相关申请的交叉引用本申请要求2017年4月28日提交的美国临时申请no.62/491,845以及2017年10月27日提交的美国临时申请no.62/578,188的优先权；这两个美国临时申请中每一者以其全部内容通过引用并入本文。本公开涉及分离的和生物学上纯的微生物，其尤其在肉牛养殖中具有应用。所公开的微生物可以以其分离的和生物学纯的状态以及配制成组合物下使用。此外，本公开内容提供了微生物集合(microbialensemble)，其包含所公开的微生物的至少两个成员，以及利用所述微生物集合的方法。此外，本公开内容提供了调节瘤胃微生物组(rumenmicrobiome)的方法。关于序列表的声明与本申请相关的序列表以文本格式提供以代替纸质副本，并且通过引用结合到本说明书中。包含序列表的文本文件的名称是ashi_005_02wo_st25.txt。文本文件约4,544kb，创建于2018年4月27日，并通过efs-web以电子方式提交。
背景技术：
：：到2050年，预计全球人口将增加到超过90亿人口，同时人均可用的土地、水和其他自然资源减少。预测表明，随着中国和印度的gdp预计增加，平均国内收入也将增加。对富含动物源蛋白质的饮食的需求随着收入的增加也会增加，因此全球畜牧业将面临使用更少资源生产更多动物产品的挑战。联合国粮食及农业组织预测，必须生产70％以上的粮食，但可耕地面积将减少。很明显，为了支持人口增长，每单位资源投入的粮食产量必须大幅增加。近几十年来，农业部门的肉类行业增长迅速。随着世界上越来越多的人口进入中产阶级，预计将在未来几年对蛋白质(包括牛肉)保持强劲的需求。全球牛肉产量每年超过5900万吨。牛肉及其产品主要用于制备许多不同形式的食品。通过营养调节、激素治疗、动物管理变化和选择性繁殖，已经有许多改善牛肉生产的策略；然而，需要更有效地生产每只动物的可食用牛肉食品。例如，当前的动物饲养和处理实践经常在瘤胃中诱导微生物生态失调，最终导致亚急性酸中毒或瘤胃臌气的发生，阻碍生产效率，增加饲料成本和/或增加对基于化学的治疗(如抗生素)的依赖。确定可持续增加牛肉产量的组合物和方法，同时平衡动物健康和福祉已成为满足不断增长的人口中日常人类需求的必要条件。通过扩大农场肉牛总数来增加全球牛肉产量对于世界上许多地方在经济上是不可行的，但由于牛肉行业的增长和集约化和集中化的趋势已经引起了许多环境问题，主要是由于废物的生产远远多于可以通过土地处置来控制的量，进一步导致负面的环境后果。大型农场的肉牛，特别是饲养场牛的种群密度通常伴随着微生物病原体的发病率增加，这使得牛肉产量处于危险之中，并且在人畜共患病原体和/或瘤胃中导致亚急性酸中毒(瘤胃亚急性酸中毒)或瘤胃臌气发生的微生物的大量繁殖，进一步使牛的最终消费者处于危险之中，这进一步阻碍了饲养场操作的生产力。考虑到许多人畜共患病原体的广泛存在，牛肉不可能完全免受暴露。研究的重点是增加对暴露于这些病原体的肉牛的定植抗性的研究方法。因此，通过简单地扩大目前大多数发达国家使用的高投入农业系统来满足全球牛肉产量预期是根本不可行的。因此，本领域迫切需要增加牛肉产量的改进方法，同时还减轻微生物病原体的定植和传播，并进一步增加牛肉的理想方面。技术实现要素：在一些方面，本公开内容提供了分离的微生物，包括表1和/或表2中所示的新型微生物菌株。在其他方面，本公开内容提供了表1和表2中鉴定的微生物的分离的完整微生物培养物。这些培养物可包含各种浓度的微生物。在一些方面，本公开提供了利用选自表1和/或表2的一种或多种微生物来增加肉牛中感兴趣的表型性状。在一些实施方案中，微生物组合物包含至少两种选自表1和/或表2的微生物菌株。在另一个实施方案中，提供了一种微生物组合物，所述组合物包含至少一种选自表1和/或表2的微生物菌株。在进一步的实施方案中，微生物组合物包含至少两种微生物菌株，其中所述至少两种微生物菌株包含由选自seqidno：1-5993的序列编码的16srrna序列。在一些实施方案中，本公开内容涉及能够治疗或预防反刍动物的酸中毒或瘤胃臌气的反刍动物补充剂，其包含：a)纯化细菌群，其选自任一种或多种包含与seqidno：1-5993中任一序列至少约97％相同的16s核酸序列的细菌；和b)适合于反刍动物给药的载体；其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量治疗或预防施用了所述补充剂的反刍动物的酸中毒或瘤胃臌胀。在一些实施方案中，能够治疗或预防反刍动物的酸中毒或瘤胃臌气的反刍动物补充剂包含：a)纯化细菌群，其选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属(succinivibrio)细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属(prevotella)细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属(bacteroides)细菌；b)适合于反刍动物给药的载体；其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量治疗或预防施用了所述补充剂的反刍动物的酸中毒或瘤胃臌胀。在一些实施方案中，所述至少一种细菌选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约99％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约99％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约99％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群选自：(i)具有包含seqidno：75的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有包含seqidno：86的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有包含seqidno：13的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群选自：(i)保藏为b-67550的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)保藏为b-67552的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)保藏为b-67555的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自seqidno：1-5993的核酸序列至少约97％相同。在一个实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自seqidno：1-5993的核酸序列至少约99％相同。在一个实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列包含选自seqidno：1-5993的核酸序列。在一个实施方案中，纯化的细菌群包封在聚合物、碳水化合物、糖、塑料、玻璃、多糖、脂质、蜡、油、脂肪酸或甘油酯中的一种或多种中。在一个实施方案中，包封的细菌是玻璃化的。在一个实施方案中，将包封的细菌进一步包封在蜡中。在一个实施方案中，纯化的细菌群是孢子形式。在一个实施方案中，将孢子喷雾干燥。在一个实施方案中，反刍动物补充剂配制成片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食品成分、食品添加剂、食品制剂、食品补充剂、可消耗溶液、可消耗喷雾添加剂、可消耗固体、可消耗凝胶、注射剂、推注剂或其组合。在一些实施方案中，本公开内容涉及用于治疗或预防反刍动物的酸中毒或瘤胃臌气的方法，其包括：向反刍动物施用有效量的反刍动物补充剂，其包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌；b)适合于反刍动物给药的载体；其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量治疗或预防施用了所述补充剂的反刍动物的酸中毒或瘤胃臌胀。在一些实施方案中，至少一种细菌选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一些实施方案中，纯化细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约99％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约99％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约99％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一些实施方案中，纯化细菌群选自：(i)具有包含seqidno：75的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有包含seqidno：86的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有包含seqidno：13的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一些实施方案中，纯化细菌群选自：(i)保藏为b-67550的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)保藏为b-67552的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)保藏为b-67555的拟杆菌属细菌。在一些实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化的细菌群，该纯化的细菌群包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自seqidno：1-5993的核酸序列至少约97％相同。在一些实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化的细菌群，该纯化的细菌群包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自seqidno：1-5993的核酸序列至少约99％相同。在一些实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化的细菌群，该纯化的细菌群包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列包含选自seqidno：1-5993的核酸序列。在一些实施方案中，纯化的细菌群包封在聚合物、碳水化合物、糖、糖醇、表面活性剂、塑料、玻璃、多糖、脂质、蜡、油、脂肪酸、氨基酸或甘油酯中的一种或多种中。在一个实施方案中，包封的细菌是玻璃化的。在一个实施方案中，将包封的细菌进一步包封在蜡、脂肪、脂肪酸、脂肪醇或甘油酯中。在一个实施方案中，纯化的细菌群是孢子形式。在一个实施方案中，将孢子喷雾干燥。在一个实施方案中，将补充剂配制成片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食品成分、食品添加剂、食品制剂、食品补充剂、可消耗溶液、可消耗喷雾添加剂、可消耗固体、可消耗凝胶、注射剂、推注剂或其组合。在一个实施方案中，反刍动物补充剂通过口服施用于反刍动物。在一个实施方案中，反刍动物是牛或阉牛。在一个实施方案中，反刍动物饲喂提升饮食(step-updiet)。在一个实施方案中，反刍动物饲喂育肥饮食(finishingdiet)。如权利要求36所述的反刍动物补充剂，其中所述纯化的细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约99％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约99％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约99％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一些实施方案中，纯化的细菌群选自：(i)具有包含seqidno：75的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有包含seqidno：86的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有包含seqidno：13的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一些实施方案中，纯化的细菌群选自：(i)保藏为b-67550的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)保藏为b-67552的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)保藏为b-67555的拟杆菌属细菌。在一些实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化的细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自seqidno：1-5993的核酸序列至少约97％相同。在一些实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化的细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自seqidno：1-5993的核酸序列至少约99％相同。在一些实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化的细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列包含选自seqidno：1-5993的核酸序列。在一些实施方案中，纯化的细菌群包封在聚合物、碳水化合物、糖、糖醇、表面活性剂、塑料、玻璃、多糖、脂质、蜡、油、脂肪酸、氨基酸或甘油酯中的一种或多种中。在一些实施方案中，包封的细菌是玻璃化的。在一个实施方案中，将包封的细菌进一步包封在蜡、脂肪、脂肪酸、脂肪醇或甘油酯中。在一个实施方案中，纯化的细菌群是孢子形式。在一个实施方案中，将孢子喷雾干燥。在一个实施方案中，反刍动物补充剂配制成片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食品成分、食品添加剂、食品制剂、食品补充剂、可消耗溶液、可消耗喷雾添加剂、可消耗固体、可消耗凝胶、注射剂、推注剂或其组合。在一些实施方案中，本公开内容涉及降低反刍动物瘤胃中二氧化碳和/或碳酸的量的方法，包括：向反刍动物施用有效量的反刍动物补充剂，所述反刍动物补充剂包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自任一种或多种包含与seqidno：1-5993中任一序列至少约97％相同的16s核酸序列的细菌；和b)适合于反刍动物给药的载体，其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量降低施用了所述补充剂的反刍动物的瘤胃中二氧化碳和/或碳酸的量。在一些实施方案中，本公开内容涉及降低反刍动物瘤胃中二氧化碳和/或碳酸的量的方法，包括：向反刍动物施用有效量的反刍动物补充剂，所述反刍动物补充剂包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌；b)适合于反刍动物给药的载体；其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量降低施用了所述补充剂的反刍动物的瘤胃中二氧化碳和/或碳酸的量。在一个实施方案中，至少一种细菌选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约99％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约99％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约99％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群选自：(i)具有包含seqidno：75的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有包含seqidno：86的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有包含seqidno：13的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群选自：(i)保藏为b-67550的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)保藏为b-67552的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)保藏为b-67555的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化的细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自seqidno：1-5993的核酸序列具有至少约97％的同一性。在一个实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化的细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自seqidno：1-5993的核酸序列具有至少约99％的同一性。在一个实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化的细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列包含选自seqidno：1-5993的核酸序列。在一个实施方案中，纯化的细菌群包封在聚合物、碳水化合物、糖、糖醇、表面活性剂、塑料、玻璃、多糖、脂质、蜡、油、脂肪酸、氨基酸或甘油酯中的一种或多种中。在一个实施方案中，包封的细菌是玻璃化的。在一个实施方案中，将包封的细菌进一步包封在蜡、脂肪、脂肪酸、脂肪醇或甘油酯中。权利要求51的方法，其中纯化的细菌群是孢子形式。权利要求62的方法，其中孢子是喷雾干燥的。在一个实施方案中，反刍动物补充剂配制成片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食品成分、食品添加剂、食品制剂、食品补充剂、可消耗溶液、可消耗喷雾添加剂、可消耗固体、可消耗凝胶、注射剂、推注剂或其组合。在一个实施方案中，将反刍动物补充剂通过口服施用于反刍动物。在一个实施方案中，反刍动物是牛或阉牛。在一个实施方案中，在一个实施方案中，反刍动物饲喂提升饮食。在一个实施方案中，反刍动物饲喂育肥饮食。在一个实施方案中，本公开内容涉及能够增加反刍动物中肉类大理石花纹的量的反刍动物补充剂，包括：a)纯化细菌群，所述细菌群选自任一种或多种包含与seqidno：1-5993中任一序列至少约97％相同的16s核酸序列的细菌；和b)适合于反刍动物给药的载体，其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量增加施用了所述补充剂的反刍动物中肉类大理石花纹的量。在一个实施方案中，本公开内容涉及能够增加反刍动物中肉类大理石花纹的量的反刍动物补充剂，包括：a)纯化细菌群，所述细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌；b)适合于反刍动物给药的载体；其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量增加施用了所述补充剂的反刍动物中肉类大理石花纹的量。在一个实施方案中，至少一种细菌选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约99％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约99％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约99％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群选自：(i)具有包含seqidno：75的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有包含seqidno：86的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有包含seqidno：13的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群选自：(i)保藏为b-67550的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)保藏为b-67552的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)保藏为b-67555的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，瘤胃补充剂还包含纯化的细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自seqidno：1-5993的核酸序列至少约97％相同。在一个实施方案中，瘤胃补充剂还包含纯化的细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自seqidno：1-5993的核酸序列至少约99％相同。在一个实施方案中，瘤胃补充剂还包含纯化的细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列包含选自seqidno：1-5993的核酸序列。在一个实施方案中，纯化的细菌群包封在聚合物、碳水化合物、糖、糖醇、表面活性剂、塑料、玻璃、多糖、脂质、蜡、油、脂肪酸、氨基酸或甘油酯中的一种或多种中。在一个实施方案中，包封的细菌是玻璃化的。在一个实施方案中，将包封的细菌进一步包封在蜡、脂肪、脂肪酸、脂肪醇或甘油酯中。在一个实施方案中，纯化的细菌群是孢子形式。在一个实施方案中，将孢子喷雾干燥。在一个实施方案中，瘤胃补充剂配制成片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食品成分、食品添加剂、食品制剂、食品补充剂、可消耗溶液、可消耗喷雾添加剂、可消耗固体、可消耗凝胶、注射剂、推注剂或其组合。在一些实施方案中，本公开内容涉及增加反刍动物中肉类大理石花纹的量的方法，包括：向反刍动物施用有效量的反刍动物补充剂，所述反刍动物补充剂包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自任一种或多种包含与seqidno：1-5993中任一序列至少约97％相同的16s核酸序列的细菌；和b)适合于反刍动物给药的载体，其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量增加施用了所述补充剂的反刍动物中肉类大理石花纹的量。在一些实施方案中，本公开内容涉及增加反刍动物中肉类大理石花纹的量的方法，包括：向反刍动物施用有效量的反刍动物补充剂，所述反刍动物补充剂包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌；b)适合于反刍动物给药的载体；其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量增加施用了所述补充剂的反刍动物中肉类大理石花纹的量。在一个实施方案中，至少一种细菌选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约99％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约99％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约99％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群选自：(i)具有包含seqidno：75的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有包含seqidno：86的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有包含seqidno：13的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，纯化细菌群选自：(i)保藏为b-67550的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)保藏为b-67552的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)保藏为b-67555的拟杆菌属细菌。在一个实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化的细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自seqidno：1-5993的核酸序列至少约97％相同。在一个实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化的细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自seqidno：1-5993的核酸序列至少约99％相同。在一个实施方案中，反刍动物补充剂还包含纯化的细菌群，其包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列包含选自seqidno：1-5993的核酸序列。在一个实施方案中，纯化的细菌群包封在聚合物、碳水化合物、糖、糖醇、表面活性剂、塑料、玻璃、多糖、脂质、蜡、油、脂肪酸、氨基酸或甘油酯中的一种或多种中。在一个实施方案中，包封的细菌是玻璃化的。在一个实施方案中，将包封的细菌进一步包封在蜡中。在一个实施方案中，纯化的细菌群是孢子形式。在一个实施方案中，将孢子喷雾干燥。在一个实施方案中，将反刍动物补充剂配制成片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食品成分、食品添加剂、食品制剂、食品补充剂、可消耗溶液、可消耗喷雾添加剂、可消耗固体、可消耗凝胶、注射剂、推注剂或其组合。在一个实施方案中，将反刍动物补充剂口服给予反刍动物。在一个实施方案中，反刍动物是牛或阉牛。在一个实施方案中，反刍动物饲喂提升饮食。在一个实施方案中，反刍动物饲喂育肥饮食。在一个实施方案中，肉类大理石纹的增加是至少10％的增加。在一些实施方案中，本公开内容涉及能够提高反刍动物的饲料效率(feedefficiency)的反刍动物补充剂，其包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自任一种或多种包含与seqidno：1-5993中任一序列至少约97％相同的16s核酸序列的细菌；和b)适合于反刍动物给药的载体，其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量提高施用了所述补充剂的反刍动物的饲料效率。在一些实施方案中，本公开内容涉及能够提高反刍动物饲料效率的反刍动物补充剂，其包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌；b)适合于反刍动物给药的载体；其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量提高施用了所述补充剂的反刍动物的饲料效率。在一些实施方案中，所述至少一种细菌选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一些实施方案中，本公开内容涉及提高反刍动物饲料效率的方法，包括：向反刍动物施用有效量的反刍动物补充剂，所述反刍动物补充剂包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自任一种或多种包含与seqidno：1-5993中任一序列至少约97％相同的16s核酸序列的细菌；和b)适合于反刍动物给药的载体，其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量提高施用了所述补充剂的反刍动物的饲料效率。在一些实施方案中，提高反刍动物饲料效率的方法包括：向反刍动物施用有效量的反刍动物补充剂，所述反刍动物补充剂包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌；b)适合于反刍动物给药的载体；其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量提高施用了所述补充剂的反刍动物的饲料效率。在一些实施方案中，所述至少一种细菌选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一些实施方案中，能够提高反刍动物的性能(performance)的反刍动物补充剂，包括：a)纯化细菌群，所述细菌群选自任一种或多种包含与seqidno：1-5993中任一序列至少约97％相同的16s核酸序列的细菌；和b)适合于反刍动物给药的载体，其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量提高施用了所述补充剂的反刍动物的性能。在一些实施方案中，反刍动物补充剂能够提高反刍动物的性能，包括：a)纯化细菌群，所述细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌；b)适合于反刍动物给药的载体；其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量提高施用了所述补充剂的反刍动物的性能。在一些实施方案中，至少一种细菌选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一些实施方案中，本公开内容涉及能够减少反刍动物中甲烷产生和排放的反刍动物补充剂，其包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自任一种或多种包含与seqidno：1-5993中任一序列至少约97％相同的16s核酸序列的细菌；和b)适合于反刍动物给药的载体，其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量减少施用了所述补充剂的反刍动物中甲烷的产生和排放。在一些实施方案中，本公开内容涉及能够减少反刍动物中甲烷产生和排放的反刍动物补充剂，其包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌；b)适合于反刍动物给药的载体；其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量减少施用了所述补充剂的反刍动物中甲烷的产生和排放。在一些实施方案中，至少一种细菌选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一些实施方案中，本公开内容涉及能够减少反刍动物中甲烷产生和排放的反刍动物补充剂，其包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自任一种或多种包含与seqidno：1-5993中任一序列至少约97％相同的16s核酸序列的细菌；和b)适合于反刍动物给药的载体，其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量减少施用了所述补充剂的反刍动物中甲烷的产生和排放。在一些实施方案中，本公开内容涉及能够减少反刍动物中甲烷产生和排放的反刍动物补充剂，其包含：a)纯化细菌群，所述细菌群选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌；b)适合于反刍动物给药的载体；其中a)中的所述纯化细菌群以有效量存在于所述补充剂中，相较于未施用所述补充剂的反刍动物，所述有效量减少施用了所述补充剂的反刍动物中甲烷的产生和排放。在一些实施方案中，其中至少一种细菌选自：(i)具有与seqidno：75至少约97％相同的16s核酸序列的琥珀酸弧菌属细菌，(ii)具有与seqidno：86至少约97％相同的16s核酸序列的普雷沃氏菌属细菌，和/或(iii)具有与seqidno：13至少约97％相同的16s核酸序列的拟杆菌属细菌。在一些实施方案中，微生物与益生元、维生素或矿物质一起施用。在一些实施方案中，微生物与维生素b或其前体一起施用。国际承认用于专利程序的微生物保存布达佩斯条约(budapesttreatyontheinternationalrecognitionofthedepositofmicroorganismsforthepurposeofpatentprocedures)本申请中描述的微生物保藏在(1)美国典型培养物保藏中心位于美国弗吉尼亚州20110，马纳萨斯，大学大道10801号(10801universityblvd.)；和美国农业部(usda)农业研究服务局(ars)菌种收藏中心位于美国伊利诺伊州皮奥里亚(peoria)的n.universityst.，1815。根据国际承认用于专利程序的微生物保存布达佩斯条约的条款进行保藏。上述布达佩斯条约保藏的atcc和nrrl登记号见表1。本申请中描述的微生物的登录号和相应的保藏日期在表2中单独提供。下表中指定命名的菌株已经至少从2017年4月22日，以及2017年8月起保藏在ascusbiosciences,inc.的实验室中。在表1中，对于微生物分类的最接近的预测命中(predictedhit)列于第2列和第5列中。第2列是由blast预测的最高分类命中，第5列是由blast预测的属+物种的最高分类命中。至少自2017年4月22日，以及2017年8月，以下表中指定(designation)的菌株已保藏于ascusbiosciences,inc.的实验室中。表1本公开的微生物，包括细菌(1-190)表2本公开保藏的微生物附图说明图1显示了用于确定一种或多种活性微生物菌株的绝对丰度的方法的一个实施方案的一般工作流程。图2显示了用于确定具有一种或多种元数据(环境)参数的样品中一种或多种、或两种或多种活性微生物菌株的共现然后利用聚类分析和社区发现方法对确定的关系网络进行分析的方法的的一个实施方案的一般工作流程。图3描述了举例说明饮食如何影响挥发性脂肪酸的产生的图，所述挥发性脂肪酸反过来调节产奶、身体状况、生长等。转载自moran,2005.tropicaldairyfarming:feedingmanagementforsmallholderdairyfarmersinthehumictropics(第5章),landlinks出版社,第312页。图4描述了当动物继续喂食育肥饮食时微生物α多样性的巨大变化。图5描述了微生物演替速度对与动物效率相关的流线型微生物集群的重要性。此外，当与效率相关时，第4周瘤胃微生物组的大幅度变化是最显著的。图6描述了高rfi和低rfi的阉牛的平均瘤胃vfa浓度。更有效的动物往往具有更高的vfa产量。图7描述了溶解的co2相对于瘤胃ph的理论浓度。转载自laporte-uribe,2016。图8描述了基于vfa浓度和dco2浓度(实心方块)和仅vfa浓度(空心方块)的瘤胃的理论ph。包括dco2比仅使用vfa更好地预测ph。转载自laporte-uribe,2016。图9描述了瘤胃co2可能遵守的影响反刍动物生理学的潜在途径。转载自laporte-uribe,2016。图10a和图10b描述了在研究的第1周和第5周(图10a)的跨样品和在研究的第7周和第10周的跨样品的瘤胃细菌群落的系统发育多样性(图10b)。图11a和图11b描述了研究中使用的机器学习预测精度。残余采食量(rfi)预测血清代谢特征(图11a)，并且rfi预测瘤胃微生物组特征(图11b)。图12描述了低rfi和高rfi之间的平均预测化合物。较大的葡萄糖-1-磷酸和/或葡萄糖-6-磷酸的丰度表示高rfi。图13描述了与第10周细菌群落组成相关的血清代谢特征。图14a和图14b描述了与血清代谢组相关的第10周瘤胃微生物群落相关性。平均血清泛酸丰度在低rfi和高rfi阉牛之间不同(图14a)。平均黄杆菌丰度与泛酸丰度高有关(图14b)。图15描述了otu的复合平均值随时间的光谱共聚集，表明在瘤胃微生物群落的整个研究中主要的微生物演替。图16描述了基于整个研究中的昼夜细菌群落之间的bray-curtis距离的主坐标分析(pcoa)。图17描述了在整个10周试验中驱动细菌群落组成变化的三种细菌顺序的相对丰度。阴影区域表示sem。这三个顺序对rfi很重要。主要的微生物演替发生在第4周。图18a和图18b描述了在第4周瘤胃中大的微生物演替后第5周动物之间微生物对ph的分化。瘤胃α-多样性与ph相关(pearsonr＝0.44；p＝0.0051)(图18a)。瘤胃ph在第5周预测细菌群落结构(r2＝0.48；p＝0.04)(图18b)。pc＝主成分。图19描述了50头阉牛的残余采食量(rfi)的图。图20描述了整个研究中所有样品的主坐标分析(pcoa)。每个点代表瘤胃样本的细菌群落，点之间的距离代表这些群落之间的差异。每个点的阴影表示采样时的周数。图21描述了kullback-leibler(k-l)散度。k-l散度是用于确定两组之间的转动距离(commotionaldistance)的方法(即，两个样本的微生物群落之间的差异)。在图21中显示了高rfi动物和低rfi动物之间微生物群落每周变化多少的比较。该图表明，在第4周，微生物群落的变化量对rfi很重要。图22描述了残余采食量的auc。随机森林机器学习用于预测任何给定周给定微生物群落组成的rfi。微生物群落在第四周最能预测rfi。图23描述了按rfi分隔的按周分类的三个分类单位的丰度，其表示与rfi直接相关的分类群以及在什么时间。该图显示第4周对于气单胞菌目和巴斯德菌目种群而言与rfi相关是重要的。图24描述了合成维生素b或泛酸的流程图，以及产生的中间产物以得到酰基-coa物质。转载自basu和blair.2012.natureprotocols.7:1-11。图25描述了本公开的微生物的评估和调节动物体重的能力，特别是增加动物体重的能力。图26描述了本发明的微生物的评估及其调节瘤胃ph的能力，特别是当动物喂食高谷物饮食时增加瘤胃ph的能力。图27描述了本公开的微生物的评估及其减少瘤胃中的co2的能力。图28描述了本公开的微生物的评估及其在瘤胃中调节co2的能力，特别是在动物喂食高谷物饮食时减少瘤胃中的co2的能力。图29描述了常见性能参数的mic得分分布，包括六种细菌的平均日增重、体重增加、采食量和饲料效率，其中许多类型已在第三方研究中评估。mic得分越低，与该mic得分相关的物种/菌株越不可能正向调节上述性能参数。图30描述了原核生物中的kegg二氧化碳固定途径。图31描述了原核生物中的patric二氧化碳固定途径。图32描述了接受微生物的动物与未接受微生物的动物的饲料转化率(fcr)。具体实施方式定义尽管认为以下术语是本领域普通技术人员容易理解的，但阐述以下定义以便于解释本发明公开的主题。未指明数量时可以指一个或多个该实体，即可以指复数个指示物。因此，未指明数量时、术语“一个或多个”和“至少一个”在本文中可互换使用。此外，由不定冠词提及“元素”时并不排除存在多个该元素的可能性，除非上下文明确要求存在一个且仅有一个元素。在整个说明书中提及“一个实施例”、“实施例”、“一个方面”或“一个方面”时意味着结合该实施例描述的特定特征、结构或特性包括在本公开的至少一个实施例中。因此，贯穿本说明书在各个地方出现的短语“在一个实施例中”或“在实施例中”不一定都指的是同一实施例。此外，特定特征、结构或特性可以在一个或多个实施例中以任何合适的方式组合。如本文所用，在特定实施方案中，当在数值之前时，术语“约”或“近似”表示该值加上或减去10％的范围。如本文所用，术语“微生物”(microorganism)或“微生物”(microbe)应广泛采用。这些术语可互换使用，包括但不限于两个原核结构域、细菌和古细菌、真核真菌和原生动物、以及病毒。在一些实施方案中，本公开涉及表1和/或表2的“微生物”，或通过引用并入的“微生物”。这种表征不仅可以参考表中预测的分类微生物标识符，还可以参考表中列出的鉴定的微生物菌株。术语“微生物群落”(microbialcommunity)是指包含两种或更多种物种或菌株的一组微生物。与微生物集合不同，微生物群落不必执行共同的功能，或者不必参与、导致或与可识别的参数相关联，例如感兴趣的表型特征(例如在肉牛中增加的饲料效率)。