一种CorneliadeLange综合征1型的致病基因、引物对及其应用的制作方法

本发明涉及基因诊断领域，特别是涉及一种cornelia de lange综合征1型的致病基因、引物对及其应用。

背景技术：

1、cornelia de lange综合征(cornelia de lange syndrome，cdls)是一种较为罕见的遗传性疾病，1933年荷兰的儿科医生cornelia de lange对有相同临床特征的患儿进行了首次归纳总结，并以其名命名该类疾病。该病是一种多器官系统受累的遗传性疾病，其表现出显著的遗传异质性，临床表现轻重不一，典型患者具有特殊面容、严重生长落后及肢体畸形等特点。据估计，cdls的发病率为1.6/10万～2.2/10万，但轻型患者可能未被诊断出，故确切的发病率尚不清楚。cdls为显性遗传，大多为散发，亦有家族性发病的报道。其主要由黏连蛋白复合体的相关基因变异导致。cdls 可分为1至5型，临床主要特征表现为：

2、1)头面部特征：cdls患儿头面部特征最为典型，可以在新生儿时期很容易辨别出，主要表现为低发际线、多毛、连眉、长睫毛、高腭弓、鼻梁低陷、短鼻、鼻孔前倾、长并突出的人中、缺齿、宽齿缝、唇腭裂、口唇薄、口角下垂、低耳位，有报道患儿存在中耳内耳畸形，为中耳炎易发人群，因发育异常，患儿存在传导性听力损伤及感音神经性听力损伤等；

3、2)骨骼及肌肉系统特征：cdls患儿多有上肢异常，比例约占90％，主要表现为双手短小、第一掌骨短、小指内弯畸形、贯通掌、桡骨头脱位、缺指。躯干部多见髋部脱位、脊柱侧凸、颈部畸形及漏斗胸，下肢异常较少，可见足部较正常比例偏小，偶见并趾畸形；

4、3)消化系统异常：cdls患儿胃食管反流情况较多见，反流误吸为其主要致死因素，其中幽门梗阻导致的消化道梗阻诱发胃食管反流情况最为多见，偶可见环状胰腺、肠道异常旋转、梅克尔憩室、肛门闭锁及先天性膈疝；

5、4)循环系统异常：部分cdls患儿存在心血管异常，主要表现为室间隔缺损、肺动脉狭窄及房间隔缺损等；

6、5)泌尿及生殖系统异常：cdls患儿主要的泌尿系统畸形包括肾发育不全及膀胱输尿管返流，男性可见隐睾、尿道下裂及阴茎短小，女性可见异常子宫及小阴唇畸形；

7、6)智力发育障碍及行为异常：该疾病患儿只有3％～4％语言能力接近正常，34.6％存在表达性语言障碍。65.2％的患者出现行为异常，主要的行为异常包括了睡眠障碍、烦躁易怒、注意力不集中等。

8、目前发现，至少有7个基因(包括nipbl、smc1a、smc3、rad21、brd4、 hdac8和ankrd11基因等)与cdls相关，其中smc1a、smc3、rad21基因编码黏连蛋白的构成组分，nipbl、hdac8基因是黏连蛋白的调控因子，最常见突变基因为nipbl基因突变。

9、nipbl基因(mim 608667)变异被首次鉴定出的cornelia de lange综合征1型(mim 122470)的致病原因。nipbl基因长189.6kb，定位于染色体5p13.2，包括 47个外显子和46个内含子，编码2804个氨基酸的nipbl蛋白，该蛋白属于染色体黏附素家族，参与构成黏连蛋白加载到染色体上所需的异二聚体复合物。约70％的 cdls患者中存在nipbl基因变异。目前已报道三百多种变异，包括错义变异、无义变异、剪接变异、插入、缺失/重复等。nipbl基因剂量效应对人类的发育极为重要，基因表达减少15％可导致cdls表型。而对nipbl基因变异致病机制中，nipbl基因影响转录调控可能通过两种途径：通过对黏连蛋白的加载作用来间接影响调控或直接与启动子作用。

10、因此，基因突变是导致疾病发生发展的重要遗传基础，基因诊断是确诊corneliade lange综合征1型的重要遗传学标准。临床上需要针对不同突变建立相应的检测技术并用于明确病因和疾病诊断。但目前并没有能特异性区分cornelia de lange综合征 1型的突变患者、携带者和正常人群的诊断试剂的报道。

技术实现思路

1、为了解决上述问题，本发明提供了cornelia de lange综合征1型的致病基因、引物对及其应用。利用本发明所述致病基因能够助力cornelia de lange综合征1型基因突变的筛查和诊断，并为其药物筛选、药效评价及靶向治疗提供新的技术支持。

2、为了实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

3、本发明提供了一种cornelia de lange综合征1型的致病基因，在登录号为nipbl:nm_133433.4的基因的31号外显子的第5773位存在g>a突变形成致病基因。

4、本发明提供了用于扩增上述的致病基因的引物对，其特征在于，所述引物对包括nipbl-f和nipbl-r；

5、所述nipbl-f的核苷酸序列如seq id no.1所示；所述nipbl-r的核苷酸序列如seqid no.2所示。

6、本发提供了上述的致病基因作为靶标基因在制备预测或诊断cornelia de lange综合征1型的试剂中的应用。

7、本发明提供了一种预测或诊断cornelia de lange综合征1型的试剂，所述试剂包括上述的引物对。

8、优选的，所述试剂还包括测序引物对；所述测序引物对包括nipbl-seqf和 nipbl-seqr；

9、所述nipbl-seqf的核苷酸序列如seq id no.3所示；所述nipbl-seqr的核苷酸序列如seq id no.4所示。

10、优选的，所述试剂盒还包括阳性突变参考品dna；所述阳性突变参考品dna 的核苷酸序列如seq id no.5所示。

11、本发明提供了上述的致病基因作为靶标基因或上述的试剂在制备预测或诊断cornelia de lange综合征1型的试剂盒中的应用。

12、本发明提供了一种预测或诊断诊断cornelia de lange综合征1型的试剂盒，所述试剂盒包括上述的试剂。

13、本发明提供了一种鉴定nipbl:nm_133433.4:exon31:c.5773位点的基因型的方法，包括以下步骤：

14、以待测样品dna为模板，利用上述的引物对进行pcr扩增，得到扩增产物；

15、将扩增产物进行测序，确定nipbl:nm_133433.4:exon31:c.5773位点的基因型。

16、优选的，所述待测样本包括血液或流产引产胎儿组织。

17、有益效果：

18、本发明提供了一种cornelia de lange综合征1型的致病基因，在登录号为nipbl:nm_133433.4的基因的31号外显子的第5773位存在g>a突变形成致病基因。本发明通过外显子组测序技术首次发现了 nipbl:nm_133433.4:exon31:c.5773g>a:p.a1925t位点突变可以导致cornelia de lange综合征1型发病。一方面，通过检测受试者是否携带有上述突变，用于筛查或诊断cornelia de lange综合征1型的遗传学诊断，以指导治疗。另一方面，本发明为cornelia de lange综合征1型的发病机制研究奠定了重要基础，为corneliade lange 综合征1型患者的治疗提供全新的理论依据。第三方面，本发明可以为治疗cornelia de lange综合征1型提供可能的药物靶点。

19、而且，本发明所提供的诊断试剂盒可用于快速、有效地预测或诊断cornelia delange综合征1型；本发明的研究成果可以用于cornelia de lange综合征1型的遗传学诊断和优生优育。