技术特征：
1.一种腺病毒载体，所述腺病毒载体包含：腺病毒骨架，其包含腺病毒基因组的一个或多个基因或调控序列，并且其中所述腺病毒骨架包含关于所述腺病毒基因组的部分缺失的e4基因，其中所述部分缺失的e4基因包含缺失或部分缺失的e4orf2区和缺失或部分缺失的e4orf3区，和任选地缺失或部分缺失的e4orf4区，并且任选地，其中所述腺病毒载体还包含盒，所述盒包含：(1)至少一个有效负载核酸序列，任选地其中所述至少一个有效负载核酸序列编码多肽，任选地其中所述多肽包含抗原，任选地其中所述抗原包含：-mhc i类表位，-mhc ii类表位，-能够刺激b细胞反应的表位，或-其组合，并且任选地其中所述至少一个有效负载核酸序列还包含5'接头序列和/或3'接头序列，并且任选地其中；(2)可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列的至少一个启动子序列，(3)任选地，至少一个通用的编码mhc ii类抗原的核酸序列；(4)任选地，至少一个编码gpgpg的接头序列(seq id no:56)；和(5)任选地，至少一个多聚腺苷酸化序列。2.一种包含经修饰的chadv68序列的黑猩猩腺病毒载体，其中所述经修饰的chadv68序列包含：(a)以seq id no:1所示的e4基因序列的部分缺失的e4基因，并且其至少缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸34,916至35,642；和(b)以seq id no:1所示的所述chadv68序列的一个或多个基因或调控序列，任选地其中所述一个或多个基因或调控序列包含以seq id no:1所示的所述序列的黑猩猩腺病毒反向末端重复序列(itr)、e1a、e1b、e2a、e2b、e3、e4、l1、l2、l3、l4和l5基因中的至少一者；并且任选地，其中所述黑猩猩腺病毒载体还包含盒，其中所述盒包含至少一个有效负载核酸序列，并且其中所述盒包含可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列的至少一个启动子序列。3.一种包含经修饰的chadv68序列的黑猩猩腺病毒载体，其中所述经修饰的chadv68序列包含：(a)以seq id no:1所示的e4基因序列的部分缺失的e4基因，并且其至少缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸34,916至35,642；(b)以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸2至34,916，其中所述部分缺失的e4基因是所述核苷酸2至34,916的3'，并且任选地所述核苷酸2至34,916另外缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸577至3403，对应于e1缺失，和/或缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸27,125至31,825，对应于e3缺失；和(c)以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸35,643至36,518，并且其中所述部分缺失的e4基因是所述核苷酸35,643至36,518的5'，并且
任选地，其中所述黑猩猩腺病毒载体还包含盒，其中所述盒包含至少一个有效负载核酸序列，并且其中所述盒包含可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列的至少一个启动子序列。4.一种黑猩猩腺病毒载体，所述黑猩猩腺病毒载体包含：a.经修饰的chadv68序列，其中所述经修饰的chadv68序列包含：(i)以seq id no:1所示的e4基因序列的部分缺失的e4基因，并且其至少缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸34,916至35,642；(ii)以seq id no:1所示的序列的核苷酸2至34,916，其中所述部分缺失的e4基因是所述核苷酸2至34,916的3'，并且任选地所述核苷酸2至34,916另外缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸577至3403，对应于e1缺失，和/或缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸27,125至31,825，对应于e3缺失；和(iii)和以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸35,643至36,518，并且其中所述部分缺失的e4基因是所述核苷酸35,643至36,518的5'，和；b.cmv衍生的启动子序列；c.sv40多聚腺苷酸化信号核苷酸序列；和d.盒，所述盒包含至少一个至少一个有效负载核酸序列，其编码：-至少一个mhc i类表位，任选地其中所述至少一个mhc i类表位包含至少2个不同的mhc i类表位，所述至少2个不同的mhc i类表位彼此线性连接，并且各自任选地包含：(a)使所编码的肽序列不同于由野生型核酸序列编码的相应肽序列的至少一个改变，其中所述不同的mhc i表位的长度为7-15个氨基酸，(b)n末端接头，其包含所述不同的mhc i表位的长度为至少3个氨基酸的原生n末端氨基酸序列，(c)c末端接头，其包含所述不同的mhc i表位的长度为至少3个氨基酸的原生c末端酸序列，或(d)其组合，-至少一个mhc ii类表位，任选地其中所述至少一个mhc ii类表位包含至少2个不同的mhc ii类表位，-至少一个能够刺激b细胞反应的表位，或-其组合，并且其中所述盒被插入chadv68的缺失区域内，并且所述cmv衍生的启动子序列可操作地连接到所述盒。5.如权利要求1-4中任一项所述的载体，其中所述盒包含以下式描述的有序序列，从5'至3'包含：p
a-(l5
b-n
c-l3
d
)
x-(g5
e-u
f
)
y-g3
g-a
h
其中，n包含所述至少一个有效负载核酸序列之一，任选地其中每个n编码mhc i类表位、mhc ii类表位、能够刺激b细胞反应的表位或其组合，任选地存在至少一个改变，所述改变使得所编码的表位序列不同于由野生型核酸序列编码的相应肽序列，其中c＝1，p包含可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者的至少一个启动