如本文所用，“分离”、“分离的”、“分离的微生物”和类似术语旨在表示一种或多种微生物已经与在特定环境中与其相关的至少一种材料分离(例如土壤、水、动物组织)。本公开的微生物可包括孢子和/或营养细胞。在一些实施方案中，本公开的微生物包括处于存活但不可培养(vbnc)状态或静止状态的微生物。参见liao和zhao(美国公开号us2015267163a1)。在一些实施方案中，本公开的微生物包括生物膜中的微生物。参见merritt等(美国专利7,427,408)。因此，在其天然存在的环境中不存在“分离的微生物”；相反，通过本文所述的各种技术，微生物已从其自然环境中移出并置于非天然存在的状态。因此，分离的菌株或分离的微生物可以作为例如生物学纯的培养物存在，或作为与可接受的载体结合的孢子(或其他形式的菌株)存在。如本文所用，“一个孢子”或“多个孢子”是指由细菌和真菌产生的适于存活和传播的结构。孢子通常被描述为休眠结构；然而，孢子能够通过萌发(germination)过程进行分化。萌发是孢子分化成能够代谢活动、生长和繁殖的营养细胞。单个孢子的萌发导致单个真菌或细菌营养细胞。真菌孢子是无性繁殖的单位，在某些情况下是真菌生命周期中必需的结构。细菌孢子是存活条件的结构，其通常对营养细胞的存活或生长是不具有传导性的。如本文所用，“微生物组合物”是指包含一种或多种本公开的微生物的组合物，其中在一些实施方案中，将微生物组合物施用于本公开的动物。如本文所用，“载体”、“可接受的载体”或“药物载体”是指与化合物一起施用的稀释剂、佐剂、赋形剂或载体。这些载体可以是无菌液体，例如水和油，包括石油、动物、植物或合成来源的那些；例如花生油、大豆油、矿物油、芝麻油等。优选使用水或水溶液盐水溶液和葡萄糖水溶液和甘油溶液作为载体，在一些实施方案中作为可注射溶液。在一些实施方案中，胶凝剂用作载体。或者，载体可以是固体剂型载体，包括但不限于粘合剂(用于压缩丸)、助流剂、包封剂、食用香料和着色剂中的一种或多种。载体的选择可以选择关于预期的给药途径和标准药学实践。参见hardee和baggo(1998.developmentandformulationofveterinarydosageforms，第2版，crc出版社，第504页)；e.w.martin(1970.remington’spharmaceuticalsciences，第17版，mack出版公司)；以及blaser等(美国专利公开us20110280840a1)。在一些方面，载体可以是粒状结构，例如沙子或沙子颗粒。在其他方面，载体可以是干燥的，与潮湿或湿润的载体相反。在一些方面，载体可以是营养物质和/或益生元物质，其选自低聚果糖、菊粉、异麦芽低聚糖、乳糖醇、乳糖、乳果糖、吡咯烷、大豆低聚糖、反式半乳寡糖、低聚木糖、微量矿物质和维生素。在一些方面，载体可以是固体或液体形式。在一些方面，载体可以是沸石、碳酸钙、碳酸镁、二氧化硅、磨碎的玉米、海藻糖、壳聚糖、虫胶、白蛋白、淀粉、脱脂奶粉、甜乳清粉、麦芽糖糊精、乳糖和菊粉。在一些方面，载体是水或生理盐水。术语“生物群落”、“微生物群集”或“合成群集”是指包含通过本公开的方法、系统和/或装置鉴定的并且天然存在于天然发生的环境中和/或在自然界中不存在的比例或数量的一种或多种活性微生物的组合物。生物群落是个体微生物物种或物种的菌株的微生物群落的子集，其可被描述为执行共同功能，或可被描述为参与、导致或与可识别参数相关联，例如感兴趣的表型性状(例如饲养场牛的饲料效率提高)。生物群落可包含两种或更多种微生物的物种或菌株。在某些情况下，微生物在共同体内共存。在本公开的某些方面，分离的微生物以分离的和生物学纯的培养物存在。本领域技术人员将理解，特定微生物的分离的和生物学纯的培养物表示所述培养物基本上不含(在科学原因中)其他生物体，并且仅含有所讨论的单个微生物。培养物可含有不同浓度的所述微生物。本公开内容指出，分离的和生物学上纯的微生物通常“必然不同于较不纯的或不纯的材料”。参见例如，关于bergstrom,427f.2d1394，(ccpa1970)(讨论纯化的前列腺素)，另外参见关于bergy,596f.2d952(ccpa1979)(讨论纯化的微生物)，另外参见parke-davis&co.v.h.k.mulford&co.,189f.95(s.d.n.y.1911)(learnedhand讨论纯化的肾上腺素)，部分证实，部分撤销，196f.496(2dcir.1912)，其中每一篇都通过引用并入本文。此外，在一些方面，本公开提供了必须在分离的和生物纯的微生物培养物中发现的浓度或纯度限制的某些定量测量。在某些实施方案中，这些纯度值的存在是将目前公开的微生物与存在于天然状态的那些微生物区分开的另一属性。参见，例如，merck&co.v.olinmathiesonchemicalcorp.,253f.2d156(4thcir.1958)(讨论由微生物产生的维生素b12的纯度限制)，在此引入作为参考。如本文所用，“单个分离物”应当被认为是指在与一种或多种其他微生物分离后，包含微生物的单一属、种或菌株的主导地位的组合物或培养物。该短语不应表示微生物的分离或纯化程度。然而，“单个分离物”可基本上仅包含一种微生物属、种或菌株。如本文所用，“微生物组”(microbiome)是指栖息在动物的消化道或胃肠道中的微生物的集合(如果所述动物是反刍动物，包括瘤胃)和微生物的物理环境(即微生物组具有生物和物理成分)。微生物组是流体并且可以通过许多天然存在的和人工条件(例如，饮食、疾病、抗微生物剂的变化、其他微生物的流入等)来调节。可以通过施用本公开的组合物实现的瘤胃微生物组的调节可以采取以下形式：(a)增加或减少特定的科、属、种或微生物的功能分组(即，改变瘤胃微生物组的生物成分)和/或(b)增加或减少瘤胃中的挥发性脂肪酸，增加或减少瘤胃ph，增加或减少对瘤胃健康重要的任何其他物理参数(即瘤胃微生物组的非生物成分的改变)。如本文所用，“益生菌”(probiotic)是指基本上纯的微生物(即单一分离物)或所需微生物的混合物，并且还可包括可施用于肉牛以恢复微生物群的任何其他组分。本公开的益生菌或微生物接种组合物可以与药剂一起施用以允许微生物在胃肠道环境中存活，即，抵抗低ph并在胃肠环境中生长。在一些实施方案中，本发明的组合物(例如，微生物组合物)在某些方面是益生菌。如本文所用，“益生元”是指增加一种或多种所需微生物的数量和/或活性的试剂。可用于本公开的方法的益生元的非限制性实例包括低聚果糖(例如低聚果糖、菊粉、菊粉型果聚糖)、低聚半乳糖、氨基酸、醇和它们的混合物。参见ramirez-farias等(2008.br.j.nutr.4:1-10)和pool-zobel和sauer(2007.j.nutr.137:2580-2584和增刊)。如本文所用的术语“生长培养基”是适合于支持微生物生长的任何培养基。举例来说，培养基可以是天然的或人工的，包括胃泌素补充琼脂、lb培养基、血清和组织培养凝胶。应当理解，培养基可以单独使用或与一种或多种其他培养基组合使用。它也可以在添加或不添加外源营养素的情况下使用。如本文所用，术语“相对丰度”(relativeabundance)是存在于胃肠道或其他器官系统中的微生物的数量或百分比，相对于存在于所述管道或器官系统中的总微生物的数量或百分比。相对于存在的细菌、真菌、病毒和/或原生动物的总数或百分比，还可以确定特定类型的微生物(例如细菌、真菌、病毒和/或原生动物)的相对丰度，相对丰度通过pcr确定。在另一个实施方案中，通过对来自胃肠道或其他感兴趣的器官系统的样品进行的菌落形成单位测定(cfu)或噬斑形成单位测定(pfu)测定相对丰度。培养基可以用其他化合物或组分(例如，可以帮助特定微生物群的相互作用和/或选择的组分)进行修改或富集。例如，可以存在抗生素(例如青霉素)或消毒剂(例如，季铵盐和氧化剂)和/或物理条件(例如盐度、营养素(例如有机和无机矿物质(例如磷、含氮盐、氨、钾和微量营养素，如钴和镁)、ph和/或温度)、蛋氨酸、益生元、离子载体和β-葡聚糖可以被修改。如本文所用，术语“反刍动物”包括能够通过在消化之前在专门的胃(瘤胃)中发酵，主要通过微生物作用从植物类食物中获取营养物的哺乳动物。反刍动物包括牛、山羊、绵羊、长颈鹿、牦牛、鹿、羚羊等。如本文所用，术语“牛科动物”包括牛科(bovidae)的任何成员，其包括有蹄哺乳动物，例如羚羊、绵羊、山羊和牛等。如本文所用，术语“阉牛”(steer)包括印度牛(bosindicus)、瘤牛(bostaurusindicia)或欧洲牛(bostaurustaurus)的任何成员，物种，变体或杂种。术语“阉牛”还包括提及牛(成熟雌性)、阉牛(阉割雄性)、小母牛(未成熟雌性未生育后代)、公牛(成熟未阉割雄性)和小牛(未成熟雄性或雌性)。如本文所用，术语“肉牛”和“饲养场牛”同义使用，是指生长并用于生产牛肉的牛。本公开的所述牛包括如下品种：南非瘤牛(africander)、安格斯牛(angus)、奥布拉克牛(aubrac)、barzona、巴札灰毛牛(bazadaise)、肉用短角牛(beefshorthorn)、皮弗娄牛(beefalo)、比利时蓝牛(belgianblue)、贝尔蒙特红牛(belmontred)、带状加洛韦牛(beltedgalloway)、黑安格斯牛(blackangus)、阿基坦金毛牛(blonded'aquitaine)、朋斯麻拉牛(bonsmara)、波兰牛(boran)、布拉福德牛(bradford)、婆罗门牛(brahman)、brahmousin、婆安格斯牛(brangus)、英国白牛(britishwhite)、buelingo、canchim、caracu、夏洛莱牛(charolais)、契安尼娜牛(chianina)、composite、corriente、德温牛(devon)、德克斯特牛(dexter)、drakensberger、抗旱王牛(droughtmaster)、英国长角牛(englishlonghorn)、加洛韦牛(galloway)、德国黄牛(gelbvieh)、格洛斯特牛(gloucester)、海斯康佛脱牛(haysconverter)、赫里福德肉牛(hereford)、高地牛(highland)、荷斯坦牛(holstein)、hybridmaster、利木赞牛(limousin)、林肯红牛(lincolnred)、楼来牛(lowline)、卢英牛(luing)、曼安茹牛(maine-anjou)、rougedespros、marchigiana、迷你赫里福德牛(miniaturehereford)、miiandesa、蒙古牛(mongolian)、莫累灰牛(murraygray)、尼尔洛牛(nelore)、恩古尼(nguni)、parthenais、皮埃蒙特牛(piemontese)、平兹奎尔牛(pinzgauer)、红安格斯牛(redangus)、无角红牛(redpoll)、retinta、罗曼诺拉牛(romagnola)、salens、sanganer、圣克鲁斯牛(santacruz)、圣格特鲁牛(santagertrudis)、senepol、设得兰群岛牛(shetland)、西门罗牛(simbrah)、西门塔尔牛(simmental)、南德温牛(southdevon)、散斑公园牛(specklepark)、squaremeaters、苏塞克斯牛(sussex)、塔朗泰兹牛(tarentaise)、德克萨斯长角牛(texaslonghorn)、杜利牛(tuli)、和牛(wagyu)、威尔士黑牛(welshblack)、whitebred短角牛(whitebredshorthorn)以及驼峰牛(zebu)；或其杂种和/或杂交种。如本文所用，“乳牛”或“奶牛”同义使用，是指生长并用于生产牛奶的奶牛。如本文所用，“性能”应当被认为是增加的体重增加、改善的饲料效率、改善的残余采食量、改善的采食量。如本文所用，“改善的”应当广泛地包括与对照组相比或与相关于所述特征的已知平均量相比改善的感兴趣的特征。例如，通过比较由本文教导的微生物处理的肉牛的饲料效率与未处理的肉牛的饲料效率，可以证明与本公开的有益微生物或微生物集合的施用相关的“改善的”饲料效率。在本公开中，“改善的”不一定要求数据具有统计显著性(即p<0.05)；相反，证明一个值(例如平均处理值)与另一个值(例如平均对照值)不同的任何可量化差异可以上升到“改善的”水平。如本文所用，“抑制或阻碍”和类似术语不应被解释为需要完全抑制或阻碍，尽管在一些实施方案中这可能是期望的。如本文所用的术语“标记”或“独特标记”是独特微生物类型、微生物菌株或微生物菌株活性的指示。可以在生物样品中测量标记物，并且包括但不限于基于核酸的标记物，例如核糖体rna基因、基于肽或蛋白质的标记物、和/或代谢物或其他小分子标记物。如本文所用的术语“代谢物”是代谢的中间体或产物。在一个实施方案中，代谢物是小分子。代谢物具有多种功能，包括对酶的燃料(fuel)、结构、信号传导、刺激和抑制作用，作为酶的辅因子、防御以及与其他生物(例如色素、气味剂和信息素)的相互作用。主要代谢物直接参与正常生长、发育和繁殖。次级代谢产物不直接参与这些过程，但通常具有重要的生态功能。代谢物的实例包括但不限于抗生素和颜料，例如树脂和萜烯等。一些抗生素使用初级代谢物作为前体，例如由初级代谢物色氨酸产生的放线菌素。如本文所用，代谢物包括小的亲水性碳水化合物；大的疏水脂质和复杂的天然化合物。如本文所用，术语“基因型”是指个体细胞、细胞培养物、组织、生物体或生物体组的遗传组成。如本文所用，术语“等位基因”是指基因的一种或多种替代形式中的任何一种，所有这些等位基因涉及至少一种性状或特征。在二倍体细胞中，给定基因的两个等位基因占据一对同源染色体上的相应基因座。由于本公开内容，在实施方案中，涉及qtl，即可以包含一种或多种基因或调节序列的基因组区域，在某些情况下，更准确地指代“单倍型”(即染色体区段的等位基因)而不是“等位基因”，然而，在这些情况下，术语“等位基因”应理解为包括术语“单倍型”。当表达相似的表型时，等位基因被认为是相同的。有可能会有序列差异，但这不重要，只要它们不影响表型即可。如本文所用，术语“基因座”(多个基因座)是指染色体上的特定位置或位点，例如发现基因或遗传标记。如本文所用，术语“遗传连锁”是指两种或多种在育种期间以高比率共遗传的性状，使得它们难以通过杂交分离。本文所用的“重组”或“重组事件”是指染色体杂交或独立分类。术语“重组”是指具有由于重组事件而产生的新基因组成的生物。如本文所用，术语“分子标记”或“遗传标记”是指用于可视化核酸序列特征差异的方法中的指示物。此类指示物的实例是限制性片段长度多态性(rflp)标记、扩增片段长度多态性(aflp)标记、单核苷酸多态性(snp)、插入突变、微卫星标记(ssr)、序列特征扩增区域(scar)、切割扩增多态性序列(caps)标记或同工酶标记或本文所述标记的组合，其定义特定的遗传和染色体位置。标记物进一步包括编码16s或18srrna的多核苷酸序列，以及内部转录间隔区(its)序列，其是在小亚基和大亚基rrna基因之间发现的序列，该小亚基和大亚基rrna已被证明在互相比较时在阐明彼此之间的关系或区别时特别有用。等位基因附近的分子标记的定位是可以由分子生物学
技术领域：
：的普通技术人员进行的过程。主要rrna亚基16s的一级结构包含保守、可变和高变区的特定组合，其以不同的速率进化并且能够解析非常古老的谱系(例如结构域)和更现代的谱系(例如属)。16s亚基的二级结构包括大约50个螺旋，其导致约67％残基的碱基配对。这些高度保守的二级结构特征具有重要的功能重要性，可用于确保多序列比对和系统发育分析中的位置同源性。在过去的几十年中，16srrna基因已成为测序最多的分类标记，并且是当前细菌和古细菌系统分类的基石(yarza等，2014.naturerev.micro.12:635-45)。两个16srrna基因的序列同一性为94.5％或更低是不同属的强有力证据，86.5％或更低是不同科的有力证据，82％或更低是不同目的有力证据，78.5％是不同纲的有力证据，75％或更低是不同门的强有力证据。对16srrna基因序列的比较分析使得能够建立分类学阈值，其不仅可用于培养的微生物的分类，而且可用于许多环境序列的分类(yarza等，2014.naturerev.micro.12:635-45)。如本文所用，术语“性状”是指特征或表型。例如，在本公开的一些实施例的背景下；饲料利用效率，特别是玉米密集型饲料；产生的粪便量；对肠道病原体的易感性；并降低死亡率；等等。理想的特征还可以包括其他特征，包括但不限于：体重增加；平均每日体重增加；肌肉组织增加；胃肠道中脂肪酸浓度增加；提高饲料利用率和消化率；多糖和木质素降解增加；增加脂肪、淀粉和/或蛋白质消化；瘤胃中脂肪酸浓度增加；瘤胃ph值平衡，维生素有效性增加；矿产供应增加；增加氨基酸的可用性；减少甲烷和/或一氧化二氮的排放量；减少粪便产量；改善干物质摄入量；提高氮利用效率，提高磷利用效率；对定植牛的病原微生物的定植抗性增加；降低死亡率；增加抗菌药物的产量；增加病原微生物的清除率；增加对定植牛的病原微生物定植的抵抗力；增加对感染人类的病原微生物定植的抵抗力；减少酸中毒或臃肿的发生率；增加肉的大理石花纹，增加或减少肉的红色，增加或减少肉的质地/粗糙度；增加usdaprime、usdachoice和usdaselect优质肉类，增加了生产usdaprime，usdachoice和usdaselect优质肉类的动物数量；增加或减少肉中挥发性化合物的浓度或存在；减少酸中毒或臃肿的患病率；降低体温；及其任何组合；其中所述增加或减少是通过与未施用所述组合物的动物进行比较来确定的。性状可以以显性或隐性方式遗传，或以部分或不完全显性方式遗传。特征可以是单基因的(即由单个基因座确定)或多基因的(即由多个基因座确定)或也可以由一个或多个基因与环境的相互作用产生。在本公开的上下文中，性状还可以由一种或多种肉牛基因与一种或多种微生物基因的相互作用产生。如本文所用，术语“纯合的”是指当两个相同的等位基因位于特定基因座但分别位于二倍体生物细胞中相应的同源染色体对上时存在的遗传情况。相反，如本文所用，术语“杂合的”是指当两个不同的等位基因位于特定基因座但分别位于二倍体生物细胞中相应的同源染色体对上时存在的遗传情况。如本文所用，术语“表型”是指个体细胞、细胞培养物、生物体(例如，牛)或生物组的可观察特征，其由该个体的基因组成(即基因型)与环境之间的相互作用产生。如本文所用，术语“嵌合”或“重组”在描述核酸序列或蛋白质序列时是指这样的核酸序列或蛋白质序列，其将至少两个异源多核苷酸或两个异源多肽连接成单个大分子，或重新排列至少一种天然核酸或蛋白质序列的一种或多种元件。例如，术语“重组”可以指两个以其他方式分开的序列区段的人工组合，例如通过化学合成或通过基因工程技术操纵分离的核酸片段。如本文所用，“合成的核苷酸序列”或“合成的多核苷酸序列”是未知在自然界中发生或不是天然存在的核苷酸序列。通常，当与任何其他天然存在的核苷酸序列比较时，这种合成的核苷酸序列将包含至少一个核苷酸差异。如本文所用，术语“核酸”是指任何长度的核苷酸(核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸)的聚合形式，或其类似物。该术语是指分子的一级结构，因此包括双链和单链dna，以及双链和单链rna。它还包括修饰的核酸，例如甲基化和/或加帽的核酸，含有修饰的碱基的核酸，骨架修饰等。术语“核酸”和“核苷酸序列”可互换使用。如本文所用，术语“基因”是指与生物学功能相关的任何dna片段。因此，基因包括但不限于编码序列和/或其表达所需的调节序列。基因还可以包括非表达的dna区段，例如，其形成其他蛋白质的识别序列。基因可以从多种来源获得，包括从感兴趣的来源克隆或从已知或预测的序列信息合成，并且可以包括设计为具有所需参数的序列。如本文所用，术语“同源的”或“同源物”或“直向同源物”是本领域已知的，并且是指共享共同祖先或家族成员并且基于序列同一性程度确定的相关序列。术语“同源性”、“同源的”、“基本相似的”和“基本上相应的”在本文中可互换使用。它们是指核酸片段，其中一个或多个核苷酸碱基的变化不影响核酸片段介导基因表达或产生某种表型的能力。这些术语还指本公开的核酸片段的修饰，例如一个或多个核苷酸的缺失或插入，其相对于初始的未修饰的片段基本上不改变所得核酸片段的功能特性。因此，应理解如本领域技术人员将理解的，本公开涵盖的不仅仅是具体的示例性序列。这些术语描述了在一个物种、亚种、品种、栽培品种或品系中发现的基因与另一物种、亚种、品种、栽培品种或品系中的相应或等同基因之间的关系。出于本公开的目的比较同源序列。“同源序列”或“同源物”或“直系同源物”被认为、相信或已知功能性相关。功能关系可以以多种方式中的任何一种指示，包括但不限于：(a)序列同一性程度和/或(b)相同或相似的生物学功能。优选地，同时包括(a)和(b)。可以使用本领域容易获得的软件程序确定同源性，例如currentprotocolsinmolecularbiology(f.m.ausubel等编辑,1987)增刊30，第7.718节，表7.71中讨论的那些。一些比对程序为macvector(oxfordmolecularltd,牛津，英国),alignplus(scientificandeducationalsoftware，宾夕法尼亚)andalignx(vectornti,invitrogen,卡尔斯巴德，加利福尼亚)。另一个比对程序是sequencher(genecodes，安娜堡，密歇根)，使用默认参数。如本文所用，术语“核苷酸变化”是指例如核苷酸取代、缺失和/或插入，如本领域所熟知的。例如，突变包含产生沉默取代、添加或缺失的改变，但不改变编码蛋白质的性质或活性或如何制造蛋白质。如本文所用，术语“蛋白质修饰”是指例如氨基酸取代、氨基酸修饰、缺失和/或插入，如本领域所熟知的。如本文所用，术语核酸或多肽的“至少一部分”或“片段”是指具有这些序列的最小尺寸特征的部分，或全长分子的任何更大的片段，直至并包括完整的长度分子。本公开的多核苷酸的片段可以编码遗传调节元件的生物活性部分。遗传调节元件的生物活性部分可以通过分离包含如本文所述的遗传调节元件和评估活性的本公开的多核苷酸之一的一部分来制备。类似地，多肽的一部分可以是4个氨基酸、5个氨基酸、6个氨基酸、7个氨基酸等，直至全长多肽。要使用的部分的长度取决于具体的应用。可用作杂交探针的核酸的一部分可以短至12个核苷酸；在一些实施方案中，它是20个核苷酸。可用作表位的多肽的一部分可短至4个氨基酸。执行全长多肽功能的多肽的一部分通常长于4个氨基酸。变体多核苷酸还包括衍生自诱变和重组方法(例如dna改组)的序列。这种dna改组的策略是本领域已知的，参见，例如，stemmer(1994)pnas91:10747-10751；stemmer(1994)nature370:389-391；crameri等(1997)naturebiotech.15:436-438；moore等(1997)j.mol.biol.272:336-347；zhang等(1997)pnas94:4504-4509；crameri等(1998)nature391:288-291；以及美国专利5,605,793和5,837,458。对于本文公开的多核苷酸的pcr扩增，可以设计寡核苷酸引物用于pcr反应，以从从任何感兴趣的生物体中提取的cdna或基因组dna扩增相应的dna序列。用于设计pcr引物和pcr克隆的方法通常是本领域已知的并且在公开于sambrook等(1989)molecularcloning:alaboratorymanual(第2版,coldspringharborlaboratory出版社,plainview,newyork)。另见innis等编辑,(1990)pcrprotocols:aguidetomethodsandapplications(academic出版社，纽约)；innis和gelfand编辑，(1995)pcrstrategies(academic出版社，纽约)以及innis和gelfand编辑(1999)pcrmethodsmanual(academicpress出版社，纽约)。已知的pcr方法包括但不限于使用配对引物、巢式引物、单一特异性引物、简并引物、基因特异性引物、载体特异性引物、部分错配引物等的方法。如本文所用的术语“引物”是指能够与扩增靶标退火的寡核苷酸，其允许dna聚合酶附着，从而当其在诱导引物延伸产物的合成的条件下作为dna合成的起始点，所述条件即在核苷酸和聚合试剂如dna聚合酶存在下，在合适的温度和ph下。(扩增)引物优选是单链的，以获得最大的扩增效率。优选地，引物是寡脱氧核糖核苷酸。引物必须足够长以在聚合剂存在下引发延伸产物的合成。引物的确切长度取决于许多因素，包括温度和组成(引物的a/t相对于g/c含量)。一对双向引物由dna扩增领域(例如pcr扩增)中常用的一种正向和一种反向引物组成。术语“严格性”或“严格杂交条件”是指影响杂种稳定性的杂交条件，例如温度、盐浓度、ph、甲酰胺浓度等。根据经验优化这些条件以使特异性结合最大化并使引物或探针与其靶核酸序列的非特异性结合最小化。所用的该术语包括参考探针或引物与其靶序列杂交的条件，其可检测程度高于其他序列(例如至少比背景高2倍)。严格条件依赖于序列，并且在不同情况下会有所不同。较长的序列在较高温度下特异性杂交。通常，严格条件选择为在特定离子强度和ph下比特定序列的热熔点(tm)低约5℃。tm是50％的互补靶序列与完全匹配的探针或引物杂交时的温度(在确定的离子强度和ph下)。通常，严格条件是盐浓度小于约1.0mna+离子，通常约0.01至1.0mna+离子浓度(或其它盐)，ph7.0至8.3，对于短探针或引物(例如10至50个核苷酸)该温度至少约30℃，对于长探针或引物(例如大于50个核苷酸)至少约60℃。加入去稳定剂如甲酰胺也可以达到严格条件。示例性的低严格条件或“严格性降低的条件”包括在37℃下与30％甲酰胺、1mnacl、1％sds的缓冲溶液杂交，并在40℃下在2×ssc中洗涤。示例性高严格条件包括在50％甲酰胺、1mnacl、1％sds在37℃杂交，并在60℃下在0.1xssc中洗涤。杂交程序是本领域熟知的并且通过例如ausubel等，1998和sambrook等，2001描述。在一些实施方案中，严格条件是在45℃下在含有1mmna2edta、0.5-20％十二烷基硫酸钠(例如0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％或20％)的0.25mna2hpo4缓冲液(ph7.2)中杂交，然后在55℃至65℃下通过在含有0.1％(w/v)十二烷基硫酸钠的5xssc中洗涤。如本文所用，“启动子”是指能够控制编码序列或功能性rna的表达的dna序列。启动子序列由近端和更远端的上游元件组成，后者元件通常称为增强子。因此，“增强子”是可以刺激启动子活性的dna序列，并且可以是启动子的先天元件或插入的异源元件以增强启动子的水平或组织特异性。启动子可以整体衍生自天然基因，或者由衍生自天然存在的不同启动子的不同元件组成，或甚至包含合成的dna片段。本领域技术人员应理解，不同的启动子可以指导基因在不同组织或细胞类型中、或在不同的发育阶段、或响应于不同的环境条件的表达。进一步认识到，由于在大多数情况下调控序列的确切边界尚未完全确定，因此某些变异的dna片段可具有相同的启动子活性。如本文所用，“组成型启动子”是在大多数条件下和/或在大多数发育阶段具有活性的启动子。在生物技术中使用的表达载体中使用组成型启动子有几个优点，例如：用于选择转基因细胞或生物体的蛋白质的高水平生产；报告蛋白或可获得标记的高水平表达，可以容易地检测和定量；转录因子的高水平产生，该转录因子是调节转录系统的一部分；生产需要在生物体中普遍存在的化合物；以及在所有发育阶段所需的化合物的产生。非限制性示例性的组成型启动子包括camv35s启动子、蛋白质启动子、遍在蛋白启动子、醇脱氢酶启动子等。如本文所用，“非组成型启动子”是在某些条件下，在某些类型的细胞中和/或在某些发育阶段期间具有活性的启动子。例如，组织特异性，组织优选，细胞类型特异性，细胞类型优选，诱导型启动子和发育控制下的启动子是非组成型启动子。发育控制下的启动子的实例包括优先在某些组织中启动转录的启动子。如本文所用，“可诱导的”或“可抑制的”启动子是受化学或环境因素控制的启动子。可能通过诱导型启动子影响转录的环境条件的实例包括厌氧条件、某些化学品、光的存在、酸性或碱性条件等。如本文所用，“组织特异性”启动子是仅在某些组织中启动转录的启动子。与基因的组成型表达不同，组织特异性表达是几种相互作用的基因调控水平的结果。因此，在本领域中，有时优选使用来自同源或密切相关物种的启动子以在特定组织中实现转基因的有效和可靠表达。这是从科学和专利文献中发现的从特定组织中分离出大量组织特异性启动子的主要原因之一。如本文所用，术语“可操作地连接”是指核酸序列在单个核酸片段上的缔合，使得一个核酸序列的功能由另一个核酸序列调节。例如，当启动子能够调节编码序列的表达时(即，该编码序列处于启动子的转录控制下)，启动子与该编码序列可操作地连接。编码序列可以在有义或反义方向上与调节序列可操作地连接。在另一个实例中，本公开的互补rna区可直接或间接地5'与靶mrna可操作地连接或3'与靶标mrna可操作地连接，或在靶mrna内可操作的连接，或第一互补区5'且其互补序列3'可操作地连接靶mrna。如本文所用，短语“重组构建体”、“表达构建体”、“嵌合构建体”、“构建体”和“重组dna构建体”在本文中可互换使用。重组构建体包含核酸片段的人工组合，例如在自然界中不一起发现的调节和编码序列。例如，嵌合构建体可以包含源自不同来源的调节序列和编码序列，或源自相同来源但以不同于天然存在的方式排列的调节序列和编码序列。这种构建体可以单独使用，也可以与载体一起使用。如果使用载体，那么载体的选择取决于将用于转化宿主细胞的方法，如本领域技术人员所熟知的。例如，可以使用质粒载体。技术人员非常清楚必须存在于载体上的遗传元件，以便成功转化、选择和繁殖包含本公开的任何分离的核酸片段的宿主细胞。技术人员还将认识到，不同的独立转化事件将导致不同的表达水平和模式(jones等，(1985)emboj.4:2411-2418；dealmeida等，(1989)mol.gen.genetics218:78-86)，因此必须筛选多个事件以获得显示所需表达水平和模式的线。这种筛选可以通过dna的southern分析、mrna表达的northern分析、蛋白质表达的免疫印迹分析或表型分析等来完成。载体可以是质粒、病毒、噬菌体、前病毒、噬菌粒、转座子、人工染色体等，其可以自主复制或整合到宿主细胞的染色体中。载体也可以是裸rna多核苷酸、裸dna多核苷酸、由同一链内的dna和rna组成的多核苷酸、聚赖氨酸缀合的dna或rna、肽缀合的dna或rna、脂质体-缀合dna等，其并非自主复制。如本文所用，术语“表达”是指功能性终产物例如mrna或蛋白质(前体或成熟体)的产生。在一些实施方案中，细胞或生物具有至少一种异源性状。如本文所用，术语“异源性状”是指通过外源dna区段、异源多核苷酸或异源核酸赋予转化的宿主细胞或转基因生物的表型。表型的各种变化是本公开内容所关注的，包括但不限于增加经济上重要的性状(例如，重量等)的产量等。这些结果可以通过使用本公开的方法和组合物提供异源产物的表达或增加内源性产物在生物体中的表达来实现。如这里所使用的，术语“mic”表示最大信息系数。mic是一种非同心网络分析，其识别本公开的活性微生物菌株与至少一种测量的元数据(例如，乳脂)之间的得分(mic得分)。此外，2016年7月22日提交的美国申请no.15/217,575(2017年1月10日作为美国专利no.9,540,676颁布)通过引用整体并入本文。然后在菌株和元数据3021a之间以及菌株3021b之间计算最大信息系数(mic)；如图2所示。合并结果以创建所有关系的列表及其相应的mic分数3022。如果关系得分低于给定阈值3023，则该关系被视为/识别为不相关的3023b。如果该关系高于给定阈值3023，则该关系被视为/识别为相关的2023a，并且进一步经受网络分析3024。根据一个实施例，以下代码片段示出了用于这种分析的示例性方法：在一些实施方案中，本公开的组合物包含一种或多种细菌和/或一种或多种真菌，其mic分数为至少约0.1、至少约0.15、至少约0.2、至少约0.25、至少约0.3、至少约0.35、至少约0.4、至少约0.45、至少约0.5、至少约0.55、至少约0.6、至少约0.65、至少约0.7、至少约0.75、至少约0.80、至少约0.85、至少约0.9或至少约0.95。在一些实施方案中，本公开的组合物包含一种或多种细菌和/或一种或多种真菌，其mic分数为至少0.1、至少0.15、至少0.2、至少0.25、至少0.3、至少0.35、至少0.4、至少0.45、至少0.5、至少0.55、至少0.6、至少0.65、至少0.7、至少0.75、至少0.80、至少0.85、至少0.9或至少0.95。基于网络分析的输出，选择3025的活性菌株用于制备含有所选菌株的产物(例如，整合、聚集和/或其他合成分组)。网络分析的输出还可用于通知菌株的选择以进行进一步的产品组成测试。上面讨论了阈值的使用以用于分析和检测。取决于实现和应用，阈值可以是：(1)凭经验确定(例如，基于分布级别，在删除指定或重要部分的低级读取的数字处设置截止值)；(2)任何非零值；(3)百分比/百分位数；(4)仅标准化的第二标记(即活性)读数大于标准化的第一标记(细胞计数)读数的菌株；(5)活性和数量或细胞计数之间的log2倍变化；(6)标准化的第二标记(活性)读数大于整个样品(和/或样品组)的平均第二标记(活性)读数；除了统计阈值(即，显著性测试)之外，和/或上述任何幅度阈值。根据一个实施方案，以下实施例提供了关于基于dna的第一标记物测量的基于rna的第二标记物测量的分布的阈值细节。如本文所用，“保存稳定”(shelf-stable)是指通过以下方式获得的功能属性和新的效用。根据本发明配制的微生物使得所述微生物能够在瘤胃的自然环境之外以有用/活跃的状态存在(即，显著不同的特征)。因此，保存稳定性是由本公开的制剂/组合物产生的功能属性，并且表示配制成保存稳定的组合物的微生物可以存在于瘤胃外并且在环境条件下持续一段时间，该时间段可以根据所用的具体制剂确定，但通常是指微生物可以配制成存在于在环境条件下稳定至少几天且通常至少一周的组合物中。因此，“保存稳定的瘤胃补充剂”是包含本公开内容的一种或多种微生物的组合物，所述微生物配制在组合物中，使得该组合物在环境条件下稳定至少一周，这意味着所述微生物包含在组合物(例如全细胞、孢子或裂解细胞)能够在施用时赋予反刍动物一种或多种有益的表型特性(例如增加的产奶量、改善的乳成分特性、改善的瘤胃健康和/或调节瘤胃微生物组)。饲养场牛与奶牛本主题与先前ascusbiosciences,inc.申请的主题不同。据信本公开的微生物的16s序列与任何先前的由ascusbiosciences,inc.申请的那些不同。本领域普通技术人员将意识到奶牛的饮食与牛肉饲养场中的阉牛是不同的。牛肉饲养场的阉牛将被喂食高能量的高谷物饮食以便快速在交付之前增加体重增加率并增加最大体重。奶牛场上的奶牛将采用不同的饮食，这种饮食优化用于生产牛奶，几乎不考虑快速增重或最高的最大化体重。这两种饮食会导致两种环境中动物的瘤胃产生截然不同的微生物。因此，预期奶牛瘤胃中的微生物和饲养场的阉牛的微生物彼此不同。分离的微生物在一些方面，本公开提供了表1和表2中呈现的分离的微生物，包括新的微生物菌株。在其他方面，本公开内容提供了表1和表2中鉴定的微生物的分离的完整微生物培养物。这些培养物可包含各种浓度的微生物。在一些方面，本公开提供了利用选自表1和表2的一种或多种微生物来增加肉牛中感兴趣的表型性状。在一些实施方案中，本发明提供属于普雷沃氏菌科、韦荣氏球菌科、瘤胃菌科、纤维杆菌科、芽孢杆菌科1、螺旋体科、拟杆菌科、毛螺菌科、紫单胞菌科、红蝽杆菌科、氨基酸球菌科、梭菌科1、红杆菌科、cryomorphaceae、丹毒丝菌科、原小单孢菌科、伯克氏菌科、琥拍酸弧菌科、假单胞菌科、棒状杆菌科、活动球菌科、链霉菌科、互营菌科、拟诺卡氏菌科、黄杆菌科、丙酸杆菌科、葡萄球菌科、未定地位的梭菌目xiii、厌氧原体科、巴斯德菌科、柄杆菌科和鞘脂单胞菌科的分类科的分离的微生物物种。在进一步的实施方案中，分离的微生物物种可以选自丝状杆菌属、产酸糖酵菌属、芽孢杆菌属、螺旋体菌属、拟杆菌属、毛螺菌属、梭状杆菌xlva、瘤胃球菌属、丁酸弧菌属、欧氏菌属、氨基酸球菌属、副拟杆菌属、狭义梭状杆菌属、口小杆菌属、假黄杆菌属、密螺旋体菌属、红细菌属、fluviicola、琥珀酸弧菌属(succiniclasticum)、细小杆菌属、韦荣氏球菌属、纤维菌属、贪铜菌属、巨球形菌属、琥珀酸弧菌属(succinivibrio)、颤螺旋菌属、假单胞菌属、棒状杆菌属、安德克氏菌属、dorea、罗斯氏菌属、厌氧弧菌属、芽孢八叠球菌、链霉菌属、互营球菌属、丁酸弧菌属、毛形杆菌属、锥形杆菌属、粪球菌属、瘤胃杆菌属、thermobifidia、乳头杆菌属、海水菌属、propioniciclava、葡萄球菌属、艰难杆菌属、假丁酸弧菌属、无甾醇原体属、图利茨菌属、凝聚杆菌属、短波单胞菌属、考拉杆菌属和鞘脂菌属。此外，本公开涉及具有与表1和/或表2中鉴定的微生物的特征基本相似的特征的微生物。在本公开中鉴定的分离的微生物物种和所述物种的新菌株能够赋予肉牛生产有益的性质或性状。例如，表1和表2中描述的分离的微生物，或所述微生物的微生物集合，能够提高饲料效率。这种提高加可以定量测量，例如，通过测量所述微生物应用对饲料效率调节的影响。在一些实施方案中，分离的微生物菌株是已经遗传修饰的本公开的微生物。在一些实施方案中，遗传修饰的或重组的微生物包含在所述微生物中不天然存在的多核苷酸序列。在一些实施方案中，微生物可包含异源多核苷酸。在进一步的实施方案中，异源多核苷酸可以与一种或多种微生物天然的多核苷酸可操作地连接。在一些实施方案中，异源多核苷酸可以是报告基因或选择标记。在一些实施方案中，报告基因可以选自任何荧光蛋白家族(例如，gfp、rfp、yfp等)、β-半乳糖苷酶、荧光素酶。在一些实施方案中，选择标记可选自新霉素磷酸转移酶、潮霉素磷酸转移酶、氨基糖苷腺苷转移酶、二水合物还原酶、乙酰乳酸酶合酶、溴苯腈腈水解酶、β-葡糖醛酸糖苷酶、二氢叶酸还原酶和氯霉素乙酰转移酶。在一些实施方案中，异源多核苷酸可以与一个或多个启动子可操作地连接。在一些实施方案中，分离的微生物菌株表达选自纤维素酶(内切纤维素酶、外切纤维素酶、葡糖苷酶)，果胶酶、淀粉酶、支链淀粉酶、激肽酶和植酸酶的转基因或天然多肽。表2中分离的微生物代表表1中列举的微生物的变体。表2的微生物包含参考菌株，表1的微生物包含其变体。通常，表2的变体包含16srrna序列，其与表b中相应参考菌株的16srrna具有至少约97％的序列同一性。例如，菌株asbusbbf_873a至asbusbbf_873g(表2对应于参考菌株ascusbbf_873(表1)的变体)，其中变体的16srrna与参考菌株的16srrna的序列同一性至少约97％。微生物成分在一些方面，本公开内容提供了微生物组合物，其包含选自表1和表2中鉴定的微生物中的至少任意两种微生物的组合。在某些实施方案中，本公开的组合物包含两种微生物、或三种微生物、或四种微生物、或五种微生物、或六种微生物、或七种微生物、或八种微生物、或九种微生物、或十种或更多种微生物。所述组合物的微生物是不同的微生物物种，或微生物物种的不同菌株。在一些实施方案中，本公开内容提供了微生物组合物，其包含：属于以下属的至少一种或至少两种分离的微生物物种：丝状杆菌属、产酸糖酵菌属、芽孢杆菌属、螺旋体菌属、拟杆菌属、毛螺菌属、梭状杆菌xlva、瘤胃球菌属、丁酸弧菌属、欧氏菌属、氨基酸球菌属、副拟杆菌属、狭义梭状杆菌属、口小杆菌属、假黄杆菌属、密螺旋体菌属、红细菌属、fluviicola、琥珀酸弧菌属(succiniclasticum)、细小杆菌属、韦荣氏球菌属、纤维菌属、贪铜菌属、巨球形菌属、琥珀酸弧菌属(succinivibrio)、颤螺旋菌属、假单胞菌属、棒状杆菌属、安德克氏菌属、dorea、罗斯氏菌属、厌氧弧菌属、芽孢八叠球菌、链霉菌属、互营球菌属、丁酸弧菌属、毛形杆菌属、锥形杆菌属、粪球菌属、瘤胃杆菌属、thermobifidia、乳头杆菌属、海水菌属、propioniciclava、葡萄球菌属、艰难杆菌属、假丁酸弧菌属、无甾醇原体属、图利茨菌属、凝聚杆菌属、短波单胞菌属、考拉杆菌属和鞘脂菌属。这些上述属的特定新物种菌株可以在表1和表2中找到。在一些实施方案中，本公开内容提供了微生物组合物，其包含：属于以下家族的至少一种或至少两种分离的微生物物种：普雷沃氏菌科、韦荣氏球菌科、瘤胃菌科、纤维杆菌科、芽孢杆菌科1、螺旋体科、拟杆菌科、毛螺菌科、紫单胞菌科、红蝽杆菌科、氨基酸球菌科、梭菌科1、红杆菌科、cryomorphaceae、丹毒丝菌科、原小单孢菌科、伯克氏菌科、琥拍酸弧菌科、假单胞菌科、棒状杆菌科、活动球菌科、链霉菌科、互营菌科、拟诺卡氏菌科、黄杆菌科、丙酸杆菌科、葡萄球菌科、未定地位的梭菌目xiii、厌氧原体科、巴斯德菌科、柄杆菌科和鞘脂单胞菌科。这些上述属的特定新物种菌株可以在表1和表2中找到。在特定方面，本公开提供了微生物组合物，其包含分组在表3-9中的物质。关于表3-9，字母a至i表示本公开的微生物的非限制性选择，定义为：a＝表1中鉴定的菌株名称ascusbbf_154；b＝表1中鉴定的菌株名称ascusbbf_4；c＝表1中鉴定的菌株名称ascusbbf_14146；d＝表1中鉴定的菌株名称ascusbbf_876；e＝表1中鉴定的菌株名称ascusbbf_24302；f＝表1中鉴定的菌株名称ascusbbf_1085；g＝表1中鉴定的菌株名称ascusbbf_1；h＝表1中鉴定的菌株名称ascusbbf_6176；和i＝表1中鉴定的菌株名称ascusbbf_3427。