一种大肠癌多基因筛选探针及其应用的制作方法

文档序号:20787926发布日期:2020-05-19 21:53阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种大肠癌多基因筛选探针,其制备方法为:

针对大肠癌高发的高危突变基因,下载基因外显子编码序列,在3’端和5’端各增加50bp的侧翼序列;ucsc数据库中基因组版本选择hg19/grch37;

利用oligowiz2.0软件处理基因序列,具体参数设定如下:-length:目标oligo优选长度为110个碱基;-lmax和-lmin:严格限定探针的长度,必须为110bp;-minlh:软件默认值为15;程序运行的结果,重定向到owz后缀命名的文件;其中seqno.1:5’-gaagcgaggatcaact-3’;seqno.2:5’-cattgcgtgaaccga-3’;获得output.owz文件;

利用oligowiz-2.1.0_offline.jar软件在windows系统下打开上述output.owz文件,选择最小探针间距为55bp,最大探针数量为无限制,其余参数都使用默认值,导出探针列表;

在探针5’端添加一条seqno.1的引物序列,3’端添加一条seqno.2的引物序列,然后合成探针。

2.如权利要求1所述的大肠癌多基因筛选探针,其特征在于其中的高危突变基因包括:体细胞突变基因,见表1,以及拷贝数变异的基因,见表2:

表1检测体细胞突变的基因列表

表2检测拷贝数变异的基因列表

3.如权利要求2所述的大肠癌多基因筛选探针,其特征在于重点关注的体细胞突变基因为:kras、nras、braf、apc、chek2、pten、smad4、tp53、akt3、ccnd1、jak2。

4.如权利要求2所述的大肠癌多基因筛选探针,其特征在于重点关注的拷贝数变异核心基因为:erbb2、fgfr1、myc、rb1。

5.一种大肠癌基因筛选的方法,包括:提取患者的dna样本,包括血液样本的dna、组织样本dna及cfdna;应用权利要求1至4所述大肠癌多基因筛选探针进行检测生物信息学分析,得到的结果与所述表1和所述表2所列的突变基因及拷贝数变异基因进行对比,得到患者的基因诊断结果。

6.如权利要求5所述一种大肠癌基因筛选的方法,具体包括如下步骤:

(1)dna样本制备

提取病人的病灶组织及癌旁或血液组织进行dna提取,石蜡包埋组织亦可;

(2)dna样本文库构建

将dna随机片段化成几百碱基或更短的小片段,然后采用kapa文库构建试剂盒进行文库制备;文库制备完成后将其置于-20℃保存;

(3)杂交捕获并测序

应用上述大肠癌多基因筛选探针,与dna文库进行杂交捕获,由捕获磁珠实现捕获dna片段,并送样测序;

(4)对测序结果进行生物信息学分析

测序结果为fastq文件,使用获取基因突变的算法,分析测序结果,得到基因突变的结果并注释;

主要步骤有fastq文件的质量控制,基因组联配,体细胞突变,及胚细胞突变,的分析,进行注释;

用到的软件分别有:fastqc和fastx_toolkit用来做质量控制;bwa做联配,gatk及mutect2获得体细胞突变;haplotypecaller方法获得胚细胞突变;annovar做注释。

(5)结果比对得到突变结果

对样本的测序结果与所述表1和所述表2中的dna筛选列表进行对比,得到该样本患者的基因突变结果。

7.一种大肠癌基因筛选的试剂盒,包含权利要求1所述大肠癌多基因筛选探针。


技术总结
本发明克服目前临床应用中仅对单个或几个激酶基因突变点做预测,不能满足实际临床检测诊断需求的问题,提供一种大肠癌多基因筛选探针,以及大肠癌基因筛选的方法及试剂盒,以达到高效检测基因突变,对大肠癌患者精准分型,并降低患者基因检测成本的目的。

技术研发人员:徐烨;章真;郭伟剑;王鲁;刘方奇;邵志敏;黄薇;胡欣;施锦绣
受保护的技术使用者:复旦大学附属肿瘤医院
技术研发日:2020.03.13
技术公布日:2020.05.19
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