一种生成用药方案报告的方法及装置与流程

本发明涉及医疗信息技术领域，具体而言，涉及一种生成用药方案报告的方法及装置。

背景技术：

个体间的基因型差异对药物的治疗效果会产生重要影响，不同基因型的用户在服用同一种药物后，对药物产生不同的代谢和反应，有的人可能会得到很好的治疗效果，有的人可能会出现严重的不良反应，甚至危及生命，因此，需要根据用户的基因型指导用药。

在根据用户的基因型指导用药时，一般需要对用户的基因检测结果进行分析得到用户的基因型，并根据用户的基因型从数据库中查找该基因型对待用药品的反应信息，最终确定出用药方案，由医务工作者将用药方案信息填入表格，得到用药方案报告。

现有技术中，上述过程均是通过人工方式实现的，耗时较长，并且，通过人工方式进行上述工作时，容易出错，准确性较低。

技术实现要素：

有鉴于此，本发明实施例的目的在于提供一种生成用药方案报告的方法及装置，解决现有技术中，通过人工方式得到用药方案报告耗时较长，且准确性较差的问题。

第一方面，本发明实施例提供了一种生成用药方案报告的方法，其中，所述方法包括：

接收到终端发送的报告生成请求后，获取用户的基因测序结果数据，所述报告生成请求中携带有所述用户的个人信息和待用药品的标识信息；

根据所述用户的基因测序结果数据，确定所述用户的基因型；

根据所述用户的基因型和所述待用药品的标识信息，确定所述基因型和所述待用药品对应的用药方案；

将所述用户的个人信息、所述待用药品、所述用户的基因型和所述用药方案组成用药方案报告，并发送给所述终端。

结合第一方面，本发明实施例提供了上述第一方面的第一种可能的实现方式，其中，所述根据所述用户的基因测序结果数据，确定所述用户的基因型，包括：

根据所述用户的基因测序结果数据，确定所述用户的基因变异信息；

根据所述用户的基因变异信息，确定所述用户的基因型。

结合第一方面的第一种可能的实现方式，本发明实施例提供了上述第一方面的第二种可能的实现方式，其中，所述基因变异信息包括变异在染色体上的位置；

所述根据所述用户的基因变异信息，确定所述用户的基因型，包括：

遍历预设的基因型数据库，将所述变异在染色体上的位置与所述基因型数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配；

将与所述变异在染色体上的位置一致的基因型确定为所述用户的基因型。

结合第一方面的第二种可能的实现方式，本发明实施例提供了上述第一方面的第三种可能的实现方式，其中，所述遍历预设的基因型数据库，将所述变异在染色体上的位置与所述基因型数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配，包括：

遍历第一基因型子数据库，将所述变异在染色体上的位置与所述第一基因型子数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配；

遍历第二基因型子数据库，将所述变异在染色体上的位置与所述第二基因型子数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配；

其中，所述第一基因型子数据库和所述第二基因型子数据库均为所述基因型数据库的子数据库；

所述将与所述变异在染色体上的位置一致的基因型确定为所述用户的基因型，包括：

将所述第一基因型子数据库中与所述变异在染色体上的位置一致的基因型，和所述第二基因型子数据库中与所述变异在染色体上的位置一致的基因型确定为所述用户的基因型。

结合第一方面，本发明实施例提供了上述第一方面的第四种可能的实现方式，其中，所述根据所述用户的基因型和所述待用药品的标识信息，确定所述基因型和所述待用药品对应的用药方案，包括：