表3：八种和九种菌株组合物a,b,c,d,e,f,g,ha,b,c,d,e,f,g,ia,b,c,d,e,f,h,ia,b,c,d,e,g,h,ia,b,c,d,f,g,h,ia,b,c,e,f,g,h,ia,b,d,e,f,g,h,ia,c,d,e,f,g,h,ib,c,d,e,f,g,h,ia,b,c,d,e,f,g,h,i表4：七种菌株组合物a,b,c,d,e,f,ga,b,c,d,e,f,ha,b,c,d,e,f,ia,b,c,d,e,g,ha,b,c,d,e,g,ia,b,c,d,e,h,ia,b,c,d,f,g,ha,b,c,d,f,g,ia,b,c,d,f,h,ia,b,c,d,g,h,ia,b,c,e,f,g,ha,b,c,e,f,g,ia,b,c,e,f,h,ia,b,c,e,g,h,ia,b,c,f,g,h,ia,b,d,e,f,g,ha,b,d,e,f,g,ia,b,d,e,f,h,ia,b,d,e,g,h,ia,b,d,f,g,h,ia,b,e,f,g,h,ia,c,d,e,f,g,ha,c,d,e,f,g,ia,c,d,e,f,h,ia,c,d,e,g,h,ia,c,d,f,g,h,ia,c,e,f,g,h,ia,d,e,f,g,h,ib,c,d,e,f,g,hb,c,d,e,f,g,ib,c,d,e,f,h,ib,c,d,e,g,h,ib,c,d,f,g,h,ib,c,e,f,g,h,ib,d,e,f,g,h,ic,d,e,f,g,h,i表5：六种菌株组合物a,b,c,d,e,fa,b,c,d,e,ga,b,c,d,e,ha,b,c,d,e,ia,b,c,d,f,ga,b,c,d,f,ha,b,c,d,f,ia,b,c,d,g,ha,b,c,d,g,ia,b,c,d,h,ia,b,c,e,f,ga,b,c,e,f,ha,b,c,e,f,ia,b,c,e,g,ha,b,c,e,g,ia,b,c,e,h,ia,b,c,f,g,ha,b,c,f,g,ia,b,c,f,h,ia,b,c,g,h,ia,b,d,e,f,ga,b,d,e,f,ha,b,d,e,f,ia,b,d,e,g,ha,b,d,e,g,ia,b,d,e,h,ia,b,d,f,g,ha,b,d,f,g,id,e,f,g,h,ic,e,f,g,h,ia,b,d,f,h,ia,b,d,g,h,ia,b,e,f,g,ha,b,e,f,g,ia,b,e,f,h,ia,b,e,g,h,ia,b,f,g,h,ia,c,d,e,f,ga,c,d,e,f,ha,c,d,e,f,ia,c,d,e,g,ha,c,d,e,g,ia,c,d,e,h,ia,c,d,f,g,ha,c,d,f,g,ia,c,d,f,h,ia,c,d,g,h,ia,c,e,f,g,ha,c,e,f,g,ia,c,e,f,h,ia,c,e,g,h,ia,c,f,g,h,ia,d,e,f,g,ha,d,e,f,g,ia,d,e,f,h,ia,d,e,g,h,ia,d,f,g,h,ia,e,f,g,h,ib,c,d,e,f,gb,c,d,e,f,hb,c,d,e,f,ib,c,d,e,g,hb,c,d,e,g,ib,c,d,e,h,ib,c,d,f,g,hb,c,d,f,g,ib,c,d,f,h,ib,c,d,g,h,ib,c,e,f,g,hb,c,e,f,g,ib,c,e,f,h,ib,c,e,g,h,ib,c,f,g,h,ib,d,e,f,g,hb,d,e,f,g,ib,d,e,f,h,ib,d,e,g,h,ib,d,f,g,h,ib,e,f,g,h,ic,d,e,f,g,hc,d,e,f,g,ic,d,e,f,h,ic,d,e,g,h,ic,d,f,g,h,i表6：五种菌株组合物表7：四种菌株组合物a,b,c,da,b,c,ea,b,c,fa,b,c,ga,b,c,ha,b,c,ia,b,d,ea,b,d,fd,g,h,ia,b,d,ga,b,d,ha,b,d,ia,b,e,fa,b,e,ga,b,e,ha,b,e,ia,b,f,ge,f,g,ha,b,f,ha,d,f,ha,d,f,ia,d,g,ha,d,g,ia,d,h,ia,e,f,ga,e,f,he,f,g,ia,b,f,ia,b,g,ha,b,g,ia,b,h,ia,c,d,ea,c,d,fa,c,d,ga,c,d,he,f,h,ia,c,d,ia,c,e,fa,c,e,ga,c,e,ha,c,e,ia,c,f,ga,c,f,ha,c,f,ie,g,h,ia,c,g,ha,c,g,ia,c,h,ia,d,e,fa,d,e,ga,d,e,ha,d,e,ia,d,f,gf,g,h,ia,e,f,ia,e,g,ha,e,g,ia,e,h,ia,f,g,ha,f,g,ia,f,h,ia,g,h,id,e,f,hb,c,d,eb,c,d,fb,c,d,gb,c,d,hb,c,d,ib,c,e,fb,c,e,gb,c,e,hd,e,f,ib,c,e,ib,c,f,gb,c,f,hb,c,f,ib,c,g,hb,c,g,ib,c,h,ib,d,e,fd,e,g,hb,d,e,gb,d,e,hb,d,e,ib,d,f,gb,d,f,hb,d,f,ib,d,g,hb,d,g,id,e,g,ib,d,h,ib,e,f,gb,e,f,hb,e,f,ib,e,g,hb,e,g,ib,e,h,ib,f,g,hd,e,h,ib,f,g,ib,f,h,ib,g,h,ic,d,e,fc,d,e,gc,d,e,hc,d,e,ic,d,f,gd,f,g,hc,d,f,hc,d,f,ic,d,g,hc,d,g,ic,d,h,ic,e,f,gc,e,f,hc,e,f,id,f,g,ic,e,g,hc,e,g,ic,e,h,ic,f,g,hc,f,g,ic,f,h,ic,g,h,id,e,f,gd,f,h,i表8：三种菌株组合物a,b,ca,b,da,b,ea,b,fa,b,ga,b,ha,b,ia,c,da,c,eg,h,ie,f,ha,c,fa,c,ga,c,ha,c,ia,d,ea,d,fa,d,ga,d,ha,d,if,h,ie,f,ga,e,fa,e,ga,e,ha,e,ia,f,ga,f,ha,f,ia,g,ha,g,if,g,id,h,ia,h,ib,c,db,c,eb,c,fb,c,gb,c,hb,c,ib,d,eb,d,ff,g,hd,g,ib,d,gb,d,hb,d,ib,e,fb,e,gb,e,hb,e,ib,f,gb,f,he,h,ie,f,ib,f,ib,g,hb,g,ib,h,ic,d,ec,d,fc,d,gc,d,hc,d,ie,g,id,g,hc,e,fc,e,gc,e,hc,e,ic,f,gc,f,hc,f,ic,g,hc,g,ie,g,hd,f,ic,h,id,e,fd,e,gd,e,hd,e,id,f,gd,f,h表9：两种菌株组合物a,ba,ca,da,ea,fa,ga,ha,ib,cb,db,eb,fb,gb,hb,ic,dc,ec,fc,gc,hc,id,ed,fd,gd,hd,ie,fe,ge,he,if,gf,hf,ig,hg,ih,i在一些实施方案中，微生物组合物可选自表3-9中的任何成员组。分离的微生物-来源材料在特定的实施方案中，本发明组合物的微生物不是天然地与同一动物一起发现的。在一些方面，形成微生物群落的微生物物种都与来自相同地理位置的动物相关联。在其他方面，形成组合物的每种微生物物种来自不同的地理位置。可以基于区域中的主要土壤类型、区域中的主要气候、区域中存在的主要植物群落，区域种存在的优势植物群落，区域之间的距离，区域的平均降雨量等来定义地理位置。在一些实施方案中，本发明组合物的微生物不是天然地与同一动物物种有关。在一些实施方案中，本发明组合物的微生物存在于相同的动物物种中，但是被地理区域隔开。在一个具体实施方案中，作为通过所公开方法衍生的微生物群落的成员的至少一种微生物物种是原生于或获得自距离基于所教导的方法要将表型性状增加至其上的菌株的位置至少约1米、10米、100米、1千米、10千米、100千米、1,000千米、10,000千米、20,000千米、30,000千米或40,000千米的地理区域。除了其他地方之外，本公开的微生物在美国各种位置从肉牛的胃肠道获得。分离的微生物-微生物培养技术通过利用核糖体数据库项目(ribosomaldatabaseproject,rdp)的16srrna序列分类工具和用户友好的北欧its外生菌根(user-friendlynordicitsectomycorrhiza,unite)itsrrna序列数据库，将表1和表2的微生物与其最近的分类组进行匹配。将微生物与其最近的分类群匹配的实例可以参考lan等，(2012.plosone.7(3):e32491),schloss和westcott(2011.appl.environ.microbiol.77(10):3219-3226)，以及koljalg等，(2005.newphytologist.166(3):1063-1068)。可以使用标准微生物技术实现本公开的微生物的分离、鉴定和培养。这种技术的例子可以参考gerhardt,p.(编辑)methodsforgeneralandmolecularmicrobiology,americansocietyformicrobiology,washington,d.c.(1994)以及lennette,e.h.(编辑)manualofclinicalmicrobiology,第三版,americansocietyformicrobiology,washington,d.c.(1980)，其中每一篇都通过引用结合到本文中。可以通过将样品划线在固体培养基(例如，营养琼脂平板)上来实现分离，以获得单个菌落，其特征在于上文描述的表型性状(例如，革兰氏阳性/阴性、能够有氧/厌氧地形成孢子、细胞形态、碳源代谢、酸碱生成、酶分泌、代谢分泌等)并降低使用已被污染的培养物的可能性。例如，对于本公开的微生物，生物学上纯的分离物可以通过重复传代生物样品且每次传代培养后划线到固体培养基上以获得单个菌落或菌落形成单位来获得。制备、解冻和培养冻干细菌的方法是公知的，例如gherna,r.l.和c.a.reddy.2007.culturepreservation,第1019-1033页。在c.a.reddy,t.j.beveridge,j.a.breznak,g.a.marzluf,t.m.schmidt和l.r.snyder编辑,americansocietyformicrobiology,washington,d.c.,第1033页中，在此引入作为参考。因此，预期将冷冻干燥的液体制剂和在-70℃下长期储存在含有甘油的溶液中的培养物用于提供本公开的制剂。本公开的微生物可以在有氧条件下或者在厌氧条件下在液体培养基中繁殖。用于培养本公开的细菌菌株的培养基包括碳源、氮源和无机盐，以及特别需要的物质，例如维生素、氨基酸、核酸等。可用于培养微生物的合适碳源的实例包括但不限于淀粉、蛋白胨、酵母提取物、氨基酸、糖类(如葡萄糖、阿拉伯糖、甘露糖、葡糖胺、麦芽糖)等；有机酸如乙酸、富马酸、己二酸、丙酸、柠檬酸、葡萄糖酸、苹果酸、丙酮酸、丙二酸等的盐；醇类如乙醇胺和甘油等；油或脂肪如豆油、米糠油、橄榄油、玉米油、芝麻油。加入的碳源的量根据碳源的种类而变化，通常为每升培养基1至100克。优选地，葡萄糖、淀粉和/或蛋白胨作为主要碳源包含在培养基中，浓度为0.1-5％(w/v)。可用于培养本公开的细菌菌株的合适氮源的实例包括但不限于氨基酸、酵母提取物、胰蛋白胨、牛肉提取物、蛋白胨、硝酸钾、硝酸铵、氯化铵、硫酸铵、磷酸铵、氨或其组合。氮源的数量根据氮源的类型而变化，通常在每升培养基0.1至30克之间。无机盐，磷酸二氢钾、磷酸氢二钾、磷酸氢二钠、硫酸镁、氯化镁、硫酸铁、亚铁硫酸盐、氯化铁、氯化亚铁、硫酸锰、氯化锰、硫酸锌、氯化锌、硫酸铜、氯化钙、氯化钠、碳酸钙、碳酸钠可以单独使用或组合使用。无机酸的量根据无机盐的种类而变化，通常在每升培养基0.001至10克之间。特别需要的物质的实例包括但不限于维生素、核酸、酵母提取物、蛋白胨、肉提取物、麦芽提取物、干酵母及其组合。培养可以在一定温度下进行，这使得微生物菌株的生长基本上在20℃至46℃之间。在一些方面，温度范围是30℃-39℃。为了最佳生长，在一些实施方案中，可以将培养基调节至ph6.0-7.4。应当理解，市售培养基也可用于培养微生物菌株，例如购自密歇根州底特律difco的nutrientbroth或nutrientagar。应当理解，培养时间可以根据所用培养基的类型和作为主要碳源的糖浓度而不同。在一些方面，培养持续24-96小时。如此获得的微生物细胞使用本领域熟知的方法分离。实例包括但不限于膜过滤和离心分离。可以使用氢氧化钠等调节ph，并且可以使用冷冻干燥器干燥培养物直至水含量等于或小于4％。可通过如上文所述繁殖每种菌株来获得微生物共培养物。在一些方面，可以通过繁殖上文描述的两种或更多种菌株来获得微生物多菌株培养物。应当理解，当可以采用相容的培养条件时，可以将微生物菌株一起培养。分离的微生物-微生物菌株可以将微生物区分为基于多相分类的属，其将所有可用的表型和基因型数据整合到共有分类中(vandamme等，1996.polyphasictaxonomy,aconsensusapproachtobacterialsystematics.microbiolrev1996,60:407-438)。一种可接受的用于定义物种的基因型方法基于总体基因组相关性，使得使用dna-dna杂交共享约70％或更高相关性的菌株，具有5℃或更低的δtm(同源和异源杂种之间的解链温度的差异)被认为是同一物种的成员。因此，共享大于上述70％阈值的群体可以被认为是相同物种的变体。用于定义物种的另一种可接受的基因型方法是分离本公开的标记基因，对这些基因进行测序，并对齐来自多种分离物或变体的这些测序基因。如果一个或多个测序基因共享至少97％的序列同一性，则微生物被解释为属于同一物种。16s或18srrna序列或its序列通常用于区分物种和菌株，因为如果上述序列之一与参考序列共享少于特定的百分比的序列同一性，那么序列所获得自的两个生物体可以说是不同的物种或菌株。因此，如果微生物在16s或18srrna序列或者its1或its2序列中具有至少80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性，则可以认为微生物属于同一物种。此外，当在16s或18srrna序列或者its1或its2序列中具有至少80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性，可以定义物种的微生物菌株。在一个实施方案中，本公开的微生物菌株包括包含与seqidno：1-5,993中的任一个具有至少70％、75％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性的多核苷酸序列的微生物菌株。在另一个实施方案中，本公开的微生物菌株包括包含与seqidno：1-5,993中的任一个具有至少70％、75％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性的多核苷酸序列的微生物菌株。还可以用23srrna序列针对参考序列进行比较。在没有表型确定的情况下，不可培养的微生物通常不能被分配到确定的物种，如果它们的16s或18srrna序列或its序列符合与已知物种的同一性原则，则微生物可以在属中被给予菌属命名。一种方法是观察序列空间中大量紧密相关物种的分布，并鉴定从其他簇中很好地解析的菌株簇。这种方法是通过使用多个核心(管家)基因的连锁序列来评估聚类模式而开发的，并且被称为多位点序列分析(mlsa)或多位点序列系统发育分析。mlsa已经被成功地用于探索通过当前分类学方法分配给非常密切相关的物种的大量菌株的聚类模式，以查看属中的少数菌株之间或更广泛的分类群组之间的关系，并解决具体的分类学问题。更一般地，该方法可用于询问是否存在细菌物种-即观察大量相似菌株是否总是落入分辨良好的簇中，或者在某些情况下是否存在明确分离成簇的遗传连续体没有观察到。为了更准确地确定属，确定表型性状，例如形态学、生物化学和生理学特征，以与参考属原型进行比较。菌落形态可包括颜色、形状、色素沉着、粘液的产生等。细胞的特征被描述为形状、大小、革兰氏反应、细胞外物质、内生孢子的存在、鞭毛的存在和位置、运动性和包涵体。生物化学和生理学特征描述了生物体在不同温度、ph、盐度和大气条件范围内的生长，在不同的唯一碳源和氮源存在下生长。关于定义本公开内容的表型性状，将合理地了解本领域普通技术人员。在一个实施方案中，利用16srrna基因序列和its序列鉴定本文教导的微生物。本领域已知16srrna含有高变区，其可提供可用于细菌鉴定的物种/菌株特异性标记序列，并且its序列还可提供可用于真菌鉴定的物种/菌株特异性标记序列。使用rrna基因和/或its序列的系统发生分析用于定义属于共同属的“基本上相似”的物种，并且还用于定义给定分类学物种的“基本相似”的菌株。此外，可利用分离物的生理学和/或生物化学性质来突出菌株之间的微小和显著差异，这可能导致在肉牛中的有利行为。本公开的组合物可包括真菌孢子和细菌孢子、真菌孢子和细菌营养细胞、真菌营养细胞和细菌孢子、真菌营养细胞和细菌营养细胞的组合。在一些实施方案中，本公开的组合物仅包含孢子形式的细菌。在一些实施方案中，本公开的组合物仅包含营养细胞形式的细菌。在一些实施方案中，本公开的组合物包含不存在真菌的细菌。在一些实施方案中，本公开的组合物包含不存在细菌的真菌。在一些实施方案中，本公开的组合物包含vbnc细菌和/或真菌。在一些实施方案中，本公开的组合物包含处于静止状态的细菌和/或真菌。在一些实施方案中，本公开的组合物包括休眠细菌和/或真菌。细菌孢子可包括内生孢子和厚壁孢子。真菌孢子可包括被动释放孢子、弹射孢子、似亲孢子、静孢子、游动孢子、有丝分裂孢子、大孢子、小孢子、减数孢子、厚膜孢子、夏孢子、冬孢子、卵孢子、果孢子、四分孢子、孢子囊孢子、接合孢子、子囊孢子、担孢子、子囊孢子以及asciospores。在一些实施方案中，组合物的孢子在施用于本公开的动物后萌发。在一些实施方案中，组合物的孢子仅在施用于本公开的动物时才萌发。微生物组合物在一些实施方案中，将本公开的微生物组合成微生物组合物。在一些实施方案中，微生物组合物包括牛饲料，例如谷物和谷物副产物(大麦、玉米、燕麦、高粱、小麦、酒糟、甜糠等)；粗饲料(苜蓿、青贮饲料、羊茅、三叶草、黑麦草等)；淀粉(木薯等)；蛋白质(油籽饼、蔬菜废物、玉米副产品、小麦副产品等)；液体饲料(浓缩玉米蒸馏酒可溶物、糖蜜、牛油、黄油脂、玉米油等)；或非氮蛋白质。在一些实施方案中，微生物组合物包括维生素和/或其代谢物、矿物质、尿素、微量元素、乳化剂、芳香产品、粘合剂、着色剂、增味剂、增稠剂、抗生素等。在一些实施方案中，微生物组合物包括一种或多种离子载体；疫苗，抗生素；驱虫药；杀病毒；杀线虫剂；氨基酸，如蛋氨酸、谷氨酰胺、缬氨酸、甘氨酸、半胱氨酸、高半胱氨酸、天冬氨酸和精氨酸；鱼油；牛至；肉碱，泛解酸，泛酸，天冬氨酸和生物活性分子，如酶。在一些实施方案中，维生素包括维生素b5、b1、b2、b3、b6、b9、b12、h、c、a、d、e或k；及其组合。在一些实施方案中，微生物组合物包括合成维生素b5、b1、b2、b3、b6、b9、b12、h、c、a、d、e的微生物，和/或在一些实施方案中，微生物组合物包括合成的维生素b5。在一些实施方案中，维生素b5、b1、b2、b3、b6、b9、b12、h、c、a、d、e或k的代谢物被认为是本公开的微生物组合物的一种或多种组分。在一个实施方案中，泛酸盐是本公开的微生物组合物的组分。在一个实施方案中，本公开的微生物组合物的组分包括通过哺乳动物或微生物生物合成维生素使用的一种或多种前体。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物是固体。在使用固体组合物的情况下，可能需要包括一种或多种载体材料，包括但不限于：矿物土，例如二氧化硅、滑石、高岭土、石灰石、白垩、粘土、白云石、硅藻土；硫酸钙；硫酸镁；氧化镁；沸石，碳酸钙；碳酸镁；海藻糖；壳聚糖；虫胶；白蛋白；淀粉；脱脂奶粉；甜乳清粉；麦芽糊精；乳糖；菊粉；葡萄糖；和谷类食品、树皮粉、木粉和坚果壳粉等植物来源的产品。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物是液体。在进一步的实施方案中，液体包含可以包括水或醇或盐水或碳水化合物溶液的溶剂，以及其他动物安全的溶剂。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包括粘合剂，例如动物安全聚合物、羧甲基纤维素、淀粉、聚乙烯醇等。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含增稠剂，例如二氧化硅、粘土、种子或海藻的天然提取物、纤维素的合成衍生物、瓜尔胶、刺槐豆胶、藻酸盐和甲基纤维素。在一些实施方案中，微生物组合物包含抗沉降剂，例如改性淀粉、聚乙烯醇、黄原胶等。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含着色剂，包括分类为亚硝基的有机发色团；硝基；偶氮，包括单偶氮、双偶氮和多偶氮；吖啶、蒽醌、吖嗪、二苯甲烷、吲哚、靛酚、次甲基、恶嗪、酞菁、噻嗪、噻唑、三芳基甲烷、氧杂蒽。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含微量营养素，例如铁、锰、硼、铜、钴、钼和锌的盐。在一些实施方案中，微生物组合物包含天然和人造染料。在一些实施方案中，染料是绿色的。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含动物安全的杀螨剂、杀寄生虫剂、杀菌剂、杀真菌剂或杀线虫剂。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含糖类(例如，单糖、糖类、三糖类、多糖类、低聚糖类等)、聚合糖类、脂类、聚合脂类、多糖类、蛋白质、聚合蛋白质、脂蛋白、核酸、核酸聚合物、二氧化硅、无机盐及其组合。在另一个实施方案中，微生物组合物包含琼脂、琼脂糖、gelrite、结冷胶等的聚合物。在一些实施方案中，微生物组合物包含塑料胶囊、乳液(例如水和油)、膜和人造膜。在一些实施方案中，乳液或连接的聚合物溶液可包含本公开的微生物组合物。参见harel和bennett(美国专利8,460,726b2)。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含一种或多种外源清除剂、反硝化剂、硝化剂、重金属螯合剂和/或脱氯剂；及其组合。在一个实施方案中，一旦微生物组合物与食物和/或水混合以施用于动物，一种或多种外源清除剂、反硝化剂、硝化剂、重金属螯合剂和/或脱氯剂就不具有化学活性。在一个实施方案中，当给予动物时，一种或多种氧清除剂、反硝化剂、硝化剂、重金属螯合剂和/或脱氯剂不具有化学活性。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物以固体形式(例如，分散的冻干孢子)或液体形式(散布在储存介质中的微生物)发生。在一些实施方案中，本发明的微生物组合物以干燥形式加入液体中至液体中，以在施用前立即形成悬浮液在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含一种或多种防腐剂。防腐剂可以是液体或气体制剂。防腐剂可选自单糖、二糖、三糖、多糖、乙酸、抗坏血酸、抗坏血酸钙、异抗坏血酸、异抗坏血酸、赤藻糖酸、硝酸钾、抗坏血酸钠、异抗坏血酸钠、异辛酸钠、抗坏血酸、硝酸钠、亚硝酸钠、氮、苯甲酸、山梨酸钙、月桂酰基精氨酸乙酯、对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸甲酯、乙酸钾、苯甲酸钾、亚硫酸氢钾、二乙酸钾、乳酸钾、偏亚硫酸氢钾、山梨酸钾、对羟基苯甲酸丙酯、对羟基苯甲酸丙酯、乙酸钠、苯甲酸钠、亚硫酸氢钠、亚硝酸钠、二乙酸钠、乳酸钠、偏亚硫酸氢钠、甲基对羟基苯甲酸钠盐、丙基钠的钠盐羟基苯甲酸、硫酸钠、亚硫酸钠、二硫化钠、亚硫酸、丙酸钙、二碳酸二甲酯、游霉素、山梨酸钾、亚硫酸氢钾、偏亚硫酸氢钾、丙酸、二乙酸钠、丙酸钠、山梨酸钠、山梨酸、抗坏血酸、抗坏血酸棕榈酸酯、抗坏血酸硬脂酸酯、丁基化羟基苯甲醚、丁基化羟基甲苯(bht)、丁基化羟基苯甲醚(bha)、柠檬酸、甘油单酯和/或甘油二酯的柠檬酸酯、l-半胱氨酸、l-半胱氨酸盐酸盐、愈伤酸树胶、愈创木酚、卵磷脂、柠檬酸卵磷脂、柠檬酸单甘油酯、柠檬酸单异丙酯、没食子酸丙酯、偏亚硫酸氢钠、酒石酸、叔丁基氢醌、氯化亚锡、硫代二丙酸、二月桂基硫代二丙酸酯、二硬脂基硫代二丙酸酯、乙氧基喹、二氧化硫、甲酸或生育酚中的一种或多种。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含一种或多种氧清除剂、反硝化剂、硝化剂、重金属螯合剂和/或脱氯剂；及其组合。在一个实施方案中，一旦微生物组合物与食物和/或水混合以给予肉牛，一种或多种氧清除剂、反硝化剂、硝化剂、重金属螯合剂和/或脱氯剂就不具有化学活性。在一个实施方案中，一种或多种氧清除剂、反硝化剂、硝化剂、重金属螯合剂和/或脱氯剂在给予肉牛时不具有化学活性。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包括孢子形式、营养细胞形式和/或裂解细胞形式的细菌和/或真菌细胞。在一个实施方案中，裂解的细胞形式充当霉菌毒素粘合剂，例如，霉菌毒素与死细胞结合。在一些实施方案中，微生物组合物在冰箱(35-40°f)中保存稳定至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在冰箱(35-40°f)中保存稳定至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在室温(68-72°f)或在50-77°f之间保存稳定至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在室温(68-72°f)或在50-77°f之间保持稳定至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在-23-35°f下保存稳定至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在-23-35°f下保持稳定至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在77-100°f下保存稳定至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在77-100°f下保持稳定至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在101-213°f下保存稳定至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在101-213°f下保持稳定至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在冷藏温度(35-40°f)、室温(68-72°f)、在50-77°f之间、在-23-35°f之间、在70-100°f之间、或在101-213°f之间保存稳定约1至100、约1至95、约1至90、约1至85、约1至80、约1至75、约1至70、约1至65、约1至60、约1至55、约1至50、约1至45、约1至40、约1至35、约1至30、约1至25、约1至20、约1至15、约1至10、约1至5、约5至100、约5至95、约5至90、约5至85、约5至80、约5至75、约5至70、约5至65、约5至60、约5至55、约5至50、约5至45、约5至40、约5至35、约5至30、约5至25、约5至20、约5至15、约5至10、约10至100、约10至95、约10至90、约10至85、约10至80、约10至75、约10至70、约10至65、约10至60、约10至55、约10至50、约10至45、约10至40、约10至35、约10至30、约10至25、约10至20、约10至15、约15至100、约15至95、约15至90、约15至85、约15至80、约15至75、约15至70、约15至65、约15至60、约15至55、约15至50、约15至45、约15至40、约15至35、约15至30、约15至25、约15至20、约20至100、约20至95、约20至90、约20至85、约20至80、约20至75、约20至70、约20至65、约20至60、约20至55、约20至50、约20至45、约20至40、约20至35、约20至30、约20至25、约25至100、约25至95、约25至90、约25至85、约25至80、约25至75、约25至70、约25至65、约25至60、约25至55、约25至50、约25至45、约25至40、约25至35、约25至30、约30至100、约30至95、约30至90、约30至85、约30至80、约30至75、约30至70、约30至65、约30至60、约30至55、约30至50、约30至45、约30至40、约30至35、约35至100、约35至95、约35至90、约35至85、约35至80、约35至75、约35至70、约35至65、约35至60、约35至55、约35至50、约35至45、约35至40、约40至100、约40至95、约40至90、约40至85、约40至80、约40至75、约40至70、约40至65、约40至60、约40至55、约40至50、约40至45、约45至100、约45至95、约45至90、约45至85、约45至80、约45至75、约45至70、约45至65、约45至60、约45至55、约45至50、约50至100、约50至95、约50至90、约50至85、约50至80、约50至75、约50至70、约50至65、约50至60、约50至55、约55至100、约55至95、约55至90、约55至85、约55至80、约55至75、约55至70、约55至65、约55至60、约60至100、约60至95、约60至90、约60至85、约60至80、约60至75、约60至70、约60至65、约65至100、约65至95、约65至90、约65至85、约65至80、约65至75、约65至70、约70至100、约70至95、约70至90、约70至85、约70至80、约70至75、约75至100、约75至95、约75至90、约75至85、约75至80、约80至100、约80至95、约80至90、约80至85、约85至100、约85至95、约85至90、约90至100、约90至95或95至100周的时间。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在冷藏温度(35-40°f)、室温(68-72°f)、50-77°f之间、-23-35°f之间、70-100°f之间、或在101-213°f之间保存稳定1至100、1至95、1至90、1至85、1至80、1至75、1至70、1至65、1至60、1至55、1至50、1至45、1至40、1至35、1至30、1至25、1至20、1至15、1至10、1至5、5至100、5至95、5至90、5至85、5至80、5至75、5至70、5至65、5至60、5至55、5至50、5至45、5至40、5至35、5至30、5至25、5至20、5至15、5至10、10至100、10至95、10至90、10至85、10至80、10至75、10至70、10至65、10至60、10至55、10至50、10至45、10至40、10至35、10至30、10至25、10至20、10至15、15至100、15至95、15至90、15至85、15至80、15至75、15至70、15至65、15至60、15至55、15至50、15至45、15至40、15至35、15至30、15至25、15至20、20至100、20至95、20至90、20至85、20至80、20至75、20至70、20至65、20至60、20至55、20至50、20至45、20至40、20至35、20至30、20至25、25至100、25至95、25至90、25至85、25至80、25至75、25至70、25至65、25至60、25至55、25至50、25至45、25至40、25至35、25至30、30至100、30至95、30至90、30至85、30至80、30至75、30至70、30至65、30至60、30至55、30至50、30至45、30至40、30至35、35至100、35至95、35至90、35至85、35至80、35至75、35至70、35至65、35至60、35至55、35至50、35至45、35至40、40至100、40至95、40至90、40至85、40至80、40至75、40至70、40至65、40至60、40至55、40至50、40至45、45至100、45至95、45至90、45至85、45至80、45至75、45至70、45至65、45至60、45至55、45至50、50至100、50至95、50至90、50至85、50至80、50至75、50至70、50至65、50至60、50至55、55至100、55至95、55至90、55至85、55至80、55至75、55至70、55至65、55至60、60至100、60至95、60至90、60至85、60至80、60至75、60至70、60至65、65至100、65至95、65至90、65至85、65至80、65至75、65至70、70至100、70至95、70至90、70至85、70至80、70至75、75至100、75至95、75至90、75至85、75至80、80至100、80至95、80至90、80至85、85至100、85至95、85至90、90至100、90至95、or95至100周的时间。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在冷藏温度(35-40°f)、室温(68-72°f)、50-77°f之间、-23-35°f之间、70-100°f之间、或在101-213°f之间保存稳定约1至36、约1至34、约1至32、约1至30、约1至28、约1至26、约1至24、约1至22、约1至20、约1至18、约1至16、约1至14、约1至12、约1至10、约1至8、约1至6、约1至4、约1至2、约4至36、约4至34、约4至32、约4至30、约4至28、约4至26、约4至24、约4至22、约4至20、约4至18、约4至16、约4至14、约4至12、约4至10、约4至8、约4至6、约6至36、约6至34、约6至32、约6至30、约6至28、约6至26、约6至24、约6至22、约6至20、约6至18、约6至16、约6至14、约6至12、约6至10、约6至8、约8至36、约8至34、约8至32、约8至30、约8至28、约8至26、约8至24、约8至22、约8至20、约8至18、约8至16、约8至14、约8至12、约8至10、约10至36、约10至34、约10至32、约10至30、约10至28、约10至26、约10至24、约10至22、约10至20、约10至18、约10至16、约10至14、约10至12、约12至36、约12至34、约12至32、约12至30、约12至28、约12至26、约12至24、约12至22、约12至20、约12至18、约12至16、约12至14、约14至36、约14至34、约14至32、约14至30、约14至28、约14至26、约14至24、约14至22、约14至20、约14至18、约14至16、约16至36、约16至34、约16至32、约16至30、约16至28、约16至26、约16至24、约16至22、约16至20、约16至18、约18至36、约18至34、约18至32、约18至30、约18至28、约18至26、约18至24、约18至22、约18至20、约20至36、约20至34、约20至32、约20至30、约20至28、约20至26、约20至24、约20至22、约22至36、约22至34、约22至32、约22至30、约22至28、约22至26、约22至24、约24至36、约24至34、约24至32、约24至30、约24至28、约24至26、约26至36、约26至34、约26至32、约26至30、约26至28、约28至36、约28至34、约28至32、约28至30、约30至36、约30至34、约30至32、约32至36、约32至34、或约34至36个月的时间。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在冷藏温度(35-40°f)、室温(68-72°f)、50-77°f之间、-23-35°f之间、70-100°f之间、或在101-213°f之间保存稳定1至36、1至34、1至32、1至30、1至28、1至26、1至24、1至22、1至20、1至18、1至16、1至14、1至12、1至10、1至8、1至6、1、one、4、1至2、4至36、4至34、4至32、4至30、4至28、4至26、4至24、4至22、4至20、4至18、4至16、4至14、4至12、4至10、4至8、4至6、6至36、6至34、6至32、6至30、6至28、6至26、6至24、6至22、6至20、6至18、6至16、6至14、6至12、6至10、6至8、8至36、8至34、8至32、8至30、8至28、8至26、8至24、8至22、8至20、8至18、8至16、8至14、8至12、8至10、10至36、10至34、10至32、10至30、10至28、10至26、10至24、10至22、10至20、10至18、10至16、10至14、10至12、12至36、12至34、12至32、12至30、12至28、12至26、12至24、12至22、12至20、12至18、12至16、12至14、14至36、14至34、14至32、14至30、14至28、14至26、14至24、14至22、14至20、14至18、14至16、16至36、16至34、16至32、16至30、16至28、16至26、16至24、16至22、16至20、16至18、18至36、18至34、18至32、18至30、18至28、18至26、18至24、18至22、18至20、20至36、20至34、20至32、20至30、20至28、20至26、20至24、20至22、22至36、22至34、22至32、22至30、22至28、22至26、22至24、24至36、24至34、24至32、24至30、24至28、24至26、26至36、26至34、26至32、26至30、26至28、28至36、28至34、28至32、28至30、30至36、30至34、30至32、32至36、32至34、或约34至36个月的时间。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在任何公开的温度和/或温度范围和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97或98％的相对湿度的时间跨度下是保存稳定的。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物具有小于0.750、0.700、0.650、0.600、0.550、0.500、0.475、0.450、0.425、0.400、0.375、0.350、0.325、0.300、0.275、0.250、0.225、0.200、0.190、0.180、0.170、0.160、0.150、0.140、0.130、0.120、0.110、0.100、0.095、0.090、0.085、0.080、0.075、0.070、0.065、0.060、0.055、0.050、0.045、0.040、0.035、0.030、0.025、0.020、0.015、0.010或0.005的水活度(aw)。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物具有小于约0.750、约0.700、约0.650、约0.600、约0.550、约0.500、约0.475、约0.450、约0.425、约0.400、约0.375、约0.350、约0.325、约0.300、约0.275、约0.250、约0.225、约0.200、约0.190、约0.180、约0.170、约0.160、约0.150、约0.140、约0.130、约0.120、约0.110、约0.100、约0.095、约0.090、约0.085、约0.080、约0.075、约0.070、约0.065、约0.060、约0.055、约0.050、约0.045、约0.040、约0.035、约0.030、约0.025、约0.020、约0.015、约0.010或约0.005的水活度(aw)。水活度值通过饱和水溶液的方法(multon,“techniquesd’analyseedecontroledanslesindustriesagroalimentaires”apria(1981))或通过使用可行的robotronicbt湿度计或其他湿度计或吸湿镜的直接测量来确定。在一些实施方案中，微生物组合物包含至少两种不同的微生物，并且其中至少两种微生物以1:2、1:3、1:3、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9、1:10、1:11、1:12、1:13、1:14、1:15、1:16、1:17、1:18、1:19、1:20、1:21、1:22、1:23、1:24、1:25、1:26、1:27、1:28、1:29、1:30、1:40、1:50、1:60、1:100、1:125、1:150、1:175、或1:200或其倒数的比例存在于组合物中。在一些实施方案中，微生物组合物包含至少三种不同的微生物，并且其中三种微生物以1:2:1、1:1:2、2:2:1、1:3:1、1:1:3、3:1:1、3:3:1、1:5:1、1:1:5、5:1:1、5:5:1、or1:5:5的比例存在于组合物中。包封组合物在一些实施方案中，本发明的微生物或微生物组合物包封在包封组合物中。包封组合物在进入肉牛的胃肠道之前保护微生物免受外部应激物的影响。