新型腺病毒的制作方法

文档序号:14624082发布日期:2018-06-08 05:54阅读:253来源:国知局
本发明涉及编码分枝杆菌抗原的腺病毒载体,更具体地衍生自黑猩猩腺病毒ChAd155的腺病毒载体,以及相关方面。
背景技术
:结核病(TB)是一种由结核分枝杆菌(Mycobacteriumtuberculosis)和其它分枝杆菌属(Mycobacterium)种的感染造成的慢性传染病。它是发展中国家的一种主要疾病,也是世界发达地区的一个日益严重的问题。疫苗接种是用于预防或治疗传染病的最有效方法之一。由于其在多种靶组织中实现高效基因转移的能力和大转基因能力,腺病毒已经被广泛地用于基因转移应用。常规地,将腺病毒的E1基因缺失并用转基因盒替换,从而产生复制缺陷型重组病毒,所述转基因盒由选择的启动子、目标基因的cDNA序列和聚腺苷酸信号组成。重组腺病毒可用在基因治疗中,并用作疫苗。基于黑猩猩腺病毒的病毒载体代表了人衍生的腺病毒(Ad)载体用于开发基因疫苗的用途的替代方案。如通过它们在人起源的细胞中的有效繁殖所证实的,从黑猩猩分离的腺病毒与从人类分离的腺病毒密切相关。但是,由于人和黑猩猩腺病毒是近亲,在两个病毒物种之间的血清学交叉反应性是可能的。需要这样的载体:其将分子有效地递送至靶标并使群体中针对选定腺病毒血清型的预先存在的免疫的效应最小化。在人类中观察到的预先存在的免疫的一个方面是体液免疫,其可以导致对腺病毒蛋白特异性的抗体的产生和持续。由腺病毒引起的体液应答主要针对3种主要结构衣壳蛋白:纤突、五邻体和六邻体。仍然需要针对结核病进行免疫的新型方法,所述新型方法是高度有效的、安全的、方便的、有成本效益的、持久的,且诱导广谱的免疫应答。本发明的载体、组合物和方法可以具有一种或多种相对于现有技术改善的特征,包括、但不限于更高的生产力、改善的免疫原性和增加的转基因表达。技术实现要素:发明提供了重组腺病毒,其包含至少一种选自以下的多核苷酸或多肽:(a)多核苷酸,其编码具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽,(b)多核苷酸,其编码具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽的功能衍生物,其中所述功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:1的氨基酸序列具有至少80%同一性的氨基酸序列,(c)多核苷酸,其编码具有根据SEQIDNO:3的氨基酸序列的多肽,(d)具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽,(e)具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽的功能衍生物,其中所述功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:1的氨基酸序列具有至少80%同一性的氨基酸序列,和(f)具有根据SEQIDNO:3的氨基酸序列的多肽:其中所述腺病毒包含编码分枝杆菌抗原的核酸序列,其中所述核酸序列可操作连接至一个或多个指导所述分枝杆菌抗原在宿主细胞中表达的序列。还提供了包含重组腺病毒和药学上可接受的赋形剂的组合物。所述重组腺病毒和组合物可以用作药物,特别是用于刺激针对分枝杆菌感染,诸如结核分枝杆菌感染的免疫应答。附图说明图1A-C-来自指示的猿猴腺病毒的纤突(fiber)蛋白序列的比对。ChAd3(SEQIDNO:27)PanAd3(SEQIDNO:28)ChAd17(SEQIDNO:29)ChAd19(SEQIDNO:30)ChAd24(SEQIDNO:31)ChAd155(SEQIDNO:1)ChAd11(SEQIDNO:32)ChAd20(SEQIDNO:33)ChAd31(SEQIDNO:34)PanAd1(SEQIDNO:35)PanAd2(SEQIDNO:36)图2-用于生产特定ChAd155BAC和质粒载体的流程图图3-物种CBAC穿梭物#1365示意图图4-pArsChAd155Ad5E4orf6-2(#1490)示意图图5-pChAd155/RSV示意图图6-BACChAd155/RSV示意图图7-表达HIVGag转基因的ChAd3和ChAd155载体的生产力(实验1)图8-表达HIVGag转基因的ChAd3和ChAd155载体的生产力(实验2)图9-表达RSV转基因的PanAd3和ChAd155载体的生产力图10-表达HIVGag转基因的ChAd3和ChAd155载体的表达水平图11-表达HIVGag转基因的PanAd3和ChAd155载体的表达水平-蛋白印迹图12-表达HIVGag转基因的ChAd3和ChAd155载体的免疫原性-IFN-γELISpot图13-表达HIVGag转基因的PanAd3和ChAd155载体的免疫原性-IFN-γELISpot。序列描述SEQIDNO:1-ChAd155纤突的多肽序列SEQIDNO:2-编码ChAd155纤突的多核苷酸序列SEQIDNO:3-ChAd155五邻体的多肽序列SEQIDNO:4-编码ChAd155五邻体的多核苷酸序列SEQIDNO:5-ChAd155六邻体的多肽序列SEQIDNO:6-编码ChAd155六邻体的多核苷酸序列SEQIDNO:7-编码ChAd155#1434的多核苷酸序列SEQIDNO:8-编码ChAd155#1390的多核苷酸序列SEQIDNO:9-编码ChAd155#1375的多核苷酸序列SEQIDNO:10-编码野生型ChAd155的多核苷酸序列SEQIDNO:11-编码ChAd155/RSV的多核苷酸序列SEQIDNO:12-编码CASI启动子的多核苷酸序列SEQIDNO:13-Ad5orf6引物1多核苷酸序列SEQIDNO:14-Ad5orf6引物2多核苷酸序列SEQIDNO:15-BAC/CHAd155∆E1_TetOhCMVRpsL-Kana引物1多核苷酸序列SEQIDNO:16-BAC/CHAd155∆E1_TetOhCMVRpsL-Kana(#1375)引物2多核苷酸序列SEQIDNO:17-1021-FWE4Del步骤1引物多核苷酸序列SEQIDNO:18-1022-RWE4Del步骤1引物多核苷酸序列SEQIDNO:19-1025-FWE4Del步骤2引物多核苷酸序列SEQIDNO:20-1026-RWE4Del步骤2引物多核苷酸序列SEQIDNO:21-91-SubMonteFW引物多核苷酸序列SEQIDNO:22-890-BghPolyARW引物多核苷酸序列SEQIDNO:23-CMVfor引物多核苷酸序列SEQIDNO:24-CMVrev引物多核苷酸序列SEQIDNO:25-CMVFAM-TAMRAqPCR探针多核苷酸序列SEQIDNO:26-土拨鼠肝炎病毒转录后调节元件(WPRE)多核苷酸序列SEQIDNO:27-ChAd3的纤突蛋白的氨基酸序列SEQIDNO:28-PanAd3的纤突蛋白的氨基酸序列SEQIDNO:29-ChAd17的纤突蛋白的氨基酸序列SEQIDNO:30-ChAd19的纤突蛋白的氨基酸序列SEQIDNO:31-ChAd24的纤突蛋白的氨基酸序列SEQIDNO:32-ChAd11的纤突蛋白的氨基酸序列SEQIDNO:33-ChAd20的纤突蛋白的氨基酸序列SEQIDNO:34-ChAd31的纤突蛋白的氨基酸序列SEQIDNO:35-PanAd1的纤突蛋白的氨基酸序列SEQIDNO:36-PanAd2的纤突蛋白的氨基酸序列SEQIDNO:37-RSVF∆TM氨基酸序列SEQIDNO:38-HIVGag多核苷酸序列SEQIDNO:39-Rv1174(Mtb8.4)的多肽序列SEQIDNO:40-Rv0287(Mtb9.8)的多肽序列SEQIDNO:41-Rv1793(Mtb9.9)的多肽序列SEQIDNO:42-Rv0915(Mtb41)的多肽序列SEQIDNO:43-Rv3875(ESAT-6)的多肽序列SEQIDNO:44-Rv3804(Ag85A)的多肽序列SEQIDNO:45-Rv1886(Ag85B)的多肽序列SEQIDNO:46-Rv2031(α-晶体蛋白)的多肽序列SEQIDNO:47-Rv1980(Mpt64)的多肽序列SEQIDNO:48-Rv0288(TB10.4)的多肽序列SEQIDNO:49-Rv1753的多肽序列SEQIDNO:50-Rv2386的多肽序列SEQIDNO:51-Rv3616(Mtb40)的多肽序列SEQIDNO:52-Rv3407的多肽序列SEQIDNO:53-Rv2660的多肽序列SEQIDNO:54-Rv2608的多肽序列SEQIDNO:55-Rv3619的多肽序列SEQIDNO:56-Rv3620的多肽序列SEQIDNO:57-Rv1813的多肽序列SEQIDNO:58-Rv1009(RpfB)的多肽序列SEQIDNO:59-Rv2389(RpfD)的多肽序列SEQIDNO:60-Rv2626的多肽序列SEQIDNO:61-Rv1733的多肽序列SEQIDNO:62-Rv3136(PPE51)的多肽序列SEQIDNO:63-Rv0475(HBHA)的多肽序列SEQIDNO:64-Rv0125的多肽序列SEQIDNO:65-Ser/Ala突变的成熟Rv0125的多肽序列SEQIDNO:66-Ra12的多肽序列SEQIDNO:67-Ra35的多肽序列SEQIDNO:68-Rv1196的多肽序列SEQIDNO:69-Mtb72f的多肽序列SEQIDNO:70-M72的多肽序列。发明详述结核病结核病(TB)是一种由结核分枝杆菌和其它分枝杆菌属种的感染造成的慢性传染病。它是发展中国家的一种主要疾病,也是世界发达地区的一个日益严重的问题。认为世界人口的约三分之一被TB杆菌潜伏感染,每年有约900万新活动性TB病例和150万例死亡。约10%的被TB杆菌感染的人会发展为活动性TB,每个具有活动性TB的人平均每年感染其他10-15人(世界卫生组织TuberculosisFacts2014)。结核分枝杆菌通过呼吸途径感染个体。肺泡巨噬细胞吞噬该细菌,但是它能够通过抑制吞噬体与酸性溶酶体融合而存活和增殖。随后发生涉及CD4+和CD8+T细胞的复杂免疫应答,最终导致肉芽肿的形成。结核分枝杆菌作为病原体的成功关键在于以下事实:该分离的、但是未根除的细菌可能长期存在,使得个体容易随后发展为活动性TB。在感染后的第一年,少于5%的感染个体会发展为活动性TB。该肉芽肿可以存在数十年,并被认为包含缺乏氧和营养物的,在休眠状态下的活结核分枝杆菌。但是,已经提出,大部分处于休眠状态的细菌位于遍布体内的非巨噬细胞的细胞类型中(Locht等人,ExpertOpin.Biol.Ther.20077(11):1665-1677)。当宿主的天然免疫和病原体之间的平衡发生变化时(例如作为免疫抑制事件的结果),发生活动性TB的发展(AndersonPTrendsinMicrobiology200715(1):7-13;EhlersSInfection200937(2):87-95)。还已经提出描述潜伏性TB和活动性TB之间的平衡的动态假设(CardonaP-JInflammation&Allergy-DrugTargets20066:27-39;CardonaP-JInfection200937(2):80-86)。尽管感染在相当长时间内可以是无症状的,但是活动性疾病最常显现为肺的急性炎症,导致疲倦、重量减轻、发热和持续咳嗽。如果未经治疗,通常导致严重的并发症和死亡。结核病通常可以使用长期抗生素疗法进行控制,尽管这样的治疗不足以防止该疾病的扩散。活动性地感染的个体可以是很大程度上无症状的,但在一定时间具有传染性。此外,尽管对治疗方案(其通常持续6个月或更长)的顺应性是关键的,但是患者行为难以监测。一些患者并未完成疗程,这可以导致无效治疗和抗药性的发展。多药抗性的TB(MDR-TB)是对一线药物没有应答的一种形式。2013年估计480,000人发展成MDR-TB。MDR-TB可通过使用二线药物治疗。然而,二线治疗选择是有限的,并且推荐的药物并不总是可用。所需的广泛化疗(长达两年的治疗)是昂贵的,并且可以在患者中产生严重的不良药物反应。当在对一线药物的耐受之上发生对二线药物的耐受时,产生广泛药物抗性的TB(XDR-TB)。据估计,约9.0%的MDR-TB病例具有XDR-TB(世界卫生组织TuberculosisFacts2014)。即使完成了抗生素治疗的整个疗程,结核分枝杆菌的感染可能没有从受感染的个体根除,并可能作为可以再活化的潜伏感染保留下来。因此,对疾病的准确和早期诊断是最为重要的。目前,用减毒活细菌进行疫苗接种是最广泛使用的用于诱导保护性免疫的方法。用于该目的的最常用的分枝杆菌是卡介苗(BacillusCalmette-Guerin,BCG),即60多年前首次开发出的牛分枝杆菌(M.bovis)的无毒株。它在TB流行区域在出生后施用。但是,BCG的安全性和效力成为争论的来源——尽管在儿童中保护抵御严重的疾病表现,但是成人中BCG对疾病的效力是可变的。此外,一些国家,诸如美国,没有用这种药剂给普通民众接种疫苗。已经显示在分枝杆菌感染的早期阶段期间被强烈表达的多种蛋白在动物疫苗接种模型中提供保护效力。但是,使用在感染的早期阶段期间被高度表达的抗原的疫苗接种可能不会提供用于处理感染的晚期阶段的最佳免疫应答。在潜伏感染期间的充分控制可能需要这样的T细胞:其对在该时期表达的特定抗原是特异性的。直接靶向休眠的持久细菌的暴露后疫苗可能有助于保护免于TB再活化,由此增强TB控制,或者甚至能够清除感染。因此,靶向潜伏性TB的疫苗可以显著地和经济地降低总TB感染率。基于晚期阶段抗原的疫苗也可以与早期阶段抗原联合使用以提供多阶段疫苗。可替换地,早期和/或后期阶段抗原可以用于补充和改善BCG疫苗接种。通常,本发明的方法的目的是,诱导保护性免疫应答,即针对有关的病原体给对象免疫或接种疫苗。因此,本发明可以用于预防、治疗或改善分枝杆菌感染,诸如牛分枝杆菌或结核分枝杆菌感染,特别是结核分枝杆菌感染。本发明可以出于以下目的提供:-预防由感染(即原发性结核病)或再活化(即继发性结核病)引起的活动性结核病,诸如通过施用给未被感染的对象或可替换地具有潜伏感染的对象;-预防潜伏性结核病,诸如通过施用给未被感染的对象;-治疗潜伏性结核病;-预防或延迟结核病的再活化,特别是延迟再活化,例如延迟数月、数年的时段或无限期地延迟;或者-治疗活动性结核病(诸如减少对化疗治疗的需求:诸如减小化疗治疗期,化疗治疗的药物方案或剂量的复杂性;可替换地,降低化疗治疗后的后期复发的风险)。激发的免疫应答可以是抗原特异性T细胞应答(其可以是全身性应答和/或局部应答)。可以,例如,从全血样品中检测全身性应答。可以从适当的组织样品(例如肺组织)或其他局部聚焦的采样方法(例如支气管肺泡灌洗液)中检测局部应答(例如,肺中的局部应答)。抗原特异性T细胞应答可以包含CD4+T细胞应答,诸如涉及表达多种细胞因子(例如IFNγ、TNFα或IL2,特别是IFNγ、TNFα和IL2)的CD4+T细胞的应答。可替换地或额外地,所述抗原特异性T细胞应答包含CD8+T细胞应答,诸如涉及表达多种细胞因子(例如IFNγ、TNFα或IL2,特别是IFNγ、TNFα和IL2)的CD8+T细胞的应答。术语“活动性感染”是指具有显现的疾病症状和/或损伤(适当地具有显现的疾病症状)的感染,例如,结核分枝杆菌感染。术语“非活动性感染”、“休眠感染”或“潜伏感染”或“潜伏性结核病”是指没有显现疾病症状和/或损伤(适当地没有显现的疾病症状)的感染,例如,结核分枝杆菌感染。具有潜伏感染的对象将适当地是测试为感染阳性的对象,例如通过结核菌素皮肤测试(TST)或干扰素-γ释放测定(IGRAs),但是所述对象还没有表现出与活动性感染相关的疾病症状和/或损伤。术语“原发性结核病”是指紧随感染(例如,结核分枝杆菌感染)以后的临床疾病,例如,疾病症状的显现。参见,Harrison'sPrinciplesofInternalMedicine,第150章,第953-966页(第16版,Braunwald,等人编,2005)。术语“继发性结核病”或“原发后结核病”是指休眠的、非活动性的或潜伏性感染(例如,结核分枝杆菌感染)的再活化。参见,Harrison'sPrinciplesofInternalMedicine,第150章,第953-966页(第16版,Braunwald,等人编,2005)。术语“结核病再活化”是指测试为感染阳性(例如,通过结核菌素皮肤测试(TST)或干扰素-γ释放测定(IGRAs))、但是没有明显疾病症状的个体中,随后显现的疾病症状。适当地,个体没有再暴露于感染。该阳性诊断测试指示该个体被感染,但是,该个体可能曾显示或未曾显示活动性疾病症状,其已经进行过充分治疗以将结核病带入非活动性或潜伏状态。适合地将所述方法应用于未被分枝杆菌感染的对象或已经具有分枝杆菌潜伏感染(诸如结核分枝杆菌感染)的对象。在一个实施方案中,将所述方法应用于不具有结核分枝杆菌(在人类对象的背景下)或牛分枝杆菌(在牛科动物对象的背景下)感染的对象。在另一个实施方案中,所述方法应用于具有分枝杆菌,诸如结核分枝杆菌(在人类对象的背景下)或牛分枝杆菌(在牛科动物对象的背景下)潜伏感染的对象。在某些实施方案中,所述对象以前已经用BCG接种疫苗。例如,本发明的方法可在BCG疫苗接种后至少一年用于对象,例如在BCG疫苗接种后至少两年,诸如BCG疫苗接种后至少五年。在某些实施方案中,所述对象以前已经被结核分枝杆菌感染。用在本发明中的抗原分枝杆菌抗原是抗原性序列(即包含至少一个B或T细胞表位的来自分枝杆菌蛋白的序列)。适合地,所述分枝杆菌抗原包含至少一个T细胞表位。本发明中特别感兴趣的分枝杆菌抗原是衍生自以下的那些:(i)Mtb8.4(也称为DPV和Rv1174c),其多肽序列描述在WO97/09428的SEQIDNO:102(SEQIDNO:101中的cDNA)和Coler等人JournalofImmunology1998161:2356-2364中。特别感兴趣的是不存在引导信号肽(即来自WO97/09428的SEQIDNO:102的氨基酸残基15-96)的成熟Mtb8.4序列。Rv1174的全长多肽序列显示于SEQIDNO:39中;(ii)Mtb9.8(也称为MSL和Rv0287),其多肽序列描述在WO98/53075的SEQIDNO:109(MSL的片段公开于WO98/53075的SEQIDNOs:110-124中,SEQIDNOs:119和120是特别感兴趣的)以及也在Coler等人Vaccine200927:223-233(特别是其中图2中所示的反应片段)中。关于Rv0287的全长多肽序列显示于SEQIDNO:41中;(iii)Mtb9.9(也称为Mtb9.9A、MTI、MTI-A和Rv1793),其多肽序列描述在WO98/53075的SEQIDNO:19和Alderson等人JournalofExperimentalMedicine20007:551-559(MTI的片段公开于WO98/53075的SEQIDNOs:17和51-66中,SEQIDNOs:17、51、52、53、56和62-65是特别感兴趣的)中。MTI的许多多肽变体描述在WO98/53075的SEQIDNOs:21、23、25、27、29和31和Alderson等人JournalofExperimentalMedicine20007:551-559中。关于Rv1793的全长多肽序列显示于SEQIDNO:41中;(iv)Mtb41(也称为MTCC2和Rv0915c),其多肽序列描述在WO98/53075的SEQIDNO:142(SEQIDNO:140中的cDNA)和Skeiky等人JournalofImmunology2000165:7140-7149中。关于Rv0915的全长多肽序列显示于SEQIDNO:42中;(v)ESAT-6(也称为esxA和Rv3875),其多肽序列描述在WO97/09428的SEQIDNO:103(SEQIDNO:104中的cDNA)和Sorensen等人InfectionandImmunity199563(5):1710-1717中。关于Rv3875的全长多肽序列显示于SEQIDNO:43中;(vi)Ag85复合抗原(例如Ag85A,也称为fbpA和Rv3804;或Ag85B,也称为fbpB和Rv1886),其例如在Content等人InfectionandImmunity199159:3205-3212和Huygen等人NatureMedicine19962(8):893-898中讨论。关于Rv3804/Ag85A的全长多肽序列显示于SEQIDNO:44中(残基43-338,即缺乏信号肽的成熟蛋白,是特别感兴趣的)。关于Ag85B的全长多肽序列显示于SEQIDNO:45中(残基41-325,即缺乏信号肽的成熟蛋白,是特别感兴趣的);(vii)α-晶体蛋白(也称为hspX和Rv2031),其描述在Verbon等人JournalofBacteriology1992174:1352-1359和Friscia等人ClinicalandExperimentalImmunology1995102:53-57(特别感兴趣的是对应于残基71-91、21-40、91-110和111-130的片段))中。关于Rv2031的全长多肽序列显示于SEQIDNO:46中;(viii)Mpt64(也称为Rv1980),其描述在Roche等人ScandinavianJournalofImmunology199643:662-670中。关于Mpt64的全长多肽序列显示于SEQIDNO:47中(残基24-228即缺乏信号肽的成熟蛋白是特别感兴趣的);(ix)TB10.4(也称为cfp7和Rv0288),其描述在例如Skjot等人InfectImmun200270:5446-5453,Dietrich等人JImmunol2005174:6332-6339和Elvang等人PLoSOne2009;4(4):e5139中。关于Rv0288的全长多肽序列显示于SEQIDNO:48中;(x)RV1753,诸如描述在WO2010010180的SEQIDNO:1和2-7中。关于来自结核分枝杆菌菌株C的Rv1753的全长多肽序列显示于SEQIDNO:49中;(xi)Rv2386c,WO2010010179的SEQIDNO:1和2-7。