子序列，其中a＝1，l5包含5'接头序列，其中b＝0或1，l3包含3'接头序列，其中d＝0或1，g5包含至少一个编码gpgpg氨基酸接头的核酸序列之一，其中e＝0或1，g3包含至少一个编码gpgpg氨基酸接头的核酸序列之一，其中g＝0或1，u包含至少一个通用的编码mhc ii类抗原的核酸序列之一，其中f＝1，a包含至少一个多聚腺苷酸化序列，其中h＝0或1，x＝2至400，其中对于每个x，相应的n
c
是有效负载核酸序列，任选地其中对于每个x，相应的n
c
是不同的有效负载核酸序列，并且y＝0-2，其中对于每个y，相应的u
f
是通用的编码mhc ii类抗原的核酸序列，任选地其中对于每个y，相应的u
f
是不同的通用的编码mhc ii类抗原的核酸序列。6.如权利要求5所述的载体，其中所述盒还包含至少一个未编码在所述有序序列中的额外有效负载核酸序列。7.如权利要求5或6所述的载体，其中：b＝1，d＝1，e＝1，g＝1，h＝1，x＝10，y＝2，p是cmv衍生的启动子序列，每个n编码mhc i类表位、mhc ii类表位、能够刺激b细胞反应的表位或其组合，l5编码所述表位的天然n末端氨基酸序列，并且其中所述5'接头序列编码长度为至少3个氨基酸的肽，l3编码所述表位的天然c末端氨基酸序列，并且其中所述3'接头序列编码长度为至少3个氨基酸的肽，u是padre ii类序列和破伤风类毒素mhc ii类序列中的每一者，并且所述载体包含经修饰的chadv68序列，其中所述经修饰的chadv68序列包含：(a)以seq id no:1所示的e4基因序列的部分缺失的e4基因，并且其至少缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸34,916至35,642；(b)以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸2至34,916，其中所述部分缺失的e4基因是所述核苷酸2至34,916的3'，并且任选地所述核苷酸2至34,916另外缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸577至3403，对应于e1缺失，和/或缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸27,125至31,825，对应于e3缺失；和(c)以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸35,643至36,518，并且其中所述部分缺失的e4基因是所述核苷酸35,643至36,518的5'。8.如权利要求2-4或7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述载体是黑猩猩腺病毒载体，任选地其中所述黑猩猩腺病毒载体是chadv68载体。9.如权利要求2-4或7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述部分缺失的e4基因包含：a.以seq id no:1所示的e4基因序列，并且其至少缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸34,916至35,642，b.以seq id no:1所示的e4基因序列，并且其至少缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸34,916至34,942、核苷酸34,952至35,305、以seq id no:1所示的所述序列的核苷
酸35,302至35,642，并且其中所述载体至少包含以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸2至36,518，c.以seq id no:1所示的e4基因序列，并且其至少缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸34,980至36,516，并且其中所述载体至少包含以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸2至36,518，d.以seq id no:1所示的e4基因序列，并且其至少缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸34,979至35,642，并且其中所述载体至少包含以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸2至36,518，e.至少部分缺失e4orf2、完全缺失e4orf3和至少部分缺失e4orf4的e4缺失，f.至少部分缺失e4orf2、至少部分缺失e4orf3和至少部分缺失e4orf4的e4缺失，g.至少部分缺失e4orf1、完全缺失e4orf2和至少部分缺失e4orf3的e4缺失，或h.至少部分缺失e4orf2和至少部分缺失e4orf3的e4缺失。10.如权利要求2-4或7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述载体包含以seq id no:1所示的chadv68序列的一个或多个基因或调控序列，任选地其中所述一个或多个基因或调控序列选自由以下组成的组：以seq id no:1所示的所述序列的黑猩猩腺病毒反向末端重复序列(itr)、e1a、e1b、e2a、e2b、e3、e4、l1、l2、l3、l4和l5基因。11.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述腺病毒骨架或经修饰的chadv68序列还包含关于腺病毒基因组或关于以seq id no:1所示的所述序列在选自由腺病毒e1a、e1b、e2a、e2b、e3、l1、l2、l3、l4和l5基因组成的组的至少一个基因中的功能性缺失，任选地其中所述腺病毒骨架或经修饰的chadv68序列完全缺失或功能性缺失以下各者：(1)e1a和e1b；或(2)e1a、e1b和e3，关于所述腺病毒基因组或关于以seq id no:1所示的所述序列，任选地其中所述e1基因通过关于以seq id no:1所示的所述序列的至少核苷酸577至3403的e1缺失而功能性缺失，并且任选地其中所述e3基因通过关于以seq id no:1所示的所述序列的至少核苷酸27,125至31,825的e3缺失而功能性缺失。