聚合物染料的制作方法

本公开一般涉及包含与至少一个多核苷酸共价结合的聚合物生色团的化合物(例如，包含与核苷酸探针结合的聚合物荧光团部分的化合物)，以及包含其的组合物和试剂盒，以及它们的方法制备和在各种分析方法中的用途。相关技术的描述探针用于在各种诊断和分析环境中检测特定靶标序列或其他分析环境。例如，常规的异质杂交测定通常包括以下步骤：靶标核酸的固定化(例如，在纸、珠或塑料表面上)；添加与靶标序列互补的标记探针；杂交；去除未杂交的探针；和检测仍然与固定靶标结合的探针。然而，使用固体表面来固定靶标核酸会通过限制探针的移动性或接近靶标而延长杂交所需的时间。此外，固体表面可能会干扰来自探头的信号或导致信号中出现噪声。分离探针-靶杂交物的要求也妨碍体内检测和合成反应期间核酸的同时检测(实时检测)。因此本领域需要改进的探针，其具有增加的亮度并产生较低的信噪比。本公开满足了这种需要并提供了进一步的相关优势。

背景技术：

技术实现思路

1、在一个方面中，本文描述的是具有以下结构(ii)的化合物：

2、

3、或其立体异构体、盐或互变异构体，其中：

4、m在每次出现时独立地是生色团；

5、l1a在每次出现时独立地是杂亚芳基连接基；

6、l2和l8是独立任选的连接基：

7、l1b、l3、l5、l6和l7在每次出现时是独立任选的亚烷基、亚烯基、亚炔基、杂亚烷基、杂亚烯基或杂亚炔基连接基；

8、l4在每次出现时独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、杂亚烷基、杂亚烯基或杂亚炔基连接基；

9、l9是包含多核苷酸的连接基；

10、r1和r2各自独立地为h、oh、sh、烷基、烷氧基、烷基醚、杂烷基或-op(＝ra)(rb)rc；

11、r3在每次出现时独立地为h、烷基或烷氧基；

12、r4在每次出现时独立地为oh、sh、o-、s-、ord或srd；

13、r5在每次出现时独立地为氧代、硫代或不存在；

14、ra为o或s；

15、rb为oh、sh、o-、s-、ord或srd；

16、rc为oh、sh、o-、s-、ord、ol′、srd、烷基、烷氧基、杂烷基、杂烷氧基、烷基醚、烷氧基烷基醚、磷酸酯、硫代磷酸酯、磷烷基、硫代磷烷基、磷烷基醚或硫代磷烷基醚；

17、rd是抗衡离子；

18、l'在每次出现时独立地是包含与固体载体的共价键的连接基、包含与固体载体残基的共价键的连接基或包含与核苷的共价键的连接基；

19、m在每次出现时独立地为0或更大的整数；

20、n是1或更大的整数；

21、q和w在每次出现时独立地为0或1，条件是q或w至少有一次出现时是1。

22、另一方面，本公开提供具有以下结构(iii)的化合物：

23、

24、或其立体异构体、盐或互变异构体，其中：

25、m在每次出现时独立地为相同或不同的生色团；

26、l1a在每次出现时独立地是杂亚芳基连接基；

27、l2和l8是独立任选的连接基；

28、l1b、l3、l5、l6和l7在每次出现时是独立地任选的亚烷基、亚烯基、亚炔基、杂亚烷基、杂亚烯基或杂亚炔基连接基；

29、l4在每次出现时独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、杂亚烷基、杂亚烯基或杂亚炔基连接基；

30、l10是包含多核苷酸的连接基；

31、r1和r2各自独立地为h、oh、sh、烷基、烷氧基、烷基醚、杂烷基、-op(＝ra)(rb)rc或为为包含多核苷酸的部分，条件是r1和r2中的至少一个为包含多核苷酸的部分；

32、r3在每次出现时独立地为h、烷基或烷氧基；

33、r4在每次出现时独立地为oh、sh、o-、s-、ord或srd；

34、r5在每次出现时独立地为氧代、硫代或不存在；

35、ra为o或s；

36、rb为oh、sh、o-、s-、ord或srd；

37、rc为oh、sh、o-、s-、ord、ol′、srd、烷基、烷氧基、杂烷基、杂烷氧基、烷基醚、烷氧基烷基醚、磷酸酯、硫代磷酸酯、磷烷基、硫代磷烷基、磷烷基醚或硫代磷烷基醚；