调取预先建立的用药方案列表，所述用药方案列表中存储有基因型、药品的标识信息和用药方案的对应关系；

根据所述用户的基因型和所述待用药品的标识信息，从所述用药方案列表中查找所述用户的基因型和所述待用药品对应的用药方案。

第二方面，本发明实施例提供了一种生成用药方案报告的装置，其中，所述装置包括：

获取模块，用于接收到终端发送的报告生成请求后，获取用户的基因测序结果数据，所述报告生成请求中携带有所述用户的个人信息和待用药品的标识信息；

第一确定模块，用于根据所述用户的基因测序结果数据，确定所述用户的基因型；

第二确定模块，用于根据所述用户的基因型和所述待用药品的标识信息，确定所述基因型和所述待用药品对应的用药方案；

发送模块，用于将所述用户的个人信息、所述待用药品、所述用户的基因型和所述用药方案组成用药方案报告，并发送给所述终端。

结合第二方面，本发明实施例提供了上述第二方面的第一种可能的实现方式，其中，所述第一确定模块包括：

第一确定单元，用于根据所述用户的基因测序结果数据，确定所述用户的基因变异信息；

第二确定单元，用于根据所述用户的基因变异信息，确定所述用户的基因型。

结合第二方面的第一种可能的实现方式，本发明实施例提供了上述第二方面的第二种可能的实现方式，其中，所述基因变异信息包括变异在染色体上的位置；

所述第二确定单元包括：

匹配子单元，用于遍历预设的基因型数据库，将所述变异在染色体上的位置与所述基因型数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配；

确定子单元，用于将与所述变异在染色体上的位置一致的基因型确定为所述用户的基因型。

结合第二方面的第二种可能的实现方式，本发明实施例提供了上述第二方面的第三种可能的实现方式，其中，所述匹配子单元具体用于，

遍历第一基因型子数据库，将所述变异在染色体上的位置与所述第一基因型子数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配；遍历第二基因型子数据库，将所述变异在染色体上的位置与所述第二基因型子数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配；

其中，所述第一基因型子数据库和所述第二基因型子数据库均为所述基因型数据库的子数据库；

所述确定子单元具体用于，

将所述第一基因型子数据库中与所述变异在染色体上的位置一致的基因型，和所述第二基因型子数据库中与所述变异在染色体上的位置一致的基因型确定为所述用户的基因型。

结合第二方面，本发明实施例提供了上述第二方面的第四种可能的实现方式，其中，所述第二确定模块包括：

调取单元，用于调取预先建立的用药方案列表，所述用药方案列表中存储有基因型、药品的标识信息和用药方案的对应关系；

查找单元，用于根据所述用户的基因型和所述待用药品的标识信息，从所述用药方案列表中查找所述用户的基因型和所述待用药品对应的用药方案。

在本发明实施例提供的生成用药方案报告的方法及装置中，当获取到用户的基因测序结果数据后，对基因测序结果数据进行自动化分析，自动生成用药方案报告，降低了生成用药方案报告的时间，且准确性较高。

为使本发明的上述目的、特征和优点能更明显易懂，下文特举较佳实施例，并配合所附附图，作详细说明如下。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，应当理解，以下附图仅示出了本发明的某些实施例，因此不应被看作是对范围的限定，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他相关的附图。

图1示出了本发明实施例所提供的一种生成用药方案报告的方法的流程图；

图2示出了本发明实施例所提供的一种生成用药方案报告的方法中，根据用户的基因变异信息确定用户的基因型的流程图；

图3示出了本发明实施例所提供的一种生成用药方案报告的装置的结构示意图；

图4示出了本发明实施例所提供的一种生成用药方案报告的装置的第二种结构示意图。

具体实施方式

为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将结合本发明实施例中附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。通常在此处附图中描述和示出的本发明实施例的组件可以以各种不同的配置来布置和设计。因此，以下对在附图中提供的本发明的实施例的详细描述并非旨在限制要求保护的本发明的范围，而是仅仅表示本发明的选定实施例。基于本发明的实施例，本领域技术人员在没有做出创造性劳动的前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。

本发明实施例提供的生成用药方案报告的方法，可以应用于医院、诊所等医务人员在给病人制定用药方案等场景中，其中，上述用药方案可以是正常服用药品、调整药品的剂量或者更换药品等。

参考图1所示，本发明实施例提供了一种生成用药方案报告的方法，该方法包括步骤s110-s140，具体如下。

s110，接收到终端发送的报告生成请求后，获取用户的基因测序结果数据，上述报告生成请求中携带有上述用户的个人信息和待用药品的标识信息。

上述终端可以是医务人员所使用的计算机、手机或者平板电脑等。

本发明实施例的执行主体可以是服务器，当服务器接收到终端发送的报告生成请求后，从基因测序仪获取该用户的基因测序结果数据。

具体的，服务器可以向基因测序仪发送获取指令，以从基因测序仪中获取该用户的基因测序结果数据，其中，该获取指令中携带有用户的个人信息。

上述用户的个人信息包括用户的姓名、年龄、检测的基因等信息。

上述待用药品的标识信息可以是待用药品的名称、待用药品的编号等标识。

s120，根据上述用户的基因测序结果数据，确定上述用户的基因型。

上述基因型指的是一个生物体内dna(deoxyribonucleicacid，脱氧核糖核酸)所包含的基因，也就是说该生物的细胞内所包含的、它所特有的那组基因，一个细胞的基因信息的总和被称为个体基因型。

