背景技术:
1、当前可用的细胞和基因疗法产品可能缺乏控制,这可能导致安全性问题,诸如在接受这些疗法的受试者中产生毒性。因此,需要控制和调节这些疗法的其他方法。
技术实现思路
1、本文公开了可用于以受调控的方式,例如在安全开关系统中诱导细胞死亡的诱导型细胞死亡系统。
2、在一些方面,本公开提供了一种诱导型细胞死亡系统,所述诱导型细胞死亡系统包含两个或更多个多肽单体,其中每个多肽单体包含一个或多个配体结合结构域和细胞死亡诱导结构域,其中所述多肽单体构造为在使所述多肽单体与所述一个或多个配体结合结构域的同源配体接触时寡聚化并在表达所述多肽单体的细胞中产生细胞死亡诱导信号,并且其中:
3、所述两个或更多个多肽单体中的每一个多肽单体的所述一个或多个配体结合结构域包含选自由以下组成的组的结构域或其功能片段:
4、任选地包含seq id no:31的氨基序列的abi结构域;任选地包含seq id no:53的氨基酸序列的pyl结构域;任选地包含seq id no:33的氨基酸序列的咖啡因结合单结构域抗体;任选地包含选自由seq id no:34、35、36、37和38组成的组的氨基酸序列的大麻二酚结合结构域;任选地包含seq id no:42的氨基酸序列的雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域;任选地包含seq id no:50的氨基酸序列的抗尼古丁抗体的重链可变区(vh),和/或任选地包含氨基seq id no:51的氨基酸序列的抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl);任选地包含seq id no:43的氨基酸序列的fkbp结构域;和任选地包含seq id no:52的氨基酸序列的孕酮受体结构域;或者
5、所述两个或更多个多肽单体中的第一多肽单体的所述一个或多个配体结合结构域包含任选地包含seq id no:43的氨基酸序列的fkbp结构域,并且所述两个或更多个多肽单体中的第二多肽单体的所述一个或多个配体结合结构域包含任选地包含seq id no:44的氨基酸序列的frb结构域;或者
6、所述两个或更多个多肽单体中的第一多肽单体的所述一个或多个配体结合结构域包含任选地包含seq id no:127和129之一列出的氨基酸序列的小脑蛋白结构域,并且所述两个或更多个多肽单体中的第二多肽单体的所述一个或多个配体结合结构域包含任选地包含seq id no:131和133之一列出的氨基酸序列的降解决定子,并且
7、任选地其中所述细胞死亡诱导结构域源自于选自由以下组成的组的蛋白质:半胱天冬酶3、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、白喉毒素片段a(dta)、bax、bak、bok、bad、bcl-xs,bak、bik、bcl-2相互作用蛋白3(bnip3)、fas、fas相关死亡结构域蛋白(fadd)、肿瘤坏死因子受体1型相关死亡结构域蛋白(tradd)、tnf受体(tnf-r)、apaf-1、颗粒酶b、第二线粒体来源的半胱天冬酶激活因子(smac)、omi、bmf、bid、bim、p53上调凋亡调节因子(puma)、noxa、blk、hrk、细胞色素c、arts、tnf相关细胞死亡诱导配体(trail)、单纯疱疹病毒胸苷激酶(hsv-tk)、水痘-带状疱疹病毒胸苷激酶(vzv-tk)、病毒刺突蛋白、羧基酯酶、胞嘧啶脱氨酶、硝基还原酶fksb、羧肽酶g2、羧肽酶a、辣根过氧化物酶、亚麻苦苷酶、肝细胞色素p450-2b1和嘌呤核苷磷酸化酶,任选地其中所述半胱天冬酶9或其功能性截短包含seq id no:39的氨基酸序列:任选地其中所述dta包含seq id no:41的氨基酸序列,任选地其中所述颗粒酶b包含seq id no:47的氨基酸序列,任选地其中所述bax包含seq id no:32的氨基酸序列。
8、在一些方面,每个多肽单体包含相同的配体结合结构域,任选地其中每个多肽单体包含:
9、fkbp结构域,任选地其中所述同源配体是fk1012、其衍生物或其类似物;或者
10、abi结构域和pyl结构域,任选地其中所述同源配体是脱落酸;或者
11、包含seq id no:34的氨基酸序列的第一大麻二酚结合结构域,和包含选自由seqid no:35、36、37和38组成的组的氨基酸序列的第二大麻二酚结合结构域,任选地其中所述同源配体是植物大麻素,任选地所述植物大麻素是大麻二酚;或者
12、雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域和fkbp结构域,任选地其中所述同源配体是雷帕霉素(rapamycin)或其衍生物或其类似物和/或他莫昔芬(tamoxifen)或其代谢物,任选地其中所述他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬(endoxifen);
13、两个咖啡因结合单结构域抗体,任选地其中每个咖啡因结合单结构域抗体包含seq id no:33的氨基酸序列,任选地其中所述同源配体是咖啡因或其衍生物;或者
14、包含seq id no:52的氨基酸序列的第一孕酮受体结构域,和包含seq id no:52的氨基酸序列的第二孕酮受体结构域,任选地其中所述同源配体是米非司酮或其衍生物,
15、任选地其中所述多肽单体构造为在与所述同源配体接触时形成同源寡聚体,并且任选地其中所述同源寡聚体包括同源二聚体。
16、在一些方面,第一多肽单体包含第一配体结合结构域并且第二多肽单体包含第二配体结合结构域,任选地其中:
17、所述第一单体包含fkbp结构域并且所述第二单体包含frb结构域,任选地其中所述同源配体是雷帕霉素或其衍生物;或者
18、所述第一多肽单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域并且所述第二多肽单体包含fkbp结构域,任选地其中所述同源配体是雷帕霉素或其衍生物和/或他莫昔芬或其代谢物;或者
19、所述第一多肽单体包含frb结构域并且所述第二多肽单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域,任选地其中所述同源配体是雷帕霉素或其衍生物和/或他莫昔芬或其代谢物;或者
20、其中所述第一多肽单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域和fkbp结构域,并且所述第二多肽单体包含frb结构域和雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域,任选地其中所述同源配体是雷帕霉素或其衍生物和/或他莫昔芬或其代谢物;或者
21、所述第一多肽单体包含abi结构域并且所述第二多肽单体包含pyl结构域,任选地其中所述同源配体包含脱落酸;或者
22、所述第一多肽单体包含抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)并且所述第二多肽单体包含抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl),任选地其中所述抗尼古丁抗体是nic12抗体,任选地其中所述vh包含seq id no:50的氨基酸序列,并且任选地其中所述vl包含seq id no:51的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是尼古丁或其衍生物;或者
23、所述第一多肽单体包含含有选自由seq id no:35、36、37和38组成的组的氨基酸序列的大麻二酚结合结构域,并且所述第二多肽单体包含含有seq id no:34的氨基酸序列的大麻二酚结合结构域,任选地其中所述同源配体是植物大麻素,任选地其中所述植物大麻素是大麻二酚;或者
24、所述第一多肽单体包含含有seq id no:127和129之一列出的氨基酸序列的小脑蛋白结构域并且所述第二多肽单体包含含有seq id no:131和133之一列出的氨基酸序列的降解决定子结构域,任选地其中所述同源配体是imid,任选地其中所述imid是fda批准的药物,并且任选地其中所述imid选自由以下组成的组:沙利度胺(thalidomide)、来那度胺(lenalidomide)和泊马度胺(pomalidomide),
25、任选地其中所述多肽单体构造为在与所述同源配体接触时形成异源寡聚体,并且任选地其中所述异源寡聚体包括异源二聚体。
26、在一些方面,所述两个或更多个多肽单体中的所述至少一个多肽单体还包含位于每个配体结合结构域和细胞死亡诱导结构域之间的接头,任选地其中所述接头包含选自由以下组成的组的氨基酸序列:ggggsggggsggggsvdgf(seq id no:101)和asggggsas(seqidno:102),任选地其中每个多肽单体还包含位于每个配体结合结构域和细胞死亡诱导结构域之间的接头。
27、在一些方面,本公开提供了一种诱导型细胞死亡系统,所述诱导型细胞死亡系统包含条件激活控制多肽(acp),
28、其中所述acp包含配体结合结构域和转录效应子结构域,并且
29、其中在所述配体结合结构域与同源配体结合时,所述acp能够调节可操作地连接至acp反应性启动子的目标基因的转录表达,
30、其中所述目标基因包含细胞死亡诱导多肽,并且
31、任选地其中所述配体结合结构域包含降解决定子,任选地其中所述降解决定子能够诱导所述acp的降解,并且
32、任选地其中所述降解决定子选自由以下组成的组:hcv ns4降解决定子、pest(人iκbα的残基277-307的两个拷贝)、grr(人类p105的残基352-408)、drr(酵母cdc34的残基210-295)、sns(sp2和nb的串联重复序列(甲型流感或乙型流感的sp2-nb-sp2)、rpb(酵母rpb残基1688-1702的四个拷贝)、spmix(sp1和sp2的串联重复序列(甲型流感病毒m2蛋白的sp2-sp1-sp2-sp1-sp2)、ns2(甲型流感病毒ns蛋白的残基79-93的三个拷贝)、odc(鸟氨酸脱羧酶的残基106-142)、nek2a、小鼠odc(残基422-461)、小鼠odc_da(modc的残基422-461,包括d433a和d434a点突变)、apc/c降解决定子、cop1 e3连接酶结合降解决定子基序、crl4-cdt2结合pip降解决定子、actinfilin结合降解决定子、keap1结合降解决定子、klhl2和klhl3结合降解决定子、mdm2结合基序、n-降解决定子、缺氧信号传导中的羟脯氨酸修饰、植物激素依赖性scf-lrr结合降解决定子、scf泛素连接酶结合磷酸降解决定子、植物激素依赖性scf-lrr结合降解决定子、dsgxxs磷酸依赖性降解决定子、siah结合基序、spop sbc对接基序和pcna结合pip盒,或所述降解决定子包含小脑蛋白(crbn)多肽底物结构域,所述结构域能够响应于免疫调节药物(imid)结合crbn,从而促进泛素途径介导的所述可调控多肽的降解,任选地其中所述crbn多肽底物结构域选自由以下组成的组:ikzf1、ikzf3、ckla、zfp91、gspt1、meis2、gss e4f1、zn276、zn517、zn582、zn653、zn654、zn692、zn787和zn827,或其能够进行药物诱导crbn结合的片段,任选地其中所述crbn多肽底物结构域是天然crbn多肽序列的嵌合融合产物,任选地其中所述crbn多肽底物结构域是ikzf3/zfp91/ikzf3嵌合融合产物,具有氨基酸序列fnvlmvhkrshtgerplqceicgftcrqkgnllrhiklhtgekpfkchlcnyacqrrdal(seq id no:103)。
33、在一些方面,本公开提供了一种诱导型细胞死亡系统,所述诱导型细胞死亡系统包含条件激活控制多肽(acp),其中所述acp包含一个或多个配体结合结构域及包含核酸结合结构域和转录效应子结构域的转录因子,
34、其中所述acp在所述配体结合结构域与同源配体结合时经历核定位,并且
35、其中当定位于细胞核时,所述acp能够诱导可操作地连接至acp反应性启动子的目标基因的转录表达,
36、其中所述目标基因包含细胞死亡诱导结构域,
37、任选地其中所述转录效应子结构域选自由以下组成的组:单纯疱疹病毒蛋白16(vp16)激活结构域;包含vp16的四个串联拷贝的激活结构域、vp64激活结构域;nfκb的p65激活结构域;爱泼斯坦-巴尔病毒r反式激活因子(rta)激活结构域;包含vp64、p65和rta激活结构域(vpr激活结构域)的三元激活因子;包含vp64、p65和hsf1激活结构域(vph激活结构域)的三元激活因子;人e1a相关蛋白p300的组蛋白乙酰转移酶(hat)核心结构域(p300hat核心激活结构域);kruppel相关盒(krab)阻遏结构域;阻遏因子元件沉默转录因子(rest)阻遏结构域;毛发相关的基本螺旋-环-螺旋阻遏蛋白的wrpw基序,所述基序称为wrpw阻遏结构域;dna(胞嘧啶-5)-甲基转移酶3b(dnmt3b)阻遏结构域;和hp1α染色体阴影阻遏结构域,并且