关于来自结核分枝杆菌H37Rv的Rv2386c的全长多肽序列显示于SEQIDNO:50中;和/或(xii)Mtb40(也称为HTCC1和Rv3616),诸如在WO2011092253中描述,例如选自WO2011092253的SEQIDNO:1和2-7的天然Rv3616序列,或修饰的Rv3616序列,诸如选自WO2011092253的SEQIDNO:161至169、179和180的那些。选自WO2011092253的SEQIDNO:127、128、130、131-133、135、143-148或150-156的Rv3616片段是特别感兴趣的。关于Rv3616的全长多肽序列显示于SEQIDNO:51中;(xiii)Rv3407,关于Rv3407的全长多肽序列显示于SEQIDNO:52中;(xiv)Rv2660,关于Rv2660的全长多肽序列显示于SEQIDNO:53中;(xv)Rv2608,关于Rv2608的全长多肽序列显示于SEQIDNO:54中;(xvi)Rv3619,关于Rv3619的全长多肽序列显示于SEQIDNO:55中;(xvii)Rv3620,关于Rv3620的全长多肽序列显示于SEQIDNO:56中;(xviii)Rv1813,关于Rv1813的全长多肽序列显示于SEQIDNO:57中;(xix)Rv1009,也称为RpfB,关于Rv1009的全长多肽序列显示于SEQIDNO:58中;(xx)Rv2389,也称为RpfD,关于Rv2389的全长多肽序列显示于SEQIDNO:59中;(xxi)Rv2626,关于Rv2626的全长多肽序列显示于SEQIDNO:60中;(xxii)Rv1733,关于Rv1733的全长多肽序列显示于SEQIDNO:61中;(xxiii)Rv3136,也称为PPE51,关于Rv3136的全长多肽序列显示于SEQIDNO:62中;(xxiv)Rv0475,也称为HBHA,并描述在WO97044463、WO03044048和WO2010149657中,关于Rv0475的全长多肽序列显示于SEQIDNO:63中;(xxv)Mtb32A(也称为Rv0125),其多肽序列描述在WO01/98460的SEQIDNO:2(全长)和SEQIDNO:4的残基8-330(成熟)中,尤其是使催化三联体中的至少一个突变的变体(例如催化性丝氨酸残基,其可以例如突变为丙氨酸)。关于Rv0125的成熟多肽序列显示于SEQIDNO:64中。具有Ser/Ala突变的Mtb32A的成熟形式显示于SEQIDNO:65中。特别感兴趣的Rv0125的片段包括Ra12(也称为Mtb32AC末端抗原),其多肽序列描述在WO01/98460的SEQIDNO:10和Skeiky等人JournalofImmunology2004172:7618-7682中。关于Ra12的全长多肽序列显示于SEQIDNO:66中。特别感兴趣的Rv0125的另一种片段是Ra35(也称为Mtb32AN末端抗原),其多肽序列描述在WO01/98460的SEQIDNO:8和Skeiky等人JournalofImmunology2004172:7618-7682中。关于Ra35的全长多肽序列显示于SEQIDNO:67中;和(xxvi)TbH9(也称为Mtb39、Mtb39A、TbH9FL和Rv1196),其多肽序列描述在WO97/09428的SEQIDNO:107,并且也描述在Dillon等人InfectionandImmunity199967(6):2941-2950和Skeiky等人JournalofImmunology2004172:7618-7682中。关于Rv1196的全长多肽序列显示于SEQIDNO:68中。也可以利用分枝杆菌抗原的组合。在这样的情况下,分枝杆菌抗原可以单独或作为一种或多种融合蛋白的一部分编码。“融合多肽”或“融合蛋白”是指具有至少两个直接或经由氨基酸接头共价连接的异源多肽(例如至少两个分枝杆菌属种多肽)的蛋白。融合蛋白的多肽可以呈任何顺序。可以编码的抗原组合(适当地以单一融合蛋白的形式)包括:(a)Ag85B序列和ESAT-6序列(诸如H1融合蛋白抗原);(b)Ag85B序列和TB10.4序列(诸如H4融合蛋白抗原);(c)Ag85B序列、ESAT-6序列和Rv2660序列(诸如H56融合蛋白抗原);(d)Rv2608序列、Rv3619序列、Rv3620序列和Rv1813序列(诸如ID93融合蛋白抗原);(e)Ag85A序列、Ag85B序列和Rv3407序列;(f)Rv1733序列和Rv2626序列;诸如:(f-i)Rv1733序列、Rv2626序列和ESAT-6序列;(f-i-a)Rv1733序列、Rv2626序列、ESAT-6序列和RpfD序列;诸如:(f-i-a-i)Rv1733序列、Rv2626序列、ESAT-6序列、RpfD序列和Ag85B序列;(f-i-b)Rv1733序列、Rv2626序列、ESAT-6序列和Rpfb序列;诸如:(f-i-b-i)Rv1733序列、Rv2626序列、ESAT-6序列、RpfB序列和Ag85B序列;(f-ii)Rv1733序列、Rv2626序列和Rv3407序列;诸如:(f-ii-a)Rv1733序列、Rv2626序列、Rv3407序列和RpfD序列;(f-ii-b)Rv1733序列、Rv2626序列、Rv3407序列和RpfB序列;(f-iii)Rv1733序列、Rv2626序列和PPE51序列;诸如:(f-iii-a)Rv1733序列、Rv2626序列、PPE51序列和RpfD序列;(f-iii-b)Rv1733序列、Rv2626序列、PPE51序列和RpfB序列。技术人员将认识到组合不需要依赖于上文(i)-(xxvi)中所述的特定序列,并且可以替代地使用所述序列的具有至少80%同一性,诸如至少90%同一性,尤其是至少95%同一性并且特别是至少98%同一性的变体,或免疫原性片段(例如全长抗原的至少20%,诸如该抗原的至少40%,尤其是至少50%,并且特别是至少75%)。因此,腺病毒可以编码组合(a)至(f)中的任一种,诸如在单一融合蛋白中,其中每种组分具有至少80%同一性,诸如至少90%同一性,尤其是至少95%同一性且尤其是至少98%同一性,或者是所述序列的免疫原性片段(例如,全长抗原的至少20%,诸如该抗原的至少40%,尤其是至少50%且特别是至少75%)(其可以呈任何顺序)。特别合适的组合是包含Rv1196序列和Rv0125序列的那些,诸如Mtb72f融合蛋白抗原或M72融合蛋白抗原。Rv1196(例如以名称Mtb39a,描述在Dillon等人InfectionandImmunity199967(6):2941-2950中)是高度保守的,其在H37Rv、C、Haarlem、CDC1551、94-M4241A、98-R604INH-RIF-EM、KZN605、KZN1435、KZN4207、KZNR506菌株间具有100%序列同一性,F11菌株具有单点突变Q30K(大多数其他临床分离物与H37Rv具有超过90%的同一性)。编码Rv1196相关抗原的腺病毒描述在Lewinsohn等人AmJRespirCritCareMed2002116:843-848中。Rv0125(例如以名称Mtb32a,描述在Skeiky等人InfectionandImmunity199967(8):3998-4007中)也是高度保守的,其中在许多菌株间具有100%序列同一性。编码Rv0125相关抗原的腺病毒(人Ad5)描述在Zhang等人HumanVaccines&Therapeutics201511(7):1803-1813doi:10.1080/21645515.2015.1042193中。全长Rv0125包括被切割以提供成熟蛋白的N末端信号序列。已经显示Mtb72f在许多动物模型中提供保护(参见,例如:Brandt等人Infect.Immun.200472(11):6622-6632;Skeiky等人J.Immunol.2004172:7618-7628;Tsenova等人Infect.Immun.200674(4):2392-2401)。Mtb72f也已经是临床研究的主题(VonEschen等人2009HumanVaccines5(7):475-482).M72是一种改进的抗原,其相对于Mtb72f并入了单一丝氨酸至丙氨酸的突变,导致改进的稳定性特征。也已经显示M72相关抗原在潜伏TB模型中是有价值的(国际专利申请WO2006/117240,其通过引用并入本文)。先前的临床前和临床研究已经导致M72连同免疫刺激剂3-O-脱酰化的单磷酰脂质A(3D-MPL)和QS21一起在脂质体制剂中,并且在0,1个月时间表中使用10μgM72多肽、25μg3D-MPL和25μgQS21在人中施用(参见,例如,Leroux-Roels等人Vaccine2013312196-2206,Montoya等人J.Clin.Immunol.201333(8):1360-1375;ThacherEG等人AIDS201428(12):1769-1781;IdokoOT等人Tuberculosis(Edinb)201494(6):564-578;Penn-NicholsonA,等人Vaccine201533(32):4025-4034doi:10.1016/j.vaccine.2015.05.088)。在本发明的一个实施方案中,所述腺病毒包含编码分枝杆菌抗原的核酸序列,所述分枝杆菌抗原衍生自Rv0125、Rv0287、Rv0288、Rv0475、Rv0915、Rv1009、Rv1174、Rv1196、Rv1733、Rv1753、Rv1793、Rv1813、Rv1886、Rv1980、Rv2031、Rv2386、Rv2389、Rv2608、Rv2626、Rv2660、Rv3136、Rv3407、Rv3616、Rv3619、Rv3620、Rv3804和Rv3875中的至少一种,尤其是Rv0125、Rv0287、Rv0915、Rv1174、Rv1196、Rv1753、Rv1793、Rv2386和Rv3616中的至少一种,特别是Rv0125和Rv1196中的至少一种。术语RvNNNN是指由从结核分枝杆菌的H37Rv菌株鉴定的基因编号NNNN编码的蛋白或其来自另一种分枝杆菌(诸如牛分枝杆菌)或尤其是结核分枝杆菌的另一种菌株的同源物。来自H37Rv的蛋白的序列是本领域已知的,并且可以获得自例如Tuberculist(http://tuberculist.epfl.ch/)。所述腺病毒可以包含编码分枝杆菌抗原的核酸序列,所述分枝杆菌抗原包含Rv0125、Rv0287、Rv0288、Rv0475、Rv0915、Rv1009、Rv1174、Rv1196、Rv1733、Rv1753、Rv1793、Rv1813、Rv1886、Rv1980、Rv2031、Rv2386、Rv2389、Rv2608、Rv2626、Rv2660、Rv3136、Rv3407、Rv3616、Rv3619、Rv3620、Rv3804和Rv3875中的至少一种,尤其是Rv0125、Rv0287、Rv0915、Rv1174、Rv1196、Rv1753、Rv1793、Rv2386和Rv3616中的至少一种,特别是Rv0125和Rv1196中的至少一种。所述腺病毒可以包含编码分枝杆菌抗原的核酸序列,所述分枝杆菌抗原包含与Rv0125、Rv0287、Rv0288、Rv0475、Rv0915、Rv1009、Rv1174、Rv1196、Rv1733、Rv1753、Rv1793、Rv1813、Rv1886、Rv1980、Rv2031、Rv2386、Rv2389、Rv2608、Rv2626、Rv2660、Rv3136、Rv3407、Rv3616、Rv3619、Rv3620、Rv3804或Rv3875,尤其是Rv0125、Rv0287、Rv0915、Rv1174、Rv1196、Rv1753、Rv1793、Rv2386或Rv3616,特别是Rv0125或Rv1196中的至少一种具有至少80%同一性的序列。适合地,所述分枝杆菌抗原包含与参照序列具有至少90%同一性,尤其是至少95%,诸如至少98%同一性的序列。所述腺病毒可以包含编码分枝杆菌抗原的核酸序列,所述分枝杆菌抗原包含作为Rv0125、Rv0287、Rv0288、Rv0475、Rv0915、Rv1009、Rv1174、Rv1196、Rv1733、Rv1753、Rv1793、Rv1813、Rv1886、Rv1980、Rv2031、Rv2386、Rv2389、Rv2608、Rv2626、Rv2660、Rv3136、Rv3407、Rv3616、Rv3619、Rv3620、Rv3804或Rv3875,尤其是Rv0125、Rv0287、Rv0915、Rv1174、Rv1196、Rv1753、Rv1793、Rv2386或Rv3616,特别是Rv0125或Rv1196中的至少一种的免疫原性片段(诸如包含一个或多个T细胞表位)的序列。适合地,所述分枝杆菌抗原包含作为来自参照序列的至少20个氨基酸残基,诸如至少50个氨基酸残基的免疫原性片段的序列。可替换地,所述分枝杆菌抗原包含作为参照序列的总长度的至少20%,诸如参照序列残基的总长度的至少30%,尤其是参照序列残基的总长度的至少40%,特别是参照序列残基的总长度的至少50%,诸如参照序列的总长度的至少75%的免疫原性片段的序列。在本发明的一个实施方案中,所述腺病毒包含编码分枝杆菌抗原的核酸序列,所述分枝杆菌抗原衍生自SEQIDNO:39至68中的至少一种,尤其是SEQIDNO:65至68且特别是SEQIDNO:70。上述个别抗原序列每一种也公开于Cole等人Nature1998393:537-544和CamusMicrobiology2002148:2967-2973中。结核分枝杆菌H37Rv的基因组是可公开获得的,例如在WelcomeTrustSangerInstitute网站(www.sanger.ac.uk/Projects/M_tuberculosis/)和其他地方。适当地,所述分枝杆菌抗原含有2500个氨基酸残基或更少,诸如1500个氨基酸残基或更少,尤其是1200个氨基酸残基或更少,特别是1000个氨基酸残基或更少,通常800个氨基酸残基或更少。T细胞表位是被T细胞(例如CD4+或CD8+T细胞)识别的氨基酸的短连续段。T细胞表位的鉴定可以通过本领域技术人员已知的表位作图实验实现(参见,例如,Paul,FundamentalImmunology,第3版,243-247(1993);Beiβbarth等人Bioinformatics200521(Suppl.1):i29-i37)。在不同的远亲杂交群体(诸如人)中,不同的HLA类型是指特定表位可能不被该群体的所有成员识别。由于T细胞应答在结核病中的关键参与,为了使识别的水平和免疫应答的规模最大化,参照序列的免疫原性的衍生物理想地是含有大多数(或适当地所有)完整T细胞表位的那种。Mortier等人BMCImmunology201516:63对Mtb72f和M72结核病候选疫苗抗原进行序列保守性分析和计算机模拟(insilico)的人类白细胞抗原-肽结合预测。技术人员会认识到,改变、添加或缺失单个氨基酸或小百分比的氨基酸的对蛋白的单独取代、缺失或添加是这样的“免疫原性的衍生物”:其中所述改变导致在功能上类似的氨基酸对氨基酸的取代或者不会实质上影响免疫原性功能的残基的取代/缺失/添加。提供在功能上类似的氨基酸的保守取代表是本领域众所周知的。一般而言,这样的保守取代将落入下文详细说明的氨基酸分组之一中,尽管在某些情况下,其它取代也会是可能的,而不实质上影响所述抗原的免疫原性特性。以下八个组各含有通常为彼此保守取代的氨基酸:1)丙氨酸(a)、甘氨酸(G);2)天冬氨酸(D)、谷氨酸(E);3)天冬酰胺(N)、谷氨酰胺(Q);4)精氨酸(R)、赖氨酸(K);5)异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、甲硫氨酸(M)、缬氨酸(V);6)苯丙氨酸(F)、酪氨酸(Y)、色氨酸(W);7)丝氨酸(S)、苏氨酸(T);和8)半胱氨酸(C)、甲硫氨酸(M)(参见,例如,Creighton,Proteins1984)。适当地,这样的取代不发生在表位区域,且因此对所述抗原的免疫原性特性不具有显著影响。免疫原性的衍生物还可以包括与参照序列相比在其中插入了另外氨基酸的那些。适当地,这样的插入不发生在表位区域,且因此对所述抗原的免疫原性特性不具有显著影响。插入的一个实例包括辅助目标抗原的表达和/或纯化的组氨酸残基的短段(例如,2-6个残基)。免疫原性的衍生物包括与参照序列相比其中已经缺失氨基酸的那些。适当地,这样的缺失不发生在表位区域,且因此对所述抗原的免疫原性特性不具有显著影响。技术人员会认识到,特定的免疫原性的衍生物可以包含取代、缺失和添加(或它们的任意组合)。在两个或更多个抗原序列的上下文中,术语“相同”或百分比“同一性”是指,当在对比窗或指定区域中,为了最大对应(如使用下述序列对比算法之一或通过手工比对和目检所测量的)进行对比和比对时,两个或更多个序列或子序列是相同的或具有一定百分比的相同的氨基酸残基。该定义也涉及测试序列的互补物(compliment)。任选地,所述同一性存在于至少200个氨基酸长度的区域,诸如至少300个氨基酸或至少400个氨基酸。适当地,所述对比在与参照序列(而不是衍生物序列)的整个长度对应的窗口中进行。对于序列对比,一个序列充当参照序列,将测试序列与之对比。当使用序列对比算法时,将测试序列和参照序列输入计算机,如果必要的话,指定子序列坐标,并指定序列算法程序参数。可以使用默认程序参数,或可以指定可选参数。然后,序列对比算法基于程序参数计算测试序列相对于参照序列的百分比序列同一性。本文中使用的“对比窗”是指,将两个序列最佳地比对后,其中序列可以与相同数量的连续位置的参照序列进行对比的区段。用于对比的序列的比对方法是本领域众所周知的。用于对比的序列的最佳比对可以例如通过下述进行:Smith和Waterman,Adv.Appl.Math.2:482(1981)的局部同源性算法,Needleman和Wunsch,J.Mol.Biol.48:443(1970)的同源性比对算法,Pearson和Lipman,Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA85:2444(1988)的检索相似性方法,这些算法的计算机化执行(Wisconsin遗传学软件包中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA,GeneticsComputerGroup,575ScienceDr.,Madison,WI),或者手工比对和目检(参见,例如,CurrentProtocolsinMolecularBiology(Ausubel等人,编.1995增刊))。有用算法的一个实例是PILEUP。PILEUP使用渐进的成对比对建立来自一组相关序列的多序列比对,以显示关联和序列同一性百分比。它还绘制显示用于建立比对的簇关联的树状图或系统树图。PILEUP使用Feng和Doolittle,J.Mol.Evol.35:351-360(1987)的渐进比对法的简化版。使用的方法与Higgins和Sharp,CABIOS5:151-153(1989)描述的方法类似。该程序可以比对高达300个序列,每个序列的最大长度为5,000个核苷酸或氨基酸。该多重比对程序开始于两个最相似序列的成对比对,从而产生两个比对序列的簇。然后将该簇与下一个最相关的序列或比对序列的簇进行比对。两个序列簇通过两个单独序列的成对比对的简单扩展进行比对。最终比对可以通过一系列渐进的成对比对实现。通过指定用于序列对比区域的特定序列和它们的氨基酸坐标,并通过指定程序参数来运行该程序。使用PILEUP,使用下述参数将参照序列与其它测试序列进行对比以确定序列同一性百分比关系:默认间隙权重(3.00),默认间隙长度权重(0.10),以及加权的末端间隙。PILEUP可以得自GCG序列分析软件包,例如,7.0版(Devereaux等人,Nuc.AcidsRes.12:387-395(1984))。适合用于确定序列同一性百分比和序列相似性的算法的另一个实例是BLAST和BLAST2.0算法,它们分别描述于Altschul等人,Nuc.AcidsRes.25:3389-3402(1977)和Altschul等人,J.Mol.Biol.215:403-410(1990)。用于执行BLAST分析的软件通过国家生物技术信息中心(网站在www.ncbi.nlm.nih.gov/)公开获取。该算法包括首先通过鉴定查询序列中长度为W的短字来鉴定高评分序列对(HSP),所述短字当与数据库序列中相同长度的字比对时,匹配或满足某些正值阈值评分T。T是指邻近字评分阈值(Altschul等人,出处同上)。这些初始邻近字采样(hit)作为用于启动搜索的种子以发现含有它们的更长HSP。所述字采样沿着每个序列在两个方向延伸,只要累计比对评分可以增加。对于核苷酸序列,使用参数M(对一对匹配残基的奖励分;总是>0)和N(对错配残基的罚分;总是<0)计算累计评分。对于氨基酸序列,使用评分矩阵来计算累计评分。在以下情况下字采样在每个方向的延伸被停止:累计比对评分较其最大获得值减少数量X;由于一个或多个负评分残基比对的累积,累计评分降至0或以下;或者到达任一序列的末端。BLAST算法参数W、T和X决定了比对的灵敏度和速度。BLASTN程序(用于核苷酸序列)使用11的字长(w)、10的预期(E)、M=5、N=-4和两条链的对比作为默认值。对于氨基酸序列,BLASTP程序使用3的字长、10的预期(E)和BLOSUM62评分矩阵(参见Henikoff和Henikoff,Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:10915(1989))、50的比对(B)、10的预期(E)、M=5、N=-4和两条链的对比作为默认值。BLAST算法还执行两个序列之间的相似性的统计学分析(参见,例如,Karlin和Altschul,Proc.Nat'l.Acad.Sci.USA90:5873-5787(1993))。由BLAST算法提供的一种相似性量度是最小总和概率(P(N)),它提供两个核苷酸或氨基酸序列之间偶然产生匹配的概率的指示。例如,如果测试核酸与参照核酸的对比的最小总和概率小于约0.2,更优选地小于约0.01和最优选地小于约0.001,认为所述核酸与参照序列类似。