一种用于检测乳腺癌基因突变的基因panel及其检测方法与应用与流程

文档序号:22176572发布日期:2020-09-11 21:31阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种乳腺癌突变基因检测的基因panel,其特征在于,包括用于捕获靶向dna的靶向dna探针;

所述靶向dna包括人类基因组上基因的外显子区域、微卫星不稳定性位点以及基因融合位置区间。

2.根据权利要求1所述的基因panel,其特征在于,所述靶向dna探针是覆盖所对应基因全部外显子区域的全部探针组合;

优选地,所述靶向dna包括人类基因组上下述445个基因的外显子区域中的一个或多个:abcb1,abcc2,abcc4,abcg2,abl2,acvr1,acvr2a,aff3,aff4,ahr,akt1,akt2,akt3,alk,amer1,apc,ar,araf,arhgef12,arid1a,arid1b,arid2,arid5b,asxl1,asxl2,atm,atp10b,atp2b3,atr,atrx,aurka,axin1,axin2,b2m,bap1,bard1,bcl10,bcl11a,bcl11b,bcl2,bcl2l1,bcl6,bcl9,bcl9l,bcor,bcorl1,bcr,birc3,blk,blm,bmpr1a,braf,brca1,brca2,brd4,brip1,btg1,bub1b,cacna1d,calr,camta1,card11,casp8,cbfb,cbl,cblb,cblc,ccnd1,ccnd2,ccnd3,ccne1,cd274,cd79a,cd79b,cdc73,cdh1,cdh11,cdk12,cdk4,cdk6,cdk7,cdk8,cdk9,cdkn1a,cdkn1b,cdkn2a,cdkn2c,cebpa,chd2,chd4,chek1,chek2,cic,ciita,clip1,cltc,col1a1,crebbp,csf3r,csmd1,csmd3,ctcf,ctla4,ctnna1,ctnna2,ctnnb1,cul3,cux1,cxcr4,cyld,cyp19a1,cyp1b1,cyp2b6,cyp2c8,cyp2d6,cyp3a5,daxx,ddb2,ddr2,ddx10,ddx3x,dhfr,dhx9,dicer1,dnmt1,dnmt3a,dnmt3b,dot1l,dpp10,dpyd,drosha,egfr,eif3e,elf3,ep300,epas1,epha2,epha3,epha5,epha7,ephb1,erbb2,erbb3,erbb4,erc1,ercc1,ercc2,ercc3,erg,esr1,etv4,etv5,etv6,ewsr1,ext1,ezh2,fam135b,fanca,fancd2,fancf,fas,fat1,fat4,fbn2,fbxw7,fgf19,fgf3,fgf4,fgfr1,fgfr2,fgfr3,fgfr4,fh,flcn,flt3,flt4,foxa1,foxl2,foxo1,fubp1,fus,galnt13,gata1,gata2,gata3,gata6,gli1,gna11,gnaq,gnas,grin2a,gstp1,h3f3a,h3f3b,hif1a,hip1,hist1h3b,hla-a,hla-b,hla-c,hnf1a,hras,hsp90aa1,hsp90ab1,idh1,idh2,igf2,ikbkb,ikzf1,il21r,il6st,il7r,irf2,irf4,irs4,jak1,jak2,jak3,kat6a,kdm4a,kdm4b,kdm5c,kdm6a,kdr,keap1,kel,kif5b,kit,klf4,kmt2a,kmt2c,kmt2d,kras,lats1,lats2,lifr,lrig3,lrp1b,lrrc7,lztr1,malt1,map2k1,map2k4,map3k1,map3k13,mapk1,max,mdm2,mdm4,mecom,med12,mef2b,men1,met,mga,mlh1,msh2,msh6,msi2,msn,mthfr,mtor,mtr,myc,mycn,myd88,myh11,myh2,myh9,myo5a,nbn,ncoa1,ncoa2,ncor1,ncor2,nf1,nf2,nfatc2,nfe2l2,nfkbia,nin,nkx2-1,nono,notch1,notch2,notch3,notch4,npm1,nqo1,nras,nrg1,nrxn1,nsd1,nsd2,nsd3,ntrk1,ntrk2,ntrk3,numa1,nup214,oca2,palb2,parp1,pax3,pax5,pax8,pbrm1,pdcd1lg2,pde4dip,pdgfra,pdgfrb,pik3c2b,pik3c2g,pik3c3,pik3ca,pik3cb,pik3r1,pik3r2,pim1,plcg1,pms2,pold1,pole,polq,ppm1d,ppp2r1a,ppp6c,prdm1,prex2,prkar1a,prkcb,prss1,psip1,ptch1,pten,ptpn11,ptpn13,ptprb,ptprd,ptprk,ptprs,ptprt,qki,rac1,rad21,rad50,rad51,rad51b,rad51c,rad51d,rad52,rad54l,raf1,ranbp2,rasa1,rb1,rbm10,recql4,ret,rhoa,rnf213,rnf43,rptor,rspo2,runx1,runx1t1,rxra,ryr2,sage1,sall4,sdha,sdhaf2,setbp1,setd2,sf3b1,sh2b3,slc22a16,smad2,smad3,smad4,smarca4,smarcb1,smarcd1,smarce1,smo,socs1,sod2,sos1,sox9,spen,spop,spta1,srsf2,stag2,stat3,stat4,stat5b,stat6,stil,stk11,stk19,stk40,suz12,tbl1xr1,tbx3,tcf7l2,tec,tert,tet1,tet2,tgfbr1,tgfbr2,tnfaip3,tnfrsf14,top1,tp53,tp53bp1,tp63,tpmt,trim33,trip11,trrap,tsc1,tsc2,tshr,tyms,u2af1,ubr5,ugt1a1,usp6,vegfa,vhl,was,wee1,wrn,wt1,xpc,xpo1,xrcc1,xrcc2,zbtb16,zfhx3,znf423,znf521,znrf3。