38、rd是抗衡离子；

39、l'在每次出现时独立地是包含与固体载体的共价键的连接基、包含与固体载体残基的共价键的连接基或包含与核苷的共价键的连接基；

40、m在每次出现时独立地为0或更大的整数；

41、n是2或更大的整数；

42、q和w在每次出现时独立地为0或1，条件是q或w至少有一次出现时是1。

43、另一方面，本文描述了包含结构(ii)的化合物和捕获探针的组合物。

44、本文还描述了包含结构(ii)的化合物和结构(iii)的化合物的组合物。

45、在另一方面，本文描述的是包含结构(iii)的化合物和具有以下结构(i)的化合物的组合物：

46、

47、或其立体异构体、盐或互变异构体，其中：

48、m在每次出现时独立地为相同或不同的生色团；

49、l1a，在每次出现时，独立地是杂亚芳基连接基；

50、l2和l8是独立任选的连接基；

51、l1b、l3、l5、l6和l7在每次出现时是独立地任选的亚烷基、亚烯基、亚炔基、杂亚烷基、杂亚烯基或杂亚炔基连接基；

52、l4在每次出现时独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、杂亚烷基、杂亚烯基或杂亚炔基连接基；

53、r1和r2各自独立地为h、oh、sh、烷基、烷氧基、烷基醚、杂烷基、-op(＝ra)(rb)rc或为包含多核苷酸的部分，条件是r1和r2中的至少一个为包含多核苷酸的部分；

54、r3在每次出现时独立地为h、烷基或烷氧基；

55、r4在每次出现时独立地为oh、sh、o-、s-、ord或srd；

56、r5在每次出现时独立地为氧代、硫代或不存在；

57、ra为o或s；

58、rb为oh、sh、o-、s-、ord或srd；

59、rc为oh、sh、o-、s-、ord、ol′、srd、烷基、烷氧基、杂烷基、杂烷氧基、烷基醚、烷氧基烷基醚、磷酸酯、硫代磷酸酯、磷烷基、硫代磷烷基、磷烷基醚或硫代磷烷基醚；

60、rd是抗衡离子；

61、l'在每次出现时独立地是包含与固体载体的共价键的连接基、包含与固体载体残基的共价键的连接基或包含与核苷的共价键的连接基；m在每次出现时独立地为0或更大的整数；

62、n是1或更大的整数；

63、q和w在每次出现时独立地为0或1，条件是q或w至少有一次出现时是1。

64、本文还描述了一种组合物，其包含：(1)捕获探针，其包含：(i)第一片段，其包含具有第一序列的第一多核苷酸；(ii)与第一片段缀合的第二片段，第二片段包含多个交替的第二多核苷酸和第一聚合物，每个第一聚合物包含第一生色团，每个第二多核苷酸包含第二序列；(2)多个可检测探针，多个可检测探针中的每个都包含第三多核苷酸，所述第三多核苷酸共价结合至至少一个包含第二生色团的第二聚合物，第三多核苷酸具有第三序列，该第三序列具有与第二序列至少90％的互补性。

65、在另一方面，本文描述的是一种组合物，其包含：(1)捕获探针，其包含：(i)第一片段，其包含具有第一序列的第一多核苷酸；(ii)与第一片段缀合的第二片段，第二片段包含多个第二多核苷酸，每个第二多核苷酸包含第二序列；(2)多个可检测探针，多个可检测探针中的每个包含具有第一末端和第二末端的第三多核苷酸，第一末端共价结合至包含受体生色团的第一聚合物，第二末端共价结合结合到包含供体生色团的第二聚合物，第三多核苷酸包含具有与第二序列至少90％互补性的第三序列。

66、另外，本文描述的是包含本文描述的化合物或组合物的试剂盒。

67、在又一个实施方案中，本公开提供了一种用于鉴定靶标分析物的存在的方法，包括：通过在测定条件下使样品与本文所述的组合物接触来产生混合物；并在检测条件下对混合物进行成像