一种筛选或辅助筛选不同株高小麦的方法及其专用试剂盒与流程

本发明涉及生物
技术领域：
，尤其涉及一种筛选或辅助筛选不同株高小麦的方法及其专用试剂盒。
背景技术：
：小麦是世界上主要的粮食作物之一，占全球粮食作物种植面积的17％，养活了世界40％的人口，为人类提供了20％的食物能量和蛋白质，全世界35-40％的人口以它为主要的食物来源。因此，小麦产量直接关系到世界的粮食安全。目前，在有限耕地面积的情况下，选育单产突出的小麦新品种是稳定和提高小麦产量最经济有效的途径。小麦产量受多种因素(如穗数、穗粒数和粒重)的影响，各个因素的协调是小麦高产的关键。株高是影响小麦产量的重要因素之一，其表现为：在一定范围内，随着株高的增加，小麦产量也相应增加；但超出一定范围，随着株高的增加，小麦产量反而下降，主要原因为叶面积系数已达到最佳值、易倒伏、收割困难等等。因此，挖掘控制小麦株高相关性状的优良等位变异，并且开发相应等位变异的功能标记对高产小麦品种的分子标记辅助育种具有重要的意义。单核甘酸多态性(Singlenucleotidepolymorphism，SNP)是指在基因组水平上由单个核苷酸变异所引起的DNA序列的多态性。随着技术的发展，SNP检测方法越来越多，检测费用也越来越经济，使它成为继SSR之后的新一代分子标记。目前在小麦基因组研究过程中，SNP标记已被应用于小麦遗传图谱的构建、小麦重要农艺性状相关基因的定位和基因组关联分析等方面。酶切扩增多态性序列标记(Cleavedamplifiedpolymorphismsequence，CAPS)主要是对PCR扩增的DNA片段进行限制性酶切分析。根据基因序列设计特异引物，将特异PCR扩增与限制性酶切两种方法相结合用来检测核酸序列多态性的一种分子标记技术。它的基本原理是利用己知位点的DNA序列设计一对特异的PCR引物,然后用该引物特异扩增DNA片段,之后用特定的限制性内切酶酶切消化所得到的PCR扩增产物,最后通过凝胶电泳分离检测酶切产物。技术实现要素：本发明所要解决的技术问题是如何筛选或辅助筛选不同株高的小麦。为解决上述技术问题，本发明首先提供了筛选或辅助筛选不同株高小麦的方法。本发明所提供的筛选或辅助筛选不同株高小麦的方法，具体可为方法一，可包括如下步骤：检测待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapI、基因型HapII还是基因型HapIII，基因型HapI的小麦的株高>基因型HapIII的小麦的株高>基因型HapII的小麦的株高；所述基因型HapI的小麦为基于T125CSNP位点的基因型为TT纯合型、基于T160CSNP位点的基因型为CC纯合型且基于C169GSNP位点的基因型为CC纯合型的小麦；所述基因型HapII的小麦为基于T125CSNP位点的基因型为CC纯合型、基于T160CSNP位点的基因型为TT纯合型且基于C169GSNP位点的基因型为GG纯合型的小麦；所述基因型HapIII的小麦为基于T125CSNP位点的基因型为CC纯合型、基于T160CSNP位点的基因型为TT纯合型且基于C169GSNP位点的基因型为CC纯合型的小麦；所述“T125CSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列9自5′末端起第125位核苷酸；所述“T160CSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列9自5′末端起第160位核苷酸；所述“C169GSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列9自5′末端起第169位核苷酸。本发明所提供的筛选或辅助筛选不同株高小麦的方法，具体可为方法二，可包括如下步骤：检测待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapI、基因型HapII还是基因型HapIII，基因型HapI的小麦的株高>基因型HapIII的小麦的株高>基因型HapII的小麦的株高；所述基因型HapI的小麦为基于T125CSNP位点的基因型为TT纯合型、基于T160CSNP位点的基因型为CC纯合型且基于C169GSNP位点的基因型为CC纯合型的小麦；所述基因型HapII的小麦为基于T125CSNP位点的基因型为CC纯合型、基于T160CSNP位点的基因型为TT纯合型且基于C169GSNP位点的基因型为GG纯合型的小麦；所述基因型HapIII的小麦为基于T125CSNP位点的基因型为CC纯合型、基于T160CSNP位点的基因型为TT纯合型且基于C169GSNP位点的基因型为CC纯合型的小麦；所述“T125CSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列10自5′末端起第125位核苷酸；所述“T160CSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列10自5′末端起第160位核苷酸；所述“C169GSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列10自5′末端起第169位核苷酸。