38、任选地其中所述一个或多个配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含:雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域,任选地包含seq id no:42的氨基酸序列,任选地其中所述同源配体是他莫昔芬或其代谢物,并且任选地其中所述他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬;或孕酮受体结构域,任选地包含seq id no:52的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是米非司酮或其衍生物,或者
39、任选地其中所述一个或多个配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含选自由以下组成的组的结构域或其功能片段:
40、abi结构域,任选地包含seq id no:31的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是脱落酸;
41、pyl结构域,任选地包含seq id no:53的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是脱落酸;
42、咖啡因结合单结构域抗体,任选地包含seq id no:33的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是咖啡因或其衍生物;
43、大麻二酚结合结构域,任选地包含选自由seq id no:34、35、36、37和38组成的组的氨基酸序列,任选地其中所述同源配体是植物大麻素,任选地所述植物大麻素是大麻二酚;
44、雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域,任选地包含seq id no:42的氨基酸序列,任选地其中所述同源配体是他莫昔芬或其代谢物,并且任选地其中所述他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬;
45、抗尼古丁抗体的重链可变区(vh),任选地包含seq id no:50的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是尼古丁或其衍生物;
46、抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl),任选地包含seq id no:51的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是尼古丁或其衍生物;
47、孕酮受体结构域,任选地包含seq id no:52的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是米非司酮或其衍生物;
48、fkbp结构域,任选地包含seq id no:43的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是雷帕霉素、ap1903、ap20187、fk1012、其衍生物或其类似物;以及
49、frb结构域,任选地包含seq id no:44的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是雷帕霉素、ap1903、ap20187、fk1012、其衍生物或其类似物,
50、任选地其中所述核酸结合结构域包含dna结合锌指蛋白结构域(zf蛋白结构域),任选地其中所述zf蛋白结构域在设计上是模块化的并且由一系列锌指基序组成,任选地其中所述zf蛋白结构域包含一至十个锌指基序,
51、任选地其中所述目标基因是细胞死亡诱导多肽,任选地其中所述细胞死亡诱导结构域源自于选自由以下组成的组的蛋白质:半胱天冬酶3、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、白喉毒素片段a(dta)、bax、bak、bok、bad、bcl-xs,bak、bik、bcl-2相互作用蛋白3(bnip3)、fas、fas相关死亡结构域蛋白(fadd)、肿瘤坏死因子受体1型相关死亡结构域蛋白(tradd)、tnf受体(tnf-r)、apaf-1、颗粒酶b、第二线粒体来源的半胱天冬酶激活因子(smac)、omi、bmf、bid、bim、p53上调凋亡调节因子(puma)、noxa、blk、hrk、细胞色素c、arts、tnf相关细胞死亡诱导配体(trail)、单纯疱疹病毒胸苷激酶(hsv-tk)、水痘-带状疱疹病毒胸苷激酶(vzv-tk)、病毒刺突蛋白、羧基酯酶、胞嘧啶脱氨酶、硝基还原酶fksb、羧肽酶g2、羧肽酶a、辣根过氧化物酶、亚麻苦苷酶、肝细胞色素p450-2b1和嘌呤核苷磷酸化酶,任选地其中所述半胱天冬酶9或其功能性截短包含seq id no:39的氨基酸序列:任选地其中所述dta包含seq id no:41的氨基酸序列,任选地其中所述颗粒酶b包含seq id no:47的氨基酸序列,任选地其中所述bax包含seq id no:32的氨基酸序列。
52、一种诱导型细胞死亡系统,所述诱导型细胞死亡系统包含工程化的可调控细胞存活多肽,所述细胞存活多肽包含促存活多肽和异源配体结合结构域,
53、其中在所述配体结合结构域与同源配体结合时,所述同源配体抑制所述促存活多肽,
54、任选地其中所述促存活多肽选自由以下组成的组:xiap、经修饰的xiap、bcl-2、bcl-xl、bcl-w、bcl-2相关蛋白a1(bcl2a1)、mcl-1、flice样抑制蛋白(c-flip)和腺病毒e1b-19k蛋白,
55、任选地其中所述配体结合结构域位于所述促存活多肽的n端区域或位于所述促存活多肽的c端区域。
56、在一些方面,本公开提供了一种诱导型细胞死亡系统,所述诱导型细胞死亡系统包含可调控细胞存活多肽和细胞死亡诱导多肽,
57、其中所述细胞存活多肽包含促存活多肽和异源配体结合结构域,
58、其中当表达时所述细胞存活多肽时能够抑制所述细胞死亡诱导多肽,并且
59、其中在与同源配体结合时,所述同源配体抑制所述促存活多肽,任选地其中所述细胞存活多肽选自由以下组成的组:xiap、经修饰的xiap、bcl-2、bcl-xl、bcl-w、bcl-2相关蛋白a1(bcl2a1)、mcl-1、flice样抑制蛋白(c-flip)和腺病毒e1b-19k蛋白,
60、任选地其中所述配体结合结构域位于所述促存活多肽的n端区域或位于所述促存活多肽的c端区域。
61、在一些方面,所述xiap包含seq id no:107的氨基酸序列,或者所述修饰的xiap在seq id no:107的位置305-325内包含一个或多个氨基酸取代,任选地其中所述一个或多个氨基酸取代在seq id no:107的选自由305、306、308和325组成的组的一个或多个位置,任选地其中在seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m,任选地其中在seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s,任选地其中在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代选自由t308s和t308d组成的组,任选地其中在seq id no:107的位置325处的氨基酸取代是p325s。
62、在一些方面,所述配体结合结构域包含选自由以下组成的组的结构域或其功能片段:
63、abi结构域,任选地包含seq id no:31的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是脱落酸;
64、pyl结构域,任选地包含seq id no:53的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是脱落酸;
65、咖啡因结合单结构域抗体,任选地包含seq id no:33的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是咖啡因或其衍生物;
66、大麻二酚结合结构域,任选地包含选自由seq id no:34、35、36、37和38组成的组的氨基酸序列,任选地其中所述同源配体是植物大麻素,任选地所述植物大麻素是大麻二酚;
67、雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域,任选地包含seq id no:42的氨基酸序列,任选地其中所述同源配体是他莫昔芬或其代谢物,并且任选地其中所述他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬;
68、抗尼古丁抗体的重链可变区(vh),任选地包含seq id no:50的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是尼古丁或其衍生物;
69、抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl),任选地包含seq id no:51的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是尼古丁或其衍生物;
70、孕酮受体结构域,任选地包含seq id no:52的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是米非司酮或其衍生物;
71、fkbp结构域,任选地包含seq id no:43的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是雷帕霉素、ap1903、ap20187、fk1012、其衍生物或其类似物;以及
72、frb结构域,任选地包含seq id no:44的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是雷帕霉素、ap1903、ap20187、fk1012、其衍生物或其类似物。
73、在一些方面,所述配体结合结构域包含降解决定子,任选地其中所述降解决定子能够诱导所述可调控细胞存活多肽的降解,并且任选地其中所述降解决定子选自:hcv ns4降解决定子、pest(人iκbα的残基277-307的两个拷贝)、grr(人类p105的残基352-408)、drr(酵母cdc34的残基210-295)、sns(sp2和nb的串联重复序列(甲型流感或乙型流感的sp2-nb-sp2)、rpb(酵母rpb残基1688-1702的四个拷贝)、spmix(sp1和sp2的串联重复序列(甲型流感病毒m2蛋白的sp2-sp1-sp2-sp1-sp2)、ns2(甲型流感病毒ns蛋白的残基79-93的三个拷贝)、odc(鸟氨酸脱羧酶的残基106-142)、nek2a、小鼠odc(残基422-461)、小鼠odc_da(modc的残基422-461,包括d433a和d434a点突变)、apc/c降解决定子、cop1 e3连接酶结合降解决定子基序、crl4-cdt2结合pip降解决定子、actinfilin结合降解决定子、keap1结合降解决定子、klhl2和klhl3结合降解决定子、mdm2结合基序、n-降解决定子、缺氧信号传导中的羟脯氨酸修饰、植物激素依赖性scf-lrr结合降解决定子、scf泛素连接酶结合磷酸降解决定子、植物激素依赖性scf-lrr结合降解决定子、dsgxxs磷酸依赖性降解决定子、siah结合基序、spop sbc对接基序和pcna结合pip盒,任选地其中所述降解决定子包含小脑蛋白(crbn)多肽底物结构域,所述结构域能够响应于免疫调节药物(imid)结合crbn,从而促进泛素途径介导的所述可调控多肽的降解,任选地其中所述crbn多肽底物结构域选自由以下组成的组:ikzf1、ikzf3、ckla、zfp91、gspt1、meis2、gss e4f1、zn276、zn517、zn582、zn653、zn654、zn692、zn787和zn827,或其能够进行药物诱导crbn结合的片段,任选地其中所述crbn多肽底物结构域是天然crbn多肽序列的嵌合融合产物,任选地其中所述crbn多肽底物结构域是ikzf3/zfp91/ikzf3嵌合融合产物,具有氨基酸序列fnvlmvhkrshtgerplqceicgftcrqkgnllrhiklhtgekpfkchlc nyacqrrdal(seq id no:103),任选地其中所述同源配体是imid,任选地其中所述imid是fda批准的药物,并且任选地其中所述imid选自由以下组成的组:沙利度胺、来那度胺和泊马度胺。
74、在一些方面,所述细胞死亡诱导结构域源自于选自由以下组成的组的蛋白质:半胱天冬酶3、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、白喉毒素片段a(dta)、bax、bak、bok、bad、bcl-xs,bak、bik、bcl-2相互作用蛋白3(bnip3)、fas、fas相关死亡结构域蛋白(fadd)、肿瘤坏死因子受体1型相关死亡结构域蛋白(tradd)、tnf受体(tnf-r)、apaf-1、颗粒酶b、第二线粒体来源的半胱天冬酶激活因子(smac)、omi、bmf、bid、bim、p53上调凋亡调节因子(puma)、noxa、blk、hrk、细胞色素c、arts、tnf相关细胞死亡诱导配体(trail)、单纯疱疹病毒胸苷激酶(hsv-tk)、水痘-带状疱疹病毒胸苷激酶(vzv-tk)、病毒刺突蛋白、羧基酯酶、胞嘧啶脱氨酶、硝基还原酶fksb、羧肽酶g2、羧肽酶a、辣根过氧化物酶、亚麻苦苷酶、肝细胞色素p450-2b1和嘌呤核苷磷酸化酶,任选地其中所述半胱天冬酶9或其功能性截短包含seq id no:39的氨基酸序列:任选地其中所述dta包含seq id no:41的氨基酸序列,任选地其中所述bax包含seq id no:32的氨基酸序列。