在每种情况下,多肽序列的免疫原性的衍生物通常将具有与参照序列基本相同的活性。所述基本相同的活性是指,在用特定抗原的PBMC、全血、肺组织或支气管肺泡灌洗液的体外再刺激测定(例如,再刺激数小时至长达两周之间诸如长达一天、1天至1周或1-2周的时段)中,参照序列的活性的至少50%、适当地至少75%和特别是至少90%,所述测定通过淋巴组织增殖,培养物上清液中细胞因子的产生(通过ELISA、CBA等测量)测量细胞的活化,或者通过胞内和胞外染色(例如使用对免疫标记物诸如CD3、CD4、CD8、IL2、TNF-α、IFN-γ、IL-17、CD40L、CD69等特异性的抗体),然后用流式细胞计数器表征T和B细胞应答。适当地,基本相同的活性是指在T细胞增殖和/或IFN-γ产生测定中,参照序列的活性的至少50%,适当地至少75%和尤其是至少90%。在一个实施方案中,编码的抗原是Rv1196相关抗原。术语‘Rv1196相关抗原’是指SEQIDNO:68中提供的Rv1196蛋白或其免疫原性衍生物。如本文所用,术语“衍生物”是指相对于参照序列被修饰的抗原。免疫原性衍生物与参照序列足够相似,以基本上保留参照序列的免疫原性特性并且仍然能够允许针对参照序列产生免疫应答。例如,免疫原性衍生物可以包含参照序列的修饰形式,或者可替换地可以由参照序列的修饰形式组成。Rv1196相关抗原可以例如含有2500个氨基酸残基或更少,诸如1500个氨基酸残基或更少,尤其是1200个氨基酸残基或更少,特别是1000个氨基酸残基或更少,通常800个氨基酸残基或更少。适合地,Rv1196相关抗原将包含(诸如由其组成)与SEQIDNO:68具有至少70%同一性,诸如至少80%,尤其是至少90%,特别是至少95%、例如至少98%,诸如至少99%同一性的序列。Rv1196相关抗原的特定实例是来自结核分枝杆菌菌株H37Rv的Rv1196,如SEQIDNO:68中所提供。因此,在本发明的一个实施方案中,Rv1196相关抗原是包含SEQIDNO:68的蛋白。在本发明的第二个实施方案中,Rv1196相关抗原是由SEQIDNO:68组成的蛋白。典型的Rv1196相关抗原将包含(诸如由其组成)具有少量缺失、插入和/或取代的SEQIDNO:68的免疫原性衍生物。实例是在0-5个位置具有最多达5个残基的缺失,在0-5五个位置具有最多达5个残基的插入和最多达20个残基的取代的那些。Rv1196的其它免疫原性衍生物是包含(诸如由其组成)SEQIDNO:68的片段的那些,其长度为至少200个氨基酸,诸如至少250个氨基酸长度,尤其是至少300个氨基酸长度,特别是至少350个氨基酸长度。在一个实施方案中,多肽抗原和编码的抗原是Rv0125相关抗原。术语‘Rv0125相关抗原’是指SEQIDNO:64中提供的Rv0125蛋白或其免疫原性衍生物。如本文所用,术语“衍生物”是指相对于参照序列被修饰的抗原。免疫原性衍生物与参照序列足够相似,以基本上保留参照序列的免疫原性特性并且仍然能够允许针对参照序列产生免疫应答。例如,免疫原性衍生物可以包含参照序列的修饰形式,或者可替换地可以由参照序列的修饰形式组成。Rv0125相关抗原可以例如含有2500个氨基酸残基或更少,诸如1500个氨基酸残基或更少,尤其是1200个氨基酸残基或更少,特别是1000个氨基酸残基或更少,通常800个氨基酸残基或更少。适合地,Rv0125相关抗原将包含(诸如由其组成)与SEQIDNO:64具有至少70%同一性,诸如至少80%,尤其是至少90%,特别是至少95%、例如至少98%,诸如至少99%同一性的序列。Rv0125相关抗原的特定实例是来自结核分枝杆菌菌株H37Rv的Rv0125,如SEQIDNO:64中所提供。因此,在本发明的一个实施方案中,Rv0125相关抗原是包含SEQIDNO:64的蛋白。在本发明的第二个实施方案中,Rv0125相关抗原是由SEQIDNO:64组成的蛋白。典型的Rv0125相关抗原将包含(诸如由其组成)具有少量缺失、插入和/或取代的SEQIDNO:64的免疫原性衍生物。实例是在0-5个位置具有最多达5个残基的缺失,在0-5五个位置具有最多达5个残基的插入和最多达20个残基的取代的那些。Rv0125的其它免疫原性衍生物是包含(诸如由其组成)SEQIDNO:64的片段的那些,其长度为至少150个氨基酸,诸如至少200个氨基酸长度,尤其是至少250个氨基酸长度,特别是至少300个氨基酸长度的。Rv0125的具体免疫原性衍生物是包含(诸如由其组成)SEQIDNO:64的片段(其对应于SEQIDNO:3的残基1-195)的那些。Rv1196的另外的免疫原性衍生物是包含(诸如由其组成)SEQIDNO:64的片段(其对应于SEQIDNO:64的残基192-323)的那些。特别优选的Rv0125相关抗原是SEQIDNO:64的衍生物,其中催化三联体的至少一个(例如一个、两个或甚至全部三个)已被取代或缺失,使得蛋白酶活性已降低且更容易产生蛋白-催化性丝氨酸残基可被缺失或取代(例如被丙氨酸取代)和/或催化性组氨酸残基可被缺失或取代和/或取代的,催化性天冬氨酸残基可被缺失或取代。特别感兴趣的是SEQIDNO:64的衍生物,其中催化性丝氨酸残基已被取代(例如被丙氨酸取代)。还感兴趣的是Rv0125相关抗原,其包含(诸如由其组成)与SEQIDNO:64具有至少70%同一性,诸如至少80%,尤其是至少90%,特别是至少95%、例如至少98%,诸如至少99%同一性的序列,且其中催化三联体的至少一个已被取代或缺失,或者包含(诸如由其组成)SEQIDNO:64的片段的那些,其长度为至少150个氨基酸,诸如至少200个氨基酸长度,尤其是至少250个氨基酸长度,特别是至少300个氨基酸长度,且其中催化三联体的至少一个已被取代或缺失。Rv0125的另外的免疫原性衍生物是包含(诸如由其组成)SEQIDNO:64的片段(其对应于SEQIDNO:64的残基192-323)的那些,其中催化三联体的至少一个(例如一个、两个或甚至全部三个)已被取代或缺失。Rv1196的具体免疫原性衍生物是包含(诸如由其组成)SEQIDNO:64的片段(其对应于SEQIDNO:64的残基1-195)的那些,其中催化性丝氨酸残基(SEQIDNO:64的位置176)已被取代(例如被丙氨酸取代)。在某些实施方案中,所述分枝杆菌抗原是Rv1196和Rv0125相关抗原,诸如M72相关抗原。M72蛋白的特定衍生物包括在N-端具有额外His残基的那些(例如,两个His残基;或5个或尤其是6个His残基的多组氨酸标签,其可以用于镍亲和纯化)。Mtb72f(其含有在M72中已经被突变的初始丝氨酸残基)是M72的另一种衍生物,在N-端具有额外的His残基(例如,两个His残基;或5个或尤其是6个His残基的多组氨酸标签,其可以用于镍亲和纯化)的Mtb72f蛋白也是如此。在一些实施方案中,单一腺病毒可以编码两种不同的多肽,一种是Rv1196相关抗原,且一种是Rv0125相关抗原。适当地,M72相关抗原将包含这样的序列,诸如由其组成:所述序列与SEQIDNO.70具有至少70%同一性,诸如至少80%,尤其是至少90%,特别是至少95%,诸如至少98%,例如至少99%。典型的M72相关抗原将包含(诸如由其组成)具有小量缺失、插入和/或取代的SEQIDNO:70的衍生物。实例是在0-5个位置具有最多达5个残基的缺失、在0-5五个位置具有最多达5个残基的插入和最多达20个残基的取代的那些。M72的其它衍生物是包含(诸如由其组成)SEQIDNO:70的片段的那些,其长度为至少450个氨基酸,诸如至少500个氨基酸的长度,诸如至少550个氨基酸的长度,诸如至少600个氨基酸的长度,诸如至少650个氨基酸的长度或至少700个氨基酸的长度。由于M72是从两个单独抗原衍生的融合蛋白,至少450个残基的任意片段将包含多个来自全长序列的表位(Skeiky等人J.Immunol.2004172:7618-7628;SkeikyInfect.Immun.199967(8):3998-4007;DillonInfect.Immun.199967(6):2941-2950)。在特定实施方案中,所述M72相关抗原将包含SEQIDNO.70的残基2-723,例如包含SEQIDNO.70(或由SEQIDNO.70组成)。腺病毒腺病毒具有含二十面体衣壳的特征形态,所述二十面体衣壳包含三种主要蛋白:六邻体(II)、五邻体基础(III)和多节纤突(IV)、以及许多其它次要蛋白VI、VIII、IX、IlIa和IVa2。该病毒基因组是直链双链DNA。该病毒DNA与高碱性蛋白VII和小肽pX(以前称作mu)密切结合。另一种蛋白V与该DNA-蛋白复合物一起包装,并通过蛋白VI提供与衣壳的结构连接。该病毒也含有病毒编码的蛋白酶,所述蛋白酶是加工一些结构蛋白以产生成熟的传染性病毒所必需的。腺病毒基因组被充分地表征。就类似地定位(例如每种病毒的E1A、E1B、E2A、E2B、E3、E4、L1、L2、L3、L4和L5基因的位置)的特定开放读码框而言,在腺病毒基因组的整体组构中存在普遍保守性。腺病毒基因组的每个末端包含被称作反向末端重复(ITR)的序列,其是病毒复制所必需的。该病毒也包含病毒编码的蛋白酶,其是产生传染性病毒粒子所需的一些结构蛋白的加工所必需的。基于在宿主细胞转导以后表达病毒基因的次序,描述了腺病毒基因组的结构。更具体地,根据在DNA复制开始之前或之后是否发生转录,将所述病毒基因称作早期(E)或晚期(L)基因。在转导的早期阶段,表达腺病毒的E1A、E1B、E2A、E2B、E3和E4基因以制备用于病毒复制的宿主细胞。在感染的晚期阶段,编码病毒颗粒的结构组分的晚期基因L1-L5的表达被活化。腺病毒是物种特异性的,且已经从多个哺乳动物物种分离出不同的血清型(即,不会被抗体交叉中和的病毒类型)。例如,已经从人类分离超过50个血清型,它们基于序列同源性和基于它们的凝集红血细胞的能力而分成6个亚组(A-F;B细分成B1和B2)(Tatsis和ErtlMolecularTherapy(2004)10:616-629)。已经从非人猿猴诸如黑猩猩、倭黑猩猩、恒河猴和大猩猩分离出众多腺病毒,且基于以六邻体或纤突序列为基础的系统发生关系,将它们归类进相同人类组中(Colloca等人(2012)ScienceTranslationalMedicine4:1-9;Roy等人(2004)Virology324:361-372;Roy等人(2010)JournalofGeneMedicine13:17-25)。包括纤突蛋白的腺病毒衣壳蛋白和编码这些蛋白的多核苷酸如上所述,所述腺病毒衣壳包含三种主要蛋白:六邻体、五邻体和纤突。所述六邻体占衣壳的结构组分的大部分,所述衣壳由240个三聚体六邻体壳粒和12个五邻体基础组成。所述六邻体具有三个保守双桶,而顶部具有三个塔,每个塔含有来自每个亚基的环,所述亚基形成衣壳的大部分。六邻体的基础在腺病毒血清型之间是高度保守的,而表面环是可变的(Tatsis和ErtlMolecularTherapy(2004)10:616-629)。五邻体是另一种腺病毒衣壳蛋白,其形成纤突所连接的五聚体基础。三聚体纤突蛋白从在衣壳的12个顶点中的每一个处的五邻体基础伸出且是有节的杆样结构。腺病毒衣壳的表面相对于大多数其它二十面体病毒的表面的显著差异是细长的纤突蛋白的存在。所述纤突蛋白的主要作用是通过它与细胞受体的相互作用而将病毒衣壳与细胞表面的拴系。许多腺病毒血清型的纤突蛋白共享共同的构造:N-端尾巴,由重复序列制成的中心轴,和C-端球形结结构域(或“头”)。所述中心轴结构域由可变数目的β-重复组成。所述β-重复连接以形成高度刚性且稳定的三个相互缠绕的螺旋链的长形结构。所述轴将N-端尾巴与球形结结构连接,所述球形结结构负责与靶细胞受体的相互作用。腺病毒结结构域的球形性质呈现大表面用于在侧面和在顶点结合所述受体。该构造的作用是使受体结合位点突出远离病毒衣壳,从而使该病毒脱离由相对扁平的衣壳表面呈现的空间约束。尽管许多腺病毒血清型的纤突具有相同的整体构造,它们具有影响它们的功能以及结构的可变氨基酸序列。例如,在纤突结的表面上的许多暴露区域呈现可容易地适应的受体结合位点。所述纤突结的球形形状允许受体结合在所述结的侧面处或所述纤突结的顶部上。这些结合位点通常位于表面暴露的环上,所述环连接在人腺病毒之间不太保守的β-链。这些环上的暴露侧链给予所述结多种表面特征,同时保留三级和四级结构。例如,在结表面处的静电势和电荷分布可以由于纤突结序列中的等电点的宽范围(从对于Ad8、Ad19和Ad37而言大约9至对于亚组B腺病毒而言大约5的pI)而变化。作为在结构上复杂的病毒配体,所述纤突蛋白允许来自病毒衣壳的呈许多取向和距离(轴)的多种结合表面(结)的呈现。一些血清型之间最明显的变化之一是纤突长度。研究已经证实,纤突轴的长度强烈地影响所述结和所述病毒与它的靶受体的相互作用。此外,血清型之间的纤突蛋白还可以在它们的弯曲能力方面存在差异。尽管所述轴中的β-重复形成高度稳定的且规则的结构,但是电子显微术(EM)研究已经显示所述纤突中的不同铰链。来自几种腺病毒血清型纤突的蛋白序列的分析准确地定位在来自N-端尾巴的第三个β-重复处的,所述轴中的重复序列的破坏,其与所述轴中的铰链之一强相关,如通过EM看到的。所述纤突中的铰链允许所述结采取相对于该病毒衣壳的多种取向,这可以防止受体接合的位阻,所述受体接合需要所述结上的受体结合位点的正确呈现。例如,亚组DAd的刚性纤突因而需要柔性受体或为病毒连接预先设置的一个受体,因为它们本身不能弯曲(Nicklin等人MolecularTherapy200512:384-393)。通过使用纤突假型化技术已经实现了对不同Ad血清型特异性的细胞受体的鉴别和它们如何促进组织向性的知识。尽管一些亚组的Ad使用CAR作为第一受体,越来越清楚的是,许多Ad使用替代性第一受体,从而导致非常不同的体外和体内向性。这些血清型的纤突表现出它们的一级结构和三级结构的明显差异,诸如纤突轴刚度,纤突轴长度,和CAR结合位点和/或推定的HSPG结合基序的缺乏,以及在纤突结内的净电荷的差异。因此,用替代性纤突轴和结将Ad5颗粒假型化,提供除去重要细胞结合结构域的机会,且另外,可以允许与用Ad5实现的结果相比,更有效的(和潜在地更细胞选择性的)向确定细胞类型的转基因递送。如果使用的纤突是来自在人类或实验模型中具有较低血清阳性率的Ad(有利于载体的成功施用的情形),也可以减少纤突假型化的Ad颗粒的中和(Nicklin等人MolecularTherapy(2005)12:384-393)。此外,全长纤突以及分离的纤突结区域能够(但是单独的六邻体或五邻体不能)诱导树突细胞成熟且与有效CD8+T细胞应答的诱导有关(Molinier-Frenkel等人.J.Biol.Chem.(2003)278:37175-37182)。总之,腺病毒纤突在腺病毒载体的至少受体结合和免疫原性中起重要作用。图1中提供的比对阐明了C组猿猴腺病毒的纤突蛋白之间的差异。一个突出特征是,这些腺病毒的纤突序列可以宽泛地分组成具有长纤突(诸如ChAd155)或短纤突(诸如ChAd3)。该长度差别是由于与长纤突相比在短纤突中大约位置321处的36个氨基酸缺失。另外,存在许多氨基酸取代,它们在短纤突亚组相对于长纤突亚组之间不同,但是在每个亚组内是一致的。尽管尚未阐明这些差异的确切功能,鉴于纤突的功能和免疫原性,它们可能是显著的。已经证实,病毒向性的决定簇之一是纤突轴的长度。已经证实,具有较短轴的Ad5载体具有与CAR受体的较低结合效率和较低侵染性(Ambriović-RistovA.等人.:Virology.(2003)312(2):425-33):已经推测,该损害是较短纤突的刚度增加的结果,从而导致与细胞受体的更低效率的连接(Wu,E等人.:JVirol.(2003)77(13):7225-7235)。这些研究可以解释与以前描述的ChAd3和PanAd3(其携带具有更短轴的纤突)相比携带更长和更柔性纤突的ChAd155的改善的性能。在本发明的一个方面提供了黑猩猩腺病毒ChAd155的分离的纤突、五邻体和六邻体衣壳多肽,和编码黑猩猩腺病毒ChAd155的纤突、五邻体和六邻体衣壳多肽的分离的多核苷酸。预期所有三种衣壳蛋白都促成低血清阳性率,且因而可以彼此独立地或组合地用于抑制腺病毒对既存中和抗体的亲和力,例如以制备具有降低的血清阳性率的重组腺病毒。这样的重组腺病毒可以是具有衣壳蛋白的嵌合腺病毒,所述衣壳蛋白来自至少具有来自ChAd155的纤突蛋白的不同血清型。ChAd155纤突多肽序列提供在SEQIDNO:1中。ChAd155五邻体多肽序列提供在SEQIDNO:3中。ChAd155六邻体多肽序列提供在SEQIDNO:5中。包含ChAd155纤突的多肽序列或其功能衍生物的重组腺病毒或组合物适当地,本发明的重组腺病毒或组合物包含具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽。适当地,本发明的重组腺病毒或组合物包含这样的多肽:其为具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽的功能衍生物,其中所述功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:1的氨基酸序列具有至少80%同一性的氨基酸序列。适当地,具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽的功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:1的氨基酸序列具有至少80%同一性的氨基酸序列,诸如至少85.0%同一性,诸如至少90%同一性,诸如至少91.0%同一性,诸如至少93.0%同一性,诸如至少95.0%同一性,诸如至少97.0%同一性,诸如至少98.0%同一性,诸如至少99.0%同一性,诸如至少99.2%同一性,诸如至少99.4%同一性,诸如99.5%同一性,诸如至少99.6%同一性,诸如至少99.8%同一性,诸如99.9%同一性。可替换地,所述功能衍生物具有不超过130个、更适当地不超过120个、更适当地不超过110个、更适当地不超过100个、更适当地不超过90个、更适当地不超过80个、更适当地不超过70个、更适当地不超过60个、更适当地不超过50个、更适当地不超过40个、更适当地不超过30个、更适当地不超过20个、更适当地不超过10个、更适当地不超过5个、更适当地不超过4个、更适当地不超过3个、更适当地不超过2个、更适当地不超过1个相对于SEQIDNO:1的添加、缺失或取代。根据本发明的重组腺病毒或组合物适当地还包含:(a)具有根据SEQIDNO:3的氨基酸序列的多肽;或(b)具有根据SEQIDNO:3的氨基酸序列的多肽的功能衍生物,其中所述功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:3的氨基酸序列具有至少50.0%同一性的氨基酸序列,和/或(a)具有根据SEQIDNO:5的氨基酸序列的多肽;或(b)具有根据SEQIDNO:5的氨基酸序列的多肽的功能衍生物,其中所述功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:5的氨基酸序列具有至少50%同一性的氨基酸序列。具有根据SEQIDNO:3的氨基酸序列的多肽的功能衍生物适当地具有这样的氨基酸序列:其在其整个长度上与SEQIDNO:3的氨基酸序列具有至少60.0%,诸如至少70.0%,诸如至少80.0%,诸如至少85.0%,诸如至少90.0%,诸如至少91.0%同一性,诸如至少93.0%同一性,诸如至少95.0%同一性,诸如至少97.0%同一性,诸如至少98.0%同一性,诸如至少99.0%,诸如至少99.2%,诸如至少99.4%,诸如99.5%同一性,诸如至少99.6%,诸如99.7%同一性诸如至少99.8%同一性,诸如99.9%同一性。可替换地,所述功能衍生物具有不超过300个、更适当地不超过250个、更适当地不超过200个、更适当地不超过150个、更适当地不超过125个、更适当地不超过100个、更适当地不超过90个、更适当地不超过80个、更适当地不超过70个、更适当地不超过60个、更适当地不超过50个、更适当地不超过40个、更适当地不超过30个、更适当地不超过20个、更适当地不超过10个、更适当地不超过5个、更适当地不超过4个、更适当地不超过3个、更适当地不超过2个、更适当地不超过1个相对于SEQIDNO:3的添加、缺失或取代。具有根据SEQIDNO:5的氨基酸序列的多肽的功能衍生物适当地具有这样的氨基酸序列:其在其整个长度上与SEQIDNO:5的氨基酸序列具有至少60.0%,诸如至少70.0%,诸如至少80.0%,诸如至少85.0%,诸如至少90.0%,诸如至少91.0%同一性,诸如至少93.0%同一性,诸如至少95.0%同一性,诸如至少97.0%同一性,诸如至少98.0%同一性,诸如至少99.0%,诸如至少99.2%,诸如至少99.4%,诸如99.5%同一性,诸如至少99.6%,诸如99.7%同一性诸如至少99.8%同一性,诸如99.9%同一性。可替换地,所述功能衍生物具有不超过500个、更适当地不超过400个、更适当地不超过450个、更适当地不超过300个、更适当地不超过250个、更适当地不超过200个、更适当地不超过150个、更适当地不超过125个、更适当地不超过100个、更适当地不超过90个、更适当地不超过80个、更适当地不超过70个、更适当地不超过60个、更适当地不超过50个、更适当地不超过40个、更适当地不超过30个、更适当地不超过20个、更适当地不超过10个、更适当地不超过5个、更适当地不超过4个、更适当地不超过3个、更适当地不超过2个、更适当地不超过1个相对于SEQIDNO:5的添加、缺失或取代。包含ChAd155五邻体的多肽序列的重组腺病毒或组合物本发明的重组腺病毒或组合物适当地包含具有根据SEQIDNO:3的氨基酸序列的多肽。本发明的重组腺病毒或组合物适当地还包含:(a)具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽;或(b)具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽的功能衍生物,其中所述功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:1的氨基酸序列具有至少80%同一性的氨基酸序列,和/或(a)具有根据SEQIDNO:5的氨基酸序列的多肽;或(b)具有根据SEQIDNO:5的氨基酸序列的多肽的功能衍生物,其中所述功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:5的氨基酸序列具有至少60%同一性的氨基酸序列。