在一些实施方案中，外部应激物包括与造粒和挤出相关的热应力和物理应激物。在一些实施方案中，外部应激物包括组合物中存在的化学物质。包封组合物进一步产生可能对微生物有益的环境，例如最小化厌氧微生物上的需氧环境的氧化应激。参见kalsta等(us5,104,662a)、ford(us5,733,568a)、以及mosbach和nilsson(us4,647,536a)用于微生物的包封组合物，以及包封微生物的方法。在一个实施方案中，本发明的组合物表现出耐热性，其可与抗热性和热耐性互换使用。在一个实施方案中，本公开的耐热组合物耐受与饲料制造、饲料和本公开的组合物的混合、在高热环境中储存等相关的高温。在一个实施方案中，本公开的耐热组合物耐受细胞壁组分和细胞内环境的热杀伤和变性。在一个实施方案中，包封物是储库型包封物。在一个实施例中，包封物是矩阵型包封物。在一个实施方案中，包封物是涂覆的基质型包封物。burgain等(2011.j.foodeng.104:467-483)公开了许多包封实施例和技术，所有这些都通过引用结合在此。在一些实施方案中，本发明的组合物包封在以下一种或多种中：结冷胶、黄原胶、k-角叉菜胶、醋酸邻苯二甲酸纤维素、壳聚糖、淀粉、乳脂、乳清蛋白、藻酸钙、低聚果糖、菊糖、果胶、糖类、葡萄糖、麦芽糖糊精、阿拉伯树胶、瓜尔胶、种子粉、海藻酸盐、糊精、葡聚糖、纤维素酶、明胶、明胶、白蛋白、酪蛋白、麸质、阿拉伯树胶、黄蓍胶、蜡、石蜡、硬脂酸、单甘油酯、和甘油二酯。在一些实施方案中，本公开的组合物由聚合物、碳水化合物、糖、塑料、玻璃、多糖、脂质、蜡、油、脂肪酸或甘油酯中的一种或多种包封。在一个实施方案中，微生物组合物被葡萄糖包封。在一个实施方案中，微生物组合物被含葡萄糖的组合物包封。在一个实施方案中，微生物组合物的制剂包含葡萄糖包封剂。在一个实施方案中，微生物组合物的制剂包含葡萄糖包封的组合物。在一些实施方案中，本公开的组合物的包封通过挤出、乳化、包衣、附聚、冻干、玻璃化、泡沫干燥、通过蒸发保存、真空干燥或喷雾干燥来进行。在一些实施方案中，本公开的包封的组合物是玻璃化的。在一些实施方案中，包封涉及在形成玻璃状无定形固态的物质存在下干燥本公开的组合物的方法，方法称为玻璃化，并且以此来包封组合物。在一些实施方案中，玻璃化保护组合物免受通常会破坏或降解微生物的降解条件。许多常见物质具有玻璃化的特性；也就是说，它们在某些条件下会形成玻璃状固态。在这些物质中有几种糖，包括蔗糖和麦芽糖，以及其他更复杂的化合物，如聚乙烯吡咯烷酮(pvp)。当任何溶液干燥时，溶液中的分子可以结晶，或者它们可以玻璃化。具有广泛不对称性的溶质可以是优异的玻璃化剂，因为在干燥过程中阻碍了晶体的成核。抑制其他物质结晶的物质可导致组合物质形成优异的玻璃化，例如在蔗糖存在下的棉子糖。参见美国专利号5,290,765和9,469,835。在一些实施方案中，产生包封在玻璃化物质中的微生物组合物。可以通过选择包含细胞的混合物来产生玻璃化组合物；将所述混合物与足量的一种或多种玻璃化溶质混合以在干燥过程中保护所述混合物并抑制破坏性反应；并且通过将所述组合物暴露于干燥剂或干燥条件下、在高于所述组合冻结的温度并低于所述玻璃化溶质达到玻璃化状态的温度、在大约正常大气压下，干燥所述组合物，直到所述组合基本上干燥。在一个实施方案中，包封组合物包含微胶囊，所述微胶囊具有包封在固体壳材料中的多个液体核。出于本公开的目的，“多个”核被定义为两个或更多个。第一类有用的可熔壳材料是通常为固体脂肪的材料，包括已具有合适硬度的脂肪和动物或植物脂肪和油，它们被氢化直至其熔点足够高以达到本发明的目的。根据所需的工艺和储存温度以及所选的特定材料，特定的脂肪可以是通常为固体或通常为液体的材料。本文所用的术语“通常为固体”和“通常为液体”是指在所需温度下用于储存所得微胶囊的材料状态。由于脂肪和氢化油严格地说不具有熔点，因此术语“熔点”在本文中用于描述可熔材料变得充分软化或液体成功乳化和喷雾冷却的最低温度，因此粗略对应壳材料具有足够的完整性以防止胆碱核心释放的最高温度。对于不具有尖锐熔点的其他材料，“熔点”在本文中类似地定义。可用于本发明的脂肪和油的一些实例(其中一些需要硬化)如下：动物油和脂肪，如牛脂、羊脂、羊脂、猪油、鱼油和精油；植物油，如菜籽油、棉籽油、花生油、玉米油、橄榄油、大豆油、向日葵油、红花油、椰子油、棕榈油、亚麻籽油、桐油和蓖麻油；脂肪酸甘油单酯和甘油二酯；游离脂肪酸，如硬脂酸、棕榈酸和油酸；及其混合物。上面列出的油脂并非穷举，而仅是示例性的。脂肪酸的具体实例包括亚油酸、γ-亚油酸、二高-γ-亚麻酸、花生四烯酸、二十二碳四烯酸、异油酸、神经酸、米德酸、芥酸、巨头鲸酸、反油酸、油酸、棕榈油酸、十八碳四烯酸、二十碳五烯酸、戊酸、己酸、庚酸、辛酸、壬酸、癸酸、十一烷酸、十二烷酸、十三烷酸、十四烷酸、十五烷酸、十六烷酸、十七烷酸、十八烷酸、十九烷酸、二十烷酸、二十一烷酸、二十二烷酸、二十三烷酸、二十四烷酸、二十五烷酸、二十六烷酸、二十七烷酸、二十八烷酸、二十九烷酸、三十烷酸、三十一烷酸、三十二烷酸、三十三烷酸、三十四烷酸、三十五烷酸、三十六烷酸、三十七烷酸和三十八烷酸。可用作封装壳材料的另一类可熔材料是蜡。预期用于本发明的代表性蜡如下：动物蜡，例如蜂蜡、羊毛脂、贝壳蜡和中国昆虫蜡；植物蜡，如巴西棕榈、小烛树、贝母和甘蔗；矿物蜡，如石蜡、微晶石油、地蜡、纯白地蜡和褐煤蜡；合成蜡，如低分子量聚烯烃(如carbowax)，和多元醇醚-酯(如山梨糖醇)；fischer-tropsch加工合成蜡；及其混合物。如果核是含水的，则本文不考虑水溶性蜡，例如carbowax和山梨糖醇。可用于本发明的其它可熔化合物是可熔天然树脂，例如松香、香脂、紫胶及其混合物。在一些实施方案中，将微生物或微生物组合物包埋在蜡中，例如本公开中描述的蜡。在一些实施方案中，微生物或微生物组合物包埋在蜡球中。在一些实施方案中，微生物或微生物组合物在包埋入蜡球之前已经被包封。在一些实施方案中，蜡球为10微米、20微米、30微米、40微米、50微米、60微米、70微米、80微米、90微米、100微米、150微米、200微米、250微米、300微米、350微米、400微米、450微米、500微米、550微米、600微米、650微米、700微米、750微米、800微米、850微米、900微米、950微米、或1,000微米。在一些实施方案中，蜡球为约10微米、约20微米、约30微米、约40微米、约50微米、约60微米、约70微米、约80微米、约90微米、约100微米、约150微米、约200微米、约250微米、约300微米、约350微米、约400微米、约450微米、约500微米、约550微米、约600微米、约650微米、约700微米、约750微米、约800微米、约850微米、约900微米、约950微米、或约1,000微米。在一些实施方案中，蜡球为10-20微米、10-30微米、10-40微米、10-50微米、10-60微米、10-70微米、10-80微米、10-90微米、10-100微米、10-250微米、10-500微米、10-750微米、10-1,000微米、20-30微米、20-40微米、20-50微米、20-60微米、20-70微米、20-80微米、20-90微米、20-100微米、20-250微米、20-500微米、20-750微米、20-1,000微米、30-40微米、30-50微米、30-60微米、30-70微米、30-80微米、30-90微米、30-100微米、30-250微米、30-500微米、30-750微米、30-1,000微米、40-50微米、40-60微米、40-70微米、40-80微米、40-90微米、40-100微米、40-250微米、40-500微米、40-750微米、40-1,000微米、50-60微米、50-70微米、50-80微米、50-90微米、50-100微米、50-250微米、50-500微米、50-750微米、50-1,000微米、60-70微米、60-80微米、60-90微米、60-100微米、60-250微米、60-500微米、60-750微米、60-1,000微米、70-80微米、70-90微米、70-90微米、70-100微米、70-250微米、70-500微米、70-750微米、70-1,000微米、80-90微米、80-100微米、80-250微米、80-500微米、80-500微米、80-750微米、80-1,000微米、90-100微米、90-250微米、90-500微米、90-750微米、90-1,000微米、100-250微米、100-500微米、100-750微米、100-1,000微米、250-500微米、250-750微米、250-1,000微米、500-750微米、500-1,000微米、或750-1,000微米。在一些实施方案中，蜡球为约10-20微米、约10-30微米、约10-40微米、约10-50微米、约10-60微米、约10-70微米、约10-80微米、约10-90微米、约10-100微米、约10-250微米、约10-500微米、约10-750微米、约10-1,000微米、约20-30微米、约20-40微米、约20-50微米、约20-60微米、约20-70微米、约20-80微米、约20-90微米、约20-100微米、约20-250微米、约20-500微米、约20-750微米、约20-1,000微米、约30-40微米、约30-50微米、约30-60微米、约30-70微米、约30-80微米、约30-90微米、约30-100微米、约30-250微米、约30-500微米、约30-750微米、约30-1,000微米、约40-50微米、约40-60微米、约40-70微米、约40-80微米、约40-90微米、约40-100微米、约40-250微米、约40-500微米、约40-750微米、约40-1,000微米、约50-60微米、约50-70微米、约50-80微米、约50-90微米、约50-100微米、约50-250微米、约50-500微米、约50-750微米、约50-1,000微米、约60-70微米、约60-80微米、约60-90微米、约60-100微米、约60-250微米、约60-500微米、约60-750微米、约60-1,000微米、约70-80微米、约70-90微米、约70-90微米、约70-100微米、约70-250微米、约70-500微米、约70-750微米、约70-1,000微米、约80-90微米、约80-100微米、约80-250微米、约80-500微米、约80-500微米、约80-750微米、约80-1,000微米、约90-100微米、约90-250微米、约90-500微米、约90-750微米、约90-1,000微米、约100-250微米、约100-500微米、约100-750微米、约100-1,000微米、约250-500微米、约250-750微米、约250-1,000微米、约500-750微米、约500-1,000微米、或约750-1,000微米。考虑将各种辅助材料掺入根据本发明的可熔材料中。例如，抗氧化剂、光稳定剂、染料和色淀、香料、精油、抗结块剂、填充剂、ph稳定剂、糖(单糖、二糖、三糖和多糖)等可以以不会削弱其对于本公开的实用性的量掺入可熔材料中。本文考虑的芯材料按微胶囊的重量占比约0.1％至约50％、约1％至约35％、或约5％至约30％。在一些实施方案中，本文考虑的核心材料占微胶囊重量不超过约30％。在一些实施方案中，本文考虑的核心材料占微胶囊重量的约5％。在预期的微胶囊储存温度下，核心材料被认为是液体或固体。核心可包括制药领域熟知的其他添加剂，包括可食用的糖，例如蔗糖、葡萄糖、麦芽糖、果糖、乳糖、纤维二糖、单糖、二糖、三糖和多糖，以及它们的混合物；人造甜味剂，如阿斯巴甜、糖精、环己基氨基磺酸盐及其混合物；食用酸，如乙酸(醋)、柠檬酸、抗坏血酸、酒石酸及其混合物；食用淀粉，如玉米淀粉；水解植物蛋白；水溶性维生素，如维生素c；水溶性药物；水溶性营养物质，如硫酸亚铁；风味剂；盐；谷氨酸钠；抗菌剂，如山梨酸；抗真菌剂，如山梨酸钾、山梨酸、苯甲酸钠和苯甲酸；食品级颜料和染料；及其混合物。其他可能有用的补充芯材料对于本领域普通技术人员来说是显而易见的。乳化剂可用于帮助形成稳定的乳液。代表性的乳化剂包括单硬脂酸甘油酯、聚山梨醇酯、乙氧基化甘油单酯和甘油二酯，以及它们的混合物。为了便于加工，特别是为了能够成功地形成合理稳定的乳液，芯材料和壳材料的粘度在形成乳液的温度下应该相似。特别地，壳的粘度与芯的粘度之比(以厘泊或相当的单位表示)和在乳液温度下测量的比率应为约22:1至约1:1，理想的是约8:1至约1:1，优选约3:1至约1:1。比例为1:1是理想的，但在所述范围内的粘度比是可用的。包封组合物不限于如上公开的微胶囊组合物。在一些实施方案中，包封组合物将微生物组合物包封在粘合剂聚合物中，所述粘合剂聚合物可以是天然的或合成的而没有毒性作用。在一些实施方案中，包封组合物可以是选自糖基质、明胶基质、聚合物基质、二氧化硅基质、淀粉基质、泡沫基质、玻璃/玻璃样基质等，参见pirzio等(美国专利7,488,503)。在一些实施方案中，包封组合物可选自聚乙酸乙烯酯；聚醋酸乙烯酯乙烯醋酸乙烯酯(eva)共聚物；聚乙烯醇；聚乙烯醇共聚物；纤维素，包括乙基纤维素、甲基纤维素、羟甲基纤维素、羟丙基纤维素和羧甲基纤维素；聚乙烯吡咯烷酮；多糖，包括淀粉、改性淀粉、糊精、麦芽糖糊精、藻酸盐和壳聚糖；单糖；脂肪；脂肪酸，包括油；蛋白质，包括明胶和玉米醇溶蛋白；口香糖；虫胶；偏二氯乙烯和偏二氯乙烯共聚物；木质素磺酸钙；丙烯酸共聚物；聚丙烯酸酯；聚环氧乙烷；丙烯酰胺聚合物和共聚物；聚羟乙基丙烯酸酯，甲基丙烯酰胺单体；和聚氯丁二烯。在一些实施方案中，包封组合物包含至少1层包封物。在一些实施方案中，包封组合物包含至少1、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、或至少20层包封物/包封剂。在一些实施方案中，包封组合物包含至少两层包封物。在一些实施方案中，每层包封赋予组合物不同的特性。在一些实施方案中，没有两个连续层赋予相同的特性。在一些实施方案中，所述至少两层包封物中的至少一层赋予热稳定性、保存稳定性、抗紫外线性、防潮性、疏水性、亲水性、疏脂性、亲脂性、ph稳定性、耐酸性和耐碱性。在一些实施方案中，包封组合物包含两层包封物；第一层赋予热稳定性和/或保存稳定性，第二层提供耐ph性。在一些实施方案中，包封层赋予保持在包封层中心的微生物组合物的定时释放。在一些实施方案中，在施用后，在微生物组合物暴露之前，层数越多，赋予的时间更长。在一些实施方案中，本公开的包封壳可以高达10μm、20μm、30μm、40μm、50μm、60μm、70μm、80μm、90μm、100μm、110μm、120μm、130μm、140μm、150μm、160μm、170μm、180μm、190μm、200μm、210μm、220μm、230μm、240μm、250μm、260μm、270μm、280μm、290μm、300μm、310μm、320μm、330μm、340μm、350μm、360μm、370μm、380μm、390μm、400μm、410μm、420μm、430μm、440μm、450μm、460μm、470μm、480μm、490μm、500μm、510μm、520μm、530μm、540μm、550μm、560μm、570μm、580μm、590μm、600μm、610μm、620μm、630μm、640μm、650μm、660μm、670μm、680μm、690μm、700μm、710μm、720μm、730μm、740μm、750μm、760μm、770μm、780μm、790μm、800μm、810μm、820μm、830μm、840μm、850μm、860μm、870μm、880μm、890μm、900μm、910μm、920μm、930μm、940μm、950μm、960μm、970μm、980μm、990μm、1000μm、1010μm、1020μm、1030μm、1040μm、1050μm、1060μm、1070μm、1080μm、1090μm、1100μm、1110μm、1120μm、1130μm、1140μm、1150μm、1160μm、1170μm、1180μm、1190μm、1200μm、1210μm、1220μm、1230μm、1240μm、1250μm、1260μm、1270μm、1280μm、1290μm、1300μm、1310μm、1320μm、1330μm、1340μm、1350μm、1360μm、1370μm、1380μm、1390μm、1400μm、1410μm、1420μm、1430μm、1440μm、1450μm、1460μm、1470μm、1480μm、1490μm、1500μm、1510μm、1520μm、1530μm、1540μm、1550μm、1560μm、1570μm、1580μm、1590μm、1600μm、1610μm、1620μm、1630μm、1640μm、1650μm、1660μm、1670μm、1680μm、1690μm、1700μm、1710μm、1720μm、1730μm、1740μm、1750μm、1760μm、1770μm、1780μm、1790μm、1800μm、1810μm、1820μm、1830μm、1840μm、1850μm、1860μm、1870μm、1880μm、1890μm、1900μm、1910μm、1920μm、1930μm、1940μm、1950μm、1960μm、1970μm、1980μm、1990μm、2000μm、2010μm、2020μm、2030μm、2040μm、2050μm、2060μm、2070μm、2080μm、2090μm、2100μm、2110μm、2120μm、2130μm、2140μm、2150μm、2160μm、2170μm、2180μm、2190μm、2200μm、2210μm、2220μm、2230μm、2240μm、2250μm、2260μm、2270μm、2280μm、2290μm、2300μm、2310μm、2320μm、2330μm、2340μm、2350μm、2360μm、2370μm、2380μm、2390μm、2400μm、2410μm、2420μm、2430μm、2440μm、2450μm、2460μm、2470μm、2480μm、2490μm、2500μm、2510μm、2520μm、2530μm、2540μm、2550μm、2560μm、2570μm、2580μm、2590μm、2600μm、2610μm、2620μm、2630μm、2640μm、2650μm、2660μm、2670μm、2680μm、2690μm、2700μm、2710μm、2720μm、2730μm、2740μm、2750μm、2760μm、2770μm、2780μm、2790μm、2800μm、2810μm、2820μm、2830μm、2840μm、2850μm、2860μm、2870μm、2880μm、2890μm、2900μm、2910μm、2920μm、2930μm、2940μm、2950μm、2960μm、2970μm、2980μm、2990μm、或3000μm的厚度。在一些实施方案中，本公开的包封组合物具有小于0.750,0.700,0.650,0.600,0.550,0.500,0.475,0.450,0.425,0.400,0.375,0.350,0.325,0.300,0.275,0.250,0.225,0.200,0.190,0.180,0.170,0.160,0.150,0.140,0.130,0.120,0.110,0.100,0.095,0.090,0.085,0.080,0.075,0.070,0.065,0.060,0.055,0.050,0.045,0.040,0.035,0.030,0.025,0.020,0.015,0.010、或0.005的水活度(aw)。在一些实施方案中，本公开的包封组合物具有小于约0.750、约0.700、约0.650、约0.600、约0.550、约0.500、约0.475、约0.450、约0.425、约0.400、约0.375、约0.350、约0.325、约0.300、约0.275、约0.250、约0.225、约0.200、约0.190、约0.180、约0.170、约0.160、约0.150、约0.140、约0.130、约0.120、约0.110、约0.100、约0.095、约0.090、约0.085、约0.080、约0.075、约0.070、约0.065、约0.060、约0.055、约0.050、约0.045、约0.040、约0.035、约0.030、约0.025、约0.020、约0.015、约0.010、或约0.005的水活度(aw)。在一个实施方案中，首先通过喷雾干燥、冻干或泡沫干燥将微生物与赋形剂一起干燥，所述赋形剂可包括一种或多种糖、糖醇、二糖、三糖、多糖、盐、氨基酸、氨基酸盐、或聚合物。在一些实施方案中，将微生物或包含微生物的组合物研磨至10微米、20微米、30微米、40微米、50微米、60微米、70微米、80微米、90微米、100微米、150微米、200微米、250微米、300微米、350微米、400微米、450微米、500微米、550微米、600微米、650微米、700微米、750微米、800微米、850微米、900微米、950微米、或1,000微米的尺寸。在一些实施方案中，将微生物或包含微生物的组合物研磨至约10微米、约20微米、约30微米、约40微米、约50微米、约60微米、约70微米、约80微米、约90微米、约100微米、约150微米、约200微米、约250微米、约300微米、约350微米、约400微米、约450微米、约500微米、约550微米、约600微米、约650微米、约700微米、约750微米、约800微米、约850微米、约900微米、约950微米、或约1,000微米的尺寸。在一些实施方案中，将微生物或包含微生物的组合物研磨至10-20微米、10-30微米、10-40微米、10-50微米、10-60微米、10-70微米、10-80微米、10-90微米、10-100微米、10-250微米、10-500微米、10-750微米、10-1,000微米、20-30微米、20-40微米、20-50微米、20-60微米、20-70微米、20-80微米、20-90微米、20-100微米、20-250微米、20-500微米、20-750微米、20-1,000微米、30-40微米、30-50微米、30-60微米、30-70微米、30-80微米、30-90微米、30-100微米、30-250微米、30-500微米、30-750微米、30-1,000微米、40-50微米、40-60微米、40-70微米、40-80微米、40-90微米、40-100微米、40-250微米、40-500微米、40-750微米、40-1,000微米、50-60微米、50-70微米、50-80微米、50-90微米、50-100微米、50-250微米、50-500微米、50-750微米、50-1,000微米、60-70微米、60-80微米、60-90微米、60-100微米、60-250微米、60-500微米、60-750微米、60-1,000微米、70-80微米、70-90微米、70-90微米、70-100微米、70-250微米、70-500微米、70-750微米、70-1,000微米、80-90微米、80-100微米、80-250微米、80-500微米、80-500微米、80-750微米、80-1,000微米、90-100微米、90-250微米、90-500微米、90-750微米、90-1,000微米、100-250微米、100-500微米、100-750微米、100-1,000微米、250-500微米、250-750微米、250-1,000微米、500-750微米、500-1,000微米、或750-1,000微米之间的尺寸。在一些实施方案中，将微生物或包含微生物的组合物研磨至约10-20微米、约10-30微米、约10-40微米、约10-50微米、约10-60微米、约10-70微米、约10-80微米、约10-90微米、约10-100微米、约10-250微米、约10-500微米、约10-750微米、约10-1,000微米、约20-30微米、约20-40微米、约20-50微米、约20-60微米、约20-70微米、约20-80微米、约20-90微米、约20-100微米、约20-250微米、约20-500微米、约20-750微米、约20-1,000微米、约30-40微米、约30-50微米、约30-60微米、约30-70微米、约30-80微米、约30-90微米、约30-100微米、约30-250微米、约30-500微米、约30-750微米、约30-1,000微米、约40-50微米、约40-60微米、约40-70微米、约40-80微米、约40-90微米、约40-100微米、约40-250微米、约40-500微米、约40-750微米、约40-1,000微米、约50-60微米、约50-70微米、约50-80微米、约50-90微米、约50-100微米、约50-250微米、约50-500微米、约50-750微米、约50-1,000微米、约60-70微米、约60-80微米、约60-90微米、约60-100微米、约60-250微米、约60-500微米、约60-750微米、约60-1,000微米、约70-80微米、约70-90微米、约70-90微米、约70-100微米、约70-250微米、约70-500微米、约70-750微米、约70-1,000微米、约80-90微米、约80-100微米、约80-250微米、约80-500微米、约80-500微米、约80-750微米、约80-1,000微米、约90-100微米、约90-250微米、约90-500微米、约90-750微米、约90-1,000微米、约100-250微米、约100-500微米、约100-750微米、约100-1,000微米、约250-500微米、约250-750微米、约250-1,000微米、约500-750微米、约500-1,000微米、或约750-1,000微米之间的尺寸。在一些实施方案中，将微生物或包含微生物的组合物与蜡、脂肪、油、脂肪酸或脂肪醇组合，并喷雾凝结成约10微米、约20微米、约30微米、约40微米、约50微米、约60微米、约70微米、约80微米、约90微米、约100微米、约150微米、约200微米、约250微米、约300微米、约350微米、约400微米、约450微米、约500微米、约550微米、约600微米、约650微米、约700微米、约750微米、约800微米、约850微米、约900微米、约950微米、或约1,000微米的珠粒。在一些实施方案中，将微生物或包含微生物的组合物与蜡、脂肪、油、脂肪酸或脂肪醇组合，并喷雾凝结成10-20微米、10-30微米、10-40微米、10-50微米、10-60微米、10-70微米、10-80微米、10-90微米、10-100微米、10-250微米、10-500微米、10-750微米、10-1,000微米、20-30微米、20-40微米、20-50微米、20-60微米、20-70微米、20-80微米、20-90微米、20-100微米、20-250微米、20-500微米、20-750微米、20-1,000微米、30-40微米、30-50微米、30-60微米、30-70微米、30-80微米、30-90微米、30-100微米、30-250微米、30-500微米、30-750微米、30-1,000微米、40-50微米、40-60微米、40-70微米、40-80微米、40-90微米、40-100微米、40-250微米、40-500微米、40-750微米、40-1,000微米、50-60微米、50-70微米、50-80微米、50-90微米、50-100微米、50-250微米、50-500微米、50-750微米、50-1,000微米、60-70微米、60-80微米、60-90微米、60-100微米、60-250微米、60-500微米、60-750微米、60-1,000微米、70-80微米、70-90微米、70-90微米、70-100微米、70-250微米、70-500微米、70-750微米、70-1,000微米、80-90微米、80-100微米、80-250微米、80-500微米、80-500微米、80-750微米、80-1,000微米、90-100微米、90-250微米、90-500微米、90-750微米、90-1,000微米、100-250微米、100-500微米、100-750微米、100-1,000微米、250-500微米、250-750微米、250-1,000微米、500-750微米、500-1,000微米、或750-1,000微米的珠粒。在一些实施方案中，将微生物或包含微生物的组合物与蜡、脂肪、油、脂肪酸或脂肪醇组合，并喷雾凝结成约10-20微米、约10-30微米、约10-40微米、约10-50微米、约10-60微米、约10-70微米、约10-80微米、约10-90微米、约10-100微米、约10-250微米、约10-500微米、约10-750微米、约10-1,000微米、约20-30微米、约20-40微米、约20-50微米、约20-60微米、约20-70微米、约20-80微米、约20-90微米、约20-100微米、约20-250微米、约20-500微米、约20-750微米、约20-1,000微米、约30-40微米、约30-50微米、约30-60微米、约30-70微米、约30-80微米、约30-90微米、约30-100微米、约30-250微米、约30-500微米、约30-750微米、约30-1,000微米、约40-50微米、约40-60微米、约40-70微米、约40-80微米、约40-90微米、约40-100微米、约40-250微米、约40-500微米、约40-750微米、约40-1,000微米、约50-60微米、约50-70微米、约50-80微米、约50-90微米、约50-100微米、约50-250微米、约50-500微米、约50-750微米、约50-1,000微米、约60-70微米、约60-80微米、约60-90微米、约60-100微米、约60-250微米、约60-500微米、约60-750微米、约60-1,000微米、约70-80微米、约70-90微米、约70-90微米、约70-100微米、约70-250微米、约70-500微米、约70-750微米、约70-1,000微米、约80-90微米、约80-100微米、约80-250微米、约80-500微米、约80-500微米、约80-750微米、约80-1,000微米、约90-100微米、约90-250微米、约90-500微米、约90-750微米、约90-1,000微米、约100-250微米、约100-500微米、约100-750微米、约100-1,000微米、约250-500微米、约250-750微米、约250-1,000微米、约500-750微米、约500-1,000微米、或约750-1,000微米的珠粒。在一些实施方案中，将微生物或包含微生物的组合物与蜡、脂肪、油、脂肪酸或脂肪醇以及水溶性聚合物、盐、多糖、糖、多肽、蛋白质或糖醇组合，并喷雾凝结成珠粒，其尺寸如本文所描述。在一些实施方案中，水溶性聚合物、盐、多糖、糖或糖醇用作崩解剂。在一些实施方案中，一旦珠粒在动物的瘤胃中分散，崩解剂就形成孔。在一些实施方案中，对水溶性聚合物、盐、多糖、糖、多肽、蛋白质或糖醇的组合物进行改性，使得崩解剂在给药后的1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60分钟内溶解。在一些实施方案中，对水溶性聚合物、盐、多糖、糖、多肽、蛋白质或糖醇的组合物进行改性，使得崩解剂在在给药后的约1、约5、约10、约15、约20、约25、约30、约35、约40、约45、约50、约55、约60分钟内溶解。在一些实施方案中，对水溶性聚合物、盐、多糖、糖、多肽、蛋白质或糖醇的组合物进行改性，使得崩解剂在给药后的1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、10.5、11、11.5、或12小时内溶解。在一些实施方案中，对水溶性聚合物、盐、多糖、糖、多肽、蛋白质或糖醇的组合物进行改性，使得崩解剂在给药后的约1、约1.5、约2、约2.5、约3、约3.5、约4、约4.5、约5、约5.5、约6、约6.5、约7、约7.5、约8、约8.5、约9、约9.5、约10、约10.5、约11、约11.5、或约12小时内溶解。在一些实施方案中，对水溶性聚合物、盐、多糖、糖、多肽、蛋白质或糖醇的组合物进行改性，使得崩解剂在至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、或50℃的温度下溶解。在一些实施方案中，对水溶性聚合物、盐、多糖、糖、多肽、蛋白质或糖醇的组合物进行改性，使得崩解剂在至少约10、至少约11、至少约12、至少约13、至少约14、至少约15、至少约16、至少约17、至少约18、至少约19、至少约20、至少约21、至少约22、至少约23、至少约24、至少约25、至少约26、至少约27、至少约28、至少约29、至少约30、至少约31、至少约32、至少约33、至少约34、至少约35、至少约36、至少约37、至少约38、至少约39、至少约40、至少约41、至少约42、至少约43、至少约44、至少约45、至少约46、至少约47、至少约48、至少约49、或至少约50℃的温度下溶解。在一些实施方案中，对水溶性聚合物、盐、多糖、糖、多肽、蛋白质或糖醇的组合物进行改性，使得崩解剂在至少3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5.0、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6.0、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7.0、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8.0、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9.0、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9或10.0的ph下溶解。在一些实施方案中，对水溶性聚合物、盐、多糖、糖、多肽、蛋白质或糖醇的组合物进行改性，使得崩解剂在至少约3.8、至少约3.9、至少约4、至少约4.1、至少约4.2、至少约4.3、至少约4.4、至少约4.5、至少约4.6、至少约4.7、至少约4.8、至少约4.9、至少约5.0、至少约5.1、至少约5.2、至少约5.3、至少约5.4、至少约5.5、至少约5.6、至少约5.7、至少约5.8、至少约5.9、至少约6.0、至少约6.2、至少约6.3、至少约6.4、至少约6.5、至少约6.6、至少约6.7、至少约6.8、至少约6.9、至少约7.0、至少约7.1、至少约7.2、至少约7.3、至少约7.4、至少约7.5、至少约7.6、至少约7.7、至少约7.8、至少约7.9、至少约8.0、至少约8.1、至少约8.2、至少约8.3、至少约8.4、至少约8.5、至少约8.6、至少约8.7、至少约8.8、至少约8.9、至少约9.0、至少约9.1、至少约9.2、至少约9.3、至少约9.4、至少约9.5、至少约9.6、至少约9.7、至少约9.8、至少约9.9、或至少约10.0的ph下溶解。在一些实施方案中，微生物或包含微生物的组合物用聚合物、多糖、糖、糖醇、凝胶、蜡、脂肪、脂肪醇或脂肪酸涂覆。在一些实施方案中，微生物或包含微生物的组合物用聚合物、多糖、糖、糖醇、凝胶、蜡、脂肪、脂肪醇或脂肪酸涂覆。在一些实施方案中，修饰微生物或包含微生物的组合物的涂层，使得涂层在给药后的1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60分钟内溶解。在一些实施方案中，修饰微生物或包含微生物的组合物的涂层，使得涂层在给药后的约1、约5、约10、约15、约20、约25、约30、约35、约40、约45、约50、约55、约60分钟内溶解。在一些实施方案中，修饰微生物或包含微生物的组合物的涂层，使得涂层在给药后的1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、10.5、11、11.5、或12小时内溶解。在一些实施方案中，修饰微生物或包含微生物的组合物的涂层，使得涂层在给药后的约1、约1.5、约2、约2.5、约3、约3.5、约4、约4.5、约5、约5.5、约6、约6.5、约7、约7.5、约8、约8.5、约9、约9.5、约10、约10.5、约11、约11.5、或约12小时内溶解。在一些实施方案中，修饰包含微生物的微生物或组合物的涂层，使得涂层在至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、或50℃的温度下溶解。在一些实施方案中，修饰包含微生物的微生物或组合物的涂层，使得涂层在至少约10、至少约11、至少约12、至少约13、至少约14、至少约15、至少约16、至少约17、至少约18、至少约19、至少约20、至少约21、至少约22、至少约23、至少约24、至少约25、至少约26、至少约27、至少约28、至少约29、至少约30、至少约31、至少约32、至少约33、至少约34、至少约35、至少约36、至少约37、至少约38、至少约39、至少约40、至少约41、至少约42、至少约43、至少约44、至少约45、至少约46、至少约47、至少约48、至少约49、或至少约50℃的温度下溶解。在一些实施方案中，修饰包含微生物的微生物或组合物的涂层，使得涂层在至少3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5.0、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6.0、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7.0、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8.0、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9.0、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9或10.0的ph下溶解。在一些实施方案中，修饰包含微生物的微生物或组合物的涂层，使得涂层在至少约3.8、至少约3.9、至少约4、至少约4.1、至少约4.2、至少约4.3、至少约4.4、至少约4.5、至少约4.6、至少约4.7、至少约4.8、至少约4.9、至少约5.0、至少约5.1、至少约5.2、至少约5.3、至少约5.4、至少约5.5、至少约5.6、至少约5.7、至少约5.8、至少约5.9、至少约6.0、至少约6.2、至少约6.3、至少约6.4、至少约6.5、至少约6.6、至少约6.7、至少约6.8、至少约6.9、至少约7.0、至少约7.1、至少约7.2、至少约7.3、至少约7.4、至少约7.5、至少约7.6、至少约7.7、至少约7.8、至少约7.9、至少约8.0、至少约8.1、至少约8.2、至少约8.3、至少约8.4、至少约8.5、至少约8.6、至少约8.7、至少约8.8、至少约8.9、至少约9.0、至少约9.1、至少约9.2、至少约9.3、至少约9.4、至少约9.5、至少约9.6、至少约9.7、至少约9.8、至少约9.9或至少约10.0的ph下溶解。动物饲料在一些实施方案中，将本公开的组合物与动物饲料混合。在一些实施方案中，动物饲料可以以各种形式存在，例如丸剂、胶囊、颗粒状、粉末状、醪状、液体、半液体或混合日粮。在一些实施方案中，将本公开的组合物在饲料研磨机(例如，carghill或westernmillin)中混合到预混物中、单独作为独立的预混物、和/或与其他饲料添加剂如monensin、维生素等一起混合。在一个实施方案中，将本公开的组合物混合到饲料本身中。在一个实施方案中，将本发明的组合物在进料研磨机中混合到进料中。在一些实施方案中，本公开的饲料可以补充有水、一种预混物或多种预混物、饲料、豆类(例如，整粒、破碎或磨碎的)、谷物(例如，整粒、破碎或磨碎的)、基于豆类或谷物的油、豆类或谷物类食物、豆类或谷物类干草或青贮饲料、豆类或谷物类糖浆、脂肪酸、糖醇(如多元醇)、市售配方饲料、牡蛎壳和那些其他双壳类动物及其混合物。在一些实施方案中，草料包括干草、半干草和青贮饲料。在一些实施方案中，干草包括草类干草(例如，苏丹草、鸭茅草等)、苜蓿干草和三叶草干草。在一些实施方案中，半干草包括草类半干草、高粱半干草和苜蓿半干草。在一些实施方案中，青贮饲料包括玉米、燕麦、小麦、苜蓿、三叶草等。在一些实施方案中，可以在饲料中使用一种预混物或多种预混物。预混物可包含微量成分，例如蛋白质、矿物质、氨基酸；化学防腐剂；药物组合物、如抗生素、离子载体和其他药物；发酵产品和其他成分。在一些实施方案中，将预混物掺入饲料中。在一些实施方案中，饲料可包括饲料浓缩物，例如大豆壳、大豆油、甜菜浆、糖蜜、高蛋白豆粕、磨碎的玉米、带壳玉米、玉米片、小麦中间产品、蒸馏谷物、棉籽壳、瘤胃旁路蛋白、瘤胃-旁路脂肪和油脂。参见luhman(美国公布us20150216817a1)、anderson等(美国专利3,484,243)、porter和luhman(美国专利9,179,694b2)、iritani等(美国专利6,090,416)、axelrod等(美国公开文本us20060127530a1)和katsumi等(美国专利5,741,508)，其可用于本发明的组合物和方法中的动物饲料和动物饲料补充剂。在一些实施方案中，饲料作为化合物出现，其包括在能够满足基本饮食需要的混合组合物中、饲料本身、维生素、矿物质、氨基酸和其他必需组分。复合进料可进一步包含预混物。