75、在一些方面,本公开提供了一种条件激活控制多肽(acp),所述条件激活控制多肽包含:
76、a)第一嵌合多肽,其中所述第一嵌合多肽包含第一配体结合结构域和转录激活结构域;和
77、b)第二嵌合多肽,其中所述第二嵌合多肽包含第二配体结合结构域和核酸结合结构域,
78、其中所述第一嵌合多肽和所述第二嵌合多肽经由与每个配体结合结构域结合的同源配体寡聚化形成所述多聚acp,并且
79、其中所述多聚acp能够诱导可操作地连接至acp反应性启动子的目标基因的转录表达,并且
80、任选地其中所述转录激活结构域选自由以下组成的组:单纯疱疹病毒蛋白16(vp16)激活结构域;包含vp16的四个串联拷贝的激活结构域;vp64激活结构域;nfκb的p65激活结构域;爱泼斯坦-巴尔病毒r反式激活因子(rta)激活结构域;包含vp64、p65和rta激活结构域(vpr激活结构域)的三元激活因子;包含vp64、p65和hsf1激活结构域(vph激活结构域)的三元激活因子;和人e1a相关蛋白p300的组蛋白乙酰转移酶(hat)核心结构域(p300hat核心激活结构域),
81、任选地其中所述一个或多个配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含选自由以下组成的组的结构域或其功能片段:
82、abi结构域,任选地包含seq id no:31的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是脱落酸;
83、pyl结构域,任选地包含seq id no:53的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是脱落酸;
84、咖啡因结合单结构域抗体,任选地包含seq id no:33的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是咖啡因或其衍生物;
85、大麻二酚结合结构域,任选地包含选自由seq id no:34、35、36、37和38组成的组的氨基酸序列,任选地其中所述同源配体是植物大麻素,任选地所述植物大麻素是大麻二酚;
86、雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域,任选地包含seq id no:42的氨基酸序列,任选地其中所述同源配体是他莫昔芬或其代谢物,并且任选地其中所述他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬;
87、抗尼古丁抗体的重链可变区(vh),任选地包含seq id no:50的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是尼古丁或其衍生物;
88、抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl),任选地包含seq id no:51的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是尼古丁或其衍生物;
89、孕酮受体结构域,任选地包含seq id no:52的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是米非司酮或其衍生物;
90、fkbp结构域,任选地包含seq id no:43的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是雷帕霉素、ap1903、ap20187、fk1012、其衍生物或其类似物;以及
91、frb结构域,任选地包含seq id no:44的氨基酸序列,并且任选地其中所述同源配体是雷帕霉素、ap1903、ap20187、fk1012、其衍生物或其类似物,
92、任选地其中所述目标基因是细胞死亡诱导多肽,任选地其中所述细胞死亡诱导结构域源自于选自由以下组成的组的蛋白质:半胱天冬酶3、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、白喉毒素片段a(dta)、bax、bak、bok、bad、bcl-xs,bak、bik、bcl-2相互作用蛋白3(bnip3)、fas、fas相关死亡结构域蛋白(fadd)、肿瘤坏死因子受体1型相关死亡结构域蛋白(tradd)、tnf受体(tnf-r)、apaf-1、颗粒酶b、第二线粒体来源的半胱天冬酶激活因子(smac)、omi、bmf、bid、bim、p53上调凋亡调节因子(puma)、noxa、blk、hrk、细胞色素c、arts、tnf相关细胞死亡诱导配体(trail)、单纯疱疹病毒胸苷激酶(hsv-tk)、水痘-带状疱疹病毒胸苷激酶(vzv-tk)、病毒刺突蛋白、羧基酯酶、胞嘧啶脱氨酶、硝基还原酶fksb、羧肽酶g2、羧肽酶a、辣根过氧化物酶、亚麻苦苷酶、肝细胞色素p450-2b1和嘌呤核苷磷酸化酶,任选地其中所述半胱天冬酶9或其功能性截短包含seq id no:39的氨基酸序列:任选地其中所述dta包含seq id no:41的氨基酸序列,任选地其中所述颗粒酶b包含seq id no:47的氨基酸序列,任选地其中所述bax包含seq id no:32的氨基酸序列。
93、如权利要求13所述的acp,其中所述核酸结合结构域包含dna结合锌指蛋白结构域(zf蛋白结构域),任选地其中所述zf蛋白结构域在设计上是模块化的并且由一系列锌指基序组成,任选地其中所述zf蛋白结构域包含一至十个锌指基序。
94、在一些方面,所述嵌合多肽还包含位于所述核酸结合结构域和所述转录效应子结构域之间的接头,任选地其中所述接头包含一个或多个2a核糖体跳跃标签,任选地其中每个2a核糖体跳跃标签选自由以下组成的组:p2a、t2a、e2a和f2a。
95、在一些方面,所述嵌合多肽包含可操作地连接至所述核酸结合结构域的第一配体结合结构域和可操作地连接至所述转录效应子结构域的第二配体结合结构域;任选地其中:
96、所述第一配体结合结构域和所述第二配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域,任选地其中所述同源配体是他莫昔芬或其代谢物,任选地其中所述他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬;或者
97、所述第一配体结合结构域和所述第二配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含孕酮受体结构域,任选地其中所述同源配体是米非司酮或其衍生物,并且任选地其中当所述配体结合结构域包含abi结构域或pyl结构域时,所述同源配体是脱落酸;或者
98、所述第一配体结合结构域和所述第二配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含咖啡因结合单结构域抗体,任选地其中所述同源配体是咖啡因或其衍生物;或者
99、所述第一和所述第二配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含大麻二酚结合结构域,任选地其中所述同源配体是大麻二酚或植物大麻素,任选地其中所述大麻二酚结合结构域包含单结构域抗体或纳米抗体,并且任选地其中所述大麻二酚结合结构域包含选自由以下组成的组的氨基酸序列:seq id no:34、35、36、37和38。
100、在一些方面,所述核酸结合结构域与所述acp反应性启动子结合,任选地其中所述acp反应性启动子包含acp结合结构域序列和启动子序列,任选地其中所述启动子序列包含最小启动子,任选地其中所述启动子序列是诱导型启动子并且还包含选自由以下组成的组的反应元件:nfκb反应元件、creb反应元件、nfat反应元件、srf反应元件1、srf反应元件2、ap1反应元件、tcf-lef反应元件启动子融合物、缺氧反应元件、smad结合元件、stat3结合位点、诱导分子反应性启动子及其串联重复序列,并且任选地其中所述acp反应性启动子包括合成启动子,并且任选地其中所述acp结合结构域包含一个或多个锌指结合位点。
101、在一些方面,所述配体结合结构域位于所述转录效应子结构域的n端或位于所述转录效应子结构域的c端。
102、在一些方面,本公开提供了一种分离的细胞,所述分离的细胞包含如先前所述的诱导型细胞死亡系统或如先前所述的acp。
103、在一些方面,本公开提供了编码如先前所述的诱导型细胞死亡系统或如先前所述的acp的工程化核酸。
104、在一些方面,本文提供了一种分离的细胞,所述分离的细胞包含诱导型细胞死亡多肽,该诱导型细胞死亡多肽包含两个或更多个单体,其中每个单体包含一个或多个配体结合结构域和细胞死亡诱导结构域,其中所述一个或多个配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含选自由以下组成的组的结构域或其功能片段:abi结构域、pyl结构域、咖啡因结合单结构域抗体、大麻二酚结合结构域、雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域、抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)、抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)、孕酮受体结构域、fkbp结构域和frb结构域,其中每个单体可经由与配体结合结构域结合的同源配体寡聚化,并且其中当配体使每个单体寡聚化时,在细胞中产生细胞死亡诱导信号。
105、在一些方面,所述细胞死亡诱导结构域源自于选自由以下组成的组的蛋白质:半胱天冬酶3、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、白喉毒素片段a(dta)、bax、bak、bok、bad、bcl-xs,bak、bik、bcl-2相互作用蛋白3(bnip3)、fas、fas相关死亡结构域蛋白(fadd)、肿瘤坏死因子受体1型相关死亡结构域蛋白(tradd)、tnf受体(tnf-r)、apaf-1、颗粒酶b、第二线粒体来源的半胱天冬酶激活因子(smac)、omi、bmf、bid、bim、p53上调凋亡调节因子(puma)、noxa、blk、hrk、细胞色素c、arts、tnf相关凋亡诱导配体(trail)、单纯疱疹病毒胸苷激酶(hsv-tk)、水痘-带状疱疹病毒胸苷激酶(vzv-tk)、病毒刺突蛋白、羧基酯酶、胞嘧啶脱氨酶、硝基还原酶fksb、羧肽酶g2、羧肽酶a、辣根过氧化物酶、亚麻苦苷酶、肝细胞色素p450-2b1和嘌呤核苷磷酸化酶。
106、在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含半胱天冬酶9或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的半胱天冬酶9氨基酸序列。
107、在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含bid或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的bid氨基酸序列。
108、在一些方面,abi结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,pyl结构域包含表d的氨基酸序列。
109、在一些方面,咖啡因结合单结构域抗体包含表d的氨基酸序列。
110、在一些方面,大麻二酚结合结构域包含选自由表d中所示的ca14、db6、db11、db18和db21的序列组成的组的氨基酸序列。
111、在一些方面,雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域包含表d的氨基酸序列。
112、在一些方面,抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)包含表d的vh氨基酸序列。在一些方面,抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)包含表d的vl氨基酸序列。
113、在一些方面,孕酮受体结构域包含表d的氨基酸序列。
114、在一些方面,fkbp结构域包含表d的氨基酸序列。
115、在一些方面,frb结构域包含表d的氨基酸序列。
116、在一些方面,每个单体包含相同的配体结合结构域。在一些方面,诱导型细胞死亡多肽包含同源寡聚体。在一些方面,同源寡聚体包括同源二聚体。在一些方面,每个单体包含fkbp结构域。在一些方面,配体是fk1012、其衍生物或其类似物。
117、在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含bid或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的bid氨基酸序列。
