+amp小鼠的盲肠内容物中分离的26个菌株。在26个菌株中，11个菌株(“11混合物”)与ifnγ+cd8+t细胞的频率正相关。因此，选择这11个菌株用于进一步的实验，并将11个菌株的混合物(“11-混合物”)接种到无菌小鼠中(也参见表2)。用11-混合物移植导致结肠ifnγ+cd8+t细胞的强烈诱导(图10a、10b、12a和12b)，而与11混合物诱导的水平比较，其他10个菌株(“10-混合物”)弱诱导ifnγ+cd8+t细胞(图12a和12b)。用17种诱导treg的细菌菌株的混合物接种小鼠(参见例如wo2013/080561；atarashi等，nature(2013)500(7461)：232-236；narushima等，gutmicrobes(2014)5(3))：333-339)没有积累ifnγ+cd8+t细胞(图12a和12b)。
使用16srrna基因序列的系统比较显示11株菌株混合物(也称为“11混合物”)由属于拟杆菌的7株菌株(“7株”)和4株非拟杆菌菌株组成：2株梭菌，1株梭杆菌和1株selenomonadales(“4株”)(参见图13和表4)。
用4种非拟杆菌菌株(“4-混合物”)的混合物接种导致结肠ifnγ+cd8+t细胞的强烈积累，与在用11混合物定殖的小鼠中观察到的结肠ifnγ+cd8+t细胞的水平相当。相反，用7种拟杆菌菌株(“7-混合物”)移植弱诱导ifnγ+cd8+t细胞(图14a和14b)。
图47显示实验的重复，表明11-混合物比7-混合物或4-混合物更有效。图47所示的实验数据具有强大的统计支持。
表4中提供了与4种混合物中每种菌株具有最高同源性的细菌物种的鉴定，如下。
表4：4种菌株的混合物
实施例3：诱导cd8+t细胞的细菌混合物的抗癌特征
为了研究用11混合物定植是否可以增强抗癌免疫应答，使用皮下肿瘤模型。从第-7天至第2天，通过饮用水用抗生素的混合物(1g/l氨苄青霉素，0.5g/l万古霉素，1g/l甲硝哒唑和1g/l新霉素)处理spf小鼠。在第0天将mc38结肠癌细胞系(每只小鼠3×105个细胞)皮下注射到小鼠的右侧腹中。在第2天停止抗生素处理，并且在第3天用混有11混合物或没有11-混合物的spf小鼠的粪便微生物群对小鼠进行灌胃。对于11-混合治疗组，小鼠每周两次或三次用11混合物灌胃直至实验结束。对于抗pd-1抗体(ab)治疗组，在第3、5和9天给小鼠腹膜内注射200μg抗pd1单克隆抗体(克隆j43)。使用卡尺测量肿瘤大小，并将肿瘤体积确定为长×宽2×0.5。
单独用11混合物(即没有抗pd1ab)治疗显著抑制mc38肿瘤生长(参见图15)。11混合物和抗pd1ab的组合对肿瘤细胞的生长表现出最强的抑制作用(参见图15)。用11混合物和抗pd1ab处理导致mc38肿瘤块中ifnγ+cd8+t细胞的积累增加(参见图16a和16b)。肿瘤中ifnγ+cd8+t细胞的子集表达对gp70p15e604-611(kspwfttl；seqidno：53)特异的t细胞受体，其是mc38的免疫显性表位(图17a)。此外，ifnγ+cd8+t细胞的子集表达cd44和颗粒酶b，表明在肿瘤中累积的ifnγ+cd8+t细胞包括肿瘤特异性和记忆型细胞毒性cd8+t细胞(参见图17a和17b)。对ifnγ+cd4t细胞的作用如图18所示。
用11混合物口服接种导致产生ifnγ的脾细胞数量增加，甚至在没有肿瘤抗原刺激的情况下(参见图19)。
这些结果表明，结合或不用抗-pd1抗体的11混合物的治疗系统地激活对肿瘤细胞有反应的cd8t细胞。
实施例4：cd8+t细胞诱导细菌混合物与ctla-4免疫检查点抑制剂组合的抗癌特征
为了研究用11-混合物与免疫检查点抑制剂ctla4组合的定植是否可以增强抗癌免疫应答，使用皮下肿瘤模型(图24)。用抗生素混合物处理小鼠5天(从第-21天到第-16天)，然后用两天时间洗去抗生素。在第-14天将mc38结肠癌细胞系(每只小鼠3×105个细胞)皮下注射到小鼠的右侧腹中。将动物随机分成以下治疗组：
第1组：无抗生素，无治疗(为mc38肿瘤模型的标准进展提供参考)；
第2组：抗生素预处理，不进行治疗(为抗生素预处理的mc38肿瘤模型的进展提供参考)；
第3组：11混合物单一治疗(图25和26中，称为aam1)；
第8组：抗-ctla-4抗体(9h10)和11-混合物(图25和26中，称为aam1)组合；
第9组：抗-ctla-4抗体(9h10)单一治疗。
细菌鸡尾酒治疗也在第-14天开始并且每两周施用4次。对于接受ctla-4免疫检查点抑制剂的组，一旦肿瘤体积达到约100mm3(100-150mm3)，就开始治疗。在第1、4和7天施用抗-ctla-4抗体。在实验过程中评估小鼠的体重和存活率。测量肿瘤大小和体积。
肿瘤测量
与对照小鼠相比，单独接受抗-ctla-4抗体(组9)的小鼠组的肿瘤生长略微减少。与11-混合物本身相比，并且与抗ctla-4抗体本身相比，11-混合物(图25中称为“aam1”)和抗-ctla-4抗体(第8组)的组合显著降低了肿瘤生长。见图25。各个小鼠的肿瘤体积图显示在图27中。
存活
与对照小鼠相比，单独接受抗-ctla-4抗体的小鼠组的存活率略微增加。11混合物本身对生存没有影响。11-混合物(图26中称为“aam1”)和抗-ctla-4抗体的组合显著增强了治疗的小鼠的存活(组8)。见图26。
实施例5：cd8+t细胞诱导细菌混合物与抗pd1抗体组合的抗癌特征
为了研究用4-混合物或11-混合物与免疫检查点抑制剂抗-pd1组合定植是否可以在没有抗生素预处理和先前植入的情况下增强抗癌免疫应答，在第-14天将mc38结肠癌细胞系(每只小鼠3×105个细胞)皮下注射到小鼠的右侧腹中(参见图28)。将动物随机分成以下治疗组：
第1组：不治疗；
第3组：11-混合物单一治疗(图28和29中，称为“aam1”)；
第4组：4-混合物单一治疗(图28和29中，称为“aam2”)；
第5组：抗pd1抗体(rmp1-14)单一治疗；
第6组：抗pd1抗体(rmp1-14)和11-混合物(图28和29中称为“aam1”)的组合；和
第7组：抗pd1抗体(rmp1-14)和4-混合物(在图28和29中称为“aam2”)的组合。
在第1天开始治疗(肿瘤体积约100-150mm3)。每两周施用细菌鸡尾酒处理和抗pd1抗体。实验过程中评估小鼠的体重和存活率。测量肿瘤大小和体积。
肿瘤测量
与未治疗相比，单独使用抗pd1抗体或与4-混合物或11-混合物组合治疗导致肿瘤生长减少。图30显示在实施例5的实验中治疗的各个小鼠的肿瘤体积图(对照、11-混合物、αpd-1ab、11-混合物+αpd-1ab)。在11-混合物+αpd-1ab治疗组(右下图)中，多个动物的肿瘤体积没有增加。图32显示在实施例5的实验中治疗的各个小鼠的肿瘤体积图(对照、4-混合物、αpd-1ab、4-混合物+αpd-1ab)。在4-混合物+αpd-1ab治疗组中，多个动物的肿瘤体积没有增加(右下图)。
存活
对照、11-混合物、pd-1ab和11-混合物+pd-1ab组存活数据如图31所示。与11-混合物或αpd-1ab本身相比，11-混合物和αpd-1ab的组合显示出增加的存活率。
对照、4-混合物、αpd-1ab、4混合物+αpd-1ab、11混合物和11混合物+αpd-1ab组中小鼠的组合存活数据显示在图33中。与αpd-1ab本身相比，4-混合物和αpd-1ab的组合以及11-混合物和αpd-1抗体的组合均显示出增加的存活率。
实施例6：在黑素瘤模型中诱导cd8+t细胞的细菌混合物与抗pd1抗体组合的抗癌特征
使用黑素瘤植入小鼠模型来评价11-混合物与pd-1抗体组合在治疗黑色素瘤的功效。如图34和图35中的时间线所示，小鼠从第-3天到第2天接受抗生素(氨苄青霉素、万古霉素、甲硝哒唑和新霉素：“avmn”)。在第0天，用7×105个brafpten黑素瘤细胞移植小鼠。将小鼠分入以下治疗组：
-无特定病原体(spf)粪便；
-spf粪便+抗pd1抗体；
-spf粪便+11-混合物；和
-spf粪便+11-混合物+抗pd1抗体。
在第3、6和9天，给小鼠施用来自日本slc的无特定病原体(spf)小鼠的slcspf粪便(slcspf粪便)、抗pd1抗体(图34和图35中的时间线上的箭头)和/或11-混合物(图34和35中时间轴上带星号的箭头)。通过灌胃法将11-混合物每周2或3次施用于指定的小鼠组。与其他小鼠组相比，接受抗pd1抗体和11-混合物组合的小鼠肿瘤体积减小(图34)，肿瘤区域减小(图35)和肿瘤重量减小(图36)。
从第22天和第24天从小鼠获得的肿瘤中分离淋巴细胞，并使用针对细胞标记物的抗体染色，包括cd3、tcrβ、cd8、cd4、ifnγ、颗粒酶和il-17。用11-混合物和抗-pd1抗体组合治疗导致ifnγ+cd8+t细胞在黑素瘤肿瘤中的积累增加。图37a-37c和38。在该实验中，小鼠组之间ifnγ+gzmb+细胞、th1细胞、th17细胞或treg细胞的数量没有显著差异。图39a-39d。
这些结果显示用11-混合物与抗-pd1抗体组合治疗系统地激活黑素瘤中的cd8t细胞。
实施例7：无特定病原体(spf)小鼠中的cd8t细胞诱导
评估通过11-混合细菌混合物诱导cd8t细胞的实验参数。与无菌小鼠相比，本研究中使用的动物是无特定病原体的小鼠(spf小鼠)。
如图40所示，将小鼠分组为以下治疗组：
-11-混合多剂量；
-avmn+spf粪便；
-avmn+spf粪便+11-混合单剂量；和
-avmn+spf粪便+1-混合物多剂量。
指示的小鼠组从第-5天至第-1天在其饮用水中接受抗生素(氨苄青霉素、万古霉素、甲硝哒唑和新霉素：“avmn”)。在第0天，在有或没有11-混合物的情况下用spf粪便接种小鼠。对于接受多剂量11-混合物的组，在第3、7、10、14、17、21、24和28天在水中也施用细菌混合物。
在第22和24天从小鼠中分离淋巴细胞，并使用针对细胞标记物的抗体染色，包括cd3、tcrβ、cd8、cd4、ifnγ、颗粒酶和il-17。接受抗生素预处理和多剂量11-混合物的小鼠显示出增强的ifnγ+cd8+t细胞水平。图41a-41c。接受抗生素预处理和多剂量11-混合物的小鼠在cd8t细胞群中也具有增强水平的cd103+ifnγ+细胞(图42a)和th17细胞水平略有提高(图42b)。小鼠组之间th1细胞的数量没有显著差异。(图42c)。这些数据显示11-混合物可以在复杂背景中诱导cd8+t细胞：无特定病原体的小鼠(与无菌小鼠相比)。
实施例8：转录因子batf3的作用
将11-混合物给予具有batf3转录因子的小鼠和不具有batf3转录因子的小鼠。不具有转录因子batf3的小鼠对11-混合物对cd8t细胞的诱导不敏感。(图43a和43b)。cd103-cd11b树突细胞可能是刺激产生ifnγ-γ的cd8和th1细胞所必需的。11种混合的混合物诱导th17细胞不依赖于baft3状态。(图43c)。图43和44显示实施例8的实验结果。实验表明，11-混合物需要batf3来诱导cd8-t细胞。不需要batf3来诱导th17。
实施例9：李斯特菌感染小鼠的治疗
由于已报道ifnγg+cd8+t细胞在控制细胞内病原体中起关键作用，因此评估了在多剂量给药方案中口服补充11株菌株是否可增强对单核细胞增生李斯特菌感染的宿主保护性免疫。用avmn(氨苄青霉素、万古霉素、甲硝哒唑、新霉素)通过饮用水处理spf小鼠5天。在抗生素洗脱一天后，进行多次口服11-混合物(4次)。为了重建复杂的微生物群，将来自spf小鼠的粪便微生物群与第一次施用11-混合物一起引入。然后在第0天用单核细胞增生李斯特菌口服感染小鼠。测定粪便李斯特菌cfu和小鼠体重。用11混合物治疗显著减少肠腔内单核细胞增生李斯特菌的定值(图45)并保持小鼠的体重(图46)。因此，施用11菌株混合物可以提供针对细胞内感染性病原体的保护性免疫。
实施例10：由11-混合物诱导的cd8t细胞的定位
将11-混合物给予正常健康小鼠(即没有其他应激的小鼠)。研究小鼠中的各种器官和隔室中cd8阳性t细胞的存在。如图48所示，11-混合物的cd8阳性t细胞诱导效应限于肠/肠腔(si＝小肠，ciel＝结肠上皮内淋巴细胞，ln＝淋巴结)。
实施例11：固有层树突细胞亚群的选择性和暂时激活。
由于cd8细胞可以通过树突细胞的某些亚类激活，因此在施用11-混合物后研究固有层cd11b-cd103+树突细胞的数量和活化状态。如图49所示，施用11-混合物不改变固有层cd11b-cd103+树突细胞亚群的比例。
还研究了活化的时间性/动力学。用11-混合物移植gf小鼠1、2、3和4周。结肠lp和mln树突细胞(dc)/巨噬细胞亚群的频率不受11混合物定植的影响。然而，mhci类在结肠lpdc(但不是mlndc)上的表达，特别是在结肠lpcd103+dc子集(即，batf3依赖性dc子集)上的表达通过用11-混合物移植显著增强。在定植后1周最强烈地发生mhci类表达的上调。(参见图50-54)。不限于特定机制，cd8阳性t细胞的诱导可能主要是由于增殖而不是抗原特异性的从头分化。
ki67染色显示cd8阳性t细胞的扩增发生在第1周，伴随着结肠lp中ifnγg+cd8+t的增加(参见图55)。cd103染色显示在定植后1周诱导的ifnγg+cd8+t主要是cd103阴性，并且cd103+ifnγg+cd8t(组织原位记忆表型cd8+t)逐渐增加(参见图56和57)。
序列表
<110>学校法人庆应义塾医学院
东京大学
<120>诱导cd8+t细胞的组合物及方法
<130>p0745.70011wo00
<140>尚未分配
<141>2017-12-21
<150>us62/574,446
<151>2017-10-19
<150>us62/491,062
<151>2017-04-27
<150>us62/484,607
<151>2017-04-12
<150>us62/438,793
<151>2016-12-23
<160>64
<170>patentinversion3.5
<210>1
<211>1440
<212>dna
<213>phascolarctobacteriumfaecium
<400>1
gacgaacgctggcggcgtgcctaacacatgcaagtcgaacggagaattttatttcggtag60
aattcttagtggcgaacgggtgagtaacgcgtaggcaacctaccctttagacggggacaa120
cattccgaaaggagtgctaataccggatgtgatcatcttgccgcatggcaggatgaagaa180
agatggcctctacaagtaagctatcgctaaaggatgggcctgcgtctgattagctagttg240
gtagtgtaacggactaccaaggcgatgatcagtagccggtctgagaggatgaacggccac300
attgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagcagtggggaatcttccgcaa360
tggacgaaagtctgacggagcaacgccgcgtgagtgatgaaggatttcggtctgtaaagc420
tctgttgtttatgacgaacgtgcagtgtgtgaacaatgcattgcaatgacggtagtaaac480
gaggaagccacggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtaggtggcgagcgttg540
tccggaattattgggcgtaaagagcatgtaggcggcttaataagtcgagcgtgaaaatgc600
ggggctcaaccccgtatggcgctggaaactgttaggcttgagtgcaggagaggaaagggg660
aattcccagtgtagcggtgaaatgcgtagatattgggaggaacaccagtggcgaaggcgc720
ctttctggactgtgtctgacgctgagatgcgaaagccagggtagcgaacgggattagata780
ccccggtagtcctggccgtaaacgatgggtactaggtgtaggaggtatcgaccccttctg840
tgccggagttaacgcaataagtaccccgcctggggagtacggccgcaaggttgaaactca900
aaggaattgacgggggcccgcacaagcggtggagtatgtggtttaattcgacgcaacgcg960
aagaaccttaccaaggcttgacattgattgaacgctctagagatagagatttcccttcgg1020
ggacaagaaaacaggtggtgcatggctgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaa1080
gtcccgcaacgagcgcaacccctatcctatgttaccagcaagtaaagttggggactcatg1140
ggagactgccagggacaacctggaggaaggcggggatgacgtcaagtcatcatgcccctt1200
atgtcttgggctacacacgtactacaatggtcggaaacagagggaagcgaagccgcgagg1260
cagagcaaaccccagaaacccgatctcagttcggatcgcaggctgcaacccgcctgcgtg1320
aagtcggaatcgctagtaatcgcaggtcagcatactgcggtgaatacgttcccgggcctt1380
gtacacaccgcccgtcacaccacgaaagttggtaacacccgaagccggtgaggtaaccta1440
<210>2
<211>1392
<212>dna
<213>fusobacteriumulcerans
<400>2
gatgaacgctgacagaatgcttaacacatgcaagtctacttgatccttcgggtgaaggtg60
gcggacgggtgagtaacgcgtaaagaacttgccttacagactgggacaacatttggaaac120
gaatgctaataccggatattatgattgggtcgcatgatctgattatgaaagctatatgcg180
ctgtgagagagctttgcgtcccattagttagttggtgaggtaacggctcaccaagacgat240
gatgggtagccggcctgagagggtgaacggccacaaggggactgagacacggcccttact300
cctacgggaggcagcagtggggaatattggacaatggaccaaaagtctgatccagcaatt360
ctgtgtgcacgaagaagtttttcggaatgtaaagtgctttcagttgggaagaagtcagtg420
acggtaccaacagaagaagcgacggctaaatacgtgccagcagccgcggtaatacgtatg480
tcgcaagcgttatccggatttattgggcgtaaagcgcgtctaggcggcttagtaagtctg540
atgtgaaaatgcggggctcaaccccgtattgcgttggaaactgctaaactagagtactgg600
agaggtaggcggaactacaagtgtagaggtgaaattcgtagatatttgtaggaatgccga660
tggggaagccagcctactggacagatactgacgctaaagcgcgaaagcgtgggtagcaaa720
caggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatgattactaggtgttgggggtcg780
aacctcagcgcccaagctaacgcgataagtaatccgcctggggagtacgtacgcaagtat840
gaaactcaaaggaattgacggggacccgcacaagcggtggagcatgtggtttaattcgac900
gcaacgcgaggaaccttaccagcgtttgacatcccaagaagttaacagagatgttttcgt960
gcctcttcggaggaacttggtgacaggtggtgcatggctgtcgtcagctcgtgtcgtgag1020
atgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccctttcgtatgttaccatcattaagttg1080
gggactcatgcgagactgcctgcgatgagcaggaggaaggtggggatgacgtcaagtcat1140
catgccccttatacgctgggctacacacgtgctacaatgggtagtacagagagctgcaaa1200
cctgcgagggtaagctaatctcataaaactattcttagttcggattgtactctgcaactc1260
gagtacatgaagttggaatcgctagtaatcgcaaatcagctatgttgcggtgaatacgtt1320
ctcgggtcttgtacacaccgcccgtcacaccacgagagttggttgcacctgaagtaacag1380
gcctaaccgtaa1392
<210>3
<211>1443
<212>dna
<213>bacteroidesdorei
<400>3
agtttgnnntatggctcaggatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggg60
gcagcatggtcttagcttgctaaggctgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgta120
tccaacctgccgtctactcttggccagccttctgaaaggaagattaatccaggatgggat180
catgagttcacatgtccgcatgattaaaggtattttccggtagacgatggggatgcgttc240
cattagatagtaggcggggtaacggcccacctagtcaacgatggataggggttctgagag300
gaaggtcccccacattggaactgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgag360
gaatattggtcaatgggcgatggcctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccct420
atgggttgtaaacttcttttataaaggaataaagtcgggtatgcatacccgtttgcatgt480
actttatgaataaggatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccg540
agcgttatccggatttattgggtttaaagggagcgtagatggatgtttaagtcagttgtg600
aaagtttgcggctcaaccgtaaaattgcagttgatactggatgtcttgagtgcagttgag660
gcaggcggaattcgtggtgtagcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgc720
gaaggcagcctgctaagctgcaactgacattgaggctcgaaagtgtgggtatcaaacagg780
attagataccctggtagtccacacggtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacgg840
caagcggccaagcgaaagcgttaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaa900
ctcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgata960
cgcgaggaaccttacccgggcttaaattgcactcgaatgatccggaaacggttcagctag1020
caatagcgagtgtgaaggtgctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggct1080
taagtgccataacgagcgcaacccttgttgtcagttactaacaggtgatgctgaggactc1140
tgacaagactgccatcgtaagatgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcc1200
cttacgtccggggctacacacgtgttacaatggggggtacagagggccgctaccacgcga1260
gtggatgccaatccctaaaacccctctcagttcggactggagtctgcaacccgactccac1320
gaagctggattcgctagtaatcgcgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggcc1380
ttgtacacaccgcccgtcaagccatgggagccgggggtacctgaagtgcgtaaccgcgag1440
gat1443
<210>4
<211>1420
<212>dna
<213>bacteroidesuniformis
<400>4
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatgaacttagcttg60
ctaagtttgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgatgactc120
ggggatagcctttcgaaagaaagattaatacccgatggcatagttcttccgcatggtaga180
actattaaagaatttcggtcatcgatggggatgcgttccattaggttgttggcggggtaa240
cggcccaccaagccttcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaact300
gagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgaga360
gtctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttat420
acgggaataaagtgaggcacgtgtgcctttttgtatgtaccgtatgaataaggatcggct480
aactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattggg540
tttaaagggagcgtaggcggacgcttaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaa600
aattgcagttgatactgggtgtcttgagtacagtagaggcaggcggaattcgtggtgtag660
cggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagcctgctggactgta720
actgacgctgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccac780
accagtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagtaagcggccaagcgaaagcgt840
taagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggc900
ccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggc960
ttgaattgcaactgaatgatgtggagacatgtcagccgcaaggcagttgtgaaggtgctg1020
catggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacc1080
cttatcgatagttaccatcaggtgatgctggggactctgtcgagactgccgtcgtaagat1140
gtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgt1200
gttacaatggggggtacagaaggcagctacacggcgacgtgatgctaatcccgaaagcct1260
ctctcagttcggattggagtctgcaacccgactccatgaagctggattcgctagtaatcg1320
cgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagcc1380
atgaaagccgggggtacctgaagtgcgtaaccgcaaggag1420
<210>5
<211>1410
<212>dna
<213>subdoligranulumsp.
<400>5
gacgaacgctggcggcgcgcctaacacatgcaagtcgaacggagctgttttctctgaagt60
tttcggatggaagagagttcagcttagtggcgaacgggtgagtaacacgtgagcaacctg120
cctttcagtgggggacaacatttggaaacgaatgctaataccgcataagaccacagtgtc180
