SMARTCHIP)上产生的扩增子的动态范围的方法。某些阱中产生的扩增子 数量与其它阱中产生的扩增子数量的大差异可能形成大的动态范围（某些阱中产生的扩 增子的量对比其它阱中产生的扩增子的量的大差异）。在对扩增子进行测序时，此类大差异 可能形成覆盖深度方面的大误差。阱之间的扩增子产量可能存在差异一个原因涉及PCR反 应中的引物设计和后续效率。对于纳米阱芯片（例如，具有预装载有PCR引物的阱），在受 关注的扩增子内，常常存在在对扩增子进行测序时可导致大范围的测序覆盖的扩增子扩增 范围。这种覆盖上的差异可例如高达50倍或更多。例如，在1000个测序扩增子的情况下， 具有30X至1500X或50倍扩展的测序覆盖范围将不是非典型的。
[0081] 用于减小纳米阱芯片中的覆盖的动态范围以使得针对芯片上给定靶标所产生的 扩增子至少部分地归一化的示例性方法如下。此类方法可单独使用或以任一和所有组合的 方式组合：
[0082] i)在特定实施方案中，如果发现某些阱为特定芯片上的低表达者，那么可将芯片 配置修改成使用更多对于低表达扩增子可用的阱以便相对于其它阱提高总量。例如，如果 覆盖的跨度为30X至1500X，并且30X阱随后一式三份运行，则预期的覆盖范围将为90X至 1500X、或仅17X跨度。
[0083] ii)在另一个实施方案中，高表达的扩增子可多路复用以降低其产量。例如，对于 小数量扩增子（例如两组到四组）的多路复用，与单个管分析相比，引物设计制作的更简单 (其中结合有数以百计的引物），并且有害相互作用的机会更大。
[0084] iii)在一些实施方案中，一种方法是基于针对高扩增子反应的引物滴定和引物稀 释和/或相反地针对低扩增子反应增加引物浓度。
[0085] iv)用于减小扩增子扩增的动态范围的另一种方法涉及使用设计用于富含GC的 靶标的主混合物。某些靶标的一个问题是富含GC的区域通常产生少量的扩增子。例如，主 混合物可包括甜菜碱或允许增加富含GC区域的PCR扩增的其它试剂。
[0086] V)在某些实施方案中，可将以标准引物生成高扩增子水平的靶标切换成对于所述 靶标效率较低的引物，以便减小在PCR期间产生的扩增子水平。
[0087] vi)在特定实施方案中，可更改特定讲的热循环温度以便在给定讲中产生更少量 (或更大量）的扩增子。
[0088] vii)在一些实施方案中，调整阱的深度、宽度和/或整体容积以补偿高或低的扩 增子产量。例如，较深的阱可用于低表达的扩增子，而较浅的阱可用于高表达的扩增子。 [0089] 在某些实施方案中，如以上所提及，采用多路复用来减小高表达的扩增子的浓度。 以下简化实例可用于确定在一组特定引物的情况下这种多路复用是否有用。选择四个引 物，具有对人类基因组DNA大致相当的CT (例如来自BCH的四个引物，"A"、"B"、"C"、"D"）。 这些引物以如下七种配置分配在384阱板或纳米阱芯片的阱中：A、B、C、D、A+B、A+B+C、和 A+B+C+D。所有引物均以标称浓度分配并且进行热循环（例如在LC480上）。随后测量每 个阱中的扩增子的DNA浓度（例如，使用分光光度计）。如果所有阱均具有大致相同的DNA 浓度，则用于减弱高表达分析的多路复用应为有用的。如果根据阱中引物的数量来称取DNA 浓度，则多路复用可能将不会有用。
[0090] 本申请中提及的所有出版物和专利均以引入方式并入本文。在不脱离本发明的范 围和精神的情况下，对本发明的所述方法和组合物的各种修改和变化对于本领域的技术人 员来说将是明显的。虽然已结合特定的优选实施方案描述了本发明，但应当理解，本发明如 所要求保护的那样不应过度地受限于此类具体实施方案。实际上，对用于执行本发明的所 述模式的各种修改（这些修改对于相关领域的技术人员来说是明显的）旨在以下权利要求 书的范围内。