118、在一些方面,每个单体包含abi结构域和pyl结构域。在一些方面,配体是脱落酸。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含半胱天冬酶9或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的半胱天冬酶9氨基酸序列。
119、在一些方面,每个单体包含含有表d的ca14氨基酸序列的大麻二酚结合结构域和含有选自由表d的db6、db11、db18和db21序列组成的组的氨基酸序列的大麻二酚结合结构域。
120、在一些方面,每个单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域和fkbp结构域。在一些方面,每个单体包含frb结构域和雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含半胱天冬酶9或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的半胱天冬酶9氨基酸序列。在一些方面,配体是雷帕霉素、其衍生物或其类似物。在一些方面,配体是他莫昔芬或其代谢物。在一些方面,他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬。
121、在一些方面,每个单体包含两个咖啡因结合单结构域抗体。在一些方面,每个咖啡因结合单结构域抗体包含表d的氨基酸序列。在一些方面,配体是咖啡因或其衍生物。
122、在一些方面,第一单体包含第一配体结合结构域并且第二单体包含第二配体结合结构域。在一些方面,诱导型细胞死亡多肽包含异源寡聚体。在一些方面,异源寡聚体包括异源二聚体。在一些方面,第一单体包含fkbp结构域并且第二单体包含frb结构域。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含bid或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的bid氨基酸序列。
123、在一些方面,第一单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域,并且第二单体包含fkbp结构域。在一些方面,第一单体包含frb结构域,并且第二单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域。在一些方面,第一单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域和fkbp结构域,并且第二单体包含frb结构域以及第二单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含半胱天冬酶9或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的半胱天冬酶9氨基酸序列。在一些方面,配体是雷帕霉素、其衍生物或其类似物。在一些方面,配体是他莫昔芬或其代谢物。在一些方面,他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬。
124、在一些方面,第一单体包含abi结构域并且第二单体包含pyl结构域。在一些方面,配体是脱落酸。
125、在一些方面,第一单体包含抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)并且第二单体包含抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)。在一些方面,抗尼古丁抗体是nic12抗体。在一些方面,vh包含表d的vh氨基酸序列。在一些方面,vl包含表d的vl氨基酸序列。在一些方面,配体是尼古丁或其衍生物。
126、在一些方面,第一单体包含含有选自由表d的db6、db11、db18和db21的序列组成的组的氨基酸序列的大麻二酚结合结构域,并且第二单体包含含有表d的ca14氨基酸序列的大麻二酚结合结构域。在一些方面,配体是大麻二酚或植物大麻素。
127、在一些方面,每个单体还包含位于每个配体结合结构域和细胞死亡诱导结构域之间的接头。在一些方面,接头包含选自由以下组成的组的氨基酸序列:ggggsggggsggggsvdgf(seq id no:85)和asggggsas(seq id no:86)。
128、本文还公开了一种分离的细胞,所述分离的细胞包含条件激活控制多肽(acp),其中acp包含一个或多个配体结合结构域及包含核酸结合结构域和转录效应子结构域的转录因子,其中acp在配体结合结构域与同源配体结合时经历核定位,并且其中当定位于细胞核时,acp能够诱导可操作地连接至acp反应性启动子的目标基因的转录表达。
129、本文还公开了一种分离的细胞,所述分离的细胞包含多聚条件激活控制多肽(acp),其中多聚acp包含:(a)第一嵌合多肽,其中所述第一嵌合多肽包含第一配体结合结构域和转录激活结构域;和(b)第二嵌合多肽,其中所述第二嵌合多肽包含第二配体结合结构域和核酸结合结构域,其中所述第一嵌合多肽和所述第二嵌合多肽经由与每个配体结合结构域结合的同源配体多聚化形成多聚acp,并且其中所述多聚acp能够诱导可操作地连接至acp反应性启动子的目标基因的转录表达。
130、在一些方面,每个配体结合结构域包含选自由以下组成的组的结构域或其功能片段:abi结构域、pyl结构域、咖啡因结合单结构域抗体、大麻二酚结合结构域、雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域、抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)、抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)、孕酮受体结构域、fkbp结构域和frb结构域。
131、在一些方面,abi结构域包含表d的abi氨基酸序列。在一些方面,pyl结构域包含表d的pyl氨基酸序列。在一些方面,咖啡因结合单结构域抗体包含表d的氨基酸序列。在一些方面,大麻二酚结合结构域包含选自由表d的ca14、db6、db11、db18和db21序列组成的组的氨基酸序列。在一些方面,雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)包含表d的vh氨基酸序列。在一些方面,抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)包含表d的vl氨基酸序列。在一些方面,孕酮受体结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,fkbp结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,frb结构域包含表d的氨基酸序列。
132、在一些方面,核酸结合结构域包含dna结合锌指蛋白结构域(zf蛋白结构域)。在一些方面,zf蛋白结构域在设计上是模块化的并且由锌指阵列(zfa)组成。在一些方面,所述转录效应子结构域选自由以下组成的组:单纯疱疹病毒蛋白16(vp16)激活结构域;包含vp16的四个串联拷贝的激活结构域、vp64激活结构域;nfκb的p65激活结构域;爱泼斯坦-巴尔病毒r反式激活因子(rta)激活结构域;包含vp64、p65和rta激活结构域(vpr激活结构域)的三元激活因子;包含vp64、p65和hsf1激活结构域(vph激活结构域)的三元激活因子;人e1a相关蛋白p300的组蛋白乙酰转移酶(hat)核心结构域(p300 hat核心激活结构域);krüppel相关盒(krab)阻遏结构域;阻遏因子元件沉默转录因子(rest)阻遏结构域;毛发相关的基本螺旋-环-螺旋阻遏蛋白的wrpw基序,所述基序称为wrpw阻遏结构域;dna(胞嘧啶-5)-甲基转移酶3b(dnmt3b)阻遏结构域;和hp1α染色体阴影阻遏结构域。
133、在一些方面,嵌合多肽还包含位于核酸结合结构域和转录效应子结构域之间的接头。在一些方面,接头包含一个或多个2a核糖体跳跃标签。在一些方面,每个2a核糖体跳跃标签选自由以下组成的组:p2a、t2a、e2a和f2a。
134、在一些方面,所述嵌合多肽包含可操作地连接至所述核酸结合结构域的第一配体结合结构域和可操作地连接至所述转录效应子结构域的第二配体结合结构域。
135、在一些方面,第一和第二配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域。在一些方面,同源配体是他莫昔芬或其代谢物。在一些方面,他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬。
136、在一些方面,第一和第二配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含孕酮受体结构域。在一些方面,同源配体是米非司酮或其衍生物。
137、在一些方面,当配体结合结构域包含abi结构域或pyl结构域时,同源配体是脱落酸。
138、在一些方面,当配体结合结构域包含咖啡因结合单结构域抗体时,同源配体是咖啡因或其衍生物。
139、在一些方面,当配体结合结构域包含大麻二酚结合结构域时,同源配体是大麻二酚或植物大麻素。在一些方面,大麻二酚结合结构域包括单结构域抗体或纳米抗体。在一些方面,大麻二酚结合结构域包含选自由表d的ca14、db6、db11、db18和db21的序列组成的组的氨基酸序列。
140、在一些方面,当配体结合结构域包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域时,同源配体是他莫昔芬或其代谢物。在一些方面,他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬。
141、在一些方面,当配体结合结构域包含抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)或抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)时,同源配体是尼古丁或其衍生物。
142、在一些方面,当配体结合结构域是孕酮受体结构域时,同源配体是米非司酮或其衍生物。
143、在一些方面,当配体结合结构域包含fkbp结构域或frb结构域时,同源配体是雷帕霉素、ap1903、ap20187、fk1012、其衍生物或其类似物。
144、在一些方面,核酸结合结构域包含dna结合锌指蛋白结构域(zf蛋白结构域)。
145、在一些方面,zf蛋白结构域在设计上是模块化的并且由锌指阵列(zfa)组成。在一些方面,zf蛋白结构域包含一至十个zfa。
146、在一些方面,核酸结合结构域与acp反应性启动子结合。在一些方面,acp反应性启动子包含acp结合结构域序列和启动子序列。在一些方面,启动子序列源自于选自由以下组成的组的启动子:minp、nfkb反应元件、creb反应元件、nfat反应元件、srf反应元件1、srf反应元件2、ap1反应元件、tcf-lef反应元件启动子融合物、缺氧反应元件、smad结合元件、stat3结合位点、mincmv、yb_tata、mintata、mintk、诱导分子反应性启动子及其串联重复序列。在一些方面,acp反应性启动子包括合成启动子。在一些方面,acp反应性启动子包括最小启动子。
147、在一些方面,acp结合结构域包括一个或多个锌指结合位点。
148、在一些方面,转录效应子结构域选自由以下组成的组:单纯疱疹病毒蛋白16(vp16)激活结构域;包含vp16的四个串联拷贝的激活结构域;vp64激活结构域;nfκb的p65激活结构域;爱泼斯坦-巴尔病毒r反式激活因子(rta)激活结构域;包含vp64、p65和rta激活结构域(vpr激活结构域)的三元激活因子;包含vp64、p65和hsf1激活结构域(vph激活结构域)的三元激活因子;和人e1a相关蛋白p300的组蛋白乙酰转移酶(hat)核心结构域(p300hat核心激活结构域)。
149、本文还公开了一种分离的细胞,所述分离的细胞包含条件激活控制多肽(acp),其中acp包含配体结合结构域和转录效应子结构域,并且其中在配体结合结构域与同源配体结合时,acp能够调节可操作地连接至acp反应性启动子的目标基因的转录表达。
150、在一些方面,配体结合结构域位于转录效应子结构域的5'或转录效应子结构域的3'。在一些方面,转录效应子结构域包含转录阻遏因子结构域。在一些方面,转录阻遏因子结构域选自由以下组成的组:krüppel相关盒(krab)阻遏结构域;阻遏因子元件沉默转录因子(rest)阻遏结构域;毛发相关的基本螺旋-环-螺旋阻遏蛋白的wrpw基序,所述基序称为wrpw阻遏结构域;dna(胞嘧啶-5)-甲基转移酶3b(dnmt3b)阻遏结构域;和hp1α染色体阴影阻遏结构域。
151、在一些方面,转录效应子结构域包含转录激活因子结构域。在一些方面,转录激活因子结构域选自由以下组成的组:单纯疱疹病毒蛋白16(vp16)激活结构域;包含vp16的四个串联拷贝的激活结构域;vp64激活结构域;nfκb的p65激活结构域;爱泼斯坦-巴尔病毒r反式激活因子(rta)激活结构域;包含vp64、p65和rta激活结构域(vpr激活结构域)的三元激活因子;包含vp64、p65和hsf1激活结构域(vph激活结构域)的三元激活因子;和人e1a相关蛋白p300的组蛋白乙酰转移酶(hat)核心结构域(p300 hat核心激活结构域)。
