用于预测对免疫治疗的响应的生物标志物及其应用的制作方法

本技术涉及生物医学领域，具体涉及一种用于预测对免疫治疗的响应的生物标志物及其应用。

背景技术：

1、免疫治疗作为有效治疗肿瘤的治疗方法之一，广泛应用于临床。但是，由于不同患者本身免疫微环境差异大，不能确定患者是否响应免疫治疗。

2、目前已有的用于预测对免疫治疗的响应的生物标志物例如肿瘤突变负荷(tumormutation burden,tmb)、错配修复缺陷/微卫星不稳定(mismatch repair deficiency/mcrosatellite instability,dmmr/msi)以及肿瘤微环境中与免疫相关细胞的状态和基因的表达水平，都存在一定局限性，其预测结果往往会受到肿瘤类型、检测方法和患者特性等因素的影响而不稳定。

3、因此，亟待提出一种能够兼顾准确性和普适性的生物标志物，用于预测癌症患者对免疫治疗的响应。

技术实现思路

1、为此，本技术实施例第一方面实施例提供一组生物标志物；本技术第二方面的实施例提供生物标志物在制备预测受试者对免疫治疗的响应的试剂盒中的应用；本技术第三方面实施例提供一种用于基于生物标志物预测受试者对免疫治疗的响应的方法；本技术第四方面的实施例提供一种用于基于生物标志物预测受试者对免疫治疗的响应的装置；本技术第五方面的实施例提供一种用于基于生物标志物预测受试者对免疫治疗的响应的系统；本技术第六方面的实施例提供一种基于生物标志物治疗癌症的方法；本技术第七方面的实施例提供一种计算机程序产品。

2、本技术一方面的实施例提供一组生物标志物，选自以下一种或多种：itgb3、htra1、serpinh1、timp3、itgav、col11a1、itgb7、ciita、zbp1、gzma、il18bp和rnf213。

3、本技术另一方面的实施例提供生物标志物在制备检测受试者对免疫治疗的响应的试剂盒中的应用，所述检测受试者对免疫治疗的响应包括：

4、获取来自所述受试者的生物样本的核酸表达谱数据；

5、计算所述生物样本的ifn/emt得分；和

6、根据所述ifn/emt得分确定所述受试者对免疫治疗的响应，

7、其中所述生物标志物选自以下一种或多种：itgb3、htra1、serpinh1、timp3、itgav、col11a1、itgb7、ciita、zbp1、gzma、il18bp和rnf213；并且

8、所述ifn/emt得分显著高于参考水平指示所述受试者响应所述免疫治疗。

9、在一些实施例中，所述计算所述生物样本的ifn/emt得分包括：

10、从所述核酸表达谱数据中提取所述生物标志物的转录组表达水平；和

11、基于所述生物标志物的转录组表达水平通过回归分析计算所述生物样本的所述ifn/emt得分。

12、在一些实施例中，所述ifn/emt得分通过下式获得：

13、ifn/emt得分＝-0.096559765+(-0.010082384×itgb3转录组表达水平)+(-0.006223725×htra1转录组表达水平)+(-0.0057209×serpinh1转录组表达水平)+(-0.001216867×timp3转录组表达水平)+(-0.00069129×itgav转录组表达水平)+(-0.000611413×col11a1转录组表达水平)+(0.001477326×itgb7转录组表达水平)+(0.004623571×ciita转录组表达水平)+(0.012179575×zbp1转录组表达水平)+(0.012582618×gzma转录组表达水平)+(0.019644856×il18bp转录组表达水平)+(0.036724799×rnf213转录组表达水平)。

14、在一些实施例中，所述生物样本为血液、肿瘤组织、尿液、唾液或淋巴液。

15、在一些实施例中，所述受试者患有或怀疑患有癌症。

16、在一些实施例中，所述癌症为胃癌、黑色素瘤、肺癌、食管鳞癌或尿路上皮癌。

17、在一些实施例中，所述癌症为黑色素瘤、胃癌、食管鳞癌和尿路上皮癌。

18、本技术另一方面的实施例提供一种用于基于生物标志物预测受试者对免疫治疗的响应的系统，所述系统包括：

19、处理器；和

20、存储介质，所述存储介质包含由所述处理器执行的程序指令，所述程序指令使所述处理器执行包括以下的步骤：

21、获取来自所述受试者的生物样本的核酸表达谱数据；

22、计算所述生物样本的ifn/emt得分；和

23、根据所述ifn/emt得分确定所述受试者对免疫治疗的响应，

24、其中所述生物标志物选自以下一种或多种：itgb3、htra1、serpinh1、timp3、itgav、col11a1、itgb7、ciita、zbp1、gzma、il18bp和rnf213；并且

25、所述ifn/emt得分显著高于参考水平指示所述受试者响应所述免疫治疗。

26、在一些实施例中，所述计算所述生物样本的ifn/emt得分包括：

27、从所述核酸表达谱数据中提取所述生物标志物的转录组表达水平；和

28、基于所述生物标志物的转录组表达水平通过回归分析计算所述生物样本的所述ifn/emt得分。

29、在一些实施例中，所述ifn/emt得分通过下式获得：

30、ifn/emt得分＝-0.096559765+(-0.010082384×itgb3转录组表达水平)+(-0.006223725×htra1转录组表达水平)+(-0.0057209×serpinh1转录组表达水平)+(-0.001216867×timp3转录组表达水平)+(-0.00069129×itgav转录组表达水平)+(-0.000611413×col11a1转录组表达水平)+(0.001477326×itgb7转录组表达水平)+(0.004623571×ciita转录组表达水平)+(0.012179575×zbp1转录组表达水平)+(0.012582618×gzma转录组表达水平)+(0.019644856×il18bp转录组表达水平)+(0.036724799×rnf213转录组表达水平)。

31、在一些实施例中，所述生物样本为血液、肿瘤组织、尿液、唾液或淋巴液。

32、在一些实施例中，所述受试者患有或怀疑患有癌症。

33、在一些实施例中，所述癌症为胃癌、黑色素瘤、肺癌、食管鳞癌或尿路上皮癌。

34、在一些实施例中，所述癌症为黑色素瘤、胃癌、食管鳞癌和尿路上皮癌。

35、本发明提供了用于预测接受免疫治疗的受试者对于免疫治疗的响应的生物标志物，并公开了该生物标志物的筛选方法以及利用该生物标志物对接受免疫治疗的受试者对于免疫治疗的响应进行预测的方法。该生物标志物对于患有不同肿瘤类型的受试者显示出良好的预测效果，具有较高的普适性，低成本和使用简单方便等优点，对于预测对泛实体瘤的免疫治疗的响应和个性化治疗具有重要意义。