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物可以与动物饲料，预混物和/或化合物饲料混合。在饲喂肉牛之前，可以将动物饲料的各个组分与微生物组合物混合。本公开的微生物组合物可以施加到预混物中或预混物上、施用到饲料中或饲料上、和/或施用到化合物饲料中或上。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物可以在动物适应生长或育肥饮食的各个阶段与动物饲料、预混物和/或化合物饲料混合。在一些实施方案中，将本公开的微生物组合物与饲料和微量成分混合。微量成分包括液体脂肪混合物、甘油、瘤胃素、莫能菌素、维生素、泰乐菌素、欧多福斯、醋酸美伦孕酮、矿物质和氨基酸。在一些实施方案中，饲料、本公开的微生物组合物和微量成分的混合在饲养场进行在一些实施方案中，牛开始提升或起始饮食。如本文所用，“提升饮食”(step-updiet)或“起始日粮”是饲喂饲养场牛的饮食，作为育肥饮食的高谷物含量的过渡。在一些实施方案中，提升饮食可包括一个或多个步骤。在一些实施方案中，配制提升饮食以缓慢增加饮食中的高能量饲料量，同时减轻胃肠不适和快速起病酸中毒的影响。在一些实施方案中，给牛喂食单一类型的提升饮食。在一些实施方案中，给牛喂食多种提升饮食的牛，随着逐步增加的饮食品种的每次迭代增加高能量饲料的量。在一些实施方案中，给牛喂食至少一种提升饮食，其中后续饮食不同于随后的那些提升饮食中的每一种。在一些实施方案中，给牛喂食至少两种不同的提升饮食。在一些实施方案中，给牛喂食至少三种不同的提升饮食。如本文所用，“育肥饮食”(finishingdiet)是在饲养场喂养给牛的浓缩高能量饮食(通常是高谷物食物)，以在牛提供给牛时迅速使牛养育以使它们达到市场重量。在一些实施方案中，整理饮食可导致肝病、肝脓肿和/或酸中毒。在一些实施方案中，将本公开的微生物组合物与提升饮食混合。在一些实施方案中，将本公开的微生物组合物与育肥饮食混合。微生物组合物的施用在一些实施方案中，通过口服途径将本公开的微生物组合物施用于牛。在一些实施方案中，微生物组合物通过直接注射途径施用到胃肠道中。在进一步的实施方案中，直接注射给药将微生物组合物直接递送至瘤胃。在一些实施方案中，将本公开的微生物组合物施用于动物。在进一步的实施方案中，肛门给药是以插入的栓剂的形式。在一些实施方案中，微生物组合物以包含总计或至少1ml、2ml、3ml、4ml、5ml、6ml、7ml、8ml、9ml、10ml、11ml、12ml、13ml、14ml、15ml、16ml、17ml、18ml、19ml、20ml、21ml、22ml、23ml、24ml、25ml、26ml、27ml、28ml、29ml、30ml、31ml、32ml、33ml、34ml、35ml、36ml、37ml、38ml、39ml、40ml、41m、42ml、43ml、44ml、45ml、46ml、47ml、48ml、49ml、50ml、60ml、70ml、80ml、90ml、100ml、200ml、300ml、400ml、500ml、600ml、700ml、800ml、900ml、或1,000ml的剂量体积给药。在一些实施方案中，微生物组合物以包含总计或至少1018、1017、1016、1015、1014、1013、1012、1011、1010、109、108、107、106、105、104、103、或102个微生物细胞的剂量给药。在一些实施方案中，将微生物组合物与饲料混合，并通过摄入微生物组合物和饲料进行给药。在一些实施方案中，施用微生物组合物的剂量使得每克或每毫升组合物中存在102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、102至1011、103至1011、104至1011、105至1011、106至1011、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、102至1010、103至1010、104至1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、102至106、103至106、104至106、105至106,102至105、103至105、104至105、102至104、103至104、102至103、1012、1011、1010、109、108、107、106、105、104、103、或102个微生物细胞。在一些实施方案中，所述微生物组合物的施用剂量包含总计102至1018、103至1018、104至1018、105至1018、106至1018、107至1018、108至1018、109至1018、1010至1018、1011至1018、1012至1018、1013至1018、1014至1018、1015至1018、1016至1018、1017至1018、102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、102至1011、103至1011、104至1011、105至1011、106至1011、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、102至1010、103至1010、104至1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、102至106、103至106、104至106、105至106、102至105、103至105、104至105、102至104、103至104、102至103、1018、1017、1016、1015、1014、1013、1012、1011、1010、109、108、107、106、105、104、103、或102个微生物细胞。在一些实施方案中，组合物每天施用1次或更多次。在一些方面，每次喂食动物时，组合物与食物一起施用。在一些实施方案中，组合物每天施用1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10次。在一些实施方案中，微生物组合物每周施用1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10次。在一些实施方案中，微生物组合物每月施用1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10次。在一些实施方案中，微生物组合物每年施用1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10次。在一些实施方案中，微生物组合物在饲养场的整个时间内施用于动物。在一些实施方案中，微生物组合物仅在饲养场的一段时间内施用于动物。在一些实施方案中，微生物组合物仅在生长阶段施用。在一些实施方案中，微生物组合物仅在动物处于接收围栏期间施用。在一些实施方案中，仅在动物接受疫苗接种和/或治疗时施用微生物组合物。在一些实施方案中，仅在动物进行提升饮食或适应高谷物饮食时施用微生物组合物。在一些实施方案中，仅在动物采用育肥饮食或高谷物饮食时施用微生物组合物在一些实施方案中，微生物组合物在生长阶段期间、当动物在接收围栏中、当动物接受疫苗接种和/或治疗时、当动物适应高谷物饮食或正在加强饮食时、和/或当动物采用肥育者饮食或高谷物饮食时施用。在一些实施方案中，进入饲料批次的动物在进入饲料批次之前接收至少一种微生物组合物。在一些实施方案中，饲料批次上的动物接收与第一至少一种微生物组合物不同的微生物组合物。在进一步的实施方案中，饲料批次上的动物接收不同于第一和第二至少一种微生物组合物的微生物组合物。在一些实施方案中，饲喂动物的饮食类型对应于施用于动物的微生物组合物的类型。在一些实施方案中，放牧或草/干草喂养的动物将接收第一微生物组合物。在进一步的实施方案中，喂食不同饮食的相同动物将接受第二微生物组合物，其中第一微生物组合物不同于第二微生物组合物。在一些实施方案中，喂食不同饮食的相同动物将接受第三微生物组合物，其中第一微生物组合物不同于第二和第三微生物组合物。在一些实施方案中，喂食不同饮食的相同动物将接受第四种微生物组合物，其中第一种微生物组合物不同于第二种、第三种和第四种微生物组合物。在一些实施方案中，喂食不同饮食的相同动物将接受第五种微生物组合物，其中第一种微生物组合物不同于第二种、第三种、第四种和第五种微生物组合物。在一些实施方案中，通过使用专门设计和制造的处理应用设备和使用常规的混合、喷雾或其组合的方法，可以用一层或多层本文公开的微生物和/或微生物组合物均匀地涂覆饲料，以准确、安全、有效地涂覆涂料。这种设备使用各种类型的涂布技术，例如旋转涂布机、鼓式涂布机、流化床技术、喷射床、旋转雾或它们的组合。诸如本公开内容的液体处理可以通过旋转“雾化器”盘或喷嘴施加，其在微生物组合物移动通过喷雾图案时将微生物组合物均匀地分布到饲料上。在一些方面，然后将饲料混合或翻滚另外一段时间以实现额外的处理分配和干燥。在一些实施方案中，本公开的进料涂层可以高达10μm、20μm、30μm、40μm、50μm、60μm、70μm、80μm、90μm、100μm、110μm、120μm、130μm、140μm、150μm、160μm、170μm、180μm、190μm、200μm、210μm、220μm、230μm、240μm、250μm、260μm、270μm、280μm、290μm、300μm、310μm、320μm、330μm、340μm、350μm、360μm、370μm、380μm、390μm、400μm、410μm、420μm、430μm、440μm、450μm、460μm、470μm、480μm、490μm、500μm、510μm、520μm、530μm、540μm、550μm、560μm、570μm、580μm、590μm、600μm、610μm、620μm、630μm、640μm、650μm、660μm、670μm、680μm、690μm、700μm、710μm、720μm、730μm、740μm、750μm、760μm、770μm、780μm、790μm、800μm、810μm、820μm、830μm、840μm、850μm、860μm、870μm、880μm、890μm、900μm、910μm、920μm、930μm、940μm、950μm、960μm、970μm、980μm、990μm、1000μm、1010μm、1020μm、1030μm、1040μm、1050μm、1060μm、1070μm、1080μm、1090μm、1100μm、1110μm、1120μm、1130μm、1140μm、1150μm、1160μm、1170μm、1180μm、1190μm、1200μm、1210μm、1220μm、1230μm、1240μm、1250μm、1260μm、1270μm、1280μm、1290μm、1300μm、1310μm、1320μm、1330μm、1340μm、1350μm、1360μm、1370μm、1380μm、1390μm、1400μm、1410μm、1420μm、1430μm、1440μm、1450μm、1460μm、1470μm、1480μm、1490μm、1500μm、1510μm、1520μm、1530μm、1540μm、1550μm、1560μm、1570μm、1580μm、1590μm、1600μm、1610μm、1620μm、1630μm、1640μm、1650μm、1660μm、1670μm、1680μm、1690μm、1700μm、1710μm、1720μm、1730μm、1740μm、1750μm、1760μm、1770μm、1780μm、1790μm、1800μm、1810μm、1820μm、1830μm、1840μm、1850μm、1860μm、1870μm、1880μm、1890μm、1900μm、1910μm、1920μm、1930μm、1940μm、1950μm、1960μm、1970μm、1980μm、1990μm、2000μm、2010μm、2020μm、2030μm、2040μm、2050μm、2060μm、2070μm、2080μm、2090μm、2100μm、2110μm、2120μm、2130μm、2140μm、2150μm、2160μm、2170μm、2180μm、2190μm、2200μm、2210μm、2220μm、2230μm、2240μm、2250μm、2260μm、2270μm、2280μm、2290μm、2300μm、2310μm、2320μm、2330μm、2340μm、2350μm、2360μm、2370μm、2380μm、2390μm、2400μm、2410μm、2420μm、2430μm、2440μm、2450μm、2460μm、2470μm、2480μm、2490μm、2500μm、2510μm、2520μm、2530μm、2540μm、2550μm、2560μm、2570μm、2580μm、2590μm、2600μm、2610μm、2620μm、2630μm、2640μm、2650μm、2660μm、2670μm、2680μm、2690μm、2700μm、2710μm、2720μm、2730μm、2740μm、2750μm、2760μm、2770μm、2780μm、2790μm、2800μm、2810μm、2820μm、2830μm、2840μm、2850μm、2860μm、2870μm、2880μm、2890μm、2900μm、2910μm、2920μm、2930μm、2940μm、2950μm、2960μm、2970μm、2980μm、2990μm、或3000μm的厚度。在实施方案中，微生物细胞可以自由涂覆到任何数量的组合物上，或者它们可以在涂覆到组合物上之前配制成液体或固体组合物。例如，包含微生物的固体组合物可以通过将固体载体与孢子悬浮液混合直至固体载体用孢子或细胞悬浮液浸渍来制备。然后可以干燥该混合物以获得所需的颗粒。在一些其他实施方案中，预期本公开的固体或液体微生物组合物还含有功能剂，例如活性炭、矿物质、维生素和能够改善产品质量的其他试剂或其组合。当通过添加本公开的一个实施方案对其进行修饰时，本领域已知的涂覆方法和使用所述方法的组合物特别有用。这种涂覆方法和它们的应用装置公开于例如美国专利8,097,245和7,998,502；和pct专利申请公开wo2008/076975、wo2010/138522、wo2011/094469、wo2010/111347和wo2010/111565，其中的每个均通过引用并入本文。在一些实施方案中，在一种或多种微生物或微生物组合物彼此接触的存在下，本公开的微生物或微生物组合物在本文所述的一种或多种性状上表现出协同作用。通过教导方法获得的协同效应可以量化，例如，根据colby公式(即，(e)＝x+y–(x*y/100))。参见colby,r.s.,“calculatingsynergisticandantagonisticresponsesofherbicidecombinations,”1967.weeds.第15卷,第20-22页，其全部内容通过引用并入本文。因此，“协同”旨在反映已增加超过添加量的结果/参数/效果。在一些实施方案中，本公开的微生物或微生物组合物可以通过推注施用。在一个实施方案中，将推注(例如，含有所述组合物的胶囊)插入推注枪中，并将推注枪插入动物的口腔和/或食管中，然后将推注释放/注射到动物的消化道中。在一个实施方案中，推注枪/施用器是bovkalc推注枪/施用器。在另一个实施例中，推注枪/施加器是quadrical枪/施加器。在一些实施方案中，本公开的微生物或微生物组合物可以通过浸液施用。在一个实施方案中，浸液是口腔浸液。淋洗施用包括利用浸渍试剂盒/施用器/注射器，其将包含微生物或微生物组合物的液体注射/释放到动物的口腔和/或食道中。在一些实施方案中，本公开的微生物或微生物组合物可以以时间释放的方式施用。组合物可以用化学组合物包衣，或者可以包含在机械装置或胶囊中，其在一段时间内释放微生物或微生物组合物而不是一次性释放。在一个实施方案中，将微生物或微生物组合物以定时释放胶囊的形式给予动物。在一个实施方案中，组合物可以以化学组合物包衣，或者可以包含在机械装置或胶囊中，其在摄取后一段时间内一次性释放微生物或微生物组合物。在一些实施方案中，当动物进行提升饮食时，施用一种微生物组合物一次或多次，并且当动物进行育肥饮食时，施用不同的微生物组合物一次或多次。在一些实施方案中，当动物进行提升饮食时，施用一种微生物组合物一次或多次，并且当动物进行育肥饮食的第一个30天时，施用不同的微生物组合物一次或多次，并且当动物进行育肥饮食超过30天的时间时，施用另一不同的微生物组合物一次或多次。在一些实施方案中，当动物表现出酸中毒的迹象时施用一种微生物组合物一次或多次，并且一旦酸中毒迹象减轻，施用不同的微生物组合物一次或多次。在一些实施方案中，将微生物组合物施用于不表现出酸中毒迹象的动物，并且如果动物表现出酸中毒迹象则施用不同的微生物组合物。在一些实施方案中，微生物或微生物组合物以1至5、1至10、1至15、1至20、1至24、1至25、1至30、1至35、1至40、1至45、1至50、1至55、1至60、1至65、1至70、1至75、1至80、1至85、1至90、1至95、或1至100小时的时间释放方式施用。在一些实施方案中，微生物或微生物组合物以1至2、1至3、1至4、1至5、1至6、1至7、1至8、1至9、1至10、1至11、1至12、1至13、1至14、1至15、1至16、1至17、1至18、1至19、1至20、1至21、1至22、1至23、1至24、1至25、1至26、1至27、1至28、1至29、或1至30天的时间释放方式使用。微生物如本文所用，术语“微生物”应广泛采用。它包括但不限于两个原核域、细菌和古细菌，以及真核真菌、原生动物和病毒。举例来说，微生物可包括以下属的物种：丝状杆菌属、产酸糖酵菌属、芽孢杆菌属、螺旋体菌属、拟杆菌属、毛螺菌属、梭状杆菌xlva、瘤胃球菌属、丁酸弧菌属、欧氏菌属、氨基酸球菌属、副拟杆菌属、狭义梭状杆菌属、口小杆菌属、假黄杆菌属、密螺旋体菌属、红细菌属、fluviicola、琥珀酸弧菌属(succiniclasticum)、细小杆菌属、韦荣氏球菌属、纤维菌属、贪铜菌属、巨球形菌属、琥珀酸弧菌属(succinivibrio)、颤螺旋菌属、假单胞菌属、棒状杆菌属、安德克氏菌属、dorea、罗斯氏菌属、厌氧弧菌属、芽孢八叠球菌、链霉菌属、互营球菌属、丁酸弧菌属、毛形杆菌属、锥形杆菌属、粪球菌属、瘤胃杆菌属、thermobifidia、乳头杆菌属、海水菌属、propionicicva、葡萄球菌属、艰难杆菌属、假丁酸弧菌属、无甾醇原体属、图利茨菌属、凝聚杆菌属、短波单胞菌属、考拉杆菌属和鞘脂菌属。在某些实施方案中，微生物是不可培养的。这应该被认为是指使用本领域技术人员已知的方法不知道微生物是否可培养或难以培养。在一个实施方案中，微生物获自动物(例如，哺乳动物、爬行动物、鸟类等)、土壤(例如根际)、空气、水(例如海洋、淡水、废水污泥)、沉积物、油、植物(例如，根、叶、茎)、农产品和极端环境(例如，酸性矿山排水或热液系统)。在另一个实施方案中，从海洋或淡水环境例如海洋、河流或湖泊获得的微生物。在另一个实施方案中，微生物可以来自水体表面，或水体的任何深度(例如深海样品)。本发明的微生物可以在基本上纯的或混合的培养物中分离。它们可以浓缩、稀释或以其在源材料中发现的天然浓度提供。例如，通过将沉淀物悬浮在淡水中并使沉淀物落到底部，可以分离来自盐水沉积物的微生物用于本发明。含有大部分微生物的水可以在适当的沉降时间后通过倾析除去。并且将其施用于肉牛的胃肠道，或通过过滤或离心浓缩，稀释至适当的浓度并施用于肉牛的胃肠道，同时除去大部分盐。作为进一步的实例，可以类似地处理来自矿化或毒性来源的微生物以回收用于施用于肉牛的微生物，以最小化对动物的损害的可能性。在另一个实施方案中，微生物以粗制形式使用，其中它们不与它们天然存在的源材料分离。例如，微生物与它们所在的源材料组合提供；例如，在胃肠道中发现的粪便物质，瘤胃内容物，瘤胃液体或其他组合物。在该实施方案中，源材料可包括一种或多种微生物。在一些实施方案中，混合的微生物群用于本公开的方法中。在本发明的实施方案中，其中微生物从源材料(例如，它们天然存在的材料)中分离，可以使用技术人员容易知道的许多标准技术中的任何一种或组合。然而，举例来说，这些通常采用这样的方法，通过该方法，可以以基本上纯的形式获得单个微生物的固体或液体培养物，通常通过在固体微生物生长培养基的表面上物理分离或通过体积稀释分离进入液体微生物生长培养基。这些过程可包括从干燥材料、液体悬浮液、浆液或匀浆中分离，其中材料在适当的固体凝胶生长培养基上以薄层铺展，或将材料的连续稀释液制成无菌培养基并接种到液体或固体中培养传媒。虽然不是必需的，但在一个实施方案中，含有微生物的材料可以在分离过程之前进行预处理，以便将材料中的所有微生物繁殖、除去材料中的某些微生物、和/或转变该材料中微生物的分布。然后可以从如上公开的富集材料中分离微生物。在某些实施方案中，如前所述，微生物可以粗制形式使用，不需要从动物或培养基中分离。例如，可以获得包含被鉴定为有益于提高饲料效率的微生物的粪便或生长培养基，并将其用作下一轮方法的微生物的原始来源或在该方法结束时用作微生物的粗制来源。例如，可以获得新鲜粪便并任选地加工。微生物组转变和微生物丰度在一些实施方案中，包括瘤胃微生物组的肉牛的微生物组包含具有多种代谢能力的多种微生物。微生物组受到一系列因素的影响，包括饮食、动物新陈代谢的变化和品种等。大多数牛饮食都是植物性的，富含复杂的多糖，富含胃肠道微生物群落，能够分解饮食中特定聚合物成分的微生物，如纤维素、半纤维素、木质素等。初级降解的最终产物维持一系列微生物，最终产生一系列有机酸以及氢和二氧化碳。由于微生物组的复杂性和相互关联性，转变饮食和因此初级降解的底物可能对肠道微生物代谢产生连锁效应，同时产生有机酸谱和甲烷水平的变化，从而影响质量和数量动物生产和/或动物生产的产品。参见menezes等，(2011.femsmicrobiol.ecol.78(2):256-265)。在一些方面，本公开内容涉及施用本文所述的微生物组合物以调节或转变肉牛的微生物组。在一些实施方案中，通过将一种或多种微生物施用至胃肠道的一个或多个部分来转变微生物组。在一些实施方案中，通过将一种或多种微生物施用至瘤胃来转变微生物组。在进一步的实施方案中，一种或多种微生物是选自表1和/或表2的那些。在一些实施方案中，微生物组转变或调节包括在施用本公开的一种或多种微生物之前存在的特定微生物的减少或丧失。在一些实施方案中，微生物组转变或调节包括在施用本公开的一种或多种微生物之前存在的微生物的增加。在一些实施方案中，微生物组转变或调节包括在施用本公开的一种或多种微生物之前不存在的一种或多种微生物的获得。在另一个实施方案中，一种或多种微生物的获得是未特异性地包含在施用的微生物组合物中的微生物。在一些实施方案中，本公开内容的微生物的施用导致微生物组的持续调节，使得施用的微生物在微生物组中存在至少1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10天的时间段。在一些实施方案中，本公开内容的微生物的施用导致微生物组的持续调节，使得施用的微生物在微生物组中存在至少1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10周的时间段。在一些实施方案中，本公开内容的微生物的施用导致微生物组的持续调节，使得施用的微生物在微生物组中存在至少1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、或12个月的时间段。在一些实施方案中，通过对胃肠道取样并使用引物扩增16s或18srdna序列或施用的微生物的itsrdna序列来检测施用的微生物的存在。在一些实施方案中，施用的微生物是选自表1和/或表2中的一种或多种。在一些实施方案中，施用的微生物是包含选自seqidno：1-5993的rdna序列中的微生物中的一种或多种。在一些实施方案中，通过扩增从胃肠样品收集的多核苷酸来测量肉牛的微生物组，其中多核苷酸可以是16s或18srdna片段，或微生物rdna的itsrdna片段。在一个实施方案中，通过变性梯度凝胶电泳(dgge)的方法对微生物组进行指纹分析，其中扩增的rdna片段通过它们变性的位置进行分选，并在凝胶中形成独特的条带图案，其可用于比较微生物组。随着时间推移相同的肉牛或多个微生物组。在另一个实施方案中，通过末端限制性片段长度多态性(t-rflp)的方法对微生物组进行指纹分析，其中使用限制酶消化标记的pcr片段，然后按大小分类。在另一个实施方案中，通过非度数多维比例(nmds)排序评估从t-rflp方法收集的数据，并且permanova统计鉴定微生物组中的差异，从而允许鉴定和测量微生物组中的转变。另见shanks等(2011.appl.environ.microbiol.77(9):2992-3001)、petri等(2013.plosone.8(12):e83424)、以及menezes等(2011.femsmicrobiol.ecol.78(2):256-265)。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其增加了二氧化碳固定微生物的数量和/或类型。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使二氧化碳固定微生物的数量和/或类型增加至少0.5％、至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少100％、至少200％、至少300％、至少400％、至少500％、至少600％、或至少700％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使二氧化碳固定微生物的数量和/或类型增加至少约0.5％、至少约1％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约100％、至少约200％、至少约300％、至少约400％、至少约500％、至少约600％、或至少约700％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其减少了产甲烷微生物的数量和/或类型。在一些实施方案中，施用一种或多种微生物组合物导致微生物组的转变，其使产甲烷微生物的数量和/或类型减少至少0.5％、至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使产甲烷微生物的数量和/或类型减少至少约0.5％、至少约1％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、或至少约95％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其减少了产生乳酸的微生物的数量和/或类型。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使产生乳酸的微生物的数量和/或类型减少至少0.5％、至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使产生乳酸的微生物的数量和/或类型减少至少约0.5％、至少约1％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、或至少约95％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其增加了乳酸盐降解微生物的数量和/或类型。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使乳酸盐降解微生物的数量和/或类型增加至少0.5％、至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少100％、至少200％、至少300％、至少400％、至少500％、至少600％、或至少700％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使乳酸盐降解微生物的数量和/或类型增加至少约0.5％、至少约1％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约100％、至少约200％、至少约300％、至少约400％、至少约500％、至少约600％、或至少约700％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其增加了产生微生物的挥发性变性酸(vfa)的数量和/或类型。在一些实施方案中，vfa包括乙酸盐、丁酸盐、丙酸盐、异丁酸盐、异戊酸盐和戊酸盐。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使产生vfa的微生物的数量和/或类型增加至少0.5％、至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少100％、至少200％、至少300％、至少400％、至少500％、至少600％、或至少700％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使产生vfa的微生物的数量和/或类型增加至少约0.5％、至少约1％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约100％、至少约200％、至少约300％、至少约400％、至少约500％、至少约600％、或至少约700％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其增加了用作动物蛋白质来源的微生物的数量和/或类型。在一些实施方案中，施用一种或多种微生物组合物导致微生物组的转变，其使用作动物蛋白质来源的微生物的数量和/或类型增加至少0.5％、至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少100％、至少200％、至少300％、至少400％、至少500％、至少600％、或至少700％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使用作动物蛋白质来源的微生物的数量和/或类型增加至少约0.5％、至少约1％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约100％、至少约200％、至少约300％、至少约400％、至少约500％、至少约600％、或至少约700％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其增加了维生素合成微生物的数量和/或类型。在一些实施方案中，施用一种或多种微生物组合物导致微生物组的转变，其使维生素合成微生物的数量和/或类型增加至少0.5％、至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少100％、至少200％、至少300％、至少400％、至少500％、至少600％、或至少700％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使维生素合成微生物的数量和/或类型增加至少约0.5％、至少约1％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约100％、至少约200％、至少约300％、至少约400％、至少约500％、至少约600％、或至少约700％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，这降低了微生物群落的总体α多样性。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使微生物群落的总体α多样性降低至少0.5％、至少1％、至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少100％、至少200％、至少300％、至少400％、至少500％、至少600％、或至少700％。在一些实施方案中，一种或多种微生物组合物的施用导致微生物组的转变，其使微生物群落的总α多样性降低至少约0.5％、至少约1％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约100％、至少约200％、至少约300％、至少约400％、至少约500％、至少约600％、或至少约700％。在一些实施方案中，本公开内容的微生物的施用导致微生物组的调节或转变，这进一步导致期望的表型或改善的性状。牛微生物组成多样性已发现商业环境中的牛在瘤胃的微生物多样性方面表现出高度的动物与动物之间的差异。瘤胃的微生物组成的增加的可变性可导致达到稳定的微生物组合物的较低能力。较低的可变性反过来导致健康、体重和影响动物商业可行性的其他属性的显著差异。参见shabatskb等(ismej10:2958–2972)。在一些实施方案中，在肉牛的饲料转化期间施用本公开的一种或多种微生物和/或生物集合，降低了牛中瘤胃微生物组的可变性，并进一步建立了稳定的瘤胃微生物组。在一些实施方案中，瘤胃微生物组的可变性测量为在一个或多个位置处存在于瘤胃中的物种的总数。在一些实施方案中，本公开的一种或多种微生物和/或生物集合的施用减少了瘤胃微生物组达到稳定状态所需的时间量。在一些实施方案中，本公开的一种或多种微生物和/或生物集合的施用导致本公开的肉牛达到瘤胃微生物组的稳定状态；减少瘤胃微生物组的变异性。在一些实施方案中，当肉牛的瘤胃微生物组包含约10、约20、约30、约40、约50、约60、约70、约80、约90、约100、约120、约130、约140、约150、约160、约170、约180、约190、约200、约250、约300、约400、约500、约600、约700、约800、约900、约1,000、约1,500、约2,000、约2,500、约3,000、约3,500、约4,000、约4,500、约5,000、约5,500、约6,000、约6,500、约7,000、约7,500、约8,000、约8,500、约9,000、约9,500、或约10,000种不同的物种时，达到瘤胃微生物组的稳定状态。在一些实施方案中，当肉牛的瘤胃微生物组含有约10至约50、约10至约100、约50至约100、约50至约200、约100至约150、约100至约200、约100至约400、约200至约500、约200至约700、约400至约800、约500至约1,000、约500至约2,000、约1,000至约2,000、约1,000至约5,000、约5,000至约7,000、约5,000至约10,000、或约8,000至约10,000种不同的物种时，达到瘤胃微生物组的稳定状态。在一些实施方案中，在施用本公开的一种或多种微生物和/或生物集合后，至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％的肉牛在饲料转化中达到稳定状态。mic评分根据本文提供的方法，处理样品以检测样品中一种或多种微生物类型的存在(图1，1001；图2，2001)。确定样品中一种或多种微生物有机体的绝对数量(图1，1002；图2，2002)。确定一种或多种生物类型的存在和至少一种生物类型的绝对数量可以并行或连续进行。例如，在样品包含含有细菌(即一种微生物类型)和真菌(即第二种微生物类型)的微生物群落的情况下，在一个实施方案中，使用者检测一种或两种生物体类型的存在。样品(图1，1001；图2，2001)。在另一个实施方案中，使用者确定样品中至少一种生物类型的绝对数量——在该实例的情况下，样品中的细菌、真菌或其组合的数量(图1，1002；图2，2002)。在一个实施方案中，对样品或其一部分进行流式细胞术(fc)分析以检测一种或多种微生物类型的存在和/或数量(图1，1001，1002；图2，2001，2002)。在一个流式细胞仪实施方案中，各个微生物细胞以至少约300*s-1、或至少约500*s-1、或至少约1000*s-1的速率通过照射区。然而，本领域普通技术人员将认识到，该速率可以根据所采用的仪器类型而变化。电子门控的探测器测量表示光散射程度的脉冲的大小。这些脉冲的大小被电子地分类成“箱”或“通道”，允许显示具有某些定量性质(例如，细胞染色性质、直径、细胞膜)的细胞数量与通道数量的直方图。这样的分析允许确定每个“箱”中的细胞数量，其在本文描述的实施方案中是“微生物类型”箱，例如细菌、真菌、线虫、原生动物、古细菌、藻类、犀牛鞭毛虫、病毒、类病毒等。在一个实施方案中，样品用一种或多种荧光染料染色，其中荧光染料对特定的微生物类型是特异性的，以便能够通过流式细胞仪或利用荧光的一些其他检测和定量方法检测，例如荧光显微术。该方法可以提供样品中给定生物类型的细胞数和/或细胞体积的量化。在另一个实施方案中，如本文所述，利用流式细胞术确定生物体类型的独特第一标记和/或独特第二标记的存在和数量，例如酶表达、细胞表面蛋白表达等。还可以产生两个或三个变量的直方图或等高线图，例如光散射与来自细胞膜染色的荧光(相对于蛋白质染色或dna染色的荧光)，因此可以获得在群整体中的细胞中感兴趣的各种特性分布的效果。这种多参数流式细胞术数据的许多显示是常用的，并且适合与本文所述的方法一起使用。在处理样品以检测一种或多种微生物类型的存在和数量的一个实施方案中，采用显微镜检测(图1，1001，1002)。在一个实施方案中，显微镜检查是光学显微术，其中可见光和镜片系统用于放大小样品的图像。数字图像可以通过电荷耦合器件(ccd)相机捕获。其他显微技术包括但不限于扫描电子显微镜和透射电子显微镜。根据本文提供的方面可视化和量化微生物类型。在本公开的另一个实施方案中，为了检测一种或多种微生物类型的存在和数量，对每种样品或其一部分进行荧光显微镜检查。不同的荧光染料可用于直接染色样品中的细胞并使用落射荧光显微镜以及上述流式细胞术定量总细胞计数。用于定量微生物的有用染料包括但不限于吖啶橙(ao)、4,6-二氨基-2-苯基吲哚(dah)和5-氰基-2,3-二甲苯基四氮唑(ctc)。活细胞可以通过活力染色方法估计，例如live/dead细菌活力试剂盒(bac-lighttm)，其含有两种核酸染色：绿色荧光syto9tm染料渗透所有膜，以及红色荧光碘化丙啶(pi)染料渗透具有受损膜的细胞。因此，具有受损膜的细胞将染成红色，而具有未受损膜的细胞将染成绿色。荧光原位杂交(fish)扩展了落射荧光显微镜，可以快速检测和计数特定生物。fish使用荧光标记的寡核苷酸探针(通常15-25个碱基对)，其特异性结合样品中的生物dna，允许使用落射荧光或共聚焦激光扫描显微镜(clsm)观察细胞。催化的报告基因沉积荧光原位杂交(card-fish)通过使用用辣根过氧化物酶(hrp)标记的寡核苷酸探针来改进fish方法，以扩增从所研究的微生物获得的信号的强度。fish可与其他技术结合以表征微生物群落。一种组合技术是高亲和力肽核酸(pna)-fish，其中探针具有增强的穿透细胞外聚合物质(eps)基质的能力。另一个例子是live/dead-fish，它将细胞活力试剂盒与fish结合起来，并用于评估饮用水分配系统中的消毒效率。在另一个实施方案中，对每个样品或其一部分进行拉曼显微光谱分析，以确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的绝对数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。拉曼微光谱是一种非破坏性和无标记技术，能够检测和测量单细胞拉曼光谱(scrs)。典型的scrs提供了单个细胞的内在生化“指纹”。scrs包含其中生物分子的丰富信息，包括核酸、蛋白质、碳水化合物和脂质，其能够表征不同的细胞种类、生理变化和细胞表型。拉曼显微镜通过不同细胞生物标志物的化学键检查激光的散射。scrs是一个单细胞中所有生物分子的光谱的总和，表明细胞的表型谱。作为基因表达的结果，细胞表型通常反映基因型。因此，在相同的生长条件下，不同的微生物类型给出了与其基因型差异相对应的不同scrs，因此可以通过它们的拉曼光谱鉴定。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行离心以确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。该过程通过使用离心机产生的离心力沉积非均相混合物。更密集的混合物组分从离心机的轴线迁移出来，而混合物中较不致密的组分向轴线迁移。离心可以允许将样品分级成细胞质、膜和细胞外部分。它还可用于确定感兴趣的生物分子的定位信息。此外，离心可用于分离总微生物群落dna不同的原核基团的鸟嘌呤加胞嘧啶(g+c)含量不同，因此密度梯度基于g+c含量的离心是一种区分生物类型和与每种类型相关的细胞数量的方法。该技术生成整个群落dna的分馏图谱，并指示dna的丰度与g+c含量的关系。总社区dna在物理上分为高度纯化的部分，每个部分代表不同的g+c含量，可以通过额外的分析分子技术如变性梯度凝胶电泳(dgge)/扩增核糖体dna限制性分析(ardra)(参见本文的讨论)以评估总微生物群落多样性和一种或多种微生物类型的存在量。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行染色以确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。染色和染料可用于可视化细胞内的生物组织、细胞或细胞器。染色可以与显微镜、流式细胞术或凝胶电泳结合使用，以显现或标记不同微生物类型所特有的细胞或生物分子。体内染色是染色活组织的过程，而体外染色涉及染色已从其生物学背景中去除的细胞或结构。