152、在一些方面,acp是转录因子。在一些方面,acp是含锌指的转录因子。在一些方面,含锌指的转录因子包含dna结合锌指蛋白结构域(zf蛋白结构域)和转录阻遏因子结构域或转录激活因子结构域。在一些方面,zf蛋白结构域在设计上是模块化的并且由锌指阵列(zfa)组成。在一些方面,zfa包含一至十个zf基序。
153、在一些方面,dna结合锌指蛋白结构域与acp反应性启动子结合。在一些方面,acp反应性启动子包含acp结合结构域和启动子序列。在一些方面,启动子序列源自于选自由以下组成的组的启动子:minp、nfkb反应元件、creb反应元件、nfat反应元件、srf反应元件1、srf反应元件2、ap1反应元件、tcf-lef反应元件启动子融合物、缺氧反应元件、smad结合元件、stat3结合位点、mincmv、yb_tata、mintata、mintk、诱导分子反应性启动子及其串联重复序列。在一些方面,acp反应性启动子是合成启动子。在一些方面,acp反应性启动子包括最小启动子。在一些方面,acp结合结构域包括一个或多个锌指结合位点。
154、在一些方面,目标基因是细胞死亡诱导多肽。
155、在一些方面,所述细胞死亡诱导结构域源自于选自由以下组成的组的蛋白质:半胱天冬酶3、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、白喉毒素片段a(dta)、bax、bak、bok、bad、bcl-xs,bak、bik、bcl-2相互作用蛋白3(bnip3)、fas、fas相关死亡结构域蛋白(fadd)、肿瘤坏死因子受体1型相关死亡结构域蛋白(tradd)、tnf受体(tnf-r)、apaf-1、颗粒酶b、第二线粒体来源的半胱天冬酶激活因子(smac)、omi、bmf、bid、bim、p53上调凋亡调节因子(puma)、noxa、blk、hrk、细胞色素c、arts、tnf相关凋亡诱导配体(trail)、单纯疱疹病毒胸苷激酶(hsv-tk)、水痘-带状疱疹病毒胸苷激酶(vzv-tk)、病毒刺突蛋白、羧基酯酶、胞嘧啶脱氨酶、硝基还原酶fksb、羧肽酶g2、羧肽酶a、辣根过氧化物酶、亚麻苦苷酶、肝细胞色素p450-2b1和嘌呤核苷磷酸化酶。
156、在一些方面,细胞死亡诱导多肽是半胱天冬酶9或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的半胱天冬酶9氨基酸序列。在一些方面,细胞死亡诱导多肽是白喉毒素片段a(dta)。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的dta氨基酸序列。在一些方面,细胞死亡诱导多肽是颗粒酶b。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的颗粒酶b氨基酸序列。在一些方面,细胞死亡诱导多肽是bax。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的bax氨基酸序列。
157、本文还公开了一种分离的细胞,所述分离的细胞包含可调控细胞存活多肽和细胞死亡诱导多肽,其中细胞存活多肽包含配体结合结构域,其中当表达时,细胞存活多肽能够抑制细胞死亡诱导多肽,并且其中在与同源配体结合时,同源配体抑制促存活多肽。
158、在一些方面,细胞存活多肽选自由以下组成的组:xiap、bcl-2、bcl-xl、bcl-w、bcl-2相关蛋白a1(bcl2a1)、mcl-1、flice样抑制蛋白(c-flip)和腺病毒e1b-19k蛋白。在一些方面,细胞存活多肽是xiap。
159、在一些方面,所述配体结合结构域位于所述促存活多肽的n端区域或位于所述促存活多肽的c端区域。
160、在一些方面,配体结合结构域包含选自由以下组成的组的结构域或其功能片段:abi结构域、pyl结构域、咖啡因结合单结构域抗体、大麻二酚结合结构域、雌激素受体(er结构域)的激素结合结构域、抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)、抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)、孕酮受体结构域、fkbp结构域和frb结构域。
161、在一些方面,abi结构域包含表d的abi氨基酸序列。在一些方面,pyl结构域包含表d的pyl氨基酸序列。在一些方面,咖啡因结合单结构域抗体包含表d的氨基酸序列。在一些方面,大麻二酚结合结构域包含选自由表d的ca14、db6、db11、db18和db21序列组成的组的氨基酸序列。在一些方面,雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)包含表d的vh氨基酸序列。在一些方面,抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)包含表d的vl氨基酸序列。在一些方面,孕酮受体结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,fkbp结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,frb结构域包含表d的氨基酸序列。
162、在一些方面,当配体结合结构域包含abi结构域或pyl结构域时,同源配体是脱落酸。
163、在一些方面,当配体结合结构域包含咖啡因结合单结构域抗体时,同源配体是咖啡因或其衍生物。
164、在一些方面,当配体结合结构域包含大麻二酚结合结构域时,同源配体是大麻二酚或植物大麻素。在一些方面,当配体结合结构域包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域时,同源配体是他莫昔芬或其代谢物。在一些方面,他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬。
165、在一些方面,当配体结合结构域包含抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)或抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)时,同源配体是尼古丁或其衍生物。
166、在一些方面,当配体结合结构域是孕酮受体结构域时,同源配体是米非司酮或其衍生物。
167、在一些方面,当配体结合结构域包含fkbp结构域或frb结构域时,同源配体是雷帕霉素、ap1903、ap20187、fk1012、其衍生物或其类似物。
168、在一些方面,配体结合结构域包含降解决定子。在一些方面,降解决定子能够诱导可调控细胞存活多肽的降解。在一些方面,降解决定子选自由以下组成的组:hcv ns4降解决定子、pest(人iκbα的残基277-307的两个拷贝)、grr(人类p105的残基352-408)、drr(酵母cdc34的残基210-295)、sns(sp2和nb的串联重复序列(甲型流感或乙型流感的sp2-nb-sp2)、rpb(酵母rpb残基1688-1702的四个拷贝)、spmix(sp1和sp2的串联重复序列(甲型流感病毒m2蛋白的sp2-sp1-sp2-sp1-sp2)、ns2(甲型流感病毒ns蛋白的残基79-93的三个拷贝)、odc(鸟氨酸脱羧酶的残基106-142)、nek2a、小鼠odc(残基422-461)、小鼠odc_da(modc的残基422-461,包括d433a和d434a点突变)、apc/c降解决定子、cop1 e3连接酶结合降解决定子基序、crl4-cdt2结合pip降解决定子、actinfilin结合降解决定子、keap1结合降解决定子、klhl2和klhl3结合降解决定子、mdm2结合基序、n-降解决定子、缺氧信号传导中的羟脯氨酸修饰、植物激素依赖性scf-lrr结合降解决定子、scf泛素连接酶结合磷酸降解决定子、植物激素依赖性scf-lrr结合降解决定子、dsgxxs磷酸依赖性降解决定子、siah结合基序、spop sbc对接基序和pcna结合pip盒。在一些方面,降解决定子包含小脑蛋白(crbn)多肽底物结构域,所述结构域能够响应于免疫调节药物(imid)结合crbn,从而促进泛素途径介导的所述可调控多肽的降解。在一些方面,所述crbn多肽底物结构域选自由以下组成的组:ikzf1、ikzf3、ckla、zfp91、gspt1、meis2、gss e4f1、zn276、zn517、zn582、zn653、zn654、zn692、zn787和zn827,或其能够进行药物诱导crbn结合的片段。在一些方面,所述crbn多肽底物结构域是天然crbn多肽序列的嵌合融合产物。在一些方面,所述crbn多肽底物结构域是ikzf3/zfp91/ikzf3嵌合融合产物,具有氨基酸序列fnvlmvhkrshtgerplqceicgftcrqkgnllrhiklhtgekpfkchlc nyacqrrdal(seq id no:87)。
169、在一些方面,配体是imid。在一些方面,imid是fda批准的药物。在一些方面,imid选自由以下组成的组:沙利度胺、来那度胺和泊马度胺。
170、在一些方面,所述细胞死亡诱导结构域源自于选自由以下组成的组的蛋白质:半胱天冬酶3、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、白喉毒素片段a(dta)、bax、bak、bok、bad、bcl-xs,bak、bik、bcl-2相互作用蛋白3(bnip3)、fas、fas相关死亡结构域蛋白(fadd)、肿瘤坏死因子受体1型相关死亡结构域蛋白(tradd)、tnf受体(tnf-r)、apaf-1、颗粒酶b、第二线粒体来源的半胱天冬酶激活因子(smac)、omi、bmf、bid、bim、p53上调凋亡调节因子(puma)、noxa、blk、hrk、细胞色素c、arts、tnf相关凋亡诱导配体(trail)、单纯疱疹病毒胸苷激酶(hsv-tk)、水痘-带状疱疹病毒胸苷激酶(vzv-tk)、病毒刺突蛋白、羧基酯酶、胞嘧啶脱氨酶、硝基还原酶fksb、羧肽酶g2、羧肽酶a、辣根过氧化物酶、亚麻苦苷酶、肝细胞色素p450-2b1和嘌呤核苷磷酸化酶。
171、在一些方面,细胞死亡诱导多肽是半胱天冬酶9或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的半胱天冬酶9氨基酸序列。
172、在一些方面,细胞死亡诱导多肽是白喉毒素片段a(dta)。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的dta氨基酸序列。
173、在一些方面,细胞死亡诱导多肽是bax。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的bax氨基酸序列。
174、本文还公开了一种工程化核酸,所述工程化核酸包含:表达盒,所述表达盒包含启动子和编码诱导型细胞死亡多肽单体的外源多核苷酸序列,其中所述启动子可操作地连接至外源多核苷酸,其中每个诱导型细胞死亡多肽单体包含一个或多个配体结合结构域和细胞死亡诱导结构域,其中所述一个或多个配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含选自由以下组成的组的结构域或其功能片段:abi结构域、pyl结构域、咖啡因结合单结构域抗体、大麻二酚结合结构域、雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域、抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)、抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)、孕酮受体结构域、fkbp结构域和frb结构域,其中当表达时,细胞死亡多肽单体可经由与配体结合结构域结合的同源配体寡聚化,并且其中当配体使细胞死亡多肽单体中的两个或更多个细胞死亡多肽单体寡聚化时,在细胞中产生细胞死亡诱导信号。
175、在一些方面,所述细胞死亡诱导结构域源自于选自由以下组成的组的蛋白质:半胱天冬酶3、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、白喉毒素片段a(dta)、bax、bak、bok、bad、bcl-xs,bak、bik、bcl-2相互作用蛋白3(bnip3)、fas、fas相关死亡结构域蛋白(fadd)、肿瘤坏死因子受体1型相关死亡结构域蛋白(tradd)、tnf受体(tnf-r)、apaf-1、颗粒酶b、第二线粒体来源的半胱天冬酶激活因子(smac)、omi、bmf、bid、bim、p53上调凋亡调节因子(puma)、noxa、blk、hrk、细胞色素c、arts、tnf相关凋亡诱导配体(trail)、单纯疱疹病毒胸苷激酶(hsv-tk)、水痘-带状疱疹病毒胸苷激酶(vzv-tk)、病毒刺突蛋白、羧基酯酶、胞嘧啶脱氨酶、硝基还原酶fksb、羧肽酶g2、羧肽酶a、辣根过氧化物酶、亚麻苦苷酶、肝细胞色素p450-2b1和嘌呤核苷磷酸化酶。
176、在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含半胱天冬酶9或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的半胱天冬酶9氨基酸序列。