12.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述盒存在并插入所述载体中的e1区、e3区和/或允许并入所述盒的任何缺失adv区中。13.如权利要求2-4或7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述载体是从第一代、第二代或辅助依赖性腺病毒载体中的一者产生。14.如权利要求2-13中任一项所述的载体，其中所述经修饰的chadv68序列包含以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸2至34,916，其中所述部分缺失的e4基因是所述核苷酸2至34,916的3'。15.如权利要求14所述的载体，其中所述核苷酸2至34,916缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸577至3403，对应于e1缺失。16.如权利要求14所述的载体，其中所述核苷酸2至34,916缺少关于以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸456-3014。17.如权利要求14-16中任一项所述的载体，其中所述核苷酸2至34,916缺少关于以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸27,125-31,825，对应于e3缺失。18.如权利要求14-16中任一项所述的载体，其中所述核苷酸2至34,916缺少关于以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸27,816-31,333。
19.如权利要求14-16中任一项所述的载体，其中所述核苷酸2至34,916缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸577至3403，对应于e1缺失，并且缺少以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸27,125至31,825，对应于e3缺失。20.如权利要求14-19中任一项所述的载体，其中所述核苷酸2至34,916进一步缺少关于以seq id no:1所示的所述序列的核苷酸3957-10346、核苷酸21787-23370、核苷酸33486-36193或其组合。21.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者编码抗原，其中所述抗原包含：-mhc i类表位，-mhcii类表位，-能够刺激b细胞反应的表位，或-其组合。22.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者编码能够进行抗原加工为表位的多肽序列，任选地其中所述表位已知或疑似由mhc i类呈递在细胞表面上，任选地其中所述细胞表面是肿瘤细胞表面或受感染细胞表面。23.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者编码由mhc i类和/或mhc ii类呈递在细胞表面上的多肽序列或其部分，任选地其中所述细胞表面是肿瘤细胞表面或受感染细胞表面。24.如权利要求22或23所述的载体，其中所述肿瘤细胞选自由以下组成的组：肺癌、黑色素瘤、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、肾癌、胃癌、结肠癌、睾丸癌、头颈癌、胰腺癌、脑癌、b细胞淋巴瘤、急性粒细胞白血病、慢性粒细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病、t细胞淋巴细胞白血病、非小细胞肺癌和小细胞肺癌，或其中所述受感染细胞选自由以下组成的组：病原体感染细胞、病毒感染细胞、细菌感染细胞、真菌感染细胞和寄生虫感染细胞，任选地其中所述病毒感染细胞选自由以下组成的组：hiv感染细胞、严重急性呼吸系统综合征相关冠状病毒(sars)感染细胞、严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(sars-cov-2)感染细胞、埃博拉病毒感染细胞、乙型肝炎病毒(hbv)感染细胞、流感病毒感染细胞和丙型肝炎病毒(hcv)感染细胞。25.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者编码包含能够刺激b细胞反应的表位的多肽序列或其部分，任选地其中所述多肽序列或其部分包含经预测或已知能够由抗体结合的全长蛋白质、蛋白质结构域、蛋白质亚基或抗原片段。26.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者编码选自由以下组成的组的感染性疾病生物体肽：病原体衍生肽、病毒衍生肽、细菌衍生肽、真菌衍生肽和寄生虫衍生肽。27.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者编码具有至少一个改变的表位，所述改变使得所编码的表位序列不同于由野生型核酸序列编码的相应肽序列。28.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者编码具有至少一个改变的mhc i类表位或mhc ii类表位，所述改变使得所编码的