3.根据权利要求1所述的基因panel,其特征在于,所述靶向dna探针是覆盖基因融合位置区间的全部探针组合;

优选地,所述基因融合包括下述人类基因对融合产生的566个dna片段中的一个或多个:

4.根据权利要求1所述的基因panel,其特征在于,所述微卫星不稳定性位点是覆盖所对应错配修复基因的全部基因位点组合;

优选地,所述基因panel上包含2573个微卫星不稳定性位点的探针,所述微卫星不稳定性位点包括下述错配修复基因中的一个或多个:

5.根据权利要求1-3任一所述的基因panel,其特征在于,所述靶向dna探针为核苷酸寡聚物,并与靶向dna或基因融合位置区间互补。

6.一种检测乳腺癌突变基因的方法,其特征在于,包括以下步骤:

ngs文库准备;

使用权利要求1-5任一所述的基因panel捕获靶向dna;

扩增靶向dna文库;

测序并进行突变检测,分析乳腺癌基因突变情况;

其中,所述突变检测是通过对比靶向dna序列与乳腺癌参考基因组序列来进行的,所述乳腺癌基因突变是指与乳腺癌对比参考基因组序列相比,靶向dna序列发生了核苷酸变化,所述核苷酸变化包括核苷酸变异、核苷酸插入和缺失、拷贝数变异、基因融合、微卫星不稳定性、肿瘤突变负荷以及人类白细胞抗原分型。

7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,所述分析乳腺癌基因突变情况的方法,包括以下步骤:

过滤乳腺癌样本的基因组测序序列;

将过滤后的样本基因组测序序列与参考基因组序列比对;

对样本进行单核酸变异、插入缺失标记、基因拷贝数变异以及微卫星不稳定性检测;

其中,若样本捕获区间的蛋白编码区间超过1m,则追加肿瘤突变负荷检测;若样本的类型为肿瘤/对照配对样本时,追加融合检测。

8.权利要求1-5所述的基因panel在制备检测乳腺癌的产品中的应用。

9.根据权利要求8所述的应用,其特征在于,所述产品包括检测试剂盒、检测装置、检测系统。

10.根据权利要求9所述的应用,其特征在于,所述检测试剂盒还包括权利要求1中所述的靶向dna探针;

所述靶向dna包括人类基因组上基因的外显子区域和/或微卫星不稳定性位点。


技术总结
本发明涉及一种用于检测乳腺癌基因突变的基因panel及其检测方法与应用。本发明的panel包含54419个靶向DNA探针,该靶向DNA包括人类基因组上445个基因的外显子区域,2573个微卫星不稳定性(MSI)位点和566个用于检测基因融合的位置区间。本发明中的检测方法可一次性检测肿瘤体细胞多位点DNA突变的SNV、Indel、CNV、Fusion、MSI、TMB、HLA分型等。便于在乳腺癌免疫治疗过程中根据患者的基因组特征选择最优的个体化治疗药物及方案。

技术研发人员:钱志荣;石建涛;李文斌;叶辉
受保护的技术使用者:北斗生命科学(广州)有限公司;钱志荣
技术研发日:2020.05.21
技术公布日:2020.09.11
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