gcatggcacaggggtcaaaggatttatccgctgaaagatgggctcgcgtccgattagcta240
gatggtgaggtaacggcccaccatggcgacgatcggtagccggactgagaggttgaacgg300
ccacattgggactgagacacggcccagactcctacgggaggcagcagtggggaatattgc360
acaatgggggaaaccctgatgcagcgacgccgcgtggaggaagaaggtcttcggattgta420
aactcctgtcccaggggacgataatgacggtaccctgggaggaagcaccggctaactacg480
tgccagcagccgcggtaaaacgtagggtgcaagcgttgtccggaattactgggtgtaaag540
ggagcgcaggcggattggcaagttgggagtgaaatctatgggctcaacccataaattgct600
ttcaaaactgtcagtcttgagtggtgtagaggtaggcggaattcccggtgtagcggtgga660
atgcgtagatatcgggaggaacaccagtggcgaaggcggcctactgggcactaactgacg720
ctgaggctcgaaagcatgggtagcaaacaggattagataccctggtagtccatgccgtaa780
acgatgattactaggtgtgggaggattgaccccttccgtgccgcagttaacacaataagt840
aatccacctggggagtacgaccgcaaggttgaaactcaaaggaattgacgggggcccgca900
caagcagtggagtatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttaccaggtcttgac960
atcggatgcatacctaagagattagggaagtccttcgggacatccagacaggtggtgcat1020
ggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaaccctt1080
atcgttagttactacgcaagaggactctagcgagactgccgttgacaaaacggaggaagg1140
tggggatgacgtcaaatcatcatgccctttatgacctgggctacacacgtactacaatgg1200
ctattaacagagagaagcgataccgcgaggtggagcaaacctcacaaaaatagtctcagt1260
tcggatcgcaggctgcaacccgcctgcgtgaagccggaattgctagtaatcgcggatcag1320
catgccgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgagagcc1380
ggggggacccgaagtcggtagtctaaccgc1410
<210>6
<211>1418
<212>dna
<213>paraprevotellaxylaniphila
<400>6
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatgaacttagcttg60
ctaagtttgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatccaacctgccctttaccc120
ggggatagccttctgaaaaggaagtttaatacccgatgaattcgtttagtcgcatggctn180
gatgaataaagattaattggtaaaggatggggatgcgtcccattagcttgttggcggggt240
aacggcccaccaaggcgacgatgggtaggggttctgagaggaaggtcccccacattggaa300
ctgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgc360
gagcctgaaccagccaagtagcgtggaggacgacggccctacgggttgtaaactcctttt420
ataaggggataaagttggccatgtatggccatttgcaggtaccttatgaataagcatcgg480
ctaattccgtgccagcagccgcggtaatacggaagatgcgagcgttatccggatttattg540
ggtttaaagggagcgtaggcgggctgtcaagtcagcggtcaaatggcgcggctcaaccgc600
gttccgccgttgaaactggcagccttgagtatgcacagggtacatggaattcgtggtgta660
gcggtgaaatgcttagatatcacgaggaactccgatcgcgcaggcattgtaccggggcat720
tactgacgctgaggctcgaaggtgcgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccg780
cacagtaaacgatgaatgcccgctgtcggcgacatagtgtcggcggccaagcgaaagcgt840
taagcattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggc900
ccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggc960
ttgaatcgcaggtgcatgggccggagacggccctttccttcgggactcctgcgaaggtgc1020
tgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaa1080
cccccctccccagttgccaccgggtaatgccgggcactttggggacactgccaccgcaag1140
gtgcgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggcgacacac1200
gtgttacaatggggggtacagagggccgctgcccggtgacggttggccaatccctaaaac1260
ccctctcagttcggactggagtctgcaacccgactccacgaagctggattcgctagtaat1320
cgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaag1380
ccatgaaagccgggggtgcctgaagtccgtnnccgcga1418
<210>7
<211>1419
<212>dna
<213>parabacteroidesjohnsonii
<400>7
gatgaacgctagcgacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatggtaagtagcaa60
tacttattgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatgcaacttacctatcagag120
ggggatagcccggcgaaagtcggattaatactccataaaacaggggttccgcatgggact180
atttgttaaagattcatcgctgatagataggcatgcgttccattaggcagttggcggggt240
aacggcccaccaaaccgacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggta300
ctgagacacggaccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggccga360
gaggctgaaccagccaagtcgcgtgaaggatgaaggatctatggtttgtaaacttctttt420
ataggggaataaagtgtgggacgtgttccattttgtatgtaccctatgaataagcatcgg480
ctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatgcgagcgttatccggatttattg540
ggtttaaagggtgcgtaggtggtaatttaagtcagcggtgaaagtttgtggctcaaccat600
aaaattgccgttgaaactgggttacttgagtgtgtttgaggtaggcggaatgcgtggtgt660
agcggtgaaatgcatagatatcacgcagaactccaattgcgaaggcagcttactaaacca720
taactgacactgaagcacgaaagcgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtcc780
acgcagtaaacgatgattactaggagtttgcgatacacagtaagctctacagcgaaagcg840
ttaagtaatccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacggggg900
cccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccggg960
tttgaacgtagtcagaccgaccttgaaagaggttttctagcaatagctgattacgaggtg1020
ctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgca1080
acccttatcactagttactaacaggttaagctgaggactctggtgagactgccagcgtaa1140
gctgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacatccggggcgacaca1200
cgtgttacaatggcatggacaaagggcagctacctggcgacaggatgctaatctctaaac1260
catgtctcagttcggatcggagtctgcaactcgactccgtgaagctggattcgctagtaa1320
tcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaa1380
gccatgggagccgggggtacctgaagtccgtaaccgcaa1419
<210>8
<211>1414
<212>dna
<213>alistipessp.jc136
<400>8
gatgaacgctagcggcaggcctaacacatgcaagtcgaggggcagcgggattgaagcttg60
cttcagttgccggcgaccggcgcacgggtgcgtaacgcgtatgcaacctacccataacag120
ggggataacactgagaaatcggtactaatatcccataacatcaagaggggcatccctttt180
ggttgaaaactccggtggttatggatgggcatgcgttgtattagctagttggtgaggtaa240
cggctcaccaaggcgacgatacatagggggactgagaggttaaccccccacattggtact300
gagacacggaccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgcaa360
gtctgaaccagccatgccgcgtgcaggatgacggctctatgagttgtaaactgcttttgt420
acgagggtaaacccggatacgtgtatccggctgaaagtatcgtacgaataaggatcggct480
aactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggattcaagcgttatccggatttattggg540
tttaaagggtgcgtaggcggtttgataagttagaggtgaaataccggtgcttaacaccgg600
aactgcctctaatactgttgagctagagagtagttgcggtaggcggaatgtatggtgtag660
cggtgaaatgcttagagatcatacagaacaccgattgcngaaggcagcttaccaaactat720
atctgacgttngaggcacgaaagcgtgggggagcaaacaggattagataccctggtagtc780
cacgcagtaaacgatgataactcgctgtcggcgatacacagtcggtggctaagcgaaagc840
gataagttatccacctggggagtacgttcgcaagaatgaaactcaaaggaattgacgggg900
gcccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgg960
gcttgaaagttactgacgattctggaaacaggatttcccttcggggcaggaaactaggtg1020
ctgcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcgggttaagtcccataacgagcgca1080
acccctaccgttagttgccatcaggtcaagctgggcactctggcgggactgccggtgtaa1140
gccgagaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacaca1200
cgtgttacaatggtaggtacagagggcagctacccagtgatgggatgcgaatctcgaaag1260
cctatctcagttcggattggaggctgaaacccgcctccatgaagttggattcgctagtaa1320
tcgcgcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaa1380
gccatggaagctgggggtgcctgaagttcgtgac1414
<210>9
<211>1416
<212>dna
<213>parabacteroidesgordonii
<400>9
gatgaacgctagcgacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcaggaagtagcaata60
ctttgctggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatgcaacctacctatcagaggggg120
ataacccggcgaaagtcggactaataccgcataaaacaggggtcccgcatgggaatattt180
gttaaagatttattgctgatagatgggcatgcgttccattagatagttggtgaggtaacg240
gctcaccaagtcttcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacactggtactga300
gacacggaccagactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgagagc360
ctgaaccagccaagtcgcgtgaaggatgaaggatctatggttcgtaaacttcttttatag420
gggaataaagtgcaggacgtgtcctgttttgtatgtaccctatgaataaggatcggctaa480
ctccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggtt540
taaagggtgcgtaggtggctttttaagtcagcggtgaaagtttgtggctcaaccataaaa600
ttgccgttgaaactggagggcttgagtatatttgaggtaggcggaatgcgtggtgtagcg660
gtgaaatgcatagatatcacgcagaactccaattgcgaaggcagcttactaaactataac720
tgacactgaagcacgaaagcgtggggatcaaacaggattagataccctggtagtccacgc780
agtaaacgatgattactaggagtttgcgatacacagtaagctctacagcgaaagcgttaa840
gtaatccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccg900
cacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggtttg960
aacgtaagttgaccggagtggaaacactctttctagcaatagcaatttacgaggtgctgc1020
atggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaaccc1080
ttatctttagttactaacaggtcgagctgaggactctaaagagactgccagcgtaagctg1140
tgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacatccggggcgacacacgtg1200
ttacaatggtggggacaaagggcagctacctggcgacaggatgctaatctccaaacccca1260
tctcagttcggatcgaagtctgcaacccgacttcgtgaagctggattcgctagtaatcgc1320
gcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagcca1380
tgggagttgggggtacctaaagtccgtnaccgcaag1416
<210>10
<211>1419
<212>dna
<213>eubacteriumlimosum
<400>10
gacgaacgctggcggtatgcttaacacatgcaagtcgaacgagaaggttttgatggatcc60
ttcgggtgacattagaactggaaagtggcgaacgggtgagtaacgcgtgggtaacctgcc120
ctatggaaaggaatagcctcgggaaactgggagtaaagccttatattatggttttgtcgc180
atggcaagatcatgaaaactccggtgccataggatggacccgcgtcccattagctagttg240
gtgagataacagcccaccaaggcgacgatgggtaaccggtctgagagggcgaacggtcac300
actggaactgagacacggtccagactcctacgggaggcagcagtggggaatattgcgcaa360
tgggggcaaccctgacgcagcaataccgcgtgagtgaagaaggttttcggatcgtaaagc420
tctgttattggggaagaagaatgacggtacccaatgaggaagtcccggctaactacgtgc480
cagcagccgcggtaatacgtaggggacaagcgttgtccggaatgactgggcgtaaagggc540
gcgtaggcggtctattaagtctgatgtgaaaggtaccggctcaaccggtgaagtgcattg600
gaaactggtagacttgagtattggagaggcaagtggaattcctagtgtagcggtgaaatg660
cgtagatattaggaggaacaccagtggcgaaggcggcttgctggacaaatactgacgctg720
aggtgcgaaagcgtggggagcgaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacg780
atgaatgctaggtgttggggaaactcagtgccgcagttaacacaataagcattccgcctg840
gggagtacgaccgcaaggttgaaactcaaaggaattgacggggacccgcacaagcagcgg900
agcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttaccaggtcttgacatcctctgac960
gagcctagagataggaagtttccttcgggaacagagagacaggtggtgcatggttgtcgt1020
cagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccctgcctttagt1080
tgccagcattaagttgggcactctagagggactgccgtagacaatacggaggaaggtggg1140
gacgacgtcaaatcatcatgccccttatgacctgggctacacacgtgctacaatggtctg1200
aacagagggccgcgaagccgcgaggtgaagcaaatcccttaaaacagatcccagttcgga1260
ttgcaggctgcaactcgcctgcatgaagttggagttgctagtaatcgcggatcagaatgc1320
cgcggtgaatgcgttcccgggtcttgtacacaccgcccgtcacaccacgagagttggcaa1380
cacccgaagcctgtgagagaaccgtaaggactcagcagt1419
<210>11
<211>1413
<212>dna
<213>parabacteroidesdistasonis
<400>11
gatgaacgctagcgacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcacaggtagcaatac60
cgggtggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatgcaacttgcctatcagagggggat120
aacccggcgaaagtcggactaataccgcatgaagcaggggccccgcatggggatatttgc180
taaagattcatcgctgatagataggcatgcgttccattaggcagttggcggggtaacggc240
ccaccaaaccgacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggtactgaga300
cacggaccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggccgagaggct360
gaaccagccaagtcgcgtgagggatgaaggttctatggatcgtaaacctcttttataagg420
gaataaagtgcgggacgtgtcccgttttgtatgtaccttatgaataaggatcggctaact480
ccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggttta540
aagggtgcgtaggcggccttttaagtcagcggtgaaagtctgtggctcaaccatagaatt600
gccgttgaaactggggggcttgagtatgtttgaggcaggcggaatgcgtggtgtagcggt660
gaaatgcatagatatcacgcagaaccccgattgcgaaggcagcctgccaagccattactg720
acgctgatgcacgaaagcgtggggatcaaacaggattagataccctggtagtccacgcag780
taaacgatgatcactagctgtttgcgatacactgtaagcggcacagcgaaagcgttaagt840
gatccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgca900
caagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggtttgaa960
cgcattcggaccgaggtggaaacaccttttctagcaatagccgtttgcgaggtgctgcat1020
ggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaaccctt1080
gccactagttactaacaggtaaagctgaggactctggtgggactgccagcgtaagctgcg1140
aggaaggcggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacatccggggcgacacacgtgtt1200
acaatggcgtggacaaagggaagccacctggcgacagggagcgaatccccaaaccacgtc1260
tcagttcggatcggagtctgcaacccgactccgtgaagctggattcgctagtaatcgcgc1320
atcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatg1380
ggagccnggggtacctgaagtccgtaaccgcga1413
<210>12
<211>1406
<212>dna
<213>bacteroidescellulosilyticus
<400>12
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatgacctagcaata60
ggttgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctaccggttattccggg120
atagcctttcgaaagaaagattaataccggatagtataacgagaaggcatctttttgtta180
ttaaagaatttcgataaccgatggggatgcgttccattagtttgttggcggggtaacggc240
ccaccaagacatcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgaga300
cacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgagagtct360
gaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttatatgg420
gaataaagtgagccacgtgtggctttttgtatgtaccatacgaataaggatcggctaact480
ccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggttta540
aagggagcgtaggcggactattaagtcagctgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaatt600
gcagttgatactggtcgtcttgagtgcagtagaggtaggcggaattcgtggtgtagcggt660
gaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagcttactggactgtaactg720
acgctgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacacag780
taaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagcaagcggccaagcgaaagcattaagt840
attccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgca900
caagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttaaa960
ttgcatctgaataatttggaaacagattagccgtaaggcagatgtgaaggtgctgcatgg1020
ttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttat1080
ctttagttactaacaggtcatgctgaggactctagagagactgccgtcgtaagatgtgag1140
gaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttac1200
aatggggggtacagaaggcagctacacagcgatgtgatgctaatcccaaaagcctctctc1260
agttcggattggagtctgcaacccgactccatgaagctggattcgctagtaatcgcgcat1320
cagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatgaa1380
agccgggggtacctgaagtccgtaac1406
<210>13
<211>1415
<212>dna
<213>bacteroidesclarus
<400>13
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcggggttgaagcttg60
cttcaaccgccggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgataactc120
cgggatagcctttcgaaagaaagattaataccggatggcatagttttcccgcatggaata180
actattaaagaatttcggttatcgatggggatgcgttccattaggcagttggcggggtaa240
cggcccaccaaaccgacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaact300
gagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgaga360
gtctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttat420
acgggaataaagttggccacgtgtggttttttgcatgtaccgtatgaataaggatcggct480
aactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattggg540
tttaaagggagcgtaggcggggtattaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaa600
aattgcagttgatactggtatccttgagtgcagcagaggtgggcggaattcgtggtgtag660
cggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagctcactggagtgta720
actgacgctgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccac780
acagtaaacgatgaatactcgctgttggcgatacaatgtcagcggccaagcgaaagcatt840
aagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcc900
cgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggct960
tgaattgcaactgactgagctggaaacagttctttcttcggacagttgtgaaggtgctgc1020
atggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaaccc1080
ttatctatagttaccatcaggtcatgctggggactctatggagactgccgtcgtaagatg1140
tgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtg1200
ttacaatggggggtacagaaggcagctacacggcgacgtgatgctaatcccaaaaacctc1260
tctcagttcggattggagtctgcaacccgactccatgaagctggattcgctagtaatcgc1320
gcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagcca1380
tgaaagccgggggtacctgaagtacgtaaccgcaa1415
<210>14
<211>938
<212>dna
<213>anaerostipessp.
<400>14
gatgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgaacgaagcatttaggattgaagt60
tttcggatggatttcctatatgactgagtggcggacgggtgagtaacgcgtggggaacct120
gccctatacagggggataacagctggaaacggctgctaataccgcataagcgcacagaat180
cgcatgattcagtgtgaaaagccctggcagtataggatggtcccgcgtctgattagctgg240
ttggtgaggtaacggctcaccaaggcgacgatcagtagccggcttgagagagtgaacggc300
cacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagcagtggggaatattgca360
caatgggggaaaccctgatgcagcgacgccgcgtgagtgaagaagtatttcggtatgtaa420
agctctatcagcagggaagaaaacagacggtacctgactaagaagccccggctaactacg480
tgccagcagccgcggtaatacgtagggggcaagcgttatccggaattactgggtgtaaag540
ggtgcgtaggtggcatggtaagtcagaagtgaaagcccggggcttaaccccgggactgct600
tttgaaactgtcatgctggagtgcaggagaggtaagcggaattcctagtgtagcggtgaa660
atgcgtagatattaggaggaacaccagtggcgaaggcggcttactggactgtcactgaca720
ctgatgcacgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaa780
acgatgaatactaggtgtcggggccgtagaggcttcggtgccgcagcaaacgcagtaagt840
attccacctggggagtacgttcgcaagaatgaaactcaaagganttgacggggaccgcnn900
nagcggtggagcatgtggttaattcgaagcacgcgaag938
<210>15
<211>1406
<212>dna
<213>bacteroidessalyersiae
<400>15
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcatcagggtgtagcaata60
caccgctggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccctttactcgggg120
atagcctttcgaaagaaagattaatacccgatggtataacatgacctcctggttttgtta180
ttaaagaatttcggtagaggatggggatgcgttccattaggcagttggcggggtaacggc240
ccaccaaaccttcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaactgaga300
cacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgagagcct360
gaaccagccaagtagcgtgaaggatgaccgccctatgggttgtaaacttcttttatatgg420
gaataaagtctgccacgtgtggcattttgtatgtaccatatgaataaggatcggctaact480
ccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattgggttta540
aagggagcgtaggtggacatgtaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaaaatt600
gcagttgaaactgcgtgtcttgagtacagtagaggtgggcggaattcgtggtgtagcggt660
gaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagctcactggactgcaactg720
acactgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccacacag780
taaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagtaagcggccaagcgaaagcattaagt840
attccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccgca900
caagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggcttaaa960
ttgcaaatgaatatgccggaaacggcatagccgcaaggcatttgtgaaggtgctgcatgg1020
ttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaacccttat1080
cttcagttactaacaggtcatgctgaggactctggagagactgccgtcgtaagatgtgag1140
gaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtgttac1200
aatggggggtacagaaggccgctacacagcgatgtgatgccaatccctaaagcccctctc1260
agttcggatcgaagtctgcaacccgacttcgtgaagctggattcgctagtaatcgcgcat1320
cagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagccatggg1380
agccgggggtacctgaagtacgtaac1406
<210>16
<211>1417
<212>dna
<213>bacteroidesfragilis
<400>16
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcatcaggaagaaagcttg60
ctttctttgctggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccctttactc120
ggggatagcctttcgaaagaaagattaatacccgatagcataatgattccgcatggtttc180
attattaaaggattccggtaaaggatggggatgcgttccattaggttgttggtgaggtaa240
cggctcaccaagccttcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaact300
gagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgcta360
gcctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgaaggctctatgggtcgtaaacttcttttat420
ataagaataaagtgcagtatgtatactgttttgtatgtattatatgaataaggatcggct480
aactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattggg540
tttaaagggagcgtaggtggactggtaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaa600
aattgcagttgatactgtcagtcttgagtacagtagaggtgggcggaattcgtggtgtag660
cggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagctcactggactgca720
actgacactgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccac780
acagtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagtaagcggccaagcgaaagcatt840
aagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcc900
cgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggct960
taaattgcagtggaatgatgtggaaacatgtcagtgagcaatcaccgctgtgaaggtgct1020
gcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaac1080
ccttatctttagttactaacaggttatgctgaggactctagagagactgccgtcgtaaga1140
tgtgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacg1200
tgttacaatggggggtacagaaggcagctaacgggtgaccgtatgctaatcccaaaagcc1260
tctctcagttcggatcgaagtctgcaacccgacttcgtgaagctggattcgctagtaatc1320
gcgcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagc1380
catgggagccgggggtacctgaagtacgtaaccgcaa1417
<210>17
<211>1407
<212>dna
<213>bacteroidesuniformis
<400>17
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcatcaggaagaaagcttg60
ctttctttgctggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgatgactc120
ggggatagcctttcgaaagaaagattaatacccgatggtatatctgaaaggcatctttca180
gctattaaagaatttcggtcattgatggggatgcgttccattaggttgttggcggggtaa240
cggcccaccaagccatcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaact300
gagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgaga360
gtctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttat420
acgggaataaagttaggcacgtgtgcctttttgtatgtaccgtatgaataaggatcggct480
aactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattggg540
tttaaagggagcgtaggcggatgcttaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaa600
aattgcagttgatactgggtgtcttgagtacagtagaggcaggcggaattcgtggtgtag660
cggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagcttgctggactgta720
actgacgctgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccac780
acagtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagtaagcggccaagcgaaagcgtt840
aagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcc900
cgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggct960
taaattgcaaatgaatgttctggaaacagatcagccgcaaggcatttgtgaaggtgctgc1020
atggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaaccc1080
ttatcgatagttaccatcaggttatgctggggactctgtcgagactgccgtcgtaagatg1140
tgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtg1200
ttacaatggggggtacagaaggcagctacacggcgacgtgatgctaatccctaaaacctc1260
tctcagttcggattggagtctgcaacccgactccatgaagctggattcgctagtaatcgc1320
gcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagcca1380
tgaaagccgggggtacctgaagtgcgt1407
<210>18
<211>1420
<212>dna
<213>bacteroideseggerthii
<400>18
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatgattgaagcttg60
cttcaatcgatggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgataactc120
ggggatagcctttcgaaagaaagattaatacccgatagcatagtatttccgcatggtttc180
actattaaagaatttcggttatcgatggggatgcgttccnttagatagttggcggggtaa240
cggcccaccaagtcaacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaact300
gagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatggacgaga360
gtctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttcttttat420
acgggaataaagtggagtatgcatactcctttgtatgtaccgtatgaataaggatcggct480
aactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattggg540
tttaaagggagcgtaggcgggtgcttaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgtaa600
aattgcagttgatactgggcgccttgagtgcagcataggtaggcggaattcgtggtgtag660
cggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagcttactggactgta720
actgacgctgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtccac780
acagtaaacgatgaatactcgctgttggcgatacacagtcagcggccaagcgaaagcatt840
aagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcc900
cgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggct960
taaattgcagcggaatgtagtggaaacattacagccttcgggccgctgtgaaggtgctgc1020
atggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaaccc1080
ttatctatagttactatcaggtcatgctgaggactctatggagactgccgtcgtaagatg1140
tgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacgtccggggctacacacgtg1200
ttacaatggggggtacagaaggcagctacctggcgacaggatgctaatccctaaaacctc1260
tctcagttcggattggagtctgcaacccgactccatgaagctggattcgctagtaatcgc1320
gcatcagccacggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagcca1380
tgaaagccgggggtacctgaagtacgtaaccgcaaggagc1420
<210>19
<211>1408
<212>dna
<213>clostridiumsp.
<400>19
gatgaacgctggcggcgtgcctaatacatgcaagtcggacgcaatgcttcggcattgagt60
ggcgaacgggtgagtaatacataagcaacctgcccctgtgagggggataactgctggaaa120
cggcagctaagaccgcatatgcatacatgacgcatgtcgagtatgttaaatatcccacgg180
gatagcacagggatgggcttatgacgcattagctagctggtgaggtagaggctcaccagg240
gcgacgatgcgtagccggcctgagagggtggacggccacactgggactgagacacggccc300
agactcctacgggaggcagcagtagggaattttcggcaatgggcgaaagcctgaccgagc360
aacgccgcgtgaaggaagaagtcattcgtgatgtaaacttctgttataaaggaagaacgg420
cgcctgtagggaatgacaggcgagtgacggtactttatgaggaagccacggctaactacg480
tgccagcagccgcggtaatacgtaggtggcgagcgttatccggaatcattgggcgtaaag540
agggagcaggcggcagtgcaggtctgcggtgaaagcccgaagctaaacttcggtaagccg600
tggaaaccgcacagctagagagcatcagaggatcgcggaattccatgtgtagcggtgaaa660
tgcgtagatatatggaggaacaccagtggcgaaggcggcggtctggggtgcagctgacgc720
tcagtcccgaaagcgtggggagcaaataggattagataccctagtagtccacgccgtaaa780
cgatgagtgctaagtgttgggggtcagacctcagtgctgcagttaacgcaataagcactc840
cgcctgagtagtacgttcgcaagaatgaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaag900
cggtggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaaccttaccaggtcttgacatgg960
agataaaggctctggagacagagagataggtatatctcacacaggtggtgcatggttgtc1020
gtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccctgttgcca1080
gttgccagcattaggttggggactctggcgagactgcctctgcaaggaggaggaaggcgg1140
ggatgacgtcaaatcatcatgccccttatgacctgggctacacacgtgctacaatggacg1200
gatcagagggaggcgaagccgcgaggtggagcgaaacccagaaacccgttcacagttcgg1260
actgcagtctgcaactcgactgcacgaagctggaatcgctagtaatcgcgaatcagcatg1320
tcgcggtgaatacgttctcgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgagagttggta1380
acacccgaagccggtggcccaaccgcaa1408
<210>20
<211>1413
<212>dna
<213>parabacteroidesgoldsteinii
<400>20
gatgaacgctagcgacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcacgatgtagcaata60
cattggtggcgaccggcgcacgggtgagtaacgcgtatgcaacctacctatcagagggga120
ataacccggcgaaagtcggactaataccgcataaaacaggggttccacatggaaatattt180
gttaaagaattatcgctgatagatgggcatgcgttccattagatagttggtgaggtaacg240
gctcaccaagtccacgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacactggtactga300
gacacggaccagactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgagagc360
ctgaaccagccaagtcgcgtgaaggatgaaggatctatggtttgtaaacttcttttatat420
gggaataaagtgaggaacgtgttcctttttgtatgtaccatatgaataagcatcggctaa480
ctccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatgcgagcgttatccggatttattgggtt540
taaagggtgcgtaggtggttaattaagtcagcggtgaaagtttgtggctcaaccataaaa600
ttgccgttgaaactggttgacttgagtatatttgaggtaggcggaatgcgtggtgtagcg660
gtgaaatgcatagatatcacgcagaactccgattgcgaaggcagcttactaaactataac720
tgacactgaagcacgaaagcgtggggatcaaacaggattagataccctggtagtccacgc780
agtaaacgatgattactagctgtttgcgatacacagtaagcggcacagcgaaagcgttaa840
gtaatccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccg900
cacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccgggtttg960
aacgcatattgacagctctggaaacagagtctctagtaatagcaatttgcgaggtgctgc1020
atggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaaccc1080
ttatcactagttactaacaggtcatgctgaggactctagtgagactgccagcgtaagctg1140
tgaggaaggtggggatgacgtcaaatcagcacggcccttacatccggggcgacacacgtg1200
ttacaatggtggggacaaagggcagctaccgtgtgagcggatgcaaatctccaaacccca1260
tctcagttcggatcgaagtctgcaacccgacttcgtgaagctggattcgctagtaatcgc1320
gcatcagccatggcgcggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcaagcca1380
tgggagttgggggtacctaaagtccgtaaccgc1413
<210>21
<211>1145
<212>dna
<213>bacteroidessp.
