检测和预测癌症的方法与流程

本发明涉及用于预测个体中癌症(特别是乳腺癌和卵巢癌)的存在、不存在或发展的测定方法，其通过确定取自个体的样本中dna分子群体中某些cpg的甲基化状态，基于某些cpg的甲基化状态推导出指数值，并基于癌症指数值预测个体中癌症的存在、不存在或发展。本发明进一步涉及治疗和/或预防个体中的癌症(特别是乳腺癌和卵巢癌)的方法，该方法包括通过实施本发明的测定方法来评估个体中癌症的存在、不存在或发展，随后基于该评估对个体施用一种或多种疗效性或预防性治疗或措施。本发明进一步提供了一种根据个体的癌症指数值随时间的改变来监测个体的癌症状态的方法。本发明进一步涉及适用于实施本发明的测定方法的芯片。导致本技术的项目得到了欧盟委员会地平线2020研究和创新行动(h2020forecee)第634570号赠款协议、欧盟委员会地平线2020欧洲研究理事会实施机构(h2020brca-erc)第742432号赠款协议以及慈善机构eve appeal的资助。

背景技术：

1、到目前为止，乳腺癌是女性中最常见的癌症，也是年轻女性死亡的主要原因。迄今为止，患有原发性癌症的个体是通过评估直接来自肿瘤的证据(例如，成像或检测释放到系统中的癌细胞产物)来鉴定的。目前可用的早期检测策略，如乳房x光检查，在年轻女性中表现不佳，过度诊断以及就诊率下降，其对病死率的益处最近受到质疑。已证明开发允许分层乳腺癌早期检测和预防策略的模型具有挑战性，而最好的预测模型结合了三种不同的信息来源——流行病学风险因素、单核苷酸多态性(snp)和乳腺摄影密度——其接受者操作特征(receiver operating characteristic，roc)曲线下面积(area under curve，auc)仅为0.68。

2、相比之下，宫颈癌筛查(即，评估宫颈涂片样本)将宫颈癌的发病率和死亡率降低了50％以上。临床医生采集的样本和自行采集的样本在检测相关宫颈病变方面表现相似，这一事实可能会进一步提高就诊率。

3、在乳腺癌附近的正常乳腺组织中已经发现了表观遗传(即，dna甲基化)改变，可能作为遗传和非遗传因素(包括生活方式、生育和环境暴露)的替代因素，促进乳腺癌的发展。到目前为止，仅在血液中实施的大量原理求证研究表明，某些dna甲基化改变与乳腺癌易感性相关。样本异质性和替代组织的选择被认为是阻碍临床应用的最重要因素之一。

4、因此，发明人旨在评估来源于宫颈涂片样本(即，含有能够在表观基因组水平上记录乳腺癌诱发因子并能够自行采集的激素敏感上皮细胞)的dna甲基化谱是否能够鉴定患有原发性乳腺癌的女性。

技术实现思路

1、本发明的发明人阐述以理解dna甲基化(dname)谱是否可用于检测癌症(特别是乳腺癌和卵巢癌)的存在或不存在。发明人还阐述以理解所述dna甲基化谱是否可能与癌症的发展相关，以及进而这些谱是否能够用作与癌症相关的个体分层目的的替代性标志物。

2、就这一点而言，发明人已经成功地开发了涉及“癌症指数值”的测定方法，该测定方法源于dna甲基化谱并与dna甲基化谱相关联，该dna甲基化谱是从包含来自给定个体的上皮细胞的组织的样本建立的。该样本尤其可以来源于宫颈、阴道、颊区、血液和/或尿液。样本优选为宫颈液基细胞学样本，更优选为宫颈涂片样本。来自给定个体的后续dna甲基化谱以及哪些值可用于对与癌症相关的个体实施分层。用于本文所描述和限定的任何测定方法的优选样本是宫颈液基细胞学样本。用于本文所描述和限定的任何测定方法的特别优选的样本是宫颈涂片样本。

3、因此，与现有技术的测定方法相比之下，发明人已经出乎意料地确定了可以根据由样本建立的dna甲基化谱而推导出“癌症指数值”，且“癌症指数值”与该dna甲基化谱相关联，其中该样本不含肿瘤来源的dna。因此，由其而建立本发明的测定方法的dna甲基化谱的组织可以起到提供癌症存在、不存在或发展的替代性标志物的作用，其中肿瘤细胞(如果存在)或有转化成肿瘤细胞风险的细胞位于与样本采集部位不同的解剖部位。

