一种用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选方法及装置

文档序号:37016407发布日期:2024-02-09 13:07阅读:来源:国知局

技术特征:

1.用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选方法,其特征在于,该方法包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选方法,其特征在于,步骤一中结肠癌样本抽样方法为:

3.根据权利要求1或2所述的用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选方法,其特征在于,步骤一中具有显著差异表达的dna甲基化位点的条件为:

4.根据权利要求3所述的用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选方法,其特征在于,步骤(1)中通过t检验获取p值,其中t检验过程为:对不同组的dna甲基化位点水平使用t检验进行差异甲基化位点筛选。t检验的公式为:

5.根据权利要求1所述的用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选方法,其特征在于,步骤二中新的正常、前期、进展期的三组dna甲基化谱的构建方法为:

6.根据权利要求1所述的用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选方法,其特征在于,步骤三中fold change值的计算公式如下:

7.根据权利要求1所述的用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选方法,其特征在于,步骤五中基因的基尼指数通过以下公式计算获取:

8.根据权利要求1所述的用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选方法,其特征在于,当auc值大于0.9而且模型中包含基因少于5个时,作为最终诊断模型的基因集。

9.一种存储介质,其特征在于,所述存储介质中存储有至少一条指令,所述至少一条指令由处理器加载并执行以实现如权利要求1至8之一所述的用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选方法。

10.一种用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物筛选的装置,其特征在于,所述装置包括处理器和存储器,所述存储器中存储有至少一条指令,所述至少一条指令由处理器加载并执行以实现如权利要求1至8之一所述的用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选方法。


技术总结
一种用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选方法及装置,涉及结肠癌诊断标记物领域。是要解决现有筛选方法获得的结肠癌分子标志物在结肠癌早期诊断时准确性不足,产生假阴性的问题。本发明利用数据库得到差异DNA甲基化基因;然后构建新的正常、前期、进展期的三组DNA甲基化谱;再获得结肠癌正常、前期与进展期差异DNA甲基化基因;进而得到训练集与测试集样本分组数据;利用随机森林算法建立预测模型,通过结合模型的AUC值与模型中包含的基因数确定最终诊断模型所包含的基因,从而得到了结肠癌的甲基化诊断标志物。本发明主要用于结肠癌早期诊断甲基化诊断标志物的筛选。

技术研发人员:张岩,赵季赟,吴琼,顾悦
受保护的技术使用者:哈尔滨工业大学
技术研发日:
技术公布日:2024/2/8
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