一种用于乳腺癌辅助诊断的突变基因及其应用
【专利说明】一种用于乳腺癌辅助诊断的突变基因及其应用 发明领域
[0001] 本发明属于基因工程及肿瘤医学领域，涉及一种用于乳腺癌辅助诊断的突变基因 及其应用。
【背景技术】
[0002] 乳腺癌是全球第二大常见恶性肿瘤，在女性恶性肿瘤中居首位。据世界卫生组织 国际癌症研宄中心统计，2012年全球女性乳腺癌新发病例达167万，占全部女性恶性肿瘤 发病的25%。同时乳腺癌是全球第五位常见的恶性肿瘤死亡原因，居女性恶性肿瘤死亡原 因之首，全球共52万人因乳腺癌死亡，占所有女性恶性肿瘤死亡的14. 7%。而2012年，中 国女性乳腺癌新发病例18. 7万，发病人数仅次于肺癌，其中4. 8万女性因乳腺癌死亡，居女 性恶性肿瘤死亡的第六位。
[0003] 乳腺癌是具有很强遗传背景的恶性肿瘤，5-10%的乳腺癌是因为携带高外显率的 乳腺癌易感基因突变所致。BRCA1，BRCA2,TP53,PALB2,PTEN，CHEK2,ATM，RAD50等被认定 为乳腺癌易感基因，携带这些基因胚系突变的乳腺癌被称为遗传性乳腺癌，其中至少30% 的遗传性乳腺癌是由于BRCA1和BRCA2突变所致。
[0004] 突变位点的存在被认为赋予了个体不同的表型性状，以及对于环境暴露、药物治 疗等因素的不同反应性，因此突变位点可能是导致个体对常见疾病发病易感性差异的重要 遗传基础。将疾病的突变位点谱用于疾病的辅助诊断，具有广阔的应用前景。近年来，利用 突变位点对疾病进行辅助诊断已经成为临床和科研工作者的研宄热点，在肿瘤、先天性疾 病和心脑血管疾病等常见重大疾病上的应用价值已初见端倪。
[0005] 遗传性乳腺癌在临床上更多的表现为家族聚集性、发病年龄提前、双侧乳腺癌以 及合并其他肿瘤的特点，因此这些人群被认为是乳腺癌的高危人群。针对高危人群的遗传 风险评估和基因检测已成为欧美许多国家的标准化医疗选择。并且针对突变携带者会采取 一系列的预防措施，例如较早的进入乳腺癌筛查，并提高筛查频率，预防性药物的使用以及 各种预防性手术的实施。约30%的遗传性乳腺癌是由于BRCA1和BRCA2突变所致，而携带 BRCA1和BRCA2功能性突变也极有可能发展为乳腺癌患者，尤其是乳腺癌家族史携带者。中 国的BRCA1和BRCA2基因检测起步较晚，尽管有几项相关的研宄，但是尚未发现足够量的突 变"热点"，尤其是中国人群特异的乳腺癌相关突变。并且由于种族差异，欧美国家的突变谱 也不完全适用于中国人群，若能筛选出乳腺癌发病相关的突变位点作为生物标志物，并研 制相应的诊断试剂盒，对我国乳腺癌筛查和早期诊断必将是一次有力的推动。
【发明内容】
[0006] 本发明的目的是提供一种用于乳腺癌辅助诊断的突变基因。
[0007] 本发明另一个目的是提供检测上述突变位点的特异性引物。
[0008] 本发明第三个目的是提供上述突变基因及特异性引物在制备乳腺癌辅助诊断试 剂盒中的应用。
[0009] 本发明第四个目的是提供一种乳腺癌辅助诊断试剂盒。
[0010] 发明人通过分离和研宄乳腺癌患者及与其年龄匹配的健康对照外周血DNA中的 突变，寻找与乳腺癌相关的高特异性的突变位点，并研制出可临床或人群应用的乳腺癌辅 助诊断试剂盒，为乳腺癌的筛查和诊断提供支持。
[0011] 本发明的目的是通过下列技术方案实现的：
[0012] 一种用于乳腺癌辅助诊断的突变基因，该突变基因具有下列一个或多个突变位 占.