本发明所提供的筛选或辅助筛选不同株高小麦的方法，具体可为方法三，依次可包括如下步骤：(1)以待测小麦的基因组DNA为模板，采用引物F和引物R组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；(2)将所述PCR扩增产物用限制性内切酶BglI进行酶切，得到酶切产物A；将所述PCR扩增产物用限制性内切酶BseDI或SecI进行酶切，得到酶切产物B；(3)进行如下评判：如果所述酶切产物A为两条DNA片段且所述酶切产物B为一条DNA片段，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapI；如果所述酶切产物A为一条DNA片段且所述酶切产物B为两条DNA片段，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapII；如果所述酶切产物A为一条DNA片段且所述酶切产物B为一条DNA片段，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapIII；基因型HapI的小麦的株高>基因型HapIII的小麦的株高>基因型HapII的小麦的株高；所述引物F为如下a1)或a2)：a1)序列表的序列4所示的单链DNA分子；a2)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子；所述引物R为如下a3)或a4)：a3)序列表的序列5所示的单链DNA分子；a4)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子。本发明所提供的筛选或辅助筛选不同株高小麦的方法，具体可为方法四，依次可包括如下步骤：(1)以待测小麦的基因组DNA为模板，采用引物F和引物R组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；(2)将所述PCR扩增产物用限制性内切酶BglI进行酶切，得到酶切产物A；将所述PCR扩增产物用限制性内切酶BseDI或SecI进行酶切，得到酶切产物B；(3)进行如下评判：如果酶切产物A中具有176bp的DNA片段和166bp的DNA片段且所述酶切产物B中具有342bp的DNA片段，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapI；如果所述酶切产物A具有342bp的DNA片段且酶切产物B具有165bp的DNA片段和177bp的DNA片段，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapII；如果所述酶切产物A具有342bp的DNA片段且酶切产物B具有342bp的DNA片段，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapIII；基因型HapI的小麦的株高>基因型HapIII的小麦的株高>基因型HapII的小麦的株高；所述引物F为如下a1)或a2)：a1)序列表的序列4所示的单链DNA分子；a2)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子；所述引物R为如下a3)或a4)：a3)序列表的序列5所示的单链DNA分子；a4)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子。本发明所提供的筛选或辅助筛选不同株高小麦的方法，具体可为方法五，依次可包括如下步骤：(1)以待测小麦的基因组DNA为模板，采用引物F和引物R组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；(2)将所述PCR扩增产物进行测序；(3)进行如下评判：如果所述PCR扩增产物的核苷酸序列如序列表中的序列1自5'末端起第1至342位所示，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapI；如果所述PCR扩增产物的核苷酸序列如序列表中的序列2自5'末端起第1至342位所示，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapII；如果所述PCR扩增产物的核苷酸序列如序列表中的序列3自5'末端起第1至342位所示，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapIII；基因型HapI的小麦的株高>基因型HapIII的小麦的株高>基因型HapII的小麦的株高；所述引物F为如下a1)或a2)：a1)序列表的序列4所示的单链DNA分子；a2)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子；所述引物R为如下a3)或a4)：a3)序列表的序列5所示的单链DNA分子；a4)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子。上述任一所述方法中，所述>具体可为统计学上的>。为解决上述技术问题，本发明还提供了一种鉴定或辅助鉴定小麦株高的试剂盒。本发明所提供的鉴定或辅助鉴定小麦株高的试剂盒，包括检测待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapI、基因型HapII还是基因型HapIII的物质；所述基因型HapI为基于T125CSNP位点的基因型为TT纯合型、基于T160CSNP位点的基因型为CC纯合型且基于C169GSNP位点的基因型为CC纯合型的TaSPL21-6A基因；所述基因型HapII为基于T125CSNP位点的基因型为CC纯合型、基于T160CSNP位点的基因型为TT纯合型且基于C169GSNP位点的基因型为GG纯合型的TaSPL21-6A基因；所述基因型HapIII为基于T125CSNP位点的基因型为CC纯合型、基于T160CSNP位点的基因型为TT纯合型且基于C169GSNP位点的基因型为CC纯合型的TaSPL21-6A基因；所述“T125CSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列9或序列表中的序列10自5′末端起第125位核苷酸；所述“T160CSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列9或序列表中的序列10自5′末端起第160位核苷酸；所述“C169GSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列9或序列表中的序列10自5′末端起第169位核苷酸。上述试剂盒中，所述“检测待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapI、基因型HapII还是基因型HapIII的物质”可为引物F和引物R组成的引物对；所述引物F为如下a1)或a2)：a1)序列表的序列4所示的单链DNA分子；a2)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子；所述引物R为如下a3)或a4)：a3)序列表的序列5所示的单链DNA分子；a4)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子。上述试剂盒，还可包括限制性内切酶BglI和/或限制性内切酶BseDI和/或限制性内切酶SecI。为解决上述技术问题，本发明还提供了分子标记甲和分子标记乙。本发明所提供的分子标记甲可如序列表的序列10所示。本发明所提供的分子标记乙可如序列表的序列9所示。(z1)或(z2)或(z3)或(z4)或(z5)也属于本发明的保护范围；(z1)上述任一所述试剂盒、或、所述分子标记甲、或、所述分子标记乙在筛选或辅助筛选不同株高小麦中的应用；(z2)上述任一所述试剂盒、或、所述分子标记甲、或、所述分子标记乙在制备筛选或辅助筛选不同株高小麦的产品中的应用；(z3)上述任一所述试剂盒、或、所述分子标记甲、或、所述分子标记乙在鉴定小麦TaSPL21-6A基因的基因型中的应用；(z4)上述任一所述试剂盒、或、所述分子标记甲、或、所述分子标记乙在制备鉴定小麦TaSPL21-6A基因的基因型的产品中的应用；(z5)上述任一所述试剂盒、或、所述分子标记甲、或、所述分子标记乙在小麦育种中的应用。上述应用中，当所述分子标记甲的T125CSNP位点的基因型为TT纯合型、T160CSNP位点的基因型为CC纯合型且C169GSNP位点的基因型为CC纯合型，则判定为基因型HapI的小麦；当所述分子标记甲的T125CSNP位点的基因型为CC纯合型、T160CSNP位点的基因型为TT纯合型且C169GSNP位点的基因型为GG纯合型，则判定为基因型HapII的小麦；当所述分子标记甲的T125CSNP位点的基因型为CC纯合型、T160CSNP位点的基因型为TT纯合型且C169GSNP位点的基因型为CC纯合型，则判定为基因型HapIII的小麦；所述“T125CSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列10自5′末端起第125位核苷酸；所述“T160CSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列10自5′末端起第160位核苷酸；所述“C169GSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列10自5′末端起第169位核苷酸；基因型HapI的小麦的株高>基因型HapIII的小麦的株高>基因型HapII的小麦的株高。上述应用中，当所述分子标记乙的T125CSNP位点的基因型为TT纯合型、T160CSNP位点的基因型为CC纯合型且C169GSNP位点的基因型为CC纯合型，则判定为基因型HapI的小麦；当所述分子标记乙的T125CSNP位点的基因型为CC纯合型、T160CSNP位点的基因型为TT纯合型且C169GSNP位点的基因型为GG纯合型，则判定为基因型HapII的小麦；当所述分子标记乙的T125CSNP位点的基因型为CC纯合型、T160CSNP位点的基因型为TT纯合型且C169GSNP位点的基因型为CC纯合型，则判定为基因型HapIII的小麦；所述“T125CSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列9自5′末端起第125位核苷酸；所述“T160CSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列9自5′末端起第160位核苷酸；所述“C169GSNP位点”为小麦基因组中序列表中的序列9自5′末端起第169位核苷酸；基因型HapI的小麦的株高>基因型HapIII的小麦的株高>基因型HapII的小麦的株高。上述应用中，所述>具体可为统计学上的>。实验证明，本发明所提供的方法通过检测待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型，可以筛选或辅助筛选小麦株高性状，在小麦分子育种具有重要的应用价值。附图说明图1为三个基因型在T125CSNP、T160CSNP和C169GSNP处的核苷酸。图2为实施例2步骤二中3)的电泳结果。图3为实施例2步骤二中4)的电泳结果。图4为不同种植条件下三种基因型的小麦与株高的关联分析。E1为2009年北京昌平旱地，E2为2009年北京昌平水地，E3为2009年北京顺义旱地，E4为2009年北京顺义水地，E5为2009年北京顺义旱地并进行热胁迫，E6为2009年北京顺义水地并进行热胁迫，E7为2010年北京昌平旱地，E8为2010年北京昌平水地，E9为2010年北京顺义旱地，E10为2010年北京顺义水地，E11为2010年北京顺义旱地并进行热胁迫，E12为2010年北京顺义水地并进行热胁迫，E13为2011年北京顺义旱地，E14为2011年北京顺义水地，E15为2011年北京顺义旱地并进行热胁迫，E16为2011年北京顺义水地并进行热胁迫，E17为2012年北京昌平旱地，E18为2012年北京昌平水地，E19为2012年北京顺义旱地，E20为2012年北京顺义水地；*为P＜0.5，**为P＜0.01，***为P＜0.001。具体实施方式下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。下述实施例中所用的小麦材料均来自国家种质资源库(网址为：http://www.cgris.net/)，公众可以从国家种质资源库获得。5×PCRbuffer和TransStartFastPfuDNAPolymerase均为北京全式金生物技术有限公司产品，产品目录号均为AP221。dNTPs为Roche公司产品，产品货号为#316K5S。实施例1、小麦TaSPL21-6A基因多态性位点的获得和单倍型的获得一、小麦TaSPL21-6A基因多态性位点的获得分别提取表1所示的37个小麦品种的基因组DNA并以其作为模板，以人工合成的5'-GGATAGTGCAGTGAAGCGGT-3'和5'-CCGTGTAAGAGGGTAACACTGA-3'为引物，进行PCR扩增，得到PCR扩增产物。将各个PCR扩增产物进行测序，然后比对。表1编号小麦品种编号小麦品种1TAM-11020豫麦482安85中124-121淮麦183单R810822双丰收4原冬84723鲁麦145北京10号24山农优麦2号6京核892225长63597中优950726晋麦168沧麦600527晋麦259衡麦2号28晋麦3910邯郸605029旱选10号11衡722830晋麦5112衡观3531临丰61513石418532太原63314石麦12号33运旱2041015百农321734PANDAS16偃展一号35Opata8517偃展411036W798418豫麦29号37内乡18819豫麦38比对结果显示，在小麦的TaSPL21-6A基因中发现3个SNP位点，分别命名为T125CSNP、T160CSNP和C169GSNP。T125CSNP位于序列表中序列1自5’末端起的第125位，T160CSNP位于序列表中序列1自5’末端起的第160位，T169CSNP位于序列表中序列1自5’末端起的第169位。3个SNP位点的基本信息见表2(由于基因组DNA为由反向互补的两条单链DNA分子组成双链DNA分子，因此一般将编码蛋白质的DNA分子，也就是具有起始密码子至终止密码子的DNA分子，命名为正义DNA分子；将与正义DNA分子的反向互补的DNA分子命名为反义DNA分子。需要指明的是T125CSNP、T160CSNP和C169GSNP处的等位基因的基因型均为正义DNA的基因型)。表2SNP位点名称等位基因的基因型T125CSNPTT纯合型、CC纯合型T160CSNPTT纯合型、CC纯合型C169GSNPCC纯合型、GG纯合型二、小麦TaSPL21-6A基因的单倍型的获得根据步骤一的比对结果发现，在小麦自然变异群体中，T125CSNP、T160CSNP和C169GSNP仅存在三种单倍型，因此，根据小麦TaSPL21-6A基因将小麦分为三种基因型：TaSPL21-6A-HapI(以下简称基因型HapI)、TaSPL21-6A-HapII(以下简称基因型HapII)和TaSPL21-6A-HapIII(以下简称基因型HapIII)。各个基因型在T125CSNP、T160CSNP和C169GSNP处的核苷酸详见图1。各个基因型在T125CSNP、T160CSNP和C169GSNP处的等位基因的基因型见表3。基因型HapI的小麦的TaSPL21-6A基因的核苷酸序列如序列表中的序列1所示。基因型HapII的小麦的TaSPL21-6A基因的核苷酸序列如序列表中的序列2所示。基因型HapIII的小麦的TaSPL21-6A基因的核苷酸序列如序列表中的序列3所示。表3实施例2、基于小麦TaSPL21-6A基因的基因型进行TaSPL21-6A基因分型方法的建立一、特异引物对的制备设计用于扩增包括T125CSNP、T160CSNP和C169GSNP的靶序列的特异引物对如下：引物F：5'-GGATAGTGCAGTGAAGCGGT-3'(序列表中序列4)；引物R：5'-TGGCATCTCTTGGGCTCTT-3'(序列表中的序列5)；二、基于小麦TaSPL21-6A基因的基因型进行TaSPL21-6A基因分型方法的建立1、方法甲1)提取待测小麦的基因组DNA；2)以步骤1)的基因组DNA为模板，用步骤一所述引物F和引物R组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物。PCR扩增反应体系(15μL)：ddH2O8.0μL、5×PCRbuffer3.0μL、引物F(5μmol/L)和引物R(5μmol/L)各0.6μL、dNTPs(2.5μmol/L)0.4μL、TransStartFastPfuDNAPolymerase0.3μL(含TransStartFastPfuDNAPolymerase0.75U)、基因组DNA(20ng/μL)2.1μL。PCR扩增反应条件为:95℃5min；95℃1min，59℃45s，72℃1min，35次循环；72℃10min；4℃保存。3)将步骤2)得到的PCR扩增产物用限制性内切酶BglI进行酶切消化，得到酶切产物A，然后进行琼脂糖凝胶电泳检测。4)将步骤2)得到的PCR扩增产物用限制性内切酶BseDI或SecI进行酶切消化，得到酶切产物B，然后进行琼脂糖凝胶电泳检测。如果酶切产物A显示带型A1(显示两条带，分别为176bp和166bp)且酶切产物B显示带型B2(显示一条带，为342bp)，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapI；如果酶切产物A显示带型A2(显示一条带，为342bp)且酶切产物B显示带型B1(显示两条带，分别为165bp和177bp)，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapII；如果酶切产物A显示带型A2(显示一条带，为342bp)且酶切产物B显示带型B2(显示一条带，为342bp)，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapIII。2、方法乙1)提取待测小麦的基因组DNA；2)以步骤1)的基因组DNA为模板，用步骤一所述引物F和引物R组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物。PCR扩增反应体系(15μL)：ddH2O8.0μL、5×PCRbuffer3.0μL、引物F(5μmol/L)和引物R(5μmol/L)各0.6μL、dNTPs(2.5μmol/L)0.4μL、TransStartFastPfuDNAPolymerase0.3μL(含TransStartFastPfuDNAPolymerase0.75U)、基因组DNA(20ng/μL)2.1μL。PCR扩增反应条件为:95℃5min；95℃1min，59℃45s，72℃1min，35次循环；72℃10min；4℃保存。3)将步骤2)得到的PCR扩增产物进行测序。如果PCR扩增产物的核苷酸序列如序列表中的序列1自5'末端起第1至342位所示，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapI；如果PCR扩增产物的核苷酸序列如序列表中的序列2自5'末端起第1至342位所示，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapII；如果PCR扩增产物的核苷酸序列如序列表中的序列3自5'末端起第1至342位所示，则待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapIII。实施例3、小麦TaSPL21-6A基因的基因型与小麦株高的关联分析待测小麦为262个小麦品种(均为六倍体小麦)，具体的小麦品种名称详见表4中第2列。一、待测小麦的基因分型采用实施例2步骤二中的方法甲对各个待测小麦进行基因分型。采用限制性内切酶BglI酶切的部分实验结果见图2(M为DNAMarker，C为带型A1，T为带型A2)。采用限制性内切酶BseDI或SecI酶切的部分实验结果见图3(M为DNAMarker，C为带型B2，G为带型B1)各个待测小麦基于小麦TaSPL21-6A基因的基因型的基因分型结果见表4中第3列。上述结果表明，基于T125CSNP、T160CSNP和C169GSNP，待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型为基因型HapI、基因型HapII或基因型HapIII。由于小麦品种均为栽培种，因此通常被默认为是高度纯合的植物材料，所以T125CSNP、T160CSNP和C169GSNP的基因型均为纯合型。二、株高性状检测将各个待测小麦品种(均为六倍体小麦)分别种植于2009年北京昌平旱地(以下简称E1)、2009年北京昌平水地(以下简称E2)、2009年北京顺义旱地(以下简称E3)、2009年北京顺义水地(以下简称E4)、2009年北京顺义旱地并进行热胁迫(以下简称E5)、2009年北京顺义水地并进行热胁迫(以下简称E6)、2010年北京昌平旱地(以下简称E7)、2010年北京昌平水地(以下简称E8)、2010年北京顺义旱地(以下简称E9)、2010年北京顺义水地(以下简称E10)、2010年北京顺义旱地并进行热胁迫(以下简称E11)、2010年北京顺义水地并进行热胁迫(以下简称E12)、2011年北京顺义旱地(以下简称E13)、2011年北京顺义水地(以下简称E14)、2011年北京顺义旱地并进行热胁迫(以下简称E15)、2011年北京顺义水地并进行热胁迫(以下简称E16)、2012年北京昌平旱地(以下简称E17)、2012年北京昌平水地(以下简称E18)、2012年北京顺义旱地(以下简称E19)或2012年北京顺义水地(以下简称E20)，成熟后，统计小麦株高，部分统计结果见表4中第4至8列。需要指明的是，北京昌平旱地、北京昌平水地、北京顺义旱地和北京顺义水地均为中国农业科学院作物科学研究所的实验基地。所述旱地指的是待测小麦的整个生长期仅有自然的雨水灌溉，人为不灌溉任何水分。所述水地指的是待测小麦的整个生长期不仅有自然的雨水灌溉，还人为灌溉水分(人为灌溉的具体操作为：分别在越冬期之前、抽穗期、开花期和灌浆期灌溉，每次灌溉的水量为750m3/公顷水地)。所述热胁迫为当待测小麦品种处于开花期，开始覆盖塑料大棚，直至待测小麦品种成熟。在旱地进行热胁迫，塑料大棚外温度平均为33℃，塑料大棚内温度为43℃。在水地进行热胁迫，塑料大棚外温度平均为33℃，塑料大棚内温度为41℃。三、小麦TaSPL21-6A基因的基因型与小麦株高的关联分析分别统计不同种植条件下三种基因型的小麦的平均株高，将基因型与株高进行关联分析，结果见表5和图4。表4注：“-”表示未得到数据。表5注：Pvalue为关联分析的显著性水平；PVE为表型变异的解释率。结果表明，检测待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型，“基因型HapI的小麦”的株高>“基因型HapIII的小麦”的株高>“基因型HapII的小麦”的株高；所述“>”为在统计学上的>。四、测序采用实施例2步骤二中的方法乙对步骤一检测为“基因型HapI的小麦”、“基因型HapII的小麦”和“基因型HapIII的小麦”分别进行测序。测序结果表明，“基因型HapI的小麦”的PCR扩增产物的核苷酸序列均如序列表中的序列1自5'末端起第1至342位所示，“基因型HapII的小麦”的PCR扩增产物的核苷酸序列均如序列表中的序列2自5'末端起第1至342位所示，“基因型HapIII的小麦”的PCR扩增产物的核苷酸序列均如序列表中的序列3自5'末端起第1至342位所示。可见，方法甲和方法乙的检测结果完全一致。上述结果表明，通过检测待测小麦基于TaSPL21-6A基因的基因型可以筛选或辅助筛选小麦株高性状，在小麦分子育种具有重要的应用价值。<110>中国农业科学院作物科学研究所<120>一种筛选或辅助筛选不同株高小麦的方法及其专用试剂盒<160>10<170>PatentInversion3.5<210>1<211>3463<212>DNA<213>人工序列<220><223><400>1ggatagtgcagtgaagcggttagggtttggtccgacgaatggatgaaaaggaatagacgt60ggggtcgggtgggctagcgtggaccgggtccgacgtggcggacacgcccgagcgtcccct120tatctgccccagatttgggctagatataagagatgtcggccagcctggcgtttgagatcc180gtttaagacgttcgtgtgggttgaatttttgtgaccaggtcgttcgtccgcacatttaga240acgggttcgaggcgtcccagcgtggatgctggagttgagatttaggtggggtcgtttgcg300cagataaaggacgggagaaggccaagagcccaagagatgccatcattgcctctctccttc360tccggcctccacgacctttttagcctgaaggcacgcacaaccgttcctgctgcacagaca420catactccggcggtccggcctctttctttcttacccatcagtcaggccgcgcgtcaccac480ctttctcatccgcgctcggaatagccggccatgatgagcagcaggctaagcggcggcacg540atggcaccggttagcgacatggccgacttcggttgcgctcccatgcagtcctaccccaac600tttgagccggccggcatggtcatgcccggggaccggcagccgcccttccagcaccaccac660ctctacgacagcctcgacttcaacgccgctgcattctcgttccaagacccggtcgcgctc720ttctccagcggctcggcgttcagtaaccagctccagcagccgttcctccagacgcaggtc780accacgccgacgatggcgtcgtcgtcgctgctgcaggcgccgatgatgacccttccgggt840atgctgacgtcttcctcggcgtcgccggtggacgcatgcaccttcggtggcggcggcagt900gctgggttcctgaagcaggaggagggcggccccttctcagacgtcggcggtggggggagg960atcgggctgaacctcggccgcaggacatacttttccccggcggacgtgctggccgtggac1020cgcctgctgatgcgctcccgcttcggcggagccggcgcaatgggcatgctggggctgggg1080ctcggcgccgccgcccaccaccaccagaccccgcggtgccaggctgagggctgcaaggcc1140gacctctccgccgccaagcactaccaccgccgccacaaggtctgcgagtaccacgccaag1200gccaccacagtcgccgcctctggcaagcagcagcgcttctgccaacaatgcagccggtat1260gtacgtttatcctctgccatgggtggatcgttgatgcatgcgaagctttgctagcagacg1320aaaaaatcagcagtagaaaggctgcgagctttcgatctagtggcattgacgctagcagct1380atatgcactgatcatatcattcatgtcaacatgtcatatatcagaaatggcgcacatcag1440atcagatcttgttcctctgagcgtatcggcatctgcatccctttgtccaatgtactacta1500gcacgcccatcatggcattgcagtggagttcgatcagatacctaaacctagtctgtgtag1560atacatcatacatggcgtgtattacttacaacggtagacatgtatatacccaagatccgg1620ttgtgtgaatataactggttcttgtttgggtacgtttgttgggctaggtttcatgtgctc1680gctgagtttgacgaggccaagaggagctgccggaagcggctcacggagcacaaccggcgc1740cgccgaaagcctgccggcgcgcagggcaaggattcgccgccgccttccaagaaggcagac1800gctagcatcaccagctcatacaccggcgatcacaagagtaagaccactcctctgatacat1860gtatagacttaaacactggatatatgcttattattggcttttttaaagcttgatcacttt1920aagaagttgtgttttgattttcggccgcaaaatgtggatttcggccgaatttcggtcatc1980tcggcttgaggcgaaaagtatatgtaggccgaaattactcaaatttggtaaattttggtc2040aaatttaagtcaaattgcagtcaaaatttgatcaaatttcagccgaaaattttgaaaatg2100gccgaaattcggccatctcggcctagggcgaaaaaaagctcaaaccgaaaatcaaaacac2160agccagtaagctagctagctacctagaaactcctgaaactttgttagagcttagtgggta2220atttgaactaaaagcatgacacttcttttgcaacaagggaacatttcaataacgtatacc2280aagtaaagaacacaacaaaaacagtttgcctaattcttaattgtccgaaaatttagtaaa2340tctattttgtcttgaaatggcacatcactgggctaacctaataatgtactccgtagcatc2400ttaagtgtgtaactgaagtaagatataactgtagttttgacggtgcacttcagcacttgg2460ctgcagtacacaccggtaattctatgtgccagcaagcacgttacaacgttcggttggata2520gaaactagtagtacacgacatgacatgcctagatgctacttctacattttggtcggtcga2580tctgacgtacgtacctactaggagtactactcagctcaattaacatgatgttcatacgat2640ggcgccaaaacatcttatacgtacatacgtaggtgtaccatcgtactatacactagacgg2700taggtgcaactcctgctacatacatgtggcagtcacatcttgccgtcttgtctgacgccg2760cgacgtgtatatgatcagccaacaagtcgacgacgggggcggccttctcgccgagcgccg2820gtggcttcagctgccttcagcagcagcagcagcagcatgagatcgacaacggcggccagt2880cgagcaacgccacgccgactaacctgtccctggcggcgccaccgccaccgccgccgcctc2940aagacgacgccggcttcggcgccggccttgacaccatgctgctgattcagcagcaagggc3000ccgatgaacaggaggaggaggaggagcagcatttcatgatgacctctctcgtgcagtcgc3060atcgccagcagcagcagcacggcgacagcggcaacatcttatcgtgctcgacgacgtcgc3120cgtcggatcagcgtcgccatcagaacgacggcgacagctgctgcaacggcaacagcatgc3180agcatttctttgaggtggagttcatgtagcacgatgcatgcatgcactgcatgaatgaac3240ctggcctagcctagcctagaggtggtttgactgcattatcgtgaggtgtgtgtgcatgag3300gtgaaagagaaaacaagctggttgcatgcactaggctgtgcat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