在多发性骨髓瘤中表达的新抗原及其用途的制作方法

本公开涉及多发性骨髓瘤新抗原、编码所述多发性骨髓瘤新抗原的多核苷酸、载体、宿主细胞、包含所述新抗原的疫苗、结合所述多发性骨髓瘤新抗原的蛋白质类分子及制备和使用它们的方法。

背景技术：

1、多发性骨髓瘤导致显著的发病率和死亡率。它占全世界所有恶性肿瘤的大约1％和血液学癌症的13％。在欧盟和美国每年约有5万名患者被诊断出患有多发性骨髓瘤，并且每年有3万名患者死于多发性骨髓瘤。

2、大多数多发性骨髓瘤患者产生单克隆蛋白(副蛋白、m蛋白或m组分)，该单克隆蛋白为免疫球蛋白(ig)或已丧失其功能的免疫球蛋白的片段(kyle和rajkumar，leukemia，第23卷：第3-9页，2009年；palumbo和anderson，n engl j med，第364卷：第1046-1060页，2011年)。患者的正常免疫球蛋白水平受损，导致易受感染。增殖的多发性骨髓瘤细胞取代正常骨髓，导致正常造血组织功能障碍并破坏正常骨髓结构，这反映在临床发现中，诸如贫血，血清或尿液中的副蛋白，以及x光片中显示为弥漫性骨质疏松或溶解性病变的骨吸收(kyle等人，mayo clin proc，第78卷：第21-33页，2003年)。此外，高钙血症、肾功能不全或衰竭以及神经系统并发症也很常见。少数多发性骨髓瘤患者是非分泌型的。

3、多发性骨髓瘤的治疗选择随年龄、共病、疾病的侵袭性和相关的预后因素而异(palumbo和anderson，n engl j med，第364卷：第1046-1060页，2011年)。新诊断的多发性骨髓瘤患者通常分为2个亚群，通常根据他们的年龄和对后续治疗方法的适应性来定义。年轻患者通常会接受诱导方案，然后接受高剂量化疗(hdc)和自体干细胞移植(asct)的巩固治疗。对于那些被认为不适合hdc和asct的患者，使用包括烷基化物、高剂量类固醇和新型药物在内的多药物组合的长期治疗目前被认为是护理标准。一般来讲，65岁以上或有明显共病的患者通常被认为不符合hdc和asct的资格。多年来，口服组合美法仑-泼尼松(mp)被认为是不符合asct资格的患有多发性骨髓瘤患者的护理标准(gay和palumbo，bloodreviews，第25卷：第65-73页，2011年)。免疫调节剂(imid)和蛋白酶体抑制剂(pi)的出现为被认为不适合基于移植治疗的新诊断患者带来了多种新的治疗选择。

4、尽管做出各种尝试改善多发性骨髓瘤的治疗，仍然需要针对多发性骨髓瘤的疗法。

技术实现思路

1、本公开提供了一种分离的多核苷酸，该分离的多核苷酸包含seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407或421的氨基酸序列或其片段。

2、本公开还提供了一种分离的异源多肽，该分离的异源多肽包含选自由以下项组成的组的两种或更多种多肽：seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407和421及它们的片段。

3、本公开还提供了一种分离的多核苷酸，该分离的多核苷酸包含以下的序列：seqid no:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408或422，或它们的片段。

4、本公开还提供了包含编码本文所公开的多肽的多核苷酸的载体。

5、本公开还提供了包含本公开的载体的病毒或重组病毒。

6、本公开还提供了包含本公开的载体或本公开的重组病毒或者用本公开的载体或本公开的重组病毒转导的细胞。

7、本公开还提供了一种包含本公开的多核苷酸的疫苗。

8、本公开还提供了一种包含本公开的多肽的疫苗。

9、本公开还提供了一种包含本公开的载体的疫苗。

10、本公开还提供了一种包含本公开的重组病毒的疫苗。

11、本公开还提供了一种包含本公开的自复制rna分子的疫苗。

12、本公开还提供了预防或治疗受试者的多发性骨髓瘤的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的本公开的一种或多种疫苗、本公开的一种或多种病毒或重组病毒或者本公开的一种或多种药物组合物。

13、本公开还提供了在受试者中诱导对seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407或421的一个或多个氨基酸序列的免疫应答的方法，该方法包括向受试者施用本公开的一种或多种疫苗或包含本公开的多核苷酸的本公开的一种或多种重组病毒，并且其中该重组病毒是ad26、gad20、mva，和/或施用编码本公开的多肽的自复制rna分子。