上述根据用户的基因测序结果数据，确定上述用户的基因型，具体包括：

根据上述用户的基因测序结果数据，确定上述用户的基因变异信息；根据上述用户的基因变异信息，确定上述用户的基因型。

其中，上述基因测序结果数据包括多个基因序列。

在本发明实施例中，上述根据基因测序结果数据确定用户的基因变异信息的过程如下：

当获取到用户的基因测序结果数据后，去掉上述基因测序结果数据中基因序列的接头序列和低质量的读数，得到一系列的基因短序列，将上述得到的基因短序列与参考基因组进行比对，确定出上述基因短序列在基因组上的位置，将上述基因短序列组装成完整的人类基因组；其中，上述将短序列与参考基因组进行比对是通过bwa(burrows-wheeleralignmenttool，生物序列对比工具)软件实现的。

当组装成完整的人类基因组后，使用samtools软件调整上述人类基因组中的基因短序列的排序，并进行数据格式转换，即将原来的sam格式转换成bam文件。

接下来，采用picard软件把上述得到的数据中的冗余信息和噪声去掉。

之后，使用gatk软件在上述数据中寻找上述数据与参考序列的差异，最后，对上述变异信息进行注释，生成包括变异所在的染色体、变异在所述染色体上的起始物理位置、变异在所述染色体上的终止物理位置、参考序列信息和观察到的序列信息的列表在内的基因变异信息，并且该基因变异信息的格式为csv。

因此，上述基因变异信息包括变异所在的染色体和变异在染色体上的位置，该位置包括变异在染色体上的起始物理位置及变异在染色体上的终止物理位置。

参考图2所示，在本发明实施例中，上述根据用户的基因变异信息，确定用户的基因型，包括步骤s210-s220，具体如下。

s210，遍历预设的基因型数据库，将上述变异在染色体上的位置与上述基因型数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配；

s220，将与上述变异在染色体上的位置一致的基因型确定为用户的基因型。

上述预设的基因型数据库中存储有多种基因型，以及每种基因型的变异位点和变异位点在染色体上的位置。

在本发明实施例中，上述基因变异信息上发生变异的位点可以是一个，也可以是两个或者多个，由于变异位点为一个或者多个时，对应的基因型的格式是不一样的，因此，需要分别对变异位点为一个及变异位点为两个或者多个的基因变异进行处理，具体包括：

遍历第一基因型子数据库，将上述变异在染色体上的位置与第一基因型子数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配；遍历第二基因型子数据库，将上述变异在染色体上的位置与第二基因型子数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配；

