预测肝癌预后的组合物或试剂盒的制作方法
【专利说明】
[0001] 本申请是分案申请，其原申请的国际申请号为PCT/KR2010/006357，中国国家申请 号为201080069658. 8,申请日为2010年9月16日，发明名称为"预测肝癌预后的组合物或 试剂盒以及预测肝癌预后的方法"。
技术领域
[0002] 本发明涉及一种用于预测肝癌预后的生物标志物。更具体而言，本发明涉及一种 预测肝癌预后的组合物或试剂盒及预测肝癌预后的方法。
【背景技术】
[0003] 肝癌已知是世界上最致命的癌症之一。特别而言，据报道，在亚洲和撒哈拉以南的 非洲每年有至少约50万人死于肝癌。肝癌大体上可以分为源于肝细胞本身的肝细胞癌和 从其他组织传播到肝脏的转移性肝癌。至少约90%的肝癌是肝细胞癌，通常将术语"肝癌" 理解为肝细胞癌。
[0004] 肝癌预后是指对肝癌患者的多种状况的预估，例如从肝癌完全恢复的可能性、治 疗后复发的可能性、诊断患有肝癌后患者存活的可能性等。其视不同条件（例如疾病的严 重程度、诊断点、治疗进程等）而有所不同。肝癌仅在根据其预后来正确地使用各种治疗方 法时能够得到高效地治疗。例如，对于被评估为预后良好的患者，有必要避免使用可能为患 者带来严重副作用的危险治疗方法（例如攻击性的化学治疗或手术、放射治疗）而选择相 对温和、保守和安全的治疗方法。另一方面，对于被评估为预后不佳的患者，为了延长生存 期或提高生存率，应当积极地进行化学治疗或手术、诸如放射治疗等治疗方法。
[0005] 根据迄今为止已进行的研究可知，对于已发生进展的肝癌，其预后非常差，并且显 示出自诊断起6个月内死亡、平均存活期仅为4个月的高致死率。但是，尺寸小于3cm的 肝癌却具有良好的预后，已知其在不进行任何特殊治疗时及在术后的1年内的生存率为 90%，5年内的生存率为约40%~50%。然而，用现有技术来精确地预估肝癌预后是非常困 难的。为了准确地预估预后，必须有一种将患者分类为各个风险组的分析方法。然而，迄今 为止，预后仅仅是根据诊断时的临床病理学肝癌分期以及初步的外科手术治疗来确定，并 不存在准确地预估肝癌预后的手段。
[0006] 常规的分析方法包括BCLC(巴塞罗那临床肝癌）分期系统。该系统是通过在 对患者进行外科手术前确定患者的肝癌分期来将肝癌患者分类从而确定治疗方法（肝 脏切除、肝脏移植或射频消蚀等，视疾病分期而定）的系统（LlovertJM,BruC,Bruix J.Prognosisofhepatocellularcarcinoma:theBCLCstagingclassification.Semin LiverDis. 1999 ； 19 (3):329-338)〇
[0007] 然而，可惜的是，仅凭肝癌分期不能精确地确定每个肝癌患者的预后。因此，有必 要开发一种使用基因标志物来对肝癌患者的预后进行精确预测的技术。即，基于每位个体 患者的分期和预后结果来选择被预期为对特定治疗方法（例如，肝脏切除术）响应良好的 患者，并向这些患者提供所述治疗，从而能够改进肝癌患者的整体治疗结果，并能够预期产 生如节省医疗成本等社会经济效应。
[0008]同时，对于UVRAG、NAMPT、STAT3、CIAP2、BHLHE41、MMP2、SESN2、HMGBl、SIRTl、 RPS19BP1、LAMP2、AGER、SESN3、ID2、TCF3、HMGB2、TP63、RAGE、KIAA1967、SATBl、RAPTOR、 SESNl、CCNG2、CDHl、FASLG、CASP3、BECNl、CDH2、TWISTl、MMP9、VEGF、ATG12、DIABLO、E2F1、 LAMPI、LC3、ATG7、TKT、AIFMl、BNIP3、ATG3、DRAM、ATG5、NNMT、PRKAAl、CASP8、ULKl、BCL2L1、 FAS、CSE1L、FRAP1、AKT1、BAX、BCL2、PTEN、CBS、XIAP等蛋白，它们在肝癌组织中的表达水 平或表达模式如何随肝癌的分期而变化，以及如何能够将它们用于根据分期来预测肝癌预 后，都是已知的。虽然在一些情况下已使用上述蛋白或一些编码上述蛋白的基因来作为肝 癌预后的标志物，但是尚无使用它们来作为根据分期来进行肝癌预后的标志物的情况。
[0009] 在进行了有关预测肝癌预后的研究后，本发明人发现了表达水平和表达模式（根 据肝癌的分期）发生显著变化的基因，并完成了本发明。
【发明内容】
[0010] 技术主题
[0011] 本发明所要解决的一个技术主题是提供一种用于预测肝癌预后的生物标志物，所 述生物标志物能够（根据癌症的分期）对预后进行预测。
[0012] 本发明所要解决的另一技术主题是提供一种用于预测肝癌预后的组合物或试剂 盒，所述组合物或试剂盒能够（根据癌症的分期）对预后进行预测。
[0013] 本发明所要解决的又一个技术主题是提供一种用于预测肝癌预后的方法，所述方 法可以用来（根据癌症的分期）对预后进行预测。
[0014] 实现主题的方法
[0015] 本发明提供一种用于预测肝癌预后的生物标志物，优选是用于根据分期来预测肝 癌预后的生物标志物，所述生物标志物是选自下表1所列的基因和这些基因所编码的蛋白 中的至少一种。
[0016] [表 1]
[0017]
