技术特征：
1.多种靶标捕获试剂，包括第一靶标捕获试剂(r1)和第二靶标捕获试剂(r2)，其中：r1包括包含结合对的功能性第一成员的r1和任选地缺少所述结合对的功能性第一成员的r1；并且r2包括包含结合对的功能性第一成员的r2和缺少所述结合对的功能性第一成员的r2；其中所述结合对的第一成员能够结合到设置在底物上的所述结合对的第二成员，并且其中包含所述结合对的功能性第一成员的r1的比例大于包含所述结合对的功能性第一成员的r2的比例。2.根据权利要求1所述的多种靶标捕获试剂，其中包含所述结合对的功能性第一成员的r1的比例，比包含所述结合对的功能性第一成员的r2的比例大至少0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1,000倍。3.根据权利要求1或2所述的多种靶标捕获试剂，其中每个r1能够形成第一片段/第一靶标捕获试剂(f1/r1)杂合体，并且每个r2能够形成第二片段/第二靶标捕获试剂(f2/r2)杂合体，并且其中f1、f2或两者均包含来自表1a
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5a中描述的基因的对象区间。4.根据权利要求3所述的多种靶标捕获试剂，其中：f1包含高测序深度事件；并且f2包含低测序深度事件，例如，其水平与确定一种或多种生物标志物例如肿瘤突变负荷(tmb)或微卫星不稳定性(msi)有关。5.根据前述权利要求中任一项所述的多种靶标捕获试剂，其还包含第三靶标捕获试剂(r3)，其中r3包括包含所述结合对的功能性第一成员的r3和缺少所述结合对的功能性第一成员的r3；其中所述结合对的第一成员能够结合到设置在底物上的所述结合对的第二成员，并且其中包含所述结合对的功能性第一成员的r2的比例大于包含所述结合对的功能性第一成员的r3的比例。6.根据前述权利要求中任一项所述的多种靶标捕获试剂，其中每个r3能够形成第三片段/第一靶标捕获试剂(f3/r3)杂合体，并且其中f3包含来自表1a
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5a中描述的基因的对象区间。7.一种分析样品的方法，包括：使多个第一片段/第一靶标捕获试剂(f1/r1)杂合体与底物接触以形成f1/r1杂合体/底物复合物；以及使多个第二片段/第二靶标捕获试剂(f2/r2)杂合体与底物接触形成f2/r2杂合体/底物复合物，其中与底物结合的f1/r1杂合体的比例大于与底物结合的f2/r2杂合体的比例，从而分析样品。8.根据权利要求7所述的方法，其中：f1包含高测序深度事件；并且f2包含低测序深度事件，例如，其水平与确定一种或多种生物标志物例如肿瘤突变负
荷(tmb)或微卫星不稳定性(msi)有关。9.根据权利要求7或8所述的方法，其中所述r1的一部分和所述r2的一部分包含结合对的功能性第一成员，并且其中所述结合对的所述第一成员能够结合到设置在底物上的所述结合对的第二成员。10.根据权利要求7
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9中的任一项所述的方法，其中所述r1的一部分、所述r2的一部分或两者缺少结合对的功能性第一成员，例如，改变的或封闭的第一成员，其不能结合到设置在底物上的结合对的第二成员或针对它具有降低的结合亲和力。11.根据权利要求7
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10中任一项所述的方法，其中：r1包括包含结合对的功能性第一成员的r1和缺少所述结合对的功能性第一成员的r1；并且r2包括包含结合对的功能性第一成员的r2和缺少所述结合对的功能性第一成员的r2。12.根据权利要求7
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11中任一项所述的方法，其中包含所述结合对的功能性第一成员的r1的比例大于包含所述结合对的功能性第一成员的r2的比例。13.根据权利要求11所述的方法，其中包含所述结合对的功能性第一成员的r1的比例，比包含所述结合对的功能性第一成员的r2的比例大至少0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1,000倍。14.权利要求7
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13中任一项所述的方法，其中包含所述结合对的功能性第一成员的r1的比例和包含结合对的功能性第一成员的r2的比例使得在形成f1/r1杂合体/底物复合物和f2/r2杂合体/底物复合物时，f1/r1杂合体/底物复合物中f1的数量和f2/r2杂合体/底物复合物中f2的数量具有以下关系中的一种或两种：(i)f1的数量大于或基本等于f2的数量；和/或(ii)在第一对象区间中包含改变的f1的数量大于或基本等于在第二对象区间中包含改变的f2的数量。15.根据权利要求14所述的方法，其中f1的数量，比f2的数量大至少0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1,000倍。16.根据权利要求14或15所述的方法，其中在第一对象区间中包含改变的f1的数量，比在第二对象区间中包含改变的f2的数量大至少0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30，40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1,000倍。17.根据权利要求14
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16中任一项所述的方法，其中所述第一对象区间、所述第二对象区间或两者均来自表1a
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5a中描述的基因。18.根据权利要求14
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17中任一项所述的方法，其中在所述样品中所述第一对象区间中的改变以等于或大于约0.1％(例如，等于或大于约0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％或0.9％，例如约0.1％至0.9％，0.2％至0.8％，0.3％到至0.7％，或0.4％到至0.6％)的突变等位基因频率存在。19.根据权利要求14