用于本文所述方法的特定染色技术的实例包括但不限于：革兰氏染色确定细菌的革兰氏状态，内孢子染色以鉴定内生孢子的存在，ziehl-neelsen染色、苏木精和伊红染色以检查组织的薄切片，papanicolaou染色以检查来自各种身体分泌物的细胞样品，碳水化合物的高碘酸-席夫染色，masson的毛状体采用三色染色方案来区分细胞与周围结缔组织，romanowsky染色(或包括wright染色、tenner染色，may-grunwald染色，leishman染色和giemsa染色的常见变体)以检查血液或骨髓样本，银染色显示蛋白质和dna，苏丹染色脂质和conklin染色检测真正的内生孢子。常见的生物染色剂包括用于细胞周期测定的吖啶橙；用于酸性粘蛋白的俾斯麦棕；用于糖原的胭脂红；用于核的胭脂红明矾；用于蛋白质的考马斯蓝；用于神经细胞质的酸性成分的甲酚紫；用于结晶紫的细胞壁；用于核的dapi；用于细胞质材料、细胞膜、一些细胞外结构和红细胞的曙红；用于dna的溴化乙锭；用于胶原蛋白、平滑肌或线粒体的酸性品红；用于细胞核的苏木精；用于dna的赫斯特染色；用于淀粉的碘；用于在gimenez染色技术中的细菌和用于孢子的孔雀石绿；用于染色质的甲基绿；用于动物细胞的亚甲蓝；用于nissl物质的中性红；用于核的尼罗蓝；用于脂质体的尼罗红；用于脂质的四氧化锇；用于荧光显微镜的罗丹明；用于核的番红。染色也用于透射电子显微镜以增强对比并且包括磷钨酸、四氧化锇、四氧化钌、钼酸铵、碘化镉、碳酰肼、氯化铁、六胺、三氯化铟、硝酸镧、醋酸铅、柠檬酸铅、硝酸铅(ii)、高碘酸、磷钼酸、铁氰化钾、亚铁氰化钾、钌红、硝酸银、蛋白质银、氯金酸钠、硝酸铊、氨基硫脲、乙酸铀酰、硝酸铀酰和硫酸氧钒。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行质谱分析(ms)以确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。如下所述，ms也可用于检测样品中一种或多种独特标记的存在和表达(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。例如，ms用于检测微生物类型特有的蛋白质和/或肽标记物的存在和数量，从而提供样品中各微生物类型数量的评估。定量可以是稳定同位素标记或无标记的。肽的从头测序也可以直接从ms/ms谱或序列标签中产生(产生可以与数据库匹配的短标签)。ms还可以揭示蛋白质的翻译后修饰并鉴定代谢物。ms可与色谱和其他分离技术(如气相色谱、液相色谱、毛细管电泳、离子淌度)结合使用，以提高质量分辨率和去污力。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行脂质分析，以确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。脂肪酸以相对恒定的比例存在于细胞生物质中，并且特征性脂肪酸存在于微生物细胞中，其可以区分群落内的微生物类型。在一个实施方案中，通过皂化提取脂肪酸，然后衍生化，得到各自的脂肪酸甲酯(fame)后通过气相色谱分析。然后将一个实施方案中的fame谱与参考fame数据库进行比较，以通过多变量统计分析鉴定脂肪酸及其相应的微生物特征。在本文提供的方法的方面中，测量样品中独特的第一标记物的数量或其部分(例如，样品等分试样)，以及每个独特的第一标记物的丰度(图1，1003；图2，2003)。独特标记是微生物菌株的标记。本领域普通技术人员应该理解，根据探测和测量的独特标记，不需要分析整个样品。例如，如果独特标记对细菌菌株是独特的，则不需要分析样品的真菌部分。如上所述，在一些实施方案中，测量样品中一种或多种生物类型的绝对丰度包括通过生物类型分离样品，例如通过流式细胞术。本文可以使用生物菌株独特的任何标记。例如，标记可包括但不限于小亚基核糖体rna基因(16s/18srdna)、大亚基核糖体rna基因(23s/25s/28srdna)、插入的5.8s基因、细胞色素c氧化酶、β-微管蛋白、延伸因子、rna聚合酶和内转录间隔区(its)。核糖体rna基因(rdna)，尤其是小亚基核糖体rna基因，即真核生物中的18srrna基因(18srdna)和原核生物中的16srrna(16srdna)，已成为评估的主要目标。微生物群落中的生物类型和菌株。然而，大的亚基核糖体rna基因28srdna也已被靶向。rdna适用于分类学鉴定，因为：(i)它们在所有已知生物中普遍存在；(ii)它们拥有保守区和可变区；(iii)有一个指数级扩展的序列数据库可用于比较。在样品的群落分析中，保守区域用作相应的通用pcr和/或测序引物的退火位点，而可变区域可用于系统发育分化。此外，细胞中高拷贝数的rdna有助于从环境样品中检测。位于18srdna和28srdna之间的内部转录间隔区(its)也已被靶向。在组装核糖体之前，its被转录但被剪接掉。its区由两个高度可变的间隔区its1和its2以及插入的5.8s基因组成。该rdna操纵子在基因组中以多个拷贝出现。因为its区域不编码核糖体组分，所以它是高度可变的。在一个实施方案中，独特的rna标记可以是mrna标记、sirna标记或核糖体rna标记。蛋白质编码功能基因在本文中也可用作独特的第一标记。这些标记包括但不限于：重组酶a基因家族(细菌reca、古细菌rada和radb、真核rad51和rad57、噬菌体uvsx)；rna聚合酶β亚基(rpob)基因，负责转录起始和延伸；分子伴侣。还鉴定了细菌加古细菌的候选标记基因：核糖体蛋白s2(rpsb)、核糖体蛋白s10(rpsj)、核糖体蛋白l1(rpla)、翻译延伸因子ef-2、翻译起始因子if-2、金属内肽酶、核糖体蛋白l22、ffh信号识别颗粒蛋白、核糖体蛋白l4/l1e(rpld)、核糖体蛋白l2(rplb)、核糖体蛋白s9(rpsi)、核糖体蛋白l3(rplc)、苯丙氨酰-trna合成酶β亚基、核糖体蛋白l14b/l23e(rpln)、核糖体蛋白s5、核糖体蛋白s19(rpss)、核糖体蛋白s7、核糖体蛋白l16/l10e(rplp)、核糖体蛋白s13(rpsm)、苯丙氨酰-trna合成酶α亚基、核糖体蛋白l15、核糖体蛋白l25/l23、核糖体蛋白l6(rplf)、核糖体蛋白l11(rplk)、核糖体蛋白l5(rple)、核糖体蛋白s12/s23、核糖体蛋白l29、核糖体蛋白s3(rpsc)、核糖体蛋白s11(rpsk)、核糖体蛋白l10、核糖体蛋白s8、trna假尿苷合酶b、核糖体蛋白l18p/l5e，核糖体蛋白s15p/s13e、胆色素原脱氨酶、核糖体蛋白s17、核糖体蛋白l13(rplm)、磷酸核糖基壬基甘氨脒环己基酶(rpse)、核糖核酸酶hii和核糖体蛋白l24。用于细菌的其他候选标记基因包括：转录延伸蛋白nusa(nusa)、rpobdna指导的rna聚合酶亚基β(rpob)、gtp结合蛋白enga、rpocdna指导的rna聚合酶亚基β'、pria原体装配蛋白、转录-修复偶联因子、ctp合酶(pyrg)、secy前蛋白转位酶亚基secy、gtp结合蛋白obg/cgta、dna聚合酶i、rpsf30s核糖体蛋白s6、poadna指导的rna聚合酶亚基α、肽链释放因子1、rpli50s核糖体蛋白l9、多核糖核苷酸核苷酸转移酶、tsf延伸因子ts(tsf)、rplq50s核糖体蛋白l17、trna(鸟嘌呤-n(1)-)-甲基转移酶(rpls)、rply可能的50s核糖体蛋白l25、dna修复蛋白rada、葡萄糖抑制的分裂蛋白a、核糖体结合因子a、dna错配修复蛋白mutl、smpbssra结合蛋白(smpb)、n-乙酰葡糖胺基转移酶，s-腺苷甲基转移酶mraw、udp-n-乙酰胞壁酰丙氨酸-d-谷氨酸连接酶、rpls50s核糖体蛋白l19、rplt50s核糖体蛋白l20(rplt)、ruvaholliday连接dna解旋酶、ruvbholliday连接dna解旋酶b、sers丝氨酰-trna合成酶、rplu50s核糖体蛋白l21、rpsr30s核糖体蛋白s18、dna错配修复蛋白muts、rpst30s核糖体蛋白s20、dna修复蛋白recn、frr核糖体循环因子(frr)、重组蛋白recr、未知功能蛋白upf0054、miaatrna异戊烯基转移酶、gtp结合蛋白ychf、染色体复制起始蛋白dnaa、脱磷-coa激酶、16srrna加工蛋白rimm、atp-锥结构域蛋白、1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸还原异构酶、2c-甲基-d-赤藓糖醇-2,4-环二磷酸合成酶、脂肪酸/磷脂合成蛋白plsx、trna(ile)-赖氨酸合成酶、dnagdna引发酶(dnag)、ruvcholliday连接解析酶、rpsp30s核糖体蛋白s16、重组酶areca、核黄素生物合成蛋白ribf、甘氨酰-trna合成β亚基、trmutrna(5-甲基氨基甲基-2-硫代尿苷酸)-甲基转移酶、rpmi50s核糖体蛋白l35、heme尿卟啉原脱羧酶、杆形决定蛋白、rpma50s核糖体蛋白l27(rpma)、肽基-trna水解酶、翻译起始因子if-3(infc)、udp-n-乙酰胞壁酰三肽合成酶、rpmf50s核糖体蛋白l32、rpil50s核糖体蛋白l7/l12(rpil)、leus亮氨酰-trna合成酶、liganad依赖性dna连接酶、细胞分裂蛋白ftsa、gtp结合蛋白typa、atp依赖性clp蛋白酶、atp结合亚基clpx、dna复制和修复蛋白recf和udp-n-乙酰基吡咯酰基葡糖胺还原酶。根据本文所述的方法，磷脂脂肪酸(plfa)也可用作独特的第一标记物。由于plfa在微生物生长过程中迅速合成，在储存分子中未发现并且在细胞死亡期间迅速降解，因此它提供了对当前生活群体的准确调查。所有细胞都含有脂肪酸(fa)，可被提取和酯化形成脂肪酸甲酯(fame)。当使用气相色谱-质谱法分析fame时，得到的分布构成样品中微生物的“指纹”。用于细菌和真核生物领域中的生物的膜的化学组成包括通过酯键与甘油连接的脂肪酸(磷脂脂肪酸(plfa))。相反，古细菌的膜脂由长的和支化的烃组成，其通过醚型键(磷脂醚脂(plel))与甘油连接。这是区分这三个域的最广泛使用的非遗传标准之一。在这种情况下，源自微生物细胞膜的磷脂，其特征在于不同的酰基链，是优异的特征分子，因为这种脂质结构多样性可以与特定的微生物类群相关联。如本文所提供的，为了确定生物体菌株是否有活性，测量一种或多种独特的第二标记物的表达水平，其可以与第一标记物相同或不同(图1，1004；图2，2004)。上面描述了独特的第一标记。独特的第二标记是微生物活性的标记。例如，在一个实施方案中，出于本公开的目的，上述任何第一标志物的mrna或蛋白质表达被认为是独特的第二标志物。在一个实施方案中，如果第二标志物的表达水平高于阈值水平(例如，对照水平)或处于阈值水平，则认为微生物是活性的(图1，1005；图2，2005)。活性在一个实施方案中确定，如果第二标记物的表达水平与阈值水平相比改变至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、或至少约30％，其在一些实施方案中，是对照水平。在一个实施方案中，在蛋白质、rna或代谢物水平测量第二独特标记。唯一的第二标记与第一独特标记相同或不同。如上所述，可以根据本文描述的方法检测许多独特的第一标记和独特的第二标记。此外，独特的第一标记物的检测和定量根据本领域普通技术人员已知的方法进行(图1，1003-1004，图2，2003-2004)。在一个实施方案中，核酸测序(例如，gdna、cdna、rrna、mrna)用于确定独特的第一标记和/或独特的第二标记的绝对细胞计数。测序平台包括但不限于可从roche/454lifesciences、illumina/solexa、pacificbiosciences、iontorrent和nanopore获得的sanger测序和高通量测序方法。测序可以是特定dna或rna序列的扩增子测序或整个宏基因组/转录组鸟枪测序。传统的sanger测序(sanger等，(1977)dnasequencingwithchain-terminatinginhibitors.procnatl.acad.sci.usa,74,第5463–5467页，其全部内容通过引用并入本文)依赖于在体外dna复制期间通过dna聚合酶选择性掺入半胱氨酸双脱氧核苷酸，并且适合与本文所述的方法一起使用。在另一个实施方案中，对样品或其部分进行核酸提取，用合适的引物扩增目的dna(例如rrna基因)和使用测序载体构建克隆文库。然后通过sanger测序对选择的克隆进行测序，并检索感兴趣的dna的核苷酸序列，从而计算样品中独特微生物菌株的数量。来自roche/454lifesciences的454焦磷酸测序产生长读数并且可以在本文描述的方法中利用(margulies等，(2005)nature,437,第376-380页；美国专利6,274,320；6,258,568；6,210,891，其中每个为了所有目的通过引用的方式并入本文)。待测序的核酸(例如，扩增子或雾化的基因组/宏基因组dna)具有通过pcr或通过连接在任一端固定的特异性衔接子。将具有衔接子的dna固定在悬浮在油包水乳液中的微珠(理想地，一个珠将具有一个dna片段)上。然后进行乳液pcr步骤以制备每个dna片段的多个拷贝，得到一组珠子，每个珠子含有相同dna片段的许多克隆拷贝然后将每个珠子放入光纤芯片的孔中。含有合成测序反应所必需的酶。碱(例如a、c、g或t)的添加引发焦磷酸盐释放，其产生闪光，记录以推断每个孔中dna片段的序列。每次运行可获得大约100万个读数，读取长度可达1,000个碱基。可以进行配对末端测序，其产生成对的读段，每个读段始于给定dna片段的一端。可以产生分子条形码并将其置于衔接子序列和多重反应中的目标序列之间，允许每个序列生物信息地分配给样品。illumina/solexa测序产生的平均阅读长度约为25个碱基对(bp)至约300bp(bennett等，(2005)pharmacogenomics,6:373-382；lange等，(2014).bmcgenomics15,第63页；fadrosh等，(2014)microbiome2，第6页；caporaso等，(2012)ismej,6，第1621–1624页；bentley等，(2008)accuratewholehumangenomesequencingusingreversibleterminatorchemistry.nature,456:53–59)。该测序技术也是通过合成测序，但使用可逆染料终止子和附着有寡核苷酸的流动池。待测序的dna片段在任一端具有特异性衔接子，并在填充有与片段末端杂交的特定寡核苷酸的流动池上洗涤。然后复制每个片段以产生相同片段的簇。然后在流动池上洗涤可逆的染料-终止子核苷酸并给予时间连接。洗掉过量的核苷酸，对流动细胞进行成像，并且可以去除可逆终止子，使得该过程可以重复，并且可以在随后的循环中继续添加核苷酸。可以实现每个长度为300个碱基的成对末端读数。氧化铝平台可以以成对的方式生产40亿个碎片，每次读取可以生成125个碱基。条形码也可用于样品多路复用，但使用索引引物。solid(寡核苷酸连接和检测测序，lifetechnologies)方法是“通过连接测序”方法，并且可以与本文描述的方法一起用于检测第一标记和/或第二标记的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)(peckham等，solidtmsequencingand2-baseencoding.sandiego,ca:americansocietyofhumangenetics,2007；mitra等，(2013)analysisoftheintestinalmicrobiotausingsolid16srrnagenesequencingandsolidshotgunsequencing.bmcgenomics,14(增刊5):s16；mardis(2008)next-generationdnasequencingmethods.annurevgenomicshumgenet,9:387–402；每个都通过引用整体并入本文中)。从待测序的样品制备dna片段文库，并用于制备克隆珠群，其中在每个磁珠的表面上仅存在一种片段。附着在磁珠上的片段将具有通用p1衔接子序列，使得每个片段的起始序列都是已知的和相同的。引物与库模板内的p1衔接子序列杂交。一组四个荧光标记的二碱基探针竞争连接到测序引物。通过在每个连接反应中询问每个第一和第二碱基来实现二碱基探针的特异性。用确定最终阅读长度的循环数进行多个连接，检测和切割循环。solid平台每次运行可产生多达30亿个读数，读取长度为75个碱基。配对末端测序是可用的并且可以在本文中使用，但是该对中的第二次读取仅为35个碱基长。样品的多路复用可以通过类似于illumina使用的系统进行，具有单独的索引运行。iontorrent系统，类似于454测序，适用于本文所述的方法，用于检测第一标记物和/或第二标记物的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。其使用一块含有珠子的微孔板，dna片段附着在珠子上。然而，它与所有其他系统的不同之处在于检测碱基掺入的方式。当碱基加入到正在生长的dna链中时，释放出质子，这会略微改变周围的ph值。对ph敏感的微检测器与板上的孔相关联，并且它们记录何时发生这些变化。将不同的碱基(a、c、g、t)依次洗涤通过孔，从而推断出来自每个孔的序列。ionproton平台每次运行可产生高达5000万次读取，读取长度为200个碱基。个人基因组机器(personalgenomemachine)平台具有400碱基更长的读数。可以进行双向排序。通过标准的在线分子条形码测序可以实现多路复用。pacificbiosciences(pacbio)smrt测序使用单分子实时测序方法，并且在一个实施方案中，与本文所述的方法一起用于检测第一标记和/或第二标记的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。pacbio测序系统不涉及扩增步骤，使其与其他主要的新一代测序系统区别开来。在一个实施例中，在包含许多零模式波导(zmw)检测器的芯片上执行排序。将dna聚合酶连接到zmw检测器上，并且在合成dna链时实时成像磷酸化染料标记的核苷酸掺入。pacbio系统产生非常长的读取长度(平均约4,600个碱基)和每次运行的非常高的读数(约47,000)。典型的“配对端”方法不与pacbio一起使用，因为读取通常足够长，通过ccs可以多次覆盖片段，而无需独立地从每个末端进行排序。与pacbio的多路复用不涉及独立的读取，而是遵循标准的“在线”条形码模型。在一个实施方案中，其中第一独特标记是its基因组区域，在一个实施方案中使用自动核糖体基因间隔分析(arisa)来确定样品中微生物菌株的数量和特性(图1，1003，图2，2003)(ranjard等，(2003))environmentalmicrobiology5，第1111-1120页，出于所有目的通过引用整体并入。its区域在长度和核苷酸序列上具有显著的异质性。使用荧光标记的正向引物和自动dna测序仪可实现高分离度和高通量。在每个样品中包含内标可提供一般片段大小的准确性。在另一个实施方案中，pcr扩增的rdna片段的片段长度多态性(rflp)，也称为扩增的核糖体dna限制性分析(ardra)，用于表征样品中独特的第一标记及其丰度(图1，1003，图2，2003)(更多细节，参见massol-deya等，(1995).mol.microb.ecol.manual.3.3.2，第1-18页，其全部内容在此引入作为参考用于所有目的)。使用通用引物通过pcr产生rdna片段，用限制酶消化，在琼脂糖或丙烯酰胺凝胶中电泳，并用溴化乙锭或硝酸银染色。用于检测独特第一标记的存在和丰度的一种指纹技术是单链构象多态性(sscp)(参见lee等，(1996).applenvironmicrobiol62，第3112-3120页；scheinert等，(1996).j.microbiol.methods26，第103-117页；schwiegerandtebbe(1998).appl.environ.microbiol.64,第4870-4876页，其每一篇通过引用整体并入本文中)。在该技术中，使用对16srrna基因特异的引物获得的dna片段(例如pcr产物)变性，并在非变性凝胶上直接电泳。分离基于单链dna的大小和折叠构象的差异，其影响电泳迁移率。电泳过程中dna链的再退火可以通过多种策略来预防，包括在pcr中使用一个磷酸化引物，然后用λ核酸外切酶特异性消化磷酸化链，并使用一个生物素化引物进行一个单独的磁分离变性后的链。为了评估给定微生物组合物中优势种群的身份，在一个实施方案中，切除条带并测序，或者sscp模式可以与特异性探针杂交。电泳条件，例如凝胶基质、温度和向凝胶中添加甘油，可以影响分离。除了基于测序的方法之外，用于量化第二标记物的表达(例如，基因、蛋白质表达)的其他方法适合与本文提供的方法一起用于确定一种或多种第二标记物的表达水平(图1，1004；图2，2004)。例如，定量rt-pcr、微阵列分析、线性扩增技术如基于核酸序列的扩增(nasba)都适用于本文所述的方法，并且可以根据本领域普通技术人员已知的方法进行。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行定量聚合酶链式反应(pcr)以检测第一标记物和/或第二标记物的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。通过将转录的核糖体和/或信使rna(rrna和rnrna)逆转录成互补dna(cdna)，然后进行pcr(rt-pcr)来测量特异性微生物菌株活性。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行基于pcr的指纹技术以检测第一标记和/或第二标记的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。可以基于核苷酸组成通过电泳分离pcr产物。不同dna分子之间的序列变异影响熔解行为，因此具有不同序列的分子将停止在凝胶中的不同位置迁移。因此，电泳分布可以由不同带或峰的位置和相对强度来定义，并且可以被转换为数值数据以用于计算多样性指数。也可以从凝胶上切下条带，然后测序以揭示社区成员的系统发育关系。电泳方法可包括但不限于：变性梯度凝胶电泳(dgge)、温度梯度凝胶电泳(tgge)、单链构象多态性(sscp)、限制性片段长度多态性分析(rflp)或扩增的核糖体dna限制分析(ardra)、末端限制性片段长度多态性分析(t-rflp)、自动核糖体间基因间隔分析(arisa)、随机扩增多态性dna(rapd)、dna扩增指纹(daf)和bb-peg电泳。在另一个实施方案中，使样品或其一部分经受基于芯片的平台(例如微阵列或微流体)以确定独特的第一标记的丰度和/或独特的第二标记的存在/丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。从样品中的总dna扩增pgr产物，并直接与固定在微阵列上的已知分子探针杂交。在荧光标记的pgr扩增子与探针杂交后，通过使用共聚焦激光扫描显微镜对阳性信号进行评分。微阵列技术允许通过复制快速评估样品，这是微生物群落分析中的显著优势。通常，微阵列上的杂交信号强度可以与靶生物的丰度成正比。通用高密度16s微阵列(例如，phyloghip)含有约30,000个16srrna基因探针，其靶向几种培养的微生物物种和“候选分裂”。这些探针针对所有121个划定的原核序列，并允许同时检测8,741个细菌和古细菌类群。用于分析微生物群落的另一种微阵列是功能基因阵列(fga)。与phylochip不同，fga主要用于检测细菌的特定代谢组。因此，fga不仅揭示了群落结构，而且还揭示了原位群落代谢潜力。fga含有来自具有已知生物功能的基因的探针，因此它们可用于将微生物群落组成与生态系统功能联系起来。称为geochip的fga含有>24,000种来自所有已知代谢基因的探针，这些探针参与各种生物地球化学、生态和环境过程，如氨氧化、甲烷氧化和氮固定。在一个实施方案中，蛋白质表达测定法与本文所述的方法一起用于确定一种或多种第二标记物的表达水平(图1，1004；图2，2004)。例如，在一个实施方案中，利用质谱法或免疫测定法如酶联免疫吸附测定法(elisa)来量化一种或多种独特的第二标记物的表达水平，其中一种或多种独特的第二种标记物是蛋白质。在一个实施方案中，将样品或其一部分进行溴脱氧尿苷(brdu)掺入以确定第二独特标记物的水平(图1，1004；图2，2004)。brdu是胸苷的合成核苷类似物，可以掺入新合成的复制细胞dna中。然后可以使用对brdu特异的抗体来检测碱基类似物。因此，根据本文所述方法的一个实施方案，brdu掺入识别活跃复制其dna(微生物活性的量度)的细胞。brdu掺入可与fish组合使用以提供靶细胞的特性和活性。在一个实施方案中，将样品或其一部分进行微放射自显影(mar)与fish组合以确定第二独特标记物的水平(图1，1004；图2，2004)。mar-fish基于将放射性底物掺入细胞，使用放射自显影检测活性细胞和使用fish鉴定细胞。用显微镜进行单细胞分辨率的活细胞的检测和鉴定。mar-fish提供有关总细胞，探针靶向细胞和掺入给定放射性标记物质的细胞百分比的信息。该方法提供了对靶向微生物的原位功能的评估，并且是研究微生物的体内生理学的有效方法。开发用于结合mar-fish定量细胞特异性底物摄取的技术被称为定量mar(qmar)。在一个实施方案中，将样品或其一部分进行稳定同位素拉曼光谱与fish(拉曼-fish)组合以确定第二独特标记物的水平(图1，1004；图2，2004)。该技术结合了稳定同位素探测、拉曼光谱和fish，将代谢过程与特定生物联系起来。细胞稳定同位素掺入的比例影响光散射，导致标记的细胞组分(包括蛋白质和mrna组分)的可测量的峰移位。拉曼光谱可用于鉴定细胞是否合成化合物，包括但不限于：油(如烷烃)、脂质(如三酰基甘油(tag))、特定蛋白质(如血红素蛋白、金属蛋白)、细胞色素(如作为p450、细胞色素c)、叶绿素、发色团(如用于光捕获类胡萝卜素和视紫红质的色素)、有机聚合物(如聚羟基链烷酸酯(pha)、聚羟基丁酸酯(phb))、类胡萝卜素、类固醇、淀粉、硫化物、硫酸盐和次生代谢产物(如维生素b12)。在一个实施方案中，对样品或其一部分进行dnarna稳定同位素探测(sip)以确定第二独特标记物的水平(图1，1004；图2，2004)。sip能够确定与特定代谢途径相关的微生物多样性，并且通常用于研究涉及碳和氮化合物利用的微生物。用稳定同位素(例如13c或15n)标记目标底物并加入样品中。只有能够代谢底物的微生物才能将其掺入细胞中。随后，可以通过密度梯度离心分离13c-dna和15n-dna，并用于宏基因组分析。基于rna的sip可以是用于sip研究的响应性生物标志物，因为rna本身是细胞活性的反映。在一个实施方案中，使样品或其一部分经受同位素阵列以确定第二独特标记物的水平(图1，1004；图2，2004)。同位素阵列允许以高通量方式对活性微生物群落进行功能和系统发育筛选。该技术使用sip的组合来监测底物摄取谱和用于确定活性微生物群落的分类身份的微阵列技术。将样品与14c标记的底物一起温育，其在生长过程中掺入微生物生物质中。将14c标记的rrna与未标记的rrna分离，然后用荧光染料标记。将荧光标记的rrna与系统发育微阵列杂交，然后扫描放射性和荧光信号。因此，该技术允许通过复杂微生物群落的代谢活性微生物同时研究微生物群落组成和特定底物消耗。在一个实施方案中，对样品或其一部分进行代谢组学测定以确定第二独特标记物的水平(图1，1004；图2，2004)。代谢组学研究代谢组，其代表所有代谢物的集合，细胞过程的最终产物，在生物细胞、组织、器官或生物体中。该方法可用于监测微生物和/或微生物介导过程的存在，因为它允许将特定代谢物谱与不同的微生物相关联。可以使用诸如气相色谱-质谱(gc-ms)的技术获得与微生物活性相关的细胞内和细胞外代谢物的谱。代谢组学样品的复杂混合物可通过气相色谱，高效液相色谱和毛细管电泳等技术分离。代谢物的检测可以通过质谱、核磁共振(nmr)光谱、离子迁移谱、电化学检测(与hplc结合)和放射性标记(当与薄层色谱组合时)进行。根据本文描述的实施方案，确定样品中一种或多种活性微生物菌株的存在和相应数量(图1，1006；图2，2006)。例如，分析从测定第一标记的数量和存在获得的菌株身份信息，以确定存在多少次出现的独特第一标记，从而代表独特的微生物菌株(例如，通过计数测序分析中的序列读数的数量)。在一个实施方案中，该值可以表示为第一制造者的总序列读数的百分比，以给出特定微生物类型的独特微生物菌株的百分比。在另一个实施方案中，将该百分比乘以微生物类型的数量(在步骤1002或2002获得，参见图1和图2)，以给出样品和给定体积的一种或多种微生物菌株的绝对丰度。如果第二独特标志物表达水平处于阈值水平、高于阈值，例如相对于对照水平高至少约5％、至少约10％、至少约20％或至少约30％，则认为一种或多种微生物菌株具有活性。在本公开的另一方面，在多个样品中确定用于确定一种或多种微生物菌株的绝对丰度的方法(图2，特别参见2007)。对于被分类为活性的微生物菌株，其仅需要在一个样品中有活性。样品可以来自相同来源的多个时间点，或者可以来自不同的环境来源(例如，不同的动物)。在一个实施方案中，样品的绝对丰度值用于将一种或多种活性微生物菌株与环境参数相关联(图2，2008)。在一个实施方案中，环境参数是第二活性微生物菌株的存在。在一个实施方案中，通过相关性或通过网络分析确定菌株和参数的共现来进行将一种或多种活性微生物菌株与环境参数相关联。在一个实施方案中，确定一种或多种活性微生物菌株与环境参数的共存包括网络和/或聚类分析方法，以测量菌株或菌株与网络内的环境参数的连通性，其中所述网络是收集两个或多个共享共同或类似环境参数的样本。在另一个实施方案中，网络和/或聚类分析方法可以应用于确定样品中两种或更多种活性微生物菌株的共现(图2，2008)。在另一个实施例中，网络分析包括非参数方法，包括用于在变量之间建立连接的互信息。在另一个实施例中，网络分析包括链接分析、模块性分析、稳健性度量、中介性度量、连通性度量、传递性度量、中心性度量或其组合(图2，2009)。在另一个实施例中，聚类分析方法包括构建连通性模型、子空间模型、分布模型、密度模型或质心模型和/或使用社区检测算法，例如louvain、bron-kerbosch、girvan-newman、clauset-newman-moore、pons-latapy和wakita-tsurumi算法(图2，2010)。在一个实施例中，聚类分析方法是基于模块化优化的启发式方法。在另一个实施方案中，聚类分析方法是louvain方法(参见，例如，blondel等，(2008)fastunfoldingofcommunitiesinlargenetworks.journalofstatisticalmechanics:theoryandexperiment第2008卷描述的方法，出于所有目的通过引用整体并入本文)。在另一实施例中，网络分析包括通过链路挖掘和预测、集体分类、基于链路的聚类、关系相似性或其组合的网络的预测建模。在另一个实施例中，网络分析包括基于微分方程的群体建模。在另一个实施例中，网络分析包括lotka-volterra建模。在一个实施方案中，将一种或多种活性微生物菌株与样品中的环境参数(例如，确定共现)相关联包括产生填充有表示环境参数和微生物菌株关联的连接的基质。在一个实施例中，编译在步骤2007获得的多个样本数据(例如，可以在每个时间点对应于单个样本的两个或更多个时间点收集的两个或更多个样本)。在进一步的实施方案中，每个样品中一种或多种微生物菌株中的每一种的细胞数量存储在关联矩阵中(在一些实施方案中，其可以是丰度矩阵)。在一个实施方案中，使用通过关联(例如，丰度)数据加权的规则挖掘方法，使用关联矩阵来识别特定时间点样品中活性微生物菌株之间的关联。在一个实施例中应用过滤器以移除不重要的规则。在一个实施方案中，一种或多种或两种或更多种活性微生物菌株的绝对丰度与一种或多种环境参数相关(图2，2008)，例如，通过共现确定性环境参数由用户根据待分析的并且不受本文所述方法的限制。环境参数可以是样品本身的参数，例如ph、温度、样品中蛋白质的量。或者，环境参数是影响微生物群落身份变化的参数(即，此处微生物群落的“识别”以微生物菌株的类型和/或群落中特定微生物菌株的数量为特征)，或受微生物群落的识别的变化影响。例如，在一个实施方案中，环境参数是动物的食物摄取。在一个实施方案中，环境参数是存在于同一样品中的微生物群落中的第二微生物菌株的存在、活性和/或丰度。在本文描述的一些实施例中，环境参数被称为元数据参数。元数据参数的其他实例包括但不限于来自获得样品的宿主的遗传信息(例如，dna突变信息)、样品ph、样品温度、特定蛋白质或mrna的表达、周围环境/生态系统的营养条件(例如，一种或多种营养物的水平和/或确认)、对疾病的易感性或抗性、疾病的发生或进展、样品对毒素的易感性或抗性、异生素化合物(药物)的效力、生物合成天然产物或其组合。例如，根据一个实施方案，根据图2(即2001-2007)的方法在多个样品上计算微生物菌株数变化。编辑一种或多种活性菌株随时间的菌株数变化(例如，根据步骤2006最初被鉴定为活性的一种或多种菌株)，并且注意到变化的方向性(即，负值表示减少，正值表示增加)。随时间的细胞数表示为网络，微生物菌株代表节点，丰度加权规则代表边缘。利用马尔可夫链和随机游走来确定节点之间的连接并定义集群。使用元数据过滤一个实施例中的集群，以便识别与期望的元数据相关联的集群(图2，2008)。在另一个实施方案中，通过整合细胞数量随时间的变化和目标簇中存在的菌株，根据重要性对微生物菌株进行排序，细胞数量的最高变化排名最高。网络分析在一个实施例中，网络和/或聚类分析方法用于测量网络内的一个或多个应变的连通性，其中网络是共享共同或类似环境参数的两个或更多个样本的集合。在一个实施例中，网络分析包括链接分析、模块性分析、稳健性度量、中介性度量、连通性度量、传递性度量、中心性度量或其组合。在另一实施例中，网络分析包括通过链路挖掘和预测、社交网络理论、集体分类、基于链路的聚类、关系相似性或其组合的网络的预测建模。在另一实施例中，网络分析包括基于微分方程的群体建模。在又一个实施例中，网络分析包括lotka-volterra建模。聚类分析方法包括建立连通性模型、子空间模型、分布模型、密度模型或质心模型。例如，基于网络和集群的分析，以执行图2的方法步骤2008，可以通过模块进行。如这里所使用的，组件和/或模块可以是例如任何组件、指令和/或一组可操作地耦合的电子组件，并且可以包括例如存储器、处理器、电迹线、光学连接器、软件(在硬件中执行)和/或类似物。牛病原体抗性和清除在一些方面，本公开内容涉及向肉牛施用一种或多种本文所述的微生物组合物以清除胃肠道的病原微生物。在一些实施方案中，本公开进一步涉及施用本文所述的微生物组合物以防止胃肠道中病原微生物的定植。在一些实施方案中，本文所述的微生物组合物的施用进一步清除来自肉牛的体表和呼吸道的病原体，和/或防止病原体在外皮和呼吸道中的定植。在一些实施方案中，本文所述的微生物组合物的施用减少肠道肠渗漏、组胺水平、脂多糖(lps)的产生、炎症、酮病、蹄叶炎、呼吸道和代谢性酸中毒、瘤胃酸中毒、瘤胃臌气、皱胃发育不良、肝脓肿和/或肝脏疾病的发病率。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含存在于肉牛胃肠道中的一种或多种微生物，其相对丰度小于15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、或0.01％。在一些实施方案中，在施用本公开的微生物组合物之后，一种或多种微生物以至少0.5％、1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、或95％的相对丰度存在于肉牛的胃肠道中。肉牛的病原微生物包括：产气荚膜梭菌、肉毒杆菌、沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、肠沙门氏菌、鸡白痢沙门氏菌、猪红斑狼疮、空肠弯曲杆菌、大肠弯曲杆菌、弯曲杆菌、单核细胞增生李斯特菌、无乳链球菌、停乳链球菌、棒状杆菌、支原体属、肠杆菌属、肠杆菌属、铜绿假单胞菌、巴斯德菌属、芽孢杆菌属、蜡状芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、乳房链球菌、金黄色葡萄球菌，以及大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、多杀巴斯德菌、溶血曼氏菌、睡眠嗜组织菌、牛支原体和曲霉菌的肠致病性、肠道侵袭性或肠出血性致病菌株。在一些实施方案中，病原微生物包括病毒病原体。在一些实施方案中，致病微生物对肉牛和人都是致病的。在一些实施方案中，致病微生物对肉牛或人类具有致病性。在一些实施方案中，向肉牛施用本公开的组合物调节胃肠微生物组的组成，使得施用的微生物胜过胃肠道中存在的微生物病原体。在一些实施方案中，向含有微生物病原体的肉牛施用本公开的组合物超过病原体并清除病原体的肉牛。在一些实施方案中，本公开内容的组合物的施用刺激宿主免疫，并有助于清除微生物病原体。在一些实施方案中，本公开的组合物的施用引入产生抑菌和/或杀菌组分的微生物，其减少或清除微生物病原体的肉牛(美国专利8,345,010)。在一些实施方案中，在施用一种或多种本公开的组合物后，用微生物定植者或微生物病原体挑战肉牛防止微生物定植者或微生物病原体生长至相对丰度大于15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、或0.01％。在进一步的实施方案中，在施用一种或多种本公开的组合物后，用微生物定植者或微生物病原体挑战肉牛防止微生物定植者或微生物病原体定植肉牛。在一些实施方案中，微生物定植者或微生物病原体的清除发生在施用一种或多种本公开的组合物后的少于25天、少于24天、少于23天、少于22天、少于21天、少于20天、少于19天、少于18天、少于17天、少于16天、少于15天、少于14天、少于13天、少于12天、少于11天、少于10天、少于9天、少于8天、少于7天、少于6天、少于5天、少于4天、少于3天、或少于2天。在一些实施方案中，微生物定植者或微生物病原体的清除发生在施用一种或多种本公开的组合物后的1-30天、1-25天、1-20天、1-15天、1-10天、1-5天、5-30天、5-25天、5-20天、5-15天、5-10天、10-30天、10-25天、10-20天、10-15天、15-30天、15-25天、15-20天、20-30天、20-25天、或25-30天。改善的性状瘤胃是专门用于消化反刍动物饲料成分的胃。在瘤胃中栖息多种微生物群体，其主要功能围绕将纤维和非纤维碳水化合物组分转化为可用的能量和蛋白质来源(图3)。特别地，纤维素形成高达40％的植物生物量并且被哺乳动物认为是不可消化的。它还与其他结构碳水化合物紧密相关，包括半纤维素、果胶和木质素。瘤胃中的纤维素分解微生物利用广泛的酶活性，以便将这些分子分解成单糖和挥发性脂肪酸。这种酶活性对于从饲料中提取能量至关重要，并且更有效的降解最终为动物提供更多能量。在饲料的非纤维部分中发现的可溶性糖也发酵成气体和挥发性脂肪酸，例如丁酸盐、丙酸盐和乙酸盐。消化饲料的纤维和非纤维成分所产生的挥发性脂肪酸最终成为反刍动物的主要能量来源。在一些方面，本公开内容涉及通过调节体重、肌肉组织、消化化学、饲料利用和消化率、粪便输出、预防定植等方面来对肉牛施用本文所述的微生物组合物以改善一种或多种性状。病原微生物的清除和病原微生物的清除。在一些实施方案中，所述至少一种改善的性状选自：增加体重；肌肉组织增加；胃肠道中脂肪酸浓度增加；胃肠道中脂肪酸产量的增加；瘤胃中脂肪酸浓度增加；瘤胃中乳酸浓度降低；提高饲料利用率和消化率；提高饲料效率；平均每日体重增加；最终体重增加；改善干物质摄入量；多糖和木质素降解增加；增加脂肪、淀粉和/或蛋白质消化；瘤胃中脂肪酸浓度增加；瘤胃ph值平衡，维生素可用增加；矿物质可用性增加；氨基酸的可用性增加；增加牛奶产量，减少甲烷和/或氧化亚氮排放量；减少粪便产量；提高氮利用效率；提高磷利用效率；对定植牛的病原微生物的定植抗性增加；降低死亡率；增加抗菌药物的产量；增加病原微生物的清除率；增加对定植牛的病原微生物定植的抵抗力；增加对感染人类的病原微生物定植的抵抗力；及其任何组合；减少酸中毒或瘤胃臌气的发病率和/或患病率；减少皱胃发育不良的发生率；降低体温；降低瘤胃中二氧化碳浓度(溶解或其他)；增加co2固定；减少微生物产甲烷种群；增加co2固定微生物；增加瘤胃中b族维生素的浓度；哺乳动物和/或微生物合成维生素的增加；减少瘤胃中微生物组的α多样性；减少组胺和lps的产生；减少肠漏症和胃肠道内层的渗透性；减少呼吸和代谢性酸中毒；减少蹄叶炎；酮症减少；减少肝病和/或肝脓肿的发病率；降低瘤胃中的乳酸浓度；增加瘤胃中乳酸的降解；增加微生物乳酸盐降解种群；其中所述增加或减少是通过与未施用所述组合物的动物进行比较来确定的。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，[co2](溶解的或其他)减少至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，瘤胃中的[co2](溶解的或其他)减少至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，瘤胃ph增加至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，瘤胃ph的缓冲容量具有至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％的增加。