4、如本文进一步所限定和描述的，从与cpg的组中的一个或多个cpg的甲基化状态相关的数据来确定癌症指数值。该组的cpg是来源于包含上皮细胞的样本/从包含上皮细胞的样本而获得的细胞的dna中的甲基化位点。该样本尤其可以来源于宫颈、阴道、颊区、血液和/或尿液。样本优选为宫颈液基细胞学样本，更优选为宫颈涂片样本。来自给定个体的后续dna甲基化谱以及哪些值可用于对与癌症相关的个体实施分层。用于本文所描述和限定的任何测定方法的优选样本是宫颈液基细胞学样本。用于本文所描述和限定的任何测定方法的特别优选的样本是宫颈涂片样本。

5、为了本发明的目的，癌症指数值在此可以与“wid-bc-指数”、“wid指数”、“癌症指数”、“指数”或“指数值”(wid＝女性风险鉴定(women’s risk identification))。此外，在本发明的上下文下对癌症指数值的任何引用都可以同样用于评估个体中乳腺癌和/或卵巢癌的存在、不存在或发展。

6、基于对已知没有乳腺癌的患者的研究，发明人已经使用特定cpg的组确立了被确定为与乳腺癌阴性的乳腺组织(即，没有乳腺癌的正常乳腺组织)相关/具有乳腺癌阴性的乳腺组织的特征的癌症指数值。基于对已知患有乳腺癌的患者的研究，发明人已经确立了已经被确定为与乳腺癌阳性的乳腺组织相关/具有乳腺癌阳性的乳腺组织的特征的癌症指数值。

7、发明人进一步确立了与乳腺癌阴性或阳性的乳腺组织相关的相同的特定cpg的组同样可以与卵巢癌阴性或阳性的卵巢组织相关。基于对已知没有卵巢癌的患者的研究，发明人已经使用特定cpg的组确立了已经被确定为与卵巢癌阴性的卵巢组织(即，没有卵巢癌的正常卵巢组织)相关/具有卵巢癌阴性的卵巢组织的特征的癌症指数值。基于对已知患有卵巢癌的患者的研究，发明人已经确立了已经被确定为与卵巢癌阳性的卵巢组织相关/具有卵巢癌阳性的卵巢组织的特征的癌症指数值。

8、因此，发明人已经能够使用特定cpg的组来确立可以将个体表征为患癌症或不患癌症或者癌症发展风险高的癌症指数值。

9、通过由来源于个体的样本而确定基于甲基化谱的癌症指数值，可以看到个体具有与通过本文描述的发明人的研究而已知为癌症阳性或阴性的个体所具有的癌症指数值相关的癌症指数值。已经以高度的统计精度确定了这种相关性，特别是关于与生物测定方法相关的参数，例如接受者操作特征(roc)灵敏度和特异性，以及曲线下面积(auc)。因此，通过确定来自给定个体的样本的癌症指数值，可以确定该个体具有癌症阳性的乳腺和/或卵巢组织，即该个体被诊断为患有乳腺癌和/或卵巢癌。相反地，通过确定来自给定个体的样本的癌症指数值，可以确定该个体具有癌症阴性的乳腺和/或卵巢组织，即该个体被诊断为没有患乳腺和/或卵巢癌。

10、通过确定来自已知具有brca1和/或brca2种系突变但在其它方面是癌症阴性的女性的样本的基于甲基化谱的癌症指数值，这些女性相对于不具有brca1和/或brca2种系突变的健康女性而具有增加的癌症指数值。已知具有brca1和/或brca2种系突变的女性发展为患乳腺癌和/或卵巢癌的风险高。因此，测试时为癌症阴性的女性中增加的癌症指数值可以指示所述女性发展为癌症，特别是乳腺癌和/或卵巢癌，最优选乳腺癌的风险高。本文所述的预防性治疗和强化筛查可能特别适合于这些具有发展癌症特别是乳腺癌和/或卵巢癌(最优选乳腺癌)高风险的女性。