肽序列不同于由野生型核酸序列编码的相应肽序列，任选地其中所编码的多肽序列或其部分相对于被翻译的相应野生型核酸序列具有增加的结合亲和力、增加的结合稳定性和/或增加的在其相应mhc等位基因上呈递的可能性。29.如权利要求4、11-12或14-28所述的载体，其中所述至少一个改变包括点突变、移码突变、非移码突变、缺失突变、插入突变、剪接变体、基因组重排或蛋白酶体产生的剪接抗原。30.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者编码全长蛋白质、蛋白质结构域或蛋白质亚基。31.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者编码抗体、细胞因子、嵌合抗原受体(car)、t细胞受体和基因组编辑系统核酸酶。32.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者包括非编码核酸序列。33.如权利要求32所述的载体，其中所述非编码核酸序列包含rna干扰(rnai)多核苷酸或基因组编辑系统多核苷酸。34.如权利要求4或7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的每一者彼此直接连接。35.如权利要求4或7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者利用编码接头的核酸序列连接到不同的有效负载核酸序列。36.如权利要求35所述的载体，其中所述接头将编码mhc i类表位的两个有效负载核酸序列连接或将编码mhc i类表位的第一有效负载核酸序列连接到编码mhcii类表位或编码能够刺激b细胞反应的表位序列的第二有效负载核酸序列。37.如权利要求36所述的载体，其中所述接头选自由以下组成的组：(1)连续甘氨酸残基，长度为至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个残基；(2)连续丙氨酸残基，长度为至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个残基；(3)两个精氨酸残基(rr)；(4)丙氨酸、丙氨酸、酪氨酸(aay)；(5)由哺乳动物蛋白酶体有效加工的长度为至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个氨基酸残基的共有序列；和(6)侧接源自同源蛋白的抗原并且长度为至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或2-20个氨基酸残基的一个或多个原生序列。38.如权利要求35所述的载体，其中所述接头将两个编码mhc ii类表位的有效负载核酸序列连接或将编码mhc ii类表位的第一有效负载核酸序列连接到编码mhc i类表位或编码能够刺激b细胞反应的表位序列的第二有效负载核酸序列。39.如权利要求38所述的载体，其中所述接头包含序列gpgpg。40.如权利要求4或7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者可操作地或直接地连接到增强所述至少一个有效负载核酸序列的表达、稳定性、细胞运输、加工和呈递和/或免疫原性，和任选地由所述至少一个有效负载核酸序列编码的多肽的表达、稳定性、细胞运输、加工和呈递和/或免疫原性的分离或连续序列。41.如权利要求40所述的载体，其中所述分离或连续的序列包含以下中的至少一者：泛素序列；经修饰以增加蛋白酶体靶向的泛素序列，任选地其中所述泛素序列在位置76处含有gly至ala的取代；免疫球蛋白信号序列，任选地其中所述免疫球蛋白信号序列包含igk；
主要组织相容性i类序列；溶酶体相关膜蛋白(lamp)-1；人树突状细胞溶酶体相关膜蛋白；和主要组织相容性ii类序列；任选地其中所述经修饰以增加蛋白酶体靶向的泛素序列是a76。42.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的每一者的表达由所述至少一个启动子驱动。43.如权利要求7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列包含至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个有效负载核酸序列。44.如权利要求7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列包含至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或至多400个有效负载核酸序列。45.如权利要求7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列包含至少2-400个有效负载核酸序列，并且其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者编码mhc i类表位、mhc ii类表位、能够刺激b细胞反应的表位或其组合。46.如权利要求4或7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列包含至少2-400个有效负载核酸序列，并且其中，当施用至所述受试者并被翻译时，所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者编码呈递在抗原呈递细胞上的抗原，产生靶向所述抗原的免疫应答。47.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列包含至少2-400个mhc i类和/或ii类抗原编码核酸序列，其中，当施用至所述受试者并被翻译时，所述mhc i类或ii类抗原中的至少一者呈递在抗原呈递细胞上，产生靶向细胞表面上的所述抗原中的至少一者的免疫应答，并且任选地其中所述至少2-400个mhc i类或ii类抗原编码核酸序列中的每一者的表达由所述至少一个启动子驱动。48.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中每个mhc i类表位的长度独立地介于8至35个氨基酸之间，任选地长度为7-15、9-17、9-25、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个氨基酸。49.如权利要求7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中存在所述至少一个通用的编码mhc ii类抗原的核酸序列。50.如权利要求7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中存在所述至少一个通用的编码mhc ii类抗原的核酸序列，并且包含至少一个通用的编码mhc ii类抗原的核酸序列，所述核酸序列包含至少一个改变，所述改变使得所编码的肽序列不同于由野生型核酸序列编码的相应肽序列。51.如权利要求7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个通用的编码mhc ii类抗原的核酸序列的长度为12-20、12、13、14、15、16、17、18、19、20或20-40个氨基酸。52.如权利要求7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中存在所述至少一个通用的编码mhc ii类抗原的核酸序列，并且其中所述至少一个通用序列包含破伤风类毒素和padre中的至少一者。53.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个启动子序列是可调控启动子，任选地其中所述可调控启动子是四环素(tet)阻遏蛋白(tetr)控制的启动子，任选地其中所述可调控启动子包含在所述启动子的rna聚合酶结合序列的5'或3'的多个tet操纵