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18中任一项所述的方法，其中在所述样品中所述第二对象区间中的改变以等于或大于约1％(例如，等于或大于约2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％或9％，例如约1％至9％，2％至8％，3％至7％，或4％至6％)的突变等位基因频率存在。20.权利要求7
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19中任一项所述的方法，其中f1、f2或两者包含来自表1a
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5a中描述的
基因的对象区间。21.根据权利要求20所述的方法，其中将f1中的对象区间测序至第一深度，并且将f2中的对象区间测序至第二深度，其中所述第一深度比所述第二深度大至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10倍。22.根据权利要求14
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21中任一项所述的方法，其中f1包含来自表1a
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5a中描述的基因的对象区间，并且其中所述对象区间包含改变，例如体细胞改变，例如癌症中的功能改变。23.根据权利要求17所述的方法，其中所述对象区间被测序到至少约5,000x深度。24.根据权利要求7
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23中任一项所述的方法，其中f2包含来自表1a
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5a中描述的基因的对象区间，并且其中所述对象区间包含改变，例如体细胞改变，其中所述改变的确定用于评估一种或多种基因组签名，例如连续/复合的生物标志物。25.根据权利要求24所述的方法，其中所述对象区间被测序到至少约800x但小于约5,000x，例如，用于评估一种或多种基因组签名，例如连续/复合的生物标志物。26.根据权利要求7
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25中任一项所述的方法，其还使多个第三片段/第三靶标捕获试剂(f3/r3)杂合体与底物接触以形成f3/r3杂合体/底物复合物。27.根据权利要求25或26所述的方法，其中r3包括包含所述结合对的功能性第一成员的r3和缺少所述结合对的功能性第一成员的r3。28.如权利要求26
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27中任一项所述的方法，其中包含所述结合对的功能性第一成员的r2的比例大于包含所述结合对的功能性第一成员的r3的比例。29.根据权利要求26
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28中任一项所述的方法，其中包含所述结合对的功能性第一成员的r2的比例，比包含所述结合对的功能性第一成员的r3的比例大至少0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1,000倍。30.根据权利要求26
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29中任一项所述的方法，其中包含所述结合对的功能性第一成员的r2的比例和包含结合对的功能性第一成员的r3的比例使得在形成f2/r2杂合体/底物复合物和f3/r3杂合体/底物复合物时，f2/r2杂合体/底物复合物中f2的数量和f3/r3杂合体/底物复合物中f3的数量具有以下关系中的一种或两种：(i)f2的数量大于f3的数量；和/或(ii)在第二对象区间中包含改变的f2的数量大于在第三对象区间中包含改变的f3的数量。31.根据权利要求30所述的方法，其中f2的数量，比f3的数量大至少0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1,000倍。32.根据权利要求30或31所述的方法，其中在第二对象区间中包含改变的f2的数量，比在第三对象区间中包含改变的f3的数量大至少0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30，40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1,000倍。33.根据权利要求30
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32中任一项所述的方法，其中所述第二对象区间、所述第三对象区间或两者均来自表1a
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5a中描述的基因。34.权利要求26
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33中任一项所述的方法，其中f1，f2或f3中的一个，两个或全部包含来自表1a
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5a中描述的基因的对象区间。35.根据权利要求34所述的方法，其中将f2中的对象区间测序至第二深度，并且将f3中
的对象区间测序至第三深度，其中所述第二深度比所述第三深度大至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10倍。36.根据权利要求26
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35中任一项所述的方法，其中f3包含来自表1a
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5a中描述的基因的对象区间，并且其中所述对象区间包括种系改变，例如种系snp。37.根据权利要求36所述的方法，其中所述对象区间被测序到至少约100x深度但小于约800x深度。38.根据权利要求7