<400>21
gatgaacgctagctacaggcttaacacatgcaagtcgaggggcagcatttcagtttgctt60
gcaaactggagatggcgaccggcgcacgggtgagtaacacgtatccaacctgccgataac120
tcggggatagcctttcgaaagaaagattaatacccgatggtataatnagaccgcatggtc180
ttgttattaaagaatttcggttatcgatggggatgcgttccattaggcagttggtgaggt240
aacggctcaccaaaccttcgatggataggggttctgagaggaaggtcccccacattggaa300
ctgagacacggtccaaactcctacgggaggcagcagtgaggaatattggtcaatgggcgc360
aggcctgaaccagccaagtagcgtgaaggatgactgccctatgggttgtaaacttctttt420
atatgggaataaagttttccacgtgtggaattttgtatgtaccatatgaataaggatcgg480
ctaactccgtgccagcagccgcggtaatacggaggatccgagcgttatccggatttattg540
ggtttaaagggagcgtaggtggacagttaagtcagttgtgaaagtttgcggctcaaccgt600
aaaattgcagttgatactggctgtcttgagtacagtagaggtgggcggaattcgtggtgt660
agcggtgaaatgcttagatatcacgaagaactccgattgcgaaggcagctcactggactg720
caactgacactgatgctcgaaagtgtgggtatcaaacaggattagataccctggtagtcc780
acacagtaaacgatgaatactcgctgtttgcgatatacagtaagcggccaagcgaaagca840
ttaagtattccacctggggagtacgccggcaacggtgaaactcaaaggaattgacggggg900
cccgcacaagcggaggaacatgtggtttaattcgatgatacgcgaggaaccttacccggg960
cttaaattgcatttgaatatattggaaacagtatagccgtaaggcaaatgtgaaggtgct1020
gcatggttgtcgtcagctcgtgccgtgaggtgtcggcttaagtgccataacgagcgcaac1080
ccttatctttagttactaacaggtcatgctgaggactctagagagactgccgtcgtaaga1140
tgtga1145
<210>22
<211>965
<212>dna
<213>artificialsequence
<400>22
nnnnnnnnntgcagtcgaacgaagcgatttgaatgaagttttcggatggatttcaanttg60
actgagtggcggacgggtgagtaacgcgtgggtaacctgccccatacagggggataacag120
ttagaaatgactgctaataccgcataagaccacagnnccgcatggtgcaggggtaaaaac180
tccggtggtatgggatggacccgcgtctgattagcttgttggcggggtaacggcccacca240
aggcgacgatcagtagccgacctgagagggtgaccggccacattgggactgagacacggc300
ccaaactcctacgggaggcagcagtggggaatattgcacaatgggggaaaccctgatgca360
gcgacgccgcgtgagtgatgaagtatttcggtatgtaaagctctatcagcagggaagaaa420
atgacggtacctgactaagaagccccggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgt480
agggggcaagcgttatccggatttactgggtgtaaagggagcgtagacggctgtgcaagt540
ctggagtgaaagcccggggctcaaccccgggactgctttggaaactgtacggctggagtg600
ctggagaggcaagcggaattcctagtgtagcggtgaaatgcgtagatattaggaggaaca660
ccagtggcgaaggcggcttgctggacagtaactgacgttgaggctcgaaagcgtggggag720
caaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatgaatgctaggtgtcgggg780
agcaaagctcttcggtgccgccgcaaacgcaataagcattccacctggggagtacgttcg840
caagaatgaaactcaaagganttgacggggaccgcacannggtggagcatgtggttattc900
gagcacgcgaaancttaccagtcttgnnncccctgangnnnngtatgtcgctnctnngnn960
nnggn965
<210>23
<211>1457
<212>dna
<213>artificialsequence
<400>23
agtttgattatggctcaggatgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcga60
agcggtttcaatgaagttttcggatggatttgaaattgacttagcggcggacgggtgagt120
aacgcgtgggtaacctgccttacactgggggataacagttagaaatgactgctaataccg180
cataagcgcacagggccgcatggtccggtgtgaaaaactccggtggtgtaagatggaccc240
gcgtctgattaggtagttggcggggtaacggcccaccaagccgacgatcagtagccgacc300
tgagagggtgaccggccacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagc360
agtggggaatattggacaatgggcgaaagcctgatccagcgacgccgcgtgagtgaagaa420
gtatttcggtatgtaaagctctatcagcagggaagaaaatgacggtacctgactaagaag480
ccccggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtagggggcaagcgttatccggat540
ttactgggtgtaaagggagcgtagacggtttagcaagtctgaagtgaaagcccggggctc600
aaccccggtactgctttggaaactgttagacttgagtgcaggagaggtaagtggaattcc660
tagtgtagcggtgaaatgcgtagatattaggaggaacaccagtggcgaaggcggcttact720
ggactgtaactgacgttgaggctcgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctgg780
tagtccacgccgtaaacgatgaatactaggtgtcggggggcaaagcccttcggtgccgcc840
gcaaacgcaataagtattccacctggggagtacgttcgcaagaatgaaactcaaaggaat900
tgacggggacccgcacaagcggtggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaacc960
ttaccaagtcttgacatcccactgaaaacactttaaccggtgtccctcttcggagcagtg1020
gagacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgc1080
aacgagcgcaacccttatccttagtagccagcgagtagagtcgggcactctggggagact1140
gccagggataacctggaggaaggtggggatgacgtcaaatcatcatgccccttatgattt1200
gggctacacacgtgctacaatggcgtaaacaaagggaggcaaaggagcgatctggagcaa1260
accccaaaaataacgtctcagttcggattgcaggctgcaactcgcctgcatgaagctgga1320
atcgctagtaatcgcgaatcagaatgtcgcggtgaatacgttcccgggtcttgtacacac1380
cgcccgtcacaccatgggagttggtaacgcccgaagtcagtgacccaaccgcaaggaggn1440
agctgccgaannnnnnn1457
<210>24
<211>1456
<212>dna
<213>artificialsequence
<400>24
agtttgnnnnngctcaggatgaacgctggcggcgtgcctaacacatgcaagtcgaacgaa60
gcatttcagatgaagttttcggatggattctgagatgactgagtggcggacgggtgagta120
acacgtggataacctgcctcacactgggggacaacagttagaaatgactgctaataccgc180
ataagcgcacagtaccgcatggtacagtgtgaaaaactccggtggtgtgagatggatccg240
cgtctgattagccagttggcggggtaacggcccaccaaagcgacgatcagtagccgacct300
gagagggtgaccggccacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagca360
gtggggaatattgcacaatgggcgaaagcctgatgcagcgacgccgcgtgagtgaagaag420
tatttcggtatgtaaagctctatcagcagggaagataatgacggtacctgactaagaagc480
cccggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtagggggcaagcgttatccggatt540
tactgggtgtaaagggagcgtagacggcatggcaagtctgaagtgaaaacccagggctca600
accctgggactgctttggaaactgtcaagctagagtgcaggagaggtaagtggaattcct660
agtgtagcggtgaaatgcgtagatattaggaggaacaccagtggcgaaggcggcttactg720
gactgtaactgacgttgaggctcgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctggt780
agtccacgccgtaaacgatgagtgctaggtgttggggggcaaagcccttcggtgccgtcg840
caaacgcaataagcactccacctggggagtacgttcgcaagaatgaaactcaaaggaatt900
gacggggacccgcacaagcggtggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaacct960
taccaagtcttgacatcctcttgaccggcgtgtaacggcgcctttccttcgggacaagag1020
agacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgca1080
acgagcgcaacccttatccttagtagccagcattaagatgggcactctagggagactgcc1140
agggacaacctggaggaaggtggggatgacgtcaaatcatcatgccccttatgatttggg1200
ctacacacgtgctacaatggcgtaaacaaagggaagcgaccctgcgaaggtgagcaaatc1260
tcaaaaataacgtcccagttcggactgtagtctgcaacccgactacacgaagcnngaatc1320
gctagtaatcgcgaatcagaatgtcgcggtgaatacgntcccgggtcttgtacacaccgc1380
ccgtcacaccatgggagtcagcaacgnccgaagtcagtgacccaaccgaaaggagggagn1440
tgcngaagnngnnnnn1456
<210>25
<211>1455
<212>dna
<213>artificialsequence
<400>25
agtttgannttggctcaggatgaacgctggcggcgtgcctaacacatgcaagtcgagcga60
agcgctgttttcagaatcttcggaggaagaggacagtgactgagcggcggacgggtgagt120
aacgcgtgggcaacctgcctcatacagggggataacagttagaaatgactgctaataccg180
cataagcgcacaggaccgcatggtgtagtgtgaaaaactccggtggtatgagatggaccc240
gcgtctgattaggtagttggtggggtaaaggcctaccaagccgacgatcagtagccgacc300
tgagagggtgaccggccacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagc360
agtggggaatattgcacaatgggggaaaccctgatgcagcgacgccgcgtgaaggaagaa420
gtatttcggtatgtaaacttctatcagcagggaagaagatgacggtacctgagtaagaag480
caccggctaaatacgtgccagcagccgcggtaatacgtatggtgcaagcgttatccggat540
ttactgggtgtaaagggagcgtagacggataggcaagtctggagtgaaaacccagggctc600
aactctgggactgctttggaaactgcagatctggagtgccggagaggtaagcggaattcc660
tagtgtagcggtgaaatgcgtagatattaggaggaacaccagtggcgaaggcggcttact720
ggacggtgactgacgttgaggctcgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctgg780
tagtccacgccgtaaacgatgactactaggtgtcggtgtgcaaagcacatcggtgccgca840
gcaaacgcaataagtagtccacctggggagtacgttcgcaagaatgaaactcaaaggaat900
tgacggggacccgcacaagcggtggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgaagaacc960
ttacctggtcttgacatccggatgacgggcgagtaatgtcgccgtcccttcggggcatcc1020
gagacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgc1080
aacgagcgcaacccttatcttcagtagccagcatataaggtgggcactctggagagactg1140
ccagggagaacctggaggaaggtggggatgacgtcaaatcatcatgccccttatggccag1200
ggctacacacgtgctacaatggcgtaaacaaagggaagcgagagggtgacctgaagcgaa1260
tcccaaaaataacgtctcagttcggattgtagtctgcaactcgactacatgaagctggaa1320
tcgctagtaatcgcggatcagcatgccgcggtgaatacgttcccgggtcttgtacacacc1380
gcccgtcacaccatgggagtcagtaacgcccgaagccantgacccaaccttagaggaggg1440
agnnnnnnnnnnnnn1455
<210>26
<211>1458
<212>dna
<213>artificialsequence
<400>26
agtttgattatggctcaggatgaacgctggcggcatgcctaatacatgcaagtcgaacga60
agtttcgaggaagcttgcttccaaagagacttagtggcgaacgggtgagtaacacgtagg120
taacctgcccatgtgtccgggataactgctggaaacggtagctaaaaccggataggtata180
cagagcgcatgctcagtatattaaagcgcccatcaaggcgtgaacatggatggacctgcg240
gcgcattagctagttggtgaggtaacggcccaccaaggcgatgatgcgtagccggcctga300
gagggtaaacggccacattgggactgagacacggcccaaactcctacgggaggcagcagt360
agggaattttcgtcaatgggggaaaccctgaacgagcaatgccgcgtgagtgaagaaggt420
cttcggatcgtaaagctctgttgtaagtgaagaacggctcatagaggaaatgctatggga480
gtgacggtagcttaccagaaagccacggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgt540
aggtggcaagcgttatccggaatcattgggcgtaaagggtgcgtaggtggcgtactaagt600
ctgtagtaaaaggcaatggctcaaccattgtaagctatggaaactggtatgctggagtgc660
agaagagggcgatggaattccatgtgtagcggtaaaatgcgtagatatatggaggaacac720
cagtggcgaaggcggtcgcctggtctgtaactgacactgaggcacgaaagcgtggggagc780
aaataggattagataccctagtagtccacgccgtaaacgatgagaactaagtgttggagg840
aattcagtgctgcagttaacgcaataagttctccgcctggggagtatgcacgcaagtgtg900
aaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggtggagtatgtggtttaattcgaag960
caacgcgaagaaccttaccaggccttgacatggaaacaaataccctagagatagggggat1020
aattatggatcacacaggtggtgcatggttgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggt1080
taagtcccgcaacgagcgcaacccttgtcgcatgttaccagcatcaagttggggactcat1140
gcgagactgccggtgacaaaccggaggaaggtggggatgacgtcaaatcatcatgcccct1200
tatggcctgggctacacacgtactacaatggcgaccacaaagagcagcgacacagtgatg1260
tgaagcgaatctcataaaggtcgtctcagttcggattgaagtctgcaactcgacttcatg1320
aagtcggaatcgctagtaatcgcagatcagcatgctgcggtgaatacgttctcgggcctt1380
gtacacaccgcccgtcaaaccatgggagtcagtaatacccgaagccggtggcataaccnt1440
aaggnnnnnccnnnnnna1458
<210>27
<211>1217
<212>rna
<213>phascolarctobacteriumfaecium
<400>27
agaggaccggccaggacgaacgcggcggcggccaacacagcaagcgaacggagaaacgga60
gaacagggcgaacggggagaacgcgaggcaaccgcccagacggggacaacaccgaaagga120
ggcaaaccggaggacacggccgcaggcaggagaagaaagaggcccacaagaagcacgcaa180
aggagggccgcgcgaagcagggaggaacggacaccaaggcgagacagagccggcgagagg240
agaacggccacagggacgagacacggcccaaacccacgggaggcagcagggggaacccgc300
aaggacgaaagcgacggagcaacgccgcggaggagaaggacggcgaaagccggagacgaa360
cggcaggggaacaagcagcaagacggagaaacgaggaagccacggcaacacggccagcag420
ccgcggaaacgaggggcgagcggccggaaagggcgaaagagcagaggcggcaaaagcgag480
cggaaaagcggggccaaccccgaggcgcggaaacgaggcgaggcaggagaggaaagggga540
acccaggagcgggaaagcgagaagggaggaacaccagggcgaaggcgcccggacggcgac600
gcgagagcgaaagccagggagcgaacgggaagaaccccggagccggccgaaacgagggac660
agggaggaggacgacccccggccggagaacgcaaaagaccccgccggggagacggccgca720
agggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcggggagagggaacgacgcaacgcga780
agaaccaccaaggcgacagagaacgccagagaagagcccccggggacaagaaaacagggg840
gcaggcgcgcagccggcggagaggggaagcccgcaacgagcgcaaccccaccagaccagc900
aagaaagggggaccagggagacgccagggacaaccggaggaaggcggggagacgcaagca960
cagccccagcgggcacacacgacacaaggcggaaacagagggaagcgaagccgcgaggca1020
gagcaaaccccagaaacccgaccagcggacgcaggcgcaacccgccgcggaagcggaacg1080
cagaacgcaggcagcaacgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcacaccacgaa1140
agggaacacccgaagccgggaggaaccaaggagccagccgcaaggggggccgagaggggg1200
aagcgaacaaggagccg1217
<210>28
<211>1104
<212>rna
<213>fusobacteriumulcerans
<400>28
gccaggagaacgcgacagaagcaacacagcaagcacgacccggggaaggggcggacgggg60
agaacgcgaaagaacgccacagacgggacaacaggaaacgaagcaaaccggaaagagggc120
gcagacgaagaaagcaagcgcggagagagcgcgcccaagaggggaggaacggccaccaag180
acgagagggagccggccgagaggggaacggccacaaggggacgagacacggcccacccac240
gggaggcagcagggggaaaggacaaggaccaaaagcgaccagcaacgggcacgagaagcg300
gaagaaaggccaggggaagaagcaggacggaccaacagaagaagcgacggcaaaacggcc360
agcagccgcggaaacgagcgcaagcgaccggaagggcgaaagcgcgcaggcggcagaagc420
gaggaaaagcggggccaaccccgagcgggaaacgcaaacagagacggagaggaggcggaa480
cacaaggagagggaaacgagaagaggaagccgaggggaagccagccacggacagaacgac540
gcaaagcgcgaaagcggggagcaaacaggaagaacccggagccacgccgaaacgagaaca600
ggggggggcgaacccagcgcccaagcaacgcgaaagaaccgccggggagacgacgcaaga660
gaaaccaaaggaagacggggacccgcacaagcggggagcagggaacgacgcaacgcgagg720
aaccaccagcggacacccaagaagaacagagagcggccccggaggaacgggacagggggc780
aggcgcgcagccggcggagaggggaagcccgcaacgagcgcaacccccgagaccacaaag840
ggggaccagcgagacgccgcgagagcaggaggaaggggggagacgcaagcacagccccaa900
cgcgggcacacacggcacaagggagacagagagcgcaaaccgcgagggaagcaaccaaaa960
acacagcggagaccgcaaccgagacagaagggaacgcagaacgcaaacagcaggcgggaa1020
acgccgggcgacacaccgcccgcacaccacgagaggggcaccgaagaacaggccaaccga1080
aggagggagccgagggggaagcga1104
<210>29
<211>1202
<212>rna
<213>bacteroidesdorei
<400>29
aacaagaagaggaccggccaggagaacgcagcacaggcaacacagcaagcgaggggcagc60
aggcagcgcaaggcgaggcgaccggcgcacggggagaacacgaccaaccgccgcaccggc120
cagcccgaaaggaagaaaccaggagggacagagcacagccgcagaaaaggaccggagacg180
aggggagcgccaagaagaggcggggaacggcccaccagcaacgaggaaggggcgagagga240
aggcccccacaggaacgagacacggccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaag300
ggcgaggccgaaccagccaagagcggaaggagacgcccaggggaaaccaaaaggaaaaag360
cgggagcaacccggcagacagaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggag420
gaccgagcgaccggaagggaaagggagcgagaggagaagcagggaaaggcggccaaccga480
aaagcaggaacggagcgaggcaggaggcaggcggaacggggagcgggaaagcagaacacg540
aagaacccgagcgaaggcagccgcaagcgcaacgacagaggccgaaagggggacaaacag600
gaagaacccggagccacacggaaacgagaaaccgcggcgaaacggcaagcggccaagcga660
aagcgaagaccaccggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgca720
caagcggaggaacagggaacgagaacgcgaggaaccacccgggcaaagcaccgaagaccg780
gaaacggcagcagcaaagcgagggaagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaag840
gccaaacgagcgcaacccggcagacaacagggagcgaggaccgacaagacgccacgaaga900
ggaggaaggggggagacgcaaacagcacggcccacgccggggcacacacggacaaggggg960
gacagagggccgcaccacgcgagggagccaacccaaaaccccccagcggacggagcgcaa1020
cccgacccacgaagcggacgcagaacgcgcacagccacggcgcgggaaacgcccgggccg1080
acacaccgcccgcaagccagggagccgggggaccgaaggcgaaccgcgaggacgcccagg1140
gaaaacgggacggggcaagcgaacaaggagccgaccggaagggcggcggaacacccccgg1200
ag1202
<210>30
<211>1148
<212>rna
<213>bacteroidesuniformis
<400>30
cggccaggagaacgcagcacaggcaacacagcaagcgaggggcagcagaacagcgcaagg60
aggcgaccggcgcacggggagaacacgaccaaccgccgagaccggggaagcccgaaagaa120
agaaaacccgaggcaagcccgcaggagaacaaaagaacggcacgaggggagcgccaaggg180
ggcggggaacggcccaccaagcccgaggaaggggcgagaggaaggcccccacaggaacga240
gacacggccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaaggacgagagcgaaccagcc300
aagagcggaaggagacgcccaggggaaaccaacgggaaaaaggaggcacgggccgagacc360
gagaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggaccgagcgaccggaagg420
gaaagggagcgaggcggacgcaagcagggaaaggcggccaaccgaaaagcaggaacgggg480
cgagacagagaggcaggcggaacggggagcgggaaagcagaacacgaagaacccgagcga540
aggcagcgcggacgaacgacgcgagccgaaagggggacaaacaggaagaacccggagcca600
cacagaaacgagaaaccgcggcgaaacagaagcggccaagcgaaagcgaagaccaccggg660
gagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcggaggaacaggg720
aacgagaacgcgaggaaccacccgggcgaagcaacgaagagggagacagcagccgcaagg780
cagggaagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggccaaacgagcgcaaccca840
cgaagaccacaggagcggggaccgcgagacgccgcgaagaggaggaaggggggagacgca900
aacagcacggcccacgccggggcacacacggacaaggggggacagaaggcagcacacggc960
gacggagcaacccaaagcccccagcggaggagcgcaacccgacccagaagcggacgcaga1020
acgcgcacagccacggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaagccagaaag1080
ccgggggaccgaaggcgaaccgcaaggagcgcccagggaaaacgggaggggcaagcgaac1140
aaggaacc1148
<210>31
<211>1219
<212>rna
<213>subdoligranulumsp.
