西瓜mlo型抗白粉病基因快速鉴定的制作方法_2

文档序号:8295089阅读:来源:国知局
327983, TC289653, TC312087, TC132500, TC133436, TC317623, TC317025, TC315947, TC325903, TC315944, TC315912, TC322759, TC322059, TC330654, TC282713, TC293173, TC281861, TC283253, TC283383, TC285032, TC290021, TC302716, TC283487, TC282866, TC283441,TC281428, TC285118, TC285090 ;来自 GenBank 数 据库:AY967408, AF384145, AF384144, AY029312-AY029315, AY029317-AY029319, Z95352, AF369563-AF369565, AF369567, AF369569-AF369576, Z83834, Z95496, AY581255),对西瓜 数据库(http://www. icugi. org/)进行BLAST比对,选择相似度最高的序列进行下载,共获 得了 14 条候选的 MLO 型基因(cla002071 ;cla005044 ;cla005046 ;cla006975 ;cla008753 ; cla008904 ;cla008957 ;cla009651 ;cla010381 ;cla013018 ;cla014358 ;cla020573 ; cla021922 ;cla023394 ;)。
[0034] 2)西瓜MLO型基因保守结构域的鉴定
[0035] 为了进一步验证这些MLO基因准确性,我们对这14个候选的MLO基因进行了保守 结构域"ML0"的鉴定。以每一个候选的MLO型基因的氨基酸序列为基准,在PFAMQittp:// pfam.sanger.ac.uk/)网站上进行'ML0'保守结构域的鉴定,结果表明,每一个MLO型基因 都具有一个或者多个'ML0'结构域(图1)。
[0036] 3)西瓜MLO型基因的系统发育关系分析
[0037] 在先前的研究中,发现双子叶植物白粉病基因聚合成一个区组;因此,在构建系统 发育树中,我们选择了模式植物拟南芥的15个MLO型基因(其中3个基因是白粉病基因: AtML002,AtML006和AtMLOl2)、番茄抗白粉病基因、大麦白粉病基因和豌豆的白粉病基因 和西瓜MLO型基因聚类分析一起聚类分析。将西瓜MLO型基因和其他作物白粉病基因蛋白 质序列进行多序列联配(采用Clustal X 1. 83软件进行),并利用Genedoc软件(http:// www.nrbsc.org/gfx/genedoc/index.html)显不多序列联配的结果。将Clustal多序列联 配的结果输出到MEGA4. 0软件中,并利用此软件分别构建了邻接树(neighbor-joining, NJ),利用Bootstrapping方法对这些进化树进行了评估。结果发现在双子叶植物抗白粉病 基因区组内,存在3个西瓜候选的MLO型白粉病基因(见图2)。
[0038] 4)西瓜MLO型抗病基因的比对
[0039] 在大麦MLO型白粉病基因研究中,研究中相继发现了一些重要区域和单个氨基 酸,它们对大麦白粉菌侵染有着不可替代的作用。为了鉴定3个候选的西瓜白粉病基因中, 这些重要区域和氨基酸是否高度保守,我们对来自拟南芥的3个抗白粉病基因(AtML002、 AtML06和AtML012)、番茄白粉病基因(SlMLO)、豌豆白粉病基因(PsMLO)进行了氨基酸序列 比对分析。发现西瓜3个候选的白粉病基因与已知的MLO型白粉病基因7个跨膜区,30个 重要的氨基酸残基,1个钙调蛋白结合区(CaMBD)和两个与白粉菌识别有重要作用的区域 (I和II)高度保守(图3)。表明这三个基因就是西瓜MLO型抗白粉病基因。
【主权项】
1.西瓜抗白粉病基因,其特征在于选自下列3个基因或其之一: cla005044 氨基酸序列: MAAAAGGKSLEQTPTWAVAVVCFVLLLISIFIEYSLHLIGHWLKKRHKRALFEALEKIKSELMLLGFISLLL TVGQGPITEICIPQHVAATWHPCTKEKESEMNKMGDQSVQHLSTNGRRLLHLAGNGGSFRRILAAAGGADKCAAKGQ VSFISAEGIHQLHIFIFVLAVFHVLYCVLTYALARAKMRSWKTWEKETKTAEYQFSHDPERFRFARDTSFGRRHLSF ffTKNPALMWIVCFFRQFVRSVPKVDYLTLRHGFIMAHLAPQSHTQFDFQKYINRSLEEDFKVVVGISPPIWFFAVLF LLSNTHGWRAYLWLPFIPLIILLLIGTKLQVIITKMALRIQERGEVVKGVPVVEP⑶DLFWFNRPRLILYLINFVLF QNAFQVAFFAWTWYEFGLNSCFHEHTEDVVIRISMGVIVQILCSYVTLPLYALVTQMGSTMKPTIFNERVAAALRNW YHSARKHIKHNRGSITPMSSRPATPTHSMSPVHLLRHYKSEVDSFHNSPRRSPFDTDRWDNDSPSPSRHADGSSSSQ PHIEMGGYDKDPTEPGSTQIDPVQSSQTRTQHEIQIGGPKDFSFNRTE 核苷酸序列: ATGGCGGCTGCAGCCGGTGGCAAGTCGCTCGAGCAAACGCCGACGTGGGCCGTTGCGGTTGTTTGCTTCGTT