用来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的标志物的制作方法
【技术领域】：
[0001] 本发明涉及生物工程技术领域，特别用来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症 的标志物。
【背景技术】：
[0002] 据2013年WHO发布的数据，目前全球共有约3500万名HIV/AIDS患者，而经济相对 不发达的发展中国家的患者占大多数。HIV/ADIS患者感染结核分枝杆菌（tuberculosis， TB)的可能性是HIV未感人群的26-30倍。即使是对于那些正在进行高效抗逆转录病毒治疗 法（HAART)的人来说，感染TB依然是HIV患者最常见的并发症，而TB往往是HIV患者致死 的头号因素。一系列文献数据表明，约10% -30%的病人在接受高效逆转录病毒疗法后产 生严重的免疫重建炎症综合症（immune reconstitution inflammatory syndrome, IRIS) 〇 从全球的IRIS分布情况不难看出，HIV病毒与TB共感染（HIV-TB co-infection)是最常 见的形式。据先前的meta分析研究表明，有15. 7%的高效抗逆转录病毒治疗（HAART，鸡尾 酒疗法）患者会感染上TB。HAART使得免疫系统重建，TB这时攻击脆弱的免疫系统，严重 则造成死亡。
[0003] IRIS是HAART面临的重要问题，就目前发展水平来说，完全避免其发生是不可能 的，而充分意识到IRIS的重要性，尽可能做到早识别、早诊断、早治疗，以减少延误治疗才 是关键。
[0004] 利用新一代测序技术获得某物种全部转录组数据的技术即转录组测序 (RNA-Seq)，其中在11 lumina/So I exa测序平台上的RNA-Seq应用最为广泛，其测序基本 原理是基于单分子簇的可逆性终止的边合成边测序（Sequencing by Synthesis，SBS)。 RNA-Seq技术能够在单核苷酸水平对任意生物组织或细胞的整体转录进程检测，不仅 可以分析转录本的结构和表达水平，还能发现未知的转录本和稀有转录本，准确地识别 出可变剪切位点和编码序列单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms on cDNAs，cSNPs)，使得到的转录组信息更为全面，便于进一步注释分类。
[0005] 由于RNA-Seq相对于传统的测序方法具有明显的优势，所以被广泛运用到差异基 因表达分析，新转录本的发现以及可变剪切研究等方面。近年来，使用RNA-Seq技术测序发 表的文章也越来越多，而转录组测序分析应用在艾滋病疾病研究方面也取得了不少令世人 瞩目的成果。2011年澳大利亚悉尼大学的Jing Qin Wu等研究者对14个感染艾滋病的个 体和5个HIV阴性正常个体CD4+和CD8+T细胞进行了转录组分析，发现某些与艾滋病相关 通路的富集现象。2014年杜克大学的Payn，T. L等研究者对HIV感染病人的⑶8+T细胞的 转录表达进行分析，发现某些编码抗病毒细胞因子蛋白的mRNA显著上调，并且发现在RNA 水平的调控更有助于唤醒⑶8+T细胞对HIV病毒的抑制。同年，纽约大学的Ryndak，M. B等 研究者对感染TB的患者血液中提取的结核分枝杆菌进行转录水平分析，发现相较于肺部， 在血液环境下，TB致病能力会增加，某些毒性因子的表达量会上调。以上众多研究表明，利 用转录组数据分析疾病相关的表观调控已是一套较为完善成熟的体系，而以RNA-Seq的技 术作为数据获取方法并进行数据分析将会逐渐成为一种新的趋势。
[0006] 而对于HIV合并TB感染后，现有技术并没有很好的量化考量指标来进行预警是否 会发生免疫重建炎性综合症。有学者指出，可能跟患者体内CD4细胞个数有关，但是缺乏足 够的证据，甚至有人持相反意见；同时对于RNA-Seq的技术还没有应用于评估艾滋病人发 生免疫重建炎性综合症以及由此得出相关标志物的报道。
【发明内容】
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[0007] 本发明要解决的技术问题是提供用来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的 两套标志物，每套标志物中的九个基因组合物的用途，以及用来评估艾滋病人发生免疫重 建炎性综合症的产品；本发明还提供了一种引物组合物及其用途，和两种筛选艾滋病人发 生免疫重建炎性综合症的生物样品的系统。
[0008] 为了解决上述技术问题，本发明通过如下技术方案实现：
[0009] 本发明提供了一种用来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的标志物，至少 包括九个基因：DEFA3基因、S100A8基因、FFAR2基因、LCN2基因、FCRLl基因、SLC25A37基 因、CXCR2P1基因、RGCC基因和GMPR基因。