177、在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含bid或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的bid氨基酸序列。
178、在一些方面,abi结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,pyl结构域包含表d的氨基酸序列。
179、在一些方面,咖啡因结合单结构域抗体包含表d的氨基酸序列。
180、在一些方面,大麻二酚结合结构域包含选自由表d中所示的ca14、db6、db11、db18和db21的序列组成的组的氨基酸序列。
181、在一些方面,雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域包含表d的氨基酸序列。
182、在一些方面,抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)包含表d的vh氨基酸序列。在一些方面,抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)包含表d的vl氨基酸序列。
183、在一些方面,孕酮受体结构域包含表d的氨基酸序列。
184、在一些方面,fkbp结构域包含表d的氨基酸序列。
185、在一些方面,frb结构域包含表d的氨基酸序列。
186、在一些方面,每个单体包含相同的配体结合结构域。在一些方面,诱导型细胞死亡多肽包含同源寡聚体。在一些方面,同源寡聚体包括同源二聚体。在一些方面,每个单体包含fkbp结构域。在一些方面,配体是fk1012、其衍生物或其类似物。
187、在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含bid或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的bid氨基酸序列。
188、在一些方面,每个单体包含abi结构域和pyl结构域。在一些方面,配体是脱落酸。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含半胱天冬酶9或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的半胱天冬酶9氨基酸序列。
189、在一些方面,每个单体包含含有表d的ca14氨基酸序列的大麻二酚结合结构域和含有选自由表d的db6、db11、db18和db21序列组成的组的氨基酸序列的大麻二酚结合结构域。
190、在一些方面,每个单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域和fkbp结构域。在一些方面,每个单体包含frb结构域和雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含半胱天冬酶9或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的半胱天冬酶9氨基酸序列。在一些方面,配体是雷帕霉素、其衍生物或其类似物。在一些方面,配体是他莫昔芬或其代谢物。在一些方面,他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬。
191、在一些方面,每个单体包含两个咖啡因结合单结构域抗体。在一些方面,每个咖啡因结合单结构域抗体包含表d的氨基酸序列。在一些方面,配体是咖啡因或其衍生物。
192、在一些方面,第一单体包含第一配体结合结构域并且第二单体包含第二配体结合结构域。在一些方面,诱导型细胞死亡多肽包含异源寡聚体。在一些方面,异源寡聚体包括异源二聚体。在一些方面,第一单体包含fkbp结构域并且第二单体包含frb结构域。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含bid或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的bid氨基酸序列。
193、在一些方面,第一单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域,并且第二单体包含fkbp结构域。在一些方面,第一单体包含frb结构域,并且第二单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域。在一些方面,第一单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域和fkbp结构域,并且第二单体包含frb结构域以及第二单体包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含半胱天冬酶9或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的半胱天冬酶9氨基酸序列。在一些方面,配体是雷帕霉素、其衍生物或其类似物。在一些方面,配体是他莫昔芬或其代谢物。在一些方面,他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬。
194、在一些方面,第一单体包含abi结构域并且第二单体包含pyl结构域。在一些方面,配体是脱落酸。
195、在一些方面,第一单体包含抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)并且第二单体包含抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)。在一些方面,抗尼古丁抗体是nic12抗体。在一些方面,vh包含表d的vh氨基酸序列。在一些方面,vl包含表d的vl氨基酸序列。在一些方面,配体是尼古丁或其衍生物。
196、在一些方面,第一单体包含含有选自由表d的db6、db11、db18和db21的序列组成的组的氨基酸序列的大麻二酚结合结构域,并且第二单体包含含有表d的ca14氨基酸序列的大麻二酚结合结构域。在一些方面,配体是大麻二酚或植物大麻素。
197、在一些方面,每个单体还包含位于每个配体结合结构域和细胞死亡诱导结构域之间的接头。在一些方面,接头包含选自由以下组成的组的氨基酸序列:ggggsggggsggggsvdgf(seq id no:88)和asggggsas(seq id no:89)。
198、本文还公开了一种工程化核酸,所述工程化核酸包含:表达盒,所述表达盒包含启动子和编码条件激活控制多肽(acp)的外源多核苷酸序列,其中启动子可操作地连接至外源多核苷酸,其中acp包含一个或多个配体结合结构域及包含核酸结合结构域和转录效应子结构域的转录因子,其中当表达时,acp在配体结合结构域与同源配体结合时经历核定位,并且其中当定位于细胞核时,acp能够诱导可操作地连接至acp反应性启动子的目标基因的转录表达。
199、在一些方面,每个配体结合结构域包含选自由以下组成的组的结构域或其功能片段:abi结构域、pyl结构域、咖啡因结合单结构域抗体、大麻二酚结合结构域、雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域、抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)、抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)、孕酮受体结构域、fkbp结构域和frb结构域。
200、在一些方面,abi结构域包含表d的abi氨基酸序列。在一些方面,pyl结构域包含表d的pyl氨基酸序列。在一些方面,咖啡因结合单结构域抗体包含表d的氨基酸序列。在一些方面,大麻二酚结合结构域包含选自由表d的ca14、db6、db11、db18和db21序列组成的组的氨基酸序列。在一些方面,雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)包含表d的vh氨基酸序列。在一些方面,抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)包含表d的vl氨基酸序列。在一些方面,孕酮受体结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,fkbp结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,frb结构域包含表d的氨基酸序列。
201、在一些方面,核酸结合结构域包含dna结合锌指蛋白结构域(zf蛋白结构域)。在一些方面,zf蛋白结构域在设计上是模块化的并且由锌指阵列(zfa)组成。在一些方面,所述转录效应子结构域选自由以下组成的组:单纯疱疹病毒蛋白16(vp16)激活结构域;包含vp16的四个串联拷贝的激活结构域、vp64激活结构域;nfκb的p65激活结构域;爱泼斯坦-巴尔病毒r反式激活因子(rta)激活结构域;包含vp64、p65和rta激活结构域(vpr激活结构域)的三元激活因子;包含vp64、p65和hsf1激活结构域(vph激活结构域)的三元激活因子;人e1a相关蛋白p300的组蛋白乙酰转移酶(hat)核心结构域(p300 hat核心激活结构域);krüppel相关盒(krab)阻遏结构域;阻遏因子元件沉默转录因子(rest)阻遏结构域;毛发相关的基本螺旋-环-螺旋阻遏蛋白的wrpw基序,所述基序称为wrpw阻遏结构域;dna(胞嘧啶-5)-甲基转移酶3b(dnmt3b)阻遏结构域;和hp1α染色体阴影阻遏结构域。
202、在一些方面,嵌合多肽还包含位于核酸结合结构域和转录效应子结构域之间的接头。在一些方面,接头包含一个或多个2a核糖体跳跃标签。在一些方面,每个2a核糖体跳跃标签选自由以下组成的组:p2a、t2a、e2a和f2a。
203、在一些方面,所述嵌合多肽包含可操作地连接至所述核酸结合结构域的第一配体结合结构域和可操作地连接至所述转录效应子结构域的第二配体结合结构域。
204、在一些方面,第一和第二配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域。在一些方面,同源配体是他莫昔芬或其代谢物。在一些方面,他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬。
205、在一些方面,第一和第二配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含孕酮受体结构域。在一些方面,同源配体是米非司酮或其衍生物。
206、在一些方面,当配体结合结构域包含abi结构域或pyl结构域时,同源配体是脱落酸。
207、在一些方面,当配体结合结构域包含咖啡因结合单结构域抗体时,同源配体是咖啡因或其衍生物。
208、在一些方面,当配体结合结构域包含大麻二酚结合结构域时,同源配体是大麻二酚或植物大麻素。在一些方面,大麻二酚结合结构域包括单结构域抗体或纳米抗体。在一些方面,大麻二酚结合结构域包含选自由表d的ca14、db6、db11、db18和db21的序列组成的组的氨基酸序列。
209、在一些方面,当配体结合结构域包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域时,同源配体是他莫昔芬或其代谢物。在一些方面,他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬。
210、在一些方面,当配体结合结构域包含抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)或抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)时,同源配体是尼古丁或其衍生物。
211、在一些方面,当配体结合结构域是孕酮受体结构域时,同源配体是米非司酮或其衍生物。
212、在一些方面,当配体结合结构域包含fkbp结构域或frb结构域时,同源配体是雷帕霉素、ap1903、ap20187、fk1012、其衍生物或其类似物。
213、在一些方面,核酸结合结构域包含dna结合锌指蛋白结构域(zf蛋白结构域)。
214、在一些方面,zf蛋白结构域在设计上是模块化的并且由锌指阵列(zfa)组成。在一些方面,zf蛋白结构域包含一至十个zfa。
215、在一些方面,核酸结合结构域与acp反应性启动子结合。在一些方面,acp反应性启动子包含acp结合结构域序列和启动子序列。在一些方面,启动子序列源自于选自由以下组成的组的启动子:minp、nfkb反应元件、creb反应元件、nfat反应元件、srf反应元件1、srf反应元件2、ap1反应元件、tcf-lef反应元件启动子融合物、缺氧反应元件、smad结合元件、stat3结合位点、mincmv、yb_tata、mintata、mintk、诱导分子反应性启动子及其串联重复序列。在一些方面,acp反应性启动子包括合成启动子。在一些方面,acp反应性启动子包括最小启动子。
216、在一些方面,acp结合结构域包括一个或多个锌指结合位点。