具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽的功能衍生物适当地具有这样的氨基酸序列:其在其整个长度上与SEQIDNO:1的氨基酸序列具有至少60.0%同一性,诸如至少70.0%同一性,诸如至少80.0%同一性,诸如至少85.0%同一性,诸如至少87.0%同一性,诸如至少89.0%同一性,诸如至少91.0%同一性,诸如至少93.0%同一性,诸如至少95.0%同一性,诸如至少97.0%同一性,诸如至少98.0%同一性,诸如至少99.0%同一性,诸如至少99.2%,诸如至少99.4%,诸如99.5%同一性,诸如至少99.6%,诸如至少99.8%同一性,诸如99.9%同一性。可替换地,所述功能衍生物具有不超过130个、更适当地不超过120个、更适当地不超过110个、更适当地不超过100个、更适当地不超过90个、更适当地不超过80个、更适当地不超过70个、更适当地不超过60个、更适当地不超过50个、更适当地不超过40个、更适当地不超过30个、更适当地不超过20个、更适当地不超过10个、更适当地不超过5个、更适当地不超过4个、更适当地不超过3个、更适当地不超过2个、更适当地不超过1个相对于SEQIDNO:1的添加、缺失或取代。具有根据SEQIDNO:5的氨基酸序列的多肽的功能衍生物适当地具有这样的氨基酸序列:其在其整个长度上与SEQIDNO:5的氨基酸序列具有至少60.0%,诸如至少70.0%,诸如至少80.0%,诸如至少85.0%,诸如至少90.0%,诸如至少95.0%,诸如至少97.0%,诸如至少99.0%,诸如至少99.0%,诸如至少99.2%,诸如至少99.4%,诸如99.5%同一性,诸如至少99.6%,诸如至少99.8%同一性,诸如99.9%同一性。可替换地,所述功能衍生物具有不超过500个、更适当地不超过400个、更适当地不超过450个、更适当地不超过300个、更适当地不超过250个、更适当地不超过200个、更适当地不超过150个、更适当地不超过125个、更适当地不超过100个、更适当地不超过90个、更适当地不超过80个、更适当地不超过70个、更适当地不超过60个、更适当地不超过50个、更适当地不超过40个、更适当地不超过30个、更适当地不超过20个、更适当地不超过10个、更适当地不超过5个、更适当地不超过4个、更适当地不超过3个、更适当地不超过2个、更适当地不超过1个相对于SEQIDNO:5的添加、缺失或取代。包含编码ChAd155纤突或其功能衍生物的多核苷酸的重组腺病毒或组合物本发明的重组腺病毒或组合物适当地包含编码具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽的多核苷酸。所述多核苷酸适当地具有根据SEQIDNO:2的序列。可替换地,本发明的重组腺病毒或组合物包含编码具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽的功能衍生物的多核苷酸,其中所述功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:1的氨基酸序列具有至少80%同一性的氨基酸序列。具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽的功能衍生物适当地具有这样的氨基酸序列:其在其整个长度上与SEQIDNO:1的氨基酸序列具有至少80%同一性,诸如至少85.0%同一性,诸如至少90%同一性,诸如至少91.0%同一性,诸如至少93.0%同一性,诸如至少95.0%同一性,诸如至少97.0%同一性,诸如至少98.0%同一性,诸如至少99.0%同一性,诸如至少99%同一性,诸如至少99.4%同一性,诸如至少99.6%同一性,诸如至少99.8%同一性。可替换地,所述功能衍生物具有不超过130个、更适当地不超过120个、更适当地不超过110个、更适当地不超过100个、更适当地不超过90个、更适当地不超过80个、更适当地不超过70个、更适当地不超过60个、更适当地不超过50个、更适当地不超过40个、更适当地不超过30个、更适当地不超过20个、更适当地不超过10个、更适当地不超过5个、更适当地不超过4个、更适当地不超过3个、更适当地不超过2个、更适当地不超过1个相对于SEQIDNO:1的添加、缺失或取代。本发明的重组腺病毒或组合物适当地还包含这样的多核苷酸,其编码:(a)具有根据SEQIDNO:3的氨基酸序列的多肽;或(b)具有根据SEQIDNO:3的氨基酸序列的多肽的功能衍生物,其中所述功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:3的氨基酸序列具有至少50.0%同一性的氨基酸序列,和/或(a)具有根据SEQIDNO:5的氨基酸序列的多肽;或(b)具有根据SEQIDNO:5的氨基酸序列的多肽的功能衍生物,其中所述功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:5的氨基酸序列具有至少50%同一性的氨基酸序列。具有根据SEQIDNO:3的氨基酸序列的多肽的功能衍生物适当地具有这样的氨基酸序列:其在其整个长度上与SEQIDNO:3的氨基酸序列具有至少60.0%,诸如至少70.0%,诸如至少80.0%,诸如至少85.0%,诸如至少90.0%,诸如至少91.0%同一性,诸如至少93.0%同一性,诸如至少95.0%同一性,诸如至少97.0%同一性,诸如至少98.0%同一性,诸如至少99.0%,诸如至少99%,诸如至少99.4%,诸如至少99.6%,诸如至少99.8%同一性。可替换地,所述功能衍生物具有不超过300个、更适当地不超过250个、更适当地不超过200个、更适当地不超过150个、更适当地不超过125个、更适当地不超过100个、更适当地不超过90个、更适当地不超过80个、更适当地不超过70个、更适当地不超过60个、更适当地不超过50个、更适当地不超过40个、更适当地不超过30个、更适当地不超过20个、更适当地不超过10个、更适当地不超过5个、更适当地不超过4个、更适当地不超过3个、更适当地不超过2个、更适当地不超过1个相对于SEQIDNO:3的添加、缺失或取代。具有根据SEQIDNO:5的氨基酸序列的多肽的功能衍生物适当地具有这样的氨基酸序列:其在其整个长度上与SEQIDNO:5的氨基酸序列具有至少60.0%,诸如至少70.0%,诸如至少80.0%,诸如至少85.0%,诸如至少90.0%,诸如至少95.0%,诸如至少97.0%,诸如至少98.0%,诸如至少99.0%,诸如至少99.2%,诸如至少99.4%,诸如99.5%同一性,诸如至少99.6%,诸如99.7%同一性,诸如至少99.8%同一性,诸如99.9%同一性。可替换地,所述功能衍生物具有不超过500个、更适当地不超过400个、更适当地不超过450个、更适当地不超过300个、更适当地不超过250个、更适当地不超过200个、更适当地不超过150个、更适当地不超过125个、更适当地不超过100个、更适当地不超过90个、更适当地不超过80个、更适当地不超过70个、更适当地不超过60个、更适当地不超过50个、更适当地不超过40个、更适当地不超过30个、更适当地不超过20个、更适当地不超过10个、更适当地不超过5个、更适当地不超过4个、更适当地不超过3个、更适当地不超过2个、更适当地不超过1个相对于SEQIDNO:5的添加、缺失或取代。包含编码ChAd155五邻体的多核苷酸的重组腺病毒或组合物本发明的重组腺病毒或组合物适当地包含编码具有根据SEQIDNO:3的氨基酸序列的多肽的多核苷酸。所述多核苷酸适当地具有根据SEQIDNO:4的序列。本发明的重组腺病毒或组合物适当地还包含这样的多核苷酸,其编码:(a)具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽;或(b)具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽的功能衍生物,其中所述功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:1的氨基酸序列具有至少50%同一性的氨基酸序列,和/或(a)具有根据SEQIDNO:5的氨基酸序列的多肽;或(b)具有根据SEQIDNO:5的氨基酸序列的多肽的功能衍生物,其中所述功能衍生物具有在其整个长度上与SEQIDNO:5的氨基酸序列具有至少50%同一性的氨基酸序列。具有根据SEQIDNO:1的氨基酸序列的多肽的功能衍生物适当地具有这样的氨基酸序列:其在其整个长度上与SEQIDNO:1的氨基酸序列具有至少60.0%同一性,诸如至少70.0%同一性,诸如至少80.0%同一性,诸如至少85.0%同一性,诸如至少87.0%同一性,诸如至少89.0%同一性,诸如至少91.0%同一性,诸如至少93.0%同一性,诸如至少95.0%同一性,诸如至少97.0%同一性,诸如至少98.0%同一性,诸如至少99.0%,诸如至少99.2%,诸如至少99.4%,诸如99.5%同一性,诸如至少99.6%,诸如99.7%同一性诸如至少99.8%同一性,诸如99.9%同一性。可替换地,所述功能衍生物具有不超过130个、更适当地不超过120个、更适当地不超过110个、更适当地不超过100个、更适当地不超过90个、更适当地不超过80个、更适当地不超过70个、更适当地不超过60个、更适当地不超过50个、更适当地不超过40个、更适当地不超过30个、更适当地不超过20个、更适当地不超过10个、更适当地不超过5个、更适当地不超过4个、更适当地不超过3个、更适当地不超过2个、更适当地不超过1个相对于SEQIDNO:1的添加、缺失或取代。具有根据SEQIDNO:5的氨基酸序列的多肽的功能衍生物适当地具有这样的氨基酸序列:其在其整个长度上与SEQIDNO:5的氨基酸序列具有至少60.0%,诸如至少70.0%,诸如至少80.0%,诸如至少85.0%,诸如至少90.0%,诸如至少95.0%,诸如至少97.0%,诸如至少98.0%,诸如至少99.0%,诸如至少99.2%,诸如至少99.4%,诸如99.5%同一性,诸如至少99.6%,诸如99.7%同一性诸如至少99.8%同一性,诸如99.9%同一性。可替换地,所述功能衍生物具有不超过500个、更适当地不超过400个、更适当地不超过450个、更适当地不超过300个、更适当地不超过250个、更适当地不超过200个、更适当地不超过150个、更适当地不超过125个、更适当地不超过100个、更适当地不超过90个、更适当地不超过80个、更适当地不超过70个、更适当地不超过60个、更适当地不超过50个、更适当地不超过40个、更适当地不超过30个、更适当地不超过20个、更适当地不超过10个、更适当地不超过5个、更适当地不超过4个、更适当地不超过3个、更适当地不超过2个、更适当地不超过1个相对于SEQIDNO:5的添加、缺失或取代。ChAd155主链本申请描述了黑猩猩腺病毒ChAd155的分离的多核苷酸序列,包括野生型未修饰的ChAd155的分离的多核苷酸序列(SEQIDNO:10)和ChAd155的经修饰的主链构建体。这些经修饰的主链构建体包括ChAd155#1434(SEQIDNO:7)、ChAd155#1390(SEQIDNO:8)和ChAd155#1375(SEQIDNO:9)。ChAd155主链可以用于构建能复制的或不能复制的重组腺病毒用于递送转基因。下面提供了ChAd155野生型序列(SEQIDNO:10)序列的注解。基因座:ChAd15537830bpDNA直链10-JUN-2015定义:黑猩猩腺病毒155,完整基因组。注释:根据ChAd155相对于人腺病毒2参照毒株NC_001405的比对的注解手工地添加在E3区域中的两个推定ORF特征:位置/限定句来源1..37830/生物=“黑猩猩腺病毒155”/分子类型=“基因组DNA”/首字母简略词=“ChAd155”重复_区1..101/标准名称=“ITR”/重复类型=反向基因466..1622/基因=“E1A”TATA_信号466..471/基因=“E1A”prim_转录物497..1622/基因=“E1A”CDS连接(577..1117,1231..1532)/基因=“E1A”/产物=“E1A_280R”CDS连接(577..979,1231..1532)/基因=“E1A”/产物=“E1A_243R”聚腺苷酸信号1600..1605/基因=“E1A”基因1662..4131/基因=“E1B”TATA_信号1662..1667/基因=“E1B”prim_转录物1692..4131/基因=“E1B”CDS1704..2267/基因=“E1B”/产物=“E1B_19K”CDS2009..3532/基因=“E1B”/产物=“E1B_55K”基因3571..4131/基因=“IX”TATA_信号3571..3576/基因=“IX”prim_转录物3601..4131/基因=“IX”CDS3628..4092/基因=“IX”/产物=“IX”聚腺苷酸信号4097..4102/注=“E1B,IX”基因互补物(4117..27523)/基因=“E2B”prim_转录物互补物(4117..27494)/基因=“E2B”基因互补物(4117..5896)/基因=“IVa2”prim_转录物互补物(4117..5896)/基因=“IVa2”CDS互补物(连接(4151..5487,5766..5778))/基因=“IVa2”/产物=“E2B_IVa2”聚腺苷酸信号互补物(4150..4155)/注=“IVa2,E2B”CDS互补物(连接(5257..8838,14209..14217))/基因=“E2B”/产物=“E2B_聚合酶”基因6078..34605/基因=“L5”基因6078..28612/基因=“L4”基因6078..22658/基因=“L3”基因6078..18164/基因=“L2”基因6078..14216/基因=“L1”TATA_信号6078..6083/注=“L”prim_转录物6109..34605/基因=“L5”prim_转录物6109..28612/基因=“L4”prim_转录物6109..22658/基因=“L3”prim_转录物6109..18164/基因=“L2”prim_转录物6109..14216/基因=“L1”CDS连接(8038..8457,9722..9742)/基因=“L1”/产物=“L1_13.6K”CDS互补物(连接(8637..10640,14209..14217))/基因=“E2B”/产物=“E2B_pTP”基因10671..10832/基因=“VAI”misc_RNA10671..10832/基因=“VAI”/产物=“VAI”基因10902..11072/基因=“VAII”misc_RNA10902..11072/基因=“VAII”/产物=“VAII”CDS11093..12352/基因=“L1”/产物=“L1_52K”CDS12376..14157/基因=“L1”/产物=“L1_pIIIa”聚腺苷酸信号14197..14202/基因=“L1”CDS14254..16035/基因=“L2”/产物=“L2_五邻体”CDS16050..16646/基因=“L2”/产物=“L2_pVII”CDS16719..17834/基因=“L2”/产物=“L2_V”CDS17859..18104/基因=“L2”/产物=“L2_pX”聚腺苷酸信号18143..18148/基因=“L2”CDS18196..18951/基因=“L3”/产物=“L3_pVI”CDS19063..21945/基因=“L3”/产物=“L3_六邻体”CDS21975..22604/基因=“L3”/产物=“L3_蛋白酶”聚腺苷酸信号22630..22635/基因=“L3”基因互补物(22632..27523)/基因=“E2A”prim_转录物互补物(22632..27494)/基因=“E2A”基因互补物(22632..26357)/基因=“E2A-L”prim_转录物互补物(22632..26328)/基因=“E2A-L”聚腺苷酸信号互补物(22649..22654)/注=“E2A,E2A-L”CDS互补物(22715..24367)/基因=“E2A”/注=“DBP;属共有的;DBP家族”/密码子起点=1/产物=“E2A”CDS24405..26915/基因=“L4”/产物=“L4_100k”TATA_信号互补物(26352..26357)/基因=“E2A-L”CDS连接(26602..26941,27147..27529)/基因=“L4”/产物=“L4_33K”CDS26602..27207/基因=“L4”/产物=“L4_22K”TATA_信号互补物(27518..27523)/注=“E2A,E2B;标称”CDS27604..28287/基因=“L4”/产物=“L4_pVIII”基因27969..32686/基因=“E3B”基因27969..31611/基因=“E3A”TATA_信号27969..27974/注=“E3A,E3B”prim_转录物27998..32686/基因=“E3B”prim_转录物27998..31611/基因=“E3A”CDS28288..28605/基因=“E3A”/产物=“E3ORF1”聚腺苷酸信号28594..28599/基因=“L4”CDS29103..29303/基因=“E3A”/产物=“E3ORF2”CDS29300..29797/基因=“E3A”/产物=“E3ORF3”CDS29826..30731/基因=“E3A”/产物=“E3ORF4”CDS30728..31579/基因=“E3A”/产物=“E3ORF5”CDS31283..31579/基因=“E3A”/产物=“E3ORF6”聚腺苷酸信号31578..31584/基因=“E3A”CDS31591..31863/基因=“E3B”/产物=“E3ORF7”CDS31866..32264/基因=“E3B”/产物=“E3ORF8”CDS32257..32643/基因=“E3B”/产物=“E3ORF9”聚腺苷酸信号32659..32664/基因=“E3B”基因互补物(<32678..32838)/基因=“U”CDS互补物(<32678..32838)/基因=“U”/注=“未鉴别的编码C末端的外显子;属共有的”/产物=“蛋白U”CDS32849..34585/基因=“L5”/产物=“L5_纤突”聚腺苷酸信号34581..34586/基因=“L5”基因互补物(34611..37520)/基因=“E4”prim_转录物互补物(34611..37490)/基因=“E4”聚腺苷酸信号互补物(34625..34630)/基因=“E4”CDS互补物(连接(34794..35069,35781..35954))/基因=“E4”/产物=“E4ORF7”CDS互补物(35070..35954)/基因=“E4”/产物=“E4ORF6”CDS互补物(35875..36219)/基因=“E4”/产物=“E4ORF4”CDS互补物(36235..36582)/基因=“E4”/产物=“E4ORF3”CDS互补物(36579..36971)/基因=“E4”/产物=“E4ORF2”CDS互补物(37029..37415)/基因=“E4”/产物=“E4ORF1”TATA_信号互补物(37515..37520)/基因=“E4”重复_区域37740..37830/标准名称=“ITR”/重复类型=反向。定义重组意味着,所述多核苷酸是克隆、限制或连接步骤或其它程序中的至少一个的产物,所述其它程序产生不同于在自然界中发现的多核苷酸的多核苷酸。重组腺病毒是包含重组多核苷酸的腺病毒。通常,“异源”是指源自与进行对比的其它实体在遗传型上不同的实体。异源核酸序列表示并非分离自、源自或基于腺病毒载体的天然存在的核酸序列的任何核酸序列。“天然存在的”是指在自然界中发现的且不是合成地制备或修饰的序列。当一个序列分离自一个来源、但是经过适当地修饰(例如,通过缺失、取代(突变)、插入或其它修饰)从而不破坏来源基因的正常功能时,所述序列“源自”所述来源。多肽的“功能衍生物”适当地是指多肽的经修饰形式,例如其中所述多肽的一个或多个氨基酸可以被缺失、插入、修饰和/或取代。例如,在以下情况下,认为未修饰的腺病毒衣壳蛋白的衍生物是有功能的:(a)与包含未修饰的衣壳蛋白的腺病毒相比,在其衣壳内包含衍生衣壳蛋白的腺病毒保持基本上相同或更低的血清阳性率,和/或(b)与包含未修饰的衣壳蛋白的腺病毒相比,在其衣壳内包含衍生衣壳蛋白的腺病毒保持基本上相同或更高的宿主细胞侵染性,和/或(c)与包含未修饰的衣壳蛋白的腺病毒相比,在其衣壳内包含衍生衣壳蛋白的腺病毒保持基本上相同或更高的免疫原性,和/或(d)与包含未修饰的衣壳蛋白的腺病毒相比,在其衣壳内包含衍生衣壳蛋白的腺病毒保持基本上相同或更高的转基因生产力水平。使用在下面实施例部分中描述的方法可以适当地测量上面的性质(a)-(d)。适当地,所述重组腺病毒在人群体中具有低血清阳性率。“低血清阳性率”可以是指具有与人腺病毒5(Ad5)相比降低的预先存在的中和抗体水平。类似地或可替换地,“低血清阳性率”可以是指小于约20%血清阳性率、小于约15%血清阳性率、小于约10%血清阳性率、小于约5%血清阳性率、小于约4%血清阳性率、小于约3%血清阳性率、小于约2%血清阳性率、小于约1%血清阳性率或无可检测的血清阳性率。使用在Aste-Amézaga等人,Hum.GeneTher.(2004)15(3):293-304中描述的方法,可以将血清阳性率测量为具有临床上有关的中和滴度(定义为>200的50%中和滴度)的个体的百分比。术语多肽、肽和蛋白在本文中可互换地使用。术语“猿猴”通常意在包括非人灵长类动物,例如旧大陆猴、新大陆猴、猿类和长臂猿。具体地,猿猴可以表示非人猿类诸如黑猩猩(Pantroglodyte)、倭黑猩猩(Panpaniscus)和大猩猩(Gorilla属)。