TTGCTTCTCATCTCTATTTTCATCGAATATAGCCTCCATCTCATCGGACATTGGCTGAAGAAGAGACACAAACGGGC GTTATTTGAAGCACTAGAGAAGATCAAATCAGAGCTTATGTTATTGGGATTCATATCGCTGCTTCTAACAGTGGGGC AAGGTCCAATCACAGAGATATGTATCCCTCAACATGTAGCTGCCACGTGGCATCCATGTACAAAGGAGAAAGAAAGT GAGATGAACAAAATGGGGGATCAATCTGTGCAACATTTGTCTACTAATGGCCGGAGACTCCTCCATCTCGCCGGAAA TGGTGGAAGTTTCCGGCGGATTTTGGCCGCGGCCGGAGGAGCCGACAAGTGTGCTGCCAAGGGTCAAGTGTCGTTTA TTTCAGCAGAAGGAATTCATCAACTTCATATCTTCATATTTGTGTTGGCTGTTTTCCATGTTTTGTACTGTGTTCTT ACTTATGCTTTGGCTAGAGCAAAGATGAGGAGTTGGAAAACTTGGGAAAAAGAGACCAAAACTGCAGAATACCAATT CTCACATGATCCGGAGAGATTTAGGTTTGCAAGAGACACCTCGTTTGGGAGGAGACATTTGAGCTTCTGGACAAAGA ATCCTGCCCTAATGTGGATAGTTTGTTTCTTCAGGCAATTTGTAAGATCTGTTCCAAAAGTTGATTACTTGACATTA AGACATGGGTTTATAATGGCACATTTAGCACCTCAAAGTCATACACAATTTGATTTTCAAAAATACATTAATCGATC TCTTGAAGAGGACTTCAAAGTTGTCGTGGGAATCAGCCCACCAATTTGGTTCTTCGCTGTGCTGTTTCTCCTCTCAA ACACTCACGGTTGGAGGGCATATCTATGGCTGCCGTTCATCCCACTAATCATTTTGCTGCTGATCGGGACAAAGTTG CAAGTGATCATAACGAAAATGGCACTGAGAATACAAGAAAGAGGAGAAGTAGTGAAGGGCGTGCCAGTGGTTGAGCC TGGCGATGACCTTTTTTGGTTCAATCGCCCTCGCCTTATTCTTTATCTCATCAACTTTGTTCTCTTTCAAAATGCCT TCCAAGTTGCCTTCTTTGCTTGGACTTGGTATGAGTTCGGGTTGAATTCTTGTTTCCATGAGCATACAGAGGATGTG GTGATCCGAATTTCAATGGGGGTGATTGTACAAATCCTTTGCAGTTATGTTACTCTTCCTCTTTATGCACTGGTCAC TCAGATGGGTTCAACAATGAAGCCAACTATATTCAATGAGAGAGTGGCAGCGGCCCTTCGCAATTGGTACCACTCGG CTCGGAAGCACATCAAACACAACCGCGGTTCGATCACTCCAATGTCGAGCCGACCTGCCACCCCGACTCACAGCATG TCACCGGTCCACCTTCTCCGTCACTACAAGAGTGAGGTCGATAGCTTCCACAACTCGCCGAGAAGGTCACCATTTGA CACTGATCGTTGGGACAACGATTCGCCCTCACCGTCCCGTCATGCTGATGGTTCGTCTTCATCACAACCCCACATCG AGATGGGAGGCTATGACAAAGATCCGACCGAACCGGGGTCGACTCAAATTGACCCGGTTCAATCATCTCAAACCCGG ACTCAACATGAGATTCAAATTGGCGGCCCCAAAGACTTTTCCTTTAACAGAACAGAGTGA cla008753 氨基酸序列: MAGGAAGRSLEETPTWAVAAVCFVLVLISIIIEHILHLIGKWLKKKHKRALNEALEKIKSELMLLGFISLLL TVGQSLITNVCIPPNVAATWHPCSPQREQELTKQADLLLDSSDHNRRKLLAVSHVNATFRRALAAAGGTDKCAAKGK VPFVSEGGIHQLHIFIFVLAVFHVLYCVLTLALGNAKMRSWKSWEKETRTVEYQFSHDPERFRFARDTSFGRRHLSF WTKSPFLIWIVCFFRQFVRSVPKVDYLTLRHGFVMAHLAPQSDQKFDFQKYIKRSLEEDFKVVVSISPPIWFFAVLF LLFNTHGWRAYLWLPFVPLVIVLLVGTKLQVIITKMALRIQERGEWKGVPWEP ⑶ DLFWFNRPRLILYLINFVLF QNAFQLAFFAffTWKEFGMKSCFHEHTEDLVIRITMGVLVQILCSYVTLPLYALVTQMGSTMKPTIFNEKVATALRNW HHTARKHIKQNRGSLTPMSSRPTTPSHHMSPVHLLRHYRSELDSVHTSPRRSNFDNDHWDPDSPSPSHHFHRRPQAA DGSGSYSHHHRDVEAGDVDVVNDSTRPNPTTNSRDPDVQRTNNNSEQHEIDVGPSDFSFDRRVNKV 核苷酸序列: ATGGCCGGAGGTGCCGCCGGAAGGTCCTTGGAAGAGACGCCGACGTGGGCCGTCGCCGCCGTCTGCTTTGTT
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