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37中任一项所述的方法，还包括提供来自受试者的样品。39.根据权利要求7
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38中任一项所述的方法，其中所述样品包含dna，例如基因组dna，例如无细胞dna(cfdna)或循环肿瘤dna(ctdna)。40.根据权利要求7
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39中任一项所述的方法，其中所述样品包含rna，例如mrna。41.根据权利要求40所述的方法，其还包括从rna提供cdna。42.根据权利要求7
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41中任一项所述的方法，其还包括从所述样品获得，例如分离核酸。43.根据权利要求7
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42中任一项所述的方法，其还包括使所述样品中的核酸片段化以提供f1和f2。44.根据权利要求7
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43中任一项所述的方法，还包括：扩增f1以提供多个f1，以及扩增f2以提供多个f2。45.根据权利要求7
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44中任一项所述的方法，其还包括将衔接子序列连接到f1和f2以提供衔接子化的f1(af1)和衔接子化的f2(af2)。46.根据权利要求7
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45中任一项所述的方法，还包括：扩增af1以提供多个af1，以及扩增af2以提供多个af2。47.根据权利要求7
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46中任一项所述的方法，其还包括使多个f1与r1接触以提供多个f1/r1杂合体，以及使多个f2与r2接触以提供多个f2/r2杂合体。48.根据权利要求7
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47中任一项所述的方法，其还包括使多个af1与r1接触以提供多个af1/r1杂合体，以及使多个af2与r2接触以提供多个af2/r2杂合体。49.根据权利要求7
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48中任一项所述的方法，其中：使多个f1/r1杂合体与底物接触以形成f1/r1杂合体/底物复合物，包括使多个af1/r1杂合体与底物接触以形成af1/r1杂合体/底物复合物；以及使多个f2/r2杂合体与底物接触以形成f2/r2杂合体/底物复合物，包括使多个af2/r2杂合体与底物接触以形成af2/r2杂合体/底物复合物。50.根据权利要求47
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49中任一项所述的方法，其中所述接触在溶液中发生。51.根据权利要求47
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49中任一项所述的方法，其中所述接触在固体表面上发生。52.根据权利要求8
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51中任一项所述的方法，其中所述结合对的第一成员包含生物素部分，并且其中所述结合对的第二成员包含链霉亲和素或亲和素(或修饰形式，例如中性亲和素(neutravidin)或捕获亲和素(captavidin))部分。53.根据权利要求8
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51中任一项所述的方法，其中所述结合对的第一成员包含地高辛配基部分，并且其中所述结合对的第二成员包含抗地高辛配基抗体部分。54.根据权利要求8
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51中任一项所述的方法，其中所述结合对的第一成员包含fitc部分，并且其中所述结合对的第二成员包括抗fitc抗体部分。
55.根据权利要求8
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51中任一项所述的方法，其中r1中所述结合对的第一成员与r1中的经由接头捕获f1(例如，与其杂交)的部分(例如，核苷酸序列)结合，并且其中r2中所述结合对的第一个成员与经由接头捕获f2(例如，与其杂交)的部分(例如，核苷酸序列)结合，任选地，其中所述接头是可剪切的接头。56.根据权利要求7
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55中任一项所述的方法，其还包括从所述多个f1/r1杂合体/底物复合物测序f1，以及从所述多个f2/r2杂合体/底物复合物测序f2。57.根据权利要求56所述的方法，其中f1被测序到比f2更大的深度，例如大至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10倍。58.一种分析样品的方法，包括：a)提供多个第一片段/第一靶标捕获试剂(f1/r1)杂合体和多个第二片段/第二靶标捕获试剂(f2/r2)杂合体，其中包含所述结合对的功能性第一成员的r1的比例大于包含所述结合对的功能性第一成员的r2的比例，并且其中所述结合对的第一成员能够结合到设置在底物上的所述结合对的第二成员；b)使多个f1/r1杂合体与底物接触以形成f1/r1杂合体/底物复合物，并使多个f2/r2杂合体与底物接触以形成f2/r2杂合体/底物复合物，其中与所述底物结合的f1/r1杂合体的比例大于与所述底物结合的f2/r2杂合体的比例；c)从多个f1/r1杂合体/底物复合物中测序f1，并从多个f2/r2杂合体/底物复合物中测序f2，其中f1被测序到比f2更大的深度，从而分析样品。59.根据权利要求58所述的方法，其中：f1包含高测序深度事件；并且f2包含低测序深度事件，例如其水平与确定一种或多种生物标志物例如肿瘤突变负荷(tmb)或微卫星不稳定性(msi)有关。60.一种分析样品的方法，包括：1)提供来自受试者的样品，例如，包含基因组dna例如无细胞dna(cfdna)或循环肿瘤dna(ctdna)的样品；2)从样品中获得，例如分离核酸；3)使所述核酸片段化以提供多个片段(f)；4)将衔接子序列连接至多个片段(f)以提供多个衔接子化的片段(af)；5)扩增第一af(af1)以提供多个af1，并且扩增第二af(af2)以提供多个af2；6)使多个af1与第一靶标捕获剂(r1)接触，每个r1包含与af1杂交的核苷酸序列，以提供多个af1/r1杂合体，并使多个af2与第二靶标捕获剂(r2)接触，每个r2包含与af2杂交的核苷酸序列，以提供多个af2/r2杂合体，其中r1的一部分和r2的一部分包含结合对的功能性第一成员，并且其中所述结合对的第一成员能够与设置在底物上的所述结合对的第二成员结合，并且其中r1的一部分、r2的一部分或两者缺少所述结合对的功能性第一成员；