非猿猿猴可以包括恒河猴(恒河猴)。腺病毒序列对比为了对比两个密切相关的多核苷酸或多肽序列的目的,使用比对程序诸如BLAST®(可在blast.ncbi.nlm.nih.gov得到,最后一次登录在2015年3月09日)使用标准设置可以计算第一序列和第二序列之间的“%同一性”。%同一性是相同残基的数目除以参照序列中的残基的数目,再乘以100。在上面和在权利要求中提及的%同一性数字是通过该方法计算的百分比。%同一性的一个替代定义是相同残基的数目除以比对的残基的数目,再乘以100。替代方法包括使用缺口方法,其中在评分参数的缺口评分或缺口成本中考虑在比对中的缺口,例如在一个序列中相对于其它序列的缺失。关于更多信息,参见可在ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_BLASTGuide.pdf得到的BLAST®事实表,最后一次登录在2015年3月09日。保留多核苷酸或由其编码的多肽的功能性的序列可能是更密切相同的。如果多肽或多核苷酸序列在它们的整个长度上具有100%序列同一性,就说所述多肽或多核苷酸序列与其它多肽或多核苷酸序列是相同的或同一的。序列之间的“差异”是指与第一序列相比,在第二序列的位置中的单个氨基酸残基的插入、缺失或取代。两个多肽序列可以含有1个、2个或更多个这样的氨基酸差异。在否则与第一序列同一(100%序列同一性)的第二序列中的插入、缺失或取代会导致降低的序列同一性百分比。例如,如果同一序列是9个氨基酸残基长,第二序列中的一个取代导致88.9%的序列同一性。如果同一序列是17个氨基酸残基长,第二序列中的两个取代导致88.2%的序列同一性。如果同一序列是7个氨基酸残基长,第二序列中的三个取代导致57.1%的序列同一性。如果第一和第二多肽序列是9个氨基酸残基长且具有6个相同残基,所述第一和第二多肽序列具有大于66%同一性(所述第一和第二多肽序列具有66.7%同一性)。如果第一和第二多肽序列是17个氨基酸残基长且具有16个相同残基,所述第一和第二多肽序列具有大于94%同一性(所述第一和第二多肽序列具有94.1%同一性)。如果第一和第二多肽序列是7个氨基酸残基长且具有3个相同残基,所述第一和第二多肽序列具有大于42%同一性(所述第一和第二多肽序列具有42.9%同一性)。可替换地,为了将第一参照多肽序列与第二对比多肽序列进行对比的目的,可以确定为了产生第二序列向第一序列做出的添加、取代和/或缺失的数目。添加是将一个氨基酸残基添加到第一多肽的序列中(包括添加在第一多肽的任一个末端处)。取代是用一个不同的氨基酸残基取代第一多肽的序列中的一个氨基酸残基。缺失是从第一多肽的序列缺失一个氨基酸残基(包括在第一多肽的任一个末端处的缺失)。为了将第一参照多核苷酸序列与第二对比多核苷酸序列进行对比的目的,可以确定为了产生第二序列向第一序列做出的添加、取代和/或缺失的数目。添加是将一个核苷酸残基添加到第一多核苷酸的序列中(包括添加在第一多核苷酸的任一个末端处)。取代是用一个不同的核苷酸残基取代第一多核苷酸的序列中的一个核苷酸残基。缺失是从第一多核苷酸的序列缺失一个核苷酸残基(包括在第一多核苷酸的任一个末端处的缺失)。适当地,本发明的序列中的取代可以是保守取代。保守取代包含将一个氨基酸用另一个氨基酸取代,所述另一个氨基酸具有与被取代的氨基酸类似的化学性质(参见,例如,Stryer等人,Biochemistry,第5版2002,第44-49页)。优选地,保守取代是选自以下的取代:(i)用另一个不同的碱性氨基酸对碱性氨基酸的取代;(ii)用另一个不同的酸性氨基酸对酸性氨基酸的取代;(iii)用另一个不同的芳族氨基酸对芳族氨基酸的取代;(iv)用另一个不同的非极性脂族氨基酸对非极性脂族氨基酸的取代;和(v)用另一个不同的极性的不带电荷的氨基酸对极性的不带电荷的氨基酸的取代。碱性氨基酸优选地选自精氨酸、组氨酸和赖氨酸。酸性氨基酸优选地是天冬氨酸或谷氨酸。芳族氨基酸优选地选自苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸。非极性脂族氨基酸优选地选自甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、甲硫氨酸和异亮氨酸。极性的、不带电荷的氨基酸优选地选自丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、脯氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。与保守的氨基酸取代不同,非保守的氨基酸取代是用没有落入上述保守取代(i)至(v)下面的任何氨基酸对一个氨基酸的交换。重组腺病毒ChAd155序列可用作治疗剂和用于构建多种载体系统、重组腺病毒和宿主细胞。适当地,术语“载体”是指与野生型序列相比已经实质上改变(例如,已经缺失和/或灭活的基因或功能区域)和/或掺入了异源序列的核酸,即,得自不同来源(也称为“插入物”)且在引入细胞(例如,宿主细胞)中时复制和/或表达插入的多核苷酸序列的核酸。例如,所述插入物可以是本文描述的ChAd155序列的全部或部分。另外或可替换地,ChAd155载体可以是包含病毒基因的一个或多个缺失或灭活的ChAd155腺病毒,诸如E1或本文描述的其它病毒基因或功能区域。这样的ChAd155(其可以包含或不包含异源序列)经常被称作“主链”,且可以原样使用或作为对载体的另外修饰的起始点使用。载体可以是任意合适的核酸分子,包括裸露DNA、质粒、病毒、粘粒、噬菌体载体诸如λ载体、人工染色体诸如BAC(细菌人工染色体)或附加体。可替换地,载体可以是用于无细胞体外转录或表达的转录和/或表达单元,诸如T7-相容的系统。所述载体可以单独使用,或与其它腺病毒序列或片段联合使用,或与来自非腺病毒序列的元件联合使用。ChAd155序列也可用在反义递送载体、基因治疗载体或疫苗载体中。因而,还提供了含有ChAd155序列的基因递送载体和宿主细胞。术语“能复制的”腺病毒表示在没有宿主细胞所包含的任何重组辅助蛋白存在下可以在所述宿主细胞中复制的腺病毒。适当地,“能复制的”腺病毒包含下述完整的或功能性的必需早期基因:E1A、E1B、E2A、E2B、E3和E4。从特定动物分离的野生型腺病毒将是在该动物中能复制的。术语“不能复制的”或“复制缺陷的”腺病毒表示不能复制的腺病毒,因为它已经被工程改造成至少包含功能缺失(或“功能缺失”突变),即在不将基因完全除去的情况下损害该基因的功能的缺失或突变,例如人工终止密码子的引入,活性位点或相互作用结构域的缺失或突变,基因等的调节序列的突变或缺失,或编码病毒复制所必需的基因产物的基因的完全除去,诸如选自E1A、E1B、E2A、E2B、E3和E4(诸如E3ORF1、E3ORF2、E3ORF3、E3ORF4、E3ORF5、E3ORF6、E3ORF7、E3ORF8、E3ORF9、E4ORF7、E4ORF6、E4ORF4、E4ORF3、E4ORF2和/或E4ORF1)的腺病毒基因中的一个或多个。特别适当地E1和任选地E3和/或E4是缺失的。如果缺失的话,当确定相对于另一个序列的%同一性时,适当地将在比对中不考虑前述缺失的基因区域。本发明提供了重组腺病毒,其将分支杆菌蛋白递送给细胞,用于治疗或疫苗目的。载体可以包括任何遗传元件,包括裸露DNA、噬菌体、转座子、粘粒、附加体、质粒或病毒。这样的载体含有本文中公开的ChAd155的DNA和微基因。“微基因”(或“表达盒”)是指选择的异源基因(转基因)和驱动宿主细胞中的基因产物的翻译、转录和/或表达所必需的其它调节元件的组合。通常,设计ChAd155-衍生的腺病毒载体,使得所述微基因位于这样的核酸分子中:所述核酸分子在选择的腺病毒基因的天然区域中含有其它腺病毒序列。如果需要的话,可以将微基因插入现存的基因区域中以破坏该区域的功能。可替换地,可以将微基因插入部分地或完全地缺失的腺病毒基因的位点。例如,所述微基因可以位于使选自E1A、E1B、E2A、E2B、E3和E4的基因组区域的至少一个基因无功能的突变、插入或缺失的位点。术语“使……无功能”是指,将足够量的基因区域除去或以其它方式破坏,使得所述基因区域不再能够产生基因表达的功能产物。如果需要的话,可以将整个基因区域除去(和适当地用微基因替换)。例如,对于可用于制备重组病毒的生产载体,所述载体可以含有微基因和腺病毒基因组的5'末端或腺病毒基因组的3'末端或腺病毒基因组的5'和3'末端二者。腺病毒基因组的5'末端含有包装和复制所必需的5'顺式元件;即,5'ITR序列(其作为复制起点起作用)和天然5'包装增强子结构域(其含有包装直链Ad基因组和E1启动子的增强子元件所必需的序列)。腺病毒基因组的3'末端包括包装和衣壳化所必需的3'顺式元件(包括ITR)。适当地,重组腺病毒含有5'和3'腺病毒顺式元件,且所述微基因(适当地含有转基因)位于5'和3'腺病毒序列之间。基于ChAd155的腺病毒载体还可以含有另外的腺病毒序列。适当地,基于ChAd155的载体含有从腺病毒ChAd155基因组衍生的一个或多个腺病毒元件。在一个实施方案中,所述载体含有来自ChAd155的腺病毒ITR和来自相同腺病毒血清型的另外腺病毒序列。在另一个实施方案中,所述载体含有从不同于提供ITR的腺病毒血清型的腺病毒血清型衍生的腺病毒序列。如本文中定义的,假型腺病毒表示这样的腺病毒:其中腺病毒的衣壳蛋白来自不同于提供ITR的腺病毒的腺病毒。此外,使用本领域技术人员已知的技术(例如,US7,291,498)使用本文描述的腺病毒可以构建嵌合的或杂合的腺病毒。存在于载体中的ITR和任意其它腺病毒序列可以得自许多来源。多种腺病毒毒株可得自美国典型培养物保藏中心,Manassas,Virginia,或通过请求从多种商业和机构来源得到。此外,许多这样的毒株的序列可得自多种数据库,包括、例如,PubMed和GenBank。从其它黑猩猩或从人腺病毒制备的同源腺病毒载体描述在公开的文献(例如,US5,240,846)中。许多腺病毒类型的DNA序列可得自GenBank,包括Ad5型(GenBank登录号M73370)。所述腺病毒序列可以得自任何已知的腺病毒血清型,诸如血清型2、3、4、7、12和40,且进一步包括本发明鉴别的人类型中的任一种。类似地,已知会感染非人动物(例如,猿猴)的腺病毒也可以用在本发明的载体构建体中(例如,US6,083,716)。在本文描述的载体的构建中采用的病毒序列、辅助病毒(如果需要的话)和重组病毒颗粒和其它载体组分和序列可以如下所述得到。序列、载体和腺病毒生产通过任意合适的方式,包括重组生产、化学合成或其它合成方式,可以生产序列。合适的生产技术是本领域技术人员众所周知的。可替换地,还可以通过众所周知的固相肽合成方法合成肽。腺病毒质粒(或其它载体)可以用于生产腺病毒载体。在一个实施方案中,所述腺病毒载体是不能复制的腺病毒颗粒。在一个实施方案中,通过E1A和/或E1B基因的缺失,使所述腺病毒颗粒不能复制。可替换地,通过另一种方式使所述腺病毒不能复制,任选地同时保留E1A和/或E1B基因。类似地,在某些实施方案中,通过E2B和/或DNA聚合酶基因的缺失,可以完成对载体的免疫应答的减小。腺病毒载体还可以含有对腺病毒基因组的其它突变,例如,在其它基因中的温度敏感的突变或缺失。在其它实施方案中,合乎需要的是,保留腺病毒载体中的完整E1A和/或E1B区域。这样的完整E1区域可以位于它在腺病毒基因组中的天然位置,或放在天然腺病毒基因组中的缺失位点(例如,在E3区域中)。在用于将基因递送至哺乳动物(诸如人)细胞的腺病毒载体的构建中,可以在所述载体中采用多种经修饰的腺病毒核酸序列。例如,可以从形成重组病毒的部分的腺病毒序列中消除腺病毒延迟早期基因E3的全部或部分。认为E3的功能与重组病毒颗粒的功能和生产无关。也可以构建具有至少E4基因的ORF6区域的缺失的腺病毒载体,且更理想地因为该区域(整个E4区域)的功能的冗余。本发明的另一种载体含有延迟早期基因E2A中的缺失。也可以在腺病毒基因组的晚期基因L1至L5中的任一种中造成缺失。类似地,中间基因IX和IVa2中的缺失可以用于一些目的。可以在其它结构或非结构腺病毒基因中造成其它缺失。上面讨论的缺失可以单个地使用,即,用于如本文中所述的用途的腺病毒序列可以含有在仅单个区域中的缺失。可替换地,可以以任意组合使用有效地破坏它们的生物活性的整个基因或其部分的缺失。例如,在一种示例性的载体中,所述腺病毒序列可以具有E1基因和E4基因的缺失,或E1、E2A和E3基因的缺失,或E1和E3基因的缺失,或E1、E2A和E4基因的缺失,具有或没有E3的缺失,诸如此类。任意一个或多个E基因可以适当地用源自不同腺病毒毒株的E基因(或一个或多个E基因开放读码框)替代。特别适当地,将ChAd155E1和E3基因缺失,并将ChAd155E4基因用E4Ad5orf6替代。如以上所讨论的,这样的缺失和/或取代可以与其它突变(诸如温度敏感的突变)联合使用以实现期望的结果。在所缺少的腺病毒颗粒的病毒侵染性和繁殖所需的腺病毒基因产物的存在下,可以培养缺乏一个或多个必需腺病毒序列(例如,E1A、E1B、E2A、E2B、E4ORF6、L1、L2、L3、L4和L5)的腺病毒载体。这些辅助功能可以通过在一种或多种辅助构建体(例如,质粒或病毒)或包装宿主细胞存在下培养腺病毒载体来提供。不能复制的载体的互补为了产生在上述的任何基因中缺失的重组腺病毒,被缺失的基因区域的功能(如果是该病毒的复制和侵染性所必需的)必须由辅助病毒或细胞系(即,互补或包装细胞系)提供给重组病毒。辅助病毒取决于用于携带微基因的病毒载体的腺病毒基因内容物,辅助腺病毒或非复制病毒片段可以用于提供产生含有微基因的传染性重组病毒颗粒所必需的足够腺病毒基因序列。有用的辅助病毒含有不存在于腺病毒载体构建体中和/或不由在其中转染载体的包装细胞系表达的选定腺病毒基因序列。在一个实施方案中,所述辅助病毒是复制缺陷的,且适当地除了本文描述的一个或多个序列以外还含有腺病毒基因。这样的辅助病毒适当地与表达E1的(且任选地另外表达E3的)细胞系联合使用。辅助病毒可以任选地含有报道基因。许多这样的报道基因是本领域已知的以及如本文所述。报道基因在辅助病毒上的存在不同于腺病毒载体上的转基因,这允许独立地监测腺病毒载体和辅助病毒。该报道物用于实现纯化后得到的重组病毒和辅助病毒之间的分离。互补细胞系在许多情况下,表达该病毒的复制和侵染性所必需的一个或多个缺失基因(诸如人E1)的细胞系可以用于反式互补(transcomplement)黑猩猩腺病毒载体。这是特别有利的,因为,由于本发明的黑猩猩腺病毒序列和在目前可得到的包装细胞中发现的人腺病毒序列之间的多样性,当前的含有人E1的细胞的使用会阻止在复制和生产过程中生产能复制的腺病毒。可替换地,如果需要的话,人们可以利用本文中提供的序列来产生包装细胞或细胞系,其最少表达来自ChAd155的E1基因,该基因在选定的亲本细胞系中的表达的启动子的转录控制下。诱导型或组成型启动子可以用于此目的。这样的启动子的实例详细描述在该文件的别处。选择亲本细胞用于制备表达任何期望的ChAd155基因的新细胞系。非限制性地,这样的母代细胞系可以是HeLa[ATCC登记号CCL2]、A549[ATCC登记号CCL185]、HEK293、KB[CCL17]、Detroit[例如,Detroit510、CCL72]和WI-38[CCL75]细胞,以及其它。这些细胞系都可得自美国典型培养物保藏中心,10801UniversityBoulevard,Manassas,Virginia20110-2209。这样的表达E1的细胞系可用于制备重组腺病毒E1缺失的载体。另外或可替换地,使用与在重组病毒载体的制备中所用的程序基本上相同的程序,可以构造表达一种或多种腺病毒基因产物(例如,E1A、E1B、E2A、E3和/或E4)的细胞系。这样的细胞系可以用于反式互补(transcomplement)在编码那些产物的必需基因中缺失的腺病毒载体,或提供辅助依赖性病毒(例如,腺伴随病毒)的包装所必需的辅助功能。宿主细胞的制备涉及技术诸如选择的DNA序列的组装。在另一个替代方案中,必需的腺病毒基因产物由腺病毒载体和/或辅助病毒以反式提供。在这样的一个实例中,合适的宿主细胞可以选自任何生物学生物体,包括原核(例如,细菌)细胞和真核细胞,包括昆虫细胞、酵母细胞和哺乳动物细胞。宿主细胞可以选自任何哺乳动物物种,包括、但不限于,细胞诸如A549、WEHI、3T3、10ΊΊ/2、HEK293细胞或Per.C6(它们二者表达功能性的腺病毒E1)[Fallaux,FJ等人,(1998),HumGeneTher,9:1909-1917]、Saos、C2C12、L细胞、HT1080、HepG2和源自哺乳动物(包括人、猴、小鼠、大鼠、兔和仓鼠)的原代成纤突细胞、肝细胞和成肌细胞。一种特别合适的互补细胞系是Procell92细胞系。Procell92细胞系是基于表达腺病毒E1基因(在人磷酸甘油酸激酶-1(PGK)启动子的控制下用Tet阻遏物转染)和G418-抗性基因的HEK293细胞(Vitelli等人.PLOSOne(2013)8(e55435):1-9)。Procell92.S适合于在混悬条件中生长,且可用于生产表达毒性蛋白的腺病毒载体(www.okairos.com/e/inners.phpm=00084,最后一次登录在2015年4月13日)。病毒颗粒的组装和细胞系的转染通常,当通过转染递送包含微基因的载体时,以约5μg至约100μgDNA且优选约10至约50μgDNA的量将载体递送给约1x104个细胞至约1x1013个细胞且优选约105个细胞。但是,考虑到诸如选择的载体、递送方法和选择的宿主细胞等因素,可以调节载体DNA与宿主细胞的相对量。通过本领域已知的任意方式,包括转染和感染,可以实现载体在宿主细胞中的引入。一个或多个腺病毒基因可以稳定地整合进宿主细胞的基因组中,作为附加体稳定地表达,或短暂地表达。所述基因产物可以都短暂地表达、在附加体上或稳定地整合,或者一些基因产物可以稳定地表达,而其它基因产物短暂地表达。使用技术人员已知的技术,也可以完成载体向宿主细胞中的引入。适当地,使用标准的转染技术,例如,CaPC转染或电穿孔。腺病毒的选定DNA序列(以及转基因和其它载体元件)向不同中间质粒中的组装和所述质粒和载体用于生产重组病毒颗粒的应用都使用常规技术实现。这样的技术包括cDNA的常规克隆技术,腺病毒基因组的重叠寡核苷酸序列的应用,聚合酶链式反应,和提供期望的核苷酸序列的任何合适方法。采用标准的转染和共转染技术,例如,CaPC沉淀技术。采用的其它常规方法包括病毒基因组的同源重组、琼脂覆层中的病毒的噬斑、测量信号产生的方法等。例如,在构建和组装期望的含有微基因的病毒载体以后,将载体在有辅助病毒存在下在体外转染进包装细胞系中。在辅助物和载体序列之间发生同源重组,这允许所述载体中的腺病毒-转基因序列复制和包装进病毒粒子衣壳中,从而产生重组病毒载体颗粒。得到的重组腺病毒可用于将选择的转基因转移至选择的细胞。在使用在包装细胞系中生长的重组病毒的体内实验中,本发明的E1缺失的重组腺病毒载体在将转基因转移至非猿猴哺乳动物(优选人)细胞中表现出效用。转基因所述转基因是编码目标蛋白的核酸序列,其与侧接所述转基因的载体序列异源。核酸编码序列以允许宿主细胞中的转基因转录、翻译和/或表达的方式可操作地连接到调节组分。转基因序列的组成将取决于得到的载体的预期用途。例如,所述转基因可以是治疗性转基因或免疫原性转基因。可替换地,转基因序列可以包括报告序列,其在表达后产生可检测信号。这样的报告序列包括、但不限于,编码β-内酰胺酶、β-半乳糖苷酶(LacZ)、碱性磷酸酶、胸苷激酶、绿色荧光蛋白(GFP)、氯霉素乙酰基转移酶(CAT)、萤光素酶、膜结合蛋白(包括例如,CD2、CD4、CD8、流感血凝素蛋白和本领域众所周知的其它蛋白(存在针对它们的高亲和力抗体或可以通过常规方式生产))和包含适当地与抗原标签结构域(尤其来自血凝素或Myc)融合的膜结合蛋白的融合蛋白的DNA序列。这些编码序列当与驱动它们的表达的调节元件结合时会提供可通过常规方式检测的信号,包括酶测定、放射摄影测定、比色测量测定、荧光测定或其它光谱测定、荧光活化细胞分选测定和免疫学测定,包括酶联免疫吸附测定(ELISA)、放射免疫测定(RIA)和免疫组织化学。在一个实施方案中,所述转基因是编码在生物学和医学中有用的产物(诸如治疗性转基因或免疫原性转基因诸如蛋白、RNA、酶或催化RNA)的非标记物序列。合乎需要的RNA分子包括tRNA、dsRNA、核糖体RNA、催化RNA和反义RNA。一种有用的RNA序列的一个实例是消灭治疗的动物中的靶向核酸序列的表达的序列。所述转基因可以用于治疗,例如作为疫苗,用于诱导免疫应答,和/或用于预防性疫苗目的。本文中使用的免疫应答的诱导表示蛋白诱导针对所述蛋白的T细胞和/或体液免疫应答的能力。调节元件除了转基因以外,所述载体还包括以特定方式与所述转基因可操作地连接的常规控制元件,所述方式允许所述转基因在用质粒载体转染或用通过本发明生产的病毒感染的细胞中的转录、翻译和/或表达。本文中使用的“可操作地连接的”序列包括与目标基因邻接的表达控制序列和以反式或在一定距离处起作用以控制目标基因的表达控制序列。表达控制序列包括合适的转录起始、终止、启动子和增强子序列;有效的RNA加工信号诸如剪接和聚腺苷酸化(聚腺苷酸)信号,包括兔β-珠蛋白聚腺苷酸;稳定胞质mRNA的序列;增强翻译效率的序列(例如,Kozak共有序列);增强蛋白稳定性的序列;和当期望时,增强编码的产物的分泌的序列。在其它序列中,可以使用嵌合的内含子。在某些实施方案中,可以将土拨鼠肝炎病毒转录后调节元件(WPRE)(Zuffrey等人(1999)JVirol;73(4):2886-9)可操作地连接至转基因。在SEQIDNO:26中提供了一种示例性的WPRE。“启动子”是允许RNA聚合酶的结合并指导基因的转录的核苷酸序列。通常,启动子位于基因的5'非编码区,在所述基因的转录起始位点的近侧。在转录的起始中起作用的启动子内的序列元件经常特征在于共有核苷酸序列。启动子的实例包括、但不限于来自细菌、酵母、植物、病毒和哺乳动物(包括人类)的启动子。大量表达控制序列(包括内部的、天然的、组成性的、可诱导的和/或组织特异性的启动子)是本领域已知的且可以利用。组成型启动子的实例包括但不限于,TBG启动子、逆转录病毒劳斯肉瘤病毒LTR启动子(任选地与增强子一起)、巨细胞病毒(CMV)启动子(任选地与CMV增强子一起,参见,例如,Boshart等人,Cell,41:521-530(1985))、CASI启动子、SV40启动子、二氢叶酸还原酶启动子、β-肌动蛋白启动子、磷酸甘油激酶(PGK)启动子和EF1a启动子(Invitrogen)。