11、本发明人已经确定，在具有brca1和/或brca2种系突变的个体中，癌症指数值通常增加。发明人还确定，癌症指数值在癌病变周围的正常乳腺组织中增加，在癌病变本身中进一步增加，并且特别是在三阴性乳腺癌病变中增加。这表明，根据本发明而确定的乳腺癌指数值能够鉴定可能处于发展为癌症的风险中并因此易患乳腺癌的个体。发明人的这些观察结果进一步确立了，如本文所进一步描述和限定的，癌症指数值是动态的，并且可以根据遗传和环境条件(包括癌症等级和严重程度)而改变。因此，癌症指数值可以用于监测个体的癌症状态和癌症发展的风险。此外，癌症指数值可用于监测施用于个体的癌症治疗的功效，包括疗效性治疗和预防性治疗。

12、因此，在本发明的上下文中，通过确定来自给定个体的样本的癌症指数值，可以评估个体中癌症的存在、不存在或发展，或者换句话说，对个体实施癌症分层。在本发明的上下文中，癌症分层是将个体分类为具有与癌症相关的表型的个体组的成员的过程，包括个体中癌症存在或不存在，或者癌症的发展，即通过具有上皮细胞，特别是来源于除乳房或卵巢之外的解剖部位如例如宫颈、阴道、颊区、血液和/或尿液，其更具有癌症阳性的乳房或卵巢组织的特征，而不是癌症阴性的乳房或卵巢组织的特征。用于本文所描述和限定的任何测定方法的优选样本是宫颈液基细胞学样本。用于本文所描述和限定的任何测定方法的特别优选的样本是宫颈涂片样本。

13、如本文所解释的，本发明的测定方法方法是是以来源于dna的甲基化谱的癌症指数值为基础的，该dna源自上皮细胞，特别是来源于除乳房或卵巢以外的解剖部位如宫颈、阴道、颊区、血液和/或尿液，优选宫颈液基细胞学样本，更优选宫颈涂片样本。因此，这些测定方法提供了将来源于宫颈组织、阴道组织、颊组织或宫颈阴道组织的dna甲基化谱与从癌症阴性个体到癌症阳性个体的乳腺癌或卵巢癌相关状态相关联的手段，具有高统计精度。因为本发明的测定方法提供了甲基化谱与疾病状态之间的相关性，本领域技术人员将理解，作为分层过程和结果的一部分，疾病状态是基于可能性来赋予的。因此，本发明的方法提供了预测个体癌症状态的测定方法。因此，本发明的测定方法提供了用于预测个体中癌症的存在或不存在的手段。因此，本发明的测定方法还提供了用于预测个体中癌症发展的手段。本发明的测定方法可以提供用于预测个体中癌症发展的手段，因为发明人已经证明特异性的癌症指数值可以限定癌症阴性的乳腺和卵巢组织，而其它方法可以限定癌症阳性的乳腺和卵巢组织，并且因为特异性的癌症指数值可以是动态的，并且由此与肿瘤分级和进一步增加的癌症风险因素例如种系brca1和/或brca2突变相关地增加，这些值可能会随着癌症风险的改变而改变。

14、尽管可以基于可能性来赋予疾病状态，但发明人在此已经证明，使用与生物测定方法相关的参数，可以以非常高的统计精度实现使用癌症指数值的dna甲基化谱与癌症状态之间的相关性，如本文进一步所述。因此，本发明的测定方法提供了用于预测个体中癌症的存在或不存在并用于预测个体中癌症的发展，以及用于对个体实施癌症分层的手段，并且其中该预测/分层可以被限定为在统计学上高度可靠和稳健。这反过来又意味着可以以高水平的置信度实施预测/分层。如本文所进一步描述和限定的，本发明的测定方法可以通过本领域已知的方法限定为统计上准确的。本发明的测定方法可以是根据与其统计特异性和灵敏度相关的参数而限定的。这些参数限定了假阳性和假阴性测试结果的可能性。假阳性和假阴性测试结果的比例越低，测定方法在统计上就越准确。就这一点而言，发明人已经确立了cpg的组，如本文进一步描述和限定的，其中组中cpg的甲基化状态可以用于确立癌症指数值，使得测定方法产生对癌症状态在统计学上准确的预测。因此，发明人已经确定，本文所描述的测定方法可以是根据统计参数如特异性和灵敏度百分比而限定的，也可以是通过接受者操作特征(roc)曲线下面积(auc)而限定的。所有这些方法在本领域中都是已知的，并且已知被限定为用于如本文所描述和限定的生物测定方法的统计精度的测量。