子(teto)序列。54.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个启动子序列是组成型的。55.如权利要求4或7除外的前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个启动子序列是cmv、sv40、ef-1、rsv、pgk、hsa、mck或ebv启动子序列。56.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述盒还包含至少一个可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者的多聚腺苷酸化(polya)序列，任选地其中所述polya序列位于所述至少一个有效负载核酸序列的3'。57.如权利要求56所述的载体，其中所述polya序列包含sv40或牛生长激素(bgh)polya序列。58.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述盒还包含以下中的至少一者：内含子序列，土拨鼠肝炎病毒转录后调控元件(wpre)序列，内部核糖体进入序列(ires)序列，编码2a自切割肽序列的核苷酸序列，编码弗林蛋白酶切割位点的核苷酸序列，编码tev切割位点的核苷酸序列，或已知增强可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者的mrna的核输出、稳定性或翻译效率的5'或3'非编码区中的序列。59.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述盒包含报告基因，所述报告基因包括但不限于绿色荧光蛋白(gfp)、gfp变体、分泌型碱性磷酸酶、荧光素酶或荧光素酶变体。60.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述载体还包含一个或多个编码至少一种免疫调节因子的有效负载核酸序列，任选地其中所述至少一种免疫调节因子抑制免疫检查点分子。61.如权利要求60所述的载体，其中所述免疫调节因子是抗ctla4抗体或其抗原结合片段、抗pd-1抗体或其抗原结合片段、抗pd-l1抗体或其抗原结合片段、抗4-1bb抗体或其抗原结合片段、或抗ox-40抗体或其抗原结合片段。62.如权利要求61所述的载体，其中所述抗体或其抗原结合片段是fab片段、fab'片段、单链fv(scfv)、呈单特异性或连接在一起的多特异性形式的单结构域抗体(sdab)(例如骆驼科抗体结构域)、或全长单链抗体(例如具有通过柔性接头连接的重链和轻链的全长igg)。63.如权利要求61或62所述的载体，其中所述抗体的重链和轻链序列是由例如2a的自切割序列或ires序列分隔开的连续序列，任选地其中所述自切割序列在所述自切割序列的5'具有弗林蛋白酶切割位点序列；或者所述抗体的所述重链和轻链序列由柔性接头如连续甘氨酸残基连接。64.如权利要求60所述的载体，其中所述免疫调节因子是细胞因子。65.如权利要求64所述的载体，其中所述细胞因子是il-2、il-7、il-12、il-15或il-21或其各自变体中的至少一者。66.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者通过执行以下步骤选择：(a)从肿瘤细胞、受感染细胞或感染性疾病生物体获得外显子组、转录组或全基因组核苷酸测序数据中的至少一者，其中所述核苷酸测序数据用于获得代表抗原集合中的每一者的肽序列的数据；(b)将每个抗原的肽序列输入到呈递模型中，以产生所述抗原中的每一者由所述mhc等
位基因中的一者或多者呈递在细胞表面、任选地肿瘤细胞表面或受感染细胞表面上的数值可能性集合，所述数值可能性集合已至少基于所接收的质谱数据进行鉴定；以及(c)基于所述数值可能性集合选择所述抗原集合的子集以产生经选择抗原集合，所述经选择抗原集合用于产生所述至少一个有效负载核酸序列。67.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述至少一个有效负载核酸序列中的每一者通过执行以下步骤选择：(a)从肿瘤细胞、受感染细胞或感染性疾病生物体获得外显子组、转录组或全基因组核苷酸测序数据中的至少一者，其中所述核苷酸测序数据用于获得代表抗原集合中的每一者的肽序列的数据；(b)将每个抗原的肽序列输入到呈递模型中，以产生所述抗原中的每一者由所述mhc等位基因中的一者或多者呈递在细胞表面、任选地肿瘤细胞表面或受感染细胞表面上的数值可能性集合，所述数值可能性集合已至少基于所接收的质谱数据进行鉴定；以及(c)基于所述数值可能性集合选择所述抗原集合的子集以产生经选择抗原集合，所述经选择抗原集合用于产生所述至少一个有效负载核酸序列中的每一者。68.如权利要求66或67所述的载体，其中所述经选择抗原集合的数目是2-20个。69.如权利要求66或67所述的载体，其中所述呈递模型表示以下两者之间的依赖性：(a)所述mhc等位基因中的特定一者和在肽序列的特定位置处的特定氨基酸的一对的存在；和(b)由所述对的所述mhc等位基因中的所述特定一者在细胞表面、任选地肿瘤细胞表面或受感染细胞表面上呈递在所述特定位置处包含所述特定氨基酸的此类肽序列的可能性。70.如权利要求66或67所述的载体，其中选择所述经选择抗原集合包括基于所述呈递模型选择相对于未选择的抗原在所述细胞表面上呈递的可能性增加的抗原。71.