[0010] 本发明提供了由DEFA3基因、S100A8基因、FFAR2基因、LCN2基因、FCRLl基因、 SLC25A37基因、CXCR2P1基因、RGCC基因和GMPR基因形成的基因组合物的用途，在制备用 来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的产品中的应用。
[0011] 本发明提供了一种筛选艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的生物样品的系统，包 括：
[0012] 核酸序列确定装置，用于对生物样品中提取的核酸样本进行分析，以便确定所述 核酸样本的核酸序列；以及
[0013] 判断装置，所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连，以便基于将测序产生的 短序列和人类基因表达数据库比对，分别得到DEFA3基因、S100A8基因、FFAR2基因、LCN2基 因、FCRLl基因、SLC25A37基因、CXCR2P1基因、RGCC基因和GMPR基因的相对表达量RPKM， 用于判断艾滋病人是否发生免疫重建炎性综合症；
[0014] 任选的，还包括核酸提取装置，所述核酸提取装置与所述核酸序列确定装置相连， 用于提取所述生物样品中的核酸样本；
[0015] 任选的，得到相对表达量RPKM之后是用公式计算后得到风险值f(x)，然后用于判 断艾滋病人是否发生免疫重建炎性综合症，所述公式为：
[0016] f(x) = 40-0. 301926548369785 (DEFA3)+0. 00490277165036895 (S100A8) +0.560530444576423 (FFAR2)+1.63850558112781 (LCN2)-〇. 142277506530434 (FC RLl)+0. 410319980880293(SLC25A37)+0. 190096182111239(CXCR2P1)-〇. 199495833744442 (RGCC)-O. 370577325294511 (GMPR)。
[0017] 本发明提供了一种用来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的标志物，其特 征在于，至少包括九个基因：⑶79A基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLEDl基因、⑶22基因、 ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因。
[0018] 本发明提供了由⑶79A基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLEDl基因、⑶22基因、 ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因形成的基因组合物的用途，在制备用来评 估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的产品中的应用。
[0019] 本发明提供了一种用来评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的产品，包括用于 CD79A 基因、LCN2 基因、FFAR2 基因、SLEDl 基因、CD22 基因、ANKRD22 基因、GP9 基因、DEFA3 基因和RGCC基因的实时定量PCR的试剂。
[0020] 本发明提供了包括用于CD79A基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLEDl基因、CD22基 因、ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因的实时定量PCR的试剂的用途，用来制 备评估艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的产品。
[0021] 本发明提供了一种引物组合物，包括扩增⑶79A基因的至少一对引物、扩增LCN2 基因基因的至少一对引物、扩增FFAR2基因的至少一对引物、扩增SLEDl基因的至少一对引 物、扩增⑶22基因的至少一对引物、扩增ANKRD22基因的至少一对引物、扩增GP9基因的至 少一对引物、扩增DEFA3基因的至少一对引物和扩增RGCC基因的至少一对引物。
[0022] 本发明提供了上述的引物组合物的用途，用于制备评估艾滋病人发生免疫重建炎 性综合症的试剂盒。
[0023] 本发明提供了一种筛选艾滋病人发生免疫重建炎性综合症的生物样品的系统，包 括：
[0024] 实时定量PCR扩增模块，所述实时定量PCR扩增模块中设置有ACTB基因、CD79A 基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLEDl基因、CD22基因、ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因 和RG