在某些实施方案中,所述启动子是CASI启动子(参见,例如,WO2012/115980)。所述CASI启动子是含有CMV增强子的部分、鸡β-肌动蛋白启动子的部分和UBC增强子的部分的合成启动子。在某些实施方案中,所述CASI启动子可以包括与SEQIDNO:12具有至少约90%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%、至少约99%或更多序列同一性的核酸序列。在某些实施方案中,所述启动子包含SEQIDNO:12的核酸序列或由其组成。诱导型启动子允许基因表达的调节,且可以通过外源地提供的化合物、环境因素诸如温度或特定生理学状态(例如,急性期)的存在、细胞的特定分化状态或仅在复制中的细胞中被调节。诱导型启动子和可诱导的系统可得自多种商业来源,包括、但不限于,Invitrogen、Clontech和Ariad。许多其它系统已经被描述,且可以由本领域技术人员容易地选择。例如,诱导型启动子包括锌-可诱导的绵羊金属硫蛋白(MT)启动子和地塞米松(Dex)-可诱导的小鼠乳腺肿瘤病毒(MMTV)启动子。其它可诱导的系统包括T7聚合酶启动子系统(WO98/10088);蜕皮激素昆虫启动子(No等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,93:3346-3351(1996)),四环素可抑制的系统(Gossen等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:5547-5551(1992)),四环素-可诱导的系统(Gossen等人,Science,378:1766-1769(1995),也参见Harvey等人,Curr.Opin.Chem.Biol,2:512-518(1998))。其它系统包括FK506二聚体、VP16或p65(使用甘珀二醇(castradiol)、联苯酚米乐甾酮(diphenolmurislerone))、RU486-可诱导的系统(Wang等人,Nat.Biotech.,15:239-243(1997)和Wang等人,GeneTher.,4:432-441(1997))和雷帕霉素-可诱导的系统(Magari等人,J.Clin.Invest.,100:2865-2872(1997))。一些诱导型启动子的有效性随时间增加。在这样的情况下,可以通过插入多个串联阻遏物(例如,通过IRES与TetR连接的TetR)增强这样的系统的有效性。在另一个实施方案中,将使用转基因的天然启动子。当期望转基因的表达应当模仿天然表达时,所述天然启动子可以是优选的。当转基因的表达必须在时间上或在发育上调节或以组织特异性的方式调节或响应于特定转录刺激而调节时,可以使用所述天然启动子。在另一个实施方案中,其它天然表达控制元件(诸如增强子元件、聚腺苷酸化位点或Kozak共有序列)也可以用于模仿天然表达。可以将转基因可操作地连接至组织特异性的启动子。例如,如果在骨骼肌中的表达是期望的,那么应当使用在肌肉中有活性的启动子。这些包括来自编码骨骼β-肌动蛋白、肌球蛋白轻链2A、肌养蛋白、肌肉肌酸激酶的基因的启动子,以及具有高于天然存在的启动子的活性的合成肌肉启动子(参见Li等人,Nat.Biotech.,17:241-245(1999))。组织特异性的启动子的实例已知针对肝的(白蛋白,Miyatake等人,J.Virol,71:5124-32(1997);乙型肝炎病毒核心启动子,Sandig等人,GeneTher.,3:1002-9(1996);甲胎蛋白(AFP),Arbuthnot等人,Hum.GeneTher.,7:1503-14(1996)),骨骨钙素(Stein等人,Mol.Biol.Rep.,24:185-96(1997));骨唾液蛋白(Chen等人,J.BoneMiner.Res.,11:654-64(1996))、淋巴细胞(CD2,Hansal等人,J.Immunol,161:1063-8(1998);免疫球蛋白重链;T细胞受体链),神经元诸如神经元特异性的烯醇化酶(NSE)启动子(Andersen等人,Cell.Mol.Neurobiol,13:503-15(1993))、神经丝轻链基因(Piccioli等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,88:5611-5(1991))和神经元特异性的vgf基因(Piccioli等人,Neuron,15:373-84(1995)),以及其它。任选地,携带编码治疗上有用的或免疫原性的产物的转基因的载体还可以包括选择标记物或报道基因,它们可以包括编码遗传霉素、潮霉素或嘌呤霉素抗性的序列,以及其它。这样的选择报告物或标记物基因(优选地位于要包装进病毒颗粒中的病毒基因组外面)可以用于发出质粒在细菌细胞中的存在的信号,诸如氨苄西林抗性。所述载体的其它组分可以包括复制起点。使用本文中提供的技术和序列,结合本领域技术人员已知的技术,制备这些载体。这样的技术包括cDNA的常规克隆技术(诸如在教科书中描述的那些)、腺病毒基因组的重叠寡核苷酸序列的应用、聚合酶链式反应、和提供期望的核苷酸序列的任何合适方法。治疗剂和预防重组的基于ChAd155的载体可用于在体外、离体和在体内向人或非猿猴哺乳动物的基因转移。本文描述的重组腺病毒载体可以用作表达载体用于生产由异源转基因在体外编码的产物。例如,可以将含有转基因的重组的不能复制的腺病毒转染进如上所述的互补细胞系中。ChAd155-衍生的重组腺病毒载体提供了一种有效的基因转移媒介物,其可以在体内或离体将选定的转基因递送至选定的宿主细胞,即使在生物体具有针对一种或多种腺病毒血清型的中和抗体的情况下。在一个实施方案中,将所述载体和所述细胞离体混合;使用常规方法培养受感染的细胞;和将转导的细胞重新输入患者中。这些技术特别适合为了治疗目的和为了免疫(包括诱导保护性免疫)的基因递送。免疫原性的转基因还可以将重组ChAd155载体在免疫原性组合物中施用。如本文中所述的免疫原性组合物是包含一种或多种重组ChAd155载体的组合物,所述重组ChAd155载体能够在递送给哺乳动物(适当地人)以后诱导针对由所述载体递送的转基因产物的免疫应答,例如体液(例如,抗体)和/或细胞介导的(例如,细胞毒性的T细胞)应答。重组腺病毒可以包含(适当地在它的基因缺失中的任一个中)编码期望的免疫原的基因,且因此可以用在疫苗中。可以将这样的疫苗或其它免疫原性组合物配制在合适的递送媒介物中。通常,免疫原性组合物的剂量是在下面在‘递送方法和剂量’下定义的范围内。可以监测选择的基因的免疫水平以确定对强化的需要(如果有的话)。在评估血清中的抗体滴度以后,任选的强化免疫接种可以是期望的。任选地,可以将本发明的疫苗或免疫原性组合物配制成含有其它组分,包括、例如,佐剂、稳定剂、pH调节剂、防腐剂等。在下面在‘佐剂’下提供了合适的佐剂的实例。这样的佐剂可以与编码抗原的激发DNA疫苗一起施用,以与用单独编码抗原的DNA疫苗激发后产生的免疫应答相比增强抗原特异性的免疫应答。可替换地,这样的佐剂可以与多肽抗原一起施用,所述多肽抗原在涉及本发明的ChAd155载体的施用方案中施用(如在下面在‘施用方案’下所述)。以免疫原性的量(也就是说,在施用途径中有效地转染期望的靶细胞并提供选择的基因的足够表达水平以诱导免疫应答的重组腺病毒的量)施用重组腺病毒。在提供保护性免疫的情况下,认为重组腺病毒是可用于预防感染和/或复发性疾病的疫苗组合物。预期本文描述的重组载体将非常有效的诱导细胞裂解性T细胞和针对由所述载体编码的插入的异种抗原蛋白的抗体。佐剂本文中使用的“佐剂”是指增强对免疫原的免疫应答的组合物。这样的佐剂的实例包括、但不限于:无机佐剂(例如无机金属盐诸如磷酸铝或氢氧化铝)、有机佐剂(例如皂苷,诸如QS21或角鲨烯)、基于油的佐剂(例如弗氏完全佐剂和弗氏不完全佐剂)、细胞因子(例如IL-1β、IL-2、IL-7、IL-12、IL-18、GM-CFS和INF-γ)、微粒佐剂(例如免疫刺激性复合物(ISCOMS)、脂质体或可生物降解的微球)、病毒体、细菌佐剂(例如单磷酰脂质A,诸如3-de-O-酰化的单磷酰脂质A(3D-MPL)或胞壁酰基肽)、合成的佐剂(例如非离子的嵌段共聚物、胞壁酰基肽类似物或合成的脂质A)、合成的多核苷酸佐剂(例如聚精氨酸或聚赖氨酸)和含有未甲基化的CpG二核苷酸(“CpG”)的免疫刺激性寡核苷酸。一种合适的佐剂是单磷酰脂质A(MPL),尤其是3-de-O-酰化的单磷酰脂质A(3D-MPL)。在化学上,它经常作为具有4、5或6个酰化链的3-de-O-酰化的单磷酰脂质A的混合物供应。它可以通过在GB2122204B中教导的方法纯化和制备,该参考文献也公开了二磷酰基脂质A及其3-O-去酰化变体的制备。已经描述了其它纯化的和合成的脂多糖(美国专利号6,005,099和EP0729473B1;Hilgers等人,1986,Int.Arch.Allergy.Immunol.,79(4):392-6;Hilgers等人,1987,Immunology,60(1):141-6;和EP0549074B1l)。皂苷也是合适的佐剂(参见Lacaille-Dubois,M和WagnerH,Areviewofthebiologicalandpharmacologicalactivitiesofsaponins.Phytomedicine第2卷第363-386页(1996))。例如,皂苷QuilA(源自南美洲皂树Molina的树皮)及其级分描述在美国专利号5,057,540和Kensil,Crit.Rev.Ther.DrugCarrierSyst.,1996,12:1-55;和EP0362279B1中。QuilA的纯化级分也被称作免疫刺激剂,诸如QS21和QS17;它们的生产方法公开在美国专利号5,057,540和EP0362279B1中。在这些参考文献中也描述了QS7(Quil-A的非溶血级分)。QS21的应用进一步描述在Kensil等人(1991,J.Immunology,146:431-437)中。QS21和聚山梨酯或环糊精的组合也是已知的(WO99/10008)。包含QuilA的级分(诸如QS21和QS7)的微粒佐剂系统描述在WO96/33739和WO96/11711中。另一种佐剂是含有未甲基化的CpG二核苷酸(“CpG”)的免疫刺激性的寡核苷酸(Krieg,Nature374:546(1995))。CpG是存在于DNA中的胞嘧啶-鸟苷二核苷酸基序的缩写。当通过全身和粘膜途径施用时,CpG被称作佐剂(WO96/02555,EP468520,Davis等人,J.Immunol,1998,160:870-876;McCluskie和Davis,J.Immunol.,1998,161:4463-6)。当配制在疫苗中时,CpG可以与游离抗原一起在游离溶液中施用(WO96/02555),或共价地缀合至抗原上(WO98/16247),或与载体诸如氢氧化铝一起配制(Brazolot-Millan等人,Proc.Natl.Acad.Sci.,USA,1998,95:15553-8)。佐剂诸如上述的那些可以与载体诸如脂质体、水包油乳剂和/或金属性盐(包括铝盐诸如氢氧化铝)一起配制。例如,可以将3D-MPL与氢氧化铝(EP0689454)或水包油乳剂(WO95/17210)一起配制;可以将QS21与含有胆固醇的脂质体(WO96/33739)、水包油乳剂(WO95/17210)或明矾(WO98/15287)一起配制;可以将CpG与明矾一起(Brazolot-Millan,出处同上)或与其它阳离子载体一起配制。可以在本发明中利用佐剂的组合,尤其是单磷酰脂质A和皂苷衍生物的组合(参见,例如,WO94/00153;WO95/17210;WO96/33739;WO98/56414;WO99/12565;WO99/11241),更特别是在WO94/00153中公开的QS21和3D-MPL的组合,或其中将QS21在含有胆固醇的脂质体(DQ)中淬灭的组合物(如在WO96/33739中公开的)。可替换地,CpG+皂苷(诸如QS21)的组合是适合用在本发明中的佐剂。包含在水包油乳剂中的QS21、3D-MPL和生育酚的有效佐剂制剂描述在WO95/17210中,且是用于用在本发明中的另一种制剂。可以将皂苷佐剂配制在脂质体中,并与免疫刺激性的寡核苷酸组合。因而,合适的佐剂系统包括,例如,单磷酰脂质A(优选3D-MPL)与铝盐一起的组合(例如如在WO00/23105中所述)。另一种示例性的佐剂包含QS21和/或MPL和/或CpG。可以将QS21在含有胆固醇的脂质体中淬灭,如在WO96/33739中公开的。其它合适的佐剂包括烷基氨基葡萄糖苷磷酸酯(AGP)诸如在WO9850399或美国专利号6,303,347中公开的那些(也公开了AGP的制备方法),或在美国专利号6,764,840中公开的AGP的药学上可接受的盐。一些AGP是TLR4激动剂,且一些是TLR4拮抗剂。认为两者作为佐剂都是有用的。已经发现(WO2007/062656,其公开为US2011/0293704且通过引用并入,用于公开不变链序列的目的),如果将它与腺病毒一起施用,不变链与用于疫苗接种的表达系统所包含的抗原的融合会增加针对所述抗原的免疫应答。因此,在本发明的一个实施方案中,所述免疫原性的转基因可以与重组ChAd155病毒载体中的不变链一起共表达。在另一个实施方案中,本发明提供了通过将ChAd155衣壳递送给对象将ChAd155的衣壳(任选地使用完整或重组病毒颗粒或空衣壳)用于诱导免疫调节效应应答或增强或辅助对另一种活性剂的细胞毒性T细胞应答的用途。可以将ChAd155衣壳单独递送,或在组合方案中与活性剂一起递送以增强对所述活性剂的免疫应答。有利地,在不用腺病毒感染宿主的情况下,可以实现期望的效应。施用方案通常,ChAd155重组腺病毒载体将用于递送治疗性的或免疫原性的分子(诸如蛋白)。对于两种应用将容易理解,本发明的重组腺病毒载体特别适合用在涉及重组腺病毒载体的重复递送的方案中。这样的方案通常包括递送一系列病毒载体,其中病毒衣壳是可替换的。可以为每个后续施用改变病毒衣壳,或在特定血清型衣壳的预先选定的施用次数(例如1、2、3、4或更多次)以后。因而,方案可能涉及用具有第一衣壳的重组腺病毒递送,用具有第二衣壳的重组腺病毒递送,和用具有第三衣壳的重组腺病毒递送。使用单独的、彼此组合的或与其它腺病毒组合的(它们优选地是免疫学上非交叉反应性的)本发明的腺病毒衣壳的多种其它方案将是本领域技术人员显而易见的。任选地,这样的方案可能包括将重组腺病毒与其它非人灵长类动物腺病毒、人腺病毒的衣壳或人工序列(诸如本文描述的那些)一起施用。本发明的腺病毒载体特别适合用于这样的治疗方案:其中多种腺病毒介导的转基因递送是期望的,例如,在包含相同转基因的重新递送的方案中或在包含其它转基因的递送的组合方案中。这样的方案可能包含施用ChAd155腺病毒载体,随后重新施用来自相同血清型腺病毒的载体。特别合乎需要的方案包含施用ChAd155腺病毒载体,其中在第一次施用中递送的载体的腺病毒衣壳序列的来源不同于在一次或多次后续施用中利用的病毒载体的腺病毒衣壳序列的来源。例如,治疗方案包含施用ChAd155载体和重复施用相同或不同血清型的一种或多种腺病毒载体。在另一个实例中,治疗方案包含施用腺病毒载体,随后重复施用ChAd155载体(其衣壳不同于首先递送的腺病毒载体中的衣壳的来源),并任选地进一步施用另一种载体(其与先前施用步骤中的载体的腺病毒衣壳的来源相同,或优选地不同)。这些方案不限于使用ChAd155序列构建的腺病毒载体的递送。相反,这些方案可以容易地利用与ChAd155载体组合的其它腺病毒序列,包括、但不限于,包括其它非人灵长类动物腺病毒序列或人腺病毒序列在内的其它腺病毒序列。在另一个实例中,治疗方案可以包含同时(诸如共同施用)或相继(诸如激发-强化)递送(i)一种或多种ChAd155腺病毒载体和(ii)另一种组分诸如非腺病毒载体、非病毒载体和/或多种其它治疗上有用的化合物或分子诸如抗原蛋白,任选地与佐剂同时施用。共同施用的实例包括同侧的共同施用和对侧的共同施用(在下面在‘递送方法和剂量’下进一步描述)。用于与一种或多种ChAd155腺病毒载体同时或特别是相继递送(诸如激发-强化)的合适非腺病毒载体包括一种或多种痘病毒载体。适当地,所述痘病毒载体属于脊椎动物痘病毒亚科,更适当地属于所述亚科中选自正痘、副痘、亚塔痘、禽痘(适当地金丝雀痘(ALVAC)或鸡痘(FPV))和软疣痘的属。甚至更适当地,所述痘病毒载体属于正痘,且选自牛痘病毒、NYVAC(源自牛痘的哥本哈根毒株)、经修饰的牛痘Ankara(MVA)、牛痘病毒和猴痘病毒。最适当地,所述痘病毒载体是MVA。“同时”施用适当地表示相同的进行中的免疫应答。优选地,同时施用两种组分(诸如同时施用DNA和蛋白),但是,可以在几分钟内(例如,在同一次医学预约或医生就诊)、在几小时内施用一种组分。这样的施用也被称作共同施用。在某些实施方案中,共同施用可以表示腺病毒载体、佐剂和蛋白组分的施用。在其它实施方案中,共同施用表示一种腺病毒载体和另一种病毒载体(例如第二种腺病毒载体或痘病毒诸如MVA)的施用。在其它实施方案中,共同施用表示一种腺病毒载体和一种蛋白组分(其任选地佐剂化)的施用。可以使用激发-强化方案。激发-强化表示两种单独的免疫应答:(i)首次激发免疫系统,随后(ii)在已经建立初次免疫应答以后几周或几月第二次或强化免疫系统。这样的方案可能包含施用重组ChAd155载体以激发针对传统抗原诸如蛋白(任选地与佐剂一起共同施用)或携带编码这样的抗原的序列的重组病毒(例如,WO00/11140)的第二次强化施用的免疫系统。可替换地,免疫接种方案可以包含施用重组ChAd155载体以强化对编码抗原的载体(病毒的或基于DNA的)的免疫应答。在另一个替代方案中,免疫接种方案包含施用蛋白,随后用编码抗原的重组ChAd155载体强化。在一个实例中,激发-强化方案可以提供对所述抗原的来源病毒、细菌或其它生物的保护性免疫应答。在另一个实施方案中,所述激发-强化方案会提供使用常规测定可以测量的治疗效果,所述常规测定用于检测正在施用的疗法所针对的病症的存在。优选地,在给对象施用激发组合物以后约2至约27周施用强化组合物。使用有效量的含有或能够递送与激发疫苗所施用的抗原相同的抗原或不同的抗原的强化组合物完成所述强化组合物的施用。所述强化组合物可以由源自相同病毒来源或另一种来源的重组病毒载体组成。可替换地,所述强化组合物可以是含有与在激发疫苗中编码的抗原相同的抗原的组合物,但是在蛋白形式,所述组合物在宿主中诱导免疫应答。所述强化组合物的基本要求是,所述组合物的抗原是与所述激发组合物编码的抗原相同的抗原或交叉反应性抗原。递送方法和剂量可以如下制备用于施用的载体:悬浮或溶解于药学上或生理上可接受的载体诸如等渗盐水、等渗盐溶液或本领域技术人员会明白的其它制剂。适当的载体是本领域技术人员显而易见的,且主要取决于施用途径。使用可生物降解的生物相容的聚合物,或通过使用胶束、凝胶和脂质体的现场递送,可以在持续释放制剂中将本文描述的组合物施用给哺乳动物。在一些实施方案中,通过肌肉内注射、阴道内注射、静脉内注射、腹膜内注射、皮下注射、皮内施用、真皮内施用、鼻施用或口服施用,将本发明的重组腺病毒施用给对象。在结核病的背景下特别感兴趣的是肌肉内注射、皮下注射、皮内施用、鼻施用或气溶胶施用,特别是肌肉内注射、鼻施用或气溶胶施用。如果治疗方案包含一种或多种ChAd155腺病毒载体和另一种组分(各自配制在不同的组合物中)的共同施用,它们有利地在相同部位处或附近共位置地施用。例如,可以将所述组分施用(例如经由选自肌肉内、透皮、真皮内、皮下的施用途径)至相同侧或肢体(“同侧”施用)或相对侧或肢体(“对侧”施用)。病毒载体的剂量主要取决于诸如以下因素:正在治疗的病症,患者的年龄、重量和健康,且因而可以在患者之间变化。例如,病毒载体的治疗上有效的成年人或兽医学剂量通常含有1x105至1x1015个病毒颗粒,诸如1x108至1x1012(例如,1x108、2.5x108、5x108、1x109、1.5x109、2.5x109、5x109、1x1010、1.5x1010、2.5x1010、5x1010、1x10111.5x1011、2.5x1011、5x1011、1x1012个颗粒)。可替换地,可以以通常为1x105至1x1010个噬斑形成单位(PFU)的剂量施用病毒载体,诸如1x105PFU、2.5x105PFU、5x105PFU、1x106PFU、2.5x106PFU、5x106PFU、1x107PFU、2.5x107PFU、5x107PFU、1x108PFU、2.5x108PFU、5x108PFU、1x109PFU、2.5x109PFU、5x109PFU或1x1010PFU。剂量将随动物的大小和施用途径而变化。例如,对于单个部位,用于肌肉内注射的合适人或兽医学剂量(对于约80kg动物)是在约1x109至约5x1012个颗粒/mL的范围内。任选地,可以使用多个施用部位。在另一个实例中,对于口服制剂,合适的人或兽医学剂量可以是在约1x1011至约1x1015个颗粒的范围内。可以通过定量PCR分析(Q-PCR),定量病毒载体,例如使用在CMV启动子区域上设计的引物和探针,使用含有载体基因组(其含有包括HCMV启动子的表达盒)的质粒DNA的系列稀释物作为标准曲线。通过平行线分析方法确定测试样品中的拷贝数。载体颗粒定量的替代方法可以是分析型HPLC或基于A260nm的分光光度测量方法。核酸的免疫学有效量可以适当地是在1ng至100mg之间。例如,合适的量可以是1µg至100mg。本领域技术人员可以容易地确定特定核酸(例如,载体)的适当量。核酸组分的示例性有效量可以是在1ng至100µg之间,诸如在1ng至1µg之间(例如,100ng-1µg)之间,或在1µg至100µg之间,诸如10ng、50ng、100ng、150ng、200ng、250ng、500ng、750ng或1µg。核酸的有效量还可以包括1µg至500µg,诸如1µg至200µg之间,诸如10-100µg之间,例如1µg、2µg、5µg、10µg、20µg、50µg、75µg、100µg、150µg或200µg。