如权利要求66或67所述的载体，其中选择所述经选择抗原集合包括基于所述呈递模型选择相对于未选择的抗原能够诱发所述受试者中的细胞特异性免疫应答的可能性增加的抗原。72.如权利要求66或67所述的载体，其中选择所述经选择抗原集合包括基于所述呈递模型选择相对于未选择的抗原能够由专职抗原呈递细胞(apc)呈递给初始t细胞的可能性增加的抗原，任选地其中所述apc是树突状细胞(dc)。73.如权利要求66或67所述的载体，其中选择所述经选择抗原集合包括基于所述呈递模型选择相对于未选择的抗原经由中心或外周耐受性受抑制的可能性降低的抗原。74.如权利要求66或67所述的载体，其中选择所述经选择抗原集合包括基于所述呈递模型选择相对于未选择的抗原能够诱发对所述受试者中的正常组织的自身免疫应答的可能性降低的抗原。75.如权利要求66或67所述的载体，其中外显子组或转录组核苷酸测序数据是通过对肿瘤细胞或组织、受感染细胞或感染性疾病生物体进行测序而获得。76.如权利要求66或67所述的载体，其中所述测序是下一代测序(ngs)或任何大规模平行测序方法。77.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述盒包含由所述盒中的邻近序列形成的连接表位序列。
78.如权利要求77所述的载体，其中至少一个或每个连接表位序列对mhc的亲和力大于500nm。79.如权利要求77或78所述的载体，其中每个连接表位序列是非自身的。80.如前述权利要求中任一项所述的载体，其中所述盒不编码非治疗性mhc i类或ii类表位，其中预测所述非治疗性表位展示在受试者的mhc等位基因上。81.如权利要求80所述的载体，其中所述经预测的非治疗性mhc i类或ii类表位序列是由所述盒中的邻近序列形成的连接表位序列。82.如权利要求77-81中任一项所述的载体，其中所述预测是基于通过将所述非治疗性表位的序列输入到呈递模型中而产生的呈递可能性。83.如权利要求77-82中任一项所述的载体，其中所述盒中的所述至少一个有效负载核酸序列的顺序是通过一系列步骤确定，所述步骤包括：i.产生候选盒序列集合，其对应于所述至少一个有效负载核酸序列的不同顺序；ii.对于每个候选盒序列，基于所述候选盒序列中非治疗性表位的呈递来确定呈递评分；以及iii.选择与低于预定阈值的呈递评分相关的候选盒序列作为所述盒序列。84.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述mhc i类和/或ii类表位中的每一者经预测或验证为能够由存在于至少5％的人类群体中的至少一个hla等位基因呈递。85.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述mhc i类和/或ii类表位中的每一者经预测或验证为能够由至少一个hla等位基因呈递，其中每个抗原/hla对在人类群体中具有至少0.01％的抗原/hla发生率。86.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述mhc i类和/或ii类表位中的每一者经预测或验证为能够由至少一个hla等位基因呈递，其中每个抗原/hla对在人类群体中具有至少0.1％的抗原/hla发生率。87.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中相对于直接从受试者组织或样品中提取的原生核酸序列，对编码所述多肽的所述至少一个有效负载核酸序列进行密码子优化。88.一种药物组合物，所述药物组合物包含前述权利要求中任一项所述的载体和药学上可接受的载剂。89.如权利要求88所述的药物组合物，其中所述组合物还包含佐剂。90.如权利要求88或89所述的药物组合物，其中所述组合物还包含免疫调节因子。91.如权利要求90所述的药物组合物，其中所述免疫调节因子是抗ctla4抗体或其抗原结合片段、抗pd-1抗体或其抗原结合片段、抗pd-l1抗体或其抗原结合片段、抗4-1bb抗体或其抗原结合片段、或抗ox-40抗体或其抗原结合片段。92.一种分离的核苷酸序列，所述分离的核苷酸序列包含前述载体权利要求中任一项所述的盒和序列seq id no:1的基因，任选地其中所述基因选自由以下组成的组：以seq id no:1所示的序列的黑猩猩腺病毒itr、e1a、e1b、e2a、e2b、e3、e4、l1、l2、l3、l4和l5基因，并且任选地其中所述核苷酸序列是cdna。93.一种分离的细胞，所述分离的细胞包含权利要求92所述的核苷酸序列，任选地其中所述细胞是cho、hek293或其变体、911、hela、a549、lp-293、per.c6或ae1-2a细胞。
94.一种载体，所述载体包含权利要求92所述的核苷酸序列。95.一种试剂盒，所述试剂盒包含前述载体权利要求中任一项所述的载体和使用说明。96.一种在受试者中刺激免疫应答的方法，所述方法包括向所述受试者施用前述载体权利要求中任一项所述的载体或权利要求88-91中任一项所述的药物组合物。97.如权利要求96所述的方法，其中所述载体或组合物是经肌肉内(im)、皮内(id)或皮下(sc)施用。98.如权利要求96或97所述的方法，所述方法还包括向所述受试者施用免疫调节因子，任选地其中所述免疫调节因子是在施用所述载体或所述药物组合物之前、同时或之后施用。99.如权利要求98所述的方法，其中所述免疫调节因子是抗ctla4抗体或其抗原结合片段、抗pd-1抗体或其抗原结合片段、抗pd-l1抗体或其抗原结合片段、抗4-1bb抗体或其抗原结合片段、或抗ox-40抗体或其抗原结合片段。100.如权利要求98所述的方法，其中所述免疫调节因子是经静脉内(iv)、肌肉内(im)、皮内(id)或皮下(sc)施用。101.如权利要求100所述的方法，其中所述皮下施用靠近所述载体或所述组合物施用部位或非常接近于一个或多个载体或组合物引流淋巴结。102.如权利要求96-101中任一项所述的方法，所述方法还包括向所述受试者施用第二疫苗组合物。103.如权利要求102所述的方法，其中所述第二疫苗组合物是在施用权利要求88-91中任一项所述的载体或药物组合物之前施用。104.如权利要求102所述的方法，其中所述第二疫苗组合物是在施用权利要求88-91中任一项所述的载体或药物组合物之后施用。105.如权利要求103或104所述的方法，其中所述第二疫苗组合物与权利要求88-91中任一项所述的载体或药物组合物相同。106.如权利要求103或104所述的方法，其中所述第二疫苗组合物与权利要求88-91中任一项所述的载体或药物组合物不同。107.如权利要求106所述的方法，其中所述第二疫苗组合物包含编码至少一个有效负载核酸序列的自扩增rna(samrna)载体。108.如权利要求107所述的方法，其中由所述samrna载体编码的所述至少一个有效负载核酸序列与前述载体权利要求中任一项所述的至少一个有效负载核酸序列中的至少一者相同。109.一种制造前述载体权利要求中任一项所述的载体的方法，所述方法包括：获得包含腺病毒载体或黑猩猩腺病毒载体的质粒序列；将所述质粒序列转染至一个或多个宿主细胞中；以及从所述一个或多个宿主细胞分离所述载体。110.如权利要求109所述的制造方法，其中所述分离包括：溶解所述一种或多种宿主细胞以获得包含所述载体的细胞溶解产物；以及从所述细胞溶解产物和任选地另外从用于培养所述一种或多种宿主细胞的培养基纯化所述载体。