其中，上述第一基因型自数据库和第二基因型子数据库均为上述基因型数据库的子数据库。

上述遍历第一基因型子数据库时，将包含单个变异位点的基因与基因型进行匹配，之后，再遍历第二基因型子数据库，将包含两个或多个变异位点的基因与基因型进行匹配。

具体的，上述将与变异在染色体上的位置一致的基因型确定为用户的基因型，包括：

将第一基因型子数据库中与变异在染色体上的位置一致的基因型，和第二基因型子数据库中与变异在染色体上的位置一致的基因型确定为用户的基因型。

在本发明实施例中，将遍历第一基因型子数据库和遍历第二基因型子数据库得到的基因型的合集确定为用户的基因型。

因此，上述确定出的用户的基因型可以是一个，两个或者多个，上述用户的基因型指的是用户发生基因突变的基因型。

s130，根据上述用户的基因型和上述待用药品的标识信息，确定上述基因型和待用药品对应的用药方案。

当确定出用户的基因型后，则需要根据用户的基因型和待用药品的标识信息，确定出上述基因型和待用药品对应的用药方案，具体过程如下：

调取预先建立的用药方案列表，上述用药方案列表中存储有基因型、药品的标识信息和用药方案的对应关系；

根据上述用户的基因型和待用药品的标识信息，从上述用药方案列表中查找上述用户的基因型和待用药品对应的用药方案。

上述用药方案列表是预先建立好的，存储在服务器中的存储器中，当服务器在生成用药方案报告时，从存储器中调用该用药方案列表。

上述用药方案列表中存储有多种药品和对多种药品中每种药品产生影响的基因型，以及其对应的用药方案，如表1所示，根据用户的基因型和待用药品以及上述列表，可以从用户的基因型中确定出对上述待用药品产生影响的基因型；

之后根据待用药品、对待用药品产生影响的基因型在用药方案列表中查找该待用药品及对待用药品产生影响的基因型对应的用药方案，上述用药方案具体包括正常用药、增大或者减小用药剂量或者更换其他药品等。

表1

上述表1中只是列出了氯吡格雷与基因型cyp2c19*1/*1对应的用药方案、氯吡格雷与基因型cyp2c19*2/*2对应的用药方案，以及氟尿嘧啶与基因型dpydta(rs67376798)对应的用药方案，上述表1只是举例进行说明。

s140，将上述用户的个人信息、上述待用药品、上述用户的基因型和上述用药方案组成用药方案报告，并发送给上述终端。

其中，上述用药方案报告具体生成过程如下：

当获取到上述用药方案后，则调取pdf报告模板，并确定该pdf报告模板中包括的元素，将该元素与上述获取的用户的个人信息、待用药品、用户的基因型以及用药方案进行匹配，确定出用户的个人信息、待用药品、用户的基因型以及用药方案分别在pdf报告模板中的对应区域位置，将上述信息分别添加到对应的区域位置处，得到上述用药方案报告。

在本发明实施例中，上述报告生成请求中还携带有终端标识，当生成了用药方案报告后，根据上述终端标识，将该用药方案报告发送给上述终端。

其中，上述终端标识可以是终端的ip(internetprotocol，互联网协议)地址等。

本发明实施例提供的生成用药方案报告的方法，当获取到用户的基因测序结果数据后，对基因测序结果数据进行自动化分析，自动生成用药方案报告，降低了生成用药方案报告的时间，且准确性较高。

参考图3所示，本发明实施例还提供了一种生成用药方案报告的装置，该装置用于执行本发明实施例提供的生成用药方案报告的方法，该装置可以是服务器，该装置包括获取模块310、第一确定模块320、第二确定模块330和发送模块340；

上述获取模块310，用于接收到终端发送的报告生成请求后，获取用户的基因测序结果数据，上述报告生成请求中携带有用户的个人信息和待用药品的标识信息；

上述第一确定模块320，用于根据上述用户的基因测序结果数据，确定用户的基因型；

上述第二确定模块330，用于根据用户的基因型和待用药品的标识信息，确定上述基因型和上述待用药品对应的用药方案；

上述发送模块340，用于将上述用户的个人信息、待用药品、用户的基因型和用药方案组成用药方案报告，并发送给上述终端。

具体的，参考图4所示，上述第一确定模块320根据用户的基因测序结果数据，确定用户的基因型是通过第一确定单元321和第二确定单元322实现的，具体包括：

上述第一确定单元321，用于根据用户的基因测序结果数据，确定用户的基因变异信息；上述第二确定单元322，用于根据用户的基因变异信息，确定上述用户的基因型。

上述基因变异信息包括变异在染色体上的位置；

上述第二确定单元322，根据用户的基因变异信息，确定用户的基因型是通过匹配子单元和确定子单元实现的，具体包括：

上述匹配子单元，用于遍历预设的基因型数据库，将上述变异在染色体上的位置与上述基因型数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配；上述确定子单元，用于将上述变异在染色体上的位置一致的基因型确定为用户的基因型。

在本本发明实施例中，上述匹配子单元具体用于，

遍历第一基因型子数据库，将变异在染色体上的位置与第一基因型子数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配；遍历第二基因型子数据库，将变异在染色体上的位置与第二基因型子数据库中的基因型发生变异的位置进行匹配；