【主权项】
I. 一种从芯片中的至少一个开放式阱移除受抑制液体的方法，所述方法包括： a) 提供包括与芯片相邻的至少一个提取固定装置的组件， i) 其中所述芯片包括衬底和形成于所述衬底中的多个开放式阱，其中所述多个开放式 阱包含受抑制液体，并且 ii) 其中所述至少一个提取固定装置与所述芯片相邻，以使得被迫离开所述多个开放 式阱的任何所述受抑制液体由所述至少一个提取固定装置收集；以及 b) 使所述组件经受力以使得所述受抑制液体的至少一部分成为释放液体，所述释放液 体从所述多个开放式阱中的至少一个流出并且由所述至少一个提取固定装置保持或流过 所述至少一个提取固定装置。 2?如权利要求1所述的方法，其中所述力选自由以下组成的组：向心力、离心力、真空 力和运动突然停止。
3. 如权利要求1所述的方法，其中所述力是由离心机生成。
4. 如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个提取固定装置包括提取固定装置基 部，其中所述提取固定装置基部包括被设定尺寸以收集流体的锥形区段。
5. 如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个提取固定装置包括提取固定装置基 部，其中所述提取固定装置基部包括：i)被设定尺寸以保持所述芯片的口袋部件；ii)被设 定尺寸以收集流体的锥形区段；以及iii)被设定尺寸以保持垫圈的垫圈轨道。
6. 如权利要求5所述的方法，其中所述至少一个提取固定装置还包括：i)被设定尺寸 以附接至所述提取固定装置基部以便封闭所述芯片的提取固定装置顶板；ii)被配置成配 合在所述芯片与所述提取固定装置顶板之间的纸垫圈；以及iii)被配置成允许通过所述 固定装置顶板分配样品的样品杯。
7. 如权利要求1所述的方法，其中从所述多个开放式阱中的至少一个流出的所述液体 由所述至少一个提取固定装置保持。
8. 如权利要求1所述的方法，其还提供基部保持部件，其中所述基部保持部件被设定 尺寸以保持与所述芯片相邻的所述至少一个提取固定装置。
9. 如权利要求8所述的方法，其还包括安装在所述基部保持部件中的至少一个收集 管，其中从所述多个开放式阱中的至少一个流出的所述液体流过所述至少一个提取固定装 置进入所述至少一个收集管中。
10. 如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个提取固定装置附接至所述芯片。 II. 如权利要求1所述的方法，其中所述受抑制液体的至少35%成为所述释放液体并 且从所述多个开放式阱流出并且由所述提取固定装置收集。
12. 如权利要求1所述的方法，其中所述受抑制液体是受表面张力抑制的液体。
13. 如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个提取固定装置包括至少两个提取固 定装置。
14. 如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个提取固定装置包括至少九个提取固 定装置。
15. 如权利要求1所述的方法，其中所述多个开放式阱中的每一个具有在0. 1纳升与 500纳升之间的容积。
16. 如权利要求1所述的方法，其中所述多个开放式阱中的每一个具有在I. 0纳升与 250纳升之间的容积。
17. 如权利要求1所述的方法，其中所述多个开放式阱包括至少3个开放式阱。
18. 如权利要求1所述的方法，其中所述多个开放式阱包括至少1000个开放式阱。
19. 如权利要求1所述的方法，其中所述受抑制液体包含PCR试剂。
20. 如权利要求1所述的方法，其中所述受抑制液体包含扩增的核酸。
