一种与鸡蛋蛋重相关的snp分子标记及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于基因检测技术领域，具体涉及一种与鸡蛋蛋重相关的SNP分子标记及 其应用。
【背景技术】
[0002] 在家禽生产中，蛋重是一个重要的经济性状，选择符合市场需要的蛋重是家禽育 种的主要目标和研究目的。由于不同国家和地区的消费者对蛋重的偏好不同，蛋重的大小 会直接影响鸡蛋在市场上的销售和价格，所以蛋重具有重要的经济价值。对于育种，种蛋的 蛋重也会影响雏鸡的质量，包括雏鸡初生体重、适应性和生产性能。
[0003] 对同一只母鸡，周龄因素对蛋重影响显著，在整个产蛋期，蛋重随母鸡周龄增加而 变大。产蛋后期蛋重过大会影响鸡蛋包装和销售。因此，探讨影响不同周龄母鸡所产鸡蛋 蛋重的遗传结构具有重要的经济价值和生物学意义。对不同母鸡，影响蛋重的主要原因是 遗传因素。目前发现共计有分布在17条染色体上的77个数量性状基因座（QTL)与蛋重相 关。但是大部分报道的与蛋重相关的QTL置信区间比较大，很难通过QTL图谱鉴定到影响 蛋重的突变原因。
[0004] 因此，为了鉴定表型和基因型之间的遗传联系，较准确地确定待测鸡的基因型以 方便对不同周龄母鸡所产鸡蛋蛋重进行早期选择，节省生产成本，更好地服务于家禽育种， 有必要研究开发新的与鸡蛋蛋重相关的遗传标记。
【发明内容】
[0005] 本发明的目的是为了准确地确定待测鸡的基因型以方便对不同周龄母鸡所产鸡 蛋的蛋重进行早期选择，节省生产成本，而提供一种与鸡蛋蛋重相关的SNP分子标记及其 应用。
[0006] 为实现上述目的，本发明提供下述技术方案。
[0007] 本发明提供的技术方案之一是：一种鸡的SNP分子标记，其对应于NCBI中公布的 鸡参考基因组Gallus_gallus-4. 0版本序列信息一号染色体正义链第169, 930, 974位脱氧 核苷酸，所述核苷酸为T或G。
[0008] 所述的鸡参考基因组Gallus_gallus-4. 0版本序列信息为NCBI网站上的公开信 息。所述一号染色体（对应Genbank登录号为CM000093. 3)正义链第169, 930, 974位单核 苷酸多态性在NCBI网站上对应的rs号为rs314058619。
[0009] 所述鸡的SNP分子标记与母鸡所产鸡蛋的蛋重相关，是一个新的分子标记。
[0010] 本发明提供的技术方案之二是：前述鸡的SNP分子标记在家禽遗传育种中的应 用。
[0011] 所述应用优选为根据SNP位点的基因型对不同周龄母鸡所产鸡蛋的蛋重进行早 期选择。
[0012] 其中，所述早期选择的判断依据为：TT基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于TG基因型和 GG基因型个体，TG基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于GG基因型个体。所述TT基因型母鸡是指 一号染色体正义链第169, 930, 974位脱氧核苷酸为Τ的纯合子的母鸡；GG基因型是指该位 点为碱基G的纯合子；TG基因型母鸡是指该位点为Τ和G的杂合子。
[0013] 所述不同周龄母鸡所产鸡蛋是指母鸡处于不同周龄时所产的鸡蛋。所述不同周龄 母鸡所产鸡蛋的蛋重优选为初产蛋重、32周龄蛋重、36周龄蛋重、40周龄蛋重、44周龄蛋 重、48周龄蛋重、52周龄蛋重、56周龄蛋重或60周龄蛋重。
[0014] 所述根据SNP位点的基因型对不同周龄母鸡所产鸡蛋的蛋重进行早期选择之应 用优选包括如下步骤：检测鸡一号染色体正义链第169, 930, 974位脱氧核苷酸，以"ΤΤ基因 型母鸡所产鸡蛋蛋重高于TG基因型和GG基因型个体，TG基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于GG 基因型个体"为判断依据进行个体选择。
[0015] 具体地，其优选包括步骤：
[0016] (1)提取待测鸡的基因组DNA ;
[0017] (2)米用基因分型芯片Axiom?Genome-WideChickenGenotypingArray检测待 测鸡的基因型；