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，[碳酸]减少至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，瘤胃中的[碳酸]减少至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，粪便产量减少至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，粪便产量减少小于0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，肝病或肝脓肿的发病率降低至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，瘤胃臌气的发生率降低至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，一种或多种挥发性脂肪酸的合成增加至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，动物的最终体重增加0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，动物的体重增加率增加至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，相对于未施用本公开组合物的动物，动物中脂多糖的产生减少至少0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施方案中，期望提高动物饲料的效率和消化率。在一些实施方案中，期望增加木质纤维素组分从动物饲料中的降解。木质纤维素组分包括木质素，纤维素和半纤维素。在一些实施方案中，期望增加胃肠道中脂肪酸的浓度。脂肪酸包括乙酸、丙酸和丁酸。在一些实施方案中，期望维持胃肠道中的ph平衡以防止有益微生物组合物的破坏。在一些实施方案中，期望减少肉牛产生的甲烷和粪肥的量。在一些实施方案中，期望产生的总粪肥量的减少。在进一步的实施方案中，期望产生的总粪肥中磷和/或氮的总量减少。在一些实施方案中，期望改善干物质摄入。在一些实施方案中，期望改善采食量。在一些实施方案中，期望提高由肉牛摄取的饲料和/或干物质的氮利用效率。在一些实施方案中，本公开的改善性状是施用本公开的微生物组合物的结果。据认为，微生物组合物调节肉牛的微生物组，使得瘤胃的生物化学改变，使得胃肠液体和固体基质比没有施用本公开的微生物组合物的肉牛的胃肠道更有效和更完全地降解成亚组分和代谢物。在一些实施方案中，效率的增加和胃肠基质的降解的增加导致本公开的改善的性状的增加。在一些实施方案中，本公开的一种或多种组合物的施用导致谷物密集和/或能量密集型饮食的改善的饲料效率。在一些实施方案中，改进的饲料效率测量为粪便量/体积的减少，同时保持或增加饲料的摄入量。在进一步的实施方案中，谷物密集型饮食是含有100％、99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％、90％、89％、88％、87％、86％、85％、84％、83％、82％、81％、80％、79％、78％、77％、76％、75％、74％、73％、72％、71％、70％、69％、68％、67％、65％、64％、63％、62％、61％、60％、59％、58％、57％、56％、55％、54％、53％、52％、51％、50％、49％、48％、47％、46％、45％、44％、43％、42％、41％、或40％谷物的饮食。在一些实施方案中，在存在或不存在抗生素剂的情况下，施用本公开的一种或多种组合物导致改善的饲料效率。在一些实施方案中，与未施用一种或多种组合物的反刍动物相比，施用本公开的一种或多种组合物导致反刍动物的平均日增重增加。在一些实施方案中，与未施用一种或多种组合物的反刍动物相比，施用本公开的一种或多种组合物导致反刍动物的干物质摄入增加。在一些实施方案中，与未施用一种或多种组合物的反刍动物相比，施用本公开的一种或多种组合物导致反刍动物中酸中毒或瘤胃臌气的发生率和/或流行率降低。在一些实施方案中，与未施用一种或多种组合物的反刍动物相比，施用本公开的一种或多种组合物导致反刍动物体温降低。在进一步的实施方案中，温度降低0.2°f、至少0.4°f、至少0.6°f、至少0.8°f、至少1°f、至少1.2°f、至少1.4°f、至少1.6°f、至少1.8°f、至少2°f、至少2.2°f、至少2.4°f、至少2.6°f、至少2.8°f、至少3°f、至少3.2°f、至少3.4°f、至少3.6°f、至少3.8°f、至少4°f、至少4.2°f、至少4.4°f、至少4.6°f、至少4.8°f、至少5°f、至少5.2°f、至少5.4°f、至少5.6°f、至少5.8°f、或至少6°f。在进一步的实施方案中，温度降低约0.2°f、约0.4°f、约0.6°f、约0.8°f、约1°f、约1.2°f、约1.4°f、约1.6°f、约1.8°f、约2°f、约2.2°f、约2.4°f、约2.6°f、约2.8°f、约3°f、约3.2°f、约3.4°f、约3.6°f、约3.8°f、约4°f、约4.2°f、约4.4°f、约4.6°f、约4.8°f、约5°f、约5.2°f、约5.4°f、约5.6°f、约5.8°f、或约6°f。在一些实施方案中，施用本公开的一种或多种组合物导致所得牛肉的质量等级增加，该等级如usda牛肉质量和产量等级所述。在进一步的实施方案中，与未施用一种或多种组合物的牛肉相比，质量等级的增加是usdaprime、usdachoice或usdaselect质量等级的增加或提升。在一些实施方案中，质量等级的增加是标记为usdaprime、usdachoice或usdaselect的每头反刍动物的肉的量的增加。在一些实施方案中，本公开的一种或多种组合物的施用导致所得反刍动物的肉中的大理石花纹(肌内脂肪)的量增加。在进一步的实施方案中，与未施用一种或多种组合物的反刍动物的肉相比，大理石花纹量的增加是大理石花纹等级增加至prime+、prime°、prime-、choice+、choice°、choice-、select+、select-、standard+、standard°、standard-。在一些实施方案中，施用本公开的一种或多种组合物导致从反刍动物所得肉的红色增加或减少。在一些实施方案中，肉的红色增加指与未施用一种或多种组合物的肉相比增加至浅樱桃红色至略微暗红色、中度浅红色至中度暗红色、中度暗红色至暗红色、暗红色至深红色。在一些实施方案中，肉的红色减少是指与未施用一种或多种组合物的肉相比减少至浅樱桃红、浅樱桃红至略微暗红色、中等浅红色到中等深红色、或中度暗红色到深红色。在一些实施方案中，本公开的一种或多种组合物的施用导致来自反刍动物的所得肉的质地的增加或减少。在一些实施方案中，与未施用一种或多种组合物的肉相比，质地的减少从粗到略粗、中等细度、细或非常细。在一些实施方案中，质地的增加是非常细的、细的、中等细的、略微粗的或粗的。在一些实施方案中，本公开的一种或多种组合物的施用导致以下挥发性组分的浓度和/或量的增加或减少，已知所述挥发性组分调节由反刍动物产生的肉的风味和/或香气：戊醛、己醛、庚烷、壬醛、甲硫氨酸、12-甲基十三烷醛、壬-2(e)-烯醛、癸-2(e),4(e)-二烯、丁酸、己酸、δ-非内酯、癸烷-2-酮、3-羟基-2-丁酮、2,3-辛二酮、1-辛烯-3-醇、2-戊基呋喃、2-甲基-3-[甲硫基]呋喃、4-羟基-5-甲基-3(2h)-呋喃酮(hmf)、甲基吡嗪、2,5-二甲基吡嗪、甲基吡嗪、2,6-二甲基吡嗪、吡嗪、甘氨酸、丙氨酸、赖氨酸、半胱氨酸、蛋氨酸、谷氨酰胺、琥珀酸、乳酸、肌苷酸、正磷酸酸、吡咯烷酮羧酸、葡萄糖、果糖、核糖、天冬氨酸、组氨酸、天冬酰胺、吡咯烷酮羧基、肌肽、鹅肌肽、次黄嘌呤、精氨酸、亮氨酸、色氨酸、谷氨酸单钠(msg)、肌苷一磷酸(imp)、鸟苷一磷酸(gmp)、二(2-甲基-3-呋喃基)二硫化物和2-甲基-3-富马酸。在一些实施方案中，相对于未施用一种或多种本发明的微生物组合物的动物，本公开的任何一种或多种性状的增加是约0.1％、约0.2％、约0.3％、约0.4％、约0.5％、约0.6％、约0.7％、约0.8％、约0.9％、约1％、约2％、约3％、约4％、约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约16％、约17％、约18％、约19％、约20％、约21％、约22％、约23％、约24％、约25％、约26％、约27％、约28％、约29％、约30％、约31％、约32％、约33％、约34％、约35％、约36％、约37％、约38％、约39％、约40％、约41％、约42％、约43％、约44％、约45％、约46％、约47％、约48％、约49％、约50％、约51％、约52％、约53％、约54％、约55％、约56％、约57％、约58％、约59％、约60％、约61％、约62％、约63％、约64％、约65％、约66％、约67％、约68％、约69％、约70％、约71％、约72％、约73％、约74％、约75％、约76％、约77％、约78％、约79％、约80％、约81％、约82％、约83％、约84％、约85％、约86％、约87％、约88％、约89％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％、或约100％。在一些实施方案中，相对于未施用一种或多种本发明的微生物组合物的动物，本公开的任何一种或多种性状的增加是至少0.1％、至少0.2％、至少0.3％、至少0.4％、至少0.5％、至少0.6％、至少0.7％、至少0.8％、至少0.9％、至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％、至少20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或至少100％。在一些实施方案中，相对于未施用一种或多种本发明的微生物组合物的动物，本公开的任何一种或多种性状的降低是约0.1％、约0.2％、约0.3％、约0.4％、约0.5％、约0.6％、约0.7％、约0.8％、约0.9％、约1％、约2％、约3％、约4％、约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约16％、约17％、约18％、约19％、约20％、约21％、约22％、约23％、约24％、约25％、约26％、约27％、约28％、约29％、约30％、约31％、约32％、约33％、约34％、约35％、约36％、约37％、约38％、约39％、约40％、约41％、约42％、约43％、约44％、约45％、约46％、约47％、约48％、约49％、约50％、约51％、约52％、约53％、约54％、约55％、约56％、约57％、约58％、约59％、约60％、约61％、约62％、约63％、约64％、约65％、约66％、约67％、约68％、约69％、约70％、约71％、约72％、约73％、约74％、约75％、约76％、约77％、约78％、约79％、约80％、约81％、约82％、约83％、约84％、约85％、约86％、约87％、约88％、约89％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％、或约100％。在一些实施方案中，相对于未施用一种或多种本发明的微生物组合物的动物，本公开的任何一种或多种性状的降低是至少0.1％、至少0.2％、至少0.3％、至少0.4％、至少0.5％、至少0.6％、至少0.7％、至少0.8％、至少0.9％、至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％、至少20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或至少100％。网络分析在一个实施例中，网络和/或聚类分析方法用于测量网络内的一个或多个应变的连通性，其中网络是共享共同或类似环境参数的两个或更多个样本的集合。在一个实施例中，网络分析包括链接分析、模块性分析、稳健性度量、中介性度量、连通性度量、传递性度量、中心性度量或其组合。在另一实施例中，网络分析包括通过链路挖掘和预测、社交网络理论、集体分类、基于链路的聚类、关系相似性或其组合的网络的预测建模。在另一实施例中，网络分析包括互信息、最大信息系数(mic)计算或变量之间的其他非参数方法以建立连接。在另一实施例中，网络分析包括基于微分方程的群体建模。在又一个实施例中，网络分析包括lotka-volterra建模。环境参数可以是样品本身的参数，例如ph、温度、样品中蛋白质的量。或者，环境参数是影响微生物群落身份变化的参数(即，微生物群落的“身份”以微生物菌株的类型和/或群落中特定微生物菌株的数量为特征)，或受微生物群落身份变化的影响。例如，在一个实施方案中，环境参数是动物的食物摄取。在一个实施方案中，环境参数是存在于同一样品中的微生物群落中的第二微生物菌株的存在、活性和/或丰度。在一些实施例中，环境参数被称为元数据参数。元数据参数的其他实例包括但不限于来自获得样品的宿主的遗传信息(例如，dna突变信息)、样品ph、样品温度、特定蛋白质或mrna的表达、营养条件(例如，周围环境/生态系统的一种或多种营养的水平和/或确定)、对疾病的易感性或抗性、疾病的发生或进展、样品对毒素的易感性或抗性、异生素化合物(药物)的效力、天然的生物合成产品或其组合。诊断在一些实施方案中，从反刍动物收集样品(血清、粪便、瘤胃、组织、血液等)。在一些实施方案中，测定样品中一种或多种化学物质的存在和/或数量。在一些实施方案中，一种或多种化学物质的存在或不存在是本公开中描述的期望性状的诊断。在一些实施方案中，所述一种或多种化学物质可选自泛酸、高半胱氨酸、谷氨酰胺、肉碱、d-葡糖酸盐、次黄嘌呤、乳清酸盐、琥珀酸盐、甲基丙二酸盐、乌头酸盐、2-羟基-2-甲基琥珀酸盐、尿囊素、高半胱氨酸、同型半胱氨酸、柠檬酸盐、异柠檬酸和胞嘧啶。在一些实施方案中，血液或血清中的任何一种下列化学物质的增加大于0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2.0、2.1、2.2、2.3.2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3.0、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9或4.0倍的包含来自黄杆菌属的细菌的瘤胃细菌群落组合物的预测值。在一些实施方案中，血液或血清中泛酸的增加是包含较高比例的来自黄杆菌属的细菌的瘤胃细菌群落组合物的预测值的至少0.7倍。在一些实施方案中，与没有至少0.7倍的泛酸增加的动物相比，血液或血清中泛酸的至少0.7倍的增加是具有低残留饲料摄入量(rfi)的动物可预期的。在一些实施方案中，本公开内容涉及确定动物的rfi的方法。在一些实施方案中，该方法包括在第一时间点收集第一血液或血清样品并在第二时间点收集第二血液或血清样品，测定样品中血液或者血清中泛酸的存在和浓度，其中如果泛酸在第一样品和第二样品之间表现出至少0.7的倍数增加，则表明动物具有低rfi。实施例实施例i.确定肉牛的饲料效率该研究的目的是记录和量化饲喂育肥饮食的饲料效率。在至少15天的预测试调整期间，将总的50头阉牛调整为试验饮食。这个初始调整期使动物适应growsafe(4000e型，growsafesystemsltd.,airdrie,ab,加拿大)饲喂单位和测试日粮。如下所述，在接受高浓缩育肥饮食之前，将阉牛喂食加强饮食约21天。将rumensin以96mg/hd/d的速率添加到育肥饮食中。在第一阶段结束时，使用最少的50头阉牛进行为期60天的试验，使用growsafe进料系统确定rfi。将阉牛的剩余饲料摄入量排在一起，将动物分为三组，分类为低rfi(高效)、中rfi或高rfi(低效)。从该分类中，选择低和高rfi阉牛用于进一步研究。表10：由粗蛋白(cp)、总可消化营养素(tdn)和干物质(dm)定义的育肥饮食。cp(％)tdn(％)％的饮食(dm)玉米9.0087.6075.00高粱苏丹干草8.3354.0015.0044％的cp补充44.0073.0010.00-总膳食营养成分：12.4％cp,81.1％tdn。以96mg/hd/d的速率添加rumensin。实施例ii.不同rfi中阉牛的微生物群落的表征在整个60试验期的第1天和每周，通过食道管收集瘤胃内容物样品。通过使管穿过放置在口中的frick扩张器并且操纵橡胶球在管到达瘤胃时提供吸力以收集三份瘤胃样品，当阉牛在槽中时，收集瘤胃内容物。第一份样品由20毫升瘤胃内容物组成。第二份样品由被加入预装有稳定化溶液的15毫升锥形管中并在4℃后立即储存的瘤胃内容物组成。锥形管用瘤胃内容物填满到顶部。第三个样品由被加入预装有终止溶液的锥形管中的20ml瘤胃内容物组成。将瘤胃内容物加入终止溶液后，通过反转数次将溶液混合，然后立即在4℃下储存。在样品收集的当天或之后，将样品2和3转移至冰上过夜。此外，在瘤胃内容物收集后直接收集多达10ml的静脉血。在瘤胃取样后立即使用电子ph计测量瘤胃ph。将子样品冷冻以停止微生物发酵并在-20℃下储存以用于随后的挥发性脂肪酸(乙酸盐，丙酸盐，丁酸盐，异丁酸盐和戊酸盐)分析。根据chaney和marbach(1962年)描述的比色技术分析氨-氮(nh3-n)(1962.clin.chem.8(2):130-132)。使用快速冷冻(液氮和在-80℃储存)和活瘤胃含量样品，在illuminamiseq测序平台(illumina,inc.，圣地亚哥，加利福尼亚州)上利用16srrna，16srdna和/或its序列的下一代测序确定细菌种类的丰度。在瘤胃取样时也测量每只动物的体重、干物质摄入量和平均日增重。实施例iii.牛中动态调节的饲料效率瘤胃微生物产生的代谢物释放到瘤胃腔中，可以通过瘤胃上皮细胞或下胃肠道的上皮细胞吸收(参见hungate.therumenanditsmicrobes,elsevier.1966)。瘤胃微生物负责产生反刍动物约70％的能量供应，包括生产有机酸如乙酸盐和丙酸盐。(参见seymour等，animalfeedsci.tech.2005.119:155-169)。产生这些代谢物的差异以及吸收速率和数量的变化可能导致反刍动物的营养利用和效率的差异，并且可能导致生理或表型变化。(参见huntington.reproductionnutritiondevelopment.1990.30:35-47；okine和mathison.journalofanimalscience.1991.69:3435-3445)。然而，很难区分内源性来源代谢物和微生物来源代谢物之间的许多代谢物的来源。尽管已经鉴定了瘤胃微生物组与宿主生理变化之间的关联，但尚未确定驱动这些变化的机制以及基础或关键物种是否导致饲料效率和其他表型的差异。(参见hungate.therumenmicrobialecosystem.annualreviewofecologyandsystematics.1975.39-66)。为了解决这些关键的知识缺口，利用微生物基因组学、代谢组学和生物信息学的组合来进一步定义饲料效率的变化，这由饲料残留量(rfi)的差异决定。通过利用生物信息学和机器学习来发现生理模式和鉴定微生物因子，可以促进瘤胃微生物组、宿主代谢组和宿主表型差异之间的复杂关联和网络的确定。该实施例检查了rfi、瘤胃微生物群落和血清代谢组之间的关系，以便鉴定牛肉/饲养场牛的饲料效率的潜在生物标志物。50只大约7个月大的断奶的阉牛被安置在田纳西州crossville的plateau研究和教育中心。在研究开始时动物体重为264±2.7kg，并且在试验开始前的14天内转变为背景饮食(11.57％粗蛋白和76.93％总可消化营养素，28mg莫能菌素/kg，基于干物质)。在适应期间，转向适应了growsafe系统。以7天的间隔测量体重(bw)，并使用growsafe系统测量每日采食量，进行70天饲料效率试验的长度。使用rfi确定饲料效率。(参见koch等，journalofanimalscience.1963.22:486-494)。在试验结束时，根据rfi对阉牛进行排名。低或高rfi分别被确定为低于或高于平均rfl的0.5sd。每周通过从尾椎静脉进行静脉穿刺，采样大约9ml血液移至血清分离管(corvac，kendallhealthcare，圣路易斯，密苏里)中。将血液样品在4℃下以2,000×g离心20分钟。将血清倒入5ml塑料培养管中并储存在-80℃下用于进一步分析将瘤胃样品以4,000rpm离心15min，并使用powerviralenvironmentalrna/dnaisolationkit(mobiolaboratories,inc.,卡尔斯巴德,加利福尼亚州,美国)分离核酸。扩增16srrna基因。(参见lane.16s/23srrnasequencing.nucleicacidtechniquesinbacterialsystematics.1991；muyzer等，appliedandenvironmentalmicrobiology.1993.59:695-700)。扩增后，用2％琼脂糖凝胶电泳验证pcr产物，并使用ampurexp珠(beckmancoulter，brea，加利福尼亚州，美国)纯化。根据标准方案，在miseq平台(illumina,圣地亚哥,加利福尼亚州,美国)上对纯化的扩增子文库进行定量和测序。(参见flores等，genomebiology.2014.15:531)。在miseq平台(illumina,圣地亚哥,加利福尼亚州,美国)上解复用(demultiplex)原始festq读数。将所有原始测序数据修剪成适配子序列，并使用trimgalore过滤phred33质量(参见krueger和galore，awrappertoolaroundcutadaptandfastqctoconsistentlyapplyqualityandadaptertrimmingtofastqfiles.2015)。使用rdp16srrna数据库对过滤的序列数据进行16s分类序列聚类和分类。(参见edgar.sintax:asimplenon-bayesiantaxonomyclassifierfor16sampliconreads.biorxiv.2016.074161；edgar和flyvbjerg.bioinformatics.2015.31:3476-3482；以及cole等，nucleicacidsresearch.2013.42:d633-d642)。如前所述，使用在乙腈：水：甲醇(2：2：1)中的0.1％甲酸提取来自每个阉牛的血清样品(50μl)用于代谢组学分析。(参见kamphorst等，analyticalchemistry.2011.83:9114-9122)。使用synergyhydro-rp柱(100×2mm，2.5μm粒径)分离代谢物。流动相由a：具有11mm三丁胺和15mm乙酸的97:3h2o:meoh，b：meoh组成。梯度由以下组成：0.0min，0％b；2.5min0％b；5.0min，20％b；7.5min，20％b；13min，55％b；15.5min，95％b；18.5min，95％b；19min，0％b，and25min，0％b。流速设定为恒定的0.200ml/min，柱温保持在25℃。将自动进样器托盘维持在4℃，并将10μl样品注入dionexultimate3000uplc系统(thermofisherscientific，waltham，马塞诸塞州)。使用已建立的方法，利用电喷雾电离将样品引入exactiveplusorbitrapms(thermofisherscientific，waltham，马塞诸塞州)。(参见kamphorst等，analyticalchemistry.2011.83:9114-9122；以及lu等，analyticalchemistry.2010.82:3212-3221)。使用proteowizard将从xcaliburms软件(thermoelectroncorp.，waltham，马塞诸塞州)获得的原始文件转换为mzml格式。(参见chambers等，naturebiotechnology.2012.30:918)。转换后的文件被导入maven(用于lc-ms数据的代谢组学分析和可视化引擎)软件包。(参见clasquin等，currentprotocolsinbioinformatics.2012.14.11.1-14.11.23)。在maven中挑选已知代谢物的峰，其自动执行非线性保留时间校正并计算样品的峰面积，使用±20ppm的初步质量误差和5分钟的保留时间窗。utk生物和小分子质谱核心(bsmmsc)已经重复并扩展了rabinowitz及同事的方法，并且使用取自msi谱的263保留时间精确m/z对的文库进行最终代谢物注释。(参见lu等，analyticalchemistry.2010.82:3212-3221)。之前使用纯标准验证注释参数作为建立方法的一部分。对于代谢物注释为已知化合物，洗脱峰必须在预期保留时间的两分钟内找到，并且代谢物质量必须在预期值的±5ppm。使用maven软件包确认代谢物身份，并使用xcaliburms软件(thermofisherscientific，waltham，马塞诸塞州)的quanbrowser功能整合每种化合物的峰面积。下游分析在python中进行。在bray-curtis距离上进行pcoa，并通过相似性分析(anosim)评估统计学显著性。(参见clarke.australecology.1993.18:117-143)。以优势度(dominance)和单例模式(singletons)测量α多样性。(参见hammeretalpalaeontolelectronica。2001.4:1-9).基于回归的分析通过普通最小二乘(ols)回归进行。(参见hammer等，palaeontolelectronica.2001.4:1-9)。通过随机森林对已完成的数据进行特征选择和监督机器学习。(参见breiman.machinelearning.2001.45:5-32)。使用sas9.4(sasinstitute，cary，北卡罗来纳州)评估α多样性的其他量度(包括平均度(equitability)、simpson均匀度e、shannon多样性指数和观测otu)的正常性。发现所有变量均遵循非正态分布，并使用wilcoxon秩和以及kruskalwallis检验进行分析。α多样性通过单例模式、平均度、simpson均匀度、观测out、good覆盖、chao1和shannon多样性指数来衡量。除了单例模式的数量之外，在研究结束时，低rfi和高rfi阉牛之间的多样性度量没有差异。其他α多样性指标在高rfi和低rfi阉牛之间没有差异，包括平均度(p＝0.24)，simpson均匀度(p＝0.19)，观测otu(p＝0.78)，good覆盖(p＝0.14)，chao1(p＝0.78)，以及shannon多样性指数(p＝0.07)。瘤胃细菌群落的系统发育多样性也随着时间的推移而发生，产生两个不同的群落(图10a和图10b)。鉴定了总共109种已知代谢物。残留饲料摄取在第10周预测血清代谢组学特征和瘤胃微生物群落特征(图11a和图11b)。葡萄糖-1-磷酸(p＝0.03；图12)和葡萄糖-6-磷酸(p＝0.02；图12)在低rfi和高rfi阉牛之间不同。几种其他血清代谢物预测瘤胃细菌群落结构，包括泛酸盐、乌头酸盐、琥珀酸盐、2-羟基-2-甲基琥珀酸盐、尿囊素、高半胱氨酸、柠檬酸盐/异柠檬酸盐和胞嘧啶(图13)。血清泛酸盐丰度是瘤胃细菌群落组成的最大预测因子，并且还发现低rfi和高rfi阉牛之间存在显著差异(p＝0.04；图13；图14a)。除了血清泛酸盐丰度作为瘤胃细菌群落组成的预测因子外，泛酸盐丰度还与一类瘤胃细菌黄杆菌纲有关。黄杆菌纲可预测血清中泛酸盐丰度。平均黄杆菌纲丰度在具有低的和高的泛酸盐丰度的阉牛之间存在差异(p＝0.04；图14b)。虽然瘤胃细菌中的一些单例模式在低rfi和高rfi阉牛之间存在差异，但其他多样性的α多样性测量没有差异。本研究中提供的数据表明，α多样性可能不是生长中的牛肉阉牛中稳定微生物群落中饲料效率表型的重要因素。葡萄糖-1-磷酸和葡萄糖-6-磷酸都是磷酸戊糖途径的中间代谢产物，其中g6p经历几个酶促反应以产生nadph，并且在涉及脂肪酸和类固醇产生的途径中最常见。(参见cori等，journalofbiologicalchemistry.1939.129:629-639)。作为磷酸戊糖途径的第一种酶的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶是该途径的限速酶(参见laliotis等，comparativebiochemistryandphysiologypartb:biochemistryandmolecularbiology.2007.147:627-634)，估计提供在反刍动物中进行脂肪酸合成所需的50至80％的nadph。(参见vernon.lipidmetabolisminruminantanimals,pergamon.1981.p.279-362；以及belk等，journalofanimalscience.1993.71:1796-1804)。在效率较低的动物中g6p和g1p的累积可表明磷酸戊糖途径的酶活性或效率较低，这会降低nadph浓度，导致较少的脂肪积累。血清中的g1p和g6p都可能作为饲料效率的生物标志物，因为增加的浓度都与降低的饲料效率相关。瘤胃微生物组为宿主动物产生几种重要的营养素，包括作为生成葡萄糖的前体的有机酸，以及蛋白质和维生素。(参见hungate.therumenanditsmicrobes.elsevier.1966)。瘤胃微生物群产生的营养物质是泛酸盐。泛酸盐在反刍动物和其他物种的脂肪酸代谢中起重要作用。(参见smith等，metabolism.1987.36:115-121；palanker.journaloflipidresearch.2016.57:380-387)。在该实施例中，泛酸盐不仅与更高的饲料效率相关，而且还预测瘤胃细菌群落组成泛酸盐是辅酶a(coa)的关键组分，其是在反刍动物的中间代谢中发挥多种功能所必需的。(参见ragaller等，journalofanimalphysiologyandanimalnutrition.2011.95:6-16)。即，coa负责将脂肪酸组分转移到线粒体中和从线粒体中转移出来。(参见ball.vitaminsinfoods.analysis,bioavailability,andstability.bocaraton:crcpress.2006)。泛酸盐由瘤胃中的几种细菌产生，然后可以释放到瘤胃腔中以被宿主动物吸收。在瘤胃中可以产生泛酸的一类细菌是黄杆菌纲。在该实施例中发现，更大的黄杆菌纲丰度与更多的泛酸盐丰度相关，并且黄杆菌纲丰度预测泛酸盐的量，支持更有效的阉牛可能具有更大的黄杆菌纲丰度，其可能导致泛酸盐的丰度增加。与g1p和g6p一样，泛酸盐可通过血清鉴定；然而，尽管g1p和g6p可以作为较低饲料效率的指标，但泛酸盐可以表明更高的饲料效率。泛酸和黄杆菌纲之间的关系不仅可以提供关于饲料效率的一些变化的机制的见解，而且还分别用作血清和瘤胃中的生物化学和微生物生物标志物。这些生物标记物可以使生产者识别和选择饲料效率更高的动物。预测牛的效率表型的代谢物和微生物不仅是部分解释饲料效率差异的必要条件，而且也是选择与有效动物相关的微生物群落的必要条件。这些见解还可以导致选择最佳瘤胃微生物组的能力。该实施例鉴定了潜在的微生物和生物化学生物标志物，其用于确定阉牛饲料效率的极限。虽然，确定了g1p和g6p之间的显著相关性和饲料效率，通过血清泛酸来确定瘤胃及其微生物组(特别是黄杆菌纲)的功能能力，提供了使用血清生物化学作为鉴定高饲料效率的牛的指标的潜力。另外，尽管尚未确定瘤胃微生物组影响宿主、或宿主影响瘤胃微生物组的程度，但本实施例确定了可能影响或预测微生物群落结构的几个关键生理因素(例如，rfi)，或预测rfi(即血清代谢组和瘤胃微生物群落)。实施例iv牛中动态调节饲料效率大多数旨在确定微生物组对牛产量的影响或牛产量对瘤胃微生物组的影响的研究已经通过检查短期、终点取样或单个时期的样品收集来进行。这些单点分析已经提供瘤胃微生物组对畜牧生产影响的宝贵见解，但可能会混淆对研究结果和结论的解释。动物之间瘤胃微生物群的变异是相当大的(参见ross等，2012.bmcgenetics13(1):53；以及myer等，2015.plosone10(6):e0129174)，终点样本可能不能令人满意地充分定义人口中的现有状态。研究检查牛营养管腔微生物组常规依赖于饮食或饮食转换的差异，其中该研究长度由传统的营养参数和历史数据定义，未考虑微生物对研究比例的适应性。这种扰动后的瘤胃微生物时间稳定性尚未确定。因此，当不考虑时间变化和稳定性时，实验前的饮食驯化、实验期间的饮食再适应、以及牛肠道微生物组研究中的其他饮食变化可能会混淆微生物特征。当确定肠道微生物组与牛营养之间的关系时，这些变异模式可能具有重要意义。获得了50头大约七个月大的阉牛。在试验开始时，阉牛重264±2.7千克。这些阉牛在冷季草上放牧，直到被转移到growsafe系统持续14天适应期。在14天适应期间将动物置于提升饮食中并且以28mg莫能菌素/kgdm转变为生长饮食(11.57％粗蛋白和基于干物质的总可消化营养物76.93％)。在适应期后进行70d饲料效率试验。每周收集通过滑槽刻度的体重(bw)、通过胃管的瘤胃液样品和通过尾椎静脉穿刺的血液样品。(参见krysl和hess.1993.journalofanimalscience71(9):2546-2555)。将约100ml瘤胃内容物转移至50ml锥形管中，测定瘤胃内容物ph，并将样品储存在-80℃。在整个70d饲料效率试验中，通过growsafe系统持续监测采食量。将瘤胃样品以4,000rpm离心15分钟，使用powerviralenvironmentalrna/dnaisolationkit(mobiolaboratories,inc.,carlsbad,加利福尼亚州，美国)分离。扩增16srrna基因用于illumina测序。扩增后，用标准琼脂糖凝胶电泳验证pcr产物，并使用ampurexp珠(beckmancoulter，brea，加利福尼亚州，美国)纯化。根据标准方案(flores，caporaso等人，2014)，在miseq平台(illumina,sandiego,加利福尼亚州，美国)上对纯化的扩增子文库进行定量和测序。原始fastq读取在miseq平台(illumina,sandiego,加利福尼亚州，美国)上解复用。将所有原始测序数据修剪成适配子序列，并使用trimgalore过滤phred33质量(参见krueger和galore.awrappertoolaroundcutadaptandfastqctoconsistentlyapplyqualityandadaptertrimmingtofastqfiles.2015)。使用rdp16srrna数据库对过滤的测序数据进行16s分类序列聚类和分类。(参见edgar.sintax:asimplenon-bayesiantaxonomyclassifierfor16sampliconreads.biorxiv.2016.074161；edgar和flyvbjerg.bioinformatics.2015.31:3476-3482；以及cole等，nucleicacidsresearch.2013.42:d633-d642)。在python中进行下游分析。在bray-curtis距离上进行pcoa，并通过相似性分析(anosim)评估统计学显著性。(参见clarke.australecology.1993.18:117-143)。以优势度(dominance)和单例模式(singletons)测量α多样性。(参见hammer等，palaeontolelectronica.2001.4:1-9)。基于回归的分析通过普通最小二乘(ols)回归进行。(参见shi等，theannalsofappliedstatistics.2016.10:1019-1040)。通过随机森林对已完成的数据进行特征选择和监督机器学习。(参见breiman.machinelearning.2001.45:5-32)。使用procunivariate命令(sasinstitute，cary，北卡罗来纳州)，使用sas9.4评估α多样性的其他量度(包括平均度(equitability)、simpson均匀度e、shannon多样性指数和观测otu)的正常性。使用平均度、simpson均匀度、shannon多样性指数和观测out来测量α多样性。还测量了good覆盖，以确保每周对otu进行令人满意的覆盖。shannon多样性指数在试验开始时最大(4.66±0.32)，但在试验结束时整体下降(3.61±0.14；p<0.0001)。与最后一周相比，观察到的otu在第一周(160.14±12.83)也更大(57.9±2.5；p<0.0001)。试验第1周的公平性最大(0.66±0.03)，在整个试验期间波动，但在第10周时较低(0.61±0.02；p<0.0001)。虽然与丰富度相关的几个指标从第1周到第10周增加，但总体均匀度波动很大(p<0.0001)，但在试验结束时(0.12±0.02)与试验的第一周(0.13±0.01)在数值上相似。与第1周相比，在第5周观察到更大的系统发育多样性，但是通过空间共聚类的证据在第10周下降。瘤胃微生物群落在一周开始转变并在第10周达到稳定。在转移到最终的微生物群落期间，确定了三个目显著变化，包括巴斯德菌目、气单胞菌目和拟杆菌目。最终细菌群落组成的转变开始在第4周发生(图4)。几种生理因素可预测瘤胃微生物群落。在第5周瘤胃ph与α多样性(p＝0.005；图4)相关并且在第10周预测瘤胃微生物群落特征(图25)。在试验开始时，瘤胃细菌群落的多样性最大，然后是对生长饮食的场标准两周适应期，并且在整个试验的大部分时间内变化很大。在适应期后10周，试验结束时瘤胃细菌群落多样性最低。在适应期后的试验开始时，瘤胃细菌多样性最大，但在10周达到稳定。从主要以饲料为主的饮食向含有浓缩物的饮食过渡导致细菌类群因基质类型的变化而发生变化(参见tajima等，2001.appliedandenvironmentalmicrobiology67(6):2766-2774)。微生物养分有效性的这些差异可能导致微生物群落失调状态，因为细菌群体竞争营养源，发生功能冗余(functionalredundancy)增加，瘤胃的物理环境如ph值发生变化(参见whittaker.1972.taxon21(2/3):213-251)。饮食转变、适应期和淘汰期通常被纳入营养研究，包括那些涉及瘤胃微生物组适应的研究和洗脱期，历史上从几天到四周不等，以前的研究表明这是足够的驯化时间，如(参见brown等，2006.journalofanimalscience84(13增刊):e25-e33)所综述的，并得到近期营养微生物研究的支持(参见anderson等，2016.journalofappliedmicrobiology120(3):588-599)。然而，在这项研究中，瘤胃微生物群落需要大约十周的时间来稳定，这个时间段比传统上用于适应或淘汰期的时间长得多。虽然牛可能在两周内体内适应饲料，但这项研究的结果表明瘤胃微生物组需要额外的时间来稳定。在这项研究的第4周，三个目似乎推动了向稳定的细菌群落组成的转变，包括气单胞菌目、巴斯德菌目和拟杆菌目。这些目中的两个，气单胞菌目和巴斯德菌目，属于变形菌门，而拟杆菌目于拟杆菌门。在主要以饲料饮食为主的牛中，变形菌门和拟杆菌门通常是瘤胃中发现的三种最常见的细菌门中的两种，但是属于厚壁菌门的细菌经常被发现是瘤胃中最丰富的，其次是牛的拟杆菌门和变形菌门。然而，随着牛过渡以包含更易于发酵的饲料，拟杆菌门成为主要的门。鉴于它们在瘤胃中的功能，这些目丰度的变化也提供了其他的观点。在第4周，气单胞菌目的相对丰度急剧下降，而拟杆菌目和巴斯德菌目在第4周均增加。一些属于气单胞菌目的瘤胃微生物，包括瘤胃杆菌属和琥珀酸弧菌属，本质上是纤维溶解性的并与高纤维饮食一起发现，这可能导致这些微生物的丰度减少，因为瘤胃微生物群适应更容易消化的饮食。在拟杆菌目和巴斯德菌目中发现的属，分别包括普雷沃菌属和放线杆菌属，对蛋白质和碳水化合物的消化很重要。通过拟杆菌目和巴斯德菌目快速产生代谢的副产物，例如有机酸，可能是第5周所见的ph变化的原因，这也是瘤胃微生物组特征的指示。在该研究中饲喂的饲料包括更易于发酵的饲料，由于有机酸(例如乳酸盐)的产生增加，这可导致瘤胃ph降低。这可以将细菌群落组合物转变成那些对低ph更耐受的细菌，包括拟杆菌目和巴斯德菌目中的细菌(参见fernando等，2010.appliedandenvironmentalmicrobiology76(22):7482-7490)。实施例v.具有高玉米饮食的动态调节效率瘤胃中产生的乳酸盐和其他酸通常被认为是高玉米或谷物强化饮食中酸中毒和饲料无效率的主要驱动因素，如肉牛/牛饲养场中提供的那些。本领域的许多人认为较高浓度的挥发性脂肪酸(vfa)诱导酸中毒，并且乳酸盐产生者在酸中毒期间主导瘤胃微生物组，比其他发酵酸更快地降低ph。许多人认为将酸性饲养场牛恢复到健康状态需要通过降低乳酸和vfa浓度来增加瘤胃ph，或者通过使用饲料添加剂(例如用于ph稳定性的缓冲液或离子载体来抑制乳酸盐产生者。图6中出现的表格显示了在第10周高rfi和低rfi之间的黑安格斯阉牛的瘤胃vfa浓度和ph。与高rfi动物相比，低rfi动物倾向于具有更高的vfa产生，并且两组的ph相似。通过将pka加上hco3-的对数除以溶解的co2(dco2)来测量ph。已知co2在呼吸和血液缓冲中起关键作用，并且它可能在瘤胃的ph调节中起重要作用。在瘤胃中，co2存在于瘤胃气帽和瘤胃液中。大多数在瘤胃液体中作为dco2作为碱(碳酸氢盐)或作为酸(碳酸)。液体中的二氧化碳转化为碳酸(约1％)，碳酸快速分解成瘤胃液中的主要碱性碳酸氢盐。(参见laporte-uribe.2016.animalfeedscienceandtechnology.219:268-279)。