[0013] 与正常BRCA1 基因序列相比具有g. 41215910delA、g. 41244291delT、 g. 41223130A>T、g. 41256139T>A突变位点；
[0014] 与正常BRCA2 基因序列相比具有g. 32912699A>G、g. 32912799T>C、 g. 32914767-32914768delTT,g. 32906615-32906619de15,g. 32929399dupT, g. 3291 1757C>T,g.329 11659-32911662de1AAAA,g. 32914173-32914174insA, g. 32910963T>G、g. 32929083OA突变位点。
[0015] 正常BRCA1基因在NCBI参考数据库GRCh37.pl3中的编号为 NC_000017. 10 (41196312-41277500)，正常BRCA2 基因在NCBI参考数据库GRCh37.pl3 中的 编号为NC_000013. 10 (32889617-32973809)。
[0016] 用于检测上述的突变基因中突变位点的特异性引物，其中各突变位点对应的引物 序列为：
[0017] g. 41215910delA的引物为SEQIDNO. 1 和SEQIDNO. 2 ;
[0018] g. 41244291delT的引物为SEQIDNO. 3 和SEQIDNO. 4 ;
[0019] g. 41223130A>T的引物为 SEQIDNO. 5 和SEQIDNO. 6 ;
[0020] g. 41256139T>A的引物为 SEQIDNO. 7 和SEQIDNO. 8 ;
[0021] g. 32912699A>G的引物为 SEQIDNO. 9 和SEQIDNO. 10 ;
[0022] g. 32912799T>C的引物为 SEQIDNO. 11 和SEQIDNO. 12 ;
[0023] g. 32914767-32914768delIT的引物为SEQIDNO. 13 和SEQIDNO. 14 ;
[0024] g. 32906615-32906619del5 的引物为SEQIDNO. 15 和SEQIDNO. 16 ;
[0025] g. 32929399dupT的引物为SEQIDNO. 17 和SEQIDNO. 18 ;
[0026] g. 32911757C>T的引物为SEQIDNO. 19 和SEQIDNO. 20 ;
[0027] g. 32911659-32911662delAAAA的引物为SEQIDNO. 21 和 SEQIDNO. 22 ;
[0028] g. 32914173-32914174insA的引物为SEQIDNO. 23 和SEQIDNO. 24 ;
[0029] g. 32910963T>G的引物为SEQIDNO. 25 和SEQIDNO. 26 ;
[0030] g. 32929083C>A的引物为SEQIDNO. 27 和SEQIDNO. 28。
[0031] 上述的突变基因在制备乳腺癌辅助诊断试剂盒中的应用。
[0032] 上述的引物在制备乳腺癌辅助诊断试剂盒中的应用。
[0033] 一种乳腺癌辅助诊断试剂盒，该试剂盒用于检测外周血DNA中上述的突变基 因。即检测外周血DNA中是否具有下列突变位点中的一个或多个：BRCA1基因上是否 具有g.41215910delA、g.41244291delT、g.41223130A>T、g.41256139T>A突变位点； BRCA2 基因上是否具有g. 32912699A>G、g. 32912799T>C、g. 32914767-32914768delTT、 g. 32906615-32906619del5、g. 32929399dupT、g. 3291 1757C>T、 g. 32911659-32911662delAAAA、g. 32914173-32914174insA、g. 32910963T>G、g.32929083C>A突变位点。
[0034] 所述的诊断试剂盒，该试剂盒含有上述引物中的一种或多种。
[0035] 所述的诊断试剂盒，该试剂盒还可以包括PCR反应常用的试剂。
[0036] 具体地说：
[0037] 本发明采用Sanger测序技术在70例具有乳腺癌家族史的中国汉族女性乳腺癌患 者中，我们发现有1例患者存在BRCA1基因上的g. 41215910delA突变；1例患者存在BRCA1 基因上的g. 41244291delT突变；1例患者存在BRCA1基因上的g. 41223130AXT突变；1例患 者存在BRCA1基因上的g. 41256139T>A突变；1例患者存在BRCA2基因上的g. 32912699A>G 突变；1例患者存在BRCA2基因上的g. 32912799T>C突变；1例患者存在BRCA2基因上的 g. 32914767-32914768delIT突变；1 例患者存在BRCA2基因上的g. 32906615-32906619del5 突变；1例患者存在BRCA2基因上的g. 32929399dupT突变；1例患者存在BRCA2基因上的 g. 32911757CXT突变；1 例患者存在BRCA2 基因上的g. 32911659-32911662delAAAA突变；1 例患者存在BRCA2基因上的g. 32914173-32914174insA突变；1例患者存在BRCA2基因上 的g. 32910963T>G突变；1例患者存在BRCA2基因上的g. 32929083OA的突变。
[0038] 随