111.如权利要求109或110所述的制造方法，其中所述质粒序列是使用以下中的一者产生；在细菌细胞中的dna重组或细菌重组或全基因组dna合成或具有合成dna扩增的全基因组dna合成。112.如权利要求109-111中任一项所述的制造方法，其中所述一种或多种宿主细胞是cho、hek293或其变体、911、hela、a549、lp-293、per.c6和ae1-2a细胞中的至少一者。113.如权利要求110-112中任一项所述的制造方法，其中从所述细胞溶解产物纯化所述载体涉及色谱分离、离心、病毒沉淀和过滤中的一者或多者。114.一种在受试者中刺激免疫应答的方法，所述方法包括向所述受试者施用腺病毒载体，所述腺病毒载体包含：腺病毒骨架，其包含腺病毒基因组的一个或多个基因或调控序列，并且其中所述腺病毒骨架包含关于所述腺病毒基因组的部分缺失的e4基因，其中所述部分缺失的e4基因包含缺失或部分缺失的e4orf2区和缺失或部分缺失的e4orf3区，和任选地缺失或部分缺失的e4orf4区，并且其中所述腺病毒载体还包含盒，所述盒包含：(1)至少一个有效负载核酸序列，任选地其中所述至少一个有效负载核酸序列编码多肽，任选地其中所述多肽包含抗原，任选地其中所述抗原包含：-mhc i类表位，-mhc ii类表位，-能够刺激b细胞反应的表位，或-其组合，并且任选地其中所述至少一个有效负载核酸序列还包含5'接头序列和/或3'接头序列，和任选地其中；(2)可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列的至少一个启动子序列，(3)任选地，至少一个通用的编码mhc ii类抗原的核酸序列；(4)任选地，至少一个编码gpgpg的接头序列(seq id no:56)；和(5)任选地，至少一个多聚腺苷酸化序列。115.一种用于治疗患有疾病的受试者的方法，任选地其中所述疾病是癌症或感染，所述方法包括向所述受试者施用腺病毒载体，所述腺病毒载体包含：腺病毒骨架，其包含腺病毒基因组的一个或多个基因或调控序列，并且其中所述腺病毒骨架包含关于所述腺病毒基因组的部分缺失的e4基因，其中所述部分缺失的e4基因包含缺失或部分缺失的e4orf2区和缺失或部分缺失的e4orf3区，和任选地缺失或部分缺失的e4orf4区，并且其中所述腺病毒载体还包含盒，所述盒包含：(1)至少一个有效负载核酸序列，任选地其中所述至少一个有效负载核酸序列编码多肽，任选地其中所述多肽包含抗原，任选地其中所述抗原包含：-mhc i类表位，-mhc ii类表位，-能够刺激b细胞反应的表位，或-其组合，并且
任选地其中所述至少一个有效负载核酸序列还包含5'接头序列和/或3'接头序列，并且任选地其中；(2)可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列的至少一个启动子序列，(3)任选地，至少一个通用的编码mhc ii类抗原的核酸序列；(4)任选地，至少一个编码gpgpg的接头序列(seq id no:56)；和(5)任选地，至少一个多聚腺苷酸化序列。116.一种在受试者中刺激免疫应答的方法，所述方法包括向所述受试者施用包含经修饰的chadv68序列的腺病毒载体，其中所述经修饰的chadv68序列包含：(a)以seq id no:1所示的e4基因序列的部分缺失的e4基因，并且其至少缺少以seq id no:1所示的序列的核苷酸34,916至35,642；和(b)以seq id no:1所示的所述chadv68序列的一个或多个基因或调控序列，任选地其中所述一个或多个基因或调控序列包含以seq id no:1所示的序列的黑猩猩腺病毒反向末端重复序列(itr)、e1a、e1b、e2a、e2b、e3、e4、l1、l2、l3、l4和l5基因中的至少一者；并且其中所述黑猩猩腺病毒载体还包含盒，其中所述盒包含至少一个有效负载核酸序列，并且其中所述盒包含可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列的至少一个启动子序列。117.一种用于治疗患有疾病的受试者的方法，任选地其中所述疾病是癌症或感染，所述方法包括向所述受试者施用包含经修饰的chadv68序列的腺病毒载体，其中所述经修饰的chadv68序列包含：(a)以seq id no:1所示的e4基因序列的部分缺失的e4基因，并且其至少缺少以seq id no:1所示的序列的核苷酸34,916至35,642；和(b)以seq id no:1所示的所述chadv68序列的一个或多个基因或调控序列，任选地其中所述一个或多个基因或调控序列包含以seq id no:1所示的序列的黑猩猩腺病毒反向末端重复序列(itr)、e1a、e1b、e2a、e2b、e3、e4、l1、l2、l3、l4和l5基因中的至少一者；并且其中所述黑猩猩腺病毒载体还包含盒，其中所述盒包含至少一个有效负载核酸序列，并且其中所述盒包含可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列的至少一个启动子序列。118.一种产生病毒的方法，其中所述病毒是使用如前述载体权利要求中任一项产生。119.如权利要求118所述的方法，其中相对于使用不具有所述部分缺失的e4基因的载体产生的病毒的产生，使用包含所述部分缺失的e4基因的所述载体使所述病毒的产生增加。120.如权利要求118或119所述的方法，其中相对于使用不具有所述部分缺失的e4基因的载体产生的病毒的感染单位滴度，使用包含所述部分缺失的e4基因的所述载体使所述病毒的感染单位滴度增加。121.如权利要求120所述的方法，其中所述产生增加是相对于使用不具有所述部分缺失的e4基因的载体的产生增加至少1.5倍、至少2倍、至少2.5倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍或至少9倍。122.如权利要求121所述的方法，其中所述产生增加是相对于使用不具有所述部分缺失的e4基因的载体的产生增加至少10倍、至少18倍、至少20倍、至少25倍或至少27倍。