7)使多个af1/r1杂合体与底物接触以形成af1/r1杂合体/底物复合物，并使多个af2/r2杂合体与底物接触以形成af2/r2杂合体/底物复合物，其中与所述底物结合的af1/r1杂合体的比例大于与所述底物结合的af2/r2杂合体的比例；8)从多个af1/r1杂合体/底物复合物中测序af1，并从多个af2/r2杂合体/底物复合物中测序af2，任选地，其中af1的测序深度大于af2的测序深度，例如大至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10倍；从而分析样品。61.根据权利要求60所述的方法，其中：f1包含高测序深度事件；并且f2包含低测序深度事件，例如其水平与确定一种或多种生物标志物例如肿瘤突变负荷(tmb)或微卫星不稳定性(msi)有关。62.根据权利要求7
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61中任一项所述的方法，其还包括从所述样品获取包含多个核酸分子的文库。63.根据权利要求62所述的方法，其还包括使所述文库与靶标捕获试剂接触以提供选择的核酸分子，其中所述靶标捕获试剂与所述核酸分子杂交，从而提供文库捕获物。64.根据权利要求63所述的方法，其还包括从所述文库或文库捕获物中的核酸分子获取包含改变(例如，体细胞改变)的对象区间的读取，从而获得所述对象区间的读取，例如，采用下一代测序方法。65.根据权利要求64所述的方法，其包括获取多个基因中对象区间的读取。66.根据权利要求65所述的方法，其中所述多个基因包括突变形式的基因，例如所述突变基因与对细胞分裂、生长或存活的影响有关或与癌症有关。67.根据权利要求65或66所述的方法，其中所述多个基因包含至少约50个或更多，约100个或更多，约150个或更多，约200个或更多，约250个或更多，约300个或更多，约350个或更多、约400个或更多、约450个或更多、约500个或更多的基因，或约1,000个或更多的基因，或全外显子测序(wes)的所有基因。68.根据权利要求64
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67中任一项所述的方法，其中所述多个基因包含表1a
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5a中描述的至少约50个或更多，约100个或更多，约150个或更多，约200个或更多，约250个或更多，约300个或更多，或所有基因。69.根据权利要求64
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68中任一项所述的方法，其中获取对象区间的读取包括对表1a
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5a中描述的至少约50个或更多，约100个或更多，约150个或更多，约200个或更多，约250个或更多，约300个或更多，或所有基因的对象区间进行测序。70.根据权利要求64
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69中任一项所述的方法，其中对象区间被测序至大于约100x，大于约250x，大于约500x，大于约800x，大于约1,000x，大于约2,000x，大于约3,000x，大于约4,000x，或大于约5,000x的平均深度。71.权利要求64
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70中任一项所述的方法，其中对象区间被测序到大于约100x，大于约250x，大于约500x，大于约800x，大于约1000x，大于约2,000x，大于平均深度大于约3,000x，大于约4,000x或大于约5,000x的平均深度，大于约95％，大于约97％或大于约99％的基因
(例如，外显子)被测序。72.根据权利要求64
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71中的任一项所述的方法，还包括通过比对方法来比对所述读取。73.根据权利要求72所述的方法，其还包括从所述读取中分配核苷酸位置的核苷酸值。74.根据权利要求7
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73中任一项所述的方法，其还包含评估所述样品中的一个或多个基因组签名，例如连续/复合的生物标志物。75.根据权利要求74所述的方法，其中所述样品是血液样品。76.根据权利要求7
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75中任一项所述的方法，其还包括将所述样品中的改变表征为体细胞或种系改变。77.根据权利要求7
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76中任一项所述的方法，其还包含确定所述样品中的改变的接合性。78.根据权利要求7
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77中任一项所述的方法，其还包括响应于所述样品的分析而对所述样品或从其获得样品的受试者进行分类。79.根据权利要求7
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78中任一项所述的方法，其还包括提供报告，例如，以电子、基于网络或纸质的报告形式，给从其获取样品的受试者或其他人或实体、护理人员、医师、肿瘤学家、医院、诊所、第三方付款人、保险公司或政府办公室。