其中，上述第一基因型子数据库和上述第二基因型子数据库均为上述基因型数据库的子数据库；

上述确定子单元具体用于，

将上述第一基因型子数据库中与上述变异在染色体上的位置一致的基因型，和上述第二基因型子数据库中与上述变异在染色体上的位置一致的基因型确定为用户的基因型。

具体的，上述第二确定模块330根据用户的基因型和待用药品的标识信息，确定上述基因型和上述待用药品对应的用药方案，是通过调取单元和查找单元实现的，具体包括：

上述调取单元，用于调取预先建立的用药方案列表，上述用药方案列表中存储有基因型、药品的标识信息和用药方案的对应关系；上述查找单元，用于根据上述用户的基因型和上述待用药品的标识信息，从上述用药方案列表中查找上述用户的基因型和待用药品对应的用药方案。

本发明实施例提供的生成用药方案报告的装置，当获取到用户的基因测序结果数据后，对基因测序结果数据进行自动化分析，自动生成用药方案报告，降低了生成用药方案报告的时间，且准确性较高。

本发明实施例所提供的生成用药方案报告的装置可以为设备上的特定硬件或者安装于设备上的软件或固件等。本发明实施例所提供的装置，其实现原理及产生的技术效果和前述方法实施例相同，为简要描述，装置实施例部分未提及之处，可参考前述方法实施例中相应内容。所属领域的技术人员可以清楚地了解到，为描述的方便和简洁，前述描述的系统、装置和单元的具体工作过程，均可以参考上述方法实施例中的对应过程，在此不再赘述。

在本发明所提供的实施例中，应该理解到，所揭露装置和方法，可以通过其它的方式实现。以上所描述的装置实施例仅仅是示意性的，例如，所述单元的划分，仅仅为一种逻辑功能划分，实际实现时可以有另外的划分方式，又例如，多个单元或组件可以结合或者可以集成到另一个系统，或一些特征可以忽略，或不执行。另一点，所显示或讨论的相互之间的耦合或直接耦合或通信连接可以是通过一些通信接口，装置或单元的间接耦合或通信连接，可以是电性，机械或其它的形式。

所述作为分离部件说明的单元可以是或者也可以不是物理上分开的，作为单元显示的部件可以是或者也可以不是物理单元，即可以位于一个地方，或者也可以分布到多个网络单元上。可以根据实际的需要选择其中的部分或者全部单元来实现本实施例方案的目的。

另外，在本发明提供的实施例中的各功能单元可以集成在一个处理单元中，也可以是各个单元单独物理存在，也可以两个或两个以上单元集成在一个单元中。

所述功能如果以软件功能单元的形式实现并作为独立的产品销售或使用时，可以存储在一个计算机可读取存储介质中。基于这样的理解，本发明的技术方案本质上或者说对现有技术做出贡献的部分或者该技术方案的部分可以以软件产品的形式体现出来，该计算机软件产品存储在一个存储介质中，包括若干指令用以使得一台计算机设备(可以是个人计算机，服务器，或者网络设备等)执行本发明各个实施例所述方法的全部或部分步骤。而前述的存储介质包括：u盘、移动硬盘、只读存储器(rom，read-onlymemory)、随机存取存储器(ram，randomaccessmemory)、磁碟或者光盘等各种可以存储程序代码的介质。

应注意到：相似的标号和字母在下面的附图中表示类似项，因此，一旦某一项在一个附图中被定义，则在随后的附图中不需要对其进行进一步定义和解释，此外，术语“第一”、“第二”、“第三”等仅用于区分描述，而不能理解为指示或暗示相对重要性。

最后应说明的是：以上所述实施例，仅为本发明的具体实施方式，用以说明本发明的技术方案，而非对其限制，本发明的保护范围并不局限于此，尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明，本领域的普通技术人员应当理解：任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内，其依然可以对前述实施例所记载的技术方案进行修改或可轻易想到变化，或者对其中部分技术特征进行等同替换；而这些修改、变化或者替换，并不使相应技术方案的本质脱离本发明实施例技术方案的精神和范围。都应涵盖在本发明的保护范围之内。因此，本发明的保护范围应所述以权利要求的保护范围为准。