因此，随着发酵的进行，dco2成为主要种类，这可能导致ph下降。高水平的二氧化碳会降低瘤胃的缓冲能力。有许多不同的微生物途径利用二氧化碳。在自然界中存在三种不同的细菌碳固定途径：(1)calvin循环，(2)wood-ljungdahl途径和还原性tca。瘤胃中高的co2分压有利于二氧化碳固定剂和这些途径的利用。虽然以前认为可以忽略不计，但建模表明dco2浓度可能非常高，并且是瘤胃ph的更好的预测因子。图7描述了溶解的co2相对于瘤胃ph的理论浓度。图8描述了当仅考虑vfa浓度和dco2浓度和vfa浓度时瘤胃的理论ph。在ph预测中包含dco2比单独使用vfa更准确。现有数据的建模和外推表明，随着ph下降，dco2浓度值可能增加到超过50mm的理论最大值。morgante等(2009.comparativeclinicalpathology.18(3):229-232)支持这些模型和外推。瘤胃中高浓度的二氧化碳会给动物带来全身性的生理健康问题。(参见图9)。瘤胃微生物代谢可能由于vfa浓度的化学计量的变化而发生变化，vfa浓度可导致乳酸产生，并进一步增加组胺和lps产生。与高dco2浓度相关的营养性疾病由于起泡和高粘度而在瘤胃中引起问题。高dco2浓度导致瘤胃酸中毒，瘤胃臌胀增加和皱胃发育不良。与瘤胃dco2和高dco2扩散相关的营养疾病包括呼吸和代谢性酸中毒、调节免疫反应、蹄叶炎、酮症、肝病和肝脓肿。脂肪和胆固醇也可以动员以减少dco2吸收，从而对动物产生其他有害的生理健康问题。图17表明在整个调查实验中许多与二氧化碳有关的微生物变得丰富。许多梭菌、普雷沃氏菌(拟杆菌目)和其他产乙酸菌利用二氧化碳和氢来生产乙酸盐。实施例vi.酸中毒挑战16头小母牛插管，8头为对照和8头为实验。实验组每天接受直接给瘤胃施用的六种瘤胃微生物。治疗采用2x2交叉设计，两个28天的周期。适应/提高4-6周。28天的酸中毒挑战使用提升饮食中的提升浓度在这些时期之间存在14天的协变量。每天使用ecowebolus测量瘤胃ph。瘤胃内容被抽样。取10ml静脉血用于血氧测定。对体重、瘤胃收缩和摄入量进行取样。测定瘤胃样品的微生物分析、vfa分析和dco2。饮食如下：项目，dm的％对照饮食酸中毒挑战干轧玉米6674干酒槽2020玉米青贮102预混料44每天接受微生物的小母牛预计比不施用微生物的小母牛更能够容忍酸中毒挑战。与未施用微生物的母牛相比，接受微生物的小母牛预计会在挑战期间表现出(1)较高的瘤胃和/或全身ph值，(2)瘤胃二氧化碳浓度较低，(3)饲料摄入量增加(摄入量更均匀，摄入量更多)食用饲料，(4)平均日增重较大，(5)最终体重较大。实施例vii.天然瘤胃微生物补充剂对小母牛耐受高谷物饮食能力的影响实验设计：将16头小母牛插管并分成两组：8头对照动物和8头实验动物。实验组接受了六种不同瘤胃细菌菌株的活细胞：ascusbbf_24302、ascusbbf_4、ascusbbf_14146、ascusbbf_154、ascusbbf_1085、和ascusbbf_876。制备每种菌株的新鲜培养物，并且每天以1e9细胞/菌株/剂量的剂量通过套管将悬浮在盐水中的全细胞直接施用于瘤胃。对照动物每天通过套管接受等量的盐水。每天使用ecowebolus测量瘤胃ph。每周测量动物体重并每天测量饲料摄入量。每周对瘤胃含量进行取样以确定瘤胃中vfa和二氧化碳的浓度，并确定施用菌株的定植。抽取静脉血用于血氧测定。使用4种中间提升饮食逐渐取代玉米青贮饲料和干燥卷曲玉米，使动物在4周内升级至最终定量饮食。前两周(前两次加强饮食)用于创建阻断动物的基线。在这两周后，将动物分配到实验组或对照组中。微生物施用在第14天开始并持续至第35天(微生物施用21天)。饮食如下：项目，dm的％最终配给量干轧玉米66干酒槽20玉米青贮10预混料4饮食中还包括少量预混物，以添加微量营养素、瘤胃素和泰乐菌素。结果：给小母牛施用微生物对动物的性能有明显的影响。在实验的第35天，接受微生物的动物性能出更高的最终重量(图25)和更高的瘤胃ph(图26)。与对照动物相比，实验动物也显示出较低浓度的瘤胃co2(图27)。从图1中可以看出。如图28所示，尽管两组的瘤胃co2浓度均下降，但实验组的co2浓度下降速度比对照组快。实施例viii.碳固定途径对10种微生物菌株的全基因组进行测序，注释，并分析碳固定相关基因。一些细菌使用还原性柠檬酸循环从二氧化碳和水中产生碳化合物。该循环在该途径中含有三种关键酶：2-氧代戊二酸2-氧代铁氧化还原蛋白氧化还原酶(ec1.2.7.3)、atp柠檬酸盐连接酶(ec2.3.3.8)和富马酸还原酶(ec1.3.4.5,1.3.5.1,1.3.1.6以及在kegg碳固定途径中的1.3.4.1)。ascusbbf_1010和ascusbbf_14146含有ec1.3.5.1。此外，ascusbbf_14146和ascusbbf_154含有ec1.3.5.4。wood-ljungdahl途径，也称为还原性乙酰辅酶a途径，使一些细菌能够利用氢作为电子供体，使用二氧化碳作为电子受体，并作为生物合成的构件。该途径含有三种关键酶：一氧化碳脱氢酶(ec1.2.7.4)，乙酰辅酶a合酶(ec2.3.1.169)和甲酸脱氢酶(ec1.71.1.10kegg和1.2.1.43patric)。ascusbbf_1085和ascusbbf_876均含有1.2.7.4和2.3.1.169。见图30。羟基丙酸酯-羟基丁酸酯循环含有三种关键酶：琥珀酰-coa还原酶(ec1.2.1.76)、乙酰-coac-乙酰转移酶(2.3.1.9)和malcoa裂解酶(4.1.3.25kegg和4.1.3.24patric)。十个测序的基因组不包含1.2.1.76、4.1.3.25kegg或4.1.3.24patric，因此菌株不太可能利用该途径。见图31。几个基因组表明菌株可能将二氧化碳与碳水化合物(如葡萄糖)结合在一起。菌株可以在转化过程中固定碳：乙酰-coa+co2+2还原的铁氧还蛋白+2h+->丙酮酸+coa＝2氧化的铁氧还蛋白。实施例ix.反刍动物中作用-高可发酵饮食耐量模式瘤胃是专门用于消化反刍动物饲料成分的胃。多种微生物群体栖息在瘤胃中，其主要功能围绕将纤维和非纤维碳水化合物组分转化为可用的能量和蛋白质来源(图3)。在典型的商业反刍动物饮食中，纤维素和其他植物相关的结构碳水化合物(例如半纤维素、果胶、木质素等)是饲料比例的一个组成部分。这部分饮食被认为是哺乳动物的天然代谢不可消化，必须通过栖息在瘤胃中的微生物降解。瘤胃中的纤维素分解微生物利用广泛的酶活性，以便将这些分子分解成单糖和挥发性脂肪酸。这种酶活性对于从饲料中提取能量至关重要，并且更有效的降解最终为动物提供更多能量。在饲料的非纤维部分中发现的可溶性糖也发酵成气体和挥发性脂肪酸，例如丁酸盐、丙酸盐和乙酸盐。消化饲料的纤维和非纤维成分所产生的挥发性脂肪酸最终成为反刍动物的主要能量来源在饲养场设置中，反刍动物接受含有更高度的浓缩物和易消化的可溶性糖的饮食，以更快地增加动物的体重增加。由于饲料的高度可发酵性质，瘤胃微生物代谢的生理学变化显著(与更平衡的饮食中的动物的瘤胃微生物代谢相比)，导致宿主动物产生许多健康问题。高水平的发酵将增加发酵副产物的积累。这些副产品包括各种酸(如乳酸、挥发性脂肪酸、琥珀酸，柠檬酸等)、醇类(如乙醇、丙醇等)和气体(如氢气、二氧化碳、甲烷、硫化氢等等)。瘤胃中这些副产物的积累可导致：酸中毒、瘤胃臌胀、气喘、皱胃发育不良、瘤胃缓冲能力降低、肠道渗漏、胃肠道内层渗透性增加、组胺和lps增加、呼吸性酸中毒、代谢性酸中毒、蹄叶炎、酮症、肝脏疾病和肝脓肿。用作产品的微生物菌株可以利用多种代谢和生理过程来维持宿主动物中更健康的瘤胃状态。这些微生物最终抵抗增加的发酵和伴随的生理副作用。在饲养场环境中对于高度可发酵的饮食最有效/最耐受的动物中微生物的功能促进了以下一种或多种：由于瘤胃内过量发酵而减少或隔离二氧化碳。微生物利用各种不同的途径来利用动物产生的碳酸氢盐和瘤胃内发酵产生的二氧化碳。碳固定途径包括calvin循环、wood-ljundahl途径、还原性tca循环及其变体。减少瘤胃内的甲烷微生物群。氢营养型产甲烷菌将co2和氢气转化为甲烷，甲烷由于牛气胀而随后流失到环境中。与产甲烷菌竞争并将co2转化为动物可用的形式(例如乙酸盐)的微生物菌株使动物同化的能量最大化。增加挥发性脂肪酸的产量。挥发性脂肪酸是反刍动物的主要能量来源。更有效的动物往往在它们的瘤胃中具有更高浓度的这些酸。尽管由于增加的发酵量导致总酸产量增加，但是将酸产生偏向于用于动物的能量有用的酸促进了生产力。增加从头合成/提供维生素b、k和其他相关的维生素作为益生元。由于瘤胃微生物群落的严重组成转变，通常由微生物群落合成的维生素可能不足以满足动物和微生物的营养需求。减少瘤胃微生物组中的α多样性。更有效的动物在其瘤胃微生物群体中具有较少数量的微生物物种。添加适当的微生物菌株作为产品可以改善快速瘤胃微生物发酵和副产物积累的影响，最终提高反刍动物的生产力和健康。潜在的生产微生物在体外测定它们降解各种碳水化合物的能力，并且确定这些碳水化合物降解产生的酸。(参见实施例xπ和相应的表格)。还挖掘了基因组信息，以确定菌株固定co2和合成各种维生素的代谢潜力。实施例x.来自其他团队已发表工作的mic分数的比较分析利用ascusbiosciences的技术，预测了目前可用的微生物饲料添加剂产品的性能。从市场上获得声称能提高牛的性能并防止酸中毒的直接喂养的微生物产品。这些产品中的一些含有天然瘤胃微生物(埃氏巨球形菌)的微生物菌株，或与天然瘤胃微生物的97％序列相似性。在这里，我们已经确定了这些产品中使用的物种，并根据常见的性能参数确定了它们的平台评分：平均日增重、体重增加、采食量和饲料效率(图29)。从曲线可以看出，除了一种当前可用的菌株之外的所有菌株都低于用于定义“有用”和“无用”菌株的阈值(约0.4)。截止值之上的一株菌埃氏巨球形菌在一些研究中显示出积极的作用。用于直接饲喂微生物产品的其他常见菌株，例如动物乳杆菌和费氏丙酸杆菌，与任何天然瘤胃微生物不相似。因此，对于这些微生物产生分数不能进行评分。干酪乳杆菌：mic0.04587在育肥期间的性能没有变化。干酪乳杆菌和乳酸乳球菌的混合培养物对体外瘤胃发酵和饲喂以大麦为基础的饲料的饲养场阉牛的生长的影响。baah等，2009。埃氏巨型球菌：mic0.54494热胴体重量的少量增加。使用三种或五种过渡饮食，埃氏巨型球菌对适应高浓度饮食的阉牛的性能。drouillard等，2012。碳水化合物挑战后瘤胃ph值升高。在引入富含谷物的饮食前利用埃氏巨型球菌菌株ncimb41125施用于饲养场牛的效果。mcdaniel等，2007。无影响，乙酸盐的轻微转变导致丙酸产生。在泌乳早期补充埃氏巨型球菌ncimb41125的奶牛中的瘤胃ph和发酵特性。aikman等，2011更高的饲料摄入量和改善的adg。瘤胃施用乳酸利用菌株埃氏巨型球菌mcimb41125对从饲料到浓缩饲料的突然或逐渐过渡的影响。henning等，2010。与30kg/吨粗纤维饮食一起使用的较高胴体重量。单独或与埃氏巨型球菌菌株ncimb41125一起施用的维吉尼亚霉素和莫能菌素对体外产生乳酸和vfa的影响以及莫能菌素和埃氏巨型球菌菌株ncimb41125对饲养场阉牛的健康和性能的影响。leeuw等，2015。嗜酸乳杆菌：mic0.04839性能没有变化，但大肠杆菌水平下降。大肠埃希氏菌0157:h7的流行和施用乳酸杆菌直接饲喂微生物的牛肉饲养场牛的性能。brashears等，2003。整体增重的轻微改善——127kg至130kg(2.3％)。从疫苗和直接饲喂微生物对大肠杆菌o157:h7粪便脱落的影响研究中的商业饲养场牛的性能和胴体表征。cull等，2015。对性能无影响。直接喂食含有乳酸产生菌的微生物影响瘤胃发酵但不影响饲喂高浓缩饮食的阉牛中的乳酸盐利用。kenney等，2015。无影响。直接饲喂微生物剂对饲养场牛肠出血性大肠杆菌粪便浓度的影响。luedtke等，2016。对性能无影响。嗜酸乳杆菌菌株np51在牛肉饲养场牛中对大肠杆菌o157:h7粪便脱落和育肥性能的影响。peterson等，2007。无影响。在小牛饲喂系统中对乳杆菌发酵培养的评价。higginbotham等，1992。乳酸片球菌：mic0.14609对性能无影响。直接饲喂含有乳酸产生菌的直接喂养的微生物影响瘤胃发酵但不影响喂食高浓缩饮食的阉牛的乳酸利用率。kenney等，2015。粪肠球菌：mic0.37215对酸中毒/高谷物饮食无影响。细菌性直接喂食的微生物和酵母对饲养场牛的消化、血液化学和亚临床瘤胃酸中毒的部位和程度的影响。beauchemin等，2003。对瘤胃ph、血液ph、或dmi无影响。细菌性直接喂食微生物对瘤胃发酵、血液变量和饲养场牛的微生物种群的影响。ghorbani等，2002。对性能无影响。直接喂食含有乳酸产生菌的微生物影响瘤胃发酵但不影响喂食高浓缩饮食的阉牛的乳酸盐利用率。kenney等，2015。罗伊氏乳杆菌：mic0.06366可帮助减少大肠杆菌，未提及性能改善。罗伊氏乳杆菌抑制牛瘤胃液中的大肠杆菌o157:h7：采取预屠宰策略以改善食品安全性。bertin等，2017。费氏丙酸杆菌：未检测到mic整体增重略有改善——127kg至130kg(2.3％)。商业饲养场牛的性能和胴体表征，来自疫苗和直接饲喂微生物对大肠杆菌o157:h7粪便脱落的影响研究。cull等，2015。对性能或胴体表征无影响。嗜酸乳杆菌(菌株np45和np51)和费氏丙酸杆菌的活培养物对育肥牛肉阉牛的性能、胴体和肠道特征以及大肠杆菌菌株o157脱落的影响。elam等，2013。对瘤胃ph无影响、血液ph、或dmi无影响。细菌性直接喂养微生物对瘤胃发酵、血液变量和饲养场牛微生物种群的影响。ghorbani等，2002。对性能没有影响。直接喂养含有乳酸产生菌的微生物影响瘤胃发酵但不影响饲喂高浓缩饮食的阉牛的乳酸利用率。kenney等，2015。无影响：直接饲喂微生物剂对饲养场牛肠出血性大肠杆菌粪便浓度的影响。luedtke等，2016。对性能无影响。增加剂量的嗜酸乳杆菌(菌株np51)和单剂量的费氏丙酸杆菌(菌株np24)的活培养物对育肥牛肉阉牛的性能和胴体特性的影响。vasconcelos等，2008。动物乳杆菌：未检测到mic对性能或胴体特征无影响。嗜酸乳杆菌(菌株np45和np51)和费氏丙酸杆菌的活培养无对育肥牛肉阉牛的性能、胴体和肠道特征以及大肠杆菌菌株o157脱落的影响。elam等，2003。嗜酸乳杆菌np51已被重新分类为动物乳杆菌。对性能没无影响。增加剂量的嗜酸乳杆菌(菌株np51)与单剂量的费氏丙酸杆菌(菌株np24)的活培养物对育肥牛肉阉牛的性能和胴体特性的影响。vasconcelos等，2008。植物乳杆菌：未检测到mic对性能无影响。直接喂食含有乳酸产生菌的微生物影响瘤胃发酵但不影响饲喂高浓缩饮食的阉牛的利用率。kenney等，2015。枯草芽孢杆菌：未检测到mic无影响。直接饲喂微生物产物对饲养场牛大肠杆菌o157:h7流行和负荷的影响的评价。arthur等，2010。实施例xi.牛肉富集培养基组合物kreb酵母乳酸盐培养基将上述组分放入比制备的体积大2倍的烧瓶中，ph值为6.8-7.0。在121℃下高压灭菌15分钟，液体循环。置于47℃下30分钟。mrs培养基(最初来自bddifcolactobacillimr)组分g/1000ml蛋白胨no.310.0牛肉提取物10.0酵母抽提物5.0葡萄糖20.0吐温801.0ml乙酸钠5.0柠檬酸铵2.0硫酸镁0.1硫酸锰0.05琼脂15.0l-半胱氨酸hcl0.50.1％刃天青1.0ml去离子水1000ml将上述组分放入比制备的体积大2x的烧瓶中。用hcl或naoh将ph调节至6.8。在121℃高压灭菌15分钟，液体循环。m2盐组分g/l(nh4)2so40.674mgso47h2o0.035k2hpo40.348kh2po40.3470.1％刃天青1ml去离子水加入至1l将上述组分放入比制备的体积大2x的烧瓶中。将ph调节至6.8。置于47℃下30分钟。将l-半胱氨酸盐酸盐(100μm)加入液体培养基中。无菌过滤以下列表中的任何添加剂以创建修正的培养基。**在高压灭菌前加入培养基氨基酸溶液1(50ml)组分体积摩尔浓度(mm)g/50ml谷氨酰胺100.0.731甘氨酸100.0.375脯氨酸100.0.576去离子水-添加至50ml脂肪酸溶液2(50ml)wolfe矿物质溶液组分g/lmgso47h2o3.0次氮基三乙酸1.5nacl1.0mnso4h2o0.5cacl20.1cocl26h2o0.1feso47h2o0.1znso47h2o0.1alk(so4)212h2o0.01cuso45h2o0.01h3bo30.01namoo42h2o0.01去离子水添加至1lmbm组分g/l100xwolfes矿物质1.0ml硫酸铵0.90纤维二糖4.0碳酸氢钠7.5碳酸钠4.00.1％刃天青1mlvfa溶液48ml去离子水1l将上述组分放入2x制备的体积的烧瓶中。为制备修改的mbm(mbmmod)培养基，添加以下成分：组分g/lkh2po41.0k2hpo41.0ph值为6.8-7.0。在121℃下高压灭菌15分钟，液体循环。置于47℃水浴中30分钟。无菌过滤以下任何添加剂以创建修改的培养基：vfa溶液组分g/l醋酸40ml异丁酸2ml异戊酸2ml戊酸2ml2-甲基丁酸2mlrcmbddifco脱水培养基：增强的梭菌培养基组分g/l蛋白胨10牛肉提取物10酵母抽提物3葡萄糖5氯化钠5可溶性淀粉1半胱氨酸hcl0.5醋酸钠3琼脂0.5将上述组分放入比制备体积大2x的烧瓶中。ph值为6.8-7.0。在121℃下高压灭菌15分钟，液体循环。胰蛋白酶大豆肉汤(tsb)将以下组分加入比制备体积大2倍的烧瓶中。加入500毫升去离子水。将搅拌棒加入烧瓶中并置于搅拌板上。加入30g/l胰蛋白酶大豆肉汤(sigmaaldricht8907)搅拌。用去离子水加至850ml。加入1ml0.01％刃天青指示剂。在121℃下高压灭菌15分钟，液体循环。将烧瓶置于47℃的热浴中30分钟。tsbhk无菌过滤器(0.2微米)10ml氯化血红素(0.05％)和0.2ml维生素k1溶液。待制备的储备液：tsb+5％羊血将50ml去纤维蛋白的羊血加入950mltsb中。vl55/bc(修改的dsmz1266)将以下组分放入比制备体积大2倍的烧瓶中。组分ml/l2-吗啉代乙磺酸(mes)1.95g20mmmgso410.030mmcacl210.020mm(nh4)2hpo410.0亚硒酸盐-钨酸盐溶液1.0微量元素sl101.00.1％刃天青1.0去离子水960一旦所有组分都在溶液中，将50ml等分到单独的120ml血清瓶中。将每个小瓶在n2气体下在15psi下吹泡3分钟。所有样品瓶均用灰色挡块塞住，并用铝箔撕下卷边压接。每个小瓶的顶部空间在氮气下喷射，进针/出针2分钟。将所有小瓶标记并在快速循环下在121℃下高压灭菌20分钟。当小瓶完成高压灭菌并冷却后，通过注射器(注射过滤器0.2微米)和针将以下三组组分以下列浓度添加到每个小瓶中。组分ml/l100xwolfe矿物质10.01000xwolfe维生素1.0bc溶液40.05％na2s10.0组分ml/lnaoh10.0na2seox5h2o1.0na2wo4x2h2o10.0去离子水1000组分mg/lhcl(25％；7.7m)10.0mlsfecl2x4h2o1.50gzncl270.0mncl2x4h2o100.0h3bo36.0cocl2x6h2o190.0cucl2x2h2o2.0nicl2x6h2o24.0na2moo4x2h2o36.0去离子水990.0首先在hcl中溶解fecl2，然后在水中稀释，加入并溶解其他盐。最后加至预定体积。组分g/50mls胆盐1.0g肌酸.282瘤胃wjnogradskv柱澄清瘤胃液的制备(a)获得约2l未经过滤的瘤胃液体。(b)等分放入250毫升锥形瓶。(c)在4℃下以4300rpm旋转30分钟。(i)用h2:co2:n2为5:20:75的气体在厌氧室中除去上清液(1x澄清的瘤胃液)。将1x澄清的瘤胃液一半储存在4℃的密闭容器中，直到准备使用。(ii)从所有锥形瓶中移除颗粒(瘤胃固体)，并在4℃储存在密闭容器中直至准备使用。(d)将lx澄清的瘤胃液分装到50毫升锥形瓶中。(e)以13200rpm旋转1x澄清的瘤胃液30分钟。(i)在厌氧室中去除上清液(2x澄清的瘤胃液)，并储存在4℃的密闭容器中直至准备使用。(ii)丢弃该颗粒。柱的制备(a)取无菌的winogradsky柱，将新鲜牛肉全混合日粮(tmr)、牛肉瘤胃样品、瘤胃固体、1x澄清的瘤胃液和2x澄清的瘤胃液加入厌氧室。(b)将约100ml的瘤胃固体紧密包装在柱子底部。(c)在瘤胃固体顶部倒入约150毫升lx澄清的瘤胃液。(d)在1x瘤胃顶部倒入约150毫升2x澄清的瘤胃液体。(e)用含有约10毫升生牛肉瘤胃样品播种柱。(f)将50毫升tmr添加到色谱柱顶部。(g)在通风良好的培养箱中于39℃孵育。具有硫酸钠的碱性盐培养基(bsms)制备以下溶液并过滤灭菌，然后在4℃下储存溶液i组分g/lna2so45.0nacl2.0(nh4)2so43.0kh2po43.0cacl22h2o0.6mgso47h2o0.6溶液iik2hpo43.0培养基制备组分g/l溶液i150ml溶液ii150ml酵母提取物1.50碳酸氢钠6.0添加至1l。将ph调节至7.0+/-0.05。在121℃下缓慢排气高压灭菌15分钟高压灭菌后，加入无菌l-半胱氨酸(100微摩尔)。含有维生素、矿物质和硫化钠的ramm组分g/500mlkh2po40.11k2hpo40.08nh4cl0.265nahco30.6去离子水500ml高压灭菌后，加入5ml100xwolfe维生素混合物，5ml5％硫化钠。实施例xii.用于挥发性脂肪酸生产和碳源使用的瘤胃微生物分析a.碳源使用为了评估菌株代谢各种碳源的能力，od600用于在基本和富集培养基中测量菌株随时间的生长。基本培养基条件证明了菌株可以使用哪种化合物作为其唯一的碳源，而富集培养基迭代显示菌株可以在理想的瘤胃条件下使用哪种碳源。将来自每种所需菌株的单菌落(在厌氧琼脂平板上)接种到1ml厌氧ramm盐中。将其短暂涡旋并将10μl接种到富集和基本培养基中，掺入选择的碳源。将菌株厌氧接种到在96孔板的2ml孔中的1ml培养基中。碳源包括阿拉伯糖、果糖、右旋糖、半乳糖、木糖、纤维二糖和淀粉。用于基本培养基条件的碳源在ramm盐中以20g/l浓度制备，并通过0.22μm聚醚砜膜过滤灭菌。制备浓度为2g/l的淀粉并高压灭菌。富集培养基条件的碳源在ramm盐中以200g/l浓度制备，并将100μl无菌碳源添加到900μl富集培养基中。将板在黑暗中在37℃下厌氧培养。在“synergyh4杂交平板读数器”上，在两周的时间内，在600nm处周期性地读取每个孔的100μl等分试样。在用illumina测序接种之前确认菌株id。重复条目表示在列出的菌株id的97％内的菌株。基本阿拉伯糖果糖淀粉葡萄糖半乳糖木糖纤维二糖菌株idascusbbf_24302+n/a-++++ascusbbf_24302+n/a-++++ascusbbf_10712-n/a-----ascusbbf_4-n/a-----ascusbbf_4-n/a-----ascusbbf_951-n/a-----ascusbbf_951--n/a----ascusbbf_951-n/a-----ascusbbf_14146+n/a-++++ascusbbf_14146-n/a-+---ascusbbf_14146--n/a----ascusbbf_154-n/a-----ascusbbf_1010+n/a++++-ascusbbf_154-n/a-----ascusbbf_24302+n/a+++++ascusbbf_24302+n/a+++++ascusbbf_1085-n/a-----ascusbbf_14146-n/a++++-ascusbbf_951-n/a-----ascusbbf_951-n/a-----ascusbbf_951-n/a-----ascusbbf_1085-n/a-----ascusbbf_876-n/a-----ascusbbf_10712-n/a-----ascusbbf_10712-n/a-----ascusbbf_10109--n/a----b.挥发性脂肪酸(vfa)生产为了评估菌株或富集物产生挥发性脂肪酸的能力，使用hplc测量消耗培养基中乙酸盐、丁酸盐和丙酸盐的浓度。对于纯分离物，将来自每种所需菌株(在固体厌氧培养基上)的单个菌落接种到菌株优选的富集培养基中。将富集物从新鲜瘤胃样品接种到所需培养基中。将培养物和空白培养基在其最佳条件下孵育直至在培养物中可见显著生长。在600和420nm处进行吸光度读数以确定每种培养物的生长。用illumina测序确认纯培养菌株id。对富集物及其相应的瘤胃样品接种物进行测序以测定靶标菌株的存在或不存在。将这些测序数据集与细胞计数数据整合以确定靶标菌株是否在体外生长。将每份培养物的等分试样通过0.22微米聚醚砜膜无菌过滤到无菌酸洗涤的15ml玻璃样品瓶中，以进行hplc分析。hplc反应在密歇根州立大学生物经济研究所进行(michiganstateuniversitybioeconomyinstitute)。对培养物和空白培养基定量乙酸盐、丁酸盐和丙酸盐的浓度。hplc参数：柱是bioradaminexhfx-87h，60℃，0.5ml/min流动相0.00325nh2so4，500psi，35cri检测器，45分钟运行时间，注射体积5μl。实施例xiii.天然瘤胃微生物补充剂对高谷物饮食中小母牛饲料转化率的影响实验设计：将16头小母牛插管并分成两组：8头为对照动物和8头为实验动物。实验组接受了六种不同瘤胃细菌菌株的活细胞：ascusbbf_24302、ascusbbf_4、ascusbbf_14146、ascusbbf_154、ascusbbf_1085、和ascusbbf_876。制备每种菌株的新鲜培养物，并且每天以1e9细胞/菌株/剂量的量通过管将悬浮在盐水中的全细胞直接施用于瘤胃。对照动物每天通过管接受等量的盐水。每天使用ecowebolus测量瘤胃ph。每周测量动物体重并每天测量饲料摄入量。每周对瘤胃含量进行取样以确定瘤胃中vfa和二氧化碳的浓度，并确定施用菌株的定植。抽取静脉血用于血氧测定。通过将重量增加除以消耗的饲料量来计算饲料转化率。使用4种中间提升饮食，其使用干燥的玉米粉末逐渐取代青贮饲料，在超过4周的时间将动物逐步提升至最终定量饮食。前两周(前两次提升饮食)用于创建阻断动物的基线。在这两周后，将动物分配到实验组或对照组中。微生物施用在第14天开始并持续至第56天(微生物施用42天)。在第48天，所有小母牛经历了8天的酸中毒挑战。通过增加动物饮食中的玉米量来诱导酸中毒挑战。饮食如下：饮食中还包括少量预混物，以添加微量营养素、瘤胃素和泰乐菌素。结果向小母牛施用微生物对动物的性能具有重要影响。在整个提升和酸中毒挑战中测量动物的摄入量和重量。饲料转化率(fcr)通过将动物在特定时间内消耗的饲料量除以动物在相同时间段内的体重增加来计算。与对照动物相比，接受微生物的动物在提升的最后阶段和酸中毒挑战期间表现出改善的饲料转化率(图32)。对照组动物需要大约6磅的饲料才能产生1磅体重，而实验动物需要大约4磅的饲料才能产生1磅的体重。本公开编号的实施方式1.一种微生物组合物，包含至少一种选自表1和/或表2的微生物菌株。2.一种微生物组合物，包含至少一种微生物菌株，其中所述至少一种微生物菌株包含选自seqidno：1-100的16srrna序列。3.根据权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包含ascusbbf_6176。4.根据权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包含ascusbbf_22143。5.根据权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包含ascusbbf_4483。6.根据权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包含ascusbbf_13543。7.根据权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包含ascusbbf_152。8.根据权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包含ascusbbf_707和ascusbbf_1238。9.根据权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包含ascusbbf_4691、ascusbbf_5588和ascusbbf_1238。10.根据权利要求1-9中任一项所述的微生物组合物，其中所述微生物组合物是包封的。11.一种组合物，包含：(a)根据权利要求1-10中任一项所述的微生物组合物，以及(b)可接受的载体。12.根据权利要求11所述的组合物，其中所述微生物组合物是胶囊化的13.根据权利要求11所述的组合物，其中所述包封的微生物组合物包含选自糖聚合物、琼脂聚合物、琼脂糖聚合物、蛋白质聚合物和脂质聚合物的聚合物。14.根据权利要求11所述的组合物，其中可接受的载体选自：食用饲料级材料、矿物质混合物、水、乙二醇、糖蜜和玉米油。15.根据权利要求11所述的组合物，其中形成微生物组合物的至少两种微生物菌株在组合物中以每克所述组合物中102至1015个细胞存在。16.根据权利要求11所述的组合物，其中所述组合物(a)与动物饲料混合，(b)与动物饮用水混合，或(c)施用于动物饲料。17.一种赋予动物至少一种改善性状的方法，所述方法包括将根据权利要求11所述的组合物施用于所述动物。18.根据权利要求17所述的方法，其中所述动物是反刍动物19.根据权利要求17所述的方法，其中所述阉牛是安格斯品种的牛，或其杂种或杂交种。20.根据权利要求18所述的方法，其中所述施用包括(a)将所述组合物注射到动物的瘤胃中，(b)施用所述组合物的团注剂，或(c)用所述组合物浸湿所述动物。21.根据权利要求17所述的方法，其中所述组合物每月至少给药一次。22.根据权利要求21所述的方法，其中所述组合物每周至少给药一次。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述组合物每天至少给药一次。24.根据权利要求17所述的方法，其中所述施用发生于每次喂食动物时。25.根据权利要求17所述的方法，其中所述施用是直肠施用。26.根据权利要求25所述的方法，其中所述直肠施用包括将包含所述组合物的栓剂插入动物的直肠中。27.根据权利要求17所述的方法，其中所述施用是口服施用。28.根据权利要求27所述的方法，其中所述口服施用包括将所述组合物与动物的饲料、水、药物或疫苗接种组合给药。29.根据权利要求27所述的方法，其中所述口服施用包括将所述组合物以凝胶或粘稠溶液施用于动物的身体部位，其中所述动物摄取所述组合物。30.根据权利要求17所述的方法，其中所述施用包括将组合物喷雾到所述动物饲料上，并且其中所述动物摄取所述动物饲料。31.根据权利要求17所述的方法，其中所述至少一种改善的性状选自：增加体重；肌肉组织增加；胃肠道中酸性浓度增加；瘤胃中脂肪酸浓度增加；瘤胃中乳酸浓度降低；提高饲料利用率和消化率；提高饲料效率；平均每日收益改善；改善干物质摄入量；多糖和木质素降解增加；增加脂肪、淀粉和/或蛋白质消化；瘤胃中酸性浓度增加；瘤胃ph值平衡，维生素有效性增加；矿产供应增加；增加氨基酸的可用性；减少甲烷和/或一氧化二氮的排放量；减少粪便产量；提高氮利用效率；提高磷利用效率；对定植牛的病原微生物的定植抗性增加；降低死亡率；增加抗菌药物的产量；增加病原微生物的清除率；增加对定植牛的病原微生物定植的抵抗力；增加对感染人类的病原微生物定植的抵抗力；及其任何组合；减少酸中毒或臃肿的发病率和/或患病率；降低体温；改善瘤胃壁的完整性；更快适应高谷物饮食；提高高粮食的耐受性；其中所述增加或减少是通过与未施用所述组合物的动物进行比较来确定的。32.根据权利要求31所述的方法，其中所述重量增加是增加至少0.1％。33.根据权利要求31所述的方法，其中所述粪便产生的减少是减少至少0.1％。34.根据权利要求31所述的方法，其中所述多糖降解增加是木质素、纤维素和/或半纤维素降解的增加。35.根据权利要求31所述的方法，其中所述脂肪酸浓度的增加是乙酸、丙酸和/或丁酸的增加。36.根据权利要求11所述的组合物，其中所述至少一种微生物菌株表现出增加的效用，当所述至少一种微生物菌株单独发生时或当所述至少一种微生物菌株以天然存在的浓度存在时，所述效用不显示。37.根据权利要求11所述的组合物，其中所述至少一种微生物菌株在赋予动物至少一种改善的性状方面表现出协同效应。38.一种饲养场牛饲料补充剂，其能够增加饲养场牛的理想表型性状，所述饲料补充剂包括：(a)根据权利要求1-9中任一项所述的微生物组合物，其浓度不会在所述牛中天然发生，以及(b)可接受的载体。39.根据权利要求38所述的饲养场牛饲料添加剂，其中所述微生物组合物被包封。40.一种选自表1和/或表2中任一种微生物菌株的分离的微生物菌株。41.一种选自由以下组成的组的分离的微生物菌株：(a)保藏为atcc保藏号pta-xxxx的ascusbbf_6176；(b)保藏为atcc保藏号pta-xxxx的ascusbbf_22143；(c)保藏为atcc保藏号pta-xxxx的ascusbbf_4883；(d)保藏为atcc保藏号pta-xxxx的ascusbbf_13543；(e)保藏为atcc保藏号pta-xxxx的ascusbbf_152；(f)保藏为atcc保藏号pta-xxxx的ascusbbf_707；(g)保藏为atcc保藏号pta-xxxx的ascusbbf_1238；(h)保藏为atcc保藏号pta-xxxx的ascusbbf_5588；和(i)保藏为atcc保藏号pta-xxxx的ascusbbf_4691。42.一种分离的微生物菌株，其包含与seqidno：1-100中的任一个具有至少90％序列同一性的多核苷酸序列。43.一种根据权利要求40-42中任一项所述的分离的微生物菌株的基本上纯的培养物。44.一种调节奶牛微生物组的方法，所述方法包括施用根据权利要求12所述的组合物。45.根据权利要求44所述的方法，其中所述组合物的施用赋予所述阉牛、公牛、奶牛或小母牛至少一种改善的性状。46.根据权利要求45所述的方法，其中所述至少一种改善的性状选自：增加体重；肌肉组织增加；胃肠道中脂肪酸浓度增加；瘤胃中脂肪酸浓度增加；瘤胃中乳酸浓度降低；提高饲料利用率和消化率；提高饲料效率；平均每日收益改善；改善干物质摄入量；多糖和木质素降解增加；脂肪、淀粉和/或蛋白质消化增加；瘤胃中脂肪酸浓度增加；瘤胃ph值平衡，维生素有效性增加；矿产供应增加；增加氨基酸的可用性；减少甲烷和/或一氧化二氮的排放；减少粪便产量；提高氮利用效率；提高磷利用效率；对定植牛的病原微生物的定植抗性增加；降低死亡率；增加抗菌药物的产量；增加病原微生物的清除率；增加对定植牛的病原微生物定植的抵抗力；增加对感染人类的病原微生物定植的抵抗力；及其任何组合；降低酸中毒或臃肿的发病率和/或患病率；降低体温；改善瘤胃壁的完整性；更快适应高谷物饮食；提高高粮食的耐受性；其中所述增加或减少是通过与未施用所述组合物的动物进行比较来确定的47.根据权利要求46所述的方法，其中所述重量增加是增加至少0.1％。48.根据权利要求46所述的方法，其中所述饲料效率的提高是提高至少0.1％。49.根据权利要求46所述的方法，其中所述多糖降解增加是木质素、纤维素和/或半纤维素降解的增加。50.根据权利要求46所述的方法，其中所述脂肪消化、淀粉消化和/或蛋白质消化增加是增加至少0.1％。51.根据权利要求46所述的方法，其中所述脂肪酸浓度增加是乙酸、丙酸和/或丁酸的增加。52.根据权利要求45所述的方法，其中所述微生物组的调节是所述微生物组的所述至少一种微生物菌株的比例的增加，其中所述增加是相对于未施用所述至少一种微生物菌株的阉牛、公牛、奶牛或小母牛测量的。53.根据权利要求45所述的方法，其中所述微生物组的调节是在施用所述组合物之前存在于所述微生物组中的所述微生物菌株的比例的降低，其中所述降低是相对于所述阉牛、公牛、奶牛或小母牛在施用所述组合物之前的微生物组测量的。54.一种增加牛对病原微生物定植的抗性的方法，所述方法包括施用根据权利要求11所述的组合物，其中病原体不能定植于阉牛、公牛、奶牛或小母牛的胃肠道。55.一种治疗存在于牛中的至少一种病原微生物的方法，所述方法包括施用根据权利要求11所述的组合物。56.根据权利要求55所述的方法，其中在施用所述组合物后，在所述胃肠道中所述至少一种病原微生物的相对丰度降低到小于5％的相对丰度。57.根据权利要求56所述的方法，其中在所述胃肠道中所述至少一种病原微生物的所述相对丰度降低到小于0.1％的相对丰度。58.根据权利要求56所述的方法，其中所述至少一种病原微生物在胃肠道中检测不到。59.根据权利要求58所述的方法，其中在施用所述组合物不到10天后，所述至少一种病原微生物在所述胃肠道中检测不到。60.根据权利要求58所述的方法，其中在施用所述组合物后的5-15天内，所述至少一种病原微生物在所述胃肠道中检测不到。61.根据权利要求54-61中任一项所述的方法，其中所述至少一种病原微生物选自：产气荚膜梭菌、肉毒杆菌、沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、肠沙门氏菌、鸡白痢沙门氏菌、猪丹毒杆菌、空肠弯曲杆菌、大肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、单核细胞增生李斯特菌、无乳链球菌、停乳链球菌、牛分子杆菌、支原体、柠檬酸杆菌、肠杆菌、铜绿假单胞菌、巴斯德菌、蜡状芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、乳房链球菌、金黄色葡萄球菌，以及肠致病性、肠道侵袭性或肠出血性大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的致病菌株。62.根据权利要求61所述的方法，其中所述至少一种病原微生物选自肠致病性大肠杆菌、肠侵袭性大肠杆菌或肠出血性大肠杆菌。64.根据权利要求17所述的方法，其中所述组合物在高谷物饮食适应期施用于所述动物。65.根据权利要求17所述的方法，其中所述组合物以饲料批次饮食施用于所述动物。67.根据权利要求17所述的方法，其中所述组合物以谷物密集型饮食施用于所述动物。在一些方面，前述微生物物种，即包含具有16s核酸序列的细菌的纯化微生物群，和/或具有its核酸序列的真菌，其与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：seqidno：1-5、368是马库什组的成员，因为本公开内容说明所述成员属于一类微生物，其特征在于各种物理和功能属性，其可包括以下的任一个：a)将碳源转化为挥发性脂肪酸如乙酸盐、丁酸盐、丙酸盐或其组合的能力；b)降解可溶性或不溶性碳源的能力；c)在施用微生物的饲养场牛中赋予减少甲烷产量的能力；d)调节施用微生物的饲养场牛的胃肠道微生物组的能力；e)配制成保存稳定的组合物的能力；f)在施用微生物组的饲养场牛中表现出饲喂转化率降低和/或体重获得增加和/或平均日增重增加的能力；g)赋予在胃肠道中病原体相关病变形成减少的能力；h)使胃肠道中的病原微生物减少的能力；i)如果是细菌，则mic分数至少约为0.4；j)在施用微生物的饲养场牛中减少酸中毒和/或瘤胃臌胀的能力；k)降低施用微生物的饲养场牛瘤胃中二氧化碳浓度的能力；l)增加施用微生物的饲养场牛瘤胃的ph和/或改善缓冲能力的能力；和/或m)降低施用微生物的饲养场牛的瘤胃中的乳酸浓度。因此，马库什组的成员拥有至少一个共同的特性，这可以对其在所主张的关系中的功能负责。如本文所用，“保存稳定”是指由根据本公开配制的微生物获得的功能属性和新用途，其使得所述微生物能够以其在胃肠道中的天然环境之外的有用/活性状态存在(即，明显不同的特征)。因此，保存稳定性是由本公开的制剂/组合物产生的功能属性，并且表示配制成保存稳定的组合物的微生物可以存在于胃肠道外和环境条件下一段时间，其可以根据所使用的特定制剂确定，但一般意指微生物可以配制成存在于在环境条件下稳定至少几天且通常至少一周的组合物中。因此，“保存稳定的饲养场牛补充剂”是包含本公开的一种或多种微生物的组合物，所述微生物配制在组合物中，使得该组合物在环境条件下稳定至少一周，这意味着包含在所述组合物中的所述微生物(例如全细胞、孢子或裂解细胞)能够在施用时赋予饲养场牛一种或多种有益的表型特性(例如增加的体重获得、改善的胃肠健康和/或胃肠微生物组的调节)。在一些实施方案中，本公开的分离的微生物菌株还包括其突变体。在一些实施方案中，本公开进一步涵盖具有本发明公开的微生物菌株的所有鉴定特征的微生物菌株。表11：本公开的布达佩斯条约存款通过引用并入本文引用的所有参考文献、文章、出版物、专利、专利出版物和专利申请均出于所有目的通过引用整体并入。然而，提及本文引用的任何参考文献、文章、出版物、专利、专利公开和专利申请并非也不应被视为承认或任何形式暗示：它们构成有效的现有技术或构成世界上任何国家中的一般公知常识的一部分。ascusbiosciences,inc.是以下总体涉及微生物组合物、微生物集合体、制备该组合物和集合体的方法、以及施用这些的方法等主题的专利和/或专利公开的专利权人/申请人：pct公开号wo2016210251a1、wo2017120495a1和wo2017181203a1；美国专利号9,540,676和9,938,558；以及美国的授权前公开(pregrantpublication)号us20170342457a1、us20160376627a1、us20170107557a1、us20170196922a1、和us20170196921a1。当前第1页1 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