<400>31
agaggaccggccaggacgaacgcggcggcgcgccaacacagcaagcgaacggagcgccga60
agcggaggaagagagcagcagggcgaacggggagaacacggagcaaccgcccagggggga120
caacaggaaacgaagcaaaccgcaaagaccacaggcgcaggcacaggggcaaaggaaccg180
cgaaagagggccgcgccgaagcagagggaggaacggcccaccaggcgacgacggagccgg240
acgagagggaacggccacagggacgagacacggcccagacccacgggaggcagcaggggg300
aaagcacaagggggaaacccgagcagcgacgccgcgggaggaagaaggccggagaaaccc360
gcccaggggacgaaagacggacccgggaggaagcaccggcaacacggccagcagccgcgg420
aaaacgaggggcaagcggccggaaacggggaaagggagcgcaggcggaggcaaggggagg480
aaacagggccaacccaaaagccaaaacgcagcgaggggagaggaggcggaacccgggagc540
ggggaagcgagaacgggaggaacaccagggcgaaggcggccacgggcacaacgacgcgag600
gccgaaagcagggagcaaacaggaagaacccggagccagccgaaacgagaacagggggga660
ggagaccccccggccgcagaacacaaaagaaccaccggggagacgaccgcaagggaaacc720
aaaggaagacgggggcccgcacaagcagggagagggaacgaagcaacgcgaagaaccacc780
aggcgacacggagcaaccaagagaagggaagcccgggacaccagacagggggcagggcgc840
agccggcggagaggggaagcccgcaacgagcgcaacccacgagacacgcaagaggaccag900
cgagacgccggacaaaacggaggaaggggggagacgcaaacacagcccagaccgggcaca960
cacgacacaaggcaaacagagagaagcgaaccgcgaggggagcaaacccacaaaaaagcc1020
agcggacgcaggcgcaacccgccgcggaagccggaagcagaacgcggacagcagccgcgg1080
gaaacgcccgggccgacacaccgcccgcacaccagagagccggggggacccgaagcggag1140
caaccgaaggaggacgccgccgaaggaaaacgggagggggaagcgaacaaggagccgacg1200
gaagggcggcggacacccc1219
<210>32
<211>1186
<212>rna
<213>paraprevotellaxylaniphila
<400>32
agaggaccggccaggagaacgcagcacaggcaacacagcaagcgaggggcagcagaacag60
cgcaaggaggcgaccggcgcacggggagaacgcgaccaaccgcccacgcggggaagcccg120
aaaggaagaaacccgagaacgagcgcaggcgagaaaaagaacagaaaggaggggagcgcc180
caagcgggcggggaacggcccaccaaggcgacgagggaggggcgagaggaaggcccccac240
aggaacgagacacggccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaagggcgcgagcc300
gaaccagccaagagcgggaggacgacggcccacggggaaacccaaaggggaaaagggcca360
gaggccagcaggaccagaaaagcacggcaaccggccagcagccgcggaaacggaagagcg420
agcgaccggaagggaaagggagcgaggcgggcagcaagcagcggcaaaggcgcggccaac480
cgcgccgccggaaacggcagccgagagcacagggacaggaacggggagcgggaaagcaga540
acacgaggaacccgacgcgcaggcagaccggggcaacgacgcgaggccgaagggcgggac600
aaacaggaagaacccggagccgcacagaaacgagaagcccgcgcggcgacaaggcggcgg660
ccaagcgaaagcgaagcaccaccggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgg720
gggcccgcacaagcggaggaacagggaacgagaacgcgaggaaccacccgggcgaacgca780
gggcagggccggagacggccccccgggacccgcgaagggcgcagggcgcagccggccgga840
gggcggcaaggccaaacgagcgcaaccccccccccaggccacgggaagccgggcacgggg900
acacgccaccgcaagggcgaggaaggggggagacgcaaacagcacggcccacgccggggc960
gacacacggacaaggggggacagagggccgcgcccgggacggggccaacccaaagccccc1020
cagcggacggagcgcaacccgacccacgaagcggacgcagaacgcgcacagccaggcgcg1080
ggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaagccagaaagccggggggccgaagccggac1140
cgcgagggcggccagggaaaaccgggaggggcaagcgaacaaggaa1186
<210>33
<211>1165
<212>rna
<213>parabacteroidesjohnsonii
<400>33
agaggaccggccaggagaacgcagcgacaggcaacacagcaagcgaggggcagcaggaag60
agcaaacagaggcgaccggcgcacggggagaacgcgagcaacaccacagagggggaagcc120
cggcgaaagcggaaaacccaaaaacaggggccgcagggacagaaagacacgcgaagaagg180
cagcgccaaggcagggcggggaacggcccaccaaaccgacgaggaaggggcgagaggaag240
gcccccacaggacgagacacggaccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaaggc300
cgagaggcgaaccagccaagcgcggaaggagaaggacagggaaaccaaggggaaaaaggg360
ggacggccagagacccagaaaagcacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggag420
cgagcgaccggaagggaaaggggcgaggggaaaagcagcgggaaaggggccaaccaaaaa480
gccggaaacgggacgaggggaggaggcggaagcggggagcgggaaagcaagaacacgcag540
aacccaagcgaaggcagcacaaaccaaacgacacgaagcacgaaagcggggacaaacagg600
aagaacccggagccacgcagaaacgagaacaggaggcgaacacagaagccacagcgaaag660
cgaagaaccaccggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcaca720
agcggaggaacagggaacgagaacgcgaggaaccacccggggaacgagcagaccgaccga780
aagaggccagcaaagcgaacgagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggcca840
aacgagcgcaacccacacagacaacaggcaagcgaggaccgggagacgccagcgaagcgg900
aggaaggggggagacgcaaacagcacggcccacaccggggcgacacacggacaaggcagg960
acaaagggcagcaccggcgacaggagcaaccaaaccagccagcggacggagcgcaaccga1020
cccggaagcggacgcagaacgcgcacagccaggcgcgggaaacgcccgggccgacacacc1080
gcccgcaagccagggagccgggggaccgaagccgaaccgcaaggacggccagggaaaacg1140
ggacggggcaagcgaacaaggaacc1165
<210>34
<211>1181
<212>rna
<213>alistipessp
<400>34
agaggaccggccaggagaacgcagcggcaggccaacacagcaagcgaggggcagcgggag60
aagcgccaacgccggcgaccggcgcacggggcgaacgcgagcaaccacccagaacagggg120
gaaacacgagaaaggacaaacccaaacacaaaggggcacccgggaaaacccggggcggag180
ggcagcggaagcgggggaggaacggccaccaaggcaacgaacaagggggacgagaggaac240
cccccacaggacgagacacggaccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaaggac300
gcaagcgaaccagccagccgcggcaggaagacggccagaggaaacgcgacagggaaacca360
gaacgcgacgacgaaagaagacgaaaaggaccggcaacccggccagcagccgcggaaacg420
gagggccaagcgaccggaagggaaaggggcgaggcggagaaagagagggaaaaccgggca480
acaccggaacgcccaaacgagcagagaaaggcggaggsggaagagggagcgggaaagcag540
agacaacagaacaccgagcgaaggcagcaccaagcacgacggaggcacgaaagcggggga600
gcaaacaggaagaacccggagccacgcagaaacgagaaaccgcgcggcgaacacagcggc660
ggcaagcgaaagcgaaagaccaccggggagacgcgcaagaagaaaccaaaggaagacggg720
ggcccgcacaagcggaggaacagggaacgagaacgcgaggaaccacccgggcgaaagacg780
acgacggaaacaggaccccggggcaggaaacagggcgcagggcgcagccggccggagggc840
gggaagcccaaacgagcgcaaccccaccgaggccacaggcaagcgggcaccgacgggacg900
ccgggaagccgagaggaaggggggagacgcaaacagcacggcccacgccggggcacacac960
ggacaaggaggacagagggcagcacccgcgaagggagcgaaccgaaagccaccagcggac1020
ggaggcgaaacccgccccggaagggacgcagaacgcgcacagccaggcgcgggaaacgcc1080
cgggccgacacaccgcccgcaagccaggaagcggggggccgaagcggaccgcaaggagcg1140
accagggcaaaaccgggacggggcaagcgaacaaggagccg1181
<210>35
<211>1157
<212>rna
<213>parabacteroidesgordonii
<400>35
agaggaccggccaggagaacgcagcgacaggcaacacagcaagcgaggggcagcaggaag60
agcaaacgcggcgaccggcgcacggggagaacgcgagcaaccaccacagagggggaaacc120
cggcgaaagcggacaaaccgcaaaaacaggggcccgcagggaaagaaagaaagcgaagag180
ggcagcgccaagaagggaaggaacggcaccaagcgcgaggaaggggcgagaggaaggccc240
ccacacggacgagacacggaccagacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaagggcga300
gagccgaaccagccaagcgcggaaggagaaggacaggcgaaaccaaagggaaaaaggcgg360
acggccggagaccagaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggaccga420
gcgaccggaagggaaaggggcgaggggaaagcagcgggaaaggggccaaccaaaaagccg480
gaaacggaacgagaagaggaggcggaagcggggagcgggaaagcaagaacacgcagaacc540
caagcgaaggcagcacaaacaaacgacacgaagcacgaaagcgggggacaaacaggaaga600
acccggagccacgcagaaacgagaacaggaggcgaacacagaagccacagcgaaagcgaa660
gaaccaccggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcg720
gaggaacagggaacgagaacgcgaggaaccacccggggaacgcaggacagccgaaagagg780
accagcaaagccagcgagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggccaaacga840
gcgcaacccacagacaacaggcgcgaggaccaaagagacgccagcgaagcggaggaaggg900
gggagacgcaaacagcacggcccacaccggggcgacacacggacaaggggggacaaaggg960
cagcacacagcgaggagcaacccaaaccccaccagcggacgaagcgcaacccgaccggaa1020
gcggacgcagaacgcgcacagccaggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgca1080
agccagggaggggggaccaaagccgaaccgcaaggacggccaggaaaaccgagacggggc1140
aagcgaaccaaggaacc1157
<210>36
<211>1189
<212>rna
<213>eubacteriumlimosum
<400>36
agaggaccggccaggacgaacgcggcggagcaacacagcaagcgaacgagaagggaggac60
ccggggacaagaacggaaagggcgaacggggagaacgcggggaaccgcccaggaaaggaa120
agcccgggaaacgggagaaagccaaagggcgcaggcaagacagaaaacccgggccaagga180
ggacccgcgcccaagcaggggagaaacagcccaccaaggcgacgagggaaccggcgagag240
ggcgaacggcacacggaacgagacacggccagacccacgggaggcagcagggggaaagcg300
caagggggcaacccgacgcagcaaaccgcggaggaagaaggcggacgaaagccgagggga360
agaagaagacggacccaagaggaagcccggcaacacggccagcagccgcggaaacgaggg420
gacaagcggccggaagacgggcgaaagggcgcgaggcggcaaagcgaggaaaggaccggc480
caaccgggaaggcaggaaacggagacgagaggagaggcaagggaaccaggagcgggaaag540
cgagaaaggaggaacaccagggcgaaggcggcgcggacaaaacgacgcgagggcgaaagc600
gggggagcgaacaggaagaacccggagccacgccgaaacgagaagcagggggggaaacca660
ggccgcagaacacaaaagcaccgccggggagacgaccgcaagggaaaccaaaggaagacg720
gggacccgcacaagcagcggagcagggaacgaagcaacgcgaagaaccaccaggcgacac780
ccgacgagccagagaaggaagcccgggaacagagagacagggggcagggcgcagccggcg840
gagaggggaagcccgcaacgagcgcaaccccgccaggccagcaaaggggcaccagaggga900
cgccgagacaaacggaggaaggggggacgacgcaaacacagccccagaccgggcacacac960
ggcacaaggcgaacagagggccgcgaagccgcgagggaagcaaacccaaaacagacccag1020
cggagcaggcgcaaccgccgcagaagggaggcagaacgcggacagaagccgcgggaagcg1080
cccgggcgacacaccgcccgcacaccacgagagggcaacacccgaagccggagagaaccg1140
caaggaccagcagcgaaggggggcagaagggggaagcgaacaaggaacc1189
<210>37
<211>1190
<212>rna
<213>parabacteroidesdistasonis
<400>37
agaggaccggccaggagaacgcagcgacaggcaacacagcaagcgaggggcagcggggga60
gcaaacaccgccggcgaccggcgcacggggagaacgcgagcaacgccacagagggggaaa120
cccggcgaaagcggacaaaccgcagaagcagggacccgcagggaaagcaaagacacgcga180
agaaggcagcgccaaggcagggcggggaacggcccaccaaaccgacgaggaaggggcgag240
aggaaggcccccacaggacgagacacggaccaaacccacgggaggcagcaggaggaaagg300
caagggcgaagccgaaccagccaagcgcggagggagaaggcaggacgaaacccaaaggga360
aaaaggcgggacggcccggagaccagaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaa420
cggaggaccgagcgaccggaagggaaaggggcgaggcggccaagcagcgggaaagcgggc480
caaccaagaagccggaaacggggggcgagaggaggcaggcggaagcggggagcgggaaag540
caagaacacgcagaaccccgagcgaaggcagccgccaagccaacgacgcgagcacgaaag600
cgggggacaaacaggaagaacccggagccacgcagaaacgagacacagcggcgaacacga660
agcggcacagcgaaagcgaaggaccaccggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaa720
gacgggggcccgcacaagcggaggaacagggaacgagaacgcgaggaaccacccggggaa780
cgcacggaccgaggggaaacacccagcaaagccggcgagggcgcagggcgcagccggccg840