21. 如权利要求1所述的方法，其还包括使所述释放液体经受核酸检测分析的步骤。 22?如权利要求1所述的方法，其中所述芯片具有IOmm至200mm的长度、IOmm至200mm 的宽度和〇? Imm至10厘米的厚度。
23. 如权利要求1所述的方法，其中所述衬底包括选自由以下组成的组的材料：玻璃、 陶瓷、类金属、硅、硅酸盐、氮化硅、二氧化硅、石英、砷化镓、塑料和有机聚合物材料。
24. 如权利要求1所述的方法，其中所述芯片还包括单独控制的加热元件，每个所述加 热元件可操作地连接至开放式阱。
25. 如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个提取固定装置通过附接部件附接至 所述芯片或保持与所述芯片相邻，所述附接部件选自由以下组成的组：螺丝、粘合剂、至少 一个夹具和螺栓。
26. -种从芯片中的至少一个开放式阱移除受抑制液体的方法，所述方法包括： 使组件经受力，其中所述组件包括与芯片相邻和/或附接至所述芯片的至少一个提取 固定装置， 其中所述芯片包括衬底和形成于所述衬底中的多个开放式阱， 其中所述多个开放式阱包含受抑制液体，并且 其中所述使所述组件经受力使得所述受抑制液体的至少一部分成为释放液体，所述释 放液体从所述多个开放式阱中的至少一个流出并且由所述至少一个提取固定装置保持或 流过所述至少一个提取固定装置。
27. -种组件，其包括：与芯片相邻和/或附接至所述芯片的至少一个提取固定装置， 其中所述芯片包括衬底和形成于所述衬底中的多个开放式阱，其中所述多个开放式阱 含有液体并且被设定尺寸，以使得不管所述芯片如何取向所述液体的性质均阻止其从所述 开放式阱流出，并且 其中所述至少一个提取固定装置与所述芯片相邻和/或附接至所述芯片，以使得被迫 离开所述多个开放式阱的任何所述液体流过所述至少一个提取固定装置或由所述至少一 个提取固定装置保持。
28. 如权利要求27所述的组件，其中所述至少一个提取固定装置包括提取固定装置基 部，其中所述提取固定装置基部包括被设定尺寸以收集流体的锥形区段。
29. 如权利要求27所述的组件，其中所述至少一个提取固定装置包括提取固定装置基 部，其中所述提取固定装置基部包括：i)被设定尺寸以保持所述芯片的口袋部件；ii)被设 定尺寸以收集流体的锥形区段；以及iii)被设定尺寸以保持垫圈的垫圈轨道。
30. 如权利要求29所述的组件，其中所述至少一个提取固定装置还包括提取固定装置 顶板，所述提取固定装置顶板被设定尺寸以附接至所述提取固定装置基部以便封闭所述芯 片。
31. 如权利要求27所述的组件，其中从所述多个开放式阱中的至少一个流出的所述液 体由所述至少一个提取固定装置保持。
32. 如权利要求27所述的组件，其还提供基部保持部件，其中所述基部保持部件被设 定尺寸以保持与所述芯片相邻的所述至少一个提取固定装置。
33. 如权利要求32所述的组件，其还包括安装在所述基部保持部件中的至少一个收集 管，其中从所述多个开放式阱中的至少一个流出的所述液体流过所述至少一个提取固定装 置进入所述至少一个收集管中。
34. 如权利要求27所述的组件，其中所述至少一个提取固定装置附接至所述芯片。
35. 如权利要求27所述的组件，其中所述至少一个提取固定装置包括至少两个提取固 定装置。
36. 如权利要求27所述的组件，其中所述至少一个提取固定装置包括至少九个提取固 定装置。
37. 如权利要求27所述的组件，其中所述多个开放式阱中的每一个具有在0. 1纳升与 500纳升之间的容积。
38. 如权利要求27所述的组件，其中所述多个开放式阱中的每一个具有在I. 0纳升与 250纳升之间的容积。
39. 如权利要求27所述的组件，其中所述液体的所述性质是表面张力。
40. 如权利要求27所述的组件，其中所述