可替换地,核酸的示例性有效量可以是在100µg至1mg之间,诸如100µg至500µg之间,例如,100µg、150µg、200µg、250µg、300µg、400µg、500µg、600µg、700µg、800µg、900µg或1mg。通常,人剂量将是在0.1ml和2ml之间的体积。因而,可以将本文描述的组合物配制在例如0.1、0.15、0.2、0.5、1.0、1.5或2.0ml人剂量/单一或组合免疫原性组分的体积中。本领域技术人员可以调节这些剂量,取决于施用途径和采用重组载体的预期治疗或疫苗用途。可以监测转基因的表达水平,或对于佐剂而言,循环抗体的水平,以确定剂量施用的频率。如果使用一个或多个激发和/或强化步骤,该步骤可以包括每小时、每天、每周或每月或每年施用的单剂量。作为一个实例,哺乳动物可以接受一个或两个含有在载体中的约10μg至约50μg质粒的剂量。理想地基于哺乳动物的特性和病症而选择递送的量或部位。可以监测由选定的转基因编码的蛋白的治疗水平或针对所述蛋白的免疫应答的水平,以确定对强化的需要(如果有的话)。在评估血清中的CD8+T细胞应答或任选的抗体滴度以后,任选的强化免疫接种可能是期望的。任选地,可以在单次施用中或在不同组合方案中递送重组ChAd155载体,例如,与涉及其它活性成分的方案或疗程组合或在激发-强化方案中。现在将借助于下述非限制性实施例进一步描述本发明。实施例实施例1:ChAd155的分离使用如在Colloca等人(2012)和WO2010086189(其在此通过引用并入,用于描述腺病毒分离和表征技术的目的)中描述的标准程序,从在新伊比利亚研究中心研究室设施(NewIberiaResearchCenter;TheUniversityofLouisianaatLafayette)中圈养的健康年轻黑猩猩分离野生型黑猩猩腺病毒155型(ChAd155)。实施例2:ChAd155载体构建然后将ChAd155病毒基因组克隆进质粒或BAC载体中,并随后修饰(图2)以携带ChAd155病毒基因组的不同区域中的以下修饰:a)病毒基因组的E1区域(从bp449至bp3529)的缺失;b)病毒基因组的E4区域(从bp34731至bp37449)的缺失;c)从人Ad5衍生的E4orf6的插入。2.1:E1区域的缺失:BAC/ChAd155ΔE1_TetOhCMVRpsL-Kana#1375的构建通过用ChAd155病毒DNA和亚组CBAC穿梭物(#1365)共转化的大肠杆菌菌株BJ5183电穿孔感受态细胞(Stratagene目录号2000154)中的同源重组,将ChAd155病毒基因组克隆进BAC载体中。如在图3的示意图中所示,亚组C穿梭物是从pBeloBAC11(GenBankU51113,NEB)衍生的BAC载体,且其专门用于属于物种C的ChAd的克隆,且因此含有pIX基因和从物种CChAd病毒的右和左末端(包括右和左ITR)衍生的DNA片段。物种CBAC穿梭物也含有插入在左末端和pIX基因之间的RpsL-Kana盒。另外,侧接ISceI限制位点的Amp-LacZ-SacB选择盒存在于pIX基因和病毒基因组的右末端之间。具体地,BAC穿梭物包含下述部件:左ITR:bp27-139,hCMV(tetO)RpsL-Kana盒:bp493-3396,pIX基因:bp3508-3972,ISceI限制位点:bp3990和7481,Amp-LacZ-SacB选择盒:bp4000-7471,右ITR:bp7805-7917。将BJ5183细胞通过电穿孔用ChAd155纯化的病毒DNA和经ISceI限制性酶消化过的亚组CBAC穿梭载体共转化,并然后从凝胶纯化。发生在pIX基因和右ITR序列(存在于物种CBAC穿梭物线性化的DNA的末端处)之间的同源重组和存在于ChAd155病毒DNA中的同源序列导致ChAd155病毒基因组DNA插入到BAC穿梭载体中。与此同时,将病毒的E1区域缺失并用RpsL-Kana盒置换,从而产生BAC/ChAd155ΔE1/TetOhCMVRpsL-Kana#1375。2.2:通过大肠杆菌BJ5183中的同源重组的质粒构建2.2.1:E4区域的缺失-pChAd155ΔE1,E4_Ad5E4orf6/TetOhCMVRpsL-Kana(#1434)的构建为了改善载体的扩增,使用包含在大肠杆菌中的多个克隆和同源重组步骤的策略,通过用Ad5E4orf6编码序列替换天然E4区域,将跨核苷酸34731-37449(ChAd155野生型序列)的E4区域的缺失引入载体主链中。将E4编码区完全缺失,同时保留E4天然启动子和聚腺苷酸化信号。为此目的,构建穿梭载体以通过如下详述的在大肠杆菌BJ5183中的同源重组替换ChAd155天然E4区域而允许Ad5orf6的插入。pARS物种CAd5E4orf6-1的构建使用Ad5DNA作为模板,用寡核苷酸5'-ATACGGACTAGTGGAGAAGTACTCGCCTACATG-3'(SEQIDNO:13)和5'-ATACGGAAGATCTAAGACTTCAGGAAATATGACTAC-3'(SEQIDNO:14),通过PCR得到含有Ad5orf6的DNA片段。将PCR片段用BglII和SpeI消化并克隆进用BglII和SpeI消化的物种CRLD-EGFP穿梭物中,从而产生质粒pARS物种CAd5orf6-1。关于所述穿梭物的细节可以见于Colloca等人,Sci.Transl.Med.(2012)4:115ra。pARS物种CAd5E4orf6-2的构建为了缺失E4区域,使用质粒BAC/ChAd155ΔE1_TetOhCMVRpsL-Kana(#1375)作为模板,用下述寡核苷酸:5'-ATTCAGTGTACAGGCGCGCCAAAGCATGACGCTGTTGATTTGATTC-3'(SEQIDNO:15)和5'-ACTAGGACTAGTTATAAGCTAGAATGGGGCTTTGC-3'(SEQIDNO:16),通过PCR扩增跨ChAd155野生型序列(SEQIDNO:10)的bp34586至bp34730的177bpDNA片段。将PCR片段用BsrGI和SpeI消化,并克隆进用BsrGI和SpeI消化的pARS亚组CAd5orf6-1中,从而产生质粒pARS物种CAd5orf6-2(#1490)。该穿梭质粒的示意图提供在图4中。具体地,所述穿梭质粒包含以下部件:左ITR:bp1-113,物种C前460bp:bp1-460,ChAd155野生型(SEQIDNO:10的bp34587至bp34724):bp516-650,Ad5orf6:bp680和1561,物种C最后393bp:bp1567-1969,右ITR:bp1857-1969。pChAd155ΔE1,E4_Ad5E4orf6/TetOhCMVRpsL-Kana(#1434)的构建然后,使用得到的质粒pARS亚组CAd5orf6-2,用Ad5orf6替换ChAd155主链内的E4区域。为此,将质粒BAC/ChAd155ΔE1_TetOhCMVRpsL-Kana(#1375)用PacI/PmeI消化并与经消化的质粒pARS亚组CAd5orf6-2BsrGI/AscI一起共转化进BJ5183细胞中,以得到pChAd155ΔE1,E4_Ad5E4orf6/TetOhCMVRpsL-Kana(#1434)前腺质粒(pre-adenoplasmid)。2.2.2:RSV表达盒的插入-pChAd155ΔE1,E4_Ad5E4orf6/TetOhCMVRSV的构建通过利用HCMV启动子和BGH聚腺苷酸序列之间存在的同源性,通过在大肠杆菌中的同源重组,将RSV盒克隆进线性化的前腺受体载体中。将质粒pvjTetOhCMV-bghpolyA_RSV用SfiI和SpeI切割,以切离含有HCMV启动子和tetO、RSV和BGH聚腺苷酸序列的4,65Kb片段。将得到的RSV4,65Kb片段通过同源重组克隆进携带RpsL-Kana选择盒(在HCMV和BGHpA的控制下)的pChAd155ΔE1,E4_Ad5E4orf6/TetOhCMVRpsL-Kana(#1434)受体载体中。将受体前腺质粒用限制性内切核酸酶SnaBI线性化。得到的构建体是pChAd155ΔE1,E4_Ad5E4orf6/TetOhCMVRSV载体(图5)。2.3:通过重组工程构建BAC载体2.3.1:E4区域的缺失-BAC/ChAd155ΔE1,E4_Ad5E4orf6/TetOhCMVRpsL-Kana#1390的构建使用包含在大肠杆菌SW102感受态细胞中的重组工程的两个不同步骤的策略,通过用Ad5E4orf6编码序列替换该天然E4区域,将跨ChAd155野生型序列的核苷酸34731-37449的E4区域的缺失引入载体主链中。第一步导致包括自杀基因SacB、氨苄西林-R基因和lacZ的选择盒(Amp-LacZ-SacB选择盒)在ChAd155的E4区域中的插入,用于重组体的正/负选择的目的。第一步-用Amp-LacZ-SacB选择盒置换ChAd155天然E4区域使用下面提供的含有E4侧翼序列的寡核苷酸,通过PCR扩增Amp-LacZ-SacB选择盒,以允许同源重组:1021-FWE4Del步骤1(5'-TTAATAGACACAGTAGCTTAATAGACCCAGTAGTGCAAAGCCCCATTCTAGCTTATAACCCCTATTTGTTTATTTTTCT-3')(SEQIDNO:17)和1022-RWE4Del步骤1(5'-ATATATACTCTCTCGGCACTTGGCCTTTTACACTGCGAAGTGTTGGTGCTGGTGCTGCGTTGAGAGATCTTTATTTGTTAACTGTTAATTGTC-3')(SEQIDNO:18)。使用PCR产物转化含有pAdeno质粒BAC/ChAd155(DE1)tetOhCMV-RpsLKana#1375的大肠杆菌SW102感受态细胞。SW102细胞的转化允许所述选择盒通过λ(λ)Red介导的同源重组插入ChAd155的E4区域中,由此得到BAC/ChAd155(DE1)TetOhCMV-RpsLKana#1379(包括Amp-LacZ-SacB盒,通过置换ChAd155天然E4区域)。第二步-用Ad5E4orf6区域置换Amp-lacZ-SacB选择盒然后,将得到的质粒BAC/ChAd155(DE1)TetOhCMV-RpsLKana#1379(用Amp-LacZ-SacB盒替代ChAd155E4区域)操作,以用ChAd155主链内的Ad5orf6替代Amp-lacZ-SacB选择盒。为此目的,使用寡核苷酸1025-FWE4Del步骤2(5'-TTAATAGACACAGTAGCTTAATA-3')(SEQIDNO:19)和1026-RWE4Del步骤2(5'-GGAAGGGAGTGTCTAGTGTT-3')(SEQIDNO:20),通过PCR得到含有Ad5orf6区域的DNA片段。将得到的DNA片段引入含有pAdeno质粒BAC/ChAd155(DE1)TetOhCMV-RpsLKana)#1379的大肠杆菌SW102感受态细胞中,从而产生含有置换天然ChAd155E4区域的Ad5orf6的最终质粒BAC/ChAd155(ΔE1,E4Ad5E4orf6)TetOhCMV-RpsLKana#1390。2.3.2:RSV表达盒的插入:BAC/ChAd155ΔE1,E4_Ad5E4orf6/TetOhCMVRSV#1393的构建通过置换RpsL-Kana选择盒,将RSV转基因克隆进BAC/ChAd155ΔE1,E4_Ad5E4orf6/TetOhCMVRSV#1393载体中。所述构建策略是基于大肠杆菌SW102感受态细胞中的重组工程的两个不同步骤。第一步-用Amp-LacZ-SacB选择盒置换RpsL-Kana盒使用寡核苷酸91-SubMonteFW(5'-CAATGGGCGTGGATAGCGGTTTGAC-3')(SEQIDNO:21)和890-BghPolyARW(5'-CAGCATGCCTGCTATTGTC-3')(SEQIDNO:22),通过PCR从质粒BAC/ChAd155(DE1)TetOhCMVAmp-LacZ-SacB#1342得到Amp-LacZ-SacB选择盒。将产物转化进含有pAdeno质粒BAC/ChAd155(DE1,E4Ad5E4orf6)TetOhCMV-RpsLKana#1390的大肠杆菌SW102感受态细胞中,从而产生BAC/ChAd155(DE1,E4Ad5E4orf6)TetOhCMV-Amp-LacZ-SacB#1386。第二步-用RSV转基因置换Amp-lacZ-SacB选择盒通过同源重组替换Amp-lacZ-SacB选择盒,将RSV转基因插入质粒BAC/ChAd155(DE1,E4Ad5E4orf6)TetOhCMV-Amp-LacZ-SacB#1386中。为此目的,将质粒pvjTetOhCMV-bghpolyA_RSV#1080(含有RSV表达盒)用SpeI和SfiI切割,以切离包括HCMV启动子、RSV和BGH聚腺苷酸的4.4Kb片段。将得到的RSV4.4Kb片段转化进含有pAdeno质粒BAC/ChAd155(DE1,E4Adr5E4orf6)TetOhCMV-Amp-LacZ-SacB#1386的大肠杆菌SW102感受态细胞中,从而产生最终质粒BAC/ChAd155ΔE1,E4_Ad5E4orf6/TetOhCMVKana#1390。在图6中图示了携带ChAd155/RSV(SEQIDNO:11)的BAC的结构。具体地,ChAd155/RSV包含以下部件:物种C左ITR:bp1-113,hCMV(tetO)bp467-1311,RSV基因:bp1348-4785,bghpolyA:bp4815-5032,Ad5E4orf6:bp36270-37151,物种C右ITR:bp37447-37559。实施例3:载体生产与Procell92细胞系中的ChAd3和PanAd3相比,评价了ChAd155的生产力。3.1:包含HIVGag转基因的载体的生产如上面(ChAd155/GAG)或以前(ChAd3/GAGColloca等人,Sci.Transl.Med.(2012)4:115ra)所述,制备表达HIVGag蛋白的载体。回收ChAd3/GAG和ChAd155/GAG并在Procell92中扩增直到第3代(P3);使用P3裂解物,以每种载体感染2个T75烧瓶的单层培养的Procell92。对于两个感染实验,使用100vp/细胞的感染复数(MOI)。当完全CPE明显时(感染后72小时),将受感染的细胞收获和合并;通过3个冷冻/融化(-70℃/37℃)循环,使该病毒从受感染的细胞释放,然后将裂解物通过离心澄清。通过使用与CMV启动子区域互补的引物和探针的定量PCR分析,对澄清的裂解物进行定量。寡核苷酸序列如下:CMVfor5'-CATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCA-3'(SEQIDNO:23),CMVrev5'-GACTTGGAAATCCCCGTGAGT-3'(SEQIDNO:24),CMVFAM-TAMRA探针5'-ACATCAATGGGCGTGGATAGCGGTT-3'(SEQIDNO:25)(在ABIPrism7900序列检测器-AppliedBiosystem上运行QPCR)。在澄清的裂解物上测量得到的体积滴度(vp/ml),和将以病毒颗粒/细胞(vp/细胞)表示的单位生产力(specificproductivity)提供在下面的表1中并图示在图7中。表1.来自P3裂解物的载体生产力载体vp/ml总vp(20ml浓缩物)vp/细胞ChAd3/GAG9,82E+091,96E+116,61E+03ChAd155/GAG1,11E+102,22E+117,46E+03为了证实表达HIVGag转基因的ChAd155载体的较高生产力,使用经纯化的病毒作为接种物执行了第二个实验。为此目的,将Procell92细胞接种在T25烧瓶中并在细胞汇合为约80%时,使用MOI=100vp/细胞的感染,用ChAd3/GAG和ChAd155/GAG感染。当完全CPE明显时,将受感染的细胞收获;通过冷冻/融化使病毒从受感染的细胞释放并通过离心进行澄清。通过使用与CMV启动子区域互补的以下引物和探针的定量PCR分析,对澄清的裂解物进行定量:CMVfor5'-CATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCA-3'(SEQIDNO:23),CMVrevGACTTGGAAATCCCCGTGAGT(SEQIDNO:24),CMVFAM-TAMRA探针5'-ACATCAATGGGCGTGGATAGCGGTT-3'(SEQIDNO:25)(在ABIPrism7900序列检测器-AppliedBiosystems上分析样品)。在澄清的裂解物上测量得到的体积滴度(vp/ml),和将以病毒颗粒/细胞(vp/细胞)表示的单位生产力提供在下面的表2中并图示在图8中。表2.来自纯化的病毒的载体生产力载体vp/ml总vp/T25烧瓶(5ml裂解物)vp/细胞ChAd3/GAG1,00E+105,00E+101,67E+04ChAd155/GAG1,21E+106,05E+102,02E+043.2:包含RSV转基因的载体的生产执行不同组的实验,以评价悬浮培养的Procell92.S中的RSV疫苗载体的生产力。所述实验通过在5x105个细胞/ml的细胞密度感染Procell92.S,平行地对比了PanAd3/RSV(描述在WO2012/089833中)和ChAd155/RSV。将受感染的细胞在感染后3天收获;通过3个冷冻/融化循环,将病毒从受感染的细胞释放并将裂解物通过离心澄清。然后将澄清的裂解物通过如上报告的定量PCR分析定量。体积生产力和细胞单位生产力提供在下面表3中并图示在图9中。表3病毒体积生产力(Vp/ml)总vp细胞单位生产力(vp/细胞)PanAd3/RSV5,82E+092,91E+111,16E+4ChAd155/RSV3,16E+101,58E+126,31E+04实施例4:转基因表达水平4.1:HIVGag转基因的表达水平通过用包含HIVGag转基因的ChAd3和ChAd155载体感染HeLa细胞,在平行实验中对比了表达水平。将HeLa细胞接种在24孔板中,并使用MOI=250vp/细胞用ChAd3/GAG和ChAd155/GAG纯化的病毒一式两份地感染。将HeLa感染的细胞的上清液在感染后48小时收获,并使用市售的ELISA试剂盒(HIV-1p24ELISA试剂盒,PerkinElmerLifeScience)定量分泌的HIVGAG蛋白的生产量。使用HIV-1p24抗原标准曲线,根据生产商的说明书执行定量。以pg/mlGAG蛋白表达的结果图示在图10中。4.1:RSVF转基因的表达水平通过用包含RSVF转基因的上述PanAd3和ChAd155载体感染HeLa细胞,在平行实验中对比了表达水平。为此目的,将HeLa细胞接种在6孔板中,并使用MOI=500vp/细胞用PanAd3/RSV和ChAd155/RSV纯化的病毒一式两份地感染。将上清液在感染后48小时收获,并通过ELISA定量分泌的RSVF蛋白的生产量。将上清液的5种不同稀释液转移至用市售的小鼠抗-RSVF单克隆抗体包被的微量培养板孔。如下显示被捕获的抗原:使用第二抗-RSVF兔抗血清,随后是生物素缀合的抗-兔IgG,然后加入抗生蛋白链菌素-AP缀合物(BDPharmingen目录554065)。使用RSVF蛋白(SinoBiological目录11049-V08B)标准曲线执行定量。将得到的结果(表达为ug/ml的RSVF蛋白)提供在下面表4中。表4样品µg/mlRSVF蛋白ChAd155/RSV5,9PanAd3/RSV4还执行蛋白印迹分析,以证实由ChAd155RSV载体提供的相对于PanAd3RSV载体更高的转基因表达水平。将铺板在6孔板中的HeLa细胞使用MOI=250和500vp/细胞用PanAd3/RSV和ChAd155/RSV纯化的病毒感染。将HeLa感染的细胞的上清液收获,并通过非还原SDS凝胶,随后通过蛋白印迹分析,来分析分泌的RSVF蛋白的生产量。将相等量的上清液加载到非还原SDS凝胶上;电泳分离以后,将蛋白转移至要用抗-RSVF小鼠单克隆抗体(克隆RSV-F-3目录号:ABIN308230,可在antibodies-online.com得到(最后一次登录在2015年4月13日))探测的硝酸纤维素膜。与一级抗体一起温育以后,将所述膜洗涤,并然后与抗-小鼠HRP缀合物二级抗体一起温育。最后,使用标准技术(ECL检测试剂Pierce目录号W3252282),通过电化学发光使测定显色。蛋白印迹结果显示在图11中。通过针对F蛋白产生的单克隆抗体mAb13,显示由箭头指示的约170kD的带,其对应于三聚F蛋白的预期重量。可以看出,在MOI=250和500vp/细胞,ChAd155RSV载体都产生了更深色带。实施例5:通过小鼠免疫接种实验评价免疫学效能5.1:包含HIVGag转基因的载体的免疫原性在BALB/c小鼠(5只/组)中,与ChAd3/GAG载体平行地评价了ChAd155/GAG载体的免疫原性。通过肌肉内地注射106个病毒颗粒执行实验。在免疫接种以后3周,使用在BALB/c小鼠中映射的GAGCD8+T细胞表位,通过离体IFN-γ酶联免疫斑点(ELISpot)测量T-细胞应答。结果显示在图12中,表示为每百万脾细胞的IFN-γ斑点形成细胞(SFC)。每个斑点代表在单一小鼠中的应答,且所述线对应于每个剂量组的平均值。在x轴上显示了注射剂量(以病毒颗粒数目计)和对于CD8免疫优势肽而言阳性小鼠的频率。5.2包含RSV转基因的载体的免疫原性在BALB/c小鼠中评价了PanAd3/RSV和ChAd155/RSV载体的免疫学效能。将两种载体以108、107和3X106vp的剂量肌肉内地注射。疫苗接种以后3周,将免疫的小鼠的脾细胞分离,并使用在BALB/c小鼠中映射的免疫优势肽F和M表位作为抗原,通过IFN-γ-ELISpot进行分析。免疫应答的水平与递减剂量一致地下降(如预期的),但是在用ChAd155/RSV载体免疫的小鼠组中的免疫应答明显高于用PanAd3/RSV疫苗免疫的等同小鼠组(图13)。在图13中,符号显示了各个小鼠数据,表示为IFN-γ斑点形成细胞(SFC)/百万脾细胞,计算为对三种免疫优势表位(F51-66F85-93和M2-1282-290)的应答的总和,并针对背景校正。水平线代表每个剂量组的IFN-γSFC/百万脾细胞的平均数目。结论总之,上面报告的结果证实,ChAd155是与ChAd3和PanAd3载体相比改善的腺病毒载体。显示了ChAd155是更多产的,因此有助于制造过程,能够在体外和在体内表达更高水平的转基因,从而提供对在动物模型中表达的抗原的更强T-细胞应答。序列表<110>GLAXOSMITHKLINEBIOLOGICALSSA<120>新型腺病毒<130>VB65845APCT<140><141><150>GB1513176.6<151>2015-07-27<160>70<170>PatentInversion3.5<210>1<211>578<212>PRT<213>猿猴腺病毒<400>1MetLysArgThrLysThrSerAspGluSerPheAsnProValTyrPro151015TyrAspThrGluSerGlyProProSerValProPheLeuThrProPro202530PheValSerProAspGlyPheGlnGluSerProProGlyValLeuSer354045LeuAsnLeuAlaGluProLeuValThrSerHisGlyMetLeuAlaLeu505560LysMetGlySerGlyLeuSerLeuAspAspAlaGlyAsnLeuThrSer65707580GlnAspIleThrThrAlaSerProProLeuLysLysThrLysThrAsn859095LeuSerLeuGluThrSerSerProLeuThrValSerThrSerGlyAla100105110LeuThrValAlaAlaAlaAlaProLeuAlaValAlaGlyThrSerLeu115120125ThrMetGlnSerGluAlaProLeuThrValGlnAspAlaLysLeuThr130135140LeuAlaThrLysGlyProLeuThrValSerGluGlyLysLeuAlaLeu145150155160GlnThrSerAlaProLeuThrAlaAlaAspSerSerThrLeuThrVal165170175SerAlaThrProProLeuSerThrSerAsnGlySerLeuGlyIleAsp180185190MetGlnAlaProIleTyrThrThrAsnGlyLysLeuGlyLeuAsnPhe195200205GlyAlaProLeuHisValValAspSerLeuAsnAlaLeuThrValVal210215220ThrGlyGlnGlyLeuThrIleAsnGlyThrAlaLeuGlnThrArgVal225230235240SerGlyAlaLeuAsnTyrAspThrSerGlyAsnLeuGluLeuArgAla245250255AlaGlyGlyMetArgValAspAlaAsnGlyGlnLeuIleLeuAspVal260265270AlaTyrProPheAspAlaGlnAsnAsnLeuSerLeuArgLeuGlyGln275280285GlyProLeuPheValAsnSerAlaHisAsnLeuAspValAsnTyrAsn290295300ArgGlyLeuTyrLeuPheThrSerGlyAsnThrLysLysLeuGluVal305310315320AsnIleLysThrAlaLysGlyLeuIleTyrAspAspThrAlaIleAla325330335IleAsnAlaGlyAspGlyLeuGlnPheAspSerGlySerAspThrAsn340345350ProLeuLysThrLysLeuGlyLeuGlyLeuAspTyrAspSerSerArg355360365AlaIleIleAlaLysLeuGlyThrGlyLeuSerPheAspAsnThrGly370375380AlaIleThrValGlyAsnLysAsnAspAspLysLeuThrLeuTrpThr385390395400ThrProAspProSerProAsnCysArgIleTyrSerGluLysAspAla405410415LysPheThrLeuValLeuThrLysCysGlySerGlnValLeuAlaSer420425430ValSerValLeuSerValLysGlySerLeuAlaProIleSerGlyThr435440445ValThrSerAlaGlnIleValLeuArgPheAspGluAsnGlyValLeu450455460LeuSerAsnSerSerLeuAspProGlnTyrTrpAsnTyrArgLysGly465470475480AspLeuThrGluGlyThrAlaTyrThrAsnAlaValGlyPheMetPro485490495AsnLeuThrAlaTyrProLysThrGlnSerGlnThrAlaLysSerAsn500505510IleValSerGlnValTyrLeuAsnGlyAspLysSerLysProMetThr515520525LeuThrIleThrLeuAsnGlyThrAsnGluThrGlyAspAlaThrVal530535540SerThrTyrSerMetSerPheSerTrpAsnTrpAsnGlySerAsnTyr545550555560IleAsnGluThrPheGlnThrAsnSerPheThrPheSerTyrIleAla565570575GlnGlu<210>2<211>1734<212>DNA<213>猿猴腺病毒<400>2atgaagcgcaccaaaacgtctgacgagagcttcaaccccgtgtacccctatgacacggaa60agcggccctccctccgtccctttcctcacccctcccttcgtgtctcccgatggattccaa120gaaagtccccccggggtcctgtctctgaacctggccgagcccctggtcacttcccacggc180atgctcgccctgaaaatgggaagtggcctctccctggacgacgctggcaacctcacctct240caagatatcaccaccgctagccctcccctcaaaaaaaccaagaccaacctcagcctagaa300acctcatcccccctaactgtgagcacctcaggcgccctcaccgtagcagccgccgctccc360ctggcggtggccggcacctccctcaccatgcaatcagaggcccccctgacagtacaggat420gcaaaactcaccctggccaccaaaggccccctgaccgtgtctgaaggcaaactggccttg480caaacatcggccccgctgacggccgctgacagcagcaccctcacagtcagtgccacacca540ccccttagcacaagcaatggcagcttgggtattgacatgcaagcccccatttacaccacc600aatggaaaactaggacttaactttggcgctcccctgcatgtggtagacagcctaaatgca660ctgactgtagttactggccaaggtcttacgataaacggaacagccctacaaactagagtc720tcaggtgccctcaactatgacacatcaggaaacctagaattgagagctgcagggggtatg780cgagttgatgcaaatggtcaacttatccttgatgtagcttacccatttgatgcacaaaac840aatctcagccttaggcttggacagggacccctgtttgttaactctgcccacaacttggat900gttaactacaacagaggcctctacctgttcacatctggaaataccaaaaagctagaagtt960aatatcaaaacagccaagggtctcatttatgatgacactgctatagcaatcaatgcgggt1020gatgggctacagtttgactcaggctcagatacaaatccattaaaaactaaacttggatta1080ggactggattatgactccagcagagccataattgctaaactgggaactggcctaagcttt1140gacaacacaggtgccatcacagtaggcaacaaaaatgatgacaagcttaccttgtggacc1200acaccagacccatcccctaactgtagaatctattcagagaaagatgctaaattcacactt1260gttttgactaaatgcggcagtcaggtgttggccagcgtttctgttttatctgtaaaaggt1320agccttgcgcccatcagtggcacagtaactagtgctcagattgtcctcagatttgatgaa1380aatggagttctactaagcaattcttcccttgaccctcaatactggaactacagaaaaggt1440gaccttacagagggcactgcatataccaacgcagtgggatttatgcccaacctcacagca1500tacccaaaaacacagagccaaactgctaaaagcaacattgtaagtcaggtttacttgaat1560ggggacaaatccaaacccatgaccctcaccattaccctcaatggaactaatgaaacagga1620gatgccacagtaagcacttactccatgtcattctcatggaactggaatggaagtaattac1680attaatgaaacgttccaaaccaactccttcaccttctcctacatcgcccaagaa1734<210>3<211>593<212>PRT<213>猿猴腺病毒<400>3MetArgArgAlaAlaMetTyrGlnGluGlyProProProSerTyrGlu151015SerValValGlyAlaAlaAlaAlaAlaProSerSerProPheAlaSer202530GlnLeuLeuGluProProTyrValProProArgTyrLeuArgProThr354045GlyGlyArgAsnSerIleArgTyrSerGluLeuAlaProLeuPheAsp505560ThrThrArgValTyrLeuValAspAsnLysSerAlaAspValAlaSer65707580LeuAsnTyrGlnAsnAspHisSerAsnPheLeuThrThrValIleGln859095AsnAsnAspTyrSerProSerGluAlaSerThrGlnThrIleAsnLeu100105110AspAspArgSerHisTrpGlyGlyAspLeuLysThrIleLeuHisThr115120125AsnMetProAsnValAsnGluPheMetPheThrAsnLysPheLysAla130135140ArgValMetValSerArgSerHisThrLysGluAspArgValGluLeu145150155160LysTyrGluTrpValGluPheGluLeuProGluGlyAsnTyrSerGlu165170175ThrMetThrIleAspLeuMetAsnAsnAlaIleValGluHisTyrLeu180185190LysValGlyArgGlnAsnGlyValLeuGluSerAspIleGlyValLys195200205PheAspThrArgAsnPheArgLeuGlyLeuAspProValThrGlyLeu210215220ValMetProGlyValTyrThrAsnGluAlaPheHisProAspIleIle225230235240LeuLeuProGlyCysGlyValAspPheThrTyrSerArgLeuSerAsn245250255LeuLeuGlyIleArgLysArgGlnProPheGlnGluGlyPheArgIle260265270ThrTyrGluAspLeuGluGlyGlyAsnIleProAlaLeuLeuAspVal275280285GluAlaTyrGlnAspSerLeuLysGluAsnGluAlaGlyGlnGluAsp290295300ThrAlaProAlaAlaSerAlaAlaAlaGluGlnGlyGluAspAlaAla305310315320AspThrAlaAlaAlaAspGlyAlaGluAlaAspProAlaMetValVal325330335GluAlaProGluGlnGluGluAspMetAsnAspSerAlaValArgGly340345350AspThrPheValThrArgGlyGluGluLysGlnAlaGluAlaGluAla355360365AlaAlaGluGluLysGlnLeuAlaAlaAlaAlaAlaAlaAlaAlaLeu370375380AlaAlaAlaGluAlaGluSerGluGlyThrLysProAlaLysGluPro385390395400ValIleLysProLeuThrGluAspSerLysLysArgSerTyrAsnLeu405410415LeuLysAspSerThrAsnThrAlaTyrArgSerTrpTyrLeuAlaTyr420425430AsnTyrGlyAspProSerThrGlyValArgSerTrpThrLeuLeuCys435440445ThrProAspValThrCysGlySerGluGlnValTyrTrpSerLeuPro450455460AspMetMetGlnAspProValThrPheArgSerThrArgGlnValSer465470475480AsnPheProValValGlyAlaGluLeuLeuProValHisSerLysSer485490495PheTyrAsnAspGlnAlaValTyrSerGlnLeuIleArgGlnPheThr500505510SerLeuThrHisValPheAsnArgPheProGluAsnGlnIleLeuAla515520525ArgProProAlaProThrIleThrThrValSerGluAsnValProAla530535540LeuThrAspHisGlyThrLeuProLeuArgAsnSerIleGlyGlyVal545550555560GlnArgValThrValThrAspAlaArgArgArgThrCysProTyrVal565570575TyrLysAlaLeuGlyIleValSerProArgValLeuSerSerArgThr580585590Phe<210>4<211>1779<212>DNA<213>猿猴腺病毒<400>4atgcggcgcgcggcgatgtaccaggagggacctcctccctcttacgagagcgtggtgggc60gcggcggcggcggcgccctcttctccctttgcgtcgcagctgctggagccgccgtacgtg120cctccgcgctacctgcggcctacgggggggagaaacagcatccgttactcggagctggcg180cccctgttcgacaccacccgggtgtacctggtggacaacaagtcggcggacgtggcctcc240ctgaactaccagaacgaccacagcaattttttgaccacggtcatccagaacaatgactac300agcccgagcgaggccagcacccagaccatcaatctggatgaccggtcgcactggggcggc360gacctgaaaaccatcctgcacaccaacatgcccaacgtgaacgagttcatgttcaccaat420aagttcaaggcgcgggtgatggtgtcgcgctcgcacaccaaggaagaccgggtggagctg480aagtacgagtgggtggagttcgagctgccagagggcaactactccgagaccatgaccatt540gacctgatgaacaacgcgatcgtggagcactatctgaaagtgggcaggcagaacggggtc600ctggagagcgacatcggggtcaagttcgacaccaggaacttccgcctggggctggacccc660gtgaccgggctggttatgcccggggtgtacaccaacgaggccttccatcccgacatcatc720ctgctgcccggctgcggggtggacttcacttacagccgcctgagcaacctcctgggcatc780cgcaagcggcagcccttccaggagggcttcaggatcacctacgaggacctggaggggggc840aacatccccgcgctcctcgatgtggaggcctaccaggatagcttgaaggaaaatgaggcg900ggacaggaggataccgcccccgccgcctccgccgccgccgagcagggcgaggatgctgct960gacaccgcggccgcggacggggcagaggccgaccccgctatggtggtggaggctcccgag1020caggaggaggacatgaatgacagtgcggtgcgcggagacaccttcgtcacccggggggag1080gaaaagcaagcggaggccgaggccgcggccgaggaaaagcaactggcggcagcagcggcg1140gcggcggcgttggccgcggcggaggctgagtctgaggggaccaagcccgccaaggagccc1200gtgattaagcccctgaccgaagatagcaagaagcgcagttacaacctgctcaaggacagc1260accaacaccgcgtaccgcagctggtacctggcctacaactacggcgacccgtcgacgggg1320gtgcgctcctggaccctgctgtgcacgccggacgtgacctgcggctcggagcaggtgtac1380tggtcgctgcccgacatgatgcaagaccccgtgaccttccgctccacgcggcaggtcagc1440aacttcccggtggtgggcgccgagctgctgcccgtgcactccaagagcttctacaacgac1500caggccgtctactcccagctcatccgccagttcacctctctgacccacgtgttcaatcgc1560tttcctgagaaccagattctggcgcgcccgcccgcccccaccatcaccaccgtcagtgaa1620aacgttcctgctctcacagatcacgggacgctaccgctgcgcaacagcatcggaggagtc1680cagcgagtgaccgttactgacgccagacgccgcacctgcccctacgtttacaaggccttg1740ggcatagtctcgccgcgcgtcctttccagccgcactttt1779<210>5<211>964<212>PRT<213>猿猴腺病毒<400>5MetAlaThrProSerMetMetProGlnTrpSerTyrMetHisIleSer151015GlyGlnAspAlaSerGluTyrLeuSerProGlyLeuValGlnPheAla202530ArgAlaThrAspSerTyrPheSerLeuSerAsnLysPheArgAsnPro354045ThrValAlaProThrHisAspValThrThrAspArgSerGlnArgLeu505560ThrLeuArgPheIleProValAspArgGluAspThrAlaTyrSerTyr65707580LysAlaArgPheThrLeuAlaValGlyAspAsnArgValLeuAspMet859095AlaSerThrTyrPheAspIleArgGlyValLeuAspArgGlyProThr100105110PheLysProTyrSerGlyThrAlaTyrAsnSerLeuAlaProLysGly115120125AlaProAsnSerCysGluTrpGluGlnGluGluThrGlnThrAlaGlu130135140GluAlaGlnAspGluGluGluAspGluAlaGluAlaGluGluGluMet145150155160ProGlnGluGluGlnAlaProValLysLysThrHisValTyrAlaGln165170175AlaProLeuSerGlyGluLysIleThrLysAspGlyLeuGlnIleGly180185190ThrAspAlaThrAlaThrGluGlnLysProIleTyrAlaAspProThr195200205PheGlnProGluProGlnIleGlyGluSerGlnTrpAsnGluAlaAsp210215220AlaSerValAlaGlyGlyArgValLeuLysLysThrThrProMetLys225230235240ProCysTyrGlySerTyrAlaArgProThrAsnAlaAsnGlyGlyGln245250255GlyValLeuValGluLysAspGlyGlyLysMetGluSerGlnValAsp260265270MetGlnPhePheSerThrSerGluAsnAlaArgAsnGluAlaAsnAsn275280285IleGlnProLysLeuValLeuTyrSerGluAspValHisMetGluThr290295300ProAspThrHisIleSerTyrLysProAlaLysSerAspAspAsnSer305310315320LysValMetLeuGlyGlnGlnSe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