[0018] (3)按照"TT基因型母鸡所产鸡蛋蛋重高于TG基因型和GG基因型个体，TG基因 型母鸡所产鸡蛋蛋重高于GG基因型个体"为判断依据进行个体选择。
[0019] 其中，步骤（1)中所述提取待测鸡的基因组DNA的方法可以为本领域常规，较佳地 为：对待测鸡进行鸡翅静脉采血，用抗凝剂进行抗凝处理后经裂解、蛋白酶消化处理，然后 采用酚仿法提取基因组DNA，以灭菌双蒸水溶解后备用。所述鸡翅静脉采血和酚仿法均为本 领域的常规操作。
[0020] 步骤（2)中所述基因分型芯片Axiom?Genome-WideChickenGenotypingArray 为美国昂飞公司（Affymetrix，Inc.)产品，其产品货号为902148。
[0021] 步骤（2)中所述检测待测鸡的基因型是指检测鸡一号染色体正义链第 169, 930, 974位脱氧核苷酸，其结果为TT、TG或GG。TT基因型母鸡是指一号染色体正义链 第169, 930, 974位脱氧核苷酸为T的纯合子的母鸡；GG基因型是指该位点为碱基G的纯合 子；TG基因型的鸡是指该位点为T和G的杂合子。
[0022] 在符合本领域常识的基础上，上述各优选条件，可任意组合，即得本发明各较佳实 例。
[0023] 本发明所用试剂和原料均市售可得。
[0024] 本发明的积极进步效果在于：
[0025] 本发明的SNP位点在之前没有被报道过，是一新发现的遗传分子标记。其可以应 用于不同周龄母鸡所产鸡蛋的蛋重的早期选择及辅助于鸡的育种，能够有助于节省生产成 本并加快遗传进展，具有很大的经济应用价值和科研价值。
【附图说明】
[0026]图1为实施例2中不同基因型与蛋重关联分析的结果图，其中，横坐标为周龄，纵 坐标表示蛋重。
【具体实施方式】
[0027] 以下实施例用于说明本发明，但并不用来限制本发明的范围。除特殊说明的之外， 各实施例中所用的设备和试剂均常规市售可得。
[0028] 下述实施例中的％，如无特殊说明，均为质量百分含量。
[0029] 待测群体来自于江苏省家禽科学研究所，将白来航纯系与东乡绿壳蛋鸡纯系进行 正反交，产生F2代群体用于后续表型记录和全基因组关联分析。
[0030] 实施例1rs314058619位点SNP与蛋重相关性的确认
[0031] 实验材料：1534只江苏省家禽科学研究所白来航与东乡绿壳蛋鸡杂交F2代个体。
[0032] 一、蛋重测定
[0033] 分别测定每个个体初广蛋重以及32周龄蛋重、36周龄蛋重、40周龄蛋重、44周龄 蛋重、48周龄蛋重、52周龄蛋重、56周龄蛋重、60周龄蛋重。
[0034] 二、SNP的检测
[0035] 1、基因组DNA提取
[0036] 鸡翅静脉采血，ACD抗凝剂（1. 32% (m/v)柠檬酸钠、0. 48% (m/v)柠檬酸、1. 47% (m/v)葡萄糖）抗凝后经裂解、蛋白酶（购自生工生物工程（上海）股份有限公司）消化处 理，采用酚仿法提取DNA，灭菌双蒸水溶解。
[0037] 2、基因分型
[0038] 取各待测鸡的基因组DNA，采用美国昂飞公司的600KAffymetrixAxiomChicken GenotypingArray(商品目录号：902148)检测每个个体的基因型。
[0039] 三、母鸡在每个周龄所产鸡蛋的蛋重单性状全基因组关联分析
[0040] 米用genome-wideefficientmixed-modelassociation(GEMMA)统计分析软 件的混合线性模型进行统计分析，具体可参考："Genome-wideefficientmixed-model analysisforassociationstudies'，，XiangZhouetal. ,NatureGenetics,VOLUME 44,NUMBER7,JULY2012，以及"Efficientmultivariatelinearmixedmodel algorithmsforgenome-wideassociationstudies'，，KrinaTZondervanandLonR Cardon,PROTOCOL,VOLUME2,NUMBER10,OCTOBER, 2012〇
[0041] 统计分析模型为：
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