gagggcggcaaggccaaacgagcgcaacccgccacagacaacaggaggcgaggaccgggg900
gacgccagcgaagcgcgaggaaggcggggagacgcaaacagcacggcccacaccggggcg960
acacacggacaaggcgggacaaagggaggccaccggcgacagggagcgaaccccaaacca1020
cgccagcggacggagcgcaacccgacccggaagcggacgcagaacgcgcacagccaggcg1080
cgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaagccagggagccgggggaccgaagccga1140
accgaaaggacggccagggaaaacgggacggggcaagcgaacaaggaacc1190
<210>38
<211>1141
<212>rna
<213>bacteroidescellulosilyticus
<400>38
agaggaccggccaggagaacgcagcacaggcaacacagcaagcgaggggcagcagaccag60
caaagggaggcgaccggcgcacggggagaacacgaccaaccaccggaccgggaagcccga120
aagaaagaaaaccggaagaaacgagaaggcacgaaaagaacgaaaccgaggggagcgcca180
aggggcggggaacggcccaccaagacacgaggaaggggcgagaggaaggcccccacagga240
acgagacacggccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaaggacgagagcgaacc300
agccaagagcggaaggagacgcccaggggaaaccaagggaaaaaggagccacggggcgag360
accaacgaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggaccgagcgaccgg420
aagggaaagggagcgaggcggacaaagcagcggaaaggcggccaaccgaaaagcaggaac480
ggcgcgaggcagagaggaggcggaacggggagcgggaaagcagaacacgaagaacccgag540
cgaaggcagcacggacgaacgacgcgagccgaaagggggacaaacaggaagaacccggag600
ccacacagaaacgagaaaccgcggcgaaacagcaagcggccaagcgaaagcaaagaccac660
cggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcggaggaac720
agggaacgagaacgcgaggaaccacccgggcaaagcacgaaaaggaaacagaagccgcaa780
ggcagaggaagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggccaaacgagcgcaac840
ccacagacaacaggcagcgaggaccagagagacgccgcgaagaggaggaaggggggagac900
gcaaacagcacggcccacgccggggcacacacggacaaggggggacagaaggcagcacac960
agcgaggagcaacccaaaagcccccagcggaggagcgcaacccgacccagaagcggacgc1020
agaacgcgcacagccacggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaagccaga1080
aagccgggggaccgaagccgaaccgcaaggagcggccagggaaaacggaaggggcaagcg1140
a1141
<210>39
<211>1155
<212>rna
<213>bacteroidesclarus
<400>39
gagaacgcagcacaggcaacacagcaagcgaggggcagcgggggaagcgccaaccgccgg60
cgaccggcgcacggggagaacacgaccaaccgccgaaacccgggaagcccgaaagaaaga120
aaaccggaggcaagcccgcaggaaaacaaaagaacggacgaggggagcgccaaggcaggg180
cggggaacggcccaccaaaccgacgaggaaggggcgagaggaaggcccccacaggaacga240
gacacggccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaaggacgagagcgaaccagcc300
aagagcggaaggagacgcccaggggaaaccaacgggaaaaagagccacgggggcagaccg360
agaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggaccgagcgaccggaaggg420
aaagggagcgaggcggggaaagcagggaaaggcggccaaccgaaaagcaggaacggaccg480
aggcagcagagggggcggaacggggagcgggaaagcagaacacgaagaacccgagcgaag540
gcagccacggaggaacgacgcgagccgaaagggggacaaacaggaagaacccggagccac600
acagaaacgagaaaccgcgggcgaacaagcagcggccaagcgaaagcaaagaccaccggg660
gagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcggaggaacaggg720
aacgagaacgcgaggaaccacccgggcgaagcaacgacggaaggaaacagcccggacagg780
gaagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggccaaacgagcgcaacccacgaa840
gaccacaggcagcggggaccacgagacgccgcgaagaggaggaaggggggagacgcaaac900
agcacggcccacgccggggcacacacggacaaggggggacagaaggcagcacacggcgac960
ggagcaaccccaaaacccccagcggaggagcgcaacccgacccagaagcggacgcagaac1020
gcgcacagccacggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaagccagaaagcc1080
gggggaccgaagacgaaccgcaaggagcgccagggaaaacgggaggggcaagcgaacaag1140
gagccgaccggaagg1155
<210>40
<211>408
<212>rna
<213>anaerostipescaccae
<400>40
gaccaagacgagggcggacggggagaacgcgggggaaccgcccaacagggggaaacagcg60
gaaacggcgcaaaccgcaaagcgcacagaacgcagacagggaaaagcccggcagaaggag120
gcccgcgcgaagcgggggaggaacggccaccaaggcgacgacagagccggcgagagagga180
acggccacagggacgagacacggcccaaacccacgggaggcagcagggggaaagcacaag240
ggggaaacccgagcagcgacgccgcggaggaagaagacggagaaagccacagcagggaag300
aaaacagacggaccgacaagaagccccggcaacacggccagcagccgcggaaacgagggg360
gcaagcgaccggaaacggggaaaggggcgaggggcaggaagcagaagg408
<210>41
<211>1111
<212>rna
<213>bacteroidessalyersiae
<400>41
aggagaacgcagcacaggcaacacagcaagcgaggggcacaggggagcaaacaccgcggc60
gaccggcgcacggggagaacacgaccaaccgcccaccggggaagcccgaaagaaagaaaa120
cccgaggcaaacagaccccgggaaaagaacggagaggaggggagcgccaaggcagggcgg180
ggaacggcccaccaaacccgaggaaggggcgagaggaaggcccccacaggaacgagacac240
ggccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaagggcgagagccgaaccagccaaga300
gcggaaggagaccgcccaggggaaaccaagggaaaaaggggccacggggcagagaccaag360
aaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggaccgagcgaccggaagggaa420
agggagcgaggggacagaagcagggaaaggcggccaaccgaaaagcaggaaacgcggcga480
gacagagagggggcggaacggggagcgggaaagcagaacacgaagaacccgagcgaaggc540
agccacggacgcaacgacacgagccgaaagggggacaaacaggaagaacccggagccaca600
cagaaacgagaaaccgcggcgaaacagaagcggccaagcgaaagcaaagaccaccgggga660
gacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcggaggaacagggaa720
cgagaacgcgaggaaccacccgggcaaagcaaagaaagccggaaacggcaagccgcaagg780
caggaagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggccaaacgagcgcaacccac840
cagacaacaggcagcgaggaccggagagacgccgcgaagaggaggaaggggggagacgca900
aacagcacggcccacgccggggcacacacggacaaggggggacagaaggccgcacacagc960
gaggagccaacccaaagccccccagcggacgaagcgcaacccgaccggaagcggacgcag1020
aacgcgcacagccacggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaagccaggga1080
gccgggggaccgaagacgaaccgcaaggagc1111
<210>42
<211>1146
<212>rna
<213>bacteroidesfragilis
<400>42
agaggaccggccaggagaacgcagcacaggcaacacagcaagcgaggggcacaggaagaa60
agcgccgcggcgaccggcgcacggggagaacacgaccaaccgcccaccggggaagcccga120
aagaaagaaaacccgaagcaaagaccgcaggcaaaaaggaccggaaaggaggggagcgcc180
aaggggggaggaacggccaccaagnccgaggaaggggcgagaggaaggcccccacaggaa240
cgagacacggccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaagggcgcagccgaacca300
gccaagagcggaaggagaaggccagggcgaaaccaaaagaaaaaggcagagaacggagaa360
agaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggaccgagcgaccggaaggg420
aaagggagcgaggggacggaagcagggaaaggcggccaaccgaaaagcaggaacgcagcg480
agacagagagggggcggaacggggagcgggaaagcagaacacgaagaacccgagcgaagg540
cagccacggacgcaacgacacgagccgaaagggggacaaacaggaagaacccggagccac600
acagaaacgagaaaccgcggcgaaacagaagcggccaagcgaaagcaaagaccaccgggg660
agacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcggaggaacaggga720
acgagaacgcgaggaaccacccgggcaaagcagggaagagggaaacagcaggagcaacac780
cgcggaagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggccaaacgagcgcaaccca840
cagacaacaggagcgaggaccagagagacgccgcgaagaggaggaaggggggagacgcaa900
acagcacggcccacgccggggcacacacggacaaggggggacagaaggcagcagcgggga960
ccgagcaacccaaaagcccccagcggacgaagcgcaacccgaccggaagcggacgcagaa1020
cgcgcacagccacggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaagccagggagc1080
cgggggaccgaagacgaaccgcaaggacgccagggaaaacgggacggggcaagcgaacaa1140
ggaacc1146
<210>43
<211>1150
<212>rna
<213>bacteroidesuniformis
<400>43
agaggaccggccaggagaacgcagcacaggcaacacagcaagcgaggggcacaggaagaa60
agcgccgcggcgaccggcgcacggggagaacacgaccaaccgccgagaccggggaagccc120
gaaagaaagaaaacccgaggaacgaaaggcaccagcaaaagaacggcagaggggagcgcc180
aagggggcggggaacggcccaccaagccacgaggaaggggcgagaggaaggcccccacag240
gaacgagacacggccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaaggacgagagcgaa300
ccagccaagagcggaaggagacgcccaggggaaaccaacgggaaaaagaggcacgggccg360
agaccgagaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggaccgagcgaccg420
gaagggaaagggagcgaggcggagcaagcagggaaaggcggccaaccgaaaagcaggaac480
ggggcgagacagagaggcaggcggaacggggagcgggaaagcagaacacgaagaacccga540
gcgaaggcagcgcggacgaacgacgcgagccgaaagggggacaaacaggaagaacccgga600
gccacacagaaacgagaaaccgcggcgaaacagaagcggccaagcgaaagcgaagaccac660
cggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcggaggaac720
agggaacgagaacgcgaggaaccacccgggcaaagcaaagaagcggaaacagacagccgc780
aaggcaggaagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggccaaacgagcgcaac840
ccacgaagaccacaggagcggggaccgcgagacgccgcgaagaggaggaaggggggagac900
gcaaacagcacggcccacgccggggcacacacggacaaggggggacagaaggcagcacac960
gggacggagcaacccaaaacccccagcggaggagcgcaacccgacccagaagcggacgca1020
gaacgcgcacagccacggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaagccagaa1080
agccgggggaccgaaggcgaaccgcgaggagcgcccagggaaaacgggaggggcaagcga1140
acaaggaacc1150
<210>44
<211>1154
<212>rna
<213>bacteroideseggerthii
<400>44
agaggaccggccaggagaacgcagcacaggcaacacagcaagcgaggggcagcagagaag60
cgccaacgaggcgaccggcgcacggggagaacacgaccaaccgccgaaaccggggaagcc120
cgaaagaaagaaaacccgaagaagccgcaggcacaaaagaacggacgaggggagcgccaa180
gaagggcggggaacggcccaccaagcaacgaggaaggggcgagaggaaggcccccacagg240
aacgagacacggccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaaggacgagagcgaac300
cagccaagagcggaaggagacgcccaggggaaaccaacgggaaaaagggagagcaacccg360
agaccgagaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggaccgagcgaccg420
gaagggaaagggagcgaggcggggcaagcagggaaaggcggccaaccgaaaagcaggaac480
gggcgccgaggcagcaaggaggcggaacggggagcgggaaagcagaacacgaagaacccg540
agcgaaggcagcacggacgaacgacgcgagccgaaagggggacaaacaggaagaacccgg600
agccacacagaaacgagaaaccgcgggcgaacacagcagcggccaagcgaaagcaaagac660
caccggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcggagg720
aacagggaacgagaacgcgaggaaccacccgggcaaagcagcggaagagggaaacaacag780
cccgggccgcggaagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggccaaacgagcg840
caacccacaagacacaggcagcgaggaccaggagacgccgcgaagaggaggaagggggga900
gacgcaaacagcacggcccacgccggggcacacacggacaaggggggacagaaggcagca960
ccggcgacaggagcaacccgaaaacccccagcggaggagcgcaacccgacccagaagcgg1020
acgcagaacgcgcacagccacggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaagc1080
cagaaagccgggggaccgaagacgaaccgcaaggagcgccagggaaaacgggaggggcaa1140
gcgaacaaggaacc1154
<210>45
<211>1162
<212>rna
<213>clostridiumsp.