217、在一些方面,转录激活因子结构域选自由以下组成的组:单纯疱疹病毒蛋白16(vp16)激活结构域;包含vp16的四个串联拷贝的激活结构域;vp64激活结构域;nfκb的p65激活结构域;爱泼斯坦-巴尔病毒r反式激活因子(rta)激活结构域;包含vp64、p65和rta激活结构域(vpr激活结构域)的三元激活因子;包含vp64、p65和hsf1激活结构域(vph激活结构域)的三元激活因子;和人e1a相关蛋白p300的组蛋白乙酰转移酶(hat)核心结构域(p300hat核心激活结构域)。
218、一种工程化核酸,包含:表达盒,所述表达盒包含启动子和具有下式的外源多核苷酸序列:c1–l–c2,其中c1包含编码包含第一配体结合结构域和转录激活结构域的第一嵌合多肽的多核苷酸序列,l包含接头多核苷酸序列,c2包含编码包含第二配体结合结构域和核酸结合结构域的第二嵌合多肽的多核苷酸序列;其中启动子可操作地连接至外源多核苷酸;其中当表达时,第一嵌合多肽和第二嵌合多肽经由与每个配体结合结构域结合的同源配体多聚化形成条件激活控制多肽(acp);并且其中多聚acp能够诱导可操作地连接到acp反应性启动子的目标基因的转录表达。
219、在一些方面,每个配体结合结构域包含选自由以下组成的组的结构域或其功能片段:abi结构域、pyl结构域、咖啡因结合单结构域抗体、大麻二酚结合结构域、雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域、抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)、抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)、孕酮受体结构域、fkbp结构域和frb结构域。
220、在一些方面,abi结构域包含表d的abi氨基酸序列。在一些方面,pyl结构域包含表d的pyl氨基酸序列。在一些方面,咖啡因结合单结构域抗体包含表d的氨基酸序列。在一些方面,大麻二酚结合结构域包含选自由表d的ca14、db6、db11、db18和db21序列组成的组的氨基酸序列。在一些方面,雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)包含表d的vh氨基酸序列。在一些方面,抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)包含表d的vl氨基酸序列。在一些方面,孕酮受体结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,fkbp结构域包含表d的fkbp氨基酸序列。在一些方面,frb结构域包含表d的frb氨基酸序列。
221、在一些方面,核酸结合结构域包含dna结合锌指蛋白结构域(zf蛋白结构域)。在一些方面,zf蛋白结构域在设计上是模块化的并且由锌指阵列(zfa)组成。在一些方面,所述转录效应子结构域选自由以下组成的组:单纯疱疹病毒蛋白16(vp16)激活结构域;包含vp16的四个串联拷贝的激活结构域、vp64激活结构域;nfκb的p65激活结构域;爱泼斯坦-巴尔病毒r反式激活因子(rta)激活结构域;包含vp64、p65和rta激活结构域(vpr激活结构域)的三元激活因子;包含vp64、p65和hsf1激活结构域(vph激活结构域)的三元激活因子;人e1a相关蛋白p300的组蛋白乙酰转移酶(hat)核心结构域(p300 hat核心激活结构域);krüppel相关盒(krab)阻遏结构域;阻遏因子元件沉默转录因子(rest)阻遏结构域;毛发相关的基本螺旋-环-螺旋阻遏蛋白的wrpw基序,所述基序称为wrpw阻遏结构域;dna(胞嘧啶-5)-甲基转移酶3b(dnmt3b)阻遏结构域;和hp1α染色体阴影阻遏结构域。
222、在一些方面,嵌合多肽还包含位于核酸结合结构域和转录效应子结构域之间的接头。在一些方面,接头包含一个或多个2a核糖体跳跃标签。在一些方面,每个2a核糖体跳跃标签选自由以下组成的组:p2a、t2a、e2a和f2a。
223、在一些方面,所述嵌合多肽包含可操作地连接至所述核酸结合结构域的第一配体结合结构域和可操作地连接至所述转录效应子结构域的第二配体结合结构域。
224、在一些方面,第一和第二配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域。在一些方面,同源配体是他莫昔芬或其代谢物。在一些方面,他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬。
225、在一些方面,第一和第二配体结合结构域中的每一个配体结合结构域包含孕酮受体结构域。
226、在一些方面,同源配体是米非司酮或其衍生物。
227、在一些方面,当配体结合结构域包含abi结构域或pyl结构域时,同源配体是脱落酸。
228、在一些方面,当配体结合结构域包含咖啡因结合单结构域抗体时,同源配体是咖啡因或其衍生物。
229、在一些方面,当配体结合结构域包含大麻二酚结合结构域时,同源配体是大麻二酚或植物大麻素。在一些方面,大麻二酚结合结构域包括单结构域抗体或纳米抗体。在一些方面,大麻二酚结合结构域包含选自由表d的ca14、db6、db11、db18和db21的序列组成的组的氨基酸序列。
230、在一些方面,当配体结合结构域包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域时,同源配体是他莫昔芬或其代谢物。在一些方面,他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬。
231、在一些方面,当配体结合结构域包含抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)或抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)时,同源配体是尼古丁或其衍生物。
232、在一些方面,当配体结合结构域是孕酮受体结构域时,同源配体是米非司酮或其衍生物。
233、在一些方面,当配体结合结构域包含fkbp结构域或frb结构域时,同源配体是雷帕霉素、ap1903、ap20187、fk1012、其衍生物或其类似物。
234、在一些方面,核酸结合结构域包含dna结合锌指蛋白结构域(zf蛋白结构域)。在一些方面,zf蛋白结构域在设计上是模块化的并且由锌指阵列(zfa)组成。在一些方面,zf蛋白结构域包含一至十个zfa。
235、在一些方面,核酸结合结构域与acp反应性启动子结合。在一些方面,acp反应性启动子包含acp结合结构域序列和启动子序列。在一些方面,启动子序列源自于选自由以下组成的组的启动子:minp、nfkb反应元件、creb反应元件、nfat反应元件、srf反应元件1、srf反应元件2、ap1反应元件、tcf-lef反应元件启动子融合物、缺氧反应元件、smad结合元件、stat3结合位点、mincmv、yb_tata、mintata、mintk、诱导分子反应性启动子及其串联重复序列。在一些方面,acp反应性启动子包括合成启动子。在一些方面,acp反应性启动子包括最小启动子。在一些方面,acp结合结构域包括一个或多个锌指结合位点。在一些方面,转录激活因子结构域选自由以下组成的组:单纯疱疹病毒蛋白16(vp16)激活结构域;包含vp16的四个串联拷贝的激活结构域;vp64激活结构域;nfκb的p65激活结构域;爱泼斯坦-巴尔病毒r反式激活因子(rta)激活结构域;包含vp64、p65和rta激活结构域(vpr激活结构域)的三元激活因子;包含vp64、p65和hsf1激活结构域(vph激活结构域)的三元激活因子;和人e1a相关蛋白p300的组蛋白乙酰转移酶(hat)核心结构域(p300 hat核心激活结构域)。
236、在一些方面,接头多核苷酸序列与作为单独多肽的每个嵌合多肽的翻译可操作地相关。在一些方面,接头多核苷酸序列编码2a核糖体跳跃标签。在一些方面,2a核糖体跳跃标签选自由以下组成的组:p2a、t2a、e2a和f2a。在一些方面,接头多核苷酸序列编码内部核糖体进入位点(ires)。在一些方面,接头多核苷酸序列编码可裂解多肽。在一些方面,可裂解多肽包含弗林蛋白酶多肽序列。
237、本文还公开了一种工程化核酸,所述工程化核酸包含:表达盒,所述表达盒包含启动子和编码条件激活控制多肽(acp)的外源多核苷酸序列,acp包含配体结合结构域和转录效应子结构域,其中启动子可操作地连接至外源多核苷酸,并且其中当表达时并且在配体结合结构域与同源配体结合时,acp能够调节可操作地连接至acp反应性启动子的目标基因的转录表达。
238、本文还公开了一种工程化核酸,所述工程化核酸包含:表达盒,所述表达盒包含启动子和编码可调控细胞存活多肽的外源多核苷酸序列,所述可调控细胞存活多肽包含配体结合结构域,其中启动子可操作地连接至外源多核苷酸,其中当表达时,细胞存活多肽能够抑制细胞死亡诱导多肽,并且其中在与同源配体结合时,同源配体抑制促存活多肽。
239、在一些方面,细胞存活多肽选自由以下组成的组:xiap、bcl-2、bcl-xl、bcl-w、bcl-2相关蛋白a1(bcl2a1)、mcl-1、flice样抑制蛋白(c-flip)和腺病毒e1b-19k蛋白。在一些方面,细胞存活多肽是xiap。
240、在一些方面,所述配体结合结构域位于所述促存活多肽的n端区域或位于所述促存活多肽的c端区域。
241、在一些方面,配体结合结构域包含选自由以下组成的组的结构域或其功能片段:abi结构域、pyl结构域、咖啡因结合单结构域抗体、大麻二酚结合结构域、雌激素受体(er结构域)的激素结合结构域、抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)、抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)、孕酮受体结构域、fkbp结构域和frb结构域。
242、在一些方面,abi结构域包含表d的abi氨基酸序列。在一些方面,pyl结构域包含表d的pyl氨基酸序列。在一些方面,咖啡因结合单结构域抗体包含表d的氨基酸序列。在一些方面,大麻二酚结合结构域包含选自由表d的ca14、db6、db11、db18和db21序列组成的组的氨基酸序列。在一些方面,雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)包含表d的vh氨基酸序列。在一些方面,抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)包含表d的vl氨基酸序列。在一些方面,孕酮受体结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,fkbp结构域包含表d的氨基酸序列。在一些方面,frb结构域包含表d的氨基酸序列。
243、在一些方面,当配体结合结构域包含abi结构域或pyl结构域时,同源配体是脱落酸。
244、在一些方面,当配体结合结构域包含咖啡因结合单结构域抗体时,同源配体是咖啡因或其衍生物。
245、在一些方面,当配体结合结构域包含大麻二酚结合结构域时,同源配体是大麻二酚或植物大麻素。在一些方面,当配体结合结构域包含雌激素受体(er)结构域的激素结合结构域时,同源配体是他莫昔芬或其代谢物。在一些方面,他莫昔芬代谢物选自由以下组成的组:4-羟基他莫昔芬、n-去甲基他莫昔芬、他莫昔芬-n-氧化物和因多昔芬。
246、在一些方面,当配体结合结构域包含抗尼古丁抗体的重链可变区(vh)或抗尼古丁抗体的轻链可变区(vl)时,同源配体是尼古丁或其衍生物。
247、在一些方面,当配体结合结构域是孕酮受体结构域时,同源配体是米非司酮或其衍生物。
248、在一些方面,当配体结合结构域包含fkbp结构域或frb结构域时,同源配体是雷帕霉素、ap1903、ap20187、fk1012、其衍生物或其类似物。
249、在一些方面,配体结合结构域包含降解决定子。在一些方面,降解决定子能够诱导可调控细胞存活多肽的降解。在一些方面,降解决定子选自由以下组成的组:hcv ns4降解决定子、pest(人iκbα的残基277-307的两个拷贝)、grr(人类p105的残基352-408)、drr(酵母cdc34的残基210-295)、sns(sp2和nb的串联重复序列(甲型流感或乙型流感的sp2-nb-sp2)、rpb(酵母rpb残基1688-1702的四个拷贝)、spmix(sp1和sp2的串联重复序列(甲型流感病毒m2蛋白的sp2-sp1-sp2-sp1-sp2)、ns2(甲型流感病毒ns蛋白的残基79-93的三个拷贝)、odc(鸟氨酸脱羧酶的残基106-142)、nek2a、小鼠odc(残基422-461)、小鼠odc_da(modc的残基422-461,包括d433a和d434a点突变)、apc/c降解决定子、cop1 e3连接酶结合降解决定子基序、crl4-cdt2结合pip降解决定子、actinfilin结合降解决定子、keap1结合降解决定子、klhl2和klhl3结合降解决定子、mdm2结合基序、n-降解决定子、缺氧信号传导中的羟脯氨酸修饰、植物激素依赖性scf-lrr结合降解决定子、scf泛素连接酶结合磷酸降解决定子、植物激素依赖性scf-lrr结合降解决定子、dsgxxs磷酸依赖性降解决定子、siah结合基序、spop sbc对接基序和pcna结合pip盒。在一些方面,降解决定子包含小脑蛋白(crbn)多肽底物结构域,所述结构域能够响应于免疫调节药物(imid)结合crbn,从而促进泛素途径介导的所述可调控多肽的降解。在一些方面,所述crbn多肽底物结构域选自由以下组成的组:ikzf1、ikzf3、ckla、zfp91、gspt1、meis2、gss e4f1、zn276、zn517、zn582、zn653、zn654、zn692、zn787和zn827,或其能够进行药物诱导crbn结合的片段。在一些方面,所述crbn多肽底物结构域是天然crbn多肽序列的嵌合融合产物。在一些方面,所述crbn多肽底物结构域是ikzf3/zfp91/ikzf3嵌合融合产物,具有氨基酸序列fnvlmvhkrshtgerplqceicgftcrqkgnllrhiklhtgekpfkchlc nyacqrrdal(seq id no:90)。