[0019] 在上表中，NCBIGI(Geninfo标识符）是指由美国国家生物技术信息中心（NCBI) 提供的序列识别号，其由登录号和版本号组成。
[0020] 在本发明中，"肝癌"包括源于肝细胞本身的肝细胞癌和从其他组织传播到肝脏的 转移性肝癌。优选的是，"肝癌"指肝细胞癌。
[0021] 在本发明中，"用于预测肝癌预后的标志物"是指基因标志物，其作为在肝癌出现 后预测肝癌预后的标准。该标志物具有显著低的P值，其中所述P值根据所述标志物在具 有不同预后的患者的肝癌细胞和/或组织中的表达差异计算得到。优选的是，所述标志物 的P值小于〇. 05。
[0022] 此外，本发明提供用于预测肝癌预后的组合物或试剂盒，所述组合物或试剂盒包 含：对选自表1所示的组的一种或至少两种基因中的每一种分别具有特异性的核酸，或对 所述基因编码的蛋白有特异性的抗体；且所述组合物或试剂盒用于根据选自下述各组的一 个或多个组中的分期来预测肝癌预后：Al组{:门静脉侵袭阴性患者组，患者处于BCLC(巴 塞罗那临床肝癌）分期系统的〇期或A期，具有1个尺寸为5cm以下的肿瘤或3个以下的 尺寸为3cm以下的肿瘤}，A2组{:门静脉侵袭阴性患者组，患者具有尺寸大于5cm的肿瘤}， B组{:门静脉侵袭阴性患者组，患者处于BCLC分期系统的中期，具有多个尺寸大于3cm的 肿瘤或数量大于3的多个肿瘤}，或C组{:门静脉侵袭阳性患者组，不论肿瘤尺寸和数量如 何}。
[0023] 所述至少两种基因可以是至少三种、四种、五种、六种、七种或八种以上基因。
[0024] 优选的是，由基因组成的所述组可以是下表2所示的基因组成的组。
[0025] [表2]
[0026]
[0027] 更优选的是，由基因组成的所述组还可以包含下表3所示的基因。
[0028] [表3]
[0029]
[0030] 在上表2所示的基因中，⑶H1、ID2、MMP9、TCF3可以从表2中排除，并且可以进一 步包含在表3所示的基因的组中。
[0031] BCLC分类（S卩，图1中所用的分类）是通过在对肝癌患者进行外科手术前确 定肝癌的分期来将肝癌患者分类从而确定治疗方法（肝脏切除、肝脏移植或射频消蚀 等，视分期而定）的系统（LlovertJM,BruC,BruixJ.Prognosisofhepatocellular carcinoma:theBCLCstagingclassification.SeminLiverDis. 1999 ; 19 (3):329-338)〇 在图I中，体力状态测试（PST)分为阶段0~阶段4。阶段0是指体力无问题的情况；阶段 1是指患者能够进行轻度工作的情况；阶段2是指患者不能工作但可以照料自己的情况； 阶段3是指患者能够有限地照料自己且日常生活的至少50%是在床上或椅上度过的阶段； 阶段4是指患者不能进行任何活动、不能照料自己且全天都在床上或椅上度过的情况。在 Okuda分期中，各期基于四种标准来确定，并根据癌的尺寸大于还是小于整个肝脏的50%、 根据是否存在腹水并根据胆红素数值（小于或大于3mg/dL)和白蛋白数值（小于或大于 3g/dL)来将这些期分类为I期、II期、III期。Child-Pugh分级是评估肝硬化患者的肝功 的指数。评估了白蛋白值（>3. 5g/dL:1分；2. 8~3. 5g/dL:2分；〈2. 8g/dL:3分）、胆红素 值（〈2.Omg/dL:1 分；2. 0 ~3.Omg/dL:2 分；>3.Omg/dL:3 分）、凝血酶原时间值（>50% :1 分；40%~50% :2分；〈40% :3分）、腹水的存在（无：1分；略有：2分；中等：3分）、脑病 分级（无：1分；不确定的脾气变化、抑郁、震颤、嗜睡、讲话缓慢且口齿不清、扑翼样震颤、行 走困难：2分；肌肉僵直、失定向、意识错乱、间歇性肌痛性痉挛、眼球震颤、昏迷、瞳孔散大、 去大脑动物姿势：3分）等。6分以下为A类，7~9分为B类，10分以上为C类。
[0032] 以上预后能够预示复发、存活或无病存活，并且可以作为进行了癌症肝脏切除术 后的预后。"复发"指的是进行了癌症肝脏切除术后的存活者的肝癌复发。"存活"是指在 癌症肝脏切除术后5年内的存活率。无病存活是指进行癌症肝脏切除术后无复发的存活。
[0033] 优选的是，所述组合物或试剂盒用于预测Al组的复发预后，并且所述基因是选自 下表4所示的基因或基因的组中的一种或多种。
[0034] [表4]
[0041] 优选的是，所述组合物或试剂盒用于预测Al组的存活预后，并且所述基因是选自 下表5所示的基因或基因的组中的一种或多种。
[0042] [表 5]
[0049] 优选的是，所述组合物或试剂盒用于预测Al组的无病存活预后，并且所述基因是 选自下表6所示的基因或基因的组中的一种或多种。
[0050] [表 6]
[0051]
[0054] 优选的是，所述组合物或试剂盒用于预测A2组的复发预后，并且所述基因是选自 下表7所示的基因或基因的组中的一种或多种。
[0055] [表 7]
[0056]
[0062] 优选的是，所述组合物或试剂盒用于预测A2组的存活预后，并且所述基因是选自 下表8所示的基因或基因的组中的一种或多种。
[0063] [表 8]
[0064]
[0070] 优选的是，所述组合物或试剂盒用于预测A2组的无病存活预后