一种基于快速突变y-str基因座的复合扩增体系、方法及应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及检测人体基因组中具有多态性的遗传标记，特别是涉及基于快速突变 Y-STR基因座的复合扩增体系及其应用。
【背景技术】
[0002] Y-STR基因座是男性特有的Y染色体上的一类短串联重复序列，遗传方式为父系遗 传，在法医学中常用于父系亲缘关系的鉴定、性犯罪案件调查以及现场生物检材群体来源 推断等方面。
[0003] 现在国际上广泛应用于法医学案件鉴定的Y-STR基因座约20个左右，以复合扩增 的商业试剂盒形式投入使用，如ThermoFisher公司的17位点Yf iler试剂盒。为了保证亲权 鉴定的可行性，这些基因座的突变率很低，以保证进行亲缘关系的鉴定时不会因为存在过 多突变而做出错误的排除结论。在大多数人群中，YfileH本系的多态性良好，可以满足个人 识别和亲权鉴定的标准。但对于一些地理区域较隔断的种族，或经历了瓶颈效应的群体来 说，Y染色体基因多态性较差，Y-STR检验的利用效率往往很低下。在这些人群中，Yf iler试 剂盒很难达到足够的个人分辨力。
[0004] 此外，目前使用的Y-STR在法医案件中一个很大缺陷是无法区分近亲或直系亲属。 来自同一家系的男性个体除非发生基因突变，否则他们拥有同样的Y-STR分型。当男性嫌疑 人的近亲或直系亲属也参与案件当中时，常规的Y-STR检验往往无法确定这些亲属的参与 与否。
[0005] 为此，国外学者Kayser等重新对Y染色体进行扫描，发现新的Y-STR基因座，并进行 多态性调查。此外，他们还对新发现的Y-STR基因座进行父-子间突变率的调查。调查共涉及 186个Y-STR基因座，突变率变化范围由（1 0-4~1 0-2)不等。他们从中挑选出了 13个突变率最 高的基因座（DYF387Sl、DYF399Sl、DYF403Sla/b、DYF404Sl、DYS449、DYS518、DYS526b、 0￥5547、0￥5570、0￥5576、0￥5612、0￥5626、0￥5627)，称之为快速突变￥-5了1?基因座（1^口丨(117 Mutating Y-STR，RM Y-STR)，提出这些突变率很高的基因座虽不能用来进行亲缘关系的鉴 定，但是在个人识别方面会大大提高人群的多态性，尤其对于来自同一家系的男性个体可 以更大程度地区分开来。
[0006] 但是这13个新发现的高突变率Y-STR基因座由于缺乏各个人群的基因频率和突变 率等数据，还未投入实际应用。并且单基因座的扩增、检测会大大提高检验所需的成本和时 间。
【发明内容】
[0007] 针对现有技术中的上述问题，本发明的主要目的在于提供一种基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系、方法及应用，针对这13个快速突变Y-STR基因座，在群体频率调 查的基础上分别设计引物，并按照特定的组合和引物浓度将这13个基因座融合在一个复合 反应体系中，使13个基因座同时扩增和检验，应用于检验过程时更方便快捷，分型结果清 晰，并能保证所有基因座检验的正确性、灵敏性及稳定性，且具有极高的个体识别率。
[0008] 为了达到上述目的，本发明采用如下技术方案:一种基于快速突变Y-STR基因座的 复合扩增体系，包含13个基因座，具体如下：DYF387S1、DYF399S1、DYF403Sla/b、DYF404Sl、 0丫5449、0丫5518、0丫552613、0￥5547、0￥5570、0￥5576、0￥5612、0￥5626、0￥5627 ;其中扩增引物 对分别为：
[0009] DYF387S1 引物对：
[0010] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.1所示，
[0011] 下游引物R的序列如SEQIDN0.2所示；
[0012] DYF399S1 引物对：
[0013] 上游引物F的序列如SEQIDN0.3所示，
[0014] 下游引物R的序列如SEQ ID N0.4所示；
[0015] DYF403Sla/b 引物对：
[0016] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.5所示，
[0017] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.6所示；
[0018] DYF404S1 引物对：
[0019] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.7所示，
[0020] 下游引物R的序列如SEQ ID N0.8所示；
[0021] DYS449 引物对：
[0022] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.9所示，
[0023] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 10所示；
[0024] DYS518 引物对：
[0025] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.11所示，
[0026] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 12所示；
[0027] DYS526b 引物对：
[0028] 上游引物F的序列如SEQ ID NO. 13所示，
[0029] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 14所示；
[0030] DYS547 引物对：
[0031] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.15所示，
[0032] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 16所示；
[0033] DYS570 引物对：
[0034] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.17所示，
[0035] 下游引物R的序列如SEQ ID NO. 18所示；
[0036] DYS576 引物对：
[0037] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.19所示，
[0038] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.20所示；
[0039] DYS612 引物对：
[0040] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.21所示，
[0041 ] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.22所示；
[0042] DYS626 引物对：
[0043] 上游引物F的序列如SEQ ID NO.23所示，
[0044] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.24所示；
[0045] DYS627 引物对：
[0046] 上游引物F的序列如SEQ ID N0.25所示，
[0047] 下游引物R的序列如SEQ ID NO.26所示。
[0048] 作为进一步的优选，所述13个基因座引物分别用6-FAM、VIC、NED或PET四种荧光素 记 D
[0049] 作为进一步的优选，所述6-FAM荧光素标记DYS612、DYF387S1和DYF403Sla/b，VIC 荧光素标记 〇￥3576、0￥?39951、0￥5627和0￥552613，冊0荧光素标记0￥?40451、0￥5626和 DYS547，PET 荧光素标记 DYS570、DYS518 和 DYS449。
[0050]作为进一步的优选，扩增引物对分别为：
[0051] DYF387S1 引物对：
[0052] F:57-FAM-tccattttacccctaacaagaaa-37 ,
[0053] R:57-gccacagtgtgagaagtgtga-37 ；
[0054] DYF399S1 引物对：
[0055] F:57-gaaccaagggaaatgtggaa-37 ,
[0056] R:57-VIC-ttaggattggacccaggaga-37 ；
[0057] DYF403Sla/b 引物对：
[0058] F:57-FAM-caaaattcatgtggataatgag-37 ,
[0059] R:57-gacagagcaggattccatcta-37 ；
[0060] DYF404S1 引物对：
[0061] F:57-NED-tcaaagggcttaagaaatttcaac-37 ,
[0062] R:57-gtggaacaattgcagtccatc-37 ；
[0063] DYS449 引物对：
[0064] F:57-gtctctcaagcctgttctatgaat-37 ,
[0065] R:57-PET-cctggaagtggagtttgctg-37 ；
[0066] DYS518 引物对：
[0067] F:57-ggcaacacaagtgaaactgc-37 ,
[0068] R:57-PET-tcttaccatgggtgatttctttc-37 ；
[0069] DYS526b 引物对：
[0070] F:57-VIC-