<400>45
acagcaagcggacgcaagccggcagagggcgaacggggagaagacaaagcaaccgccccg60
gagggggaaacgcggaaacggcagcaagaccgcaaggcaagaggacgcagcgacagaaaa120
cccacgggaagcacagggagggcagacgcaagccagcgggaggaacggccaccagggcga180
cgagcgagccggccgagagggggacggccacacgggacgagacacggcccagacccacgg240
gaggcagcagagggaacggcaagggcgaaagccgaccgagcaacgccgcggaaggaagaa300
gcacggagaaaccgagaaggaagaacggcagaggagggaagccaggcggacggaccagag360
gaagccacggcaacacggccagcagccgcggaaacgaggggcgagcgaccggaacagggc420
gaaagagggagcaggcggcaggcaggcgcgggaaagaccggagcaaaccggaagccggga480
aaccgcacagcagagagcacagaggacgcggaaccaggagcgggaaagcgagaaaggagg540
aacaccagggcgaaggcggcggcgggggcagcgacgccagcccgaaagcgggggagcaaa600
aggaagaacccagagccacgccgaaacgagaggcaagggggggcagacccaggcggagaa660
cgcaaaagcacccgccgagagacgcgcaagaagaaaccaaaggaagacgggggcccgcac720
aagcggggagcagggaacgaagcaacgcgaagaaccaccaggcgacaggagaaaaggccc780
ggagacagggagaagaaaccacacagggggcagggcgcagccggcggagaggggaagccc840
gcaacgagcgcaaccccggccaggccagcaaggggggaccggcgagacgcccgcaaggag900
gaggaaggcggggagacgcaaacacagccccagaccgggcacacacggcacaaggacgga960
cagagggaggcgaagccgcgaggggagcgaaacccagaaacccgcacagcggacgcagcg1020
caaccgacgcacgaagcggaacgcagaacgcgaacagcagcgcgggaaacgccgggccga1080
cacaccgcccgcacaccagagagggaacacccgaagccggggcccaaccgcaaggaggga1140
gcgcaagggggacgagaggggg1162
<210>46
<211>1153
<212>rna
<213>parabacteroidesgoldsteinii
<400>46
ggccaggagaacgcagcgacaggcaacacagcaagcgaggggcagcacgagagcaaacag60
gggcgaccggcgcacggggagaacgcgagcaaccaccacagaggggaaaacccggcgaaa120
gcggacaaaccgcaaaaacaggggccacaggaaaagaaagaaacgcgaagagggcagcgc180
caagaaggggaggaacggccaccaagccacgaggaaggggcgagaggaaggcccccacac240
ggacgagacacggaccagacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaagggcgagagccg300
aaccagccaagcgcggaaggagaaggacagggaaaccaagggaaaaaggaggaacggccg360
agaccaagaaaagcacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggagcgagcgaccg420
gaagggaaaggggcgaggggaaaagcagcgggaaaggggccaaccaaaaagccggaaacg480
ggacgagaagaggaggcggaagcggggagcgggaaagcaagaacacgcagaacccgagcg540
aaggcagcacaaacaaacgacacgaagcacgaaagcgggggacaaacaggaagaacccgg600
agccacgcagaaacgagaacagcggcgaacacagaagcggcacagcgaaagcgaagaacc660
accggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcggagga720
acagggaacgagaacgcgaggaaccacccggggaacgcaagacagccggaaacagagcca780
gaaagcaagcgagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggccaaacgagcgca840
acccacacagacaacaggcagcgaggaccaggagacgccagcgaagcggaggaagggggg900
agacgcaaacagcacggcccacaccggggcgacacacggacaaggggggacaaagggcag960
caccgggagcggagcaacccaaacccaccagcggacgaagcgcaacccgaccggaagcgg1020
acgcagaacgcgcacagccaggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaagcc1080
agggaggggggaccaaagccgaaccgcaaggacggccagggaaaaccgagacggggcaag1140
cgaacaaggaacc1153
<210>47
<211>1125
<212>rna
<213>bacteroidesthetaiotaomicron
<400>47
caggagaacgcagcacaggcaacacagcaagcgaggggcagcacaggcgcaaacggagag60
gcgaccggcgcacggggagaacacgaccaaccgccgaaaccggggaagcccgaaagaaag120
aaaacccgaggaaacagaccgcaggcgaaaagaacggacgaggggagcgccaaggcaggg180
gaggaacggccaccaaacccgaggaaggggcgagaggaaggcccccacaggaacgagaca240
cggccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaagggcgcaggccgaaccagccaag300
agcggaaggagacgcccaggggaaaccaagggaaaaagccacggggaagagaccaagaaa360
aggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggaccgagcgaccggaagggaaagg420
gagcgaggggacagaagcagggaaaggcggccaaccgaaaagcaggaacggcgcgagaca480
gagagggggcggaacggggagcgggaaagcagaacacgaagaacccgagcgaaggcagcc540
acggacgcaacgacacgagccgaaagggggacaaacaggaagaacccggagccacacaga600
aacgagaaaccgcggcgaaacagaagcggccaagcgaaagcaaagaccaccggggagacg660
ccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcggaggaacagggaacgag720
aacgcgaggaaccacccgggcaaagcagaaaaggaaacagaagccgaaggcaaaggaagg780
gcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggccaaacgagcgcaacccacagacaaca840
ggcagcgaggaccagagagacgccgcgaagaggaggaaggggggagacgcaaacagcacg900
gcccacgccggggcacacacggacaaggggggacagaaggcagcaccgggacaggagcaa960
cccaaaagcccccagcggacgaagcgcaacccgaccggaagcggacgcagaacgcgcaca1020
gccaggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaagccagaaagccgggggacc1080
gaagacgaaccgcaaggagcgccagggaaaacggaaggggcaagc1125
<210>48
<211>420
<212>rna
<213>lachnospiraceaebacterium
<400>48
gacgagcggcggacggggagaacgcggggaaccgcccaacagggggaaacagggaaacgg60
cgcaaaccgcaaagcgcacagaccgcaggaccgggaaaaacccggggagagaggacccgc120
gcgaagcagggggggaacggccaccaaggcgacgacagagccgaccgagaggggaccggc180
cacagggacgagacacggcccaaacccacgggaggcagcagggggaaagcacaaggggga240
aacccgagcagcgacgccgcggagcgagaagacggagaaagccacagcagggaagaaaag300
acggaccgacaagaagccccggcaacacggccagcagccgcggaaacgagggggcaagcg360
accggaacggggaaagggagcgagacggcaggcaagccagaggaaagcccggggccaacc420
<210>49
<211>1203
<212>rna
<213>clostridiumhathewayi
<400>49
ccaggagaacgcggcggcggcaacacagcaagcgagcgaagcggcaagaagcggaggaga60
aagacagcggcggacggggagaacgcggggaaccgccacacgggggaaacagagaaagac120
gcaaaccgcaaagcgcacagggccgcaggncggggaaaaacccggngggaagaggacccg180
cgcgaaggagggnggggaacggcccaccaagccgacgacagagccgaccgagaggggacc240
ggccacagggacgagacacggcccaaacccacgggaggcagcagggggaaaggacaaggg300
cgaaagccgaccagcgacgccgcggaggaagaagacggagaaagccacagcagggaagaa360
aagacggaccgacaagaagccccggcaacacggccagcagccgcggaaacgagggggcaa420
gcgaccggaacggggaaagggagcgagacggagcaagcgaaggaaagcccggggccaacc480
ccggacgcggaaacgagacgaggcaggagaggaagggaaccaggagcgggaaagcgagaa540
aggaggaacaccagggcgaaggcggcacggacgaacgacggaggccgaaagcgggggagc600
aaacaggaagaacccggagccacgccgaaacgagaaacagggcggggggcaaagccccgg660
gccgccgcaaacgcaaaagaccaccggggagacgcgcaagaagaaaccaaaggaagacgg720
ggacccgcacaagcggggagcagggaacgaagcaacgcgaagaaccaccaagcgacaccc780
acgaaaacacnaaccggacccccggagcagggagacagggggcagggcgcagccggcgga840
gaggggaagcccgcaacgagcgcaacccaccagagccagcgagagagcgggcaccgggga900
gacgccagggaaaccggaggaaggggggagacgcaaacacagccccagagggcacacacg960
gcacaaggcgaaacaaagggaggcaaaggagcgacggagcaaaccccaaaaaaacgccag1020
cggagcaggcgcaaccgccgcagaagcggaacgcagaacgcgaacagaagcgcgggaaac1080
gcccgggcgacacaccgcccgcacaccagggagggaacgcccgaagcaggacccaaccga1140
aaggagggagcgccgaaggcgggacgaaacgggggaagcgaacaaggagccgacggaagg1200
gcg1203
<210>50
<211>1177
<212>rna
<213>clostridiumlavalense
<400>50
gccaggagaacgcggcggcggccaacacagcaagcgaacgaagcayagagaagcggagga60
cgagagacgagggcggacggggagaacacgggaaaccgcccacacgggggacaacagaga120
aagacgcaaaccgcaaagcgcacagaccgcaggacagggaaaaacccggggggagaggac180
cgcgcgaagccagggcggggaacggcccaccaaagcgacgacagagccgaccgagagggg240
accggccacagggacgagacacggcccaaacccacgggaggcagcagggggaaagcacaa300
gggcgaaagccgagcagcgacgccgcggaggaagaagacggagaaagccacagcagggaa360
gaaagacggaccgacaagaagccccggcaacacggccagcagccgcggaaacgagggggc420
aagcgaccggaacggggaaagggagcgagacggcaggcaagcgaaggaaaacccagggcc480
aacccgggacgcggaaacgcaagcagaggcaggagaggaagggaaccaggagcgggaaag540
cgagaaaggaggaacaccagggcgaaggcggcacggacgaacgacggaggccgaaagcgg600
gggagcaaacaggaagaacccggagccacgccgaaacgagaggcagggggggggcaaagc660
cccgggccgcgcaaacgcaaaagcacccaccggggagacgcgcaagaagaaaccaaagga720
agacggggacccgcacaagcggggagcagggaacgaagcaacgcgaagaaccaccaagcg780
acacccgaccggcggaacggcgcccccgggacaagagagacagggggcagggcgcagccg840
gcggagaggggaagcccgcaacgagcgcaacccaccagagccagcanragagggcaccag900
ggagacgccagggacaaccggaggaaggggggagacgcaaacacagccccagagggcaca960
cacggcacaaggcgaaacaaagggaagcgacccgcgaagggagcaaaccaaaaaaacgcc1020
cagcggacgagcgcaacccgacacacgaagcggaacgcagaacgcgaacagaagcgcggg1080
aaacgcccgggcgacacaccgcccgcacaccagggagcagcaacgcccgaagcaggaccc1140
aaccgcaagagagggagcgccgaaggcggggcaggaa1177
<210>51
<211>1204
<212>rna
<213>ruminococcussp
<400>51
gaacgcggcggcggccaacacagcaagcgagcgaagcgcgcagaaccggaggaagaggac60
aggacgagcggcggacggggagaacgcggggcaaccgcccaacagggggaaacagagaaa120
gacgcaaaccgcaaagcgcacaggaccgcagggagggaaaaacccggggagagaggaccc180
gcgcgaaggagggggggaaaggccaccaagccgacgacagagccgaccgagaggggaccg240
gccacagggacgagacacggcccaaacccacgggaggcagcagggggaaagcacaagggg300
gaaacccgagcagcgacgccgcggaaggaagaagacggagaaaccacagcagggaagaag360
agacggaccgagaagaagcaccggcaaaacggccagcagccgcggaaacgagggcaagcg420
accggaacggggaaagggagcgagacggaaggcaagcggaggaaaacccagggccaaccc480
gggacgcggaaacgcagacggaggccggagaggaagcggaaccaggagcgggaaagcgag540
aaaggaggaacaccagggcgaaggcggcacggacgggacgacggaggccgaaagcggggg600
agcaaacaggaagaacccggagccacgccgaaacgagacacagggcggggcaaagcacac660
gggccgcagcaaacgcaaaagagccaccggggagacgcgcaagaagaaaccaaaggaaga720
cggggacccgcacaagcggggagcagggaacgaagcaacgcgaagaaccaccggcgacac780
cggagacgggcgagaagcgccgccccggggcaccgagacagggggcagggcgcagccggc840
ggagaggggaagcccgcaacgagcgcaacccaccagagccagcaaaagggggcaccggag900
agacgccagggagaaccggaggaaggggggagacgcaaacacagccccaggccagggcac960
acacggcacaaggcgaaacaaagggaagcgagaggggaccggagcgaacccaaaaaaacg1020
ccagcggagagcgcaaccgacacagaagcggaacgcagaacgcggacagcagccgcggga1080
aacgcccgggcgacacaccgcccgcacaccagggagcagaacgcccgaagccaggaccca1140
accagaggagggagcgcgaaggcgggacggaaacgggggaagcgaacaaggagccgacgg1200
aagg1204
<210>52
<211>1170
<212>rna
<213>clostridiuminnocuum
<400>52
gaccggccaggagaacgcggcggcagccaaacagcaagcgaacgaagcgaggaagcgccc60
aaagagacagggcgaacggggagaacacgaggaaccgcccaggccgggaaacgcggaaac120
ggagcaaaaccggaaggaacagagcgcagccagaaaaagcgcccacaaggcggaacagga180
ggaccgcggcgcaagcaggggaggaacggcccaccaaggcgagagcgagccggccgagag240
ggaaacggccacagggacgagacacggcccaaacccacgggaggcagcagagggaacgca300
agggggaaacccgaacgagcaagccgcggaggaagaaggccggacgaaagccggaaggaa360
gaacggccaagaggaaagcagggaggacggagcaccagaaagccacggcaacacggccag420
cagccgcggaaacgaggggcaagcgaccggaacagggcgaaaggggcgaggggcgacaag480
cgagaaaaggcaaggccaaccagaagcaggaaacggagcggaggcagaagagggcgagga540
accaggagcggaaaagcgagaaaggaggaacaccagggcgaaggcggcgccggcgaacga600
cacgaggcacgaaagcgggggagcaaaaggaagaacccagagccacgccgaaacgagaga660
acaaggggaggaacaggcgcagaacgcaaaagcccgccggggagagcacgcaagggaaac720
caaaggaagacgggggcccgcacaagcggggagagggaacgaagcaacgcgaagaaccac780
caggccgacaggaaacaaaacccagagaagggggaaaaggacacacagggggcagggcgc840
agccggcggagaggggaagcccgcaacgagcgcaacccgcgcagaccagcacaaggggga900
ccagcgagacgccgggacaaaccggaggaaggggggagacgcaaacacagccccaggccg960
ggcacacacgacacaaggcgaccacaaagagcagcgacacaggaggaagcgaaccaaaag1020
gcgccagcggagaagcgcaaccgaccagaagcggaacgcagaacgcagacagcagcgcgg1080
gaaacgccgggccgacacaccgcccgcaaaccagggagcagaaacccgaagccggggcaa1140
accgaaggaggagccgcgaaggaggaccga1170
<210>53
<211>8
<212>prt
<213>artificialsequence
<400>53
lysserprotrpphethrthrleu
15
<210>54
<211>1161
<212>rna
<213>artificialsequence
<400>54
cgaagaggaccggccaggagaacgcgacagaagcaacacagcaagcacgacccggggaag60
gggcggacggggagaacgcgaaagaacgccacagacgggacaacaggaaacgaagcaaac120
cggaaagagggcgcagacgaagaaagcaagcgcggagagagcgcgcccaagaggggagga180
acggccaccaagacgagagggagccggccgagaggggaacggccacaaggggacgagaca240
cggcccacccacgggaggcagcagggggaaaggacaaggaccaaaagcgaccagcaacgg300
gcacgaagaagcggaagaaaggccaggggaagaagcaggacggaccaacagaagaagcga360
cggcaaaacggccagcagccgcggaaacgagcgcaagcgaccggaagggcgaaagcgcgc420
aggcggcagaagcgaggaaaagcggggccaaccccgagcgggaaacgcaaacagagacgg480
agaggaggcggaacacaaggagagggaaacgagaagaggaagccgaggggaagccagcca540
cggacagaacgacgcaaagcgcgaaagcggggagcaaacaggaagaacccggagccacgc600
cgaaacgagaacaggggggggcgaacccagcgcccaagcaacgcgaaagaaccgccgggg660
agacgacgcaagagaaaccaaaggaagacggggacccgcacaagcggggagcagggaacg720
acgcaacgcgaggaaccaccagcggacacccaagaagaacagagagcggccccggaggaa780
cgggacagggggcaggcgcgcagccggcggagaggggaagcccgcaacgagcgcaacccc840
cgagaccacaaagggggaccagcgagacgccgcgagagcaggaggaaggggggagacgca900
agcacagccccaacgcgggcacacacggcacaagggagacagagagcgcaaaccgcgagg960
gaagcaaccaaaaacacagcggagaccgcaaccgagacagaagggaacgcagaacgcaaa1020
cagcaggcgggaaacgccgggcgacacaccgcccgcacaccacgagaggggcaccgaaga1080
acaggccaaccgaaggagggagccgagggggaagcgagggggaagcgaacaaggaccgac1140
gggaacggcggaggacacccc1161
<210>55
<211>1190
<212>rna
<213>artificialsequence
<400>55
cgaagaggaccggccaggagaacgcagcgacaggcaacacagcaagcgaggggcacagga60
agagcaaacagaggcgaccggcgcacggggagaacgcgagcaacaccacagagggggaag120
cccggcgaaagcggaaaacccaaaaacaggggccgcagggacagaaagacacgcgaagaa180
ggcagcgccaaggcagggcggggaacggcccaccaaaccgacgaggaaggggcgagagga240
aggcccccacaggacgagacacggaccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaag300
gccgagaggcgaaccagccaagcgcggaaggagaaggacagggaaaccaaggggaaaaag360
ggggacggccagagacccagaaaagcacggcaacccggccagcagccgcggaaacggagg420
agcgagcgaccggaagggaaaggggcgaggggaaaagcagcgggaaaggggccaaccaaa480
aagccggaaacgggacgaggggaggaggcggaagcggggagcgggaaagcaagaacacgc540
agaacccaagcgaaggcagcacaaaccaaacgacacgaagcacgaaagcggggacaaaca600
ggaagaacccggagccacgcagaaacgagaacaggaggcgaacacagaagccacagcgaa660
agcgaagaaccaccggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgca720
caagcggaggaacagggaacgagaacgcgaggaaccacccggggaacgagcagaccgacc780
gaaagaggcagcaaagcgaacgagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggcc840
aaacgagcgcaacccacacagacaacaggaagcgaggaccgggagacgccagcgaagcgg900
aggaaggggggagacgcaaacagcacggcccacaccggggcgacacacggacaaggcagg960
acaaagggcagcaccggcgacaggagcaaccaaaccagccagcggacggagcgcaaccga1020
cccggaagcggacgcagaacgcgcacagccaggcgcgggaaacgcccgggccgacacacc1080
