1.一种应用于结核分枝杆菌的基因编辑系统，是一种双质粒的crispr-cas辅助的nhej编辑系统，包括crispr系统表达质粒和nhej元件表达质粒，其特征在于，所述crispr系统表达质粒包含sgrna作用元件和cas基因，所述nhej元件表达质粒包含nhej元件基因以及降低reca依赖的同源重组的基因元件recx或recamtbr61c。
2.如权利要求1所述的基因编辑系统，其特征在于，所述crispr系统表达质粒是穿梭载体或整合载体，其上的cas基因和sgrna作用元件均由诱导型启动子驱动表达。
3.如权利要求1所述的基因编辑系统，其特征在于，所述cas基因是cas9基因，优选为来源于嗜热链球菌的cas9sth1基因。
4.如权利要求1所述的基因编辑系统，其特征在于，所述crispr系统表达质粒上的cas基因的终止密码子前加入了ssra降解标签，其序列为5’-gccgccgactcgcaccagcgcgactacgccctggccgcc-3’。
5.如权利要求1所述的基因编辑系统，其特征在于，所述crispr系统表达质粒上的sgrna作用元件的序列如序列表中seqidno：19所示。
6.如权利要求1所述的基因编辑系统，其特征在于，所述crispr系统表达质粒含有成对的sgrna作用元件。
7.如权利要求1所述的基因编辑系统，其特征在于，所述nhej元件表达质粒含有来自于海分枝杆菌的nhej元件，包括kuc、nrga和ligd三个基因；同时含有降低reca依赖的同源重组的基因元件recx或recamtbr61。
8.如权利要求1所述的基因编辑系统，其特征在于，所述nhej元件表达质粒还包含复制起点orie、不稳定复制子pmf1和sacb反向筛选标记。
9.一种对结核分枝杆菌进行基因编辑的方法，利用权利要求1～8任一所述的基因编辑系统进行如下步骤：
1)将针对目标基因片段的sgrna靶标序列连接到所述crispr系统表达质粒上的sgrna作用元件中，得到含有靶标序列sgrna的crispr系统表达质粒；
2)用所述nhej元件表达质粒转化结核分枝杆菌，并将转化子制备成感受态细胞；
3)用步骤1)制备的含有靶标序列sgrna的crispr系统表达质粒转化步骤2)制备的感受态细胞，对得到的转化子进行验证，得到目标基因片段被编辑的结核分枝杆菌。
10.如权利要求9所述的方法，其特征在于，步骤3)向高表达nhej元件和recx或recamu的结核分枝杆菌感受态细胞电击转化含有靶标序列sgrna的crispr系统表达质粒。
11.如权利要求9所述的方法，其特征在于，所述crispr系统表达质粒为穿梭载体，在步骤1)中将针对目标基因片段的一个靶标序列连接到该质粒中，再经过步骤2)和3)获得目标基因片段被编辑的结核分枝杆菌；或者，在步骤1)中将两个不同的靶标序列连接到成对的sgrna作用元件中，得到含有两个靶标序列sgrna的crispr系统表达质粒，再经过步骤2)和3)获得大片段删除的结核分枝杆菌或者双重突变的结核分枝杆菌。
12.如权利要求9所述的方法，其特征在于，所述crispr系统表达质粒为整合载体，在步骤1)构建含有不同靶标序列sgrna的多个crispr系统表达质粒，在步骤3)将这些将crispr系统表达质粒混合转化含有所述nhej元件表达质粒的结核分枝杆菌感受态细胞，构建结核分枝杆菌突变库。