14、本公开还提供了一种治疗或预防受试者的多发性骨髓瘤的方法，该方法包括

15、向受试者施用治疗有效量的包含重组病毒的组合物和/或包含编码异源多肽的自复制rna分子的组合物，该异源多肽包括选自由以下项组成的组的两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个、34个、35个、36个、37个、38个、39个、40个、41个、42个、43个、44个、45个、46个、47个、48个、49个、50个、51个、52个、53个、54个、55个、56个、57个、58个、59个、60个、61个、62个、63个、64个、65个、66个、67个、68个、69个、70个、71个、72个、73个、74个、75个、76个、77个、78个、79个、80个、81个、82个、83个、84个、85个、86个、87个、88个、89个、90个、91个、92个、93个、94个、95个、96个、97个、98个、99个、100个、101个、102个、103个、104个、105个、106个、107个、108个、109个、110个、111个、112个、113个、114个、115个、116个、117个、118个、119个、120个、121个、122个、123个、124个、125个、126个、127个、128个、129个、130个、131个、132个、133个、134个、135个、136个、137个、138个、139个、140个、141个、142个、143个、144个、145个、146个、147个、148个、149个、150个、151个、152个、153个、154个、155个、156个、157个、158个、159个、160个、161个、162个、163个、164个、165个、166个、167个、168个、169个、170个、171个、172个、173个、174个、175个、176个、177个、178个、179个、180个、181个、182个、183个、184个、185个、186个、187个、188个、189个、190个、191个、192个、193个、194个、195个、196个、197个、198个、199个、200个、201个、202个、203个或204个多肽：seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407和421，以及它们的片段。在一些实施方案中，重组病毒是ad26、gad20或mva病毒。在一些实施方案中，在一些实施方案中，所述施用包括所述组合物的一次或多次施用。

16、本公开还提供了一种治疗或预防受试者的多发性骨髓瘤的方法，该方法包括向受试者施用以下组合物：

17、包含编码第一异源多肽的第一异源多核苷酸的第一组合物，其中第一异源多肽包含选自由以下项组成的组的两种或更多种多肽：seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407和421，以及它们的片段；以及

18、包含编码第二异源多肽的第二异源多核苷酸的第二组合物，其中第二异源多肽包含选自由以下项组成的组的两种或更多种多肽：seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407和421，以及它们的片段；其中第一异源多肽和第二异源多肽具有不同的氨基酸序列。

19、本公开还提供了一种治疗或预防受试者的多发性骨髓瘤的方法，该方法包括向受试者施用治疗有效量的包含重组病毒的组合物和/或包含自复制rna分子的组合物，该自复制rna分子编码选自由以下项组成的组的异源多肽：seq id no:7、9、11、13、17、21、23、25、27、31、33、35、37、39、41、43、45、47、51、53、55、59、61、63、67、69、71、75、79、81、83、87、89、91、101、103、105、107、109、111、113、119、121、123、125、131、133、135、143、145、147、149、151、157、161、163、165、171、173、179、185、187、197、199、207、213、217、221、223、225、241、247、249、259、265、267、269、281、285、287、289、293、297、299、301、303、305、307、329、331、333、335、337、339、341、343、345、349、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、375、377、379、381、383、385和421。

20、本公开还提供了一种诱导受试者中的免疫应答的方法，所述方法包括向受试者施用包含编码异源多肽的异源多核苷酸的组合物，其中所述异源多肽包含选自由以下项组成的组的一种或多种多肽：seq id no:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407和421，以及它们的片段；并且其中所述施用包括所述组合物的一次或多次施用，并且其中所述异源多肽具有不同的氨基酸序列。

21、本公开还提供了一种诱导受试者中的免疫应答的方法，所述方法包括向受试者施用包含编码异源多肽的异源多核苷酸的组合物，其中所述异源多肽包含选自由以下项组成的组的一种或多种多肽：seq id no:7、9、11、13、17、21、23、25、27、31、33、35、37、39、41、43、45、47、51、53、55、59、61、63、67、69、71、75、79、81、83、87、89、91、101、103、105、107、109、111、113、119、121、123、125、131、133、135、143、145、147、149、151、157、161、163、165、171、173、179、185、187、197、199、207、213、217、221、223、225、241、247、249、259、265、267、269、281、285、287、289、293、297、299、301、303、305、307、329、331、333、335、337、339、341、343、345、349、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、375、377、379、381、383、385和421。

22、本公开还提供了一种特异性结合本公开的多肽的分离的蛋白质类分子。

23、本公开还提供了一种预防或治疗受试者的多发性骨髓瘤的方法，该方法包括向受试者施用本公开的蛋白质类分子。

24、本公开还提供了将抗ctla-4抗体、抗pd-1抗体或抗pd-l1抗体与包含本文所公开的多核苷酸、多肽、载体或病毒的任何组合物结合施用。

25、应当理解，除了具体列举的多肽及其片段之外，本发明的上述实施方案还涵盖还包含另外的多肽序列的多肽，包括不同于具体列举的那些多肽的一种或多种多肽。类似地，除了具体列举的多核苷酸及其片段之外，本发明的上述实施方案还涵盖还包含另外的多核苷酸序列的多核苷酸，包括不同于具体列举的那些多核苷酸的一种或多种多核苷酸。