用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合及其开发方法和应用与流程

文档序号:24123164发布日期:2021-03-02 12:21阅读:来源:国知局

技术特征:
1.一种用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合,其特征在于,所述的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合包括53个indel分子标记,53个所述indel分子标记分别特异性检测53个棉花indel位点indeljs0001~indeljs0053。2.根据权利要求1所述的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合,其特征在于,每个所述indel分子标记分别包括一条正向引物和一条反向引物,53个所述indel分子标记的序列依次如seq id no:1~seq id no:106所示。3.一种用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合的开发方法,其特征在于,所述的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合的开发方法包括以下步骤:(1)从ncbi的sra数据库下载多份棉花的二代原始序列,对多份所述棉花以最小等位基因频率>0.05、基因型缺失率≤20%、哈迪温伯格平衡显著性阀值p<0.001、多态信息含量>0.4以及二态性为条件进行筛选得到候选indel位点,从所述候选indel位点中筛选出插入或缺失大于20nt的靶标indel位点;(2)根据所述靶标indel位点和所述靶标indel位点的侧翼序列设计indel引物组合;(3)根据所述indel引物组合,采用indel实验对多个棉花品种进行实验验证,获得相应的基因型分型结果;(4)根据所述基因型分型结果以及所述indel引物组合在棉花染色体上的分布情况,从中挑选有效的多个目的indel引物组合,多个所述目的indel引物组合作为多个indel分子标记形成用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合。4.根据权利要求3所述的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合的开发方法,其特征在于,所述sra数据库为prjna257154;所述棉花的份数为121份,121份所述棉花分别为mebane triumph、paymaster 54、paymaster 54b、malone、stoneville2b、trice、86-1、cir7、cir10、cir12、cir35、esha 28、j8891、jimian 1#、junmian 1#、lumian 1#、shiyuan 321、simian 2#、simian 3#、sumian 12#、xinluzao 26#、xinluzao 1#、xinluzao 42#、brazil 011、brazil 014、brazil 0101、india 941、ma-6、nv50-70、tashkent 1、tashkent 2、tashkent 3、66-241、108?、punctatum 3、punctatum 5、punctatum 12、punctatum 14、punctatum 25、punctatum 24、punctatum 31、morrilli 2、morrilli 38、morrilli 45、yucatanense 1、yucatanense 3、yucatanense 2、yucatanense 5a、yucatanense 6、richmondi 7、richmondi 2、richmondi 3、marie-galante 7、marie-galante 17、marie-galante 36、marie-galante 62、marie-galante 71、latifolium 1、latifolium 3、latifolium 13、latifolium 39、latifolium 64、latifolium 161、latifolium 178、palmeri 5、palmeri 2、5904、8763、910、910、ba3119、cccp 1243、cccp b154(91-486)、cccp b51、cccp b9102、dj-07-136、k388、9899-i、buharaztw、vir-29tv、vir-4tv、coastland r4-4、giza 29、giza 36、giza 67、giza 80、karnak、menoufi、pima sj-1、pima sj-2、pima sj-4、seabrook、yuma、sudan chongrong mian、huadonghaidaomian、west of andes、changrong 3#、changrong 5#、h7124、hai 92-138、junhai 1#、shengli 1#、tuhai 2#、yunnan 8040-2、xinhai 3#、xinhai 5#、xinhai 10#、xinhai 13#、xinhai 16#、xinhai 21#、xinhai 2#、xinhai 33#、tanguis、g.purpurascens、kaiyuanlianhemumian、alabolihemumian、yuanmoulihemumian、g.darwinii、g.mustelinum、g.tomentosum、thespesia populneoides(roxb.)kostel;所述棉花品种的个数为66个,66个所述棉花品种
分别为新植5号、新植一号、新植杂2号、鑫秋1号、鑫秋4号、星棉2号、兴杂二号、徐棉18、徐杂3号、徐州抗86、盐1115、银康1号、银棉2号、银棉8号、银瑞361、银山1号、银山2号、银山4号、银兴棉4号、银兴棉5号、豫宝杂6号、豫超棉1号、豫棉13、豫棉19号、豫棉21号、豫棉22、豫棉668、豫杂0568、豫杂35、豫杂37、郑农棉4号、郑育棉2号、郑杂棉2号、中棉所28、中棉所12、中棉所17、中棉所19、中棉所23、中棉所27、中棉所29、中棉所30、中棉所35、中棉所36、中棉所42、中棉所43、中棉所44、中棉所45、中棉所46、泗棉3号、泗阳3、华惠15、中棉所41、苏棉22号、中棉所94、中棉所50、苏机棉211、泗阳119、湘杂棉7号、湘k27、湘xp63、湘k26、思福棉1号、华杂棉h922、绿亿棉19、湘杂棉8号、亚华棉19号;所述indel分子标记的数目为53个,53个所述indel分子标记分别特异性检测53个棉花indel位点indeljs0001~indeljs0053。5.根据权利要求4所述的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合的开发方法,其特征在于,每个所述indel分子标记分别包括一条正向引物和一条反向引物,53个所述indel分子标记的序列依次如seq id no:1~seq id no:106所示。6.根据权利要求3所述的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合的开发方法,其特征在于,在所述步骤(1)中,利用vcftools软件计算所述最小等位基因频率和所述多态信息含量;或者,在所述步骤(2)中,采用primer5.0或mindel软件设计所述indel引物组合。7.根据权利要求3所述的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合的开发方法,其特征在于,在所述步骤(4)后,所述的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合的开发方法还包括:(5)基于所述indel分子标记对应的indel位点和所述基因分型结果,计算该多个所述棉花品种之间的遗传距离并构建聚类图。8.根据权利要求7所述的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合的开发方法,其特征在于,在所述步骤(5)中,采用tasselv5.0软件的邻接算法n-j进行所述计算。9.一种用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合,其特征在于,采用权利要求3~权利要求8中任一项所述的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合的开发方法获得。10.根据权利要求1~权利要求2中任一项所述的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合或者权利要求3~权利要求8中任一项所述的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合的开发方法获得的用于鉴定棉花品种的indel分子标记组合在鉴定棉花品种中的应用。
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