123.一种产生病毒的方法，其中所述方法包括以下步骤：a.提供包含盒的病毒载体，所述盒包含：(i)至少一个有效负载核酸序列，任选地其中所述至少一个有效负载核酸序列编码多肽，任选地其中所述多肽包含抗原，任选地其中所述抗原包含：-mhc i类表位，-mhc ii类表位，-能够刺激b细胞反应的表位，或-其组合，并且任选地其中所述至少一个有效负载核酸序列还包含5'接头序列和/或3'接头序列，并且任选地其中；(ii)可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列的至少一个启动子序列，其中所述至少一个启动子是四环素(tet)阻遏蛋白(tetr)控制的启动子，(iii)任选地，至少一个编码mhc ii类抗原的核酸序列；(iv)任选地，至少一个编码gpgpg的接头序列(seq id no:56)；和(v)任选地，至少一个多聚腺苷酸化序列；b.提供被工程化以表达所述tetr蛋白的细胞；以及c.在足以产生所述病毒的条件下使所述病毒载体与所述细胞接触。124.如权利要求123所述的方法，其中所述病毒载体包括黑猩猩腺病毒载体，任选地其中所述黑猩猩腺病毒载体是chadv68载体。125.如权利要求123或124所述的方法，其中相对于使用不具有所述tetr控制的启动子的载体产生的病毒的产生，使用包含所述tetr控制的启动子的载体使所述病毒的产生增加。126.如权利要求125所述的方法，其中所述产生增加是相对于使用不具有所述tetr控制的启动子的载体的产生增加至少1.5倍、至少2倍、至少2.5倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍或至少10倍。127.如权利要求125所述的方法，其中所述产生增加是相对于使用不具有所述tetr控制的启动子的载体的产生增加至少15倍、至少20倍、至少25倍、至少30倍、至少35倍、至少40倍、至少50倍、至少60倍、至少70倍、至少80倍、至少90倍或至少100倍。128.如权利要求123-127中任一项所述的方法，其中相对于使用未被工程化以表达所述tetr蛋白的细胞产生的病毒的产生，使用包含所述tetr控制的启动子的载体使所述病毒的产生增加。129.如权利要求128所述的方法，其中所述产生增加是相对于使用未被工程化以表达所述tetr蛋白的细胞的产生增加至少1.5倍、至少2倍、至少2.5倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍或至少10倍。130.一种病毒载体，所述病毒载体包含盒，所述盒包含：(i)至少一个有效负载核酸序列，任选地其中所述至少一个有效负载核酸序列编码多肽，任选地其中所述多肽包含抗原，任选地其中所述抗原包含：-mhc i类表位，-mhc ii类表位，
ii类表位、能够刺激b细胞反应的表位或其组合，任选地存在至少一个改变，所述改变使得所编码的表位序列不同于由野生型核酸序列编码的相应肽序列，p，可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者的所述启动子序列的rna聚合酶结合序列，t包含teto核酸序列，其包含以seq id no:60所示的核苷酸序列，l包含接头序列，其中对于每个x，y＝0或1，并且其中x＝1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20。142.如权利要求130-140中任一项所述的载体，其中可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列的所述tetr控制的启动子包含以下式描述的有序序列，从5'至3'包含：p-(t-l
y
)
x-n其中，n包含所述至少一个有效负载核酸序列之一，任选地其中每个n编码mhc i类表位、mhc ii类表位、能够刺激b细胞反应的表位或其组合，任选地存在至少一个改变，所述改变使得所编码的表位序列不同于由野生型核酸序列编码的相应肽序列，p，可操作地连接到所述至少一个有效负载核酸序列中的至少一者的所述启动子序列的rna聚合酶结合序列，t包含teto核酸序列，其包含以seq id no:60所示的核苷酸序列，l包含接头序列，其中对于每个x，y＝0或1，并且其中x＝1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20。143.如权利要求130所述的载体，其中所述tetr控制的启动子包含：(1)最小cmv启动子序列；(2)7个teto核酸序列，其中teto核酸序列各自包含以seq id no:60所示的核苷酸序列，并且其中所述teto核酸序列各自利用接头序列连接在一起，所述7个teto核酸序列是所述最小cmv启动子序列的5'，并且任选地其中所述tetr控制的启动子包含以seq id no:61所示的核苷酸序列。144.如权利要求130所述的载体，其中所述tetr控制的启动子包含：(1)cmv启动子序列；(2)2个teto核酸序列，其中所述teto核酸序列各自包含以seq id no:60所示的核苷酸序列，并且其中所述teto核酸序列各自直接连接在一起，所述2个teto核酸序列是所述cmv启动子序列的3'，并且任选地其中所述tetr控制的启动子包含以seq id no:64所示的核苷酸序列。145.如权利要求130-144中任一项所述的载体，其中所述病毒载体包含载体骨架，其中所述载体骨架包含黑猩猩腺病毒载体，任选地其中所述黑猩猩腺病毒载体是chadv68载体。
技术总结
本文公开了包含经修饰的腺病毒的组合物。还公开了与所述组合物相关的核苷酸、细胞和方法，包括其作为疫苗的用途。本文还公开了使用TET启动子系统的病毒载体和具有所述载体的病毒的生产方法。毒的生产方法。毒的生产方法。
技术研发人员：K
受保护的技术使用者：磨石生物公司
技术研发日：2020.06.01
技术公布日：2022/2/18