gcccgcaagccagggagccgggggaccgaagccgaaccgcaaggacggccagggaaaacg1140
ggacggggcaagcgaacaaggagccgaccggaagggcggcggaacacccc1190
<210>56
<211>1061
<212>rna
<213>artificialsequence
<400>56
aaaaagaaaggaaaggaggggagcgcccaagcgggcggggaacggcccaccaaggcgacg60
agggaggggcgagaggaaggcccccacaggaacgagacacggccaaacccacgggaggca120
gcaggaggaaaggcaagggcgcgagccgaaccagccaagagcgggaggacgacggcccac180
ggggaaacccaaaggggaaaagggccagaggccagcaggaccagaaaagcacggcaaccg240
gccagcagccgcggaaacggaagagcgagcgaccggaagggaaagggagcgaggcgggca300
gcaagcagcggcaaaggcgcggccaaccgcgccgccggaaacggcagccgagagcacagg360
gacaggaacggggagcgggaaagcagaacacgaggaacccgacgcgcaggcagaccgggg420
caacgacgcgaggccgaagggcgggacaaacaggaagaacccggagccgcacagaaacga480
gaagcccgcgcggcgacaaggcggcggccaagcgaaagcgaagcaccaccggggagacgc540
cggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcggaggaacagggaacgaga600
acgcgaggaaccacccgggcgaacgcagggcagggccggagacggccccccgggacccgc660
gaagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggccaaacgagcgcaacccccccc720
ccaggccaccgggaagccgggcacggggacacgccaccgcaagggcgaggaaggggggag780
acgcaaacagcacggcccacgccggggcgacacacggacaaggggggacagagggccgcg840
cccgggacggggccaacccaaaaccccccagcggacggagcgcaacccgacccacgaagc900
ggacgcagaacgcgcacagccaggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaag960
ccagaaagccggggggccgaagccggaccgcgagggcggccagggaaaaccgggaggggc1020
aagcgaacaaggagccgaccggaagggcggcggaacacccc1061
<210>57
<211>1219
<212>rna
<213>artificialsequence
<400>57
cgaagaggaccggccaggagaacgcagcgacaggcaacacagcaagcgaggggcagcaca60
ggagcaaaccgggggcgaccggcgcacggggagaacgcgagcaacgccacagagggggaa120
acccggcgaaagcggacaaaccgcagaagcaggggccccgcaggggaagcaaagacacgc180
gaagaaggcagcgccaaggcagggcggggaacggcccaccaaaccgacgaggaaggggcg240
agaggaaggcccccacaggacgagacacggaccaaacccacgggaggcagcaggaggaaa300
ggcaaggccgagaggcgaaccagccaagcgcggagggagaaggcaggacgaaacccaaag360
ggaaaaaggcgggacggcccggagaccagaaaaggacggcaacccggccagcagccgcgg420
aaacggaggaccgagcgaccggaagggaaaggggcgaggcggccaagcagcgggaaagcg480
ggccaaccaagaagccggaaacggggggcgagaggaggcaggcggaagcggggagcggga540
aagcaagaacacgcagaaccccgagcgaaggcagccgccaagccaacgacgcgagcacga600
aagcgggggacaaacaggaagaacccggagccacgcagaaacgagacacagcggcgaaca660
cgaagcggcacagcgaaagcgaaggaccaccggggagacgccggcaacgggaaaccaaag720
gaagacgggggcccgcacaagcggaggaacagggaacgagaacgcgaggaaccacccggg780
gaacgcacggaccgaggggaaacacccagcaaagccggcgagggcgcagggcgcagccgg840
ccggagggcggcaaggccaaacgagcgcaacccgccacagacaacaggaaagcgaggacc900
gggggacgccagcgaagcgcgaggaaggcggggagacgcaaacagcacggcccacaccgg960
ggcgacacacggacaaggcgggacaaagggaagccaccggcgacagggagcgaaccccaa1020
accacgccagcggacggagcgcaacccgacccggaagcggacgcagaacgcgcacagcca1080
ggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcaagccagggagccgggggaccgaag1140
ccgaaccgcgaggacggccagggaaaacgggacggggcaagcgaacaaggagccgaccgg1200
aagggcggcggaacacccc1219
<210>58
<211>1205
<212>rna
<213>artificialsequence
<400>58
aggagaggaccggccaggagaacgcagcggcaggccaacacagcaagcgaggggcagcgg60
gagaagcgccaggccggcgaccggcgcacggggcgaacgcgagcaaccacccaaacaggg120
ggaaacacgagaaacggacaaacccaaacacaagaggggcacccgggaaaacccggggag180
gagggcagcggaagcaggggaggaacggccaccaaggcgacgaacaagggggacgagagg240
aaccccccacaggacgagacacggaccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaag300
gacgcaagcgaaccagccagccgcggcaggagacggccagaggaaacgcgacgagggaaa360
cccggaacggaccggcgaaagacgacgaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaa420
acggaggacaagcgaccggaagggaaaggggcgaggcgggaaagagagggaaaaccgggc480
aacaccggaacgcccaaacggagcagagagaggcggaggcggaagagggagcgggaaagc540
agagacaacagaacaccgagcgaaggcagcaccaaacaacgacggaggcacgaaagcggg600
ggagcaaacaggaagaacccggagccacgcagaaacgagaaaccgcgcggcgaacacagc660
ggggcaagcgaaagcgaaagaccaccggggagacgcgcaagaagaaaccaaaggaagacg720
ggggcccgcacaagcggaggaacagggaacgagaacgcgaggaaccacccgggcgaaaga780
cgacgacggaaacaggaccccggggcaggaaacagggcgcagggcgcagccggccggagg840
gcgggaagcccaaacgagcgcaaccccaccgaggccacaggcaagcgggcaccggcggga900
cgccgggaagccgagaggaaggggggagacgcaaacagcacggcccacgccggggcacac960
acggacaaggaggacagagggcagcacccaggagggagcgaaccgaaagccaccagcgga1020
ggaggcgaaacccgccccagaagggacgcagaacgcgcacagccaggcgcgggaaacgcc1080
cgggccgacacaccgcccgcaagccaggaagcggggggccgaagcggaccgcaaggagcg1140
accagggcaaaaccgggacggggcaagcgaacaaggagccgaccggaagggcggcggaac1200
acccc1205
<210>59
<211>1213
<212>rna
<213>artificialsequence
<400>59
agagaggaccggccaggacgaacgcggcggagcaacacagcaagcgaacgagaagggagg60
acccggggaacagaacggaaagggcgaacggggagaacgcggggaaccgcccaggaaagg120
aaagcccgggaaacgggagaaagccaaagggcgcaggcaagacagaaaacccgggccaag180
gaggacccgcgcccaagcaggggagaaacagcccaccaaggcgacgagggaaccggcgag240
agggcgaacggcacacggaacgagacacggccagacccacgggaggcagcagggggaaag300
cgcaagggggcaacccgacgcagcaaaccgcggaggaagaaggcggacgaaagccgaggg360
gaagaagaagacggacccaagaggaagcccggcaacacggccagcagccgcggaaacgag420
gggacaagcggccggaagacgggcgaaagggcgcgaggcggcaaagcgaggaaaggaccg480
gccaaccgggaaggcaggaaacggagacgagaggagaggcaagggaaccaggagcgggaa540
agcgagaaaggaggaacaccagggcgaaggcggcgcggacaaaacgacgcgagggcgaaa600
gcgggggagcgaacaggaagaacccggagccacgccgaaacgagaagcagggggggaaac660
caggccgcagaacacaaaagcaccgccggggagacgaccgcaagggaaaccaaaggaaga720
cggggacccgcacaagcagcggagcagggaacgaagcaacgcgaagaaccaccaggcgac780
acccgacgagccagagaaggaagcccgggaacagagagacagggggcagggcgcagccgg840
cggagaggggaagcccgcaacgagcgcaaccccgccaggccagcaaaggggcaccagagg900
gacgccgagacaaacggaggaaggggggacgacgcaaacacagccccagaccgggcacac960
acggcacaaggcgaacagagggccgcgaagccgcgagggaagcaaacccaaaacagaccc1020
agcggagcaggcgcaaccgccgcagaagggaggcagaacgcggacagaagccgcgggaag1080
cgcccgggcgacacaccgcccgcacaccacgagagggcaacacccgaagccggagagaac1140
cgaaggaccagcagcgaaggggggcagaagggggaagcgaacaaggagccgacggaaggg1200
cggcggacacccc1213
<210>60
<211>1193
<212>rna
<213>artificialsequence
<400>60
agaagaggaccggccaggagaacgcagcacaggcaacacagcaagcgaggggcagcaggc60
agcgcaaggcgaggcgaccggcgcacggggagaacacgaccaaccgccgcaccggccagc120
ccgaaaggaagaaaccaggagggacagagcacagccgcagaaaaggaccggagacgaggg180
gagcgccaagaagaggcggggaacggcccaccagcaacgaggaaggggcgagaggaaggc240
ccccacaggaacgagacacggccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaagggcg300
aggccgaaccagccaagagcggaaggagacgcccaggggaaaccaaaaggaaaaagcggg360
agcaacccggcagacagaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggacc420
gagcgaccggaagggaaagggagcgagaggagaagcagggaaaggcggccaaccgaaaag480
caggaacggagcgaggcaggaggcaggcggaacggggagcgggaaagcagaacacgaaga540
acccgagcgaaggcagccgcaagcgcaacgacagaggccgaaagggggacaaacaggaag600
aacccggagccacacggaaacgagaaaccgcggcgaaacggcaagcggccaagcgaaagc660
gaagaccaccggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaag720
cggaggaacagggaacgagaacgcgaggaaccacccgggcaaagcaccgaagaccggaaa780
cggcagcagcaaagcgagggaagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggcca840
aacgagcgcaacccggcagacaacagggagcgaggaccgacaagacgccacgaagaggag900
gaaggggggagacgcaaacagcacggcccacgccggggcacacacggacaaggggggaca960
gagggccgcaccacgcgagggagccaacccaaaaccccccagcggacggagcgcaacccg1020
acccacgaagcggacgcagaacgcgcacagccacggcgcgggaaacgcccgggccgacac1080
accgcccgcaagccagggagccgggggaccgaaggcgaaccgcgaggacgcccagggaaa1140
acgggacggggcaagcgaacaaggagccgaccggaagggcggcggaacacccc1193
<210>61
<211>1191
<212>rna
<213>artificialsequence
<400>61
cgaagaggaccggccaggagaacgcagcgacaggcaacacagcaagcgaggggcagcagg60
aagagcaaacgcggcgaccggcgcacggggagaacgcgagcaaccaccacagagggggaa120
acccggcgaaagcggacaaaccgcaaaaacaggggcccgcagggaaagaaagaagcgaag180
agggcagcgccaagaaggggaggaacggccaccaagccgaggaaggggcgagaggaaggc240
ccccacacggacgagacacggaccagacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaagggc300
gagagccgaaccagccaagcgcggaaggagaaggacaggcgaaaccaaggggaaaaaggc360
aggacggccggagacccagaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggagga420
ccgagcgaccggaagggaaaggggcgaggggcaagcagcgggaaaggggccaaccaaaaa480
gccggaaacggagggcgagaagaggaggcggaagcggggagcgggaaagcaagaacacgc540
agaacccaagcgaaggcagcacaaacaaacgacacgaagcacgaaagcgggggacaaaca600
ggaagaacccggagccacgcagaaacgagaacaggaggcgaacacagaagccacagcgaa660
agcgaagaaccaccggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgca720
caagcggaggaacagggaacgagaacgcgaggaaccacccggggaacgaaggaccggagg780
gaaacacccagcaaagcaaacgagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggcc840
aaacgagcgcaacccacagacaacaggcgagcgaggaccaaagagacgccagcgaagcgg900
aggaaggggggagacgcaaacagcacggcccacaccggggcgacacacggacaagggggg960
acaaagggcagcaccggcgacaggagcaacccaaaccccaccagcggacgaagcgcaacc1020
cgaccggaagcggacgcagaacgcgcacagccaggcgcgggaaacgcccgggccgacaca1080
ccgcccgcaagccagggaggggggaccaaagccgaaccgcaaggacggccagggaaaacc1140
gagacggggcaagcgaacaaggagccgaccggaagggcggcggaacacccc1191
<210>62
<211>1224
<212>rna
<213>artificialsequence
<400>62
aagaagaggaccggccaggacgaacgcggcggcgcgccaacacagcaagcgaacggagcg60
ccgaagcggaggaagagagcagcagggcgaacggggagaacacggagcaaccgcccaggg120
gggacaacaggaaacgaagcaaaccgcaaagaccacaggcgcaggcacaggggcaaagga180
accgcgaaagagggccgcgccgaagcagagggaggaacggcccaccaggcgacgacggag240
ccggacgagagggaacggccacagggacgagacacggcccagacccacgggaggcagcag300
ggggaaagcacaagggggaaacccgagcagcgacgccgcgggaggaagaaggccggagaa360
acccgcccaggggacgaaagacggacccgggaggaagcaccggcaacacggccagcagcc420
gcggaaaacgaggggcaagcggccggaaacggggaaagggagcgcaggcggaggcaaggg480
gaggaaacagggccaacccaaaagccaaaacgcagcgaggggagaggaggcggaacccgg540
gagcggggaagcgagaacgggaggaacaccagggcgaaggcggccacgggcacaacgacg600
cgaggccgaaagcagggagcaaacaggaagaacccggagccagccgaaacgagaacaggg660
gggaggagaccccccggccgcagaacacaaaagaaccaccggggagacgaccgcaaggga720
aaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcagggagagggaacgaagcaacgcgaagaac780
caccaggcgacacggagcaaccaagagaagggaagcccgggacaccagacagggggcagg840
gcgcagccggcggagaggggaagcccgcaacgagcgcaacccacgagacacgcaagagga900
ccagcgagacgccggacaaaacggaggaaggggggagacgcaaacacagcccagaccggg960
cacacacgacacaaggcaaacagagagaagcgaaccgcgaggggagcaaacccacaaaaa1020
agccagcggacgcaggcgcaacccgccgcggaagccggaagcagaacgcggacagcagcc1080
gcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcacaccagagagccggggggacccgaagc1140
ggagcaaccgcaaggaggacgccgccgaaggaaaacgggagggggaagcgaacaaggagc1200
cgacggaagggcggcggacacccc1224
<210>63
<211>1186
<212>rna
<213>artificialsequence
<400>63
agaagaggaccggccaggagaacgcagcacaggcaacacagcaagcgaggggcagcagaa60
cagcgcaaggaggcgaccggcgcacggggagaacacgaccaaccgccgagaccggggaag120
cccgaaagaaagaaaacccgaggcaagcccgcaggggaacaaaagaacggcacgagggga180
gcgccaagggggcggggaacggcccaccaagcccgaggaaggggcgagaggaaggccccc240
acaggaacgagacacggccaaacccacgggaggcagcaggaggaaaggcaaggacgagag300
cgaaccagccaagagcggaaggagacgcccaggggaaaccaacgggaaaaaggaggcacg360
ggccgagaccgagaaaaggacggcaacccggccagcagccgcggaaacggaggaccgagc420
gaccggaagggaaagggagcgaggcggacgcaagcagggaaaggcggccaaccgaaaagc480
aggaacggggcgagacagagaggcaggcggaacggggagcgggaaagcagaacacgaaga540
acccgagcgaaggcagccgcggacgaacgacgcgagccgaaagggggacaaacaggaaga600
acccggagccacacagaaacgagaaaccgcggcgaaacagaagcggccaagcgaaagcga660
agaccaccggggagacgccggcaacgggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcg720
gaggaacagggaacgagaacgcgaggaaccacccgggcgaagcaacgaagagggagacag780
cagccgcaaggcagggaagggcgcagggcgcagccggccggagggcggcaaggccaaacg840
agcgcaacccacgaagaccacagggagcggggaccgcgagacgccgcgaagaggaggaag900
gggggagacgcaaacagcacggcccacgccggggcacacacggacaaggggggacagaag960
gcagcacacggcgacggagcaacccgaaagcccccagcggaggagcgcaacccgacccag1020
aagcggacgcagaacgcgcacagccacggcgcgggaaacgcccgggccgacacaccgccc1080
gcaagccagaaagccgggggaccgaaggcgaaccgcaaggagcgcccagggaaaacggga1140
ggggcaagcgaacaaggagccgaccggaagggcggcggaacacccc1186
<210>64
<211>1241
<212>rna
<213>artificialsequence
<400>64
aggagaggaccggccaggacgaacgcggcggcggccaacacagcaagcgaacggagaaac60
ggagaacagggcgaacggggagaacgcgaggcaaccacccagacggggacaacaccgaaa120
ggaggcaaaccggaggacacgccgcaggcaggagaagaaagaggcccacaagaagcacgc180
aaaggagggccgcgcgaagcagggaggaacggacaccaaggcgagacagagccggcgaga240
ggagaacggccacagggacgagacacggcccaaacccacgggaggcagcagggggaaccc300
gcaaggacgaaagcgacggagcaacgccgcggaggagaaggacggcgaaagccggagacg360
aacggcaggggaacaagcagcaagacggagaaacgaggaagccacggcaacacggccagc420
agccgcggaaacgaggggcgagcggccggaaagggcgaaagagcagaggcggcaaaagcg480
agcggaaaagcggggccaaccccgaggcgcggaaacgaggcgaggcaggagaggaaaggg540
gaacccaggagcgggaaagcgagaagggaggaacaccagggcgaaggcgcccggacggcg600
acgcgagagcgaaagccagggagcgaacgggaagaaccccggagccggccgaaacgaggg660
acagggaggaggacgacccccggccggagaacgcaaaagaccccgccggggagacggccg720
caagggaaaccaaaggaagacgggggcccgcacaagcggggagagggaacgacgcaacgc780
gaagaaccaccaaggcgacagagaacgccagagaagagaccccggggacaagaaaacagg840
gggcaggcgcgcagccggcggagaggggaagcccgcaacgagcgcaaccccaccagacca900
gcaagaaagggggaccagggagacgccagggacaaccggaggaaggcggggagacgcaag960
cacagccccagcgggcacacacgacacaaggcggaaacagagggaagcgaagccgcgagg1020
cagagcaaaccccagaaacccgaccagcggacgcaggcgcaacccgccgcggaagcggaa1080
cgcagaacgcaggcagcaacgcgggaaacgcccgggccgacacaccgcccgcacaccacg1140
aaagggaacacccgaagccgggaggaaccaaggagccagccgcaaggggggccgagaggg1200
ggaagcgaacaaggagccgacggaagggcggcggacacccc1241
- 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞！