1.一种用于分离不对称带引物的核酸模板的方法,该方法包括:
获得样品,所述样品包含对称带引物的核酸模板和不对称带引物的核酸模板的混合物,其中所述核酸模板包含两端带有发夹衔接子的双链插入物区域,其中各对称带引物的核酸模板包含与两个末端发夹衔接子杂交的捕获引物或与两个末端发夹衔接子杂交的合成引物,并且其中各不对称带引物的核酸模板包含在一端与发夹衔接子杂交的捕获引物和在相对端与发夹衔接子杂交的合成引物;
使样品与固体支持物接触,所述固体支持物包含对捕获引物上的捕获区域具有特异性的固定的结合部分,由此将捕获引物杂交的核酸模板固定至固体支持物;
在促进从合成引物进行核酸合成的条件下,使固体支持物上固定的核酸模板与具有链置换活性的核酸聚合酶接触;和
通过所述核酸聚合酶的链置换活性,收集从固体支持物固定的捕获引物洗脱的核酸模板,由此分离不对称带引物的核酸模板。
2.如权利要求1所述的方法,其中,所述不对称带引物的核酸模板用包含引物结合位点的第一发夹衔接子对称加标签,其中捕获引物和合成引物对所述引物结合位点具有特异性,并且其中捕获引物和合成引物无法同时结合至同一引物结合位点。
3.如权利要求2所述的方法,其中,样品通过在核酸杂交条件下使对称加标签的核酸模板与捕获引物和合成引物接触而获得。
4.如权利要求3所述的方法,其中,捕获引物和合成引物的摩尔比为1:1。
5.如权利要求1所述的方法,其中,对称带引物的核酸模板用第一发夹衔接子或第二发夹衔接子对称加标签,而不对称带引物的核酸模板用第一发夹衔接子在一端和第二发夹衔接子在相对端不对称加标签,其中第一发夹衔接子包含对合成引物具有特异性的合成引物结合位点,第二发夹衔接子包含对捕获引物具有特异性的捕获引物结合位点。
6.如权利要求5所述的方法,其中,所述样品通过使捕获引物和合成引物退火至对称加标签和不对称加标签的核酸模板的混合物来获得。
7.如前述权利要求中任一项所述的方法,其中,在将核酸模板从固体支持物洗脱后允许核酸合成继续。
8.如权利要求1-7中任一项所述的方法,其中,捕获引物上的捕获区域是针对所述固体支持物上固定的结合部分的结合伴侣。
9.如权利要求9所述的方法,其中,结合伴侣选自下组:核苷酸序列、抗原、抗体或其结合片段、亲和素、链霉亲和素和生物素。
10.一种用于分离具有核酸合成能力的核酸模板的方法,该方法包括:
获得样品,该样品包含不对称加标签的核酸模板,各模板包含双链插入物区域、位于一端的第一发夹衔接子和位于相对端的第二发夹衔接子,其中所述第一发夹衔接子包含合成引物结合位点和位于所述合成引物结合位点3'的捕获引物结合位点;
在核酸杂交条件下使核酸样品与对捕获引物结合位点具有特异性的捕获引物接触;
通过捕获引物上的捕获区域将捕获引物杂交的核酸模板固定至固体支持物;
在促进从与合成引物结合位点杂交的合成引物进行核酸合成的条件下,使固定于固体支持物的核酸模板与具有链置换活性的核酸聚合酶接触;和
通过核酸聚合酶的链置换活性收集从固体支持物洗脱的核酸模板,由此分离具有核酸合成能力的核酸模板。
11.如权利要求10所述的方法,其中,在第一接触步骤中使合成引物与样品和捕获引物接触。
12.如权利要求10所述的方法,其中,在固定步骤之后,在核酸杂交条件下使合成引物与样品接触。
13.如权利要求10-12中任一项所述的方法,其中,捕获引物通过所述捕获区域共价结合至所述固体支持物。
14.如权利要求10-12中任一项所述的方法,其中,捕获引物通过所述捕获区域非共价结合至所述固体支持物。
15.如权利要求14所述的方法,其中,所述固体支持物包含针对捕获引物上的捕获区域的结合伴侣。
16.如权利要求15所述的方法,其中,结合伴侣选自下组:核苷酸序列、抗原、抗体或其结合片段、亲和素、链霉亲和素和生物素。
17.如权利要求10所述的方法,其中,所述样品还包含对称加标签的核酸模板,各所述模板在两端包含第一发夹衔接子或在两端包含第二发夹衔接子,其中第二发夹衔接子包含第二捕获引物结合位点,其中,在第一接触步骤之前,该方法还包括:
