技术特征：
1.一种监测患者对癌症治疗的反应的计算机实施方法(100)，包括以下步骤：a)接收(110)指示患者随时间推移发生遗传变化的数据，所述遗传变化中的每个遗传变化与常见疾病或常见疾病组相关联，其中所述数据基于对患者样品中的生物标志物的分析而获得；b)根据趋势之间的类似性，将所述遗传变化中的每个遗传变化中的所述趋势分组(120)为多个趋势组，使得每个趋势组具有组特定时间行为模式，其中每个趋势组包括代表所述遗传变化的等位基因频率af的类似时间行为的趋势，并且其中量化同一趋势组中的所述趋势之间的所述类似性的类似性度量处于预定范围内；以及c)分析(130)所述多个趋势组的组特定时间行为模式，以用于监测所述患者对所述癌症治疗的反应；其中步骤c)还包括：-基于趋势分类规则，将所述趋势组划分(132a)为多个趋势类，每个趋势类与相应的患者对处理的反应相关联，使得每个趋势类包括具有代表同一患者对处理的反应的趋势的趋势组，其中所述趋势分类规则按照所述遗传变化的所述时间行为定义所述趋势类；-应用(134a)趋势得分分配规则，以基于趋势得分相关联的趋势类将趋势得分分配给所述趋势组中的每个趋势组，其中所述趋势得分分配规则按照所述趋势类定义所述趋势得分；以及-确定(136a)所述遗传变化的最坏情况趋势得分，以用于确定所述癌症患者的反应状态。2.根据权利要求1所述的计算机实施方法，其中在步骤b)中，趋势使用以下方法中的至少一种被分组：-执行聚类分析以识别不同的趋势组的趋势；-使用自组织映射图来识别不同的趋势组的趋势；以及-将所述趋势与预定义的趋势分组规则进行比较，以将每个趋势与相应的趋势组相关联。3.根据权利要求1所述的计算机实施方法，其中所述趋势分类规则将所述趋势分类为以下类别：(i)af下降到0并且以后不上升，被分类为趋势类完全反应cr；(ii)af下降到小于其初始值的预定义百分比并且在时间过程中保持低于该值，被分类为趋势类部分反应pr；(iii)af从其初始值上升到预定义阈值并且保持高于所述预定义阈值直到时间过程结束，被分类为趋势类进展性疾病pd；以及(iv)af中的其余趋势被分类为趋势类稳定疾病sd。4.根据权利要求3所述的计算机实施方法，其中所述趋势得分分配规则定义了所述趋势得分与所述趋势类之间的以下对应关系：(i)分配给所述趋势类cr的第一得分；(ii)分配给所述趋势类pr的第二得分；(iii)分配给所述趋势类sd的第三得分；以及(iv)分配给所述趋势类pd的第四得分；
其中所述第一得分、所述第二得分、所述第三得分和所述第四得分具有升序或降序的值。5.根据权利要求4所述的计算机实施方法，其中所述最坏情况趋势得分由所述遗传变化的所述趋势得分的极值给出，并且所述患者的反应状态被分为以下类：(i)如果所述趋势得分的所述极值等于所述第一得分，则确定患者的cr；(ii)如果所述趋势得分的所述极值等于所述第二得分，则确定患者的pr；(iii)如果所述趋势得分的所述极值等于所述第三得分，则确定患者的sd；以及(iv)如果所述趋势得分的所述极值等于所述第四得分，则确定患者的pd；其中所述极值对应于：-所述趋势得分的最大值，如果所述第一得分、所述第二得分、所述第三得分和所述第四得分具有升序的值；或者-所述趋势得分的最小值，如果所述第一得分、所述第二得分、所述第三得分和所述第四得分具有降序的值。6.根据前述权利要求中任一项所述的计算机实施方法，其中步骤c)还包括：-对所述趋势组的数量进行计数(132b)，以估计不同肿瘤亚克隆的数量。7.根据权利要求6所述的计算机实施方法，还包括：-基于以下两个界限，为所述亚克隆中的每个亚克隆估计(134b)在每个时间点肿瘤所占的相对分数：-肿瘤分数，所述肿瘤分数为肿瘤除以所发现的亚克隆的数量，以及-该亚克隆的突变体等位基因频率maf之和相对于所有突变体的所有maf之和的分数。8.根据前述权利要求中任一项所述的计算机实施方法，其中所述生物标志物包括循环肿瘤dna、ct-dna、和循环肿瘤细胞ctc的遗传分析中的至少一种。9.根据前述权利要求中任一项所述的计算机实施方法，还包括：-将以下内容中的至少一项输出到临床决策支持系统：-不同肿瘤亚克隆的数量；-对于所述肿瘤亚克隆中的每个肿瘤亚克隆，在每个时间点肿瘤所占的相对分数；和/或-所述最坏情况趋势得分。10.一种用于监测患者对癌症治疗的反应的决策支持设备(200)，包括：-输入单元(210)，被配置用于接收指示患者随时间推移发生遗传变化的数据，所述遗传变化中的每个遗传变化与常见疾病或常见疾病组相关联，其中所述数据基于对患者样品中的生物标志物的分析而获得；以及-处理单元(220)，被配置用于执行根据权利要求1至9中任一项所述的方法。11.一种用于监测患者对癌症治疗的反应的系统(300)，包括-根据权利要求10所述的决策支持设备；以及-样品分析装置(310)，被配置用于分析患者样品以获得指示所述患者随时间推移发生
遗传变化的数据，以输出到所述设备。12.根据权利要求11所述的系统，还包括：-医学成像设备(320)，用于通过成像来监测所述患者对癌症治疗的反应。13.一种计算机程序元件，用于控制根据权利要求10至12中任一项所述的设备，所述计算机程序元件在由处理单元执行时，适于执行根据权利要求1至9中任一项所述的方法步骤。14.一种计算机可读介质，具有存储有根据权利要求13所述的程序元件。
技术总结
本发明涉及监测患者对治疗的反应。为了促进监测患者对治疗的反应，本发明提供了一种方法，以识别随时间推移具有类似遗传变化的遗传变化中的每个遗传变化中的趋势组，并且分析这些组以确定患者对治疗的反应。些组以确定患者对治疗的反应。些组以确定患者对治疗的反应。
技术研发人员：P
受保护的技术使用者：皇家飞利浦有限公司
技术研发日：2020.10.13
技术公布日：2022/6/4