250、在一些方面,配体是imid。在一些方面,imid是fda批准的药物。在一些方面,imid选自由以下组成的组:沙利度胺、来那度胺和泊马度胺。
251、在一些方面,所述细胞死亡诱导结构域源自于选自由以下组成的组的蛋白质:半胱天冬酶3、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、白喉毒素片段a(dta)、bax、bak、bok、bad、bcl-xs,bak、bik、bcl-2相互作用蛋白3(bnip3)、fas、fas相关死亡结构域蛋白(fadd)、肿瘤坏死因子受体1型相关死亡结构域蛋白(tradd)、tnf受体(tnf-r)、apaf-1、颗粒酶b、第二线粒体来源的半胱天冬酶激活因子(smac)、omi、bmf、bid、bim、p53上调凋亡调节因子(puma)、noxa、blk、hrk、细胞色素c、arts、tnf相关凋亡诱导配体(trail)、单纯疱疹病毒胸苷激酶(hsv-tk)、水痘-带状疱疹病毒胸苷激酶(vzv-tk)、病毒刺突蛋白、羧基酯酶、胞嘧啶脱氨酶、硝基还原酶fksb、羧肽酶g2、羧肽酶a、辣根过氧化物酶、亚麻苦苷酶、肝细胞色素p450-2b1和嘌呤核苷磷酸化酶。
252、在一些方面,细胞死亡诱导多肽是半胱天冬酶9或其功能性截短。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的半胱天冬酶9氨基酸序列。
253、在一些方面,细胞死亡诱导多肽是白喉毒素片段a(dta)。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的dta氨基酸序列。
254、在一些方面,细胞死亡诱导多肽是bax。在一些方面,细胞死亡诱导结构域包含表d的bax氨基酸序列。
255、工程化核酸包含:(a)包含第一启动子和编码第一嵌合多肽的第一外源多核苷酸序列的第一表达盒,其中第一嵌合多肽包含第一配体结合结构域和转录激活结构域,其中第一启动子可操作地连接至第一外源多核苷酸;(b)包含第二启动子和编码第二嵌合多肽的第二外源多核苷酸序列的第二表达盒,其中第二嵌合多肽包含第二配体结合结构域和核酸结合结构域,其中第二启动子可操作地连接至第二外源多核苷酸,其中当表达时,第一嵌合多肽和第二嵌合多肽经由与每个配体结合结构域结合的同源配体多聚化形成条件激活控制多肽(acp),并且其中多聚acp能够诱导可操作地连接至acp反应性启动子的目标基因的转录表达。
256、在一些方面,第一启动子、第二启动子、或第一启动子和第二启动子两者包含组成型启动子、诱导型启动子或合成启动子。
257、在一些方面,组成型启动子选自由以下组成的组:cag、hlp、cmv、efs、sffv、sv40、mnd、pgk、ubc、hef1av1、hcagg、hef1av2、hactb、heif4a1、hgapdh、hgrp78、hgrp94、hhsp70、hkinb和hubib。
258、在一些方面,诱导型启动子选自由以下组成的组:minp、nfkb反应元件、creb反应元件、nfat反应元件、srf反应元件1、srf反应元件2、ap1反应元件、tcf-lef反应元件启动子融合物、缺氧反应元件、smad结合元件、stat3结合位点、mincmv、yb_tata、mintk、诱导分子反应性启动子及其串联重复序列。
259、在一些方面,如本文所述的诱导型细胞死亡多肽或系统包含经修饰的xiap,其中经修饰的xiap在seq id no:107的位置306-325内包含一个或多个氨基酸取代。
260、在一些方面,所述一个或多个氨基酸取代位于seq id no:107的选自由以下组成的组的一个或多个位置:305、306、308和325。
261、在一些方面,所述一个或多个氨基酸取代位于seq id no:107的位置305处。在一些方面,seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m。
262、在一些方面,所述一个或多个氨基酸取代位于seq id no:107的位置306处。在一些方面,seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s。
263、在一些方面,所述一个或多个氨基酸取代位于seq id no:107的位置308处。在一些方面,seq id no:107的位置308处的氨基酸取代选自由t308s和t308d组成的组。在一些方面,seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308s。在一些方面,seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308d。
264、在一些方面,所述一个或多个氨基酸取代位于seq id no:107的位置325处。在一些方面,seq id no:107的位置325处的氨基酸取代是p325s。
265、在一些方面,所述一个或多个氨基酸取代是两个氨基酸取代。
266、在一些方面,所述两个氨基酸取代中的每一个氨基酸取代都处于seq id no:107的选自由以下组成的组的位置:305、306、308和325。
267、在一些方面,所述两个氨基酸取代处于seq id no:107的位置305和306处。在一些方面,在seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m并且在seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s。
268、在一些方面,所述两个氨基酸取代处于seq id no:107的位置305和308处。在一些方面,在seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m并且在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308s。
269、在一些方面,在seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m并且在seq idno:107的位置308处的氨基酸取代是t308d。
270、在一些方面,所述两个氨基酸取代处于seq id no:107的位置305和325处。在一些方面,在seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m并且在seq id no:107的位置325处的氨基酸取代是p325s。
271、在一些方面,所述两个氨基酸取代处于seq id no:107的位置306和308处。在一些方面,在seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s并且在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308s。
272、在一些方面,在seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s并且在seq idno:107的位置308处的氨基酸取代是t308d。
273、在一些方面,所述两个氨基酸取代处于seq id no:107的位置306和325处。
274、在一些方面,在seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s并且在seq idno:107的位置325处的氨基酸取代是p325s。
275、在一些方面,所述两个氨基酸取代处于seq id no:107的位置308和325处。
276、在一些方面,在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308s并且在seq idno:107的位置325处的氨基酸取代是p325s。
277、在一些方面,在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308d并且在seq idno:107的位置325处的氨基酸取代是p325s。
278、在一些方面,所述一个或多个另外的氨基酸取代是三个氨基酸取代。在一些方面,所述三个氨基酸取代中的每一个氨基酸取代都处于seq id no:107的选自由以下组成的组的位置:305、306、308和325。在一些方面,所述三个氨基酸取代处于seq id no:107的位置305、306和308处。
279、在一些方面,在seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m,在seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s,并且在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308s。
280、在一些方面,在seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m,在seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s,并且在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308d。
281、在一些方面,所述三个氨基酸取代处于seq id no:107的位置305、306和325处。在一些方面,在seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m,在seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s,并且在seq id no:107的位置325处的氨基酸取代是p325s。
282、在一些方面,所述三个氨基酸取代处于seq id no:107的位置305、308和325处。在一些方面,在seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m,在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308s,并且在seq id no:107的位置325处的氨基酸取代是p325s。在一些方面,在seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m,在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308d,并且在seq id no:107的位置325处的氨基酸取代是p325s。
283、在一些方面,所述三个氨基酸取代处于seq id no:107的位置306、308和325处。在一些方面,在seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s,在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308s,并且在seq id no:107的位置325处的氨基酸取代是p325s。在一些方面,在seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s,在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t3084,并且在seq id no:107的位置325处的氨基酸取代是p325s。
284、在一些方面,所述一个或多个另外的氨基酸取代是四个氨基酸取代。
285、在一些方面,所述四个氨基酸取代处于seq id no:107的位置305、306、308和325处。在一些方面,在seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m,在seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s,在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308s,并且在seq id no:107的位置325处的氨基酸取代是p325s。在一些方面,在seq id no:107的位置305处的氨基酸取代是g305m,在seq id no:107的位置306处的氨基酸取代是g306s,在seq id no:107的位置308处的氨基酸取代是t308d,并且在seq id no:107的位置325处的氨基酸取代是p325s