在核酸杂交条件下使核酸样品与对第二捕获引物结合位点具有特异性的第二捕获引物接触;
通过第二捕获引物上的捕获区域将第二捕获引物杂交的核酸模板固定至第二固体支持物;和
洗脱并收集与第二固体支持物结合的核酸模板。
18.如权利要求17所述的方法,其中,第二捕获引物通过第二捕获引物上的捕获区域共价结合至第二固体支持物。
19.如权利要求19所述的方法,其中,第二捕获引物通过第二捕获引物上的捕获区域非共价结合至第二固体支持物。
20.如权利要求19所述的方法,其中,所述第二固体支持物包含针对第二捕获引物上的捕获区域的结合伴侣。
21.如权利要求20所述的方法,其中,结合伴侣选自下组:核苷酸序列、抗原、抗体或其结合片段、亲和素、链霉亲和素和生物素。
22.如权利要求17-21中任一项所述的方法,其中,不通过链置换核酸合成实现从第二固体基质的洗脱。
23.如前述权利要求中任一项所述的方法,其中,链置换聚合酶是φ29dna聚合酶、φ29dna聚合酶的同源物、φ29dna聚合酶的修饰形式或φ29dna聚合酶的同源物的修饰形式。
24.如前述权利要求中任一项所述的方法,其中,所述分离的核酸模板经历序列分析。
25.如权利要求24所述的方法,其中,所述序列分析包括边合成边测序测序反应。
26.如权利要求25所述的方法,其中,洗脱后与模板核酸相关联的核酸聚合酶被用于边合成边测序测序反应中。
27.如权利要求26所述的方法,其中,所述测序反应是单分子实时测序反应。
28.如权利要求24所述的方法,其中,所述序列分析包括基于纳米孔的测序反应。
29.一种试剂盒,其包含:
包含引物结合位点的第一发夹衔接子;
对所述引物结合位点具有特异性的捕获引物;和
对所述引物结合位点具有特异性的合成引物;
其中,捕获引物和合成引物无法同时结合至同一引物结合位点。
30.一种试剂盒,其包含:
第一发夹衔接子,其包含合成引物结合位点和捕获引物结合位点,其中所述捕获引物结合位点位于所述合成引物结合位点的3';
第二发夹衔接子;
对所述捕获引物结合位点具有特异性的捕获引物;和
对所述合成引物结合位点具有特异性的合成引物。
31.如权利要求29或30所述的试剂盒,其还包含固体基质,所述固体基质包含对所述捕获引物上的捕获区域具有特异性的固定的结合伴侣。
32.如权利要求29或30所述的试剂盒,其中,所述捕获引物共价连附至固体基质。
33.一种试剂盒,其包含:
第一发夹衔接子,其包含合成引物结合位点和第一捕获引物结合位点,其中所述第一捕获引物结合位点位于所述合成引物结合位点的3';
第二发夹衔接子,其包含第二捕获引物结合位点;
对第一捕获引物结合位点具有特异性的第一捕获引物;
对第二捕获引物结合位点具有特异性的第二捕获引物;和
对所述合成引物结合位点具有特异性的合成引物。
34.如权利要求33所述的试剂盒,其还包含:
第一固体基质,其包含对第一捕获引物上的第一捕获区域具有特异性的固定结合伴侣;和
第二固体基质,其包含对第二捕获引物上的第二捕获区域具有特异性的固定结合伴侣。
35.如权利要求33所述的试剂盒,其中,所述第一捕获引物共价附连至第一固体基质。
36.如权利要求33或35所述的试剂盒,其中,所述第二捕获引物共价附连至第二固体基质。
37.如权利要求29至36中任一项所述的试剂盒,其还包含链置换聚合酶。
38.如权利要求37所述的试剂盒,其中,链置换聚合酶是φ29dna聚合酶、φ29dna聚合酶的同源物、φ29dna聚合酶的修饰形式或φ29dna聚合酶的同源物的修饰形式。
39.如权利要求37或38所述的试剂盒,其还包含用于进行核酸合成反应的一种或多种试剂和/或缓冲剂。
40.如权利要求29-39中任一项所述的试剂盒,其还包含用于将发夹衔接子附连至线性双链核酸的一种或多种试剂和/或缓冲剂。
41.如权利要求29-40中任一项所述的试剂盒,其还包含用于核酸分离、核酸富集和/或核酸大小选择的一种或多种组分。