15、因此，本发明的方法提供了可以以高度的统计精度用于预测癌症的存在、不存在或发展的测定方法。本发明的方法提供了可以以高度的统计精度对个体实施与癌症状态相关的分层的测定方法。因此，本发明的方法向个体及其医师提供关于患者癌症状态的有用信息。如果在个体中鉴定出癌症的存在，则该信息可以帮助告知实际的治疗措施。该信息可以通过监测一段时间内癌症指数值的改变来帮助监测个体中疗效性治疗措施的进展。该信息可以通过监测一段时间内癌症指数值的改变来帮助监测个体中预防性治疗措施的进展。因此，本发明的方法在个体癌症的个性化预防和早期检测以及治疗和管理方面提供了显著的优势。

16、因此，本发明提供一种用于评估个体中癌症的存在、不存在或发展的测定方法，所述测定方法包括：

17、a.提供取自所述个体的样本，所述样本包含dna分子群体；

18、b.在所述样本的所述dna分子群体中确定选自在seq id no 1至seq id no 29,000中第61至62位核苷酸处鉴定的cpg的组的一个或多个cpg的组的甲基化状态；

19、c.基于所述组中的一个或多个cpg的甲基化状态推导出癌症指数值；以及

20、d.基于所述癌症指数值评估所述个体中癌症的存在、不存在或发展；

21、其中所述测定方法被表征为具有通过接受者操作特征(roc)而确定的为0.60或更大的曲线下面积(auc)。

22、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中所述一个或多个cpg的组包含选自在seq id no 1至seq id no 29,000中第61至62位核苷酸处鉴定的cpg中的至少500个cpg，优选其中所述测定方法被表征为具有至少0.60的auc。

23、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中所述一个或多个cpg的组包含至少是在seq id no 1至seq id no 500中鉴定且是在第61至62位核苷酸处鉴定的cpg，优选其中所述测定方法被表征为具有至少0.78的auc。

24、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中所述一个或多个cpg的组包含选自在seq id no 1至seq id no 29,000中第61至62位核苷酸处鉴定的cpg中的至少1000个cpg，优选其中所述测定方法被表征为具有至少0.61的auc。

25、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中所述一个或多个cpg的组包含至少是在seq id no 1至seq id no 1000中鉴定且是在第61至62位核苷酸处鉴定的cpg，优选其中所述测定方法被表征为具有至少0.81的auc。

26、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中所述一个或多个cpg的组包含选自在seq id no 1至seq id no 29,000中第61至62位核苷酸处鉴定的cpg中的至少2000个cpg，优选其中所述测定方法被表征为具有至少0.61的auc。

27、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中一个或多个cpg的组包含至少是在seq id no 1至seq id no 2000中鉴定的且是在第61至第62位核苷酸处鉴定的cpg，优选其中该测定方法被表征为具有至少0.82的auc。

28、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中所述一个或多个cpg的组包含选自在seq id no 1至seq id no 29,000中第61至62位核苷酸处鉴定的cpg中的至少10,000个cpg，优选其中所述测定方法被表征为具有至少0.62的auc。

29、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中所述一个或多个cpg的组包含至少seq id no 1至seq id no 10,000中所鉴定出且是在第61至62位核苷酸处鉴定的cpg，优选其中所述测定方法被表征为具有至少0.84的auc。

30、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中所述一个或多个cpg的组包含在seq id no 1至seq id no 29,000中第61至62位核苷酸处鉴定的至少29,000个cpg，并且另外其中所述测定方法被表征为具有至少0.84的auc。

31、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中在所述样本中的所述dna分子群体中确定所述组中一个或多个cpg的甲基化状态的步骤进一步包括确定每个cpg的β值。

32、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中基于所述组中一个或多个cpg的甲基化状态推导出所述癌症指数值的步骤包括：

33、a.提供包含所述组中每个cpg的甲基化β值的甲基化β值数据集；以及

34、b.提供能够根据所述甲基化β值数据集生成癌症指数的数学模型；以及

35、c.将所述数学模型应用于甲基化β值数据集，从而生成所述癌症指数。

36、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中所述癌症指数值是乳腺癌指数值(wid-bc-index)，并且其中应用于所述甲基化β值数据集生成所述癌症指数的所述数学模型是根据以下公式的算法：

37、

38、其中：

39、a.β1，...，βn是甲基化β值(在0和1之间)；

40、b.w1，...，w29,000是实值系数；

41、c.μ和σ是用来缩放所述指数的实值参数；以及

42、d.n是指一个或多个cpg的组中cpg的数量；

43、优选其中所述癌症是乳腺癌。

44、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中当所述个体的癌症指数值为约-0.278或更大时，所述个体被评估为患癌症或癌症发展的风险高，或者其中当所述个体的癌症指数值小于约-0.278时，所述个体被评估为没有癌症或癌症发展的风险低，优选其中：

45、a.所述一个或多个cpg的组包含在seq id no 1至seq id no 29,000中第61至62位核苷酸处鉴定的cpg中的至少500个，并且其中灵敏度为至少63％，特异性为至少21％；

46、b.所述一个或多个cpg的组包含至少是由seq id no 1至seq id no 500限定且是在第61至62位核苷酸处鉴定的cpg，并且其中灵敏度为至少87％，特异性为至少50％；

47、c.所述一个或多个cpg的组包含至少是由seq id no 1至seq id no 1000限定且是在第61至62位核苷酸处鉴定的cpg，并且其中灵敏度为至少89％，特异性为至少49％；或者

48、d.所述一个或多个cpg的组包含至少是由seq id no 1至seq id no 2000限定且是在第61至62位核苷酸处鉴定的cpg，并且其中灵敏度为至少89％，特异性为至少48％；

49、优选其中所述测定方法包括确定所述一个或多个cpg的组中每个cpg的甲基化β值，更优选其中所述癌症是乳腺癌。

50、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中当所述个体的癌症指数值为约0.126或更大时，所述个体被评估为患癌症或癌症发展的风险高，或者其中当所述个体的癌症指数值小于约0.126时，所述个体被评估为没有癌症或癌症发展的风险低，优选其中：

51、a.所述一个或多个cpg的组包含在seq id no 1至seq id no 29,000中的第61至62位核苷酸处鉴定的cpg中的至少500个，其中灵敏度为至少48％，特异性为至少39％；

52、b.所述一个或多个cpg的组包含至少是由seq id no 1至seq id no 500限定且是在第61至62位核苷酸处鉴定的cpg，并且其中灵敏度为至少70％，特异性为至少72％；

53、c.所述一个或多个cpg的组包含至少由seq id no 1至seq id no 1000限定且是在第61至62位核苷酸处鉴定的cpg，并且其中灵敏度为至少70％，特异性为至少78％；或者

54、d.所述一个或多个cpg的组至少包含由seq id no 1至seq id no 2000限定并在第61至62位核苷酸处鉴定的cpg，其中灵敏度为至少74％，特异性为至少78％；

55、优选其中所述测定方法包括确定所述一个或多个cpg的组中每个cpg的甲基化β值，更优选其中所述癌症是乳腺癌。

56、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中当所述个体的癌症指数值为约0.743或更大时，所述个体被评估为患癌症或癌症发展的风险高，或者其中当所述个体的癌症指数值小于约0.743时，所述个体被评估为没有癌症或癌症发展的风险低，优选其中：

57、a.所述一个或多个cpg的组包含在seq id no 1至seq id no 29,000中的第61至62位核苷酸处鉴定的cpg中的至少500个，其中灵敏度为至少17％，特异性为至少77％；

58、b.所述一个或多个cpg的组至少包含由seq id no 1至seq id no 500限定并在第61至62位核苷酸处鉴定的cpg，其中灵敏度为至少30％，特异性为至少95％；

59、c.所述一个或多个cpg的组包含至少是由seq id no 1至seq id no 1000限定且是在第61至62位核苷酸处鉴定的cpg，并且其中灵敏度为至少31％，特异性为至少96％；或者

60、d.所述一个或多个cpg的组包含至少是由seq id no 1至seq id no 2000限定且是在第61至62位核苷酸处鉴定的cpg，并且其中灵敏度为至少29％，特异性为至少96％；

61、优选其中所述测定方法包括确定所述一个或多个cpg的组中每个cpg的甲基化β值，更优选其中所述癌症是乳腺癌。

62、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中当所述个体的癌症指数值为：

63、a.小于约-0.580时，所述个体被评估为没有癌症；

64、b.约-0.580或更大且小于约-0.280时，所述个体被评估为患癌症的风险低；

65、c.约-0.280或更大且小于约0.070时，所述个体被评估为患癌症的风险中等；

66、d.约0.070或更大的个体被评估为患癌症的风险高；

67、优选其中所述测定方法包括确定所述一个或多个cpg的组中每个cpg的甲基化β值，更优选其中所述癌症是乳腺癌。

68、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中在所述样本中的dna分子群体中确定所述一个或多个cpg的组中每个cpg的甲基化状态的步骤包括：

69、a.实施测序步骤以确定每个cpg的序列；

70、b.将dna与包含能够区分cpg的甲基化与非甲基化形式的探针的芯片杂交，并将检测系统应用于所述芯片以确定每个cpg的甲基化状态；和/或

71、c.使用甲基化特异性引物实施pcr步骤，其中cpg的甲基化状态通过pcr产物存在或不存在来确定。

72、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中确定一个或多个cpg的组中每个cpg的甲基化状态的步骤包括：

73、a.亚硫酸氢盐转化dna；或者

74、b.实施以下步骤：将5-甲基胞嘧啶碱基(5mc)优选通过10-11易位(ten-eleventranslocation，tet)氧化为5-羧基胞嘧啶碱基(5cac)，和/或将5-羟甲基胞嘧啶碱基(5hmc)优选通过10-11易位(tet)氧化为5-羧基胞嘧啶碱基(5cac)；随后将5-羧基胞嘧啶碱基(5cac)任选地用吡啶硼烷还原为二氢尿嘧啶碱基(dhu)。

75、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中所述测定方法进一步包括：

76、a.在来自所述个体的所述样本中确定上皮细胞的比例；

77、b.在来自所述个体的所述样本中确定脂肪细胞的比例；和/或

78、c.在来自所述个体的所述样本中确定非脂肪细胞的分化特征。

79、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中确定上皮细胞和/或脂肪细胞的比例和/或确定非脂肪细胞的分化特征包括实施包含以下的方法：

80、a.基因表达谱分析；

81、b.非编码rna谱分析；

82、c.表观基因组学分析；

83、d.dna甲基化谱分析；

84、e.推导出wid-bc-指数；和/或

85、f.免疫组织化学；以及

86、基于所述方法的结果得出确定结果。

87、本发明还提供一种在个体中治疗或预防癌症的方法，该方法包括：

88、a.通过实施本发明的测定方法中任何一个的测定方法来评估个体中癌症的存在、不存在或发展，从而评估个体的癌症状态；

89、b.基于所述评估对所述个体施用一种或多种疗效性或预防性治疗。

90、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中所述个体被评估为没有癌症或癌症发展的风险低，并且其中是在所述癌症指数值为约-0.580或更大且小于约-0.280时，并且优选其中所述测定方法包括确定一个或多个cpg的组中每个cpg的甲基化β值，所述个体根据其癌症指数值而经受一种或多种治疗，其中所述一种或多种治疗包含强化筛查，优选其中所述强化筛查包含以下任一项：

91、a.brca1和/或brca2种系突变的检验；

92、b.根据本发明测定方法中的任一种的重复的测定方法，优选其中所述重复的测定方法在前一次测定方法后约两年实施。

93、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中brca1和/或brca2种系突变的检验呈阳性时，强化筛查进一步包含乳房x光检查。

94、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中当brca1和/或brca2种系突变的检验呈阴性时，则对个体实施常规乳房x光检查筛查，优选其中常规筛查包含在brca1和/或brca2种系突变的检验后约三年实施乳房x光检查。

95、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中所述个体被评估为为患癌症的风险中等或者癌症发展的风险中等，并且其中是在癌症指数值为约-0.280或更大且小于约0.070时，并且优选其中所述测定方法包括确定一个或多个cpg的组中每个cpg的甲基化β值，所述个体根据其癌症指数值而经受一种或多种治疗，其中所述一种或多种治疗包含以下之中的任一项：

96、a.强化筛查，优选其中所述强化筛查包括以下一种或多种：

97、i.brca1和/或brca2种系突变的检验；

98、ii.乳腺mri扫描，优选其中在前一次扫描后约两年重复所述扫描；

99、iii.根据本发明测定方法中任何一种的重复的测定方法，优选其中所述重复的测定方法在前一次测定方法后约一年实施；

100、b.施用地诺单抗(denosumab)、“选择性雌激素受体调节剂”(selective estrogenreceptor modulator，serm)和“选择性孕酮受体调节剂”(selective progesteronereceptor modulator，sprm)中的一种或多种。

101、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中所述个体被评估为患癌症或癌症发展的风险高，并且其中是在所述癌症指数值约为0.070或更大时，并且优选其中所述测定方法包括确定一个或多个cpg的组中每个cpg的甲基化β值，并且所述个体根据其癌症指数值而经受一种或多种治疗，其中所述一种或多种治疗包含以下之中的任一项：

102、a.强化筛查，优选其中所述强化筛查包括以下一种或多种：

103、i.brca1和/或brca2种系突变的检验；

104、ii.乳腺mri扫描，优选其中在前一次扫描后约一年重复所述扫描；

105、iii.乳房x光检查，优选其中在前一次扫描后约两年重复所述乳房x光检查；

106、iv.ca125的检验，优选其中每三个月重复一次该检验；

107、v.血浆/血清中的无细胞肿瘤dna甲基化的检验，优选其中每年重复该检验；

108、vi.阴道分泌物中的无细胞肿瘤dna甲基化的检验，优选其中每年重复该检验；

109、vii.根据本发明测定方法中任何一种的重复的测定方法，优选其中所述重复的测定方法在前一次测定方法后约一年实施；

110、b.施用地诺单抗、“选择性雌激素受体调节剂”(serm)和“选择性孕酮受体调节剂”(sprm)中的一种或多种；

111、c.双侧乳腺切除术；和/或

112、d.双侧输卵管卵巢切除术。

113、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中个体所经受的一种或多种治疗在初始施用后每月、每三个月、每六个月、每年或每年重复一次。

114、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中：

115、a.所述serm包括anordin、巴多昔芬(bazedoxifene)、溴苯雌烯(broparestrol)、溴苯雌烯、氯米芬(broparestrol)、环芬尼(cyclofenil)、拉索昔芬(lasofoxifene)、奥美昔芬(ormeloxifene)、奥培米芬(ospemifene)、雷洛昔芬(raloxifene)、他莫昔芬(tamoxifen)，优选其中所述serm包括他莫昔芬、巴多昔芬和雷洛昔芬；和/或

116、b.所述sprm包括米非司酮(mifepristone)、乌利司他(ulipristal)、asoprisnil、proellex、奥那司酮(onapristone)、asoprisnil和洛那立生(lonaprisan)。

117、本发明还提供一种根据个体的癌症指数值而监测个体癌症状态的方法，该方法包括：(a)通过在第一时间点实施根据本发明的测定方法中任何一种的测定方法来评估个体中癌症的存在、不存在或发展；(b)通过在一个或多个其它时间点实施根据本发明的测定方法中任何一种的测定方法评估个体中癌症的存在、不存在或发展；以及(c)监测个体的癌症状态在各时间点之间的任何改变。

118、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中其它时间点是初次评估之后的每月、每三个月、每六个月、每年或每两年。

119、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中根据个体的癌症状态，根据本发明方法中的任何一种对个体施用一种或多种治疗，或者其中当个体的癌症指数值小于约-0.580时，不对个体施用治疗。

120、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中癌症指数值增加指示对一种或多种治疗呈负面反应。

121、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中如果鉴定出负面反应，则对一个或多个治疗实施改变。

122、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中癌症指数值降低指示对一种或多种治疗呈正面反应。

123、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中如果鉴定出正面反应，则对一种或多种治疗实施改变。

124、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中该方法进一步包括：

125、a.在任意两个或多个时间点之间确定来自个体的样本中上皮细胞的比例，并评估该比例在各时间点之间是否改变；

126、b.在任意两个或多个时间点之间确定来自个体的样本中脂肪细胞的比例，并评估该比例在各时间点之间是否改变；和/或

127、c.在任意两个或多个时间点之间确定来自个体的样本中非脂肪细胞的分化特征，并评估该比例在各时间点之间是否改变；

128、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中：

129、a.癌症指数值增加且上皮细胞比例增加；和/或

130、b.癌症指数值增加且脂肪细胞比例降低；和/或

131、c.癌症指数值增加且非脂肪细胞向脂肪细胞的分化增加，

132、指示对一种或多种治疗呈负面反应。

133、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中如果鉴定出负面反应，则对一个或多个治疗实施改变。

134、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中：

135、a.癌症指数值降低且上皮细胞比例降低；

136、b.癌症指数值降低且脂肪细胞比例增加；和/或

137、c.癌症指数值降低且非脂肪细胞向脂肪细胞分化降低，

138、指示对一种或多种治疗呈正面反应。

139、本发明的方法可以如上实施，并且另外其中如果鉴定出正面反应，则对一种或多种治疗实施改变。

140、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中样本是从包含上皮细胞的组织中获得的，优选其中样本不是从乳腺或卵巢组织中获得的。

141、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中样本是从以下获得的：

142、a.宫颈组织；

143、b.阴道组织；

144、c.宫颈阴道组织；

145、d.颊组织；和/或

146、e.乳腺组织；

147、优选其中样本是从宫颈组织获得的，最优选其中样本是从来自宫颈涂片的组织获得的。

148、本发明的测定方法可以如上实施，并且另外其中所述测定方法用于评估以下疾病的存在、不存在或发展：

149、a.乳腺癌，特别是其中所述乳腺癌是导管原位癌；浸润性导管癌，如管型浸润性导管癌(idc)、髓样型idc、粘液型idc、乳突型idc、筛状型idc；浸润性小叶癌、炎性乳腺癌、原位小叶癌、男性乳腺癌、管腔a型乳腺癌、管腔b型乳腺癌、三阴性/基底细胞样型乳腺癌、her2富集型乳腺癌、正常样乳腺癌、乳头佩吉特氏病、乳腺叶状肿瘤或转移性乳腺癌；

150、b.卵巢癌，特别是其中卵巢癌是严重癌、黏液癌、子宫内膜样癌、透明细胞癌、低恶性潜能(low malignant potential，lmp)肿瘤、交界性上皮卵巢癌、畸胎瘤、无性细胞瘤、内胚层窦瘤、绒毛膜癌、粒层-膜瘤、支持-间质细胞瘤、粒层细胞瘤、卵巢小细胞癌或原发性腹膜癌。

151、本发明还提供能够鉴别甲基化与非甲基化形式的cpg的芯片；所述芯片包含对cpg的组中甲基化形式的每个cpg特异的寡核苷酸探针和对所述组中非甲基化形式的每个cpg特异的寡核苷酸探针；其中所述组由选自seq id no 1至seq id no 29,000中第61至62位核苷酸处鉴定的cpg中的至少500个cpg。

152、本发明的芯片可以如上实施，并且另外条件是该芯片不是infiniummethylationepic beadchip芯片或infinium humanmethylation450 beadchip，和/或条件是该芯片的cpg特异性寡核苷酸探针的数量是482,000或更少、480,000或更少、450,000或更少、440,000或更少、430,000或更少、420,000或更少、410,000或更少或者400,000或更少。

153、本发明的芯片可以如上实施，并且另外其中所述组包含在本发明的测定方法中任何一种测定方法中定义的任何cpg组。

154、本发明的芯片可以如上实施，并且另外进一步包含一种或多种寡核苷酸，所述一种或多种寡核苷酸包含本发明的测定方法中定义的任何一组cpg，其中所述一种或多种寡核苷酸与对应的芯片的寡核苷酸探针杂交。

155、本发明还提供杂交芯片，其中该芯片可以通过将一组寡核苷酸与根据本发明的芯片中的任何一种芯片杂交而获得，所述一组寡核苷酸包含本发明的测定方法中定义的任何一组cpg。

156、本发明还提供制备根据本发明的杂交芯片的方法，包含将本发明芯片的芯片与一组寡核苷酸接触，所述一组寡核苷酸包含本